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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2025-10-05 |
Combing Directed Enzyme Evolution with Metabolic Engineering to Develop Efficient Microbial Cell Factories
2025-Aug-28, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.5c00002
PMID:40901576
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综述 | 本文综述了将定向酶进化与代谢工程相结合开发高效微生物细胞工厂的策略与方法 | 系统整合传统与数据驱动的定向进化策略(包括随机文库设计、半理性设计、智能文库设计和连续进化)与代谢工程方法,突破经典代谢工程仅关注基因表达水平的局限 | 未具体说明应用案例的详细实验数据,主要聚焦于方法论层面的讨论 | 开发高效微生物细胞工厂以实现可再生原料的可持续化学生产 | 微生物细胞工厂中的酶蛋白和代谢途径 | 合成生物学 | NA | 定向进化、蛋白质工程、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 代谢途径优化 | 工业生物技术 |
| 642 | 2025-10-05 |
Yeasts in traditional Baijiu fermentation: diversity, functions, microbial interactions and applications
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1652173
PMID:40901081
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综述 | 系统总结中国传统白酒发酵过程中酵母菌的多样性、功能、微生物互作及应用研究进展 | 整合多组学技术揭示非酿酒酵母功能特性及微生物互作机制,提出合成生物学指导菌株开发的新方向 | 主要基于现有文献总结,缺乏原始实验数据验证 | 深入理解白酒发酵过程中酵母菌的生态功能并推动优质智能化白酒生产 | 白酒发酵过程中的酵母菌群落 | 微生物生态学 | NA | 高通量测序,宏基因组学,多组学技术 | NA | 基因组数据,代谢组数据 | NA | 合成生物学 | 酵母菌 | NA | 食品,工业生物技术 |
| 643 | 2025-10-05 |
Advances in adaptive laboratory evolution applications for Escherichia coli
2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.07.011
PMID:40893470
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综述 | 本文综述了大肠杆菌适应性实验室进化(ALE)应用的最新进展 | 整合高通量组学和分子工具与ALE技术,显著增强基因型-表型关系图谱构建和突变景观表征 | NA | 探讨ALE在大肠杆菌研究中的方法原理、实验设计范式和应用进展 | 大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | 下一代测序, 分子生物学, 高通量组学 | NA | NA | NA | 适应性实验室进化(ALE) | 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 644 | 2025-10-05 |
Current advancements in the investigation of mitochondria-targeting organic sensitizers in cancer immunotherapy
2025-Sep-05, Biomaterials science
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5bm01193k
PMID:40910367
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综述 | 系统总结线粒体靶向有机敏化剂在癌症免疫治疗中的最新研究进展 | 聚焦2023-2025年新兴的线粒体靶向有机敏化剂,揭示其通过破坏线粒体稳态诱导多种程序性细胞死亡并协调抗肿瘤免疫应答的创新机制 | 存在线粒体靶向效率受跨膜转运和肿瘤微环境pH波动影响、金属有机复合物非特异性金属离子释放的全身毒性风险、长期生物相容性评估不足、以及主要依赖简化肿瘤模型未能充分反映临床异质性等问题 | 探讨线粒体靶向有机敏化剂在癌症免疫治疗中的应用潜力 | 线粒体靶向有机敏化剂及其介导的免疫调节机制 | 癌症免疫治疗 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 645 | 2025-10-05 |
Structural basis of the RNA-mediated Retron-Eco2 oligomerization
2025-Sep-02, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-025-00823-y
PMID:40897710
|
研究论文 | 本研究揭示了Retron-Eco2抗噬菌体防御系统的结构与功能机制 | 首次解析了Retron-Eco2形成自抑制性三聚体组装的分子机制,并发现其效应结构域具有RNase活性 | NA | 阐明Retron-Eco2抗噬菌体防御系统的结构与功能机制 | Retron-Eco2复合物(包含ncRNA、msDNA和RT-Toprim融合蛋白) | 结构生物学 | NA | 结构生物学分析 | NA | 结构数据 | NA | NA | 细菌 | 抗噬菌体防御系统 | 生物技术,合成生物学 |
| 646 | 2025-10-05 |
AlphaDesign: a de novo protein design framework based on AlphaFold
2025-Sep, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00119-z
PMID:40527958
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研究论文 | 介绍基于AlphaFold的从头蛋白质设计框架AlphaDesign,能够快速生成具有可控相互作用、构象和寡聚状态的蛋白质 | 将AlphaFold与自回归扩散模型相结合,无需类别依赖的模型重新训练或微调即可实现蛋白质设计 | NA | 开发通用的从头蛋白质设计框架 | 蛋白质设计与细菌噬菌体防御系统抑制剂 | 合成生物学 | NA | 自回归扩散模型 | AlphaFold, 扩散模型 | 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 647 | 2025-10-05 |
Scale-dependent analysis of structure and electrical activity in kombucha mats and proteinoid-actin assemblies
2025-Sep, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146385
PMID:40796039
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研究论文 | 本研究详细分析了康普茶菌膜和类蛋白-肌动蛋白组装体在不同尺度下的结构特性和电活动模式 | 揭示了生物系统中类分形模式与真实分形几何的关键区别,证明复杂组织和电活动可在不具备完全自相似性的情况下产生 | NA | 探索生物和预生物系统中尺度依赖的结构特性和电活动模式 | 康普茶菌膜和类蛋白-肌动蛋白组装体 | 复杂系统生物学 | NA | 非线性热感应响应分析,电活动模式分析 | NA | 结构数据,电活动数据 | NA | NA | NA | NA | 仿生材料科学,合成生物学 |
| 648 | 2025-10-05 |
Synthetic biology: pioneering the next bio revolution for a sustainable planet
2025-Sep-01, Journal of applied microbiology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jambio/lxaf202
PMID:40833632
|
综述 | 本文探讨微生物合成生物学在推动生物基经济发展和应对环境挑战中的作用 | 系统整合微生物合成生物学在多领域的应用案例,强调其向生物基经济转型的变革潜力 | NA | 阐明微生物合成生物学在解决污染、粮食安全、能源需求等全球挑战中的贡献 | 微生物合成生物学的技术应用和发展趋势 | 合成生物学 | NA | 基因工程、生物合成 | NA | 多学科研究数据 | NA | CRISPR-Cas9, 基因工程 | 藻类, 异养微生物, 米曲霉, 酿酒酵母, 大肠杆菌 | 生物传感器, 代谢通路工程 | 环境, 能源, 农业, 医药, 材料, 工业生物技术 |
| 649 | 2025-10-05 |
Microbial-Derived Anti-Cancer Compounds: Advances in Drug Discovery, Bioengineering, and Therapeutic Applications
2025-Sep-01, Anti-cancer agents in medicinal chemistry
IF:2.6Q3
|
综述 | 本文综述了微生物来源抗癌化合物的发现、生物工程改造及治疗应用的最新进展 | 整合人工智能与纳米技术加速微生物来源抗癌药物的发现和递送系统开发 | 缺乏体内验证和全面的药代动力学数据,临床转化面临挑战 | 加速微生物来源抗癌化合物的发现和临床应用 | 微生物代谢产物及其衍生的抗癌化合物 | 机器学习 | 癌症 | 人工智能、机器学习、分子对接、定量构效关系建模 | QSAR模型 | 化学结构数据、生物活性数据 | NA | 合成生物学 | 微生物菌株 | 生物活性化合物增强生产途径 | 医药 |
| 650 | 2025-10-05 |
Active learning-guided optimization of cell-free biosensors for lead testing in drinking water
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671382
PMID:40894645
|
研究论文 | 开发了一种基于机器学习的细胞游离生物传感器优化方法,用于饮用水铅检测 | 采用多目标机器学习引导的细胞游离基因表达工作流程,通过定向标记捕获aTF突变对性能的影响 | NA | 优化基于变构转录因子的生物传感器性能,用于环境监测和人类健康 | PbrR变构转录因子及其在铅检测中的应用 | 合成生物学 | 重金属污染相关健康风险 | 机器学习,细胞游离基因表达,定向进化 | 机器学习模型 | 序列到功能数据 | NA | 细胞游离系统 | 无细胞表达系统 | 基于aTF的生物传感器,铅检测电路 | 环境,医疗诊断 |
| 651 | 2025-10-05 |
Toward a monocot SynBio toolkit: assessing regulatory element performance and eudicot compatibility
2025-Aug-08, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-025-03583-x
PMID:40779074
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研究论文 | 本研究构建并评估了一个包含80个遗传调控元件的组合库,用于单子叶植物的合成生物学应用 | 开发了新颖的CaMV 35S启动子与病毒5'UTR序列组合,其表达水平接近强病毒启动子融合;新发现的植物小热休克蛋白3'UTR序列能显著增强报告基因表达 | 研究主要基于玉米原生质体和本氏烟的瞬时表达系统,尚未在完整植株中进行长期验证 | 解决禾谷类作物和禾草遗传工程中合适调控元件相对缺乏的问题 | 玉米原生质体和本氏烟叶片 | 合成生物学 | NA | 原生质体转化、农杆菌浸润、荧光测定 | NA | 荧光表达数据 | 80个遗传调控元件组合,在两种植物系统中测试 | 农杆菌浸润 | 玉米, 本氏烟 | 遗传调控元件组合库,包括启动子、5'UTR、启动子-5'UTR融合和3'UTR序列 | 农业, 工业生物技术 |
| 652 | 2025-10-05 |
Advancements in DNA-Driven Precision Modulation of Cell Surface Receptor for Programmable Cellular Functions
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505073
PMID:40588818
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综述 | 本文系统总结了基于DNA的受体工程策略在精确调控细胞表面受体功能方面的最新进展 | 整合遗传和非遗传DNA工程策略,利用DNA纳米结构、功能性核酸和可编程动态DNA反应实现受体功能的多维调控 | NA | 开发精确调控细胞表面受体的DNA工程策略,推动智能细胞系统发展 | 细胞表面受体及其信号传导机制 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、DNA折纸、功能性核酸 | NA | NA | NA | DNA纳米结构、DNA逻辑电路、DNA纳米机器人 | 哺乳动物细胞 | DNA逻辑电路、DNA纳米机器人、受体二聚化和寡聚化调控 | 医学 |
| 653 | 2025-10-05 |
A simple and universal quasi-modular cloning system using NEBuilder® HiFi DNA assembly kit
2025 May-Jun, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.1080/07366205.2025.2542012
PMID:40819309
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研究论文 | 开发了一种基于NEBuilder HiFi DNA组装试剂盒的准模块化克隆系统,用于非模式生物的基因工具开发 | 将NEBuilder HiFi DNA组装试剂盒扩展为使用单链寡核苷酸桥接的准模块化系统,无需限制性内切酶即可组装可重复使用的DNA片段 | NA | 开发适用于非模式生物系统的通用准模块化克隆方法 | 厌氧肠道真核生物ST7-B | 合成生物学 | NA | NEBuilder HiFi DNA组装 | NA | NA | NA | NEBuilder HiFi DNA Assembly Kit | ST7-B | 启动子-终止子组合载体 | 工业生物技术 |
| 654 | 2025-10-05 |
Mapping variation in dual use risk assessments of synthetic biology projects
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1620678
PMID:40895722
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研究论文 | 本研究通过评估合成生物学项目的双重用途风险,揭示了专家和学生评审员在风险评估和管理策略上的显著差异 | 首次对现实世界合成生物学项目进行双重用途风险评估的实证研究,揭示了评审员间风险评估和管理策略的显著不一致性 | 样本量相对有限(18名专家和49名学生),仅评估了四个合成生物学项目 | 研究合成生物学项目双重用途风险评估的一致性和准确性 | 四个现实世界合成生物学项目的风险评估和管理策略 | 生物安全与风险管理 | NA | 风险评估框架 | NA | 专家评审数据 | 18名经验丰富的DURC评审员和49名合成生物学学生 | NA | NA | NA | 生物安全 |
| 655 | 2025-10-05 |
Topology-Engineered Guide RNAs for Programmable Control of CRISPR/Cas Activity
2025-Sep-04, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511756
PMID:40905590
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综述 | 本文综述了通过拓扑工程化向导RNA实现CRISPR/Cas系统可编程控制的最新进展 | 开发具有明确结构架构(聚合物、环状和树状拓扑)的拓扑工程化gRNA,实现精确空间控制、可逆性和可编程激活 | NA | 克服传统线性gRNA在CRISPR/Cas系统控制中的局限性,实现精确时空调控 | 拓扑工程化向导RNA(TE-gRNAs) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 通过物理或化学响应连接器和刺激敏感基团实现可编程激活的基因编辑系统 | 医学, 合成生物学, 功能基因组学 |
| 656 | 2025-10-05 |
Guns 'N Roses: Fungal Volatile Warfare in Postharvest Disease Control
2025-Sep, Annual review of phytopathology
IF:9.1Q1
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综述 | 本文综述真菌挥发性有机物在采后病害生物防治中的化学多样性、作用机制及应用前景 | 系统探讨真菌挥发性有机物作为生物熏蒸剂的潜力,并提出通过定向诱变、合成生物学和人工智能提升防治效率的新方向 | NA | 开发基于真菌挥发性有机物的环保型采后病害生物防治策略 | 真菌挥发性有机物及其与病原菌、农产品的相互作用 | 农业生物技术 | 采后病害 | 生物熏蒸、定向诱变、合成生物学、人工智能分析化学 | NA | NA | NA | NA | 真菌 | NA | 农业 |
| 657 | 2025-10-05 |
Synthetic biology-driven optoelectronic biosensor for rapid and highly sensitive norovirus detection in fecal samples
2025-Nov-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.117787
PMID:40674850
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研究论文 | 开发了一种合成生物学驱动的光电生物传感器,用于快速高灵敏度检测粪便样本中的诺如病毒 | 整合诺如病毒样颗粒和高亲和力单链抗体作为生物受体,无需核酸扩增即可在45分钟内完成检测,灵敏度比传统比色生物传感器提高10-100倍 | 仅使用20例临床样本进行验证,样本规模有限 | 开发快速高灵敏度的诺如病毒检测平台 | 人类粪便样本中的诺如病毒 | 生物传感 | 诺如病毒感染 | 杆状病毒-昆虫细胞表达系统、噬菌体展示技术 | NA | 生物传感信号 | 20例人类粪便样本 | 噬菌体展示 | 昆虫细胞 | 生物传感器 | 医学诊断 |
| 658 | 2025-10-05 |
Potentials of RNA biosensors in developmental biology
2025-Oct, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2025.07.011
PMID:40721002
|
综述 | 探讨RNA生物传感器在发育生物学中的应用潜力及前景 | 首次系统阐述RNA生物传感器在发育生物学领域的跨学科应用潜力,强调其对RNA时空动态监测的独特优势 | NA | 推动RNA生物传感器在发育生物学分子机制研究中的应用 | RNA生物传感器(荧光RNA适配体、CRISPR-Cas系统、核糖开关、催化RNA传感器) | 合成生物学 | NA | RNA生物传感技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 模式生物 | 生物传感器(包括核糖开关、逻辑门等) | 医学, 环境科学 |
| 659 | 2025-10-05 |
Development of a DNA endonuclease I-SceI-based scarless genome editing system for Cupriavidus necator
2025-Oct, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.07.020
PMID:40721107
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研究论文 | 开发了一种基于DNA内切酶I-SceI的无疤痕基因组编辑系统,用于Cupriavidus necator的高效基因操作 | 构建了双质粒I-SceI同源重组系统,通过优化复制起点和诱导系统实现了无需大型数据库的精确无疤痕编辑,并开发了高温消除质粒的方法 | 未与其他基因组编辑工具进行系统性效率比较 | 开发高效、精确的Cupriavidus necator基因组编辑工具 | Cupriavidus necator细菌 | 合成生物学 | NA | DNA内切酶I-SceI介导的同源重组 | NA | NA | NA | I-SceI, 同源重组 | Cupriavidus necator | 双质粒系统:pOUO-1用于接合介导的基因组整合(第一次HR),pOH-4用于表达I-SceI诱导第二次HR | 工业生物技术 |
| 660 | 2025-10-05 |
Enhanced phenanthrene degradation by a synthetically engineered E. coli consortium utilizing the SCRaMbLE for the evolution of key genes
2025-Sep-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139152
PMID:40628214
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研究论文 | 本研究开发了一种合成大肠杆菌菌群,通过SCRaMbLE方法进化关键基因,显著增强了菲的降解效率 | 首次将SCRaMbLE方法应用于合成菌群的工程化改造,通过模块化设计和实验室进化协同提升多环芳烃降解能力 | 研究仅在实验室条件下验证,未在真实环境污染物中测试 | 开发高效降解菲的合成微生物菌群,用于环境生物修复 | 工程化大肠杆菌BL21(DE3)菌群及其对菲的降解能力 | 合成生物学 | NA | SCRaMbLE, 实验室进化 | NA | NA | 三种工程化大肠杆菌菌株,在含100mg/L菲的最小盐培养基中测试 | SCRaMbLE, pET-28(a)质粒 | 大肠杆菌BL21(DE3) | 模块化代谢通路,包含17个菲降解关键基因,分为三个独立功能模块 | 环境 |