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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2026-06-30 |
Coupled intracellular redox and extracellular respiration sensing for quantitative oxidative stress profiling
2026-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.30.727573
PMID:42282784
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研究论文 | 开发了一种结合基因编码氧化还原生物传感器和光学氧传感器的双荧光传感平台,用于工业酵母系统中细胞内氧化还原状态和细胞外呼吸活性的并行定量检测 | 首次将细胞内氧化还原生物传感器与细胞外氧气传感器集成在一个平台上,实现了对工业酵母氧化应激的实时、非侵入性测量,并揭示了不同酵母的氧化还原-呼吸表型差异 | 未在摘要中明确提及研究限制 | 实现细胞氧化应激的定量评估,需要同时测量细胞内氧化还原状态和细胞外呼吸活性,并开发集成的传感方法 | 工业酵母系统,包括Crabtree阳性酵母和专性呼吸酵母 | 机器学习和生物学交叉应用 | NA | 基因编码氧化还原生物传感器,光学氧传感,荧光成像 | NA | 荧光强度,氧气消耗率 | 两种酵母菌株(具体数量未提及) | NA | 工业酵母(Crabtree阳性酵母和专性呼吸酵母) | 双荧光传感平台,包含roGFP2 Tsa2ΔC氧化还原生物传感器和嵌入式氧传感器 | 生物制造,合成生物学 |
| 662 | 2026-06-30 |
Nitrogenase regulation in Vibrio natriegens differs from other γ-proteobacteria
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.30.728972
PMID:42282805
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研究论文 | 本文研究了固氮弧菌中固氮酶的调控机制,发现其与其他γ-变形菌存在差异 | 首次揭示固氮弧菌中NifA可不依赖NtrBC直接激活固氮酶表达,且P蛋白GlnB和GlnK对NtrBC的冗余抑制更接近非固氮大肠杆菌 | 仅关注NH4与N2条件下的调控,未探索其他环境因素对固氮酶调控的影响 | 阐明固氮弧菌固氮酶的调控网络,为利用廉价氮源生产铵提供基础 | 固氮弧菌中的固氮酶调控蛋白 | 合成生物学 | NA | 功能基因组学、靶向突变、报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种突变株(如ΔntrBC、ΔglnBΔglnK等) | NA | 固氮弧菌 | 固氮调控通路(NtrBC-NifA固氮酶体系) | 工业生物技术、农业 |
| 663 | 2026-06-30 |
Combinatorial and Inducible CRISPRa/i Enables Canalized hiPSC Forward Programming and Iterative Refinement via Single-Cell Genomics
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.31.729073
PMID:42282825
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研究论文 | 开发了一种名为CIRI的组合型可诱导CRISPRa/i平台,用于人类诱导多能干细胞的前向编程和通过单细胞基因组学的迭代优化 | 在人类诱导多能干细胞中建立了可编程的合成基因调控逻辑,通过模块化RNA适配体实现正交CRISPR激活和干扰,并利用组合双向导RNA的单细胞RNA测序筛选识别肌肉分化成熟的关键调控因子 | NA | 在人类诱导多能干细胞及其衍生细胞中建立可编程的合成基因调控框架,实现前向编程和迭代优化 | 人类诱导多能干细胞、hiPSC来源的心脏类器官、骨骼肌细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPRa/i, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 人类诱导多能干细胞 | 四环素响应型单导RNA与模块化RNA适配体组合,形成正交CRISPR激活和干扰回路 | 医学, 再生医学 |
| 664 | 2026-06-30 |
Antimicrobial peptides: emerging next-generation strategy for sustainable plant disease management
2026, Frontiers in antibiotics
DOI:10.3389/frabi.2026.1766594
PMID:41958967
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综述 | 本文综述了抗菌肽作为可持续植物病害管理的新一代策略,重点讨论了其机制、多样性及农业应用潜力 | 系统总结了抗菌肽模拟抗生素的机制、结构与功能多样性,并评估其作为化学农药和抗菌剂环境友好型替代品的可行性 | 标题和摘要中未明确提及局限性 | 评估抗菌肽作为替代化学农药和抗菌剂的潜力,用于可持续植物病害管理 | 抗菌肽,包括植物来源的防御素、硫素、环肽、脂质转移蛋白、snakin和橡胶素样肽,以及微生物来源的细菌素和脂肽 | NA | 植物病害 | 分子生物学、计算建模、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 665 | 2026-06-30 |
Microorganism delivery of cancer vaccines
2025-12-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114288
PMID:41045964
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综述 | 综述微生物介导的癌症疫苗,阐述其与宿主免疫系统的相互作用及抗肿瘤应用 | 综述微生物肿瘤靶向机制及合成生物学在精准表达肿瘤抗原或免疫检查点抑制剂中的应用 | 讨论了微生物癌症疫苗面临的潜在挑战 | 综合介绍微生物癌症疫苗的设计原理、优势及与其它疗法的联合应用 | 微生物(细菌和病毒)及病毒样颗粒在癌症疫苗中的应用 | NA | 癌症 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 细菌, 病毒 | 微生物癌症疫苗(用于表达肿瘤抗原或免疫检查点抑制剂) | 医学 |
| 666 | 2026-06-30 |
Accurate phenotype-to-genotype mapping of high-diversity yeast libraries by heat-shock-electroporation (HEEL)
2025-02-05, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03197-24
PMID:39704499
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研究论文 | 提出一种名为HEEL的高效酵母文库转化方法,通过热激与电穿孔双重处理提高单转化细胞比例,实现精确的表型-基因型映射 | 首次将热激与电穿孔结合,将单转化细胞比例从20%提升至超过70%,并实现近100倍转化效率提升,结合双条形码及自动化基因分型流程,克服了文库大小与质量之间的长期权衡 | NA | 开发一种高转化效率且能保持高质量单基因型细胞的酵母文库转化方法,促进精确表型-基因型测量,用于改进计算机建模 | 高多样性酵母突变文库 | NA | NA | 热激电穿孔 (HEEL),Sanger测序 | NA | 基因型数据 | NA | NA | 酿酒酵母 (S. cerevisiae) | NA | 分子生物学, 蛋白质工程, 合成生物学 |
| 667 | 2026-06-30 |
Expanding the capabilities of MuGENT for large-scale genetic engineering of the fastest-replicating species, Vibrio natriegens
2024-06-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03964-23
PMID:38667341
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研究论文 | 扩展MuGENT技术在快速复制物种Vibrio natriegens大规模基因工程中的应用 | 鉴定中性插入位点并展示两次选择性标记交换方法,首次实现MuGENT用于异位染色体位点的基因插入,开发可靠质粒消除方法,构建280 kb大规模缺失 | 未讨论缺失对细胞生理的影响或长期稳定性 | 提升Vibrio natriegens的基因工程能力,推动其作为合成生物学模型生物的应用 | Vibrio natriegens细菌 | 合成生物学 | NA | MuGENT, 自然转化, 靶向诱变 | NA | NA | NA | MuGENT | Vibrio natriegens | 基因插入回路, 大规模缺失回路 | 工业生物技术, 合成生物学 |
| 668 | 2026-06-29 |
Optimizing Bispecific Antibody Expression via Multi-Omics Analysis and Vector Redesign
2026-Jul, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70228
PMID:42089360
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研究论文 | 通过多组学分析和载体重新设计,优化双特异性抗体在CHO细胞中的表达 | 首次整合多组学分析(RNA测序、剪接预测、密码子优化评估和基序筛选)来识别双特异性抗体低表达机制,并通过靶向工程改造实现11倍表达滴度提升 | 未提及 | 解决双特异性抗体在CHO细胞中表达低下的问题,提供通用框架来改善复杂生物制剂的可制造性 | 三种IgG-scFv格式的双特异性抗体 | 合成生物学,生物信息学 | NA | RNA测序,多组学分析 | NA | 序列数据,表达数据 | 三种双特异性抗体候选分子 | 蛋白质工程,DNA序列工程 | 中国仓鼠卵巢细胞 | NA | 医学 |
| 669 | 2026-06-29 |
Decoding heavy metal tolerance in rice: Nucleic acid-based technologies shaping global food security
2026-Jul, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152693
PMID:42190784
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综述 | 综述了核酸技术在破解水稻重金属耐受性中的应用,从发现到部署的全流程 | 系统梳理了从QTL定位、全基因组关联分析到CRISPR基因组编辑的技术演进,强调了核酸技术在大米重金属治理中的可用方案性质 | 特异性与必需性权衡、多金属拮抗(镉/砷氧化还原冲突)以及国际监管分歧(SDN-1豁免与转基因分类)仍是主要障碍 | 探讨核酸技术如何重塑水稻重金属耐受性的研究与应用流程 | 水稻重金属耐受性机制及低积累品种开发 | 基因组编辑、计算生物学 | 无 | QTL定位、全基因组关联分析、泛基因组学、CRISPR基因组编辑、转录组学、表观基因组学、宏基因组学 | 无 | 基因组数据、转录组数据、表观组数据、宏基因组数据 | 无 | CRISPR-Cas9 | 水稻 | 无 | 农业、食品安全、环境 |
| 670 | 2026-06-29 |
Metabolic Engineering for Biotechnological Production of Bioactive Methylated Flavonoids and Stilbenes: Progress and Perspectives
2026-Jul, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05658-1
PMID:41964842
|
综述 | 综述利用代谢工程和合成生物学在微生物中生产甲基化类黄酮和二苯乙烯类化合物的最新进展 | 系统总结了甲基化修饰对类黄酮和二苯乙烯类化合物的生物活性增强作用,以及通过代谢工程策略(如途径优化、SAM再生、酶工程和CRISPR基因编辑)提高产量的方法 | 仍存在酶特异性、代谢瓶颈和下游加工等挑战 | 探讨甲基化修饰对类黄酮和二苯乙烯类化合物的药理学意义,以及利用工程微生物平台可持续规模化生产这些化合物的潜力 | 甲基化类黄酮(如樱花素、金合欢素、异鼠李素)和甲基化二苯乙烯类(如紫檀芪) | 代谢工程 | NA | 代谢工程、合成生物学、酶工程、CRISPR基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR基因编辑 | 大肠杆菌, 酿酒酵母, 链霉菌属 | 甲基化代谢途径 | 医药, 营养品 |
| 671 | 2026-06-29 |
Decoding and exploiting intratumoral microbiota: from microenvironment modulation to clinical intervention
2026-Apr-25, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-11858-z
PMID:42033527
|
综述 | 总结肿瘤内微生物群在肿瘤微环境中的调控作用及其作为临床干预靶点的潜力 | 系统阐述了肿瘤内微生物群调控肿瘤微环境的多重机制,并提出整合空间多组学、合成生物学和纳米技术的精准治疗新范式 | 肿瘤内微生物群时空动态解析不足,与宿主细胞相互作用机制未明确,临床转化安全性和有效性仍存挑战 | 探索肿瘤内微生物群在肿瘤微环境中的调控机制及临床干预策略 | 肿瘤内微生物群、肿瘤微环境中的免疫细胞(如CD8+T细胞、Tregs、MDSCs)和信号通路(如PI3K-AKT、NF-κB) | 数字病理学 | 肺癌、前列腺癌、心血管疾病、老年病 | NA | NA | NA | NA | 工程细菌、噬菌体疗法、细菌胞外囊泡 | NA | NA | 医学 |
| 672 | 2026-06-29 |
Engineering strategies for the biosynthesis of rare sugars in microbial cell factories
2026-Apr-25, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04975-1
PMID:42033624
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综述 | 本文综述了稀有糖类的生理功能、应用及微生物细胞工厂生物合成策略的进展 | 系统整合了代谢工程、酶工程、生物催化和发酵过程优化等多层次工程策略,以提升稀有糖类的生产效率和工业可行性 | 未提供具体实验数据或定量比较,主要依赖文献总结,可能受限于综述时点的研究进展 | 总结稀有糖类在微生物细胞工厂中的生物合成进展,并提出未来发展方向 | 稀有糖类(包括D-阿洛酮糖、D-塔格糖、D-阿洛糖、L-核糖、L-核酮糖和L-木酮糖) | 合成生物学,代谢工程 | NA | 代谢工程,酶工程,生物催化,发酵工艺优化 | NA | NA | NA | NA | 微生物(如大肠杆菌、酵母等) | 生物合成途径(如稀有糖代谢通路) | 食品,医药,健康相关产业 |
| 673 | 2026-06-29 |
Application of melanin and its engineered nanomaterials in tumor radiotherapy: a review
2026-Apr-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08133-x
PMID:41992285
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综述 | 系统分析黑色素及其工程化纳米材料在肿瘤放疗中的双向作用 | 首次系统阐述黑色素在放疗中作为辐射防护剂和增敏剂的双向角色,并通过合成生物学和纳米技术将放疗抵抗转化为增敏 | 未来挑战在于开发智能响应材料并系统评估其长期生物安全性,以推动临床转化 | 实现肿瘤放疗中的双向精准放疗和广谱增敏策略 | 黑色素及其工程化纳米材料(如聚多巴胺) | 纳米医学 | 肿瘤 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、纳米技术 | NA | NA | 医学 |
| 674 | 2026-06-29 |
From lab to law: emerging applications, potential benefits, evolving regulatory framework and challenges for engineered probiotics
2026-Apr-13, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-02997-w
PMID:41975425
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综述 | 探讨工程益生菌从实验室到法律监管的转变,包括其新兴应用、潜在益处、不断演变的监管框架及挑战 | 提出一个整合经典毒理学测试与构建特异性水平基因转移评估的统一安全评估框架,强调根据修改的生物学性质而非一刀切模式进行评价 | 未具体说明局限,但可能涉及工程益生菌在转化过程中安全评估的复杂性及监管一致性挑战 | 综述工程益生菌在人类健康中的应用,并分析其监管框架的异质性,提出统一安全评估方法 | 工程益生菌 | 合成生物学 | 代谢性疾病、感染性疾病、炎症性疾病 | 全基因组测序、qPCR | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 细菌 | 治疗蛋白表达、黏膜疫苗平台、肿瘤靶向免疫治疗载体、系统性和脑定向递送策略 | 医学 |
| 675 | 2026-06-29 |
Advances, opportunities, and challenges in microbial community construction: from environmental remediation to biomanufacturing
2026-Apr-07, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-04867-w
PMID:41944847
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综述 | 该文章综述了人工微生物群落构建在环境修复和生物制造中的进展、机遇与挑战 | 提出将设计-构建-测试-学习框架与先进分析工具及人工智能驱动的动态建模相结合,以优化群落性能的创新跨学科方法 | 缺乏具体实验验证和定量评估,未深入讨论自动化设备和安全框架的实际部署细节 | 探讨人工微生物群落构建以克服单培养和自然群落的局限性,推动环境修复和生物制造可持续发展 | 人工微生物群落 | 合成生物学 | 不适用 | 合成生物学、系统生物学、多组学技术 | 人工智能动态模型 | 多组学数据 | 不适用 | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | 不适用 | 合成生物电路或代谢路径(如生物传感器、代谢途径) | 环境修复, 生物制造, 工业生物技术 |
| 676 | 2026-06-29 |
Advances in metabolic engineering of Bacillus subtilis towards high-efficiency cytidine biosynthesis
2026-Mar-30, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04924-y
PMID:41910824
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综述 | 综述了通过代谢工程改造枯草芽孢杆菌高效合成胞苷的进展 | 提出了宿主特异性动态热力学平衡的新概念框架,强调从单一遗传编辑转向系统性整合枯草芽孢杆菌特有的调控逻辑 | 未详述具体实验验证,仅提出概念性框架 | 提高枯草芽孢杆菌合成胞苷的效率 | 枯草芽孢杆菌的代谢工程 | 合成生物学 | NA | 代谢工程,合成生物学,基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌 | 嘧啶生物合成途径,中心碳代谢途径 | 医药,食品 |
| 677 | 2026-06-29 |
From hidden allies to precision symbionts: unleashing endophytes for sustainable agroecosystems
2026-Mar-30, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04896-z
PMID:41910822
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综述 | 本文综述了十个交叉领域如何重塑对内生菌的研究与应用,旨在将其从隐蔽的盟友转变为精准的共生体,以构建可持续的农业生态系统 | 提出了一个前瞻性框架,强调标准菌株基准测试、因果多组学工作流、合成群落设计和多地点田间试验的重要性,将内生菌定位为可扩展且气候适应性的生物技术平台 | 主要挑战包括多数内生菌尚未被培养、共生与致病性之间的背景依赖性转变、有限的田间验证以及不断演变的生物安全框架 | 探讨利用内生菌促进可持续农业和生态修复的方法 | 内生菌(植物内生微生物) | 机器学习 | NA | 基因组学、宏基因组学、功能基因组学、系统生物学、合成生物学、CRISPR、多组学整合、生物信息学 | NA | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 | NA | CRISPR | 植物 | 合成微生物群落 | 农业, 环境 |
| 678 | 2026-06-29 |
Overcoming prokaryotic toxicity: a SUMO-fused secretory platform in Komagataella phaffii for high-yield production of phage holin Hol41
2026-Mar-27, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-02983-2
PMID:41896934
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研究论文 | 本文构建了一个基于SUMO融合技术和α-mating因子分泌途径的毕赤酵母表达平台,用于高效生产噬菌体穿孔素Hol41,克服其原核表达毒性及溶解性差的问题 | 首次在毕赤酵母中成功实现噬菌体穿孔素Hol41的高产功能性表达,利用真核细胞膜结构差异规避原核毒性,并结合SUMO标签与分泌途径提高蛋白溶解性并抑制聚集 | 仅测试了七种标准菌株,抗菌活性数据有限;产量可能仍需优化以实现更大规模应用 | 开发一种避免原核毒性、可规模化生产具有抗菌活性的噬菌体穿孔素Hol41的平台 | 噬菌体穿孔素Hol41蛋白及其在毕赤酵母中的表达与抗菌活性 | 合成生物学 | 细菌感染性疾病 | NA | NA | NA | 七种标准菌株(包括革兰氏阳性菌和阴性菌) | NA | 毕赤酵母 | SUMO融合表达与α-mating因子分泌途径 | 医药 |
| 679 | 2026-06-29 |
Enhancer-based gene therapy: a new path for precision medicine
2026-Mar-21, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-026-00655-0
PMID:41862973
|
综述 | 总结了基于增强子的基因疗法在精准医学中的应用、挑战与前景 | 首次系统综述利用增强子而非传统启动子调控治疗性基因表达的策略,强调其在细胞类型或疾病状态特异性表达中的优势,并整合了功能基因组学、合成生物学和递送技术的最新进展 | 增强子功能受染色质动态和上下文依赖性调控,验证细胞类型特异性增强子面临技术困难;非靶向激活风险及长期疗效需要严格的监管监督 | 期望增强子驱动型基因疗法成为下一代精准医学的关键组成部分 | 增强子元件、基因表达调控、基因治疗载体(AAV等)、疾病模型(神经退行性疾病、癌症、心血管疾病等) | 数字病理学 | 阿尔茨海默病、帕金森病、癌症、心血管疾病 | 单细胞表观基因组技术(ATAC-seq、ChIP-seq、多组学整合)、非病毒递送方法、AAV衣壳工程 | NA | 表观基因组数据、单细胞数据 | NA | AAV载体工程 | 人类细胞 | 基于增强子的表达盒,包含星形胶质细胞或小胶质细胞特异性增强子等 | 医学 |
| 680 | 2026-06-29 |
Overexpression of msnA reprograms metabolism to enhance recombinant protein secretion across Aspergillus species
2026-Mar-02, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-02975-2
PMID:41772602
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研究论文 | 利用多组学和合成生物学方法鉴定msnA为调节重组蛋白生产的关键基因,并证明其过表达能增强曲霉属物种中重组蛋白分泌 | 首次发现msnA作为跨曲霉属物种功能保守的关键调控因子,通过重编程细胞资源分配(上调囊泡运输和脂肪酸降解,下调次生代谢)来增强重组蛋白分泌,且能在转录表达较低时提高分泌效率 | 未详细探讨msnA过表达对总分泌蛋白减少的物种的具体机制,且仅检测了三种曲霉,可能在其他曲霉物种中效果不同 | 优化真菌细胞工厂以提高重组蛋白产量 | 构巢曲霉、黑曲霉、米曲霉及msnA基因 | 合成生物学 | NA | 多组学分析、合成生物学、转录组学 | NA | 组学数据 | 三种曲霉物种(构巢曲霉、黑曲霉、米曲霉) | 合成生物学 | 构巢曲霉、黑曲霉、米曲霉 | msnA基因过表达 | 工业生物技术 |