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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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701 | 2024-12-20 |
Research Progress and Application of Miniature CRISPR-Cas12 System in Gene Editing
2024-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312686
PMID:39684395
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综述 | 本文综述了微型CRISPR-Cas12系统的研究进展及其在基因编辑中的应用 | 微型CRISPR-Cas12系统相比常用的CRISPR-Cas9和CRISPR-Cas12a具有丰富的PAM位点、更高的特异性、更小的体积和较低的细胞毒性 | 微型Cas12蛋白的应用及其编辑效率的改进方法尚未得到系统总结 | 旨在为深入理解微型CRISPR-Cas12系统的功能机制和工程化改造提供参考 | 微型CRISPR-Cas12系统在动物、植物和微生物基因编辑中的应用及其编辑效率的改进策略 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | NA | NA |
702 | 2024-12-20 |
Diverting organic waste from landfills via insect biomanufacturing using engineered black soldier flies (Hermetia illucens)
2024-07-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06516-8
PMID:39048665
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研究论文 | 本文探讨了利用工程化黑水虻(Hermetia illucens)进行昆虫生物制造,以减少有机废物进入垃圾填埋场,并将其转化为高价值产品 | 利用合成生物学开发黑水虻作为可持续的生物制造平台,将多种有机废物转化为增强的动物饲料、高价值生物分子和改良肥料 | NA | 实现循环经济,减少有机废物处理问题 | 黑水虻(Hermetia illucens)及其在有机废物转化中的应用 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
703 | 2024-12-20 |
Broadening the application of Yarrowia lipolytica synthetic biology tools to explore the potential of Yarrowia clade diversity
2024-06, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001472
PMID:38913407
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研究论文 | 本研究展示了将Yarrowia lipolytica合成生物学工具应用于Yarrowia分支其他酵母菌株的潜力 | 首次将Yarrowia lipolytica的合成生物学工具应用于Yarrowia分支的其他酵母菌株,展示了这些工具的多功能性 | 研究仅限于表达荧光蛋白和类胡萝卜素途径,尚未全面评估其他潜在应用 | 探索Yarrowia分支多样性在工业应用中的潜力 | Yarrowia分支的其他酵母菌株 | 合成生物学 | NA | Golden Gate工具包 | NA | NA | 至少五个Yarrowia分支的成员 |
704 | 2024-12-20 |
A vector system for single and tandem expression of cloned genes and multi-colour fluorescent tagging in Haloferax volcanii
2024-05, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001461
PMID:38787390
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研究论文 | 本文开发了一种在嗜盐古菌中进行单基因和串联表达的质粒载体系统,并实现了多色荧光标记 | 本文创新性地设计了包含多种密码子优化荧光蛋白的质粒载体,用于蛋白质的N端或C端标记,并展示了其在细胞骨架蛋白融合中的应用 | 本文未详细讨论该系统在其他古菌物种中的适用性及其在大规模应用中的潜在限制 | 开发用于古菌分子和细胞生物学及生物技术研究的新工具 | 嗜盐古菌中的蛋白质表达、定位及功能研究 | 合成生物学 | NA | 荧光蛋白标记 | NA | 蛋白质 | NA |
705 | 2024-12-20 |
Advancing microbiota therapeutics: the role of synthetic biology in engineering microbial communities for precision medicine
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1511149
PMID:39698189
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综述 | 本文综述了合成生物学在推进微生物组研究和治疗中的变革潜力,探讨了其在精准医学中的应用 | 本文整合了计算机科学、工程学和生物学,利用CRISPR/Cas9基因编辑、代谢工程和合成寡核苷酸合成等前沿技术,为个性化益生菌和工程微生物等靶向治疗铺平道路 | 本文讨论了遗传稳定性、环境安全性和健全的监管框架等挑战,强调了持续研究以确保安全有效的微生物组干预的重要性 | 探讨合成生物学在推进微生物组研究和治疗中的作用,特别是其在精准医学中的应用 | 微生物组、合成生物学技术、肠道微生物在疾病中的作用 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑、代谢工程、合成寡核苷酸合成 | NA | NA | NA |
706 | 2024-12-20 |
Opportunities for engineering outer membrane vesicles using synthetic biology approaches
2023, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids
DOI:10.20517/evcna.2023.21
PMID:39697987
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学方法工程化外膜囊泡(OMVs)的潜力 | 本文提出了合成生物学在扩展和加速OMV基础研究和下游应用方面的创新潜力 | NA | 探讨合成生物学方法在OMV研究和实际应用中的潜力,以促进动物和人类健康 | 外膜囊泡(OMVs)及其在药物、疫苗和其他治疗剂递送中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
707 | 2024-12-19 |
Antimicrobials from endophytes as novel therapeutics to counter drug-resistant pathogens
2025-Feb, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2342979
PMID:38710617
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综述 | 本文综述了从内生菌中发现的抗菌药物作为对抗耐药病原体的新型治疗手段的最新趋势、前景和挑战 | 本文探讨了内生菌产生的抗菌药物在靶向微生物病原体方面的潜力,并提出了通过合成生物学(SB)工程提高内生菌产量作为未来研究方向 | 本文主要为综述性质,未提供具体的实验数据或新发现的抗菌药物 | 探讨内生菌抗菌药物在应对耐药病原体方面的潜力和挑战 | 内生菌产生的抗菌药物及其在合成生物学中的应用 | NA | NA | 合成生物学(SB) | NA | NA | NA |
708 | 2024-12-19 |
Discovery and Functional Identification of 2,3-Oxidosqualene Cyclases and Cytochrome P450s in Triterpenoid Metabolic Pathways of Actinidia eriantha
2024-Dec-18, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c06937
PMID:39648448
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研究论文 | 本研究通过转录组测序分析结合合成生物学方法,在酵母中异源表达,鉴定了参与猕猴桃三萜代谢途径的关键酶基因 | 首次鉴定了两个2,3-氧化角鲨烯环化酶(AeOSC2和AeOSC3)和两个细胞色素P450(AeCYP716A8和AeCYP716A9),并成功重建了猕猴桃中乌索烷型和齐墩果烷型三萜的生物合成途径 | NA | 探索猕猴桃中三萜代谢途径的关键酶基因及其功能 | 猕猴桃中的三萜化合物及其生物合成途径 | 代谢组学 | NA | 转录组测序分析,合成生物学 | NA | 基因序列 | NA |
709 | 2024-12-19 |
Characterization and Optimization of Vesicle Properties in bioPISA: from Size Distribution to Post-Assembly Loading
2024-Dec-18, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400483
PMID:39692631
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研究论文 | 本研究探讨了通过生物催化聚合诱导自组装(bioPISA)生成的人工细胞囊泡的形成和特性,包括尺寸分布和后组装加载 | 首次展示了通过bioPISA方法生成具有均匀尺寸和可控内部结构的囊泡,并成功演示了将大分子加载到预形成的囊泡中的可行性 | 研究主要集中在实验室规模,尚未在大规模应用中验证 | 开发具有可控形态的酶合成聚合物囊泡,用于合成生物学等应用 | 通过bioPISA生成的囊泡的尺寸分布、形态和内部结构,以及后组装加载大分子的可行性 | 合成生物学 | NA | 生物催化聚合诱导自组装(bioPISA),荧光相关光谱(FCS),电穿孔 | NA | 囊泡 | 未明确提及具体样本数量 |
710 | 2024-12-19 |
Quantitative Characterization of Gene Regulatory Circuits Associated With Fungal Secondary Metabolism to Discover Novel Natural Products
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407195
PMID:39467708
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研究论文 | 本文利用微流控平台结合数学模型,在单细胞水平上精确表征了与真菌次级代谢相关的基因调控回路 | 首次将微流控平台与数学模型结合,用于单细胞水平上精确表征真菌基因调控回路,并成功重构了生物活性分子的生物合成途径 | 研究仅限于两种代表性真菌基因调控回路,样本量较小 | 探索真菌基因调控回路在次级代谢中的作用,发现新的天然产物 | 真菌基因调控回路及其在次级代谢中的表达强度和时序 | 合成生物学 | NA | 微流控平台 | 数学模型 | 基因表达数据 | 30个转录因子-启动子组合,来自两种代表性真菌基因调控回路,使用模式真菌Aspergillus nidulans |
711 | 2024-12-19 |
Accurate RNA 3D structure prediction using a language model-based deep learning approach
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02487-0
PMID:39572716
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研究论文 | 本文提出了一种基于语言模型的深度学习方法RhoFold+,用于准确预测RNA的三维结构 | RhoFold+通过集成预训练的RNA语言模型和解决数据稀缺问题,提供了一个全自动的端到端RNA三维结构预测管道,并在多个评估中表现优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确预测RNA三维结构的方法,以促进RNA功能研究和RNA靶向药物开发 | 单链RNA的三维结构 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 语言模型 | 序列 | 约2370万条RNA序列 |
712 | 2024-12-19 |
Advanced Antibacterial Strategies for Combatting Biomaterial-Associated Infections: A Comprehensive Review
2024 Nov-Dec, Wiley interdisciplinary reviews. Nanomedicine and nanobiotechnology
DOI:10.1002/wnan.2018
PMID:39654369
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综述 | 本文综述了生物材料相关感染的挑战及其预防策略,重点探讨了抗菌涂层和多功能抗菌生物材料的应用 | 本文讨论了多功能抗菌生物材料的最新进展,并提出了合成生物学作为应对抗菌耐药性的新方法 | 本文主要为综述性质,未提供具体的实验数据或模型 | 旨在指导高效且生物相容的抗菌生物材料的设计与开发 | 生物材料相关感染及其预防策略 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
713 | 2024-12-19 |
Efficient and markerless gene integration with SlugCas9-HF in Kluyveromyces marxianus
2024-07-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06487-w
PMID:38956406
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CRISPR-Cas9的多位点基因整合方法,用于在非传统酵母Kluyveromyces marxianus中组装多个外源基因 | 使用高保真Cas9核酸酶SlugCas9-HF提高了基因编辑的精确度,并开发了一种CRISPR-based的生物合成工具包,能够实现大基因模块的基因组整合和多位点同时整合 | NA | 开发一种高效的基因整合方法,促进Kluyveromyces marxianus在工业生产中的应用 | 非传统酵母Kluyveromyces marxianus | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 基因组 | NA |
714 | 2024-12-18 |
Carotenoids: resources, knowledge, and emerging tools to advance apocarotenoid research
2025-Jan, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2024.112298
PMID:39442633
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综述 | 本文综述了类胡萝卜素及其衍生物阿朴类胡萝卜素的生物合成、调控及其在植物发育、应激反应和植物-有机体相互作用中的作用 | 本文强调了异源表达平台和合成生物学工具在扩展阿朴类胡萝卜素发现、知识和应用方面的价值,并提出了未来研究的新方向 | NA | 探讨类胡萝卜素生物合成的调控及其对阿朴类胡萝卜素形成和生物活性效应的影响 | 类胡萝卜素及其衍生物阿朴类胡萝卜素 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
715 | 2024-12-18 |
Bacterial 5' UTR: A treasure-trove for post-transcriptional regulation
2025 Jan-Feb, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108478
PMID:39551455
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综述 | 本文综述了细菌5' UTR在转录后调控中的作用及其在合成生物学和代谢工程中的应用 | 本文整合了当前对5' UTR调控功能的理解,展示了5' UTR元件设计和筛选的最新进展,并更新了开发的工具和调控策略 | 本文强调了未来建立可靠的生物信息学分析方法和非模式细菌底盘的挑战和必要性 | 探讨细菌5' UTR衍生的调控元件及其在合成生物学和代谢工程中的应用 | 细菌5' UTR及其调控元件 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
716 | 2024-12-18 |
Harnessing microbial heterogeneity for improved biosynthesis fueled by synthetic biology
2025, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.11.004
PMID:39686977
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综述 | 本文综述了微生物异质性对生物合成的影响,并探讨了合成生物学工具和策略如何通过调控微生物异质性来提高生物合成效率 | 提出了利用微生物异质性(IHP-RHR)的工作流程,通过增加遗传异质性筛选高产菌株,并在生产过程中减少异质性以获得高稳健性菌株 | 未具体讨论实际应用中的挑战和解决方案 | 探讨如何通过合成生物学和单细胞技术调控微生物异质性,以提高微生物细胞工厂的效率和稳健性 | 微生物异质性及其对生物合成的影响 | 合成生物学 | NA | 单细胞技术 | NA | NA | NA |
717 | 2024-12-18 |
Engineered bacteria that self-assemble bioglass polysilicate coatings display enhanced light focusing
2024-Dec-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2409335121
PMID:39656206
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研究论文 | 本文利用合成生物学方法,通过工程化细菌表达来自海生海绵的硅酸盐生物矿化酶silicatein,使其自组装形成多硅酸盐“生物玻璃”涂层,从而增强光聚焦能力 | 本文首次利用工程化细菌自组装形成多硅酸盐涂层,并展示了其显著的光聚焦能力,亮度比未修饰的细菌高出近一个数量级 | 本文未详细讨论该技术的实际应用场景和大规模生产的可能性 | 探索合成生物学在生产具有独特光学特性的光子组件中的应用 | 工程化细菌及其自组装形成的多硅酸盐涂层 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
718 | 2024-12-18 |
Exploring the Promoter Generation and Prediction of Halomonas spp. Based on GAN and Multi-Model Fusion Methods
2024-Dec-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252313137
PMID:39684846
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研究论文 | 本文提出了基于生成对抗网络(GAN)和多模型融合方法的极端微生物Halomonas spp.启动子生成与预测方法 | 首次为极端微生物Halomonas spp.构建了启动子强度数据库,并提出了基于GAN和多模型融合的启动子设计与预测方法 | 需要进一步验证该方法在其他极端微生物中的适用性 | 探索极端微生物Halomonas spp.的启动子生成与预测方法,推动工业生物技术的发展 | 极端微生物Halomonas spp.的启动子序列及其强度预测 | 合成生物学 | NA | 生成对抗网络(GAN),多模型融合 | 生成对抗网络(GAN),双向长短期记忆网络(BiLSTM),卷积神经网络(CNN) | 序列数据 | 未明确说明具体样本数量 |
719 | 2024-12-18 |
Cutting-edge developments in plastic biodegradation and upcycling via engineering approaches
2024-Dec, Metabolic engineering communications
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mec.2024.e00256
PMID:39687771
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综述 | 本文综述了通过工程方法促进塑料降解和升级回收的最新进展 | 本文介绍了通过合成生物学和代谢工程构建高性能微生物和酶用于塑料去除和生物升级回收的创新方法 | 本文主要集中在工程方法的综述,未提供具体的实验数据或案例研究 | 探讨通过工程方法促进塑料降解和升级回收的潜力,并展望可持续循环塑料经济的发展 | 塑料降解和升级回收的微生物、酶及其应用 | NA | NA | 合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA |
720 | 2024-12-18 |
Positions of cysteine residues reveal local clusters and hidden relationships to Sequons and Transmembrane domains in Human proteins
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77056-8
PMID:39468182
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研究论文 | 本文研究了人类蛋白质中半胱氨酸残基的位置与N-糖基化位点和跨膜结构域之间的关系 | 发现了半胱氨酸残基在蛋白质中的频率与长度相关,并且CC间隙的频率可以作为区分具有特殊结构和功能的蛋白质的分类器 | 讨论了计算预测中缺乏的蛋白质结构动力学,但未提供具体的改进方法 | 研究人类蛋白质中半胱氨酸残基的位置与N-糖基化位点和跨膜结构域之间的关系 | 人类蛋白质中的半胱氨酸残基、N-糖基化位点和跨膜结构域 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 蛋白质序列 | 整个人类蛋白质组 |