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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2026-07-08 |
Machine learning-guided discovery of poly(ethylene terephthalate)-binding modules to enhance durable whole-cell degradation
2026-Jul-01, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135279
PMID:42385911
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研究论文 | 利用机器学习引导发现聚对苯二甲酸乙二醇酯结合模块,以增强耐用全细胞降解 | 提出机器学习辅助管道,结合隐马尔可夫模型同源性搜索和监督式PET水解酶机器学习模型(PETML),从天然蛋白质架构中发现了新型PET结合模块,并展示了其在全细胞催化降解PET中的优越性能 | 未明确说明局限性,但研究主要基于计算预测和体外实验,可能缺乏体内实际环境验证 | 开发可增强PET酶降解效率的结合模块,实现耐用全细胞催化系统 | PET结合模块候选物,特别是tCBM13-1,以及大肠杆菌表面展示系统 | 机器学习,合成生物学 | NA | 机器学习,分子对接,分子动力学模拟,表面展示 | 隐马尔可夫模型,PETML | 蛋白质序列数据,分子对接数据,实验测量数据 | 197个非冗余候选模块,重点研究tCBM13-1 | CRISPR-Cas9(可能用于展示系统建设) | Escherichia coli | 双锚定系统(OmpA和EhaA)用于表面共展示FAST-PETase和tCBM13-1 | 环境,工业生物技术 |
| 582 | 2026-07-08 |
Machine learning-optimized long single-stranded DNA synthesis technology empowers high-precision diagnostic-therapeutic integration in living cells
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag131
PMID:41674382
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研究文章 | 开发了一种结合机器学习优化的长单链DNA合成技术,实现了活细胞中高精度诊疗一体化 | 通过Phi29 DNA聚合酶和Nb.BbvCI切口酶在甲酸盐缓冲液中的协同作用,实现了长达15000 nt的高保真单链DNA合成,并结合机器学习优化镁离子动力学和热调节参数,以及硫醇-金固定模板的固相纯化方法,显著提升了产率和纯化回收率 | 主要局限在于酶促反应随机性和产物异质性,但通过缓冲液工程和计算优化已克服这些挑战 | 发展并验证一种高纯度、高产率的长单链DNA合成技术,用于精准纳米医学的诊疗应用 | 宫颈癌细胞及其基因组编辑 | 合成生物学, 机器学习 | 宫颈癌 | 酶促复制(NEAR), 固相合成, 机器学习优化 | 机器学习模型 | 序列数据, 实验参数 | NA | CRISPR, 切口酶Nb.BbvCI, Phi29 DNA聚合酶 | 宫颈癌细胞 | 六螺旋束DNA折纸-CRISPR复合物用于靶向核仁素的基因组编辑和诊断治疗偶联 | 医学, 合成生物学, 分子数据存储 |
| 583 | 2026-07-07 |
Advancing our understanding of photosynthesis: discoveries and insights from aquatic plants
2027-Jan, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2026.04.036
PMID:42405274
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综述 | 综述了水生植物光合作用可塑性的最新研究进展 | 系统揭示了水生植物特有的单细胞C4光合作用、二态叶绿体和异形叶性等进化创新,并提出了新型模式生物体系 | 未涉及分子机制的具体验证实验 | 通过对比陆生模式植物与水生植物,解析环境压力塑造的不同光合策略 | 高等水生植物及其碳浓缩机制 | 植物学 | NA | 比较基因组学 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 碳中和, 淡水生态系统管理, 作物改良, 合成生物学 |
| 584 | 2026-07-07 |
Applications of Recombinant DNA Technology in Medicine: A Comprehensive Review
2026-Jul-05, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-026-01595-w
PMID:42402538
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综述 | 综述重组DNA技术在医学领域的应用,涵盖治疗、诊断和预防 | 系统总结rDNA技术在生物制药、重组疫苗、基因治疗、分子诊断及个性化医学中的最新进展,并探讨伦理与未来技术方向 | NA | 总结重组DNA技术在医学中的应用及未来潜力 | 重组DNA技术及其在医学中的应用 | 机器学习 | NA | 重组DNA技术,基因克隆,载体设计,CRISPR,PCR,qPCR | NA | NA | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 585 | 2026-07-07 |
Recombinant Protein Drugs: A 2025 Update
2026-Jul, BioDrugs : clinical immunotherapeutics, biopharmaceuticals and gene therapy
IF:5.4Q1
DOI:10.1007/s40259-026-00783-z
PMID:42129013
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综述 | 综述2025年重组蛋白药物的进展,涵盖生产平台、蛋白质工程和监管科学 | 综合了合成生物学、宿主工程和工艺优化的创新,以及模块化蛋白质工程带来的下一代格式如双特异性抗体和纳米抗体 | 未提及具体局限性 | 提供重组蛋白药物领域的最新更新,概述技术如何塑造下一代生物制剂 | 重组蛋白药物及其生产平台、工程技术和监管框架 | NA | 肿瘤、炎症、代谢性疾病等 | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物菌株、哺乳动物细胞、植物平台 | 模块化蛋白质工程,如双特异性抗体、纳米抗体、融合蛋白、自组装生物材料 | 医学 |
| 586 | 2026-07-07 |
Vanadium-dependent haloperoxidases: Recent advances and perspectives
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108797
PMID:41506498
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综述 | 本文综述了钒依赖卤过氧化物酶(VHPOs)在发现、结构功能关系、机制阐明及各种合成应用方面的最新进展 | 重点介绍了对VHPOs卤离子和底物特异性的最新突破,包括底物通道识别和酶结合卤化机制,这些发现挑战了传统的扩散性HOX模型并实现了理性酶工程 | NA | 总结VHPOs在有机合成中的快速进展,并展望其在合成生物学、材料科学和环境生物技术中的应用前景 | 钒依赖卤过氧化物酶(VHPOs) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 酶工程 | NA | NA | 合成生物学, 材料科学, 环境生物技术 |
| 587 | 2026-07-07 |
Rational engineering of combinatorial bacterial therapies for cancer
2026-Jan-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03951-0
PMID:41606628
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综述 | 综述了合理工程化组合细菌疗法在癌症治疗中的应用 | 聚焦于通过合成生物学工具实现细菌的时空控制和群体行为编程,提升肿瘤特异性和免疫调节能力 | 当前临床转化的障碍尚待克服,如安全性、递送效率和免疫逃逸问题 | 探讨合理工程化如何指导下一代微生物疗法 | 工程化细菌作为癌症治疗载体 | 合成生物学 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 遗传电路(包括衰减、载荷释放、免疫调节) | 医学 |
| 588 | 2026-07-07 |
A cybernetic framework for synthetic biological intelligence in the era of neural tissue engineering
2026, Npj unconventional computing
DOI:10.1038/s44335-026-00077-1
PMID:42404109
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综述 | 提出在神经组织工程时代构建合成生物智能的控制论框架 | 首次将控制论原理系统应用于合成生物智能的设计,结合神经组织工程实现基于活体生物计算的认知系统 | NA | 探索利用合成生物学和组织工程技术从零开始设计神经结构,解决人工智能的局限性 | 合成生物智能系统、活体生物计算模块 | 合成生物学、神经工程、控制论 | NA | 神经组织工程、合成生物学组装技术 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 神经回路、生物计算模块 | 医学、人工智能 |
| 589 | 2026-07-07 |
Engineering Biology's Vital Role for Climate Mitigation
2026 Jan-Dec, Engineering biology
DOI:10.1049/enb2.70009
PMID:42404380
|
评论 | 本文探讨工程生物学通过在燃料、化学品、材料和食品系统中去化石化的方式在气候缓解中的潜在作用 | 强调工程生物学在去化石化能源、化学品、材料和食品系统方面可能提供变革性技术选项和商业机会 | 指出约束包括原料可用性、可持续性问题、资本密集度、认证要求和政策不确定性,且工程生物学的贡献不仅取决于技术发展和投资,还依赖于经济可行的供应链和稳定的长期政策框架 | 评估工程生物学在气候缓解中的潜在贡献,并识别其商业挑战和机遇 | 化石燃料、化学品、材料和食品系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境, 能源, 工业生物技术 |
| 590 | 2026-07-07 |
Metabolic engineering of Pichia pastoris for sustainable production of 1,8-cineole from methanol
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1866106
PMID:42404784
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研究论文 | 通过代谢工程改造毕赤酵母,实现从甲醇可持续生产1,8-桉叶素 | 首次在毕赤酵母中实现从甲醇高效合成单萜烯1,8-桉叶素,通过重构甲醇同化途径和调节磷酸戊糖途径非氧化分支显著提高产量 | 未提及产业化规模产量及长期稳定性评估 | 建立基于甲醇同化的高效合成1,8-桉叶素的代谢工程平台,为萜烯绿色生物制造提供新策略 | 毕赤酵母 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | 浓度数据 | 5升生物反应器中的工程菌株 | NA | 毕赤酵母 | 代谢途径重建:引入外源1,8-桉叶素合酶、增强MVA途径、抑制竞争途径、重建甲醇同化途径、调节磷酸戊糖途径非氧化分支、强化甲酸向丝氨酸转化 | 工业生物技术 |
| 591 | 2026-07-07 |
CRISPR/dCas-mediated counter-silencing: reprogramming dCas proteins into antagonists of xenogeneic silencers
2025-07-09, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00382-25
PMID:40434115
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研究论文 | 开发CRISPR/dCas介导的反沉默方法,通过将dCas蛋白重新编程为异源沉默因子的拮抗剂,实现对放线菌中Lsr2样沉默蛋白靶基因的精确上调 | 首次利用核酸酶缺陷的dCas酶(dCas9和dCas12a)对抗Lsr2样异源沉默蛋白,无需启动子序列修饰即可实现反沉默,具有高特异性和低脱靶效应 | 不同靶位置和链上存在CRISPR干扰效应的强度差异,可能需要进一步优化gRNA设计以平衡沉默与干扰 | 开发一种不依赖启动子工程的反沉默策略,精确上调异源沉默蛋白靶向的基因表达 | 天蓝色链霉菌中的CgpS沉默蛋白和结核分枝杆菌中的Lsr2沉默蛋白及其靶基因簇 | 合成生物学 | NA | CRISPR/dCas介导的反沉默(CRISPRcosi)、全基因组转录组分析 | NA | RNA-seq数据 | 多个天蓝色链霉菌和结核分枝杆菌菌株 | CRISPR-dCas9, CRISPR-dCas12a | 天蓝色链霉菌, 结核分枝杆菌 | CRISPR/dCas介导的反沉默系统(CRISPRcosi),通过gRNA/dCasDNA结合靶向沉默蛋白的成核位点 | 生物技术, 合成生物学 |
| 592 | 2026-07-07 |
Cut the noise or couple up: Coordinating circadian and synthetic clocks
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103051
PMID:34568785
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综述 | 本文综述了生物钟与合成生物钟之间的协调机制,强调了耦合与异质性在昼夜节律钟中的重要作用,并整合了时间生物学与合成生物学领域,探讨其振荡器的关键设计原理 | 揭示了昼夜节律钟之间耦合与异质性的有趣二分法,并首次将合成生物学振荡器与昼夜节律振荡器进行平行比较,整合两个领域的设计原则 | NA | 探讨生物钟与合成生物钟的协调机制,并整合时间生物学与合成生物学的设计原则 | 昼夜节律钟和合成生物钟振荡器 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 振荡器 | 农业,生态学,发育生物学,医学 |
| 593 | 2026-07-06 |
Riboregulation in bacteria: From simple switches to complex regulatory networks
2026-06-07, Postepy biochemii
DOI:10.18388/tkbrr231
PMID:42400427
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综述 | 本文综述了细菌中核糖调控从简单开关到复杂调控网络的作用机制和应用 | 系统总结了核糖调控的多层网络特性,包括sRNA结合蛋白和RNA海绵的调控作用,并强调了Hfq-CLASH等现代方法在体内识别这些相互作用的应用 | 未提供具体实验数据或定量分析来支持所述机制 | 阐述细菌核糖调控在适应性中的关键作用及其在合成生物学和抗抗生素耐药性中的应用 | 细菌的核糖调控元件,包括核糖开关、温度传感器、反义RNA和sRNA网络 | 合成生物学 | NA | Hfq-CLASH | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 核糖调控网络,包括开关、传感器和调控回路 | 合成生物学, 医学 |
| 594 | 2026-07-06 |
Beyond the Sequence: Chemical and Topological Design and Innovations in mRNA Therapeutics
2026-Apr-08, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.5c00347
PMID:41875901
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综述 | 综述了mRNA化学和拓扑工程的最新进展,涵盖酶促、化学和混合方法扩展修饰库、线性/环状/分支mRNA拓扑合成策略、结构-活性关系及下一代mRNA治疗应用 | 首次系统性整合mRNA的化学可编程性与拓扑工程(如环状RNA、分支结构、合成套索结构)两个维度,突破传统序列设计范式 | 部分拓扑结构(如合成套索)的体内稳定性与免疫原性数据尚不充分,大规模临床应用仍需验证 | 系统阐述化学与拓扑工程如何调控mRNA稳定性、免疫原性和翻译效率,推动下一代mRNA疗法发展 | 信使RNA(mRNA)分子及其化学修饰与拓扑结构 | 数字生物学, 合成生物学 | 传染病, 肿瘤, 遗传病 | 化学合成, 酶促修饰, 拓扑工程 | NA | NA | NA | NA | NA | 环状RNA, 分支mRNA, 合成套索结构 | 医学 |
| 595 | 2026-07-06 |
Ultrasound-Responsive Engineered Bacteria for Targeted Cancer Therapy: Strategies, Mechanisms, and Applications
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202523952
PMID:41764403
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综述 | 本文综述了超声响应工程菌在靶向癌症治疗中的策略、机制及应用 | 首次系统整合超声与工程菌联合应用的交互机制,提出超声调控生物活性分子和智能药物递送系统的新方向 | 该综述主要总结当前研究进展,未包含具体实验数据或临床验证案例 | 全面理解工程菌修饰方法、作用机制及其与超声联合应用的交互机制,为开发超声响应智能治疗系统提供理论基础 | 工程菌与超声联合应用于肿瘤治疗的研究进展 | 合成生物学 | 肿瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 596 | 2026-07-06 |
Data storage and retrieval with unnatural proteins expressed via E. coli
2026-Feb-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70061-7
PMID:41764153
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研究论文 | 通过大肠杆菌表达的人工随机序列蛋白质实现数据存储与检索 | 将数字数据编码为氨基酸序列并整合到类胶原蛋白模板中,利用大肠杆菌表达实现数据存储;通过胰蛋白酶消化结合LC-MS/MS分析实现完整数据恢复,并展示蛋白质比DNA更高的稳定性以及利用亲和标签实现随机访问和加密数据保护 | 文中未明确提及局限性 | 建立基于蛋白质的数据存储框架,实现高效、稳定的数据存储与检索 | 人工随机序列蛋白质、类胶原蛋白模板、大肠杆菌表达系统 | 合成生物学 | NA | LC-MS/MS | NA | 氨基酸序列、数字数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | NA | 数据存储、合成生物学、蛋白质工程 |
| 597 | 2026-07-06 |
Characterization of a consensus-designed trans-cinnamic acid decarboxylase for styrene biosynthesis
2025-06-11, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00714-25
PMID:40407334
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研究论文 | 表征一种共识设计的反式肉桂酸脱羧酶,用于苯乙烯的生物合成 | 首次通过真菌阿魏酸脱羧酶的多重序列比对的共识蛋白设计,获得一种高效的反式肉桂酸脱羧酶PSC1,并解析了其高分辨率的晶体结构(2.1 Å),揭示了关键催化残基 | 苯乙烯对微生物的毒性仍然是一个挑战,且该酶的工业应用还需进一步优化 | 实现从L-苯丙氨酸两步法生物合成苯乙烯,并表征关键酶PSC1的物理化学性质和三维结构 | 共识设计的反式肉桂酸脱羧酶PSC1,以及溶剂耐受菌株DOT-T1E | 合成生物学 | NA | NA | NA | 结构数据(蛋白质晶体结构) | NA | NA | DOT-T1E(溶剂耐受菌株) | 两步法苯乙烯生物合成途径:L-苯丙氨酸→肉桂酸→苯乙烯 | 工业生物技术 |
| 598 | 2026-07-05 |
The critical patch size problem on networks
2026-Sep, Mathematical biosciences
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.mbs.2026.109749
PMID:42320745
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研究论文 | 研究网络环境中人口持续存活的临界斑块大小问题 | 首次在图论框架内系统研究临界斑块大小,推导出随机网络中保证种群持久生存的谱图参数界限 | 分析依赖于线性化算子特征值条件,可能未完全捕捉非线性动态行为的复杂性 | 探讨强异质介质(网络)中种群动态的临界斑块大小及其影响因素 | 离散晶格、多连接晶格及随机网络上的种群动态 | 网络科学 | NA | NA | 图拉普拉斯算子 | 网络结构数据 | NA | NA | NA | NA | 生态网络、合成生物学、脑连接组神经退行性疾病传播建模 |
| 599 | 2026-07-05 |
Spatial Control of CAR T Cell Activation Using Tumor-Homing Polymers
2025-02-12, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c15442
PMID:39902740
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研究论文 | 提出一种利用肿瘤归巢聚合物实现CAR-T细胞空间激活控制的新框架IMPACT | 首次结合合成生物学与生物材料方法,通过聚合物介导的解剖学控制实现IF-THEN门控CAR-T细胞的靶向激活 | 仅在小鼠肿瘤模型中进行了初步验证,未涉及人体临床试验 | 开发一种通过聚合物介导的肿瘤定位策略,以提高CAR-T细胞治疗的特异性并减少脱靶毒性 | CAR-T细胞及肿瘤归巢聚合物 | 合成生物学, 生物材料 | 肿瘤 | 合成生物学, 生物材料工程 | NA | 动物实验数据 | 小鼠肿瘤模型中的实验样本 | NA | 小鼠 | IF-THEN门控CAR-T细胞电路,通过荧光素标记聚合物触发条件性蛋白表达 | 医学 |
| 600 | 2026-07-05 |
YF17D-based vaccines - standing on the shoulders of a giant
2024-05, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202250133
PMID:38571392
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综述 | 综述基于YF17D的黄热病疫苗平台的研究进展及其在预防和治疗多种疾病中的应用 | 系统总结了YF17D作为疫苗平台的独特免疫原性机制,并展示了其在开发新型重组活疫苗(包括已获批的日本脑炎和登革热疫苗)以及针对新兴病毒感染、寄生虫病、慢性感染和癌症的临床前候选疫苗中的广泛应用 | 历史安全担忧和制造挑战仍需克服,且YF17D疫苗的广泛使用仍需进一步研究 | 综述YF17D作为疫苗平台的最新见解,并探讨其在满足未满足的医疗需求和应对大流行准备中的作用 | 基于YF17D的疫苗及其在预防和治疗疾病中的应用 | NA | 黄热病、日本脑炎、登革热、拉沙热、寨卡病毒病、COVID-19、疟疾、HIV、慢性肝炎、癌症 | 分子病毒学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |