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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2025-10-05 |
Regulation of daptomycin biosynthesis in Streptomyces roseosporus: new insights from genomic analysis and synthetic biology to accelerate lipopeptide discovery and commercial production
2024-12-11, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00024b
PMID:39279757
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综述 | 本文通过基因组分析和合成生物学方法研究玫瑰孢链霉菌中达托霉素生物合成的调控机制 | 发现高产菌株在达托霉素生物合成基因簇的大启动子区域存在两个突变,并鉴定出十个可用于代谢工程调控的正负调控基因 | NA | 通过基因组分析和合成生物学方法加速脂肽类抗生素的发现和商业化生产 | 玫瑰孢链霉菌及其达托霉素生物合成基因簇 | 合成生物学 | 革兰氏阳性菌感染 | 基因组测序、代谢工程、合成生物学、诱变育种 | NA | 基因组序列数据 | 两种菌株(野生型低产菌株和MNNG诱变高产菌株) | 代谢工程,合成生物学,定向诱变 | 玫瑰孢链霉菌 | 达托霉素生物合成基因簇,包含九个翻译偶联基因 | 医药 |
| 662 | 2025-10-05 |
Strategies for developing phages into novel antimicrobial tailocins
2024-10, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.03.003
PMID:38580606
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综述 | 本文综述了利用噬菌体作为支架开发新型尾蛋白抗生素的策略 | 提出通过合成生物学方法以具有收缩尾的噬菌体为支架开发尾蛋白,释放其抗菌潜力 | NA | 开发新型尾蛋白抗生素以解决天然尾蛋白多样性有限的问题 | 噬菌体尾部和尾蛋白的结构与功能 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 尾蛋白生物合成途径 | 医药 |
| 663 | 2025-10-05 |
Mutagenesis techniques for evolutionary engineering of microbes - exploiting CRISPR-Cas, oligonucleotides, recombinases, and polymerases
2024-09, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.02.006
PMID:38493013
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综述 | 本文总结了微生物进化工程领域的最新进展,重点介绍了利用CRISPR-Cas、寡核苷酸、重组酶和聚合酶等技术增强微生物遗传多样性的方法 | 系统比较了多种现代诱变技术,特别强调通过合成生物学和CRISPR-Cas技术实现突变类型和位置的可控性 | 主要聚焦于模式微生物,未全面涵盖非模式工业微生物的应用 | 开发高效微生物进化工程技术以优化工业微生物性能 | 工业微生物及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas, 寡核苷酸介导诱变, 重组酶技术, 聚合酶工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 模式微生物 | 代谢途径优化 | 工业生物技术 |
| 664 | 2025-10-05 |
Unveiling Amaryllidaceae alkaloids: from biosynthesis to antiviral potential - a review
2024-05-22, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00044c
PMID:38131392
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综述 | 本文综述了石蒜科生物碱从生物合成到抗病毒潜力的研究进展 | 整合了2017-2023年最新研究成果,强调合成和对映选择性研究在验证生物合成结论中的关键作用,并确立其作为抗病毒先导化合物的潜力 | 生物合成途径尚未完全阐明,需要进一步跨学科研究来理解结构-活性关系 | 系统梳理石蒜科生物碱的生物合成途径及其抗病毒应用潜力 | 石蒜科生物碱及其生物合成途径 | 天然产物化学与合成生物学 | 病毒性疾病 | 天然产物化学、合成有机化学、生物化学、系统生物学、合成生物学 | NA | 文献资料与实验数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 665 | 2025-10-05 |
Bacterial cyclophane-containing RiPPs from radical SAM enzymes
2024-05-22, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00030c
PMID:38047390
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综述 | 本文重点介绍由自由基SAM/SPASM酶催化的细菌单芳基环烷结构RiPPs天然产物的生物合成途径、发现方法和应用前景 | 系统总结了2016-2023年间细菌环烷结构RiPPs的研究进展,重点关注其独特的生物合成机制和药物开发潜力 | 仅聚焦于细菌来源的单芳基环烷RiPPs,未涵盖其他类型环烷结构或真核生物来源的RiPPs | 探讨含环烷结构的核糖体合成后修饰肽(RiPPs)的生物合成途径、酶学机制和应用价值 | 细菌来源的环烷结构RiPPs天然产物及其生物合成酶 | 天然产物化学 | 细菌感染 | 自由基SAM/SPASM酶催化 | NA | 文献综述 | NA | NA | 细菌 | NA | 药物发现, 合成生物学 |
| 666 | 2025-10-05 |
The biosynthetic logic and enzymatic machinery of approved fungi-derived pharmaceuticals and agricultural biopesticides
2024-04-24, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00040k
PMID:37990930
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综述 | 系统阐述真菌来源天然产物的生物合成逻辑与酶学机制及其在药物和农用生物农药开发中的应用 | 整合基因组挖掘与合成生物学策略,提出通过理性设计扩展真菌天然产物化学多样性的新途径 | 未明确说明具体技术实施的技术瓶颈与转化应用的时间周期 | 解析已批准真菌源药物和生物农药的生物合成机制并探索其合成生物学改造策略 | 真菌来源的天然产物及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、异源重建、代谢工程 | NA | 基因组数据、酶学数据 | NA | 异源表达宿主 | 真菌 | 聚酮合酶(PKS)、非核糖体肽合成酶(NRPS)、PKS/NRPS杂合系统、萜类、吲哚生物碱的生物合成途径 | 医药, 农业 |
| 667 | 2025-10-05 |
Simple phenylpropanoids: recent advances in biological activities, biosynthetic pathways, and microbial production
2024-01-24, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00012e
PMID:37807808
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综述 | 概述简单苯丙素类化合物的生物活性、不同物种的生物合成途径及微生物生产工程策略 | 系统比较植物/细菌/真菌的生物合成路径差异,总结近十年微生物生产的关键工程策略 | 基于文献综述未涉及原始实验数据 | 探讨简单苯丙素类化合物的可持续微生物生产方案 | 简单苯丙素类化合物(C6-C3骨架天然产物) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物 | 生物合成途径工程 | 香料,营养品,生物材料,制药 |
| 668 | 2025-10-05 |
Engineering yeast for the production of plant terpenoids using synthetic biology approaches
2023-12-13, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00005b
PMID:37523210
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综述 | 本文综述了2011-2022年间通过合成生物学方法在酵母中生产植物萜类化合物的研究进展 | 系统总结了酵母工程化生产萜类化合物的四个关键方向:宿主代谢调控、代谢途径重构、酶催化特性改造以及生产定位策略 | NA | 通过代谢工程和合成生物学方法在微生物宿主中生产萜类化合物 | 酵母工程化及植物萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酵母 | 代谢途径重构、酶催化系统改造、亚细胞区室化 | 工业生物技术, 医药 |
| 669 | 2025-10-05 |
Synthetic biology approaches for restoring gut microbial balance and engineering disease-specific microbiome therapeutics
2025-Oct, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.107931
PMID:40716471
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综述 | 探讨利用合成生物学方法恢复肠道微生物平衡及开发疾病特异性微生物组疗法的前沿进展 | 提出整合区域微生物组生态型、饮食响应模块化设计和适应性代谢建模的生态精准工程框架 | NA | 开发精准调控肠道微生物组的下一代策略 | 人工微生物群落(AMCs)与肠道微生物组 | 合成生物学 | 炎症性肠病、肥胖、糖尿病、神经退行性疾病 | CRISPR基因组编辑、代谢工程、多组学整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 人工微生物群落 | 疾病特异性微生物功能障碍的理性设计 | 医学 |
| 670 | 2025-10-05 |
Exploring lipid diversity and minimalism to define membrane requirements for synthetic cells
2025-Aug-11, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70131
PMID:40787853
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综述 | 探讨合成细胞膜系统的脂质多样性与最小化要求 | 通过对比自下而上和自上而下的合成细胞构建方法,强调膜蛋白与脂质环境的关键相互作用 | NA | 定义自繁殖合成细胞所需的最小脂质组要求 | 合成细胞的脂质膜系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术, 环境科学 |
| 671 | 2025-10-05 |
A Strictly Inducible and Orthogonal Dre-rox System for Precise and Markerless Genome Editing in Bacillus subtilis
2025-Jul-25, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2505.05006
PMID:40730489
|
研究论文 | 本研究在枯草芽孢杆菌中建立了一种严格诱导且正交的Dre-rox系统,用于精确无标记基因组编辑 | 开发了茶碱诱导型核糖开关严格控制Dre表达以减少渗漏重组,首次证明Dre与Cre在各自识别位点上无串扰正交工作,支持单次诱导同步多位点切除 | NA | 扩展微生物基因组工程工具包,开发与Cre性能相当且能正交功能的位点特异性重组酶系统 | 枯草芽孢杆菌基因组编辑系统 | 合成生物学 | NA | 位点特异性重组,基因组编辑 | NA | NA | NA | Dre-rox系统,Cre-lox系统 | 枯草芽孢杆菌 | 茶碱诱导型核糖开关控制的Dre表达系统,正交重组系统 | 工业生物技术 |
| 672 | 2025-10-05 |
CRISPR.BOT an autonomous platform for streamlined genetic engineering and molecular biology applications
2025-Aug-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01655-2
PMID:40770192
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研究论文 | 介绍CRISPR.BOT自主基因工程平台,旨在革新分子生物学实验流程 | 开发了基于乐高机器人的低成本自主基因工程平台,实现单细胞亚克隆纯度达90-100% | 未提及平台在复杂实验环境中的稳定性和长期运行可靠性 | 开发低成本自动化基因工程平台以提升实验效率和安全性 | 细菌宿主、人类细胞系、SARS CoV-2病毒 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑、慢病毒转导、质粒DNA转移 | NA | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌, 人类细胞系 | GFP报告基因系统、CRISPR-gRNA编辑系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 673 | 2025-10-05 |
Large language model for knowledge synthesis and AI-enhanced biomanufacturing
2025-Aug, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.02.008
PMID:40050157
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综述 | 探讨大型语言模型在合成生物学教育和生物制造领域的应用前景与影响 | 系统分析LLMs在生物制造中的知识图谱构建、DBTL周期优化及自动驾驶实验室等创新应用 | NA | 评估大型语言模型在合成生物学和生物制造领域的应用潜力与发展方向 | 大型语言模型及其在合成生物学中的应用场景 | 自然语言处理 | NA | 检索增强生成、知识图谱构建 | LLM | 非结构化数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 674 | 2025-10-05 |
Pollutant degradation in saline wastewater using synthetic biology
2025-Aug, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.06.012
PMID:40544014
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研究论文 | 开发了一种能够高效降解高盐环境中复杂有机污染物的工程化 Vibrio natriegens 菌株 | 利用合成生物学技术赋予微生物在高盐环境中降解污染物的新能力 | NA | 解决高盐废水中有机污染物的生物降解问题 | 工程化 Vibrio natriegens 菌株 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | Vibrio natriegens | 污染物降解通路 | 环境 |
| 675 | 2025-10-05 |
Tracing the development of CAR-T cell design: from concept to next-generation platforms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615212
PMID:40771804
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综述 | 本文系统回顾了CAR-T细胞设计从概念到下一代平台的发展历程 | 全面梳理了CAR架构从早期原型到包含共刺激域、细胞因子信号、安全开关等先进设计的演进过程 | CAR-T细胞疗法仍面临严重副作用、治疗反应不一致和生产成本高等挑战 | 指导未来CAR疗法向更多癌症类型和其他疾病扩展应用 | CAR-T细胞及其相关技术平台 | 免疫治疗 | 血液恶性肿瘤 | CRISPR、碱基编辑、先导编辑、RNA编辑、表观基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR | T细胞、自然杀伤细胞、巨噬细胞 | 逻辑门控CAR系统、生物传感器 | 医学 |
| 676 | 2025-10-05 |
Research Progress on the Assembly of Large DNA Fragments
2024-04-16, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202400054
PMID:38477700
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综述 | 本文综述了合成生物学中大片段DNA组装技术的研究进展,重点关注在不同宿主中的组装方法和挑战 | 聚焦于大片段DNA组装这一技术难点,系统比较了在大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和酿酒酵母等不同宿主中的组装方法 | NA | 总结DNA组装技术的发展现状,特别是大片段DNA组装的研究进展 | DNA组装技术,特别是大片段DNA组装方法 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌, 枯草芽孢杆菌, 酿酒酵母 | NA | 生物医学, 生物燃料, 新材料 |
| 677 | 2025-10-05 |
Engineering microbial carbon metabolism for sustainable resource utilization
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108622
PMID:40467014
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综述 | 本文综述了通过合成生物学方法改造微生物碳代谢以实现可持续资源利用的研究进展 | 重点探讨了利用多组学测序、机器学习和人工智能指导菌株工程以提高可持续碳源利用率的新策略 | NA | 开发绿色节能资源以替代化石燃料 | 微生物碳代谢途径 | 合成生物学 | NA | 多组学测序、机器学习、人工智能 | NA | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | 微生物 | 碳代谢途径工程 | 能源, 工业生物技术 |
| 678 | 2025-10-05 |
Methanol metabolism in synthetic methylotrophic microorganisms
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108623
PMID:40499848
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综述 | 本文深入探讨合成甲基营养微生物中的甲醇代谢途径,并概述代谢工程最新进展 | 重点介绍人工甲基营养中创新的C1同化途径,拓展甲醇代谢的应用场景 | NA | 增强对甲醇代谢的理解并开发合成甲基营养菌的工业潜力 | 天然甲基营养微生物(如Komagataella phaffii、Methylobacterium extorquens)及工程化微生物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具箱 | Komagataella phaffii, Methylobacterium extorquens, Bacillus methanolicus, Escherichia coli, 酵母, 细菌 | 甲醇利用途径、C1同化途径、甲醛代谢途径、甲酸代谢途径 | 工业生物技术 |
| 679 | 2025-10-05 |
Fungal bioconversion of lignin-derived aromatics: Pathways, enzymes, and biotechnological potential
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108624
PMID:40505753
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综述 | 系统整合真菌对木质素衍生芳香化合物的代谢途径、关键酶及其生物技术潜力 | 首次系统整合真菌芳香化合物分解代谢途径,强调转运蛋白系统作用并提出合成生物学整合新方向 | 目前真菌芳香族分解代谢途径的系统性整合研究仍较为零散 | 开发基于真菌的木质素增值化生物技术平台 | 木质素衍生芳香化合物(肉桂酸、没食子酸、阿魏酸、香兰素等) | 合成生物学 | NA | 合成生物学、计算建模、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | 真菌 | 芳香化合物分解代谢途径 | 能源, 工业生物技术 |
| 680 | 2025-10-05 |
Revolutionizing lignin valorization: Key advances in demethylation, methylation, and methyl metabolism
2025-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108634
PMID:40588043
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综述 | 系统综述了木质素生物增值化过程中的脱甲基化、甲基化和甲基代谢过程及其关键酶机制 | 提出了微生物木质素增值化的甲基循环路线,并强调机器学习辅助酶工程、合成生物学和代谢工程等新型策略 | NA | 促进木质素的高效生物转化和可持续增值利用 | 木质素衍生物及其芳香族分解代谢过程 | 工业生物技术 | NA | 机器学习辅助酶工程、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | 甲基循环代谢路线 | 能源, 工业生物技术 |