合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-01	Multi-Omics and Functional Insights into Triterpenoid Biosynthesis Pathways in Neopicrorhiza scrophulariiflora (Pennell) D.Y.Hong 2025-May-21, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14101562 PMID:40431127	research paper	该研究通过转录组学和代谢组学分析，探讨了濒危植物胡黄连中三萜类化合物的生物合成途径及其关键酶编码基因的表达模式	鉴定了8个参与三萜类生物合成的上游氧化角鲨烯环化酶（OSCs），其中NsOSC2是一种双功能酶，能催化2,3-氧化角鲨烯转化为α-香树脂醇和β-香树脂醇	研究未涉及其他可能影响三萜类生物合成的环境或发育因素	揭示胡黄连中三萜类化合物的生物合成分子机制	濒危多年生草本植物胡黄连（Neopicrorhiza scrophulariiflora）	合成生物学	NA	转录组学、代谢组学分析	NA	基因表达数据、代谢物数据	不同组织的胡黄连样本
62	2025-06-01	The Transformation Experiment of Frederick Griffith II: Inclusion of Cellular Heredity for the Creation of Novel Microorganisms 2025-May-15, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12050532 PMID:40428151	research paper	本文提出了一种改进的细菌转化实验设计（Griffith transformation experiment design 2.0），旨在实现DNA和非DNA结构及信息的有效交换，从而创造出具有显著形态/代谢表型差异的单细胞杂交微生物	提出了Griffith转化实验设计2.0，扩展了传统DNA转化范围，包括非DNA结构和调控信息的转移，为创造新型微生物提供了新方法	该方法仍处于概念阶段，实际应用效果和跨物种适用性有待验证	探索更高效的微生物遗传物质交换方法，创造具有新特性的杂交微生物	细菌细胞及其遗传物质	合成生物学	NA	细菌转化实验	NA	NA	NA
63	2025-06-01	Biosimilars Targeting Pathogens: A Comprehensive Review of Their Role in Bacterial, Fungal, Parasitic, and Viral Infections 2025-Apr-28, Pharmaceutics IF:4.9Q1 DOI:10.3390/pharmaceutics17050581 PMID:40430873	review	本文全面综述了生物类似物在细菌、真菌、寄生虫和病毒感染中的作用	讨论了生物类似物开发中的障碍及创新技术，如抗体工程、合成生物学和无细胞蛋白合成	未提及具体研究数据或样本量，主要基于现有文献的综述	探讨生物类似物在治疗感染性疾病中的潜力和挑战	细菌、真菌、寄生虫和病毒等病原体	NA	infectious diseases	antibody engineering, synthetic biology, cell-free protein synthesis	NA	NA	NA
64	2025-06-01	Attaining the Promise of Geminivirus-Based Vectors in Plant Genome Editing 2025-Apr-27, Viruses DOI:10.3390/v17050631 PMID:40431643	综述	本文综述了基于双生病毒载体在植物基因组编辑中的应用及其潜力	探讨了双生病毒载体如何克服传统转基因技术的限制，加速基因组编辑过程	讨论了双生病毒载体在实际应用中面临的障碍	评估双生病毒载体在植物基因组编辑中的效果和潜力	植物基因组编辑技术	合成生物学	NA	病毒载体介导的基因编辑	NA	NA	NA
65	2025-06-01	Omics-driven onboarding of the carotenoid producing red yeast Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938 2024-Dec-28, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13379-w PMID:39731599	研究论文	本研究利用转录组学数据从红酵母Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938中发现了组成型和光调控启动子，并开发了该生物的模块化合成生物学部件集合	结合系统生物学和合成生物学，开发了一种从组学到部件的流程，为非传统微生物提供了快速“入门”方法	许多假定的调控启动子在合成遗传背景下表现为组成型，仅有一个启动子在UV照射下显示出九倍激活	研究Xanthophyllomyces dendrorhous在不同光波长和氧化应激条件下的转录组学，开发其遗传工具	红酵母Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938	合成生物学	NA	转录组学、差异基因表达分析(DGE)、基因本体(GO)分析	NA	转录组数据	在不同光波长(红、绿、蓝、紫外)和氧化应激条件下的Xanthophyllomyces dendrorhous样本
66	2025-06-01	Development of a xylose-inducible and glucose-insensitive expression system for Parageobacillus thermoglucosidasius 2024-Oct-23, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13333-w PMID:39441395	研究论文	开发了一种木糖诱导且对葡萄糖不敏感的基因表达系统IExyl*，用于Parageobacillus thermoglucosidasius	通过结合xylA5p启动子及其调节因子XylR，并减少葡萄糖对木糖摄取的分解代谢抑制，开发了IExyl*系统	NA	开发一种高效且多功能的诱导表达系统，用于菌株工程和合成生物技术应用	Parageobacillus thermoglucosidasius DSM 2542	合成生物学	NA	基因表达调控	NA	NA	NA
67	2025-06-01	In vivo thrombin activity in the diatom Phaeodactylum tricornutum: biotechnological insights 2024-Oct-08, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13322-z PMID:39377797	research paper	本研究通过计算机模拟分析识别了三角褐指藻中可能编码类凝血酶蛋白的序列，并通过体内实验验证了其剪切效率	发现三角褐指藻中存在一种新型类凝血酶蛋白酶，并验证了其在融合蛋白上的剪切效率	NA	探索三角褐指藻中类凝血酶序列的功能及其在生物技术中的应用	三角褐指藻（Phaeodactylum tricornutum）	合成生物学	NA	计算机模拟分析、蛋白质结构预测、对接研究、Western blot分析	NA	蛋白质序列、蛋白质结构	NA
68	2025-06-01	A Simple and Effective Strategy for the Development of Robust Promoter-Centric Gene Expression Tools 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00092 PMID:39120429	research paper	本研究开发了一种简单有效的策略，用于构建强效的基因表达工具，通过引入额外的-35样基序和回文元件来增强启动子活性	通过引入额外的-35样基序和回文元件，显著增强了启动子的活性，特别是在构建的四环素诱导型基因表达系统中表现出比现有高强度启动子更强的活性	研究主要针对特定微生物，尚未在其他广泛微生物中验证其适用性	开发强效的基因表达工具，以促进菌株工程和合成生物学研究	启动子和基因表达系统	合成生物学	NA	基因工程	NA	NA	NA
69	2025-06-01	Desiccated Cyanobacteria Serve As Efficient Plasmid DNA Carriers in Space Flight 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00672 PMID:39150229	research paper	研究探讨了使用干燥蓝藻作为质粒DNA载体在太空飞行中的有效性	利用天然耐干燥的蓝藻作为质粒DNA载体，无需低温或冷冻储存，安全运输至国际空间站并返回	仅为概念验证研究，尚未在实际太空环境中大规模应用	探索在资源有限的外太空环境中有效运输生物系统的方法	质粒DNA和蓝藻PC73102	合成生物学	NA	质粒提取和转化	NA	生物实验数据	使用蓝藻PC73102携带pSCR119质粒进行太空往返运输
70	2025-06-01	Genetic Code Expansion in Shewanella oneidensis MR-1 Allows Site-Specific Incorporation of Bioorthogonal Functional Groups into a c-Type Cytochrome 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00248 PMID:39158169	研究论文	本文报道了在电活性细菌Shewanella oneidensis MR-1中开发高效方法，用于位点特异性掺入结构多样的非经典氨基酸（ncAAs）到蛋白质中	开发了在MR-1中位点特异性掺入ncAAs的高效方法，并证明其与内源性蛋白质合成、c型细胞色素成熟及蛋白质分泌途径兼容且正交	NA	扩展MR-1中设计蛋白质的化学库，以理解和调控生物系统并开发生物技术	Shewanella oneidensis MR-1及其c型细胞色素MtrC	合成生物学	NA	遗传密码扩展	NA	NA	NA
71	2025-06-01	GOLDBAR: A Framework for Combinatorial Biological Design 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00296 PMID:39162314	research paper	介绍了一个名为GOLDBAR的组合生物学设计框架，用于优化生物设计并支持设计组合的正式比较	GOLDBAR框架能够交叉和合并整个生物设计类别的规则，提取共同设计模式并推断新的模式	未明确提及框架的具体局限性	促进合成生物学中的自动化分析和机器学习	组合生物设计库和DNA组装技术	synthetic biology	NA	DNA组装技术	grammar-based machine learning	DNA序列数据	NA
72	2025-06-01	Synthetic Biology of Natural Products Engineering: Recent Advances Across the Discover-Design-Build-Test-Learn Cycle 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00391 PMID:39163395	review	本文综述了合成生物学在天然产物工程领域的最新进展，涵盖了从发现到学习的整个生物工程周期	强调了AI支持的基因组挖掘、酶和途径工程、化合物鉴定等计算工具的最新进展，以及新型宿主系统和提高生产水平的新技术	NA	探讨合成生物学在天然产物工程中的应用及其最新进展	天然产物工程中的基因组工程及相关技术	合成生物学	NA	基因组工程、AI支持的基因组挖掘、酶和途径工程	NA	基因组数据、化合物数据	NA
73	2025-06-01	Optimized CRISPR Interference System for Investigating Pseudomonas alloputida Genes Involved in Rhizosphere Microbiome Assembly 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00312 PMID:39163848	research paper	本文描述了一种在KT2440中优化的CRISPR干扰（CRISPRi）系统，用于研究根际微生物组组装中的基因及工业应用	开发了包含三种不同启动子系统和针对假单胞菌优化的dCas9的CRISPRi系统，并展示了其在根际定植细菌中的功能	未提及具体的技术限制或应用范围限制	探索根际微生物间相互作用及工业应用中的基因调控	KT2440及其在根际微生物组中的基因	合成生物学	NA	CRISPR干扰（CRISPRi）	NA	NA	未提及具体样本数量
74	2025-06-01	Engineering Microbial Consortia as Living Materials: Advances and Prospectives 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00313 PMID:39174016	review	本文综述了工程化微生物群落作为活体材料的设计策略、合成生物学技术及其应用前景	介绍了自上而下和自下而上两种设计微生物群落构成的工程化活体材料(ELMs)的策略，并总结了合成生物学技术在复杂任务中的应用	基于微生物群落的ELMs仍处于发展阶段，面临诸多挑战	探讨工程化微生物群落作为活体材料的设计方法、技术应用及未来发展	微生物群落及其构成的工程化活体材料	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
75	2025-06-01	MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00316 PMID:39190860	research paper	该研究开发了一种名为MutaT7GDE的单一嵌合酶，能够在体内高效、平衡地安装所有可能的过渡突变	利用工程化的底物非特异性通用脱氨酶（GDEs）构建单一嵌合酶，简化了系统并提高了突变效率	NA	开发一种更高效的定向进化工具，用于目标基因的多样化	MutaT7嵌合酶及其突变效率	合成生物学	NA	脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术	NA	NA	四种不同的MutaT7构建体
76	2025-06-01	Integrating Deep Learning and Synthetic Biology: A Co-Design Approach for Enhancing Gene Expression via N-Terminal Coding Sequences 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00371 PMID:39229974	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和合成生物学的共设计方法，用于通过N端编码序列优化基因表达	提出了一种新的深度学习和合成生物学共设计的少样本训练工作流程，用于NCS优化，显著提高了基因表达效率	方法仅在GFP和N-乙酰神经氨酸的生产中进行了验证，需要更多实验验证其广泛适用性	优化N端编码序列以提高基因表达效率	绿色荧光蛋白(GFP)和N-乙酰神经氨酸	合成生物学	NA	深度学习, word2vec, 注意力机制, 时间序列网络	时间序列网络	基因序列数据	六次迭代实验
77	2025-06-01	Multilevel Systematic Optimization To Achieve Efficient Integrated Expression of Escherichia coli 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00280 PMID:39262282	研究论文	本文通过系统优化大肠杆菌的整合表达系统，从三个层面提高了外源基因在基因组水平的表达效率	筛选出表达活性最高的整合位点，构建了组成型高效整合表达系统CEIES_Ecoli，其表达强度显著高于传统T7启动子系统	研究仅限于大肠杆菌BL21(DE3)菌株，未在其他宿主系统中验证	开发无需抗生素或诱导剂的稳定高效基因整合表达系统	大肠杆菌BL21(DE3)基因组	合成生物学	NA	基因组编辑、启动子工程	NA	基因表达数据	18个基因组整合位点筛选，16种内源启动子表征
78	2025-06-01	Evaluating the Contribution of Model Complexity in Predicting Robustness in Synthetic Genetic Circuits 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00708 PMID:39264040	research paper	该研究比较了五种计算模型在预测合成基因电路稳健性方面的表现，探讨了模型复杂度对预测能力的影响	通过比较不同复杂度的模型，揭示了在有无特征化部件情况下模型选择的策略	研究仅针对三种基因电路实现，可能无法推广到所有类型的合成电路	评估模型复杂度对合成基因电路性能预测的影响	五种计算模型和三种基因电路实现	合成生物学	NA	计算模拟	多种复杂度模型	模拟数据	三种基因电路实现
79	2025-06-01	Yeast Surface-Displayed Quenchbody as a Novel Whole-Cell Biosensor for One-Step Detection of Influenza A (H1N1) Virus 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00317 PMID:39256183	研究论文	开发了一种基于酵母表面展示的Quenchbody全细胞生物传感器，用于一步检测甲型H1N1流感病毒	提出了一种新型全细胞生物传感器设计，通过表面展示VHH-based quenchbody（Q-body）绕过了分析物跨膜运输的需求，实现了对病毒颗粒的高效检测	NA	开发一种敏感、高效且成本效益高的方法，用于检测空气中的病毒	甲型H1N1流感病毒	合成生物学	流感	酵母表面展示技术	VHH-based quenchbody（Q-body）	NA	17个靶向H1N1-HA蛋白的VHH抗体片段
80	2025-06-01	Ten Years of the Synthetic Biology Summer Course at Cold Spring Harbor Laboratory 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00276 PMID:39300908	review	回顾冷泉港实验室合成生物学暑期课程的历史、发展和结构，并探讨其对其他短期课程的启示	总结了该课程在合成生物学领域的教育影响，包括校友在研究、教育和创业方面的贡献	NA	探讨合成生物学教育课程的设计与影响	冷泉港实验室合成生物学暑期课程	合成生物学	NA	细胞无转录翻译、DNA构建、基因回路计算建模、工程基因调控、CRISPR技术	NA	NA	NA