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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2025-10-05 |
Optimizing Plant Alkaloid Biosynthesis under Drought Stress: Regulatory Mechanisms and Biotechnological Strategies
2025-Aug, Journal of plant physiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.jplph.2025.154545
PMID:40523330
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综述 | 探讨干旱胁迫下植物生物碱生物合成的调控机制及优化策略 | 整合干旱胁迫信号通路与生物碱合成调控机制,提出结合人工智能的跨学科生物技术策略 | 需平衡植物生长与代谢物生产的关系,实验室策略的田间适用性有待验证 | 优化干旱胁迫条件下植物生物碱的生物合成 | 植物生物碱及其合成调控机制 | 合成生物学 | NA | 遗传工程、合成生物学、人工智能 | NA | NA | NA | 遗传工程, 合成生物学 | 植物 | 生物碱生物合成通路 | 农业, 制药业 |
| 702 | 2025-10-05 |
Engineered Bacteriophages: Advances in Phage Genome Redesign Strategies for Therapeutic and Environmental Applications
2025-Jul-02, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
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综述 | 本文综述了噬菌体基因组重设计策略在治疗和环境应用中的最新进展 | 系统整合了CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、逆转录子等多种噬菌体工程技术,展示了定制化功能噬菌体的开发潜力 | 面临噬菌体抗性、免疫反应和当前工程方法局限性等挑战 | 探讨噬菌体工程技术在治疗和环境领域的应用潜力 | 工程化噬菌体及其基因组重设计技术 | 合成生物学 | 耐药性感染、癌症 | CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、逆转录子、同源重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 噬菌体 | 宿主范围扩展、生物膜降解、靶向抗菌活性、金属结合肽展示 | 医药,环境 |
| 703 | 2025-10-05 |
Development of Dipeptide-Based Liquid Droplets and Fibrils as Enzyme-Mimics
2025-Jul, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202503916
PMID:40411841
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研究论文 | 开发基于二肽的液滴和纤维作为酶模拟物 | 设计出能够自凝聚形成液滴的极简二肽结构,并发现其在不同pH下可形成具有催化功能的纤维形态 | NA | 开发具有酶催化功能的极简肽类超分子材料 | 由疏水残基和极性组氨酸残基组成的二肽分子 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离(LLPS) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 酶学, 合成生物学 |
| 704 | 2025-10-05 |
Merging the computational design of chimeric type I polyketide synthases with enzymatic pathways for chemical biosynthesis
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61160-y
PMID:40593699
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研究论文 | 开发了BioPKS自动化逆向生物合成流程,结合I型聚酮合酶和单功能酶进行化学物质生物合成设计 | 首次将计算设计的嵌合I型聚酮合酶与酶催化途径相结合,创建了自动化逆向生物合成工具BioPKS | NA | 开发自动化生物合成途径设计工具以扩展生物制造化学品的可及空间 | I型聚酮合酶(PKSs)和单功能酶的组合系统 | 合成生物学 | NA | 逆向生物合成,计算设计 | NA | 化学结构数据,酶催化反应数据 | 155种生物制造候选化合物 | BioPKS, RetroTide, DORAnet | NA | 嵌合I型聚酮合酶与单功能酶的组合生物合成途径 | 工业生物技术, 医药 |
| 705 | 2025-10-05 |
Abstraction hierarchy to define biofoundry workflows and operations for interoperable synthetic biology research and applications
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61263-6
PMID:40593727
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研究论文 | 提出一种抽象层次结构来定义生物铸造厂工作流程和操作,以促进可互操作的合成生物学研究与应用 | 首次提出将生物铸造厂活动组织为项目、服务/能力、工作流程和单元操作四个互操作层次的抽象框架 | NA | 解决生物铸造厂标准化不足问题,提高合成生物学研究的可扩展性和效率 | 生物铸造厂工作流程和操作 | 合成生物学 | NA | 抽象层次框架 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 706 | 2025-10-05 |
Transient infrared nanoscopy resolves the millisecond photoswitching dynamics of single lipid vesicles in water
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61341-9
PMID:40593745
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研究论文 | 本研究开发了一种无标记瞬态红外纳米显微镜技术,用于解析单个光开关脂质体在水中的毫秒级动态变化 | 首次结合散射型扫描近场光学显微镜的化学识别和高时空分辨率,实现了对单个光开关脂质体的无标记中红外成像和光谱分析 | 方法尚未在更复杂的生物环境中验证,采样时间虽快但仍可能错过某些超快动力学过程 | 开发非破坏性无标记技术研究纳米载体的生物物理化学性质 | 偶氮苯基光开关脂质体形成的单个脂质体 | 纳米光学成像 | NA | 散射型扫描近场光学显微镜,中红外成像和光谱 | NA | 红外光谱图像,动态时间序列数据 | 单个脂质体样品 | NA | NA | NA | 医学,药物递送,纳米诊疗,合成生物学 |
| 707 | 2025-10-05 |
Comprehensive datasets for RNA design, machine learning, and beyond
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-07041-2
PMID:40594473
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研究论文 | 本研究创建了一个包含超过32万实验验证实例的综合性RNA数据集,为RNA设计和建模算法建立了新的社区基准 | 提供了首个来自实验验证来源的大规模标准化RNA设计基准数据集,包含许多对现有RNA逆向折叠工具具有挑战性的结构 | NA | 解决RNA二级结构预测和序列设计中的挑战,推动计算生物学在医学、合成生物学和生物技术领域的应用 | RNA分子及其二级结构 | 计算生物学 | NA | 机器学习 | NA | RNA序列和结构数据 | 超过320,000个实验验证实例 | NA | NA | NA | 医学,合成生物学,生物技术 |
| 708 | 2025-10-05 |
Divergent multifunctional P450s-empowered biosynthesis of bioactive tripterifordin and cryptic atiserenoids in Aconitum implies convergent evolution
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61188-0
PMID:40595667
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研究论文 | 本研究通过挖掘乌头属植物转录组发现多个萜类合酶和细胞色素P450单加氧酶,揭示了它们在三萜类化合物生物合成中的多功能催化作用 | 发现了14种功能分化的P450酶,其中8种具有多功能催化特性,能够在支架的七个不同位点进行氧化反应,并揭示了雷公藤甲素在乌头属植物中的趋同生物合成 | NA | 探究乌头属植物中P450酶如何驱动二萜类化合物的结构和功能多样化 | 乌头属植物(Aconitum carmichaelii和Aconitum coreanum)中的萜类合酶和细胞色素P450单加氧酶 | 合成生物学 | NA | 转录组挖掘、功能验证、蛋白质分析、定点突变 | NA | 转录组数据、酶活性数据 | NA | NA | 乌头属植物 | 组合生物合成途径,用于生产雷公藤甲素、冠芙二萜A和14种新型阿替瑟类化合物 | 医药 |
| 709 | 2025-10-05 |
Genetic characteristics of novel extreme alkaline-inducible promoter located in five prime upstream region of peptidyl-prolyl cis/trans isomerase from Vibrio anguillarum
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-98559-y
PMID:40596401
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了鳗弧菌NB10中一个新型极端碱性诱导启动子,该启动子能显著增强FK506结合蛋白型肽酰脯氨酰顺反异构酶的表达 | 发现了一个位于鳗弧菌肽酰脯氨酰顺反异构酶五端上游区域的新型极端碱性诱导启动子,在pH 10条件下能实现2.88倍的基因表达上调 | 研究目前仅在大肠杆菌中验证了启动子功能,尚未在原宿主鳗弧菌或其他微生物系统中进行广泛测试 | 鉴定和表征鳗弧菌NB10中响应极端碱性条件的启动子区域 | 鳗弧菌NB10的FK506结合蛋白型肽酰脯氨酰顺反异构酶及其上游启动子区域 | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学分析、β-半乳糖苷酶报告基因系统 | NA | 基因表达数据、酶活性数据 | NA | 报告基因构建 | 大肠杆菌 | 碱性诱导启动子系统 | 工业生物技术 |
| 710 | 2025-10-05 |
Identification of Thermoregulatory Factors Involved in Validamycin Biosynthesis and Reconstitution of a Thermoregulated Expression System
2025-Jul, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70068
PMID:40611707
|
研究论文 | 本研究在链霉菌中鉴定到参与有效霉素生物合成的温度调控因子,并重建了一个温度调控表达系统 | 首次在链霉菌中发现P启动子的温度调控机制,并成功构建了更高效的短启动子温度调控系统 | 研究仅限于两种链霉菌宿主,未在其他微生物中验证系统的普适性 | 研究链霉菌中温度调控系统在有效霉素生物合成中的作用 | 吸水链霉菌TL01和白色链霉菌J1074 | 合成生物学 | NA | DNA亲和层析,启动子工程,基因过表达 | NA | 基因表达数据,代谢产物产量数据 | 多种工程化链霉菌菌株 | 启动子工程,基因过表达 | Streptomyces albus J1074, Streptomyces hygroscopicus TL01 | 温度调控表达系统,包含改造的短启动子和调控蛋白SHJG_5852、SHJG_6392 | 工业生物技术 |
| 711 | 2025-10-05 |
Bridging BioSciences and technology: The impact of AI & GenAI in life sciences and agribusiness
2025-Jun-16, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149623
PMID:40516836
|
综述 | 探讨生成式人工智能在生命科学和农业综合企业中的多层面影响 | 系统阐述生成式AI在药物发现、蛋白质结构预测、作物育种及合成生物学等前沿领域的创新应用 | 未具体说明数据隐私、算法偏见和利益公平分配等伦理问题的解决方案 | 分析生成式AI与生物科学交叉融合的技术影响与发展前景 | 生成式人工智能技术在生命科学和农业领域的应用场景 | 机器学习 | NA | 生成式人工智能 | 大型语言模型(LLM) | 基因组数据、生态数据、分子数据 | NA | NA | NA | NA | 医药, 农业, 环境, 能源, 工业生物技术 |
| 712 | 2025-10-05 |
The horizontally transferred gene, CsMTAN, rewired purine traffic to build caffeine factories in tea leaves
2025-Jul-03, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13957
PMID:40607640
|
研究论文 | 本研究通过代谢组学和全基因组关联分析鉴定出茶树中调控嘌呤代谢的关键基因CsMTAN,并揭示其通过水平基因转移演化而来 | 首次发现CsMTAN基因通过水平基因转移进入植物基因组,并证实其F179Y突变会显著改变酶活性,从而影响茶树嘌呤代谢流向 | 研究主要基于体外酶活实验和瞬时过表达验证,缺乏稳定的转基因植物系统验证 | 解析茶树嘌呤代谢和嘌呤生物碱生物合成的遗传与分子机制 | 183个遗传多样性茶树品种的嫩叶和成熟叶 | 植物代谢组学 | NA | 代谢组学分析、全基因组关联分析(GWAS)、系统发育分析、蛋白结构建模、瞬时过表达 | NA | 代谢物数据、基因组数据 | 183个茶树品种的两种组织(嫩叶和成熟叶) | NA | 本氏烟(Nicotiana benthamiana) | NA | 农业、合成生物学 |
| 713 | 2025-10-05 |
Three-dimensional robotic structures fabricated and powered entirely with proteins
2025-Jul-02, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01186-0
PMID:40604266
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研究论文 | 开发了完全由蛋白质构成的3D打印微机器人结构,并通过肌动球蛋白皮层实现驱动 | 首次实现完全基于蛋白质的3D打印机器人结构,采用最小肌动球蛋白皮层进行驱动 | 需要生物材料专业背景,完成过程需15天时间 | 将生物分子活性组装并放大至人造设备中执行工作 | 蛋白质基3D打印结构和肌动球蛋白活性涂层 | 合成生物学 | NA | 3D打印、生物分子组装 | NA | NA | NA | NA | NA | 肌动球蛋白活性涂层系统 | 工业生物技术, 材料 |
| 714 | 2025-10-05 |
Expanding salivary biomarker detection by creating a synthetic neuraminic acid sensor via chimeragenesis
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598939
PMID:38915506
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研究论文 | 本研究通过合成生物学技术开发了一种用于检测口腔鳞状细胞癌唾液生物标志物的全细胞生物传感器 | 创建了新型嵌合转录因子Sphnx用于检测N-乙酰-D-神经氨酸(Neu5Ac),拓展了唾液生物标志物检测能力 | 目前仅为概念验证阶段,尚未应用于临床筛查 | 开发能够早期无创诊断口腔鳞状细胞癌的生物传感器 | N-乙酰-D-神经氨酸(Neu5Ac)唾液生物分子 | 合成生物学 | 口腔鳞状细胞癌 | 合成生物学技术、嵌合转录因子工程 | 全细胞生物传感器(WCB) | 生物分子检测数据 | NA | 嵌合转录因子工程 | 工程细菌 | 可溶性分子检测后触发可观察效应子表达的生物传感器电路 | 医学 |
| 715 | 2025-10-05 |
Bioremediation of complex organic pollutants by engineered Vibrio natriegens
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08947-7
PMID:40335686
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研究论文 | 本研究利用合成生物学技术改造Vibrio natriegens,使其能够在含盐废水和土壤中生物修复复杂有机污染物 | 开发了基于tfoX扩增效应的迭代自然转化基因组工程方法,成功将五个降解基因簇(总43kb)转入V natriegens菌株Vmax | NA | 开发能够耐受盐胁迫并降解复杂有机污染物的工程微生物 | 工程化改造的Vibrio natriegens菌株 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因组工程、化学合成 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | Vibrio natriegens, 酵母 | 插入tfoX主调控基因增强DNA摄取和整合能力,构建五个有机污染物降解基因簇 | 环境 |
| 716 | 2025-10-05 |
Advancing sustainable practices with Paenibacillus polymyxa: From soil health to medical applications and molecular engineering
2025, AIMS microbiology
IF:2.7Q3
DOI:10.3934/microbiol.2025016
PMID:40600215
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综述 | 本文全面分析了多粘类芽孢杆菌在农业、环境、医学和工业等领域的可持续应用潜力 | 强调该细菌作为蛋白质表达、代谢工程和合成生物学多功能平台的潜力,并指出针对该菌的特异性基因编辑技术开发需求 | 天然多粘类芽孢杆菌生物资源的广泛利用受到遗传操作能力和工具的限制 | 深入理解多粘类芽孢杆菌的特性、遗传资源和代谢能力,推动可持续实践发展 | 多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa) | 合成生物学 | NA | 遗传编辑技术、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 多粘类芽孢杆菌 | NA | 农业,环境,医学,工业生物技术 |
| 717 | 2025-10-05 |
Synthetic Forms Most Beautiful: Engineering Insights into Self-Organization
2025-Jul-01, Physiology (Bethesda, Md.)
DOI:10.1152/physiol.00064.2024
PMID:39938118
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综述 | 探讨合成生物学如何通过构建新生命系统来理解生物自组织的基本设计原则 | 提出将长度或时间尺度强加于生物活动是自组织的基本策略,并展示如何在合成系统中实现这一设计目标 | NA | 扩展对生命自组织设计原则的理解 | 生物自组织系统,从细胞到有机体水平 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 自组织系统设计 | 医学, 农业, 环境, 能源, 材料, 食品, 工业生物技术 |
| 718 | 2025-10-05 |
Design principle of successful genome editing applications using CRISPR-based toolkits
2025-Jul-01, Journal of applied genetics
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s13353-025-00979-z
PMID:40591237
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综述 | 探讨基于CRISPR工具包的成功基因组编辑应用设计原则 | 提出构建一体化平台的策略,开发用于微生物宿主(如酵母)的CRISPR基因编辑系统,并讨论减少脱靶切割的方法 | NA | 开发稳健的CRISPR组件设计策略以简化未来基因组编辑应用 | CRISPR-Cas系统及其在微生物宿主中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, Cpf1, dCas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 一体化质粒系统 | 工业生物技术 |
| 719 | 2025-10-05 |
The Japan-UK Synthetic Biology Conference, Spring 2025: Strengthening Global Links to Engineer Biology
2025-Jun-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00232
PMID:40538270
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观点文章 | 总结2025年春季日本-英国合成生物学会议的核心内容,旨在加强两国在合成生物学领域的国际合作 | 通过国际会议促进合成生物学领域的全球合作网络建设,强调专业知识、国家基础设施和资金协调的共享机制 | 仅基于会议讨论内容进行分析,缺乏具体研究数据和实证支持 | 促进日本与英国在合成生物学领域的国际合作与知识交流 | 合成生物学研究社区和国际合作机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 会议讨论内容 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术, 环境, 能源 |
| 720 | 2025-10-05 |
Engineering artificial microbial consortia for personalized gut microbiome modulation and disease treatment
2025-Jun, Annals of the New York Academy of Sciences
IF:4.1Q1
DOI:10.1111/nyas.15352
PMID:40320966
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综述 | 提出通过工程化人工微生物群落实现个性化肠道微生物组调控和疾病治疗的新方法 | 整合合成生物学、系统生物学和先进培养技术,设计具有特定功能的人工微生物群落 | 需要开展严格的临床试验评估安全性和长期影响 | 通过精确调控肠道微生物组治疗疾病 | 人工微生物群落和肠道微生物组 | 合成生物学 | 代谢紊乱、炎症性疾病、胃肠道感染 | 合成生物学、系统生物学、先进培养技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物群落 | 具有治疗分子生产、免疫调节和病原菌竞争等功能的工程化群落 | 医学 |