合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-29	Construction and Characterization of MoClo-Compatible Vectors for Modular Protein Expression in E. coli 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00564 PMID:39801078	研究论文	本研究构建并表征了与MoClo兼容的低拷贝和中拷贝载体，扩展了现有的MoClo工具包，用于在大肠杆菌中实现模块化蛋白质表达	扩展了现有的MoClo工具包，增加了低拷贝(p15A)和中拷贝(pBR322)载体，实现了蛋白质表达范围覆盖500倍的荧光输出差异	研究仅限于大肠杆菌系统，未在其他宿主中验证载体的适用性	开发兼容MoClo的载体系统，优化蛋白质表达水平	大肠杆菌中的蛋白质表达	合成生物学	NA	Golden Gate克隆, MoClo技术	NA	DNA构建体, 荧光输出数据	NA
62	2025-05-29	Microbial Production of Ectoine: A Review 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00490 PMID:39834017	review	本文综述了微生物生产四氢嘧啶的策略，包括野生菌株筛选、突变育种和模型菌株的代谢工程	综述了利用合成生物学和代谢工程技术替代传统嗜盐细菌生产四氢嘧啶的方法，提高产量且环保	NA	探讨更经济高效的四氢嘧啶生产方法以满足市场需求	四氢嘧啶及其微生物生产	合成生物学	NA	代谢工程、合成生物学	NA	NA	NA
63	2025-05-29	Do the Shuffle: Expanding the Synthetic Biology Toolkit for Shufflon-like Recombination Systems 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00790 PMID:39869770	研究论文	本文研究了天然DNA倒位系统在合成生物学中的应用，特别是Shufflon倒位酶（SI）的改进和扩展	鉴定了14个先前未经测试的SI基因及其位点，并开发了一种基于单分子测序的测定方法，以量化这些酶的倒位速率并确定正交SI/位点对	研究中仅使用了公开数据库中的SI基因，可能未涵盖所有潜在的SI基因	扩展合成生物学工具箱，改进Shufflon倒位酶的应用	Shufflon倒位酶（SI）基因及其识别位点	合成生物学	NA	单分子测序	NA	DNA序列数据	14个SI基因
64	2025-05-29	Cell-Free Systems to Mimic and Expand Metabolism 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00729 PMID:39878226	research paper	该文章探讨了无细胞合成生物学在代谢和遗传程序中的应用及其扩展潜力	将无细胞系统用于原型化代谢路径和设计新型反应网络，以探索非自然化学反应和替代代谢路径	目前仅探索了无细胞系统中代谢可能性的一小部分，且主要依赖模式生物的提取物	理解和工程化基于生物的化学转化	无细胞系统及其在代谢和遗传程序中的应用	合成生物学	NA	无细胞合成生物学技术	NA	NA	NA
65	2025-05-29	Considerations for Domestication of Novel Strains of Filamentous Fungi 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00672 PMID:39883596	综述	本文探讨了丝状真菌作为生物技术资源的潜力及其驯化新菌株的考虑因素	综述了利用合成生物学和系统生物学工具开发丝状真菌作为微生物细胞工厂的新方法	未提及具体实验数据或案例研究	探讨丝状真菌在生物技术应用中的潜力和挑战	丝状真菌	生物技术	NA	合成生物学、系统生物学	NA	NA	NA
66	2025-05-29	Characterization of Rationally Designed CRISPR/Cas9-Based DNA Methyltransferases with Distinct Methyltransferase and Gene Silencing Activities in Human Cell Lines and Primary Human T Cells 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00569 PMID:39898483	研究论文	本文描述了通过合理设计CRISPR/Cas9基础的DNA甲基转移酶，在人类细胞系和原代人类T细胞中实现不同的甲基化和基因沉默活性	通过突变DNMT3A的催化核心，稳定了dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白在Jurkat T细胞中的表达，同时保持了DNA甲基化和基因沉默性能	研究主要局限于细胞系和原代T细胞，可能限制了在其他细胞类型中的适用性	扩展表观遗传编辑工具包，为工程化dCas基础的DNMTs在原代哺乳动物细胞类型中的应用提供路线图	人类细胞系和原代人类T细胞	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9, DNA甲基化	dCas9-DNMT3A/3L	基因表达和DNA甲基化数据	多种人类细胞系和供体来源的人类T细胞
67	2025-05-29	DRIMS: A Synthetic Biology Platform that Enables Deletion, Replacement, Insertion, Mutagenesis, and Synthesis of DNA 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00649 PMID:39902634	研究论文	介绍了一种名为DRIMS的合成生物学平台，该平台能够高效地进行DNA的删除、替换、插入、突变和合成	DRIMS平台通过PCR技术实现DNA的多种修改和合成，无需依赖recA重组途径，且操作简单、成本低、速度快	未提及平台在大规模或复杂DNA序列处理中的表现	开发一种高效、简单、经济的DNA修改和合成平台，以加速合成生物学领域的发展及治疗策略的开发	DNA序列	合成生物学	癌症	PCR	NA	DNA序列数据	进行了多种DNA修改和合成实验，包括4次删除、64次替换、4次嵌合抗原受体组件替换、51次人工microRNA插入、5种点突变及8段DNA序列合成
68	2025-05-29	BioTRY: A Comprehensive Knowledge Base for Titer, Rate, and Yield of Biosynthesis 2025-01-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00347 PMID:39423319	research paper	介绍BioTRY，一个包含生物合成滴度、速率和产量(TRY)数据的综合知识库	BioTRY是首个可用的生物合成TRY原始研究数据库，包含超过52,000条TRY条目	未明确提及具体局限性	评估发酵过程的经济可行性，为研究人员和决策者提供生物合成发展现状的参考	生物合成过程中的滴度、速率和产量(TRY)数据	合成生物学	NA	NA	NA	生物合成TRY数据	>5,000种生化物质和>3,800种菌株，包含52,000条TRY条目
69	2025-05-29	CRISPR/Cas-Based Gene Editing Tools for Large DNA Fragment Integration 2025-01-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00632 PMID:39680738	综述	本文综述了过去五年中用于整合大片段DNA的方法，特别关注新兴的CRISPR相关技术	重点讨论了同源定向修复（HDR）及新兴的CRISPR转座酶和CRISPR重组酶策略，这些技术有望革新复杂疾病的基因治疗	现有技术在整合大片段基因时面临效率低下、脱靶效应和高成本等问题	开发高效工具，以精确插入千碱基大小的DNA片段到哺乳动物基因组中，支持基因工程、基因治疗和合成生物学应用	大片段DNA的整合技术	基因编辑	遗传病	CRISPR/Cas, HDR, CRISPR-transposase, CRISPR-recombinase	NA	NA	NA
70	2025-05-29	Biological Switches: Past and Future Milestones of Transcription Factor-Based Biosensors 2025-01-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00689 PMID:39709556	综述	本文回顾了转录因子生物传感器的发展历程，分析了从基础研究到工程策略的关键里程碑，并探讨了未来的前景和挑战	全面梳理了转录因子生物传感器从基础研究到工程应用的发展历程，并提出了未来研究方向	未深入探讨具体技术细节和实施难点	回顾转录因子生物传感器的发展历程，分析关键里程碑，并探讨未来前景	转录因子生物传感器	合成生物学	NA	高通量分析工具、DNA随机化策略、正向工程、高级蛋白质工程工作流程	NA	NA	NA
71	2025-05-29	Fine-Tuning Genetic Circuits via Host Context and RBS Modulation 2025-01-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00551 PMID:39754601	research paper	该研究通过改变核糖体结合位点组成和宿主环境，探索了遗传开关的设计空间，并展示了如何通过这两种方式的结合来精细调节开关的性能	首次将宿主环境作为遗传电路设计的重要变量进行系统探索，并展示了其与核糖体结合位点调制相结合在性能调节上的潜力	仅测试了9种核糖体结合位点组合和3种宿主环境，样本量相对有限	探索遗传开关设计中宿主环境和核糖体结合位点调制对性能的影响	遗传开关（toggle switch）	合成生物学	NA	遗传电路设计	NA	生物性能指标数据	27种电路变体（9种核糖体结合位点×3种宿主环境）
72	2025-05-29	ATP Regeneration from Pyruvate in the PURE System 2025-01-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00697 PMID:39754602	研究论文	本研究通过整合基于丙酮酸氧化酶、乙酸激酶和过氧化氢酶的ATP再生系统，扩展了PURE系统的功能	提出了一种新的ATP再生途径，能够独立或与现有肌酸系统结合使用，显著提高蛋白质合成效率	需要高初始浓度的磷酸盐缓冲液（约10 mM）	工程化改造PURE系统以提高其蛋白质合成能力	PURE系统及其ATP再生机制	合成生物学	NA	细胞游离蛋白质合成系统	NA	生化实验数据	多批次自制PURE系统及商业PURExpress系统
73	2025-05-29	Long-Term Protein Synthesis with PURE in a Mesoscale Dialysis System 2025-01-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00618 PMID:39757539	研究论文	本研究开发了一种易于组装的中尺度透析系统，用于延长无细胞系统中的蛋白质合成时间和提高产量	利用商业可用组件构建的中尺度透析系统，实现了PURE无细胞系统中蛋白质合成的长期稳定性和高产量	未提及系统在大规模生产中的应用效果	解决无细胞系统（特别是PURE系统）反应寿命短和产量低的问题	PURE无细胞系统和GFP蛋白质合成	合成生物学	NA	透析技术	NA	实验数据	未明确说明样本数量
74	2025-05-29	Identification of acidic stress-responsive genes and acid tolerance engineering in Synechococcus elongatus PCC 7942 2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-023-12984-5 PMID:38204133	研究论文	本研究通过RNA测序比较转录组分析，在模型蓝藻Synechococcus elongatus PCC 7942中鉴定了酸性应激响应基因，并通过基因敲除和过表达实验验证了这些基因在酸耐受性中的作用	鉴定了六个参与酸性应激响应的基因，并通过过表达chlL和chlN基因成功提高了S. elongatus PCC 7942的酸耐受性	研究仅针对S. elongatus PCC 7942，未在其他蓝藻中进行验证	探究蓝藻的酸应激响应机制并提高其酸耐受性	Synechococcus elongatus PCC 7942蓝藻	合成生物学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
75	2025-05-29	Regulation of genes encoding polysaccharide-degrading enzymes in Penicillium 2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-023-12892-8 PMID:38170318	综述	本文综述了青霉菌中多糖降解酶(PPDE)的分布、功能、生物合成调控机制及高产PPDE菌株的分子育种研究进展	总结了青霉菌PPDE的最新研究进展，包括其分布、功能、调控机制及分子育种策略	作为小型综述，可能未涵盖该领域所有相关研究	促进通过代谢工程和合成生物学开发真菌PPDE生产，推动PPDE工业生物精炼应用	青霉菌(特别是草酸青霉)及其产生的植物多糖降解酶(PPDE)	合成生物学	NA	分子育种、代谢工程	NA	NA	NA
76	2025-05-29	Microbial host engineering for sustainable isobutanol production from renewable resources 2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-023-12821-9 PMID:38175234	综述	本文综述了利用基因工程技术改造微生物宿主以提高可再生资源生产异丁醇的策略和合成生物学方法	总结了近年来通过基因工程改造天然和非天然微生物宿主以提高异丁醇产量的策略	讨论了工程化微生物宿主面临的挑战，如底物范围有限、溶剂耐受性低等问题	提高可再生资源生产生物燃料异丁醇的效率	微生物宿主	合成生物学	NA	基因工程技术	NA	NA	NA
77	2025-05-29	Minimisation of metabolic networks defines a new functional class of genes 2024-10-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52816-2 PMID:39482321	研究论文	该研究通过构建最小代谢网络（MMNs）定义了一类新的功能基因——网络效率决定因子（NEDs）	提出了一种新的计算方法来构建最小代谢网络，并定义了一类新的功能基因NEDs	研究仅基于计算机模拟，尚未进行实验验证	理解代谢网络的起源并提高生物技术过程的效率	基因组尺度的代谢模型中的基因	合成生物学	NA	计算机模拟方法	NA	基因组数据	NA
78	2025-05-29	Synthetic biology toolkit of Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator) 2024-Aug-29, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13284-2 PMID:39207499	review	本文综述了目前可用于改造和增强Ralstonia eutropha生物生产的不同合成生物学技术	开发一个合成生物学工具包，赋予Ralstonia eutropha菌株新的能力，用于新颖应用	NA	增强Ralstonia eutropha的生物生产能力，用于生产新型生物产品	Ralstonia eutropha（Cupriavidus necator）	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
79	2025-05-29	Enhancing Escherichia coli abiotic stress resistance through ornithine lipid formation 2024-Apr-08, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13130-5 PMID:38587638	研究论文	通过工程改造大肠杆菌使其产生鸟氨酸脂质，以增强其对非生物胁迫的抗性	首次将鸟氨酸脂质（OLs）的合成能力引入原本不具备此能力的大肠杆菌中，并证明其能增强胁迫抗性和生物量产量	研究仅针对特定胁迫条件（如pH变化和磷酸盐限制），未涵盖所有可能的非生物胁迫	通过改造大肠杆菌的膜脂组成，构建具有增强非生物胁迫抗性的宿主，用于生物技术和合成生物学应用	大肠杆菌（Escherichia coli）及其工程改造菌株	合成生物学	NA	基因工程（表达合成操纵子olsFC）、转录组分析	NA	基因表达数据、生长表型数据	多种工程改造的大肠杆菌菌株
80	2025-05-29	DNA methylases for site-selective inhibition of type IIS restriction enzyme activity 2024-Jan-25, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13015-7 PMID:38270650	研究论文	本研究旨在生产能够体外抑制IIS型限制酶BsaI、BpiI或LguI活性的重组DNA甲基化酶	通过克隆和表达来自I型和II型R-M系统的甲基化酶，优化其表达条件，并验证其在体外选择性抑制IIS型限制酶活性的能力	研究仅限于体外实验，未涉及体内应用或更复杂的生物系统	开发新型分子和合成生物学工具，特别是用于DNA组装技术	DNA甲基化酶及其对IIS型限制酶活性的抑制作用	合成生物学	NA	重组DNA技术、蛋白质表达与纯化、DNA甲基化分析	NA	NA	十种来自I型和II型R-M系统的甲基化酶