合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-01-14	A Linear Mixed Effects Model for Evaluating Synthetic Gene Circuits 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.30.630778 PMID:39803539	研究论文	本文提出了一种线性混合效应模型，用于评估合成基因电路的性能	首次将线性混合效应模型应用于合成基因电路的统计分析，提出固定效应β作为电路性能的描述符	未提及具体局限性	标准化用于评估合成基因电路性能的统计方法	合成基因电路的布尔逻辑门性能	合成生物学	NA	线性混合效应模型、k-means聚类、蒙特卡洛模拟	线性混合效应模型	实验数据	144个已发布的布尔逻辑门
642	2025-01-14	Plasmid Stability Analysis with Open-Source Droplet Microfluidics 2024-Dec-27, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67659 PMID:39803963	研究论文	本研究介绍了一种基于开源硬件的微流体工作流程，用于通过培养单细胞在凝胶微滴中并使用荧光显微镜量化微菌落来分析质粒保留	采用开源硬件实现精确的流量控制和温度管理，提高了工作流程的易用性、鲁棒性和可访问性	研究主要使用大肠杆菌作为实验模型，尽管方法具有广泛适用性，但尚未在其他生物体中验证	分析质粒保留，以支持合成生物学中无抗生素选择的功能性质粒维持	质粒和大肠杆菌	合成生物学	NA	微流体技术、荧光显微镜	NA	图像数据	大量微滴和微菌落
643	2025-01-13	Expression of Viral DNA Polymerase in Synthetic Recombinant Adeno-Associated Virus Producer Cell Line Enhances Full Particle Productivity 2025-Feb, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.28885 PMID:39578398	研究论文	本文介绍了一种通过表达HSV-1 DNA聚合酶来提高重组腺相关病毒（rAAV）生产效率和完整颗粒含量的合成生物学策略	通过将HSV-1的DNA聚合酶复合物编码序列整合到HEK293细胞系中，显著提高了rAAV基因组的扩增效率和完整颗粒含量	研究仅针对rAAV2和rAAV8两种血清型，未验证其他血清型的效果	提高重组腺相关病毒的生产效率和完整颗粒含量，以满足基因治疗中日益增长的临床需求	重组腺相关病毒（rAAV）	合成生物学	NA	合成生物学策略，HSV-1 DNA聚合酶表达	NA	NA	HEK293细胞系及其衍生细胞系（如GX6B）
644	2025-01-13	Engineering Saccharomyces cerevisiae for medical applications 2025-Jan-09, Microbial cell factories IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12934-024-02625-5 PMID:39789534	综述	本文综述了工程化酿酒酵母在医学领域的主要应用，包括作为药物和疫苗的细胞工厂、诊断和仿生测定的生物传感器，以及用于智能原位治疗肠道疾病的活体生物治疗产品	探讨了酿酒酵母从食品工业工具到医疗应用的转变，特别是在合成生物学推动下的创新应用	该领域仍面临挑战，尽管发展迅速，但仍需克服一些主要障碍	研究工程化酿酒酵母在医学领域的应用潜力	酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）	合成生物学	肠道疾病	基因工程	NA	NA	NA
645	2025-01-12	Light-activated channelrhodopsins: a revolutionary toolkit for the remote control of plant signalling 2025-Feb, The New phytologist DOI:10.1111/nph.20311 PMID:39632281	研究论文	本文综述了光激活通道视紫红质（CHRs）在高等植物信号传导中的应用进展，并探讨了其在植物生物学远程控制中的潜在用途	利用CHRs作为光遗传学工具，精确控制和理解高等植物中的电信号和次级信使信号，开辟了植物研究的新领域	NA	探索CHRs在高等植物信号传导中的应用及其在植物生物学远程控制中的潜力	高等植物	合成生物学	NA	光遗传学	NA	NA	NA
646	2025-01-12	Metabolic engineering of Yarrowia lipolytica for the production and secretion of the saffron ingredient crocetin 2025-Jan-07, Biotechnology for biofuels and bioproducts IF:3.3Q3 DOI:10.1186/s13068-024-02598-y PMID:39773299	研究论文	本研究通过代谢工程和发酵优化，首次在工业酵母Yarrowia lipolytica中实现了藏红花成分crocetin的从头生物合成，并达到了比已知报告更高的产量	首次在Yarrowia lipolytica中实现crocetin的从头生物合成，并通过温度转换发酵策略和培养基优化显著提高了crocetin和zeaxanthin的产量	研究主要局限于实验室规模的摇瓶发酵，尚未进行大规模工业应用的验证	通过代谢工程和合成生物学方法，实现crocetin的可持续生产	Yarrowia lipolytica酵母	代谢工程	NA	代谢工程、合成生物学、发酵优化	NA	NA	NA
647	2025-01-12	Synthetic biology approaches and bioseparations in syngas fermentation 2025-Jan, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.07.008 PMID:39168757	综述	本文综述了合成生物学方法和生物分离技术在合成气发酵中的应用，探讨了微生物、气体组成影响、分离技术、技术经济分析及商业化努力	本文强调了基因工具和代谢工程在扩展产品范围方面的进展，以及加速非模式生物菌株开发的关键技术	合成气成分不可预测和微生物发酵污染等问题仍是规模化应用的挑战	探讨合成气发酵作为化石燃料替代品的潜力及其在环境挑战中的解决方案	合成气发酵中的微生物及其代谢产物	合成生物学	NA	基因工具、代谢工程、生物分离技术	NA	NA	NA
648	2025-01-12	Programming mammalian cell behaviors by physical cues 2025-Jan, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.07.014 PMID:39179464	综述	本文综述了在工程化哺乳动物细胞中物理控制蛋白表达领域的最新进展，探讨了用于感知物理信号并产生相应输出的遗传工具和合成策略	探讨了利用物理信号（如光、磁场、温度等）精确调控细胞行为的最新进展和遗传工具	讨论了这些工具在精确性和效率方面的局限性	研究物理信号如何调控工程化哺乳动物细胞的行为	工程化哺乳动物细胞	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
649	2025-01-12	Molecular Engineering of Functional SiRNA Agents 2024-Jun-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00181 PMID:38733599	研究论文	本文介绍了一种创新的生物工程平台，通过细菌发酵高产大规模生产生物小干扰RNA（BioRNA/siRNA）制剂	开发了一种新的tRNA融合pre-miRNA载体，能够在活体宿主细胞内生产多种形式的BioRNA/siRNA制剂，并实现了九种目标BioRNA/siRNA分子的高水平过表达	未提及具体的技术局限或挑战	推进合成生物学领域，为研究和药物开发提供一种新型平台，以生物工程功能性siRNA制剂	生物小干扰RNA（BioRNA/siRNA）制剂	合成生物学	NA	细菌发酵，tRNA融合pre-miRNA载体	NA	NA	每0.25升细菌培养物中生产3-10毫克BioRNA/siRNA
650	2025-01-12	Bacterial imaging in tumour diagnosis 2024-06, Microbial biotechnology IF:4.8Q1 DOI:10.1111/1751-7915.14474 PMID:38808743	研究论文	本文探讨了细菌成像在肿瘤诊断中的应用，介绍了不同成像技术及其在肿瘤相关细菌监测中的潜力	提出细菌成像作为一种新型且有前景的肿瘤诊断方法，结合合成生物学和纳米材料工程技术，提升细菌的存活率和定位能力	肿瘤内细菌丰度较低且分布不均，空间数据集的高维度性以及成像标记工具的局限性	研究细菌成像技术在肿瘤诊断中的应用，以改善肿瘤的诊断和治疗	肿瘤相关细菌，如大肠杆菌（E. coli）和鼠伤寒沙门氏菌（S. typhimurium）	数字病理学	肿瘤	光学成像、声学成像、磁共振成像（MRI）、核医学成像（PET和SPECT）	NA	图像	NA
651	2025-01-11	Intratumoral Injection of Engineered Mycobacterium smegmatis Induces Antitumor Immunity and Inhibits Tumor Growth 2025, Biomaterials research IF:8.1Q1 DOI:10.34133/bmr.0130 PMID:39780958	研究论文	本文研究了通过瘤内注射工程化耻垢分枝杆菌（rM-FC）来诱导抗肿瘤免疫并抑制肿瘤生长	使用合成生物学方法改造耻垢分枝杆菌，使其表达Fms样酪氨酸激酶3配体和共刺激分子CD40darpin的融合蛋白，从而有效招募和激活树突状细胞，增强抗肿瘤免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索通过工程化微生物增强抗肿瘤免疫反应的方法	B16F10小鼠黑色素瘤模型	免疫治疗	黑色素瘤	合成生物学	NA	NA	B16F10小鼠模型
652	2025-01-07	Precision tumor treatment utilizing bacteria: principles and future perspectives 2025-Jan-04, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13378-x PMID:39754636	综述	本文系统阐述了基于细菌的肿瘤治疗的分类和机制，以及构建细菌-纳米材料纳米生物杂化体的策略	整合合成生物学和纳米医学到工程化细菌中，以增强其疗效和可控性	质量控制和基于细菌的肿瘤治疗的监管挑战	探讨基于细菌的肿瘤治疗的原理和未来前景	肿瘤细胞和肿瘤免疫抑制微环境	生物医学工程	肿瘤	基因工程、合成生物学、纳米医学	NA	NA	NA
653	2025-01-07	CTGCT, Centre of Excellence for the Technologies of Gene and Cell Therapy: Collaborative translation of scientific discoveries into advanced treatments for neurological rare genetic diseases and cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.051 PMID:39760072	研究论文	本文介绍了斯洛文尼亚国家化学研究所建立的基因与细胞治疗技术卓越中心（CTGCT），旨在推动癌症免疫治疗和神经系统罕见遗传疾病的个性化治疗	CTGCT是斯洛文尼亚首个此类中心，致力于将基础研究成果转化为临床应用，特别是在基因和细胞治疗领域	文章未提及具体的研究限制或挑战	推动基因和细胞治疗技术的发展，特别是癌症免疫治疗和神经系统罕见遗传疾病的个性化治疗	癌症患者和神经系统罕见遗传疾病患者	基因与细胞治疗	癌症、神经系统罕见遗传疾病	基因编辑、RNA技术、免疫调节工程、病毒和非病毒传递系统	NA	NA	NA
654	2025-01-07	Toward the Exploitation of Sustainable Green Factory: Biotechnology Use of Nannochloropsis spp 2024-Apr-25, Biology DOI:10.3390/biology13050292 PMID:38785776	综述	本文综述了利用Nannochloropsis spp作为绿色生物工厂的现状，特别是核基因操作技术的应用	探讨了合成生物学和基因工具在Nannochloropsis spp中的应用，以提高其作为绿色生物工厂的潜力	Nannochloropsis spp的工业应用尚未实现，仍需进一步研究	探索利用Nannochloropsis spp作为可持续绿色生物工厂的潜力	Nannochloropsis spp微藻	生物技术	NA	核基因操作技术	NA	NA	NA
655	2025-01-06	The amino acid alphabet and the architecture of the protein sequence-structure map. I. Binary alphabets 2014-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1003946 PMID:25473967	研究论文	本文探讨了蛋白质序列与结构之间的对应关系，即序列-结构映射，以及单体间相互作用类型对这一映射的影响	通过简单的蛋白质模型和二元字母表的随机样本，研究了势能函数的相对力对序列-结构映射架构的影响，并揭示了自然氨基酸中存在的强烈偏向性	研究依赖于简化的蛋白质模型和二元字母表，可能无法完全反映自然蛋白质的复杂性	探索势能函数的相对力对蛋白质序列-结构映射架构的影响	蛋白质序列和结构	结构生物学	NA	NA	NA	序列数据	随机样本的二元字母表势能函数空间
656	2025-01-05	A single-plasmid-based, easily curable CRISPR/Cas9 system for rapid, iterative genome editing in Pseudomonas putida KT2440 2024-Dec-30, Microbial cell factories IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12934-024-02634-4 PMID:39734219	研究论文	本文开发了一种基于单质粒的CRISPR/Cas9系统，用于在Pseudomonas putida KT2440中进行快速迭代基因组编辑	开发了一种易于消除的CRISPR/Cas9系统，能够在不到1.5天内完成一次编辑，是目前最快的P. putida迭代基因组编辑系统	NA	开发一种快速、高效的基因组编辑系统，用于P. putida的基因工程	Pseudomonas putida KT2440	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	9次删除、3次替换和2次插入的实验验证
657	2025-01-05	Genetically encoded biosensors for the circular plastics bioeconomy 2024-Dec, Metabolic engineering communications IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mec.2024.e00255 PMID:39737114	综述	本文综述了基因编码生物传感器在循环塑料生物经济中的应用，包括其开发和应用	提出了基因编码生物传感器在循环塑料生物经济中的双重作用，即促进塑料的生产和回收/升级	文章主要集中于已有生物传感器的总结，缺乏对新技术的深入探讨	探讨基因编码生物传感器在循环塑料生物经济中的应用	塑料前体/单体的生物传感器	合成生物学	NA	基因编码生物传感器	NA	NA	NA
658	2025-01-05	R3Design: deep tertiary structure-based RNA sequence design and beyond 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae682 PMID:39737572	研究论文	本文介绍了一种基于RNA三级结构的序列设计方法R3Design，该方法在RNA序列设计中优先考虑三级结构，显著提高了序列设计的准确性和效率	R3Design方法首次将RNA序列设计的重点从二级结构转移到三级结构，显著提升了序列恢复率和Macro-F1分数，超越了传统的二级结构设计方法	NA	开发一种基于RNA三级结构的序列设计方法，以推动RNA治疗应用和合成生物学的发展	RNA分子	生物信息学	NA	NA	NA	RNA序列数据	多个数据集
659	2025-01-05	Non-small-molecule therapeutics for drug addiction: From pharmaco-kinetics modulating to synthetic biology 2024-Nov, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2022.09.027 PMID:39734543	研究论文	本文探讨了非小分子疗法在药物成瘾治疗中的应用，从药代动力学调节到合成生物学	提出了通过基因编辑技术进行基因治疗，构建可编程基因开关以响应非法药物，从而实现长期稳定的酶和其他效应蛋白的递送	生物大分子通常不稳定且半衰期短	开发新型有效的药物成瘾治疗方法	药物成瘾患者	合成生物学	药物成瘾	基因编辑技术	NA	NA	NA
660	2025-01-05	Inert splint-driven oligonucleotide assembly 2024, Synthetic biology (Oxford, England) DOI:10.1093/synbio/ysae019 PMID:39734808	研究论文	本文介绍了一种新的寡核苷酸片段组装方法，称为splint-driven assembly reaction	该方法使用了一种一管式的splint-driven组装反应，不同于依赖短且高度纯化的寡核苷酸的聚合酶链式组装和连接酶链式组装	NA	开发一种新的寡核苷酸片段组装方法，用于合成生物学、定向进化、功能蛋白测定等领域	寡核苷酸片段	合成生物学	NA	Oxford Nanopore测序、Sanger测序	NA	DNA序列	741-bp基因片段