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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2025-10-05 |
A tunable affinity fusion tag for protein self-assembly
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633037
PMID:39868245
|
研究论文 | 开发了一种基于可调淀粉样蛋白的遗传编码工具,用于精确控制细胞内蛋白质浓度阈值 | 首次发现聚苏氨酸-丙氨酸重复序列能够形成具有可忽略成核势垒的淀粉样组装体,并可通过调整重复序列长度精确调控蛋白质饱和浓度 | NA | 研究蛋白质浓度与活性之间的关系,开发控制蛋白质浓度阈值的实验工具 | 蛋白质自组装和相分离 | 合成生物学 | NA | 系统筛选二肽重复序列 | NA | NA | NA | 遗传编码工具 | 细胞 | 基于聚TA重复序列的可调亲和融合标签系统 | 细胞生物学, 发育生物学, 合成生物学 |
| 802 | 2025-10-05 |
Multi-strategy ugt mining, modification and glycosyl donor synthesis facilitate the production of triterpenoid saponins
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1586295
PMID:40519597
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综述 | 本文综述了三萜皂苷糖基化研究进展,重点探讨了UGT酶的挖掘、改造及糖基供体合成策略 | 整合多组学技术与合成生物学平台进行UGT高通量筛选,结合定向进化与理性设计进行酶功能改造 | NA | 提高三萜皂苷的生产效率和应用潜力 | UDP-糖基转移酶(UGTs)和三萜皂苷 | 合成生物学 | NA | 多组学方法(基因组学、转录组学、代谢组学)、系统发育分析、PSPG基序分析 | NA | NA | NA | 合成生物学平台 | 工程微生物 | 代谢途径优化 | 医药、营养补充剂 |
| 803 | 2025-10-05 |
Microbial electrosynthesis meets synthetic biology: Bioproduction from waste feedstocks
2025, Biotechnology notes (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.biotno.2025.05.001
PMID:40519649
|
综述 | 本文探讨合成生物学如何促进微生物电合成技术发展,实现利用废弃物原料进行生物生产 | 将微生物电合成与合成生物学相结合,通过工程化改造微生物提升电子传递效率和代谢通路性能 | NA | 推动可持续化学品生产和脱碳技术发展 | 电活性微生物及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | 微生物电合成 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 电活性微生物 | 电子传递通路, 代谢通路 | 能源, 环境, 工业生物技术 |
| 804 | 2025-10-05 |
Accurately predicting enzyme functions through geometric graph learning on ESMFold-predicted structures
2024-09-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52533-w
PMID:39294165
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研究论文 | 提出基于几何图学习的酶功能预测模型GraphEC,通过ESMFold预测结构和预训练蛋白质语言模型准确预测EC编号、活性位点和最适pH | 首次将几何图学习应用于酶功能预测,结合ESMFold预测结构和活性位点信息,并通过标签扩散算法整合同源信息提升预测性能 | 依赖ESMFold预测的蛋白质结构准确性,未明确说明模型在哪些特定酶类别上表现较差 | 开发更准确的酶功能预测方法,特别关注酶活性位点和结构特征的重要性 | 酶蛋白质及其功能特征(EC编号、活性位点、最适pH) | 生物信息学 | NA | 几何图学习、ESMFold结构预测、蛋白质语言模型、标签扩散算法 | 图神经网络 | 蛋白质序列和结构数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、基因组学 |
| 805 | 2025-10-05 |
Tunable cell differentiation via reprogrammed mating-type switching
2024-09-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52282-w
PMID:39289346
|
研究论文 | 本研究通过重编程酵母交配型转换机制实现可调控的细胞分化,促进合成微生物群落形成与协作 | 将天然酵母交配型转换机制改造为可诱导单倍体群体不对称性分化的遗传逻辑门 | NA | 开发可调控细胞分化的合成生物学方法以促进微生物群落协作 | 酿酒酵母单倍体群体 | 合成生物学 | NA | 遗传电路工程 | NA | NA | NA | 遗传电路设计 | 酿酒酵母 | 基于交配型转换机制的可调谐分化逻辑门 | 工业生物技术 |
| 806 | 2025-10-05 |
Bioenergetic stress potentiates antimicrobial resistance and persistence
2024-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603336
PMID:39026737
|
研究论文 | 本研究通过合成生物学方法探究生物能量应激如何增强细菌的抗生素耐药性和持久性 | 首次构建了持续水解ATP或NADH的遗传系统,揭示了生物能量应激通过增强活性氧产生、诱变断裂修复和转录偶联修复促进抗生素耐药性进化的新机制 | 研究仅在大肠杆菌中进行,尚未在其他细菌物种中验证 | 探究抗生素诱导的生物能量应激对治疗结果的影响机制 | 大肠杆菌 | 合成生物学 | 细菌感染 | 合成生物学方法 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 构建了持续水解ATP或NADH的遗传系统 | 医学 |
| 807 | 2025-10-05 |
An RNA origami robot that traps and releases a fluorescent aptamer
2024-03-22, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adk1250
PMID:38507482
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研究论文 | 本研究利用RNA折纸技术开发了一种名为'Traptamer'的RNA机器人装置,能够机械捕获并释放荧光适配体iSpinach | 首次将RNA折纸技术应用于创建具有传感、计算和执行功能的RNA机器人装置,实现了对RNA功能的可逆控制 | 目前仅为原型验证阶段,尚未在细胞系统中进行功能验证 | 开发能够感知、计算和执行的先进RNA机器人装置以增强对分子过程的控制 | RNA纳米机器人装置及其对荧光适配体的控制机制 | 合成生物学 | NA | RNA折纸技术, 冷冻电镜 | 布尔AND门逻辑电路 | 结构数据, 荧光数据 | NA | RNA折纸 | NA | 具有传感、计算和执行模块的RNA机器人装置,能够可逆控制荧光适配体功能 | 医学, 合成生物学 |
| 808 | 2025-10-05 |
Cytokine signaling in chimeric antigen receptor T-cell therapy
2024-02-14, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxad033
PMID:37591521
|
综述 | 本文综述了通过合成生物学方法调控细胞因子信号以增强CAR-T细胞功能并减少相关毒性的最新策略 | 系统总结了通过基因工程调控细胞因子信号通路来增强CAR-T细胞疗效和减轻毒副作用的新型合成生物学方法 | NA | 改善CAR-T细胞疗法的疗效和安全性 | 嵌合抗原受体T细胞(CAR-T细胞) | 合成生物学 | 血液系统恶性肿瘤 | 基因工程、转录和表观遗传修饰 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 人类T细胞 | 细胞因子信号通路调控、自分泌信号增强、合成信号分子 | 医学 |
| 809 | 2025-10-05 |
A metagenomic strategy for harnessing the chemical repertoire of the human microbiome
2019-12-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aax9176
PMID:31582523
|
研究论文 | 本研究开发了一种结合计算算法与合成生物学的宏基因组策略,用于挖掘人类微生物组编码的生物活性小分子 | 首次将新型计算算法与合成生物学相结合,直接从人类微生物组宏基因组测序数据中挖掘编码的生物活性小分子 | NA | 系统揭示人类微生物组编码的化学分子库,发现介导微生物组-宿主和微生物组-微生物组相互作用的分子介质 | 人类微生物组宏基因组测序数据及其编码的生物活性小分子 | 合成生物学 | NA | 宏基因组测序 | NA | 宏基因组测序数据 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
| 810 | 2025-10-05 |
Addressing semantic ambiguity in biotechnology: Proposals from the European research infrastructure IBISBA
2025-Sep-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.04.010
PMID:40280273
|
讨论论文 | 分析生物技术领域术语的语义模糊性问题并提出定义统一建议 | 首次系统分析生物技术领域核心术语的语义模糊性并提出标准化定义方案 | 属于概念性讨论论文,缺乏实证研究数据支持 | 解决生物技术领域术语定义不统一的问题 | 生物技术、生物制造、工程生物学和合成生物学等核心术语 | NA | NA | NA | NA | 文本分析 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 811 | 2025-10-05 |
MutS-mediated rapid and cost-effective error correction in in vitro DNA synthesis
2025-Sep-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.05.002
PMID:40447215
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于MutS蛋白的快速、低成本体外DNA合成纠错方法 | 构建了十一种Cbm3-Egfp-MutS融合蛋白,发现TaMutS和TtMutS具有热稳定性并能有效识别错配DNA,建立了使用自制无定形纤维素旋转柱和过滤吸头的简单纠错方法 | NA | 开发简单、经济、高效的DNA合成纠错方法 | DNA寡核苷酸和较长目标分子 | 合成生物学 | NA | 蛋白质重组表达与纯化,异源双链DNA结合分析 | NA | NA | NA | 蛋白质工程 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 812 | 2025-10-05 |
Leveraging gene editing to combat methane emissions in ruminant agriculture
2025-Jun-14, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.05.020
PMID:40518326
|
综述 | 探讨利用CRISPR基因编辑技术降低反刍动物甲烷排放的策略 | 整合针对饲料作物和产甲烷古菌的双重基因编辑策略,提出跨学科解决方案 | 存在递送方法、基因靶向特异性、生态影响和监管接受度等挑战 | 开发可持续农业的气候变化缓解方案 | 反刍动物甲烷排放机制及调控方法 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 饲料作物, 产甲烷古菌 | 甲烷生成代谢通路调控 | 农业, 环境 |
| 813 | 2025-10-05 |
Enhancing the safety of CAR-T cell therapy: Synthetic genetic switch for spatiotemporal control
2024-02-23, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj6251
PMID:38394207
|
综述 | 总结合成生物学方法在CAR-T细胞疗法时空控制方面的最新进展 | 提出基于合成基因工程的CAR-T细胞控制模块,实现时空维度的精准调控 | NA | 增强CAR-T细胞疗法的可控性和安全性 | CAR-T细胞疗法 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程技术 | NA | NA | NA | NA | 人工细胞或生物体 | 合成基因开关 | 医学 |
| 814 | 2025-10-05 |
DNA-programmed responsive microorganism assembly with controlled patterns and behaviors
2025-Jun-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ads8651
PMID:40512851
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研究论文 | 通过DNA编程实现微生物的响应式组装与行为控制 | 首次利用功能性DNA作为可编程表面受体调控微生物群落的空间模式和行为,实现了多组分微生物的精确空间组装和刺激响应性聚集 | 需要外源性DNA修饰和特定的化学标记过程 | 开发可编程的微生物相互作用控制方法 | 革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和休眠孢子等多种微生物 | 合成生物学 | NA | 代谢标记、疏水插入、DNA编程技术 | NA | NA | 多种微生物类型 | DNA编程 | 革兰氏阳性菌,革兰氏阴性菌,休眠孢子 | DNA介导的微生物组装系统,包括核心-壳结构和选择性簇状结构,具有刺激响应功能的生物传感器设计 | 合成生物学,医学 |
| 815 | 2025-10-05 |
Establishing Halomonas as a chassis for industrial biotechnology: advances in synthetic biology tool development and metabolic engineering strategies
2025-Jun-12, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02757-2
PMID:40506695
|
综述 | 本文综述了盐单胞菌作为工业生物技术底盘生物的发展现状,重点介绍了合成生物学工具开发和代谢工程策略 | 将盐单胞菌确立为新一代工业生物技术的底盘生物,利用其耐高盐特性实现开放非无菌培养 | NA | 建立盐单胞菌作为工业生物技术的底盘生物平台 | 盐单胞菌属微生物 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 克隆载体, 基因组编辑系统 | 盐单胞菌 | 代谢工程, 生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 816 | 2025-10-05 |
Complexity Meets Risk-The Next Generation of Genome-Edited Plants Challenges Established Concepts for Environmental Risk Assessment in the EU
2025-Jun-05, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14111723
PMID:40508397
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研究论文 | 分析新一代基因组编辑植物对欧盟环境风险评估框架的挑战 | 提出针对复杂代谢途径修饰植物的假设驱动评估方法,补充现有比较评估的不足 | 基于案例研究分析,需要更多实证研究验证建议方法的有效性 | 评估欧盟现行环境风险评估方法对复杂基因组编辑植物的适用性 | 基因组编辑植物及其环境风险评估方法 | NA | NA | 基因组编辑技术 | NA | 案例研究数据 | NA | 基因组编辑 | 植物 | 复杂代谢途径修饰 | 农业,环境 |
| 817 | 2025-10-05 |
Engineering of Vesicular Stomatitis Virus (VSV) for Modulating Cell Death and Antitumor Immunity
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_15
PMID:40515910
|
综述 | 本章全面概述了水疱性口炎病毒(VSV)的工程技术,重点关注通过整合促凋亡基因XAF1增强抗肿瘤免疫效果的策略 | 利用合成生物学技术将促凋亡基因XAF1精准整合到VSV基因组中,增强其诱导肿瘤细胞死亡的能力 | NA | 通过病毒工程技术增强VSV在抗肿瘤免疫和其他治疗领域的疗效 | 水疱性口炎病毒(VSV)基因组和肿瘤细胞 | 合成生物学 | 肿瘤 | 反向遗传学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 反向遗传学 | NA | 促凋亡基因XAF1整合到VSV基因组 | 医学 |
| 818 | 2025-10-05 |
Engineering of the WSN Strain for Investigating Antiviral and Antitumor Immunity
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_18
PMID:40515913
|
研究论文 | 本文介绍了基于甲型流感病毒反向遗传系统对H1N1毒株WSN进行基因工程改造的方法及其应用前景 | 开发了WSN毒株的基因工程方法,为研究抗病毒和抗肿瘤免疫提供了新工具 | NA | 研究基因工程流感病毒在抗病毒免疫和肿瘤免疫治疗中的应用 | H1N1流感病毒WSN毒株 | 合成生物学 | 流感 | 反向遗传学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 反向遗传系统 | NA | 条件控制遗传元件 | 医学 |
| 819 | 2025-10-05 |
From reactants to products: computational methods for biosynthetic pathway design
2025-Sep, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.05.005
PMID:40510533
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综述 | 本文综述了生物合成路径设计中的关键计算方法,包括生物大数据、逆合成方法和酶工程 | 整合生物大数据、逆合成方法和酶工程三个关键组件来提升生物合成路径设计的效率和准确性 | NA | 提高生物合成路径设计的效率和准确性 | 生物合成路径设计计算方法 | 合成生物学 | NA | 数据挖掘、逆合成分析、酶工程设计 | NA | 化合物、反应/路径、酶数据 | NA | NA | NA | 生物合成路径 | 工业生物技术 |
| 820 | 2025-10-05 |
Unraveling the regulatory dynamics of bidirectional promoters for modulating gene co-expression and metabolic flux in Saccharomyces cerevisiae
2025-Jun-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf511
PMID:40503683
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研究论文 | 本研究通过全基因组筛选和表征酵母双向启动子,揭示了其调控机制并开发了AI指导的工程化方法 | 首次系统鉴定749个酵母双向启动子,发现启动子强度不对称性,并利用AI模型DREAM-CNN预测关键调控基序 | 研究仅限于酿酒酵母体系,未在其他生物系统中验证 | 解析双向启动子的调控机制并开发合成生物学应用 | 酿酒酵母中的749个双向启动子候选序列 | 合成生物学 | NA | 全基因组筛选、转录组分析、荧光报告基因分析、计算机诱变 | DREAM-CNN | 基因组序列、转录组数据、荧光表达数据 | 749个双向启动子候选序列 | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 双向启动子调控的基因共表达系统、代谢通路调控 | 工业生物技术 |