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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2025-10-05 |
Advances and obstacles of T cell-based immunotherapy in gynecological malignancies
2025-Jul-26, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02411-w
PMID:40713697
|
综述 | 全面分析CAR-T细胞疗法在妇科肿瘤中的进展、挑战及未来策略 | 整合临床前见解与转化临床数据,建立妇科肿瘤过继性T细胞疗法的战略框架,强调CAR-T技术与个性化新抗原疫苗及微环境重编程剂的协同潜力 | 治疗持久性和制造一致性仍存在持续限制 | 推进妇科恶性肿瘤中基于T细胞的免疫治疗 | 妇科恶性肿瘤(卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜癌) | NA | 妇科肿瘤 | CAR-T细胞疗法、合成生物学方法、多组学引导的抗原选择 | NA | 临床数据、临床前数据 | NA | CAR-T | T淋巴细胞 | 嵌合抗原受体(CAR)设计 | 医学 |
| 802 | 2025-10-05 |
Advancements in understanding tumor-resident bacteria and their application in cancer therapy
2025-Jul-25, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-025-00623-1
PMID:40713785
|
综述 | 探讨肿瘤内微生物群(特别是胞内细菌)在肿瘤演进中的作用及其在癌症治疗中的应用前景 | 系统阐述胞内细菌在肿瘤进展中的新机制,并提出基于合成生物学和工程化药物递送系统的靶向治疗新策略 | NA | 解析肿瘤内微生物群在癌症发生发展中的作用机制并探索其治疗应用 | 肿瘤内微生物群(特别是胞内细菌)及其与肿瘤细胞、免疫细胞的相互作用 | 肿瘤微生物组学 | 癌症 | 二代测序、生物信息学分析 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
| 803 | 2025-10-05 |
An enzyme-based approach for highly efficient self-replication of DNA origami dimers
2025-Jul-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500160122
PMID:40674426
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于酶的高效DNA折纸二聚体自复制系统 | 使用耐热T4 DNA连接酶替代化学光交联,实现无UV照射的自复制,并引入竞争机制研究达尔文式进化 | NA | 研究DNA折纸结构的自复制行为和达尔文进化机制 | DNA折纸二聚体 | 合成生物学 | NA | DNA连接酶技术 | NA | NA | NA | DNA折纸技术 | NA | 自复制系统,竞争性生长机制 | 合成生物学,智能材料 |
| 804 | 2025-10-05 |
Protein design of two-component tubular assemblies similar to cytoskeletons
2025-Jul-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62076-3
PMID:40695817
|
研究论文 | 开发了一种受自然启发的蛋白质设计方法,利用两种不同蛋白质单元构建类似细胞骨架的动态管状结构 | 首次实现了两种不同蛋白质单元在精心设计条件下组装成具有动态柔性的管状结构,能够响应环境刺激可逆组装 | NA | 探索蛋白质高级结构组装的设计原理,模拟天然细胞骨架系统的动态行为 | 两种不同蛋白质单元及其组装形成的管状结构 | 合成生物学 | NA | 冷冻电子显微镜 | NA | 结构图像数据 | NA | 蛋白质理性设计 | NA | 仿肌动蛋白丝和微管的管状组装结构 | 材料科学, 合成生物学 |
| 805 | 2025-10-05 |
Identification of cognate recombination directionality factors for large serine recombinases by virtual pulldown
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf691
PMID:40701553
|
研究论文 | 本研究利用AlphaFold2-multimer预测并实验验证了大丝氨酸重组酶的匹配重组方向性因子 | 首次使用AlphaFold2-multimer系统性地预测RDFs,成功识别了超过半数测试重组酶的潜在RDFs | RDFs缺乏序列保守性且与噬菌体整合酶基因缺乏同线性,增加了识别难度 | 开发识别大丝氨酸重组酶匹配重组方向性因子的计算方法 | 98个大丝氨酸重组酶及其重组方向性因子 | 合成生物学 | NA | AlphaFold2-multimer预测、实验验证 | AlphaFold2-multimer | 蛋白质序列和结构数据 | 98个大丝氨酸重组酶测试集,其中9个作为测试案例 | 大丝氨酸重组酶系统 | NA | 整合型重组系统(噬菌体或移动元件插入模拟) | 合成生物学、基因组编辑 |
| 806 | 2025-10-05 |
Genetic "expiry-date" circuits control lifespan of synthetic scavenger bacteria for safe bioremediation
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf703
PMID:40705927
|
研究论文 | 本研究开发了基因'保质期'电路来控制合成细菌的寿命,用于安全的环境修复应用 | 设计了可调节寿命的前馈激活网络电路,结合合成小调控RNA和基于asd的营养缺陷系统,实现了细菌程序化自毁 | NA | 开发合成细菌的生物安全控制策略,确保其在环境应用中的安全部署 | 工程化大肠杆菌及其基因调控电路 | 合成生物学 | NA | 基因电路设计、合成生物学工程 | NA | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 前馈激活网络、细胞裂解电路、营养缺陷系统 | 环境 |
| 807 | 2025-10-05 |
A Novel Linear Machine Learning Method Based on DNA Hybridization Reaction Circuit
2025-07, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3559480
PMID:40232911
|
研究论文 | 提出了一种基于DNA杂交反应电路的新型线性机器学习方法 | 利用DNA杂交反应实现完整的合成生物学计算系统,采用'双轨'机制实现学习算法的DNA编译,支持权重更新为负值 | NA | 开发基于DNA杂交反应电路的机器学习模型 | DNA杂交反应电路 | 机器学习 | NA | DNA杂交反应 | 线性机器学习模型 | NA | NA | NA | NA | 包含计算训练组件、测试组件和学习算法的DNA杂交反应电路 | 生物计算 |
| 808 | 2025-10-05 |
Inteins: A Swiss army knife for synthetic biology
2024 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108349
PMID:38552727
|
综述 | 本文综述了内含肽在合成生物学中的多功能应用及其解决复杂生物挑战的潜力 | 系统阐述分裂内含肽的独特优势(紧凑性、可靠性、正交性等)及其在逻辑运算和遗传电路构建中的创新应用 | NA | 探讨内含肽在合成生物学领域的应用潜力及解决方案 | 内含肽(特别是分裂内含肽)及其蛋白质剪接机制 | 合成生物学 | 癌症 | 蛋白质剪接技术 | NA | NA | NA | 内含肽工程 | NA | 逻辑运算电路、遗传计算电路、反馈控制电路 | 医学, 生物技术, 生物医学 |
| 809 | 2025-10-05 |
Rational construction of synthetic consortia: Key considerations and model-based methods for guiding the development of a novel biosynthesis platform
2024 May-Jun, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108348
PMID:38531490
|
综述 | 本文系统比较了单培养系统与合成菌群的优缺点,总结了构建合成菌群的关键考量因素,并讨论了指导合成菌群发展的模拟与计算工具 | 提出了结合人工智能和机器学习等新兴技术开发更高效、更具成本效益的合成菌群的新方向 | 合成菌群研究仍处于起步阶段,在稳定合成菌群的设计和构建方面存在诸多挑战 | 指导新型生物合成平台的开发 | 合成菌群(由两个或多个具有互补功能的微生物物种或菌株组成) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、人工智能、机器学习 | NA | NA | NA | NA | 微生物物种或菌株 | 合成菌群系统 | 工业生物技术 |
| 810 | 2025-10-05 |
Convenient synthesis and delivery of a megabase-scale designer accessory chromosome empower biosynthetic capacity
2024-Apr, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-024-00934-3
PMID:38332200
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR/Cas9的单倍体化方法HAnDy,用于高效组装和传递大片段DNA,并成功构建了1.024 Mb的合成辅助染色体 | 开发了绕过自然减数分裂过程的CRISPR/Cas9介导单倍体化方法,建立了无需体外操作的大片段DNA组装传递技术 | NA | 解决大尺度遗传信息重建的挑战,扩展宿主的生物合成能力 | 酵母菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | 六种系统发育多样的酵母菌 | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 合成辅助染色体,编码542个外源基因的代谢网络 | 工业生物技术 |
| 811 | 2025-10-05 |
Macroalgal microbiomes unveil a valuable genetic resource for halogen metabolism
2024-Mar-07, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01740-6
PMID:38454513
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组分析揭示了大型藻类微生物组中卤素代谢的遗传资源 | 首次系统鉴定了大型藻类微生物组中与卤素代谢相关的基因功能,发现了多个先前未知与有机卤代谢相关的细菌类群 | 研究样本量相对有限,仅涉及3种大型藻类物种 | 探索大型藻类相关原核生物群落如何影响有机卤化分子的代谢命运 | 2种红藻(Sphaerococcus coronopifolius和Asparagopsis taxiformis)和1种褐藻(Halopteris scoparia)的微生物组 | 微生物生态学 | NA | 宏基因组测序,宏基因组组装基因组(MAGs) | NA | 宏基因组数据 | 98个宏基因组组装基因组(MAGs),来自3种大型藻类 | NA | 大型藻类(红藻和褐藻) | NA | 合成生物学,生物勘探,环境生物技术 |
| 812 | 2025-10-05 |
Development of precise genome editing and multi-copy integration tools in Hansenula polymorpha DL-1
2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.06.009
PMID:40735059
|
研究论文 | 开发了针对多形汉逊酵母DL-1菌株的精确基因组编辑和多拷贝整合工具包 | 建立了高效CRISPR-Cas9基因组编辑系统,部分抑制NHEJ通路增强同源重组效率,鉴定了36个中性位点用于单拷贝整合,开发了靶向rDNA和Ty元件的多拷贝整合工具 | NA | 解决多形汉逊酵母DL-1菌株因强NHEJ机制和有限遗传工具而受限的代谢工程问题 | 多形汉逊酵母DL-1菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑,同源重组,多拷贝整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Hansenula polymorpha DL-1 | 代谢途径工程 | 工业生物技术 |
| 813 | 2025-10-05 |
Light-Responsive DNA Droplets for Controlling Enzyme Cascade Pathways by Dynamic Phase Separation
2025-Jul-28, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202505316
PMID:40410127
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研究论文 | 本研究开发了一种通过光响应DNA液滴动态调控酶级联途径的新方法 | 利用偶氮苯修饰的Y型DNA序列构建光响应液滴,首次实现了通过光控相分离动态调控酶级联反应 | 仅验证了两种酶级联系统,需要进一步测试更复杂的代谢途径 | 开发动态调控酶级联途径的新方法 | 酶级联反应系统(GOx/HRP/CAT和GAO/MPO/CAT) | 合成生物学 | NA | 液-液相分离,光控技术 | NA | 生化实验数据 | 两种酶级联系统 | DNA纳米技术 | NA | 光响应DNA液滴系统,酶隔离与释放机制 | 合成生物学, 生物工程, 微反应器设计 |
| 814 | 2025-10-05 |
Computational biology meets oncology: designing custom protein and peptide binders to outsmart cancer
2025-Jul-22, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02936-6
PMID:40694144
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综述 | 本文探讨计算生物学在癌症治疗中的应用,重点介绍从头设计蛋白质和多肽结合剂的方法与前景 | 整合计算设计、定向进化和人工智能技术,突破天然蛋白质支架限制,开发高特异性癌症靶向分子 | 计算工具(如Rosetta和AlphaFold)对无序区域和构象动力学的预测准确性仍存在局限 | 开发新型蛋白质和多肽结合剂以改善癌症精准治疗 | 从头设计的蛋白质和多肽结合剂(如DARPins、PD-1/PD-L1微型蛋白抑制剂) | 计算生物学 | 癌症 | 计算设计、定向进化、人工智能 | Rosetta、AlphaFold | 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | 合成生物学回路 | 医学 |
| 815 | 2025-10-05 |
A phage transcription factor displaces the host σ factor and stabilizes its own σ factor
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf683
PMID:40682819
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研究论文 | 本研究通过冷冻电镜结构揭示了噬菌体蛋白gp79如何取代宿主σ因子并稳定自身σ因子gp36的转录调控机制 | 首次解析了gp79通过N端侵入RNA通道取代σ4,并在遇到gp36时改变构象稳定RNAP-启动子开放复合物的分子机制 | NA | 阐明噬菌体phiEco32蛋白gp79同时抑制宿主转录和激活自身转录的双重调控机制 | 大肠杆菌RNA聚合酶、噬菌体phiEco32蛋白gp79和gp36、同源启动子 | 结构生物学 | NA | 冷冻电镜(cryo-EM)、结构分析、生化分析 | NA | 结构数据、生化数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学 |
| 816 | 2025-10-05 |
Deciphering plasmid replication dynamics: a computational approach to predict ColE1-like plasmid copy number
2025-Jul, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2024.0783
PMID:40664234
|
研究论文 | 开发了一种基于机器学习的计算工具,用于从复制起点序列预测ColE1类质粒的拷贝数 | 首个能够从复制起点序列计算预测质粒拷贝数的软件工具,强调了启动子强度和RNA折叠动力学的重要性 | NA | 简化质粒拷贝数设计,重新定义质粒工程工作流程 | ColE1类质粒的复制起点序列 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 机器学习模型 | DNA序列数据 | NA | 质粒工程 | NA | 质粒复制起点设计 | 工业生物技术,医学 |
| 817 | 2025-10-05 |
Pattern recognition in living cells through the lens of machine learning
2025-Jul, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.240377
PMID:40664239
|
综述 | 本文通过机器学习视角探讨细胞内的模式识别机制,分析人工神经网络与生物信号通路之间的相似性 | 将机器学习概念框架应用于生物学系统,提出信号通路和基因调控网络具有内在计算能力的新观点 | NA | 探索人工神经网络与生物信号通路在结构和功能上的相似性与差异 | 细胞信号通路、基因调控网络、人工神经网络 | 机器学习 | NA | NA | 神经网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 818 | 2025-10-05 |
A Portable Arsenic Sensor Integrating Bacillus megaterium with CMOS Technology
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00895
PMID:40211918
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研究论文 | 本研究开发了一种基于巨大芽孢杆菌和CMOS技术的便携式砷传感器 | 首次将基因改造的巨大芽孢杆菌活细胞和孢子与CMOS芯片集成,创建可现场部署的砷检测传感器 | 作为概念验证研究,传感器在实际环境中的大规模应用仍需进一步验证 | 开发用于资源有限环境的实时砷检测技术 | 砷污染检测 | 合成生物学 | NA | 合成生物学, CMOS技术 | NA | 生物传感器数据 | NA | 合成生物学工具 | 巨大芽孢杆菌 | 砷生物传感器 | 环境 |
| 819 | 2025-10-05 |
Genetic Transformation of Plasmid DNA into Escherichia coli Using High Frequency Electromagnetic Energy
2024-01-31, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.3c03464
PMID:38194429
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研究论文 | 本文介绍了一种利用高频电磁能介导细菌细胞遗传转化的新技术 | 开发了基于高频电磁能的独特遗传转化方法,具有高效、成本低且生理条件温和的优势 | NA | 开发新型细菌遗传转化技术 | 大肠杆菌JM109细胞和pGLO质粒DNA | 合成生物学 | NA | 高频电磁能转化、共聚焦扫描显微镜、流式细胞术、冷冻透射电子显微镜 | NA | 显微镜图像、流式细胞数据 | NA | 质粒转化 | 大肠杆菌 | GFP报告基因系统 | 医学, 合成生物学 |
| 820 | 2025-10-05 |
Bacterial Expression of Promelittin for Safe and Effective Tumor Therapy
2023-Nov-08, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.3c11457
PMID:37897422
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研究论文 | 本研究构建了基于特洛伊木马策略的细菌表达前蜂毒肽系统,用于安全有效的肿瘤治疗 | 通过融合蛋白限制蜂毒肽毒性,利用基质金属蛋白酶激活前蜂毒肽,并通过膜裂解机制诱导肿瘤细胞死亡 | NA | 开发基于细菌的协同肿瘤治疗方法 | CT26荷瘤小鼠模型中的原始肿瘤 | 合成生物学 | 肿瘤 | 基因技术 | NA | 实验数据 | NA | 合成生物学工具 | 细菌 | 前蜂毒肽表达系统,基于特洛伊木马策略的合成生物电路 | 医学 |