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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2025-10-05 |
Unlocking expanded flagellin perception through rational receptor engineering
2025-Aug, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-02049-y
PMID:40721669
|
研究论文 | 通过理性受体工程拓展植物对细菌鞭毛蛋白的识别范围 | 首次系统鉴定FLS2受体中决定广谱识别能力的关键残基,并成功通过合成生物学方法将广谱识别特性在不同植物FLS2同源物间转移 | 研究主要聚焦于FLS2受体,尚未验证其他植物免疫受体的类似工程化潜力 | 增强植物对病原菌的识别能力以改善病原菌限制 | 植物模式识别受体FLS2及其与细菌鞭毛蛋白flg22的相互作用 | 合成生物学 | 植物细菌性病害 | 多样性分析、AlphaFold建模、氨基酸特性分析、合成生物学 | AlphaFold | 蛋白质序列、结构模拟数据 | 跨三个植物目的FLS2同源物 | 合成生物学 | 植物细胞 | FLS2受体工程改造以增强病原识别 | 农业 |
| 642 | 2025-10-05 |
Engineering Microbial Consortia as Living Materials: Advances and Prospectives
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00313
PMID:39174016
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综述 | 本文综述了基于微生物群体的工程活材料的研究进展与前景 | 系统提出构建微生物群体ELMs的两种策略:自上而下模拟自然生态系统和自下而上理性设计合成群体 | 基于微生物群体的工程活材料仍处于发展阶段 | 探讨工程活材料领域中微生物群体的设计与应用 | 微生物群体和工程活材料 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 合成群体、生态系统重建 | 材料, 工业生物技术 |
| 643 | 2025-10-05 |
Session commentaries: synthetic and constructive biology
2024-Oct, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-024-01219-0
PMID:39618793
|
评论 | 本文总结了IUPAB2024会议上关于体外合成生物学的专题讨论,重点探讨通过构建体外生物分子系统来理解生命细胞的知识 | 聚焦于体外合成生物学这一新兴分支,强调通过非生命细胞的体外重建来研究生命系统 | NA | 探讨合成生物学中“通过构建来学习”的核心理念及其在体外系统的应用 | 体外生物分子系统 | 合成生物学 | NA | 体外重建技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基础研究 |
| 644 | 2025-10-05 |
Optimized CRISPR Interference System for Investigating Pseudomonas alloputida Genes Involved in Rhizosphere Microbiome Assembly
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00312
PMID:39163848
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研究论文 | 开发了一种用于恶臭假单胞菌KT2440的CRISPR干扰系统,用于研究根际微生物组组装中的基因功能 | 设计了包含三种不同启动子系统和假单胞菌密码子优化的dCas9的CRISPRi系统,首次在根际定殖细菌中实现功能验证 | 未提及具体的技术限制 | 开发用于研究根际微生物相互作用的基因调控工具 | 恶臭假单胞菌KT2440及其在根际环境中的基因功能 | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰(CRISPRi) | NA | 基因表达数据、微生物计数数据 | NA | CRISPR-Cas9, mini-Tn7转座子, pSEVA载体 | Pseudomonas alloputida KT2440 | 基因 repression 系统,包含XylS/Pm、LacI/PTac和AraC/PBAD三种启动子系统 | 环境, 工业生物技术 |
| 645 | 2025-10-05 |
Intelligent Design of Microbial Carbohydrate Factories: Integrated Chassis-Tools-Strategies Frameworks
2025-Aug-20, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c05803
PMID:40788265
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综述 | 本文综述了微生物碳水化合物工厂的智能设计方法,提出了集底盘-工具-策略于一体的综合框架 | 建立了多维度的碳水化合物生物合成系统智能设计理论框架,整合了底盘生物特性、计算与实验工具以及代谢工程策略 | NA | 开发工程化碳水化合物合成微生物工厂的综合方法 | 工业底盘生物及其碳水化合物合成代谢途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、计算建模 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 大肠杆菌, 酿酒酵母, 枯草芽孢杆菌 | 代谢途径优化、途径重建、动态控制机制 | 食品, 制药, 农业, 化学工业 |
| 646 | 2025-10-05 |
Biotechnological advances in algae-based foods: applications in nutrition and microbiome health
2025-Aug, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103335
PMID:40628054
|
综述 | 本文综述藻类在食品生物技术中的进展,重点关注其在营养和肠道微生物健康方面的应用 | 系统阐述合成生物学和发酵技术在藻类营养强化及新型功能食品开发中的应用创新 | NA | 探讨藻类作为可持续食品资源的生物技术应用潜力 | 藻类及其生物活性成分 | 食品生物技术 | NA | 合成生物学、发酵技术、酶水解 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物系统 | NA | 食品、营养 |
| 647 | 2025-10-05 |
Targeting solid tumor antigens with chimeric receptors: cancer biology meets synthetic immunology
2024-04, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2024.01.003
PMID:38355356
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综述 | 本文综述了靶向实体瘤抗原的嵌合抗原受体T细胞疗法,结合癌症生物学与合成免疫学视角探讨其发展现状 | 从癌症生物学和基因调控角度系统分析实体瘤靶抗原,并整合新兴合成生物学策略在细胞免疫治疗中的应用 | NA | 探讨实体瘤靶向CAR-T细胞疗法的发展现状和未来方向 | 实体瘤靶抗原和嵌合抗原受体T细胞疗法 | 合成免疫学 | 实体瘤 | 嵌合抗原受体T细胞疗法 | NA | 临床数据 | NA | NA | T细胞 | 嵌合抗原受体设计 | 医学 |
| 648 | 2025-10-05 |
Live-cell synthesis of biocompatible quantum dots
2025-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01133-5
PMID:40097832
|
研究论文 | 开发了一种在活细胞内合成生物相容性量子点的新方法 | 通过精确时空序列耦合细胞内代谢途径实现活细胞合成量子点,并建立仿细胞内环境的无细胞合成系统 | NA | 开发生物相容性量子点的合成方法 | 量子点 | 合成生物学 | NA | 活细胞合成,无细胞合成系统 | NA | NA | 酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7细胞、MDCK细胞 | 代谢工程 | 酿酒酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7细胞、MDCK细胞 | 代谢途径耦合 | 医学 |
| 649 | 2025-10-05 |
Fabrication of cyborg bacterial cells as living cell-material hybrids using intracellular hydrogelation
2024-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01035-6
PMID:39174659
|
研究论文 | 开发了一种在细菌细胞内组装合成聚合物网络的方案,制造出无法分裂但能抵抗环境压力的细胞-材料混合体 | 首次实现了细菌细胞内合成聚合物网络的组装,创造了兼具合成材料工程简易性和天然细胞功能性的新型细胞底盘 | 需要微生物学技术、水凝胶化学、荧光显微镜和流式细胞术等专业知识,功能化扩展需要合成基因电路工程和水凝胶聚合化学技能 | 开发结合合成材料工程简易性和天然细胞功能性的新型细胞底盘 | 细菌细胞 | 合成生物学 | NA | 细胞内水凝胶化、荧光显微镜、流式细胞术 | NA | NA | NA | 细胞内水凝胶化 | 细菌 | 合成聚合物网络 | 生物技术、生物医学工程、活体治疗 |
| 650 | 2025-10-05 |
Computational tools for plant genomics and breeding
2024-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2578-6
PMID:38676814
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综述 | 本文综述了植物基因组学和作物育种领域的计算工具及其应用进展 | 整合高通量测序与数据科学技术,在基因组组装、注释和表观遗传分析等方面取得突破,并推动作物复杂性状遗传解析、比较基因组学及深度学习生物序列设计三大发展方向 | NA | 探讨计算工具在植物基因组学与育种中的应用与发展方向 | 植物基因组与作物育种技术 | 生物信息学 | NA | 高通量测序, 深度学习 | 深度学习 | 基因组数据, 表观遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 651 | 2025-10-05 |
Molecular logic gates based on programmable self-assembly of DNA origami triangles for the detection of nucleic acid molecules
2025-Aug-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-15119-0
PMID:40783588
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于DNA折纸三角形自组装的分子逻辑门平台,用于检测核酸分子 | 将DNA折纸纳米结构与分子逻辑门集成,实现了目标驱动的层次自组装和布尔逻辑运算 | NA | 开发可编程核酸检测平台,推动动态分子计算领域发展 | DNA折纸三角形结构、核酸分子生物标志物 | 分子纳米技术 | 肺癌 | DNA折纸、原子力显微镜(AFM)、链置换技术 | 布尔逻辑门(YES、AND、OR) | 纳米尺度图像数据 | NA | DNA折纸 | NA | 基于DNA折纸三角形的分子逻辑门(YES、AND、OR)、可重置自适应反馈系统 | 医学诊断、合成生物学、纳米医学 |
| 652 | 2025-10-05 |
Integrating metagenomics and high-throughput screening for bioprospecting marine producers of polyhydroxyalkanoates
2025-Aug-04, Letters in applied microbiology
IF:2.0Q4
DOI:10.1093/lambio/ovaf096
PMID:40674061
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研究论文 | 本研究通过宏基因组分析和定向培养基开发,从海洋环境中筛选出102株PHA生产菌株,并建立了高通量筛选平台 | 开发了结合尼罗红荧光强度与PHA含量定量关联的高通量筛选方法,有效解决荧光筛选假阳性问题,并发现一株高性能新菌株Halomonas olivaria | NA | 开发可持续生产生物可降解材料聚羟基脂肪酸酯的微生物资源和生产技术 | 海洋环境微生物群落和PHA生产菌株 | 工业生物技术 | NA | 宏基因组分析, 气相色谱, 荧光定量, 高通量筛选 | NA | 基因组数据, 化学分析数据 | 102株PHA生产菌株,来自不同海洋栖息地包括咸淡水界面和深海沉积物 | NA | Halomonas olivaria | NA | 材料, 环境, 工业生物技术 |
| 653 | 2025-10-05 |
Framing synthetic biology as an innovation-driven market
2025-Aug, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.02.003
PMID:39984349
|
研究论文 | 提出了一个合成生物学市场框架以统一对其商业潜力的理解 | 区分专业合成生物学市场与更广泛的产品市场,并提出专门的市场框架 | NA | 构建合成生物学市场框架以明确其商业潜力 | 合成生物学市场及其商业潜力 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 654 | 2025-10-05 |
The XNA alphabet
2025-Jul-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf635
PMID:40650979
|
综述 | 本文系统综述了糖修饰的异源核酸(XNA)的结构分类、构象特性及其在生物技术和合成生物学中的应用前景 | 提出了XNA字母表的概念,系统分类了能与天然核酸相互作用和正交的两类XNA系统,阐明了糖组分对XNA构象空间和杂交特性的决定性作用 | NA | 总结糖修饰XNA系统的构象行为原理及其在合成遗传学、核酸治疗等领域的应用潜力 | 糖修饰的异源核酸(XNA)系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物技术, 医学诊断, 纳米技术 |
| 655 | 2025-10-05 |
Direct and quantitative analysis of tRNA acylation using intact tRNA liquid chromatography-mass spectrometry
2025-05, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01086-9
PMID:39762443
|
研究论文 | 开发了一种基于完整tRNA液相色谱-质谱联用技术的直接定量分析tRNA酰化方法 | 首次使用完整tRNA的LC-MS方法直接监测aaRS活性,可检测低至0.23%的反应产率,并能检测传统方法无法检测的flexizyme酰化产物 | 需要分子生物学、液相色谱-质谱和无RNase技术的基础专业知识,完成实验至少需要5小时 | 开发定量分析tRNA酰化的新方法 | 氨基酰-tRNA合成酶(aaRSs)催化的tRNA酰化反应 | 分析化学 | NA | 液相色谱-质谱联用(LC-MS),离子对反相色谱,高分辨率飞行时间质谱 | NA | 质谱数据 | NA | flexizyme | NA | NA | 合成生物学,基础研究 |
| 656 | 2025-10-05 |
Words Are Essential, but Underexamined, Research Tools for Microbes and Microbiomes
2021-Aug-31, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00769-21
PMID:34463574
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研究论文 | 本文探讨语言和隐喻在微生物及微生物组研究中作为科学建构工具的作用 | 首次系统分析隐喻如何塑造合成生物学和微生物组研究中与微生物工作的可能性 | NA | 研究语言工具如何构建科学观察和期望,确保所选工具适合研究目标 | 微生物研究中的语言和隐喻工具 | NA | NA | NA | NA | 文本分析 | NA | NA | 酵母, 细菌 | NA | 合成生物学, 微生物组研究 |
| 657 | 2025-10-05 |
Retooling Microbiome Engineering for a Sustainable Future
2021-Aug-31, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00925-21
PMID:34463582
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评论 | 讨论如何利用系统生物学和合成生物学工具重新设计微生物组工程方法以应对未来可持续发展挑战 | 提出将系统生物学、合成生物学、自动化和机器学习相结合的新工程范式,实现对微生物组的精确操控 | NA | 探讨如何改进微生物组工程方法以更好地应对可持续发展需求 | 微生物群落及其在生物技术中的应用 | 合成生物学 | NA | 系统生物学、合成生物学、机器学习 | NA | NA | NA | NA | 非模式微生物、微生物组 | 代谢网络 | 环境,工业生物技术 |
| 658 | 2025-10-05 |
Deciphering and Predicting Thermal and pH Stabilities of Triplex DNA Under Multifactorial Conditions
2025-Aug-11, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202507190
PMID:40498537
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研究论文 | 本研究通过开发高通量5DFRETMA方法,系统解析了环境因素和序列特征对三链DNA稳定性的影响 | 开发了高通量5D荧光共振能量转移熔解退火方法,首次实现了多因素条件下三链DNA热稳定性和pH稳定性的预测 | NA | 揭示环境和序列因素如何调控三链DNA稳定性 | 三链DNA | 合成生物学 | NA | 5D荧光共振能量转移熔解退火 | 预测模型 | 荧光共振能量转移数据 | 测试了414组缓冲条件 | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学 |
| 659 | 2025-10-05 |
Chemistry and biology of natural stilbenes: an update
2025-02-19, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00033a
PMID:39711130
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综述 | 系统回顾2009-2023年间发现的409种天然二苯乙烯类化合物,重点分析寡聚二苯乙烯的结构分类、仿生合成及生物活性 | 首次系统梳理近15年新发现的二苯乙烯类化合物,特别关注具有独特骨架的寡聚二苯乙烯及其绝对立体化学研究 | 仅涵盖2009-2023年间报道的化合物,未涉及更早期的研究成果 | 总结天然二苯乙烯类化合物的化学结构与生物活性研究进展 | 天然二苯乙烯类化合物,特别是寡聚二苯乙烯 | 天然产物化学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 文献数据 | 409种新二苯乙烯化合物 | NA | NA | NA | 医药 |
| 660 | 2025-10-05 |
Scaling up for success: from bioactive natural products to new medicines
2024-12-11, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00022f
PMID:39129507
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观点文章 | 介绍诺华公司在天然产物药物发现领域的工具、挑战和成功经验 | 整合基因组工程和数据科学等新技术,探索抗体药物偶联物、放射性配体疗法和xRNA药物等新治疗模式 | NA | 推动天然产物从早期研究向开发和临床应用转化 | 微生物菌株和分离的天然产物 | 药物发现 | NA | 基因组工程、数据科学、计算生物学、合成生物学 | NA | NA | 90,000个微生物菌株和20,000个分离的天然产物 | NA | NA | NA | 医药 |