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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-12-22 |
Enzyme promiscuity in the field of synthetic biology applied to white biotechnology: Opportunities and weaknesses
2025-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100026
PMID:41415683
|
综述 | 本文探讨了酶的多功能性在合成生物学应用于白色生物技术中的机遇与弱点 | 强调了酶多功能性作为地下代谢的来源,在构建高效生产路径中的优势,同时指出其可能导致产量损失和代谢干扰的挑战 | 未提供具体实验数据或案例研究,主要基于理论分析和展望 | 改善微生物细胞工厂在生物生产中的性能,通过理解酶多功能性来优化工程策略 | 微生物代谢网络和酶的多功能性 | 合成生物学 | NA | 系统生物学和合成生物学工具 | 机器学习 | 遗传、代谢、酶学和发酵过程数据 | NA | NA | 微生物 | 代谢网络工程 | 工业生物技术 |
| 722 | 2025-12-22 |
Innovative tools for customized yeast cell factory
2025-Jun, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100010
PMID:41416100
|
综述 | 本文简要综述了合成生物学创新工具在定制化酵母细胞工厂开发中的最新重要进展与前景 | 系统性地总结了推动酵母细胞工厂快速发展的多种创新工具,包括基因组编辑工具、计算工具、适应性实验室进化和生物DNA部件的标准化,并提供了实用指南 | NA | 为定制化酵母细胞工厂的新型、有效和高效开发提供实用指南 | 酵母细胞工厂及其相关的合成生物学工具 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑,适应性实验室进化,DNA部件标准化 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 基因、回路、通路和网络的重编程 | 食品,能源,医药,工业生物技术 |
| 723 | 2025-12-22 |
Utilizing plant synthetic biology to accelerate plant-microbe interactions research
2025-Jun, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100007
PMID:41416106
|
综述 | 本文综述了植物合成生物学在加速植物-微生物互作研究中的应用,包括分子机制解析、抗病性增强和合成共生工程 | 利用合成生物学工具进行多基因表征和工程化,以解决传统方法在解析复杂通路交叉对话方面的不足 | NA | 加速植物-微生物互作研究,以提升生态系统韧性和作物产量 | 植物与有益及病原微生物的互作机制 | 合成生物学 | NA | 分子生物学、遗传学、合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 合成共生工程 | 农业 |
| 724 | 2025-12-22 |
Towards sustainable freshwater systems through plant synthetic biology engineering plants for sustainability
2025-Mar, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100009
PMID:41415721
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研究论文 | 本文探讨利用植物合成生物学工程化植物,以过滤海水和储存淡水,应对气候变化和淡水需求 | 提出结合自然设计原则和先进合成生物学工具(如计算蛋白质设计和定向进化),工程化植物平台以可持续方式提供淡水 | NA | 通过植物合成生物学开发可持续淡水系统,减少气候变化影响 | 植物作为合成生物学平台 | NA | NA | 计算蛋白质设计,定向进化 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 植物 | 工程化植物以过滤海水和储存淡水,结合自然组件和适应性特性 | 环境 |
| 725 | 2025-12-22 |
Yeast-secreted compounds with antifungal activity-screening, genetic parts, biosynthetic pathways, and regulation
2025-Jan-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf068
PMID:41258858
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综述 | 本文综述了酵母分泌的具有抗真菌活性的化合物,包括筛选方法、遗传元件、生物合成途径和调控机制 | 整合了当前关于酵母抗真菌化合物的分子知识,并提出了筛选和工程化这些化合物以应用于生物防治、食品保存和人类健康的新方法 | NA | 探索酵母分泌的抗真菌化合物,以开发新型抗真菌剂,应对抗真菌耐药性问题 | 酵母分泌的化合物,如铁螯合剂、生物表面活性剂、挥发性有机化合物、霉菌素和水解酶 | 合成生物学 | 真菌感染 | 合成生物学工具 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 酵母 | NA | 农业, 食品安全, 生物防治, 人类健康 |
| 726 | 2025-12-22 |
From bark to bench: innovations in QS-21 adjuvant characterization and manufacturing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1677995
PMID:41409277
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综述 | 本文以皂苷类佐剂QS-21为核心案例,综述了佐剂开发中的关键挑战及新兴技术解决方案,并提出了整合合成生物学、人工智能和系统免疫分析的佐剂开发新愿景 | 提出了“从树皮到实验室”的整合佐剂开发管线,结合合成生物学、人工智能和系统免疫分析,以加速新一代佐剂的发现与应用 | 本文为综述性文章,未报告原始实验数据,主要基于现有文献进行分析和展望 | 探讨佐剂开发中的挑战与技术创新,特别是针对QS-21佐剂的特性改进与可持续生产 | 皂苷类佐剂QS-21及其类似物 | 生物医学工程 | NA | 合成生物学、生物工程、纳米颗粒制剂技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物、植物平台 | NA | 医药 |
| 727 | 2025-12-22 |
OpenIDS2: A low-cost, 3D-printed, open-source platform for reproducible construction of DNA microarray synthesizers
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0338478
PMID:41411291
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研究论文 | 本文介绍了OpenIDS2,一种低成本、开源、基于喷墨技术的第二代DNA合成器,旨在实验室环境中实现灵活且低成本的寡核苷酸合成 | OpenIDS2通过3D打印机械部件、定制PCB集成控制电子设备以及蠕动泵批量溶液输送系统,显著降低了设备体积和成本,提高了操作稳定性和可重复性 | NA | 开发一种开源、低成本的DNA微阵列合成器平台,以促进实验室自动化和寡核苷酸合成的可及性 | DNA微阵列合成器(OpenIDS2)及其合成性能 | 合成生物学 | NA | 磷酸胺化学合成、尿素-PAGE、HPLC | NA | NA | 合成了15-mer poly(dT)序列 | 3D打印、定制PCB | NA | NA | 生物技术、分子诊断、合成生物学 |
| 728 | 2025-12-21 |
Challenges and opportunities beyond antibody-drug conjugates: Toward a new era of programmable therapeutic proteins
2026-Jan-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.153018
PMID:41297517
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综述 | 本文综述了抗体-药物偶联物(ADCs)的当前成就与未解决问题,并强调了基于全基因编码蛋白质构建体的创新方向,特别是双功能嵌合蛋白,为下一代蛋白质治疗药物奠定基础 | 强调双功能嵌合蛋白作为ADCs的替代方案,整合基于支架的靶向域与肽衍生细胞毒性模块,具有高选择性、紧凑结构、低免疫原性和细菌表达兼容性,并利用合成生物学、展示系统和机器学习等技术加速其发现与优化 | NA | 探索超越ADCs的可编程治疗蛋白质,以克服ADCs的高成本、分子异质性、系统毒性和窄治疗窗等限制,推动标准化和可及性治疗的发展 | 抗体-药物偶联物(ADCs)及其替代方案,特别是双功能嵌合蛋白质构建体 | 个性化医疗 | 肿瘤学 | 合成生物学、展示系统、机器学习 | NA | NA | NA | NA | 细菌表达系统 | NA | 医学 |
| 729 | 2025-12-21 |
A Modular and Customizable CRISPR/Cas Toolkit for Epigenome Editing of Cis-regulatory Modules
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503917
PMID:41024337
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研究论文 | 本文开发了一种模块化CRISPR/Cas工具包,用于表观基因组编辑,以解析和工程化顺式调控模块的功能 | 开发了基于dead Cas9的DNA去甲基化(dCd)和DNA甲基化(dCm)平台,实现了对顺式调控模块的可编程编辑和跨物种移植性研究 | NA | 研究表观遗传标记如何因果影响顺式调控模块功能,并开发工具进行工程化调控 | 顺式调控元件和模块,包括植物和酵母中的表观遗传调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas表观基因组编辑,包括DNA甲基化和去甲基化技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物,酿酒酵母 | 逻辑门控基因调控,输入响应型合成表观基因组编辑器 | 合成生物学,性状设计 |
| 730 | 2025-12-21 |
Engineering the Link: From Genome Interaction Maps to Functional Insight
2025-Dec, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500525
PMID:41221676
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综述 | 本文探讨了如何利用基因组工程方法(如锌指蛋白、TALEs和CRISPR-Cas9)来靶向操控3D染色质结构,以揭示基因组结构与功能之间的因果联系 | 通过合成策略重新布线增强子-启动子通信,利用可编程DNA结合平台进行3D基因组工程,作为合成生物学的新支柱 | 当前方法在效率、可扩展性和特异性方面存在限制 | 理解并最终重编程基因组功能,特别是通过操控染色质结构来建立因果联系 | 3D染色质架构,特别是DNA环,以及增强子-启动子相互作用 | 合成生物学 | NA | 染色体构象捕获测序,基因组工程 | NA | 基因组相互作用数据 | NA | 锌指蛋白, TALEs, CRISPR-Cas9 | NA | 增强子-启动子通信的重布线,工程化染色质环 | 医学, 工业生物技术 |
| 731 | 2025-12-21 |
Genomic assembly, rescue, and characterization of a functional pseudorabies virus
2025-Nov-28, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2025.11.010
PMID:41319833
|
研究论文 | 本研究开发了一个基于酵母转化相关重组(TAR)技术的伪狂犬病病毒(PRV)基因组组装平台,用于功能拯救和表征合成病毒 | 利用TAR技术成功组装和拯救了高GC含量、重复序列复杂的PRV基因组,并引入CRISPR/Cas9编辑插入egfp基因 | 合成的PRV-GX-Syn1病毒滴度降低、噬斑变小,且在BALB/c小鼠中仍引起致死性感染,毒力未完全减弱 | 开发快速灵活的PRV基因组修饰平台,以促进基础研究和基于PRV的疫苗载体开发 | 伪狂犬病病毒(PRV),特别是基因型II变异株PRV-GX-2011 | 合成生物学 | 伪狂犬病(由伪狂犬病病毒引起) | 酵母转化相关重组(TAR)、CRISPR/Cas9基因组编辑 | NA | 基因组序列数据 | 使用PRV-GX-2011株进行基因组组装,并在Vero细胞和BALB/c小鼠中进行功能测试 | CRISPR-Cas9, TAR | 酿酒酵母(用于TAR组装)、Vero细胞(用于病毒拯救) | NA | 医学(疫苗开发) |
| 732 | 2025-12-20 |
Graduate Student Literature Review: Advancing synthetic biology in the dairy industry-Innovations, applications, and policy implications
2026-Jan, Journal of dairy science
IF:3.7Q2
DOI:10.3168/jds.2025-27456
PMID:41176263
|
综述 | 本文综述了合成生物学在乳制品行业中的应用现状、创新策略及政策影响 | 系统性地探讨了合成生物学在乳制品行业中的多种分子策略(如重组技术和噬菌体应用)及其政策含义,强调了其在推动行业创新和可持续发展方面的潜力 | NA | 为乳制品行业中合成生物学的当前应用提供全面概述,并展望其未来创新策略和政策影响 | 乳制品行业中的合成生物学技术、应用及政策框架 | NA | NA | 重组技术、噬菌体应用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业, 食品, 工业生物技术 |
| 733 | 2025-12-20 |
Patchoulol: Bioactive Properties, Synthase Catalytic Mechanisms, and Biosynthetic Progress ── a Review
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00552
PMID:41311191
|
综述 | 本文综述了广藿香醇的生物活性、其合酶的催化机制以及生物合成研究进展 | 系统总结了广藿香醇合酶的环化机制假说,并讨论了利用合成生物学和代谢工程提高其生物合成产量的可行策略 | NA | 探讨广藿香醇的生物活性、生物合成机制及其大规模生产的潜在应用前景 | 广藿香醇(一种三环倍半萜醇) | 合成生物学 | NA | 合成生物学,代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 香水,化妆品,医药 |
| 734 | 2025-12-20 |
Environmental Census: Modeling Synthetic Biology Ecological Risk with Metagenomic Enzymatic Data and High-Performance Computing
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00618
PMID:41335476
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研究论文 | 本研究开发了一个名为Environmental Census的Python软件包,用于预测工程微生物的环境范围,通过功能注释相似性评估其生态风险 | 利用公开可用的复合宏基因组数据,结合高性能计算,开发了一种新的风险评估工具,能预测工程微生物在农业-水循环等环境中的潜在定殖风险 | 工具依赖于公开的宏基因组数据,可能无法覆盖所有环境;风险评估基于相似性,可能忽略其他生态因素 | 评估合成生物学中工程微生物的生态风险,辅助其安全设计和管理 | 工程微生物,特别是细菌生物农药,以及农业-水循环环境中的微生物群落 | 计算生物学 | NA | 宏基因组测序,高性能计算 | NA | 宏基因组数据 | 基于公开的复合宏基因组数据库,具体样本数量未指定 | NA | 工程微生物(如细菌生物农药) | NA | 环境,农业 |
| 735 | 2025-12-20 |
Construction and Functional Characterization of a Heterologous Quorum Sensing Circuit in Clostridium sporogenes
2025-Dec-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00628
PMID:41359820
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研究论文 | 本研究在严格厌氧的革兰氏阳性菌Clostridium sporogenes中构建并功能表征了一个异源群体感应(QS)电路,利用agr-QS系统实现密度依赖性基因调控 | 首次在严格厌氧菌中成功工程化agr群体感应系统,扩展了合成生物学工具包,为细菌疗法和代谢工程提供了新机会 | NA | 工程化革兰氏阳性菌中的群体感应系统,以实现密度依赖性基因调控 | 严格厌氧的革兰氏阳性菌Clostridium sporogenes | 合成生物学 | NA | LC-MS/MS | NA | NA | NA | agr-QS系统 | Clostridium sporogenes | 异源群体感应电路,基于agr-QS系统,包括自诱导肽(AIP)生产和QS调控的GFP报告基因 | 医学, 工业生物技术 |
| 736 | 2025-12-20 |
Unveiling the landscape of prokaryotic global regulators through deep protein language models
2025-Dec-17, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00950-25
PMID:41283681
|
研究论文 | 本研究利用深度蛋白质语言模型,系统性地揭示了原核生物全局调节因子的多样性及其进化结构 | 开发了一个基于深度学习的大规模框架,能够识别远程同源物和新型全局调节因子,超越了传统基于相似性或结构域的方法 | NA | 系统性绘制原核生物全局调节因子的调控景观,以理解其多样性和进化动力学 | 14,800个细菌和古菌类型菌株基因组中的全局调节因子样蛋白质 | 自然语言处理 | NA | 深度蛋白质语言模型 | 深度学习模型 | 蛋白质序列 | 14,800个细菌和古菌类型菌株基因组,包含超过270,000个全局调节因子样蛋白质 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 737 | 2025-12-20 |
High-throughput chemical genomic screening: a step-by-step workflow from plate to phenotype
2025-Dec-17, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00885-25
PMID:41313179
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研究论文 | 本文提供了一个从开始到结束进行化学基因组筛选的逐步指南 | 引入了一个可扩展的端到端协议,将实验、成像和计算步骤整合到一个统一的框架中,用于高通量筛选多种微生物物种 | NA | 开发标准化、可重复的工作流程,以促进化学基因组筛选在微生物研究中的广泛应用 | 微生物物种,包括菌株库和基因-环境相互作用 | 系统生物学 | NA | 高通量化学基因组筛选 | NA | 表型数据 | NA | NA | 微生物物种 | NA | 微生物系统生物学,包括微生物组研究、合成生物学和微生物群落研究 |
| 738 | 2025-12-20 |
Harnessing heterogeneity for the rational design of cell manufacturing
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101458
PMID:41412112
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研究论文 | 本文提出利用细胞异质性作为设计特征,通过系统与合成生物学工具优化细胞疗法生产的产量和质量 | 将细胞异质性视为设计优势而非挑战,提出一个从输入细胞状态映射到输出细胞命运的框架,以提升生物工艺稳健性 | NA | 优化干细胞衍生细胞疗法的生产产量和质量,提高生物工艺的稳健性 | 多细胞系统中的细胞异质性(包括宏观和微观层面) | 合成生物学 | NA | 系统与合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 739 | 2025-12-20 |
What do you most hope we will achieve with mammalian synthetic biology within the next decade?
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101485
PMID:41412111
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 740 | 2025-12-20 |
Nanobody CAR-T cells in cancer: From molecular design to clinical translation
2025-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118819
PMID:41319516
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综述 | 本文综述了基于纳米抗体的嵌合抗原受体T细胞(CAR-T)疗法,从分子设计到临床转化的全过程 | 利用单域抗体(VHH)的结构优势,开发出更紧凑、选择性更高、可模块化设计的纳米抗体CAR-T细胞,以克服传统ScFv CAR-T在折叠、信号传导和免疫原性等方面的问题 | 面临肿瘤异质性、免疫逃逸和T细胞耗竭等挑战 | 探讨纳米抗体CAR-T细胞在癌症治疗中的分子设计、功能优势及临床转化潜力 | 纳米抗体CAR-T细胞 | NA | 血液系统恶性肿瘤,实体瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 双特异性、三价及逻辑门控形式的CAR设计 | 医学 |