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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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61 | 2025-06-10 |
Dynamical mechanisms of growth-feedback effects on adaptive gene circuits
2025-Jun-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89170
PMID:40470804
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研究论文 | 本文研究了工程基因电路在宿主细胞中的动态机制,特别是生长反馈对电路性能的影响 | 系统研究了400多种拓扑结构,揭示了电路失败的三种动态机制,并发现了一种电路鲁棒性度量与生长反馈强度之间的比例关系 | 研究主要基于计算模拟,需要进一步的实验验证 | 理解基因电路与宿主细胞间的相互作用机制,特别是生长反馈对电路性能的影响 | 工程基因电路的拓扑结构和动态行为 | 合成生物学 | NA | 转录调控电路 | NA | 计算模拟数据 | 400多种拓扑结构 |
62 | 2025-06-10 |
From molecular mechanisms to clinical translation: Silk fibroin-based biomaterials for next-generation wound healing
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144266
PMID:40381758
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综述 | 本文系统总结了丝素蛋白(SF)及其复合材料在伤口愈合中的制备策略、功能修饰和多维应用机制 | 整合了SF分子机制和材料设计的最新进展,并强调其在精准医学中的潜力,如开发基因工程SF用于定制免疫调节网络 | 当前SF材料开发面临的挑战包括机械稳定性、降解可控性以及大规模生产的标准化 | 开发高效、多功能且可临床转化的SF基材料用于伤口愈合 | 丝素蛋白(SF)及其复合材料 | 生物材料 | 伤口愈合 | 3D生物打印和合成生物学技术 | NA | NA | NA |
63 | 2025-06-10 |
Thiotemplated Polyketide Chain Fusion and Reductive Cyclization Build the Reactive Butenolide Core of Malleicyprol
2025-May-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202504485
PMID:40401345
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研究论文 | 本文揭示了Burkholderia pseudomallei病原体毒力因子malleicyprol中反应性丁烯内酯核心的生物合成机制 | 首次阐明通过两个聚酮链的头对头融合和还原环化构建丁烯内酯核心的非经典生物合成途径 | NA | 解析malleicyprol毒力因子中丁烯内酯核心的生物合成机制 | Burkholderia pseudomallei病原体的毒力因子malleicyprol | 合成生物学 | 细菌感染 | 化学合成、体外生物转化重构、突变分析、生化测定 | NA | 实验数据 | NA |
64 | 2025-06-10 |
Transformative strategies for saline soil restoration: Harnessing halotolerant microorganisms and advanced technologies
2025-Apr-28, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04342-6
PMID:40289223
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综述 | 本文综述了利用耐盐微生物和先进技术修复盐渍土壤的创新策略 | 整合耐盐微生物与基因组编辑、合成生物学、高级组学工具及数字技术(如机器学习和AI)以优化土壤修复过程 | 需要未来研究协调这些技术和方法,以最大化植物-微生物相互作用并建立可持续农业系统 | 缓解盐分胁迫,修复盐渍土壤,保障粮食安全 | 耐盐微生物及其与植物的协同作用 | 农业生物技术 | NA | CRISPR-Cas9、合成生物学、宏基因组学、宏转录组学、微生物挥发性有机化合物(mVOCs)、纳米技术 | NA | NA | NA |
65 | 2025-06-10 |
Current Technologies in Snake Venom Analysis and Applications
2024-10-25, Toxins
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxins16110458
PMID:39591213
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review | 本文全面综述了蛇毒研究中的尖端技术进展,重点关注蛋白质组学、基因组学、转录组学和生物信息学的整合应用 | 介绍了合成生物学和多组学方法(统称为毒液组学)在蛇毒研究中的革命性应用,为毒液功能及其治疗潜力提供了更深入的见解 | 毒素功能表征和成本效益抗蛇毒血清开发等挑战仍然存在 | 探索蛇毒的分子组成、进化驱动力及其生物医学应用潜力 | 蛇毒及其毒素 | 生物医学研究 | NA | 蛋白质组学, 基因组学, 转录组学, 生物信息学, 合成生物学, 多组学方法, 冷冻电子显微镜 | NA | 分子数据 | NA |
66 | 2025-06-10 |
Effects of growth feedback on adaptive gene circuits: A dynamical understanding
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.06.543915
PMID:37333159
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research paper | 研究工程基因回路在宿主细胞中整合时,由于回路与宿主相互作用(如生长反馈)导致的动态失败机制及其拓扑结构的韧性 | 系统地研究了四百多种拓扑结构,识别了三类回路失败的动态机制,并发现了一种回路稳健性度量与生长反馈强度之间的比例关系 | 仅关注了转录调控回路中的适应性问题,未涉及其他类型的基因回路或更复杂的宿主环境 | 理解工程基因回路在宿主细胞中整合时的动态行为,识别对生长反馈具有韧性的拓扑结构 | 工程基因回路及其在宿主细胞中的整合 | synthetic biology | NA | transcriptional regulation circuits | NA | NA | over four hundred topological structures |
67 | 2025-06-10 |
Protocol for in vitro phospholipid synthesis combining fatty acid synthesis and cell-free gene expression
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103051
PMID:38700978
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研究论文 | 本文提出了一种体外合成和定量磷脂的协议 | 结合脂肪酸合成和无细胞基因表达系统在体外合成磷脂 | 未提及该协议在不同条件下的适用性或效率问题 | 开发一种体外合成和定量磷脂的方法 | 磷脂 | 合成生物学 | NA | 液相色谱-质谱联用技术(LC-MS) | NA | NA | NA |
68 | 2025-06-09 |
Biotechnological approaches for the production of neuroactive huperzine A
2025-Aug, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.04.020
PMID:40311807
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综述 | 本文综述了石杉碱甲(HupA)的神经保护特性及其在治疗神经退行性疾病中的潜力,并探讨了提高HupA产量的生物技术策略 | 强调了HupA在神经退行性疾病治疗中的多靶点潜力,并讨论了通过生物技术方法提高HupA产量的最新进展 | HupA生物合成途径中的知识空白仍需填补,以实现经济高效且可持续的生产方法 | 探讨HupA的神经保护作用及其在神经退行性疾病治疗中的应用,以及提高其产量的生物技术策略 | 石杉碱甲(HupA)及其在神经退行性疾病治疗中的应用 | 生物技术 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化症、癫痫、重症肌无力 | 化学合成、微生物发酵、植物组织培养、合成生物学 | NA | 文献调查数据(体外、体内及临床研究数据) | NA |
69 | 2025-06-09 |
DNA-Based Signal Circuit for Self-Regulated Bidirectional Communication in Protocell-Living Cell Communities
2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202503903
PMID:40195061
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研究论文 | 设计了一种基于DNA的信号电路,用于在原始细胞与活细胞群落中实现自我调节的双向通信 | 开发了一种包含识别模块、激活模块和反馈模块的DNA电路,使原始细胞能够通过感知和响应活细胞释放的信号来自主调节与活细胞的相互作用 | NA | 开发合成生物学工具以控制细胞间信号传导,从而编程所需的细胞行为 | 原始细胞与活细胞群落的相互作用 | 合成生物学 | NA | DNA电路设计 | NA | NA | NA |
70 | 2025-06-09 |
QM/MM Unlocks The Catalytic Mechanism of YtfE: The Structural Reorganization of The Active Site Enables Nitrite-to-NO Conversion
2025-Jun-06, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202500817
PMID:40296212
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研究论文 | 本研究通过多尺度计算方法揭示了YtfE蛋白在亚硝酸盐还原过程中的催化机制 | 揭示了活性位点结构重组对亚硝酸盐还原机制的关键调控作用,特别是氢键网络变化和HONO中间体配位转换的影响 | 研究主要基于计算模拟,需要后续实验验证 | 阐明YtfE蛋白催化亚硝酸盐还原的分子机制 | 大肠杆菌铁中心修复蛋白(YtfE) | 计算生物学 | NA | QM/MM, QM/MM MD, QM计算 | NA | 计算模拟数据 | NA |
71 | 2025-06-09 |
Bioinformatics analysis and molecular cloning of squalene synthase from Simaroubaceae
2025-May-30, Protein expression and purification
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.pep.2025.106751
PMID:40451315
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和分子克隆技术,研究了苦木科植物中角鲨烯合酶(SQS)的功能及其在苦木素生物合成中的作用 | 首次从苦木科植物的转录组数据中筛选并分析了多种SQS,揭示了其与甘草SQS的高序列相似性,并通过克隆和功能分析验证了AaSQS的催化功能及其关键氨基酸残基 | 研究仅针对苦木科植物中的SQS,未涉及其他植物家族,且功能验证主要在体外进行,未在植物体内验证 | 研究苦木科植物中角鲨烯合酶的功能及其在苦木素生物合成中的作用 | 苦木科植物中的角鲨烯合酶(SQS) | 生物信息学 | NA | 转录组分析、分子克隆、生物信息学分析、分子对接、突变分析 | NA | 序列数据、蛋白质结构数据 | 6种苦木科植物的SQS(AaSQS, BjSQS, AeSQS, QaSQS, ElSQS, SaSQS) |
72 | 2025-06-09 |
Towards the computational design of protein post-translational regulation
2015-Jun-15, Bioorganic & medicinal chemistry
IF:3.3Q1
DOI:10.1016/j.bmc.2015.04.056
PMID:25956846
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综述 | 本文综述了蛋白质翻译后修饰(PTMs)的功能确定方法、蛋白质变构控制以及PTM调控的理性设计实例 | 探讨了利用PTMs这一尚未充分探索的调控层次推动合成生物学发展的机会 | NA | 推动蛋白质翻译后调控的理性设计 | 蛋白质翻译后修饰(PTMs) | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学 | NA | NA | NA |
73 | 2025-06-09 |
Synthetic biology for the directed evolution of protein biocatalysts: navigating sequence space intelligently
2015-Mar-07, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/c4cs00351a
PMID:25503938
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review | 本文综述了合成生物学在蛋白质定向进化中的应用,特别是如何智能地导航蛋白质序列空间以开发新型生物催化剂 | 结合设计策略与经典定向进化方法,利用合成生物学技术高效探索蛋白质序列空间,开发具有新颖功能的酶 | 蛋白质序列空间庞大,难以全面测试所有可能的变体,且功能联系和酶动力学难以预测 | 改进酶的性质,开发高活性和稳健的新型生物催化剂 | 蛋白质序列及其结构与功能 | 合成生物学 | NA | 定向进化(DE), 合成生物学 | NA | 蛋白质序列数据 | NA |
74 | 2025-06-09 |
Discovery of the lomaiviticin biosynthetic gene cluster in Salinispora pacifica
2014-Jul-08, Tetrahedron
IF:2.1Q2
DOI:10.1016/j.tet.2014.03.009
PMID:25045187
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研究论文 | 本文描述了在Salinispora pacifica菌株DPJ-0016和DPJ-0019中发现lomaiviticin生物合成基因簇的过程 | 首次鉴定了lomaiviticin生物合成的基因簇,并揭示了其核心聚酮骨架的生物合成基础 | NA | 阐明lomaiviticin的生物合成逻辑,并为生物催化和合成生物学提供分子工具 | Salinispora pacifica菌株DPJ-0016和DPJ-0019 | 合成生物学 | NA | 基因组测序、比较基因组学、细菌遗传学 | NA | 基因组数据 | 2个菌株(DPJ-0016和DPJ-0019) |
75 | 2025-06-09 |
The phosphopantetheinyl transferases: catalysis of a post-translational modification crucial for life
2014-Jan, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/c3np70054b
PMID:24292120
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综述 | 本文全面综述了磷酸泛酰巯基乙胺转移酶(PPTases)的研究进展,包括其鉴定、表征、结构解析、突变、抑制及在合成生物学中的应用 | 首次全面总结了PPTases的所有现有知识,包括其催化机制和在合成生物学中的工程应用 | 仅涵盖截至2013年的研究,可能缺少最新进展 | 探讨PPTases的催化机制及其在生命科学中的重要性 | 磷酸泛酰巯基乙胺转移酶(PPTases)及其催化的翻译后修饰 | 生物化学 | NA | NA | NA | NA | NA |
76 | 2025-06-09 |
Taking stock of security concerns related to synthetic biology in an age of responsible innovation
2014, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2014.00079
PMID:25072048
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
77 | 2025-06-09 |
Synthetic biology: tools to design, build, and optimize cellular processes
2010, Journal of biomedicine & biotechnology
DOI:10.1155/2010/130781
PMID:20150964
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review | 本文综述了合成生物学在设计和优化细胞过程中的工具和方法 | 提出了将合成生物学分为三个层次的框架,并讨论了如何整合这些层次以实现细胞全面优化 | 未提及具体实验验证或应用案例 | 探讨合成生物学在控制细胞系统方面的进展和未来方向 | 细胞过程和调控机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
78 | 2025-06-09 |
Biology by design: from top to bottom and back
2010, Journal of biomedicine & biotechnology
DOI:10.1155/2010/232016
PMID:21052559
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研究论文 | 合成生物学是一门新兴技术学科,旨在设计和构建新型生物系统以满足紧迫的社会需求 | 提出了一个概念模型,用于开发与现有生物组件以可预测方式功能和交互的新型生物系统 | 工程生物学仍需要大量试错,缺乏将基本'部件'连接成按预期行为的高阶网络的有效方法 | 开发策略以提高设计的性能和复杂性,推动生物学设计时代的到来 | 生物系统 | 合成生物学 | NA | NA | 概念模型 | NA | NA |
79 | 2025-06-07 |
A review on the expanding biotechnological frontier of Pedobacter
2025-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108588
PMID:40294724
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review | 本文综述了Pedobacter属细菌的生物技术应用及其潜在的自然产物 | 强调了通过合成生物学方法解锁Pedobacter属细菌隐藏潜力的前景 | 目前仅对少数Pedobacter物种及其自然产物进行了表征 | 探讨Pedobacter属细菌的生物技术应用及其潜在的自然产物 | Pedobacter属细菌及其衍生的自然产物 | 生物技术 | NA | 合成生物学、基因组分析 | NA | 基因组数据 | NA |
80 | 2025-06-07 |
Myxobacteria: Versatile cell factories of novel commercial enzymes for bio-manufacturing
2025-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108594
PMID:40345460
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review | 本文综述了粘细菌作为新型商业酶多功能细胞工厂在生物制造中的应用及其潜力 | 强调粘细菌作为未充分开发的工业资源,在生物技术和生物制造中的新兴应用 | 粘细菌在基因工程、生长速度慢以及代谢重塑和表达策略方面的限制 | 探索粘细菌及其酶在农业和工业中的潜在应用 | 粘细菌及其产生的酶 | 生物技术 | NA | 生物勘探和计算方法 | NA | NA | NA |