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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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61 | 2025-05-17 |
[Databases, knowledge bases, and large models for biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240653
PMID:40170304
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综述 | 本文综述了生物制造领域数据库、知识库和大语言模型的最新研究进展 | 探讨了生物制造领域的发展方向、挑战及新兴技术方法 | 未提及具体的技术实现细节或实验验证 | 为相关领域的科学研究提供指导和启发 | 生物制造领域的信息技术整合 | 生物信息学 | NA | 人工智能、大模型、高性能计算 | 大语言模型 | 生物信息学数据 | NA |
62 | 2025-05-17 |
[Intelligent design of nucleic acid elements in biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240599
PMID:40170308
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综述 | 本文总结了生物制造中使用的各种核酸元件、基于AI算法开发的预测和设计这些元件的工具,以及AI在生物制造中的应用案例 | 通过整合AI与合成生物学及高通量技术,展望开发更高效的核酸元件设计工具,加速AI在生物制造中的应用 | 由于生物系统的复杂性和缺乏高度量化的训练数据,AI在生物制造中的应用仍有限 | 探讨AI在生物制造中核酸元件设计与优化中的应用 | 核酸元件(如启动子、核糖体结合位点、终止子等) | 合成生物学 | NA | 高通量技术 | AI算法 | 序列数据 | NA |
63 | 2025-05-17 |
[Artificial intelligence-assisted design, mining, and modification of CRISPR-Cas systems]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240865
PMID:40170307
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review | 本文综述了人工智能技术在CRISPR-Cas系统设计、挖掘和修饰中的应用进展 | 利用AI技术(特别是机器学习)分析高通量测序数据,优化sgRNA设计,提高编辑效率并准确预测脱靶效应 | NA | 探讨人工智能在CRISPR-Cas系统设计、挖掘和修饰中的应用及其对基因编辑效率和精度的提升 | CRISPR-Cas系统及其相关蛋白 | synthetic biology | NA | high-throughput sequencing | machine learning | sequencing data | NA |
64 | 2025-05-17 |
[Machine learning-aided design of synthetic biological parts and circuits]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240605
PMID:40170311
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综述 | 本文回顾了机器学习在合成生物学部件和遗传电路设计中的常用算法及其典型应用,并讨论了主要挑战和潜在解决方案 | 探讨了机器学习如何从经验驱动的试错模式转向标准化、智能化的工程方法,以支持合成生物学部件和遗传电路的智能设计 | 未具体说明机器学习算法在复杂遗传电路设计中的实际效果和局限性 | 推动合成生物学从传统试错方法向智能化工程设计转变 | 合成生物学部件(如合成启动子、RNA调控元件和转录因子)和简单遗传电路 | 合成生物学 | NA | 机器学习 | NA | 生物数据 | NA |
65 | 2025-05-17 |
[Advances in the regulation of microbial cell metabolism and environmental adaptation]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240937
PMID:40170316
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综述 | 本文从三个角度全面综述了细胞代谢和环境适应的调控机制及其在合成生物学中的应用 | 提供了细胞感知代谢和环境变化机制的全面视角,并为合成生物学领域的进一步创新奠定了理论基础 | 目前缺乏对细胞代谢和环境适应调控的系统性综述 | 探讨细胞感知代谢和环境变化的机制及其在合成生物学中的应用 | 细胞的代谢和环境适应调控机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
66 | 2025-05-17 |
[Advances in reconstruction and optimization of cellular physiological metabolic network models]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240966
PMID:40170315
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review | 本文系统介绍了细胞生理代谢网络模型的最新研究进展,包括基因组尺度代谢模型(GEMs)、动力学模型和酶约束基因组尺度代谢模型(ecGEMs) | 总结了人工智能在动力学模型和酶约束模型开发中的应用,为细胞生理代谢网络模型的高精度构建提供了新机遇 | NA | 系统阐明基因型与生长表型之间的关系,为精确表征细胞生理代谢活动和绿色生物制造提供计算生物学工具 | 细胞生理代谢网络模型 | 计算生物学 | NA | 基因组尺度代谢模型(GEMs)、动力学模型、酶约束基因组尺度代谢模型(ecGEMs) | NA | NA | NA |
67 | 2025-05-17 |
[Intelligent design of transcription factor-based biosensors]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240603
PMID:40170310
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综述 | 本文全面总结了在计算模拟和人工智能辅助下,基于转录因子的生物传感器的工程和优化最新进展 | 利用计算模拟和人工智能技术,提高了生物传感器设计的准确性和速度 | NA | 优化基于转录因子的生物传感器性能 | 转录因子(TF) | 合成生物学 | NA | 计算模拟、人工智能、蛋白质结构预测、配体结合模拟、机器学习 | 机器学习模型 | 突变数据 | NA |
68 | 2025-05-17 |
[Optimization of fermentation processes in intelligent biomanufacturing: on online monitoring, artificial intelligence, and digital twin technologies]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250032
PMID:40170318
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综述 | 本文综述了智能生物制造中发酵过程的优化,重点探讨了在线监测技术、人工智能优化策略和数字孪生应用的最新进展 | 整合了在线监测技术、AI驱动的动态优化和数字孪生技术,为发酵过程的实时优化和规模化提供了新范式 | 未提及具体实施案例或实验验证结果 | 实现发酵过程的精确优化和高效规模化 | 发酵过程的实时传感与智能控制 | 智能生物制造 | NA | 在线监测技术、机器学习(如人工神经网络和支持向量机)、遗传算法 | 数字孪生、多尺度模型(如细胞代谢动力学和反应器流体力学) | 实时传感数据 | NA |
69 | 2025-05-17 |
DNA/RNA hybrids avoid channel gating that leads to the continued packaging of numerous hybrids into the phi29 protein shell
2025-Mar-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf242
PMID:40193705
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research paper | 该研究探讨了phi29 DNA包装马达在包装双链DNA和RNA/DNA杂交体时的效率差异及其机制 | 发现RNA/DNA杂交体由于缺乏通道门控机制而比双链DNA更高效地被包装 | 通道门控的具体机制仍不明确 | 研究phi29 DNA包装马达对不同核酸结构的包装效率及其机制 | phi29 DNA包装马达及其包装的双链DNA和RNA/DNA杂交体 | 分子生物学 | NA | 单通道电生理学和蔗糖梯度超速离心 | NA | NA | NA |
70 | 2025-05-17 |
Self-organized spatial targeting of contractile actomyosin rings for synthetic cell division
2024-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54807-9
PMID:39614082
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研究论文 | 该研究通过结合肌动蛋白环和细菌MinDE蛋白系统在GUVs中的重构,展示了自组织空间靶向收缩肌动蛋白环以实现合成细胞分裂的潜力 | 结合肌动蛋白环和细菌MinDE蛋白系统,实现了自组织空间靶向收缩肌动蛋白环,诱导囊泡中段变形和囊泡出芽 | NA | 开发合成细胞自分裂的最小模块 | 巨型单层囊泡(GUVs)和肌动蛋白环 | 合成生物学 | NA | 肌动蛋白环重构和MinDE蛋白系统 | NA | NA | NA |
71 | 2025-05-17 |
Biosynthesis of plant hemostatic dencichine in Escherichia coli
2022-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33255-3
PMID:36123371
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研究论文 | 该研究通过合成生物学方法在大肠杆菌中实现了植物止血成分dencichine的从头生物合成 | 通过逆向生物合成方法设计人工途径,优化关键酶翻译速率,并系统改造代谢网络以提高产量 | NA | 建立dencichine的可持续生产途径 | 植物源天然产物dencichine | 合成生物学 | NA | 逆向生物合成、代谢工程 | NA | NA | NA |
72 | 2025-05-16 |
Microfluidic Fluorescence-Activated Cell Sorting of Convolutional Neural Network-Designed Synthetic Yeast Promoter
2025-May-14, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00025
PMID:40368332
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研究论文 | 本文开发了一种分支卷积神经网络(B-CNN)结合遗传算法,用于设计和筛选合成酵母启动子,并通过微流控荧光激活细胞分选(μFACS)系统进行高通量筛选 | 结合B-CNN和遗传算法设计合成启动子,开发了μFACS系统进行高通量筛选,提高了启动子强度和产物产量 | 未提及实验的具体样本量或筛选范围的具体限制 | 提高合成酵母启动子的设计和筛选效率,以增强基因表达和代谢物生物合成 | 酵母启动子,特别是酒精氧化酶1启动子(P) | 合成生物学 | NA | 微流控荧光激活细胞分选(μFACS),遗传算法 | 分支卷积神经网络(B-CNN) | 序列数据,荧光信号 | 未明确提及具体样本量,但提到细胞通量达到7000细胞/秒 |
73 | 2025-05-16 |
Machine learning-led semi-automated medium optimization reveals salt as key for flaviolin production in Pseudomonas putida
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08039-2
PMID:40251395
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研究论文 | 本文介绍了一种基于机器学习的半自动化培养基优化方法,显著提高了恶臭假单胞菌中黄酮醇的产量 | 提出了一种分子和宿主无关的主动学习流程,通过半自动化管道快速优化培养基,并发现盐浓度是影响黄酮醇生产的关键因素 | 未明确说明该方法在其他宿主或分子生产中的普适性 | 优化培养基以提高恶臭假单胞菌中黄酮醇的产量 | 恶臭假单胞菌KT2440和黄酮醇生产 | 合成生物学 | NA | 机器学习,主动学习,半自动化管道 | NA | 实验数据 | 三个不同的黄酮醇生产实验 |
74 | 2025-05-16 |
Long-Term Yeast Cultivation Coupled with In Situ Extraction for High Triterpenoid Production
2025-Apr-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00273
PMID:40129278
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research paper | 该研究通过结合长期酵母培养与原位提取技术,提高了工程酵母细胞内人参皂苷的生产和输出效率 | 结合长期酵母培养与原位提取技术,显著提高人参皂苷产量,并实现酵母的重复利用 | 研究未提及该方法在大规模工业化生产中的可行性和成本效益 | 提高人参皂苷的生产效率,支持其工业化生产 | 工程酵母 | 合成生物学 | NA | 酵母培养与原位提取技术 | NA | NA | NA |
75 | 2025-05-16 |
Advances in synthesizing plant-derived isoflavones and their precursors with multiple pharmacological activities using engineered yeasts
2025-Mar-29, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02692-2
PMID:40155940
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综述 | 本文综述了利用工程酵母合成植物源性异黄酮及其前体的进展,包括其药理活性、生物合成途径及生产技术策略 | 总结了合成生物学和先进生物技术策略在环境友好型生物活性异黄酮生产中的应用 | 未提及具体实验数据或样本量,可能缺乏对当前技术局限性的深入讨论 | 探讨利用工程酵母可持续高效生产异黄酮的方法 | 植物源性异黄酮及其前体,如大豆苷元和染料木素 | 合成生物学 | NA | 工程酵母生物合成 | NA | NA | NA |
76 | 2025-05-16 |
TTLOC: A Tn5 transposase-based approach to localize T-DNA integration sites
2025-Mar-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf102
PMID:40131780
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Tn5转座酶的T-DNA整合位点定位方法TTLOC,用于高效、低成本地检测转基因植物的T-DNA整合位点 | 开发了基于Tn5转座酶的新型T-DNA整合位点定位技术,相比传统方法具有操作简便、高通量、成本低等优势 | 未明确说明该方法在复杂基因组中的定位准确率或与其他方法的直接比较数据 | 开发高效检测转基因植物T-DNA整合位点的技术,以促进作物育种和植物合成生物学研究 | 转基因拟南芥、水稻、大豆、番茄、马铃薯和小麦 | 植物分子生物学 | NA | Tn5转座酶介导的基因组DNA片段化,NGS测序 | NA | 基因组测序数据 | 65个转基因拟南芥株系和多种转基因作物(水稻、大豆等) |
77 | 2025-05-16 |
Xenotopic synthetic biology: Prospective tools for delaying aging and age-related diseases
2025-Mar-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu1710
PMID:40153513
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综述 | 本文探讨了利用其他物种的酶来逆转与年龄相关的代谢变化,以延缓衰老和年龄相关疾病的策略 | 提出利用非哺乳动物酶作为延缓衰老和年龄相关疾病的未开发资源 | NA | 探讨延缓衰老和年龄相关疾病的新策略 | 来自低等生物的一组酶,这些酶影响与年龄相关过程的代谢参数 | 合成生物学 | 老年病 | NA | NA | NA | NA |
78 | 2025-05-16 |
CAR-T therapy dilemma and innovative design strategies for next generation
2025-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07454-x
PMID:40148310
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综述 | 本文综述了CAR-T细胞疗法面临的困境及下一代设计的创新策略 | 提出了基于合成生物学、生物支架、纳米材料等多学科策略的创新技术,以克服当前CAR-T细胞的障碍 | NA | 探讨CAR-T细胞疗法在肿瘤免疫治疗中的困境及解决方案 | CAR-T细胞疗法 | 肿瘤免疫治疗 | 血液肿瘤 | 合成生物学、生物支架、纳米材料、溶瘤病毒、CRISPR筛选、肠道微生物及其代谢物 | NA | NA | NA |
79 | 2025-05-16 |
Last Decade Insights in Exploiting Marine Microorganisms as Sources of New Bioactive Natural Products
2025-Mar-07, Marine drugs
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/md23030116
PMID:40137302
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综述 | 本文回顾了过去十年在利用海洋微生物作为新型生物活性天然产物来源方面的关键进展 | 强调了基因组学、代谢组学和生物信息学技术创新在发现和表征这些化合物中的作用,以及合成生物学和代谢工程在优化天然产物产量和生成新型生物活性化合物方面的进展 | NA | 探索海洋微生物作为生物活性天然产物来源的潜力及其在蓝色经济领域的应用 | 海洋细菌、真菌和微藻 | 生物技术 | NA | 基因组学、代谢组学、生物信息学、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA |
80 | 2025-05-16 |
Applied photosynthesis: An idea whose time has come
2025-01-01, Biochimica et biophysica acta. Bioenergetics
DOI:10.1016/j.bbabio.2024.149525
PMID:39571881
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研究论文 | 本文介绍了生物混合能源系统在可持续能源生产中的前沿研究,特别是利用光合作用机制开发环保高效太阳能技术 | 结合合成生物学与纳米材料工程,优化生物混合设备的光吸收、能量转换和稳定性,探索独特的光活性色素 | NA | 开发可持续能源技术,替代传统太阳能技术 | 生物混合设备,包括蓝藻、藻类、紫色细菌和古菌等光合生物 | 可再生能源技术 | NA | 合成生物学、纳米材料工程 | NA | NA | NA |