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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2025-10-05 |
Framing synthetic biology as an innovation-driven market
2025-Aug, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.02.003
PMID:39984349
|
研究论文 | 提出了一个合成生物学市场框架以统一对其商业潜力的理解 | 区分专业合成生物学市场与更广泛的产品市场,并提出专门的市场框架 | NA | 构建合成生物学市场框架以明确其商业潜力 | 合成生物学市场及其商业潜力 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 702 | 2025-10-05 |
The XNA alphabet
2025-Jul-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf635
PMID:40650979
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综述 | 本文系统综述了糖修饰的异源核酸(XNA)的结构分类、构象特性及其在生物技术和合成生物学中的应用前景 | 提出了XNA字母表的概念,系统分类了能与天然核酸相互作用和正交的两类XNA系统,阐明了糖组分对XNA构象空间和杂交特性的决定性作用 | NA | 总结糖修饰XNA系统的构象行为原理及其在合成遗传学、核酸治疗等领域的应用潜力 | 糖修饰的异源核酸(XNA)系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物技术, 医学诊断, 纳米技术 |
| 703 | 2025-10-05 |
Direct and quantitative analysis of tRNA acylation using intact tRNA liquid chromatography-mass spectrometry
2025-05, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01086-9
PMID:39762443
|
研究论文 | 开发了一种基于完整tRNA液相色谱-质谱联用技术的直接定量分析tRNA酰化方法 | 首次使用完整tRNA的LC-MS方法直接监测aaRS活性,可检测低至0.23%的反应产率,并能检测传统方法无法检测的flexizyme酰化产物 | 需要分子生物学、液相色谱-质谱和无RNase技术的基础专业知识,完成实验至少需要5小时 | 开发定量分析tRNA酰化的新方法 | 氨基酰-tRNA合成酶(aaRSs)催化的tRNA酰化反应 | 分析化学 | NA | 液相色谱-质谱联用(LC-MS),离子对反相色谱,高分辨率飞行时间质谱 | NA | 质谱数据 | NA | flexizyme | NA | NA | 合成生物学,基础研究 |
| 704 | 2025-10-05 |
Words Are Essential, but Underexamined, Research Tools for Microbes and Microbiomes
2021-Aug-31, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00769-21
PMID:34463574
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研究论文 | 本文探讨语言和隐喻在微生物及微生物组研究中作为科学建构工具的作用 | 首次系统分析隐喻如何塑造合成生物学和微生物组研究中与微生物工作的可能性 | NA | 研究语言工具如何构建科学观察和期望,确保所选工具适合研究目标 | 微生物研究中的语言和隐喻工具 | NA | NA | NA | NA | 文本分析 | NA | NA | 酵母, 细菌 | NA | 合成生物学, 微生物组研究 |
| 705 | 2025-10-05 |
Retooling Microbiome Engineering for a Sustainable Future
2021-Aug-31, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00925-21
PMID:34463582
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评论 | 讨论如何利用系统生物学和合成生物学工具重新设计微生物组工程方法以应对未来可持续发展挑战 | 提出将系统生物学、合成生物学、自动化和机器学习相结合的新工程范式,实现对微生物组的精确操控 | NA | 探讨如何改进微生物组工程方法以更好地应对可持续发展需求 | 微生物群落及其在生物技术中的应用 | 合成生物学 | NA | 系统生物学、合成生物学、机器学习 | NA | NA | NA | NA | 非模式微生物、微生物组 | 代谢网络 | 环境,工业生物技术 |
| 706 | 2025-10-05 |
Deciphering and Predicting Thermal and pH Stabilities of Triplex DNA Under Multifactorial Conditions
2025-Aug-11, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202507190
PMID:40498537
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研究论文 | 本研究通过开发高通量5DFRETMA方法,系统解析了环境因素和序列特征对三链DNA稳定性的影响 | 开发了高通量5D荧光共振能量转移熔解退火方法,首次实现了多因素条件下三链DNA热稳定性和pH稳定性的预测 | NA | 揭示环境和序列因素如何调控三链DNA稳定性 | 三链DNA | 合成生物学 | NA | 5D荧光共振能量转移熔解退火 | 预测模型 | 荧光共振能量转移数据 | 测试了414组缓冲条件 | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学 |
| 707 | 2025-10-05 |
Chemistry and biology of natural stilbenes: an update
2025-02-19, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00033a
PMID:39711130
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综述 | 系统回顾2009-2023年间发现的409种天然二苯乙烯类化合物,重点分析寡聚二苯乙烯的结构分类、仿生合成及生物活性 | 首次系统梳理近15年新发现的二苯乙烯类化合物,特别关注具有独特骨架的寡聚二苯乙烯及其绝对立体化学研究 | 仅涵盖2009-2023年间报道的化合物,未涉及更早期的研究成果 | 总结天然二苯乙烯类化合物的化学结构与生物活性研究进展 | 天然二苯乙烯类化合物,特别是寡聚二苯乙烯 | 天然产物化学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 文献数据 | 409种新二苯乙烯化合物 | NA | NA | NA | 医药 |
| 708 | 2025-10-05 |
Scaling up for success: from bioactive natural products to new medicines
2024-12-11, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00022f
PMID:39129507
|
观点文章 | 介绍诺华公司在天然产物药物发现领域的工具、挑战和成功经验 | 整合基因组工程和数据科学等新技术,探索抗体药物偶联物、放射性配体疗法和xRNA药物等新治疗模式 | NA | 推动天然产物从早期研究向开发和临床应用转化 | 微生物菌株和分离的天然产物 | 药物发现 | NA | 基因组工程、数据科学、计算生物学、合成生物学 | NA | NA | 90,000个微生物菌株和20,000个分离的天然产物 | NA | NA | NA | 医药 |
| 709 | 2025-10-05 |
Regulation of daptomycin biosynthesis in Streptomyces roseosporus: new insights from genomic analysis and synthetic biology to accelerate lipopeptide discovery and commercial production
2024-12-11, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00024b
PMID:39279757
|
综述 | 本文通过基因组分析和合成生物学方法研究玫瑰孢链霉菌中达托霉素生物合成的调控机制 | 发现高产菌株在达托霉素生物合成基因簇的大启动子区域存在两个突变,并鉴定出十个可用于代谢工程调控的正负调控基因 | NA | 通过基因组分析和合成生物学方法加速脂肽类抗生素的发现和商业化生产 | 玫瑰孢链霉菌及其达托霉素生物合成基因簇 | 合成生物学 | 革兰氏阳性菌感染 | 基因组测序、代谢工程、合成生物学、诱变育种 | NA | 基因组序列数据 | 两种菌株(野生型低产菌株和MNNG诱变高产菌株) | 代谢工程,合成生物学,定向诱变 | 玫瑰孢链霉菌 | 达托霉素生物合成基因簇,包含九个翻译偶联基因 | 医药 |
| 710 | 2025-10-05 |
Strategies for developing phages into novel antimicrobial tailocins
2024-10, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.03.003
PMID:38580606
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综述 | 本文综述了利用噬菌体作为支架开发新型尾蛋白抗生素的策略 | 提出通过合成生物学方法以具有收缩尾的噬菌体为支架开发尾蛋白,释放其抗菌潜力 | NA | 开发新型尾蛋白抗生素以解决天然尾蛋白多样性有限的问题 | 噬菌体尾部和尾蛋白的结构与功能 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 尾蛋白生物合成途径 | 医药 |
| 711 | 2025-10-05 |
Mutagenesis techniques for evolutionary engineering of microbes - exploiting CRISPR-Cas, oligonucleotides, recombinases, and polymerases
2024-09, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.02.006
PMID:38493013
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综述 | 本文总结了微生物进化工程领域的最新进展,重点介绍了利用CRISPR-Cas、寡核苷酸、重组酶和聚合酶等技术增强微生物遗传多样性的方法 | 系统比较了多种现代诱变技术,特别强调通过合成生物学和CRISPR-Cas技术实现突变类型和位置的可控性 | 主要聚焦于模式微生物,未全面涵盖非模式工业微生物的应用 | 开发高效微生物进化工程技术以优化工业微生物性能 | 工业微生物及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas, 寡核苷酸介导诱变, 重组酶技术, 聚合酶工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 模式微生物 | 代谢途径优化 | 工业生物技术 |
| 712 | 2025-10-05 |
Unveiling Amaryllidaceae alkaloids: from biosynthesis to antiviral potential - a review
2024-05-22, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00044c
PMID:38131392
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综述 | 本文综述了石蒜科生物碱从生物合成到抗病毒潜力的研究进展 | 整合了2017-2023年最新研究成果,强调合成和对映选择性研究在验证生物合成结论中的关键作用,并确立其作为抗病毒先导化合物的潜力 | 生物合成途径尚未完全阐明,需要进一步跨学科研究来理解结构-活性关系 | 系统梳理石蒜科生物碱的生物合成途径及其抗病毒应用潜力 | 石蒜科生物碱及其生物合成途径 | 天然产物化学与合成生物学 | 病毒性疾病 | 天然产物化学、合成有机化学、生物化学、系统生物学、合成生物学 | NA | 文献资料与实验数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 713 | 2025-10-05 |
Bacterial cyclophane-containing RiPPs from radical SAM enzymes
2024-05-22, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00030c
PMID:38047390
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综述 | 本文重点介绍由自由基SAM/SPASM酶催化的细菌单芳基环烷结构RiPPs天然产物的生物合成途径、发现方法和应用前景 | 系统总结了2016-2023年间细菌环烷结构RiPPs的研究进展,重点关注其独特的生物合成机制和药物开发潜力 | 仅聚焦于细菌来源的单芳基环烷RiPPs,未涵盖其他类型环烷结构或真核生物来源的RiPPs | 探讨含环烷结构的核糖体合成后修饰肽(RiPPs)的生物合成途径、酶学机制和应用价值 | 细菌来源的环烷结构RiPPs天然产物及其生物合成酶 | 天然产物化学 | 细菌感染 | 自由基SAM/SPASM酶催化 | NA | 文献综述 | NA | NA | 细菌 | NA | 药物发现, 合成生物学 |
| 714 | 2025-10-05 |
The biosynthetic logic and enzymatic machinery of approved fungi-derived pharmaceuticals and agricultural biopesticides
2024-04-24, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00040k
PMID:37990930
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综述 | 系统阐述真菌来源天然产物的生物合成逻辑与酶学机制及其在药物和农用生物农药开发中的应用 | 整合基因组挖掘与合成生物学策略,提出通过理性设计扩展真菌天然产物化学多样性的新途径 | 未明确说明具体技术实施的技术瓶颈与转化应用的时间周期 | 解析已批准真菌源药物和生物农药的生物合成机制并探索其合成生物学改造策略 | 真菌来源的天然产物及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、异源重建、代谢工程 | NA | 基因组数据、酶学数据 | NA | 异源表达宿主 | 真菌 | 聚酮合酶(PKS)、非核糖体肽合成酶(NRPS)、PKS/NRPS杂合系统、萜类、吲哚生物碱的生物合成途径 | 医药, 农业 |
| 715 | 2025-10-05 |
Simple phenylpropanoids: recent advances in biological activities, biosynthetic pathways, and microbial production
2024-01-24, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00012e
PMID:37807808
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综述 | 概述简单苯丙素类化合物的生物活性、不同物种的生物合成途径及微生物生产工程策略 | 系统比较植物/细菌/真菌的生物合成路径差异,总结近十年微生物生产的关键工程策略 | 基于文献综述未涉及原始实验数据 | 探讨简单苯丙素类化合物的可持续微生物生产方案 | 简单苯丙素类化合物(C6-C3骨架天然产物) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物 | 生物合成途径工程 | 香料,营养品,生物材料,制药 |
| 716 | 2025-10-05 |
Engineering yeast for the production of plant terpenoids using synthetic biology approaches
2023-12-13, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00005b
PMID:37523210
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综述 | 本文综述了2011-2022年间通过合成生物学方法在酵母中生产植物萜类化合物的研究进展 | 系统总结了酵母工程化生产萜类化合物的四个关键方向:宿主代谢调控、代谢途径重构、酶催化特性改造以及生产定位策略 | NA | 通过代谢工程和合成生物学方法在微生物宿主中生产萜类化合物 | 酵母工程化及植物萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酵母 | 代谢途径重构、酶催化系统改造、亚细胞区室化 | 工业生物技术, 医药 |
| 717 | 2025-10-05 |
Synthetic biology approaches for restoring gut microbial balance and engineering disease-specific microbiome therapeutics
2025-Oct, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.107931
PMID:40716471
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综述 | 探讨利用合成生物学方法恢复肠道微生物平衡及开发疾病特异性微生物组疗法的前沿进展 | 提出整合区域微生物组生态型、饮食响应模块化设计和适应性代谢建模的生态精准工程框架 | NA | 开发精准调控肠道微生物组的下一代策略 | 人工微生物群落(AMCs)与肠道微生物组 | 合成生物学 | 炎症性肠病、肥胖、糖尿病、神经退行性疾病 | CRISPR基因组编辑、代谢工程、多组学整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 人工微生物群落 | 疾病特异性微生物功能障碍的理性设计 | 医学 |
| 718 | 2025-10-05 |
Exploring lipid diversity and minimalism to define membrane requirements for synthetic cells
2025-Aug-11, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70131
PMID:40787853
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综述 | 探讨合成细胞膜系统的脂质多样性与最小化要求 | 通过对比自下而上和自上而下的合成细胞构建方法,强调膜蛋白与脂质环境的关键相互作用 | NA | 定义自繁殖合成细胞所需的最小脂质组要求 | 合成细胞的脂质膜系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术, 环境科学 |
| 719 | 2025-10-05 |
A Strictly Inducible and Orthogonal Dre-rox System for Precise and Markerless Genome Editing in Bacillus subtilis
2025-Jul-25, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2505.05006
PMID:40730489
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研究论文 | 本研究在枯草芽孢杆菌中建立了一种严格诱导且正交的Dre-rox系统,用于精确无标记基因组编辑 | 开发了茶碱诱导型核糖开关严格控制Dre表达以减少渗漏重组,首次证明Dre与Cre在各自识别位点上无串扰正交工作,支持单次诱导同步多位点切除 | NA | 扩展微生物基因组工程工具包,开发与Cre性能相当且能正交功能的位点特异性重组酶系统 | 枯草芽孢杆菌基因组编辑系统 | 合成生物学 | NA | 位点特异性重组,基因组编辑 | NA | NA | NA | Dre-rox系统,Cre-lox系统 | 枯草芽孢杆菌 | 茶碱诱导型核糖开关控制的Dre表达系统,正交重组系统 | 工业生物技术 |
| 720 | 2025-10-05 |
CRISPR.BOT an autonomous platform for streamlined genetic engineering and molecular biology applications
2025-Aug-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01655-2
PMID:40770192
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研究论文 | 介绍CRISPR.BOT自主基因工程平台,旨在革新分子生物学实验流程 | 开发了基于乐高机器人的低成本自主基因工程平台,实现单细胞亚克隆纯度达90-100% | 未提及平台在复杂实验环境中的稳定性和长期运行可靠性 | 开发低成本自动化基因工程平台以提升实验效率和安全性 | 细菌宿主、人类细胞系、SARS CoV-2病毒 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑、慢病毒转导、质粒DNA转移 | NA | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌, 人类细胞系 | GFP报告基因系统、CRISPR-gRNA编辑系统 | 医学, 工业生物技术 |