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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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941 | 2024-10-27 |
Synthetic Biology Design as a Paradigm Shift toward Manufacturing Affordable Adeno-Associated Virus Gene Therapies
2023-01-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00589
PMID:36627108
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研究论文 | 本文讨论了利用合成生物学设计降低腺相关病毒(AAV)生产成本的最新努力,并提出这些努力可能在使基因治疗更加广泛可及方面发挥重要作用 | 本文提出了利用合成生物学设计降低AAV生产成本的新方法,以解决当前基因治疗高成本的问题 | 本文主要讨论了合成生物学在降低AAV生产成本方面的潜力,但未提供具体的实验数据或实施细节 | 探讨合成生物学在降低腺相关病毒(AAV)生产成本方面的应用,以使基因治疗更加广泛可及 | 腺相关病毒(AAV)作为基因治疗载体 | 合成生物学 | NA | 合成生物学设计 | NA | NA | NA |
942 | 2024-10-26 |
A robust synthetic biology toolkit to advance carboxysome study and redesign
2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.08.617227
PMID:39416180
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研究论文 | 设计并验证了一种名为pXpressome工具包的质粒集,用于在α-羧基体中稳健表达并保持其完整性和功能性 | 开发了一种新的pXpressome工具包,能够更均匀地表达和改善细胞健康,优于先前发表的羧基体表达系统 | NA | 推进羧基体的研究和重新设计 | 羧基体的结构和性能 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
943 | 2024-10-26 |
Biosynthesis of novel non-proteinogenic amino acids β-hydroxyenduracididine and β-methylphenylalanine in Escherichia coli
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1468974
PMID:39444519
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研究论文 | 研究在Escherichia coli中合成新型非蛋白质氨基酸β-羟基enduracididine和β-甲基苯丙氨酸 | 首次在E. coli中通过合成操纵子生产非蛋白质氨基酸β-甲基苯丙氨酸和β-羟基enduracididine,并发现外源添加途径前体可以显著提高β-甲基苯丙氨酸的产量 | NA | 探索在E. coli中合成新型非蛋白质氨基酸,以增强现有生物活性分子的多样性和效果 | 非蛋白质氨基酸β-羟基enduracididine和β-甲基苯丙氨酸 | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学和代谢组学分析 | NA | NA | NA |
944 | 2024-10-26 |
Complete sequences of pIJ101-based Streptomyces-Escherichia coli shuttle vectors
2024, Access microbiology
DOI:10.1099/acmi.0.000893.v3
PMID:39445316
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研究论文 | 本文通过下一代测序技术确定了两种常用的基于pIJ101的穿梭载体pEM4和pUWL201的完整序列 | 本文提供了这两种穿梭载体更准确的序列信息,纠正了先前报道的序列长度 | NA | 确定并更新两种常用穿梭载体的完整序列 | pIJ101-based穿梭载体pEM4和pUWL201 | 分子生物学 | NA | 下一代测序 | NA | 序列数据 | 两种穿梭载体pEM4和pUWL201 |
945 | 2024-10-26 |
Mass-Activated Droplet Sorting for the Selection of Lysine-Producing Escherichia coli
2023-10-24, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c03080
PMID:37820298
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研究论文 | 本文展示了使用质量激活液滴分选(MADS)技术,通过电喷雾电离质谱(ESI-MS)信号强度选择产生赖氨酸的变异大肠杆菌细胞 | 首次使用MADS技术进行液滴分选,替代了传统的荧光分析方法,提高了细胞工程的效率 | 依赖于电喷雾电离质谱(ESI-MS)信号强度进行分选,可能存在信号检测的局限性 | 开发一种新的方法来筛选和分选合成生物学中的变异细胞库,以提高细胞工程的效率 | 产生赖氨酸的变异大肠杆菌细胞 | 合成生物学 | NA | 电喷雾电离质谱(ESI-MS) | NA | 质谱信号 | 20 nL液滴,0.5样本/秒,96-98%纯度的高产变异细胞 |
946 | 2024-10-25 |
Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water
2024-Oct-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00260
PMID:39312753
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法构建了一组用于检测油砂加工废水中环烷酸的细菌生物传感器 | 本文首次利用细菌基因在环烷酸中的诱导表达,构建了用于检测油砂加工废水中环烷酸的生物传感器 | 本文仅测试了三种优先启动子对环烷酸混合物和单一化合物的转录响应,未涵盖所有可能的启动子 | 开发一种替代的环境监测技术,用于检测油砂加工废水中的环烷酸 | 环烷酸在油砂加工废水中的检测 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 基因表达数据 | 多种环烷酸混合物和单一化合物,以及少量油砂加工废水样品 |
947 | 2024-10-25 |
An Automated Cell-Free Workflow for Transcription Factor Engineering
2024-Oct-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00471
PMID:39373325
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研究论文 | 本文介绍了一种可推广的自动化无细胞基因表达工作流程,用于转录因子工程的定制优化 | 提出了基于Echo声波液体处理器的自动化无细胞基因表达工作流程,显著提高了反应灵活性、控制性和数据获取时间 | NA | 开发和优化代谢途径、遗传系统和工程蛋白的高通量检测方法 | 转录因子MerR和CadR的变体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达(CFE) | NA | 基因表达数据 | 127个MerR变体和134个CadR变体,共3682个独特的CFE反应 |
948 | 2024-10-24 |
No two clones are alike: characterization of heterologous subpopulations in a transgenic cell line of the model diatom Phaeodactylum tricornutum
2024-Oct-21, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02559-y
PMID:39428506
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研究论文 | 研究了转基因硅藻Phaeodactylum tricornutum中异源亚群的特征 | 揭示了克隆传播培养物中不同亚群之间的遗传和转录组差异 | NA | 研究硅藻表达系统中的异质性,以促进合成生物学应用 | 转基因硅藻Phaeodactylum tricornutum中的异源亚群 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | 来自单个外共轭菌落的多个亚群 |
949 | 2024-10-24 |
High-Speed Imaging of Giant Unilamellar Vesicle Formation in cDICE
2024-Oct-15, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c04825
PMID:39431092
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研究论文 | 研究使用高速显微镜实时观察cDICE方法中巨型单层囊泡(GUVs)的形成过程 | 开发了高速显微镜设置,实时可视化GUV形成过程,揭示了复杂的液滴形成机制 | 液滴形成的起源部分仍不清楚,蛋白质对GUV形成的影响机制需进一步研究 | 深入理解cDICE方法中GUV形成的物理原理,并开发更可靠高效的GUV生产方法 | 巨型单层囊泡(GUVs)的形成过程及其在cDICE方法中的应用 | 生物物理学 | NA | 高速显微镜 | NA | 图像 | 涉及>30 μm大小的液滴和部分15 μm大小的卫星液滴 |
950 | 2024-09-11 |
Application and research progress of MultiBac: A review
2024-Sep-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039333
PMID:39252306
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综述 | 本文综述了MultiBac技术的发展过程、特点及其在生物技术和制药领域的应用 | MultiBac技术整合了合成生物学技术,提供了额外的多功能性 | MultiBac技术也存在一些缺点,研究人员在选择表达系统时应考虑其局限性 | 介绍MultiBac技术的发展和应用,为基本研究人员提供新方法 | MultiBac技术及其在重组蛋白和复杂蛋白复合物研究中的应用 | 生物技术 | NA | MultiBac | NA | NA | NA |
951 | 2024-10-24 |
CryptKeeper: a negative design tool for reducing unintentional gene expression in bacteria
2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.611466
PMID:39282447
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研究论文 | 介绍了一种名为CryptKeeper的软件工具,用于减少细菌中无意基因表达 | 开发了一种新的软件工具CryptKeeper,能够可视化预测细菌基因表达信号并估计DNA序列可能的翻译负担 | NA | 开发一种工具来减少细菌中无意基因表达,从而避免实验中的遗传不稳定性和信号干扰 | 细菌中的基因表达信号和翻译负担 | 分子生物学 | NA | NA | NA | DNA序列 | 涉及多个已发表的例子,包括真核病毒感染克隆和单个蛋白质 |
952 | 2024-10-24 |
Characterization and Degradation of Triphenylmethane Dyes and Their Leuco-Derivatives by Heterologously Expressed Laccase From Coprinus cinerea
2024-Sep, Cell biochemistry and function
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/cbf.4127
PMID:39420654
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研究论文 | 研究通过合成生物学方法优化了来自Coprinus cinerea的漆酶基因Lcc1,并在Pichia pastoris中异源表达,评估了其对三苯甲烷染料及其无色衍生物的降解能力 | 通过合成生物学方法优化了漆酶基因Lcc1,并在Pichia pastoris中成功表达,展示了其对三苯甲烷染料的高效降解能力 | 研究主要集中在实验室条件下漆酶的表达和降解能力,未涉及实际环境中的应用效果 | 优化漆酶基因的表达,研究其对有机污染物的降解能力,为环境修复提供新方案 | Coprinus cinerea的漆酶基因Lcc1及其对三苯甲烷染料的降解 | 生物技术 | NA | 合成生物学 | NA | 酶活性数据 | NA |
953 | 2024-10-24 |
Exploiting protein domain modularity to enable synthetic control of engineered cells
2024-Sep, Current opinion in biomedical engineering
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.cobme.2024.100550
PMID:39430298
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综述 | 本文综述了利用蛋白质域模块性在细胞控制应用中的进展 | 利用蛋白质域的模块性设计多功能合成结构和可控的分裂部分,以实现对细胞功能的精确控制 | NA | 探讨如何利用蛋白质域的模块性增强细胞疗法的功能和安全性 | 蛋白质域的模块性及其在细胞控制中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
954 | 2024-10-24 |
Iterative deep learning-design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell type-specificity
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.599076
PMID:38915713
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研究论文 | 本文应用迭代深度学习设计具有细胞类型特异性的合成增强子 | 本文首次使用迭代深度学习方法设计合成增强子,并通过实验验证和优化,实现了增强子在不同细胞系中的特异性表达 | 本文仅在两个人类细胞系中验证了增强子的特异性,尚未在更多细胞类型中进行广泛验证 | 设计具有细胞类型特异性的合成增强子 | 合成增强子及其在不同细胞系中的特异性表达 | 合成生物学 | NA | 迭代深度学习 | NA | 序列数据 | 两个人类细胞系 |
955 | 2024-10-24 |
Measuring the burden of hundreds of BioBricks defines an evolutionary limit on constructability in synthetic biology
2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588465
PMID:38645188
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研究论文 | 研究了301个BioBricks在高拷贝质粒上对宿主细胞生长速率的影响 | 首次系统测量了大量BioBricks对宿主细胞生长速率的负担,并开发了一个交互式网络工具用于合成生物学教育 | 研究仅限于高拷贝质粒上的BioBricks,未涵盖其他类型的DNA序列 | 探讨合成生物学中工程化DNA对宿主细胞生长速率的影响及其进化限制 | 301个BioBricks及其对宿主细胞生长速率的影响 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 301个BioBricks |
956 | 2024-10-22 |
Astaxanthin biosynthesis for functional food development and space missions
2024-Oct-20, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2410364
PMID:39428346
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综述 | 本文综述了虾青素的生物合成及其在功能食品开发和太空任务中的应用 | 本文提出了合成生物学和细胞工厂策略在工业化生产天然虾青素中的应用,并探讨了其在太空探索和迁移中的潜在贡献 | NA | 探讨虾青素的生物合成及其在不同领域的应用,特别是太空任务中的潜在应用 | 虾青素的生物合成及其在功能食品和太空任务中的应用 | NA | 心血管疾病 | 合成生物学 | NA | NA | NA |
957 | 2024-10-21 |
Intelligent guide RNA: dual toehold switches for modulating luciferase in the presence of trigger RNA
2024-Oct-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06988-8
PMID:39420075
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研究论文 | 开发了一种智能引导RNA系统,通过双足开关机制在触发RNA存在下调节荧光素酶活性 | 引入了一种新的智能引导RNA系统,结合了RNA感应平台和CRISPR/Cas9功能,实现了对特定触发RNA的识别和基因活性的精确调控 | NA | 开发一种能够根据特定细胞环境条件调节基因活性的智能引导RNA系统 | 智能引导RNA系统及其在特定触发RNA存在下的功能 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | RNA | NA |
958 | 2024-10-21 |
Plant synthetic genomics: Big lessons from the little yeast
2024-Oct-17, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2024.08.001
PMID:39214084
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研究论文 | 本文探讨了利用酵母合成基因组学的经验来推动植物合成基因组学的发展 | 利用酵母和苔藓植物的相似性,提出了将酵母合成基因组学的技术应用于植物合成基因组学的新方法 | 植物基因组的复杂性仍然是主要挑战 | 探索将酵母合成基因组学的经验应用于植物合成基因组学的可能性 | 酵母和苔藓植物 Physcomitrium patens | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
959 | 2024-10-21 |
Diagnosis and mitigation of the systemic impact of genome reduction in Escherichia coli DGF-298
2024-Oct-16, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00873-24
PMID:39207109
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研究论文 | 研究了基因组简化对大肠杆菌DGF-298的影响,并通过重建代谢模型和适应性实验室进化来减轻这些影响 | 通过系统级方法和适应性实验室进化相结合,修复和优化基因组工程菌株 | NA | 研究基因组简化对大肠杆菌DGF-298的系统性影响并提出缓解措施 | 大肠杆菌DGF-298及其基因组简化后的代谢和表达调控 | 系统生物学 | NA | 代谢模型重建、iModulon-based转录组分析、适应性实验室进化 | 代谢模型 | 转录组数据 | 单一菌株DGF-298 |
960 | 2024-10-21 |
Microalgae biofuels: illuminating the path to a sustainable future amidst challenges and opportunities
2024-Jan-23, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02461-0
PMID:38254224
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综述 | 本文综述了过去十年微藻生物燃料生产的研究成果,探讨了该行业面临的机遇和挑战 | 利用合成生物学减少转基因微藻的风险,提高其生物燃料生产的经济可行性 | 转基因微藻的大规模户外栽培存在风险,限制了其可行性 | 探讨微藻生物燃料在能源转型中的重要性及其大规模生产的可行性 | 微藻的选择、改造和培养 | NA | NA | 组学技术、基因编辑 | NA | NA | NA |