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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2025-10-05 |
Robust genetic codes enhance protein evolvability
2024-May, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002594
PMID:38754362
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研究论文 | 通过大规模并行实验分析数百种重编程遗传密码对蛋白质进化能力的影响 | 首次系统证明稳健遗传密码通过创造平滑的适应性景观来增强蛋白质进化能力,并发现标准遗传密码在进化能力方面并非最优 | 进化能力最优化的遗传密码在一定程度上取决于氨基酸序列与蛋白质功能的具体关系 | 探究遗传密码的稳健性对蛋白质进化能力的影响机制 | mRNA序列和蛋白质功能关系 | 合成生物学 | NA | 大规模并行序列到功能分析 | 适应性景观模型 | 序列数据 | 每个景观包含超过1600万条mRNA序列 | 遗传密码重编程 | NA | NA | 蛋白质工程, 合成生物学 |
| 862 | 2025-10-05 |
In situ chromatin interactomics using a chemical bait and trap approach
2020-06, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-020-0474-8
PMID:32472103
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研究论文 | 开发了一种化学诱饵捕获方法用于研究染色质内组蛋白修饰的相互作用组 | 使用合成生物学方法在天然染色质中设置组蛋白修饰控制的光亲和陷阱,能够捕获瞬时相互作用因子 | NA | 探索表观遗传调控和失调的分子机制 | 组蛋白翻译后修饰的相互作用伙伴 | 表观遗传学 | 癌症 | 定量蛋白质组学、原位蛋白质组学、光亲和标记 | NA | 蛋白质组数据 | NA | 合成生物学方法 | NA | 组蛋白修饰控制的光亲和陷阱系统 | 医学 |
| 863 | 2025-10-05 |
Microbial production of medium-chain-length diols: Current stage and perspectives
2025-Nov, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.132932
PMID:40609762
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综述 | 总结微生物合成中链长度二醇的当前进展与未来发展方向 | 提出适用于不同链长的通用生物合成途径,并整合合成生物学与AI驱动的酶设计等前沿技术 | 微生物底盘筛选优化速度较慢,限速酶活性不足,中间体和终产物存在毒性问题 | 开发可持续的中链长度二醇微生物合成方法以替代化石基生产工艺 | 中链长度α,ω-二醇(mcl-diols)的微生物生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、蛋白质工程、适应性实验室进化 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | 基于脂肪酸生物合成或反向β-氧化途径的通用代谢途径 | 工业生物技术,材料,能源 |
| 864 | 2025-10-05 |
Advances in the biosynthesis of β-carotene and its derivatives in yeast
2025-Nov, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.132936
PMID:40614874
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综述 | 全面总结酵母中β-胡萝卜素及其衍生物生物合成的最新进展 | 基于结构相关性将衍生物分为叶黄素和脱辅基类胡萝卜素两大类,强调共享的生物合成逻辑 | 未涉及非酵母微生物系统的比较分析 | 开发可持续的微生物生产β-胡萝卜素及其衍生物的方法 | 酿酒酵母和解脂耶氏酵母 | 合成生物学 | NA | 代谢工程策略、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母, 解脂耶氏酵母 | β-胡萝卜素生物合成途径及其衍生物代谢工程 | 食品补充剂, 营养保健品, 药品, 色素 |
| 865 | 2025-10-05 |
Biohybrid technologies for CO2 conversion to fuels and chemicals: Advances in bio-electro-, bio-photoelectro-, and bio-photocatalysis
2025-Nov, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.132949
PMID:40639626
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综述 | 本文综述了生物混合技术(生物电催化、生物光电催化和生物光催化)在二氧化碳转化为燃料和化学品领域的最新进展 | 系统比较了三种生物混合CO₂转化技术的机理特点和优化策略,强调了界面电子转移、生物相容性等共性挑战的解决方案 | NA | 开发高效可持续的二氧化碳转化技术以实现碳中和目标 | 生物混合二氧化碳转化系统 | 能源与环境生物技术 | NA | 生物电催化(BEC)、生物光电催化(BPEC)、生物光催化(BPC) | NA | NA | NA | 合成生物学 | 酶系统、微生物系统 | NA | 能源, 环境 |
| 866 | 2025-10-05 |
Cross and unique stress adaptation strategies of the polyextremophile Natranaerobius thermophilus to individual high salt, alkaline pH, and elevated temperature
2025-Aug-15, Journal of proteomics
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.jprot.2025.105479
PMID:40482852
|
研究论文 | 本研究通过定量蛋白质组学分析揭示了嗜盐碱热菌Natranaerobius thermophilus对高盐、碱性pH和高温三种极端胁迫的交叉和独特适应策略 | 首次系统阐明该菌的碱性适应机制和热适应机制,发现其采用保守的交叉胁迫机制与独特胁迫适应相结合的策略 | 研究主要基于蛋白质组学分析,对具体分子机制的验证和功能研究仍需深入 | 解析多极端微生物对高盐、碱性和高温胁迫的分子适应机制 | 嗜盐碱热菌Natranaerobius thermophilus | 微生物学 | NA | iTRAQ定量蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质组数据 | NA | NA | Natranaerobius thermophilus | NA | 合成生物学、生物技术 |
| 867 | 2025-10-05 |
A solution to the postantibiotic era: phages as precision medicine
2025-Aug, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2025.102613
PMID:40449069
|
综述 | 探讨噬菌体疗法作为精准医疗手段应对抗生素耐药性危机的解决方案 | 结合基因工程、合成生物学和人工智能技术推动噬菌体疗法向精准医疗方向发展 | NA | 解决抗生素耐药性细菌感染问题 | 病原细菌和噬菌体 | NA | 细菌感染 | 基因工程、合成生物学、人工智能、机器学习 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | 宿主范围扩展、反防御系统编码、调控蛋白表达 | 医学 |
| 868 | 2025-10-05 |
Complex engineering of Solanum alkaloids structural diversity in Nicotiana benthamiana
2025-Jul-20, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70213
PMID:40684353
|
研究论文 | 本研究通过瞬时表达技术在本氏烟草中成功重构了茄科植物甾体糖苷生物碱和甾体皂苷的生物合成途径 | 发现了番茄SlGAME2-NEW酶作为木糖转移酶的功能,并首次在本氏烟草中通过多基因组合表达成功合成了20种甾体代谢产物 | NA | 在异源植物宿主中重构复杂甾体代谢物的生物合成途径 | 番茄和茄子的甾体糖苷生物碱和甾体皂苷 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达技术、多基因组合表达 | NA | NA | NA | 瞬时表达系统 | 本氏烟草 | 甾体糖苷生物碱和甾体皂苷生物合成途径,涉及9-15个基因的组合表达 | 医药 |
| 869 | 2025-10-05 |
De novo designed protein guiding targeted protein degradation
2025-Jul-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62050-z
PMID:40676011
|
研究论文 | 开发了一种在大肠杆菌中使用的引导蛋白标记和降解系统(GPlad),能够精确降解多种蛋白质 | 使用从头设计的引导蛋白和精氨酸激酶实现无需预融合的靶向蛋白降解,并扩展出可逆抑制、光遗传调控和生物嵌合化等工具 | 目前仅在大肠杆菌中验证,尚未在其他生物系统中测试 | 开发无需预融合的靶向蛋白降解系统 | 荧光蛋白、代谢酶和人类蛋白质 | 合成生物学 | NA | 靶向蛋白降解技术 | NA | NA | NA | CRISPR干扰 | 大肠杆菌 | ON/OFF开关、信号放大器、振荡器 | 合成生物学,代谢工程 |
| 870 | 2025-10-05 |
Efficient, cell-type-specific production of flavonols by multiplexed CRISPR activation of a suite of metabolic enzymes
2025-Jul-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61742-w
PMID:40670339
|
研究论文 | 开发了一种在植物中实现细胞类型特异性CRISPR激活的系统,用于高效生产黄酮醇 | 首次实现了在稳定转基因植物中细胞类型特异性的多重基因激活,能够精确控制特定细胞层中的代谢通路 | 需要依赖荧光报告系统在细胞水平评估表达效果 | 开发植物合成生物学工具,实现细胞类型特异性的代谢工程 | 拟南芥根部内皮层和表皮细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR激活系统,荧光报告系统,原位荧光检测 | NA | 荧光图像,基因表达数据 | myb12突变体植物 | CRISPR-Cas9 | 拟南芥 | 代谢途径重编程,黄酮醇生物合成通路 | 农业,工业生物技术 |
| 871 | 2025-10-05 |
Promiscuity of an Alcohol-Dependent Hemiterpene Pathway for the In Vivo Production of a Non-Natural Alkylated Tryptophan Derivative
2025-04-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00865
PMID:40134314
|
研究论文 | 本研究揭示了人工酒精依赖性半萜途径的广泛底物特异性,并成功在体内生产非天然烷基化色氨酸衍生物 | 发现ADH模块首个酶PhoN和下游芳香族异戊二烯基转移酶的广泛底物特异性,结合IPK的底物混杂性实现非天然烷基化色氨酸衍生物的体内生产 | NA | 拓展异戊二烯类化合物的化学空间,推动合成生物学在天然产物合成中的应用 | 人工酒精依赖性半萜途径及其酶组分 | 合成生物学 | NA | 酶工程、代谢工程 | NA | 生物化学数据 | NA | Gibson Assembly, BioBrick | 大肠杆菌 | 人工酒精依赖性半萜途径,包含酸磷酸酶PhoN和异戊烯基激酶IPK | 工业生物技术, 医药 |
| 872 | 2025-10-05 |
Systematic identification of transcriptional activator domains from non-transcription factor proteins in plants and yeast
2023-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.12.557247
PMID:37745555
|
研究论文 | 本研究通过计算预测和实验验证系统鉴定了植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活结构域 | 首次在全蛋白质组尺度系统挖掘非转录因子蛋白中的转录激活结构域,并发现可在酵母和植物中通用的高效激活结构域 | 研究主要集中于两种模式真核生物,在其他物种中的普适性有待验证 | 系统识别和验证非转录因子蛋白中的转录激活结构域及其功能 | 拟南芥和酵母的全蛋白质组,重点关注非转录因子蛋白 | 合成生物学 | NA | PADDLE激活域预测、高通量筛选 | NA | 蛋白质序列数据、实验验证数据 | 18,000个片段,覆盖800多个非转录因子基因 | NA | 酵母, 植物 | 转录激活结构域 | 合成生物学 |
| 873 | 2025-10-05 |
Leveraging artificial intelligence in the fight against infectious diseases
2023-07-14, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adh1114
PMID:37440620
|
综述 | 探讨人工智能在传染病检测、治疗和理解方面的应用进展 | 系统阐述人工智能与系统生物学、合成生物学结合在抗感染领域的创新应用 | NA | 分析人工智能在传染病防控中的应用潜力与发展方向 | 传染病病原体及防控技术 | 机器学习 | 传染病 | 人工智能 | NA | 多模态数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 874 | 2025-10-05 |
The secret life of RNA and lipids
2025-Dec, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2025.2526903
PMID:40613519
|
综述 | 探讨RNA与脂质之间的相互作用及其在合成生物学和生命起源中的意义 | 提出RNA可通过序列特异性方式选择性结合脂质膜,为工程化RNA传感器和调控元件提供新机制 | NA | 探索RNA与脂质相互作用的化学基础及其在合成生物学、RNA世界假说和现代细胞生物学中的应用 | RNA分子与脂质膜的相互作用机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | RNA传感器、调控元件 | 医学, 合成生物学 |
| 875 | 2025-10-05 |
A meta-analysis of the gut microbiome in inflammatory bowel disease patients identifies disease-associated small molecules
2025-Feb-12, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2025.01.002
PMID:39947133
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荟萃分析 | 通过分析炎症性肠病患者肠道微生物组的小分子生物合成基因簇,发现与疾病相关的脂肪酸酰胺类分子及其致病机制 | 首次通过合成生物学方法鉴定出克罗恩病相关的微生物源小分子,并揭示其通过破坏肠道通透性加剧疾病的机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的直接致病性需要进一步验证 | 探索肠道微生物组来源的小分子在炎症性肠病发病机制中的作用 | 炎症性肠病患者的肠道微生物组样本和疾病相关小分子 | 微生物组学 | 炎症性肠病 | 宏基因组学,合成生物学 | NA | 宏基因组数据,质谱数据 | 炎症性肠病患者和健康对照的肠道微生物组样本 | 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
| 876 | 2025-10-05 |
Deconstructing synthetic biology across scales: a conceptual approach for training synthetic biologists
2024-Jun-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49626-x
PMID:38926339
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研究论文 | 提出一个跨尺度的合成生物学培训框架,用于培养合成生物学人才 | 开发了从分子到社会层面的多尺度解构方法,提供跨学科概念整合工具 | NA | 建立合成生物学教育培训框架 | 合成生物学学生和教育工作者 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 教育 |
| 877 | 2025-10-05 |
Engineering water exchange is a safe and effective method for magnetic resonance imaging in diverse cell types
2024-Apr-22, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-024-00424-5
PMID:38649904
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研究论文 | 本研究证明水通道蛋白Aqp1可作为安全的遗传报告基因,在多种细胞类型中产生磁共振信号且不影响细胞生理功能 | 首次系统证明Aqp1过表达不会引起内质网应激,且不影响多种天然生物活性,解决了其作为深层组织报告基因的安全性问题 | 研究仅限于小鼠和人类细胞系,尚未在活体动物模型中进行验证 | 评估Aqp1作为遗传报告基因在磁共振成像中的安全性和有效性 | 小鼠和人类来源的多种细胞系 | 合成生物学 | NA | 磁共振成像 | NA | 成像数据 | 多种小鼠和人类细胞系 | 遗传编码 | 小鼠细胞, 人类细胞 | 水通道蛋白生物传感器 | 医学 |
| 878 | 2025-10-05 |
From Natural Microbe Screening to Sustained Chitinase Activity in Exogenous Hosts
2024-04-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00637
PMID:38587290
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研究论文 | 本研究开发了从天然微生物筛选到异源宿主中实现持续几丁质酶活性的完整流程 | 建立了从天然微生物发现到异源宿主稳定表达的系统性方法,并发现了在胶体几丁质存在时能上调表达的感应响应型启动子 | 未明确说明在非标准宿主中实现长期活性的具体挑战和解决方案细节 | 实现异源宿主中持续几丁质酶活性的稳定表达 | 海洋微生物来源的几丁质酶基因及异源宿主系统 | 合成生物学 | NA | 全基因组测序、异源表达、核糖体结合位点优化 | NA | 基因组数据、酶活性数据 | 海洋水样筛选的微生物 | Gibson Assembly, iGEM | 标准宿主, 非标准宿主 | 感应响应型生物传感器、代谢通路 | 工业生物技术, 环境 |
| 879 | 2025-10-05 |
Characterization of intracellular membrane structures derived from a massive expansion of endoplasmic reticulum (ER) membrane due to synthetic ER-membrane-resident polyproteins
2024-01-01, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erad364
PMID:37715992
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研究论文 | 本研究通过合成内质网膜驻留多蛋白诱导内质网大规模扩张,系统表征了由此形成的膜结构及其特性 | 首次详细表征了由合成多蛋白诱导的内质网衍生膜区室,揭示了胞质面寡聚化结构域的关键作用及区室与内质网间的扩散屏障 | 研究主要局限于烟草和拟南芥两种模式植物,尚未在其他植物物种中验证 | 探索合成生物学方法改造植物内质网膜结构的可行性及其应用潜力 | 烟草和拟南芥植物细胞中的内质网衍生膜区室 | 合成生物学 | NA | 荧光漂白恢复技术、定量图像分析 | NA | 荧光显微镜图像 | 转基因烟草和拟南芥植株 | 重组蛋白表达 | 烟草, 拟南芥 | 内质网膜驻留多蛋白系统,包含胞质面寡聚化结构域 | 农业, 工业生物技术 |
| 880 | 2025-10-05 |
Chimeric Antigen Receptor T-Cell Therapy for Solid Tumors
2023-12, Hematology/oncology clinics of North America
DOI:10.1016/j.hoc.2023.05.009
PMID:37353377
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综述 | 本文综述了嵌合抗原受体T细胞疗法在实体瘤治疗中的应用、挑战及临床进展 | 系统总结了合成生物学和细胞工程新技术在实体瘤CAR-T疗法中的应用前景 | NA | 探讨CAR-T疗法在实体瘤治疗中的临床应用现状与发展方向 | 实体瘤患者及CAR-T细胞疗法 | NA | 实体瘤 | 嵌合抗原受体T细胞疗法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |