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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-06-06 |
YhfH functions as a tri-function RNA in Bacillus thuringiensis BMB171
2026-Jan-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1528
PMID:41562254
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研究论文 | 揭示了苏云金芽孢杆菌BMB171中YhfH RNA作为一种三功能RNA的作用机制 | 首次发现YhfH RNA同时具有小RNA、反义RNA和信使RNA三种功能,即三功能RNA | NA | 阐明YhfH RNA的多功能调控机制及其在合成生物学中的应用潜力 | 苏云金芽孢杆菌BMB171菌株中的YhfH RNA | 合成生物学 | NA | RNA测序 | NA | RNA数据 | NA | NA | 苏云金芽孢杆菌BMB171 | 三功能RNA调控回路 | 合成生物学 |
| 82 | 2026-06-06 |
Marine-derived antimicrobial peptides (AMPs): Blue biotechnological assets for sustainable healthcare and circular bioeconomy
2026, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2025.08.002
PMID:41581932
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综述 | 综述海洋源抗菌肽作为可持续医疗和循环生物经济资源的蓝生物技术资产 | 强调了海洋源抗菌肽在应对抗菌素耐药性危机中的独特优势,包括低耐药倾向、多功能生物活性,以及通过基因组学、宏基因组学、机器学习和合成生物学等先进技术推动发现与优化的创新方法 | 讨论了生产可扩展性和监管框架等关键挑战,这些是商业化面临的主要障碍 | 综述海洋源抗菌肽在可持续医疗和循环生物经济中的应用潜力,并为其商业化路径提供清晰方向 | 海洋源抗菌肽,源自无脊椎动物、极端微生物和蓝细菌等海洋生物 | 计算生物学、合成生物学 | NA | 基因组学、宏基因组学、机器学习、合成生物学、异源表达、海洋生物质转化 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医疗、水产养殖、食品安全、环境修复 |
| 83 | 2026-06-06 |
High-throughput screening of biomolecules using cell-free systems
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.11.001
PMID:41581987
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综述 | 探索基于无细胞系统的高通量筛选原理、平台及应用 | 该系统绕开细胞生理限制,实现从DNA或RNA模板直接快速可调地表达生物分子,并与微孔板、液滴微流控及纸基设备等高通量平台集成 | 高试剂成本及有限的翻译后修饰 | 推动下一代生物分子筛选和治疗开发 | 生物分子(化合物、核酸、蛋白质) | 合成生物学、药物发现、诊断学、蛋白质工程 | NA | 无细胞系统、高通量筛选、液滴微流控、数字PCR、质谱 | NA | 荧光、发光、质谱、数字PCR信号 | NA | NA | 大肠杆菌、小麦胚芽、兔网织红细胞 | NA | 医学、工业生物技术 |
| 84 | 2026-06-06 |
Artificial intelligence for cell-free systems
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.08.009
PMID:41581993
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综述 | 探讨人工智能与无细胞系统的整合,关注最新进展、工业应用及未来方向 | 通过深度学习发现抗菌肽和主动学习实现蛋白产量34倍提升,展示了AI在无细胞系统优化中的显著成效 | 存在数据需求、模型可迁移性和可扩展性等挑战 | 研究AI在无细胞系统中的应用,推动合成生物学发展 | 无细胞系统,包括蛋白质合成和代谢过程 | 机器学习 | NA | 无细胞蛋白质合成 | 深度学习, 主动学习, 贝叶斯优化, 神经网络 | 实验数据 | NA | NA | NA | 代谢通路 | 生物制造, 制药, 诊断 |
| 85 | 2026-06-06 |
Harnessing Cannabis sativa as a dual-use platform for biohydrogen production and pharmaceutical synthesis: a hypothesis and theory
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1833491
PMID:42245109
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假设与理论 | 提出一种利用工程化大麻进行生物氢生产和药物合成的双用途生物炼制范式 | 提出利用工程化大麻的光合作用驱动绿色氢生产,同时保持其药用价值,并利用现有受控环境农业基础设施 | NA | 探索大麻作为双用途平台在生物氢生产和药物合成中的应用 | 工程化大麻 | 合成生物学 | NA | 光合电子流重定向、氢化酶活性工程 | NA | NA | NA | 合成生物学、氢化酶工程 | 大麻 (Cannabis sativa) | 光合电子流重定向至氧保护氢化酶通路,用于分子氢生成 | 能源、医药、工业生物技术 |
| 86 | 2026-06-06 |
DNABERT2-CAMP: A Hybrid Transformer-CNN Model for E. coli Promoter Recognition
2025-Dec-28, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17010027
PMID:41595447
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研究论文 | 提出一种混合Transformer-CNN模型DNABERT2-CAMP用于大肠杆菌启动子识别 | 首次将预训练DNABERT-2 Transformer与CNN-Attention-Mean Pooling模块结合,同时捕获长程基因组依赖和局部基序特征,显著提升启动子识别准确性和可解释性 | 未提及模型在其他细菌物种或长序列上的泛化能力,以及处理多类型启动子(如σ38、σ54)的表现 | 开发一种高精度、可解释的混合深度学习框架,用于大肠杆菌σ70启动子识别 | 大肠杆菌K-12菌株的σ70启动子序列 | 机器学习 | NA | DNABERT-2, CNN, Attention机制 | 混合Transformer-CNN模型(DNABERT-2 + CAMP模块) | 81-bp核苷酸序列 | 8720条经实验验证的阳性和阴性81-bp序列 | NA | E. coli | NA | 合成生物学, 基因组注释 |
| 87 | 2026-06-05 |
Leveraging the bacteria for enhanced cancer immunotherapy: from a perspective of synthetic biology
2026-Dec-31, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2026.2683171
PMID:42240055
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综述 | 总结基于合成生物学改造细菌用于癌症免疫治疗的最新进展,重点介绍细菌激活免疫系统的机制和工程化策略 | 系统讨论了低氧响应启动子、细菌群集运动、细胞外囊泡等策略以及细菌疗法与其他治疗(如光动力疗法、化疗、免疫检查点抑制剂)的协同效应 | 未讨论细菌疗法的临床转化挑战,如安全性、免疫原性和个体差异等问题 | 综述合成生物学在细菌介导癌症免疫治疗中的应用 | 工程化细菌用于癌症免疫治疗 | 合成生物学 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | 细菌 | 治疗性表达系统、肿瘤靶向系统、药物递送系统 | 医学 |
| 88 | 2026-06-05 |
Unlocking non-model organisms with CRISPR-Cas: A roadmap for sustainable biotechnology
2026-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108890
PMID:42000334
|
综述 | 该综述系统评估了将CRISPR-Cas基因组编辑应用于非模式生物所面临的挑战与机遇,并提出了一个框架以解决宿主特异性障碍、启用技术解决方案和实际应用 | 提出了一个系统框架,整合了宿主特异性障碍分析、创新技术解决方案(如Cas变体工程、宿主适应性递送系统、无DSB编辑方法)以及合成生物学与机器学习优化,旨在解锁非模式生物在可持续生物技术中的潜力 | 未具体说明局限性,但综述本身依赖于现有文献,可能存在数据覆盖不全的问题 | 评估并推动CRISPR-Cas编辑在非模式生物中的应用,以促进可持续生物技术(如低能耗生物制造、环境生物修复和碳捕获)的发展 | 非模式生物(非传统宿主) | 机器学习 | NA | CRISPR-Cas, 碱基编辑, 先导编辑, CRISPR相关转座酶, 重组酶辅助工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12, CRISPR-Cas13 | 非模式生物(泛指,如细菌、酵母、植物等,未具体指定) | NA | 农业, 生物制造, 环境修复 |
| 89 | 2026-06-05 |
Sustainable insect pest management using bioactive compounds derived from marine macroalgae: A comprehensive review
2026-Sep, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134672
PMID:42035956
|
综述 | 综述了从海洋大型藻类中提取的生物活性化合物在可持续害虫管理中的应用潜力 | 系统总结了绿藻、棕藻和红藻中多种生物活性化合物的杀虫、驱避、拒食和生长调节特性,并强调了其在综合害虫管理中的作用及未来生物技术升级方向 | 实践应用受限于代谢物含量的季节性和区域变异性、大规模生产与提取成本高、田间验证不足及监管问题 | 评估海洋大型藻类生物活性化合物作为可持续害虫管理替代方案的潜力 | 海洋大型藻类(绿藻、棕藻、红藻)及其衍生的生物活性化合物 | 机器学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 90 | 2026-06-05 |
Probiotics: From natural to artificial
2026-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108916
PMID:42092720
|
综述 | 系统总结了从天然益生菌到人工益生菌的技术进展与应用前景 | 综合了人工智能、高通量筛选、定向进化、基因编辑等核心技术,首次系统阐述人工益生菌的理性设计与构建策略 | 讨论了生物安全评估、监管政策、体内适应性和剂量调控等主要挑战 | 为下一代人工益生菌的研究、临床转化和工业应用提供理论路线图 | 人工益生菌 | 机器学习 | NA | 高通量筛选、定向进化、基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 益生菌 | NA | 医学, 环境, 食品 |
| 91 | 2026-06-05 |
Metabolic engineering strategies for microbial amino acid production: From molecular mechanisms to systems optimization
2026-Aug, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2026.110901
PMID:42166812
|
综述 | 本文综述了微生物氨基酸生产的代谢工程策略,从分子机制到系统优化 | 提出了一个包含分子、网络和系统三个层次的分层约束策略框架,并批判性评估了权衡和边界条件以指导策略选择 | 未提供具体实验结果验证所提出策略的有效性 | 推动氨基酸生物制造向高效可持续方向发展 | 微生物细胞工厂的氨基酸生产 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 医药、食品、营养保健品、化学工业 |
| 92 | 2026-06-05 |
Bacteria as anticancer agents: bioactive metabolites, engineered platforms, and translational mechanisms
2026-Jun-04, Letters in applied microbiology
IF:2.0Q4
DOI:10.1093/lambio/ovag050
PMID:42240519
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综述 | 综述细菌来源的生物活性代谢物、工程化平台及其在抗癌治疗中的转化机制 | 系统整合了细菌天然产物(如放线菌素D、博来霉素)与合成生物学驱动的工程菌平台(如肿瘤靶向递送、前药激活)在抗癌领域的双重进展 | 细菌代谢物的毒性、低产量、选择性不足以及临床转化面临挑战 | 总结细菌在抗癌策略中的开发潜力及应用前景 | 细菌代谢物(如多酮、肽类、生物碱、蛋白质)及工程化细菌平台 | 数字病理学 | 癌症 | 宏基因组学、基因组挖掘、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学 | 放线菌、芽孢杆菌、假单胞菌、海洋源细菌 | 肿瘤靶向定植、治疗分子递送、前药激活回路 | 医学 |
| 93 | 2026-06-05 |
Insights into the Fucoidan and Mannitol Biosynthetic Pathways in the Brown Seaweed Padina Tetrastromatica Based on Draft Genome and Transcriptome Analysis
2026-Jun-04, Marine biotechnology (New York, N.Y.)
DOI:10.1007/s10126-026-10649-8
PMID:42240916
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研究论文 | 基于褐藻Padina tetrastromatica的基因组和转录组分析,揭示其褐藻糖胶和甘露醇生物合成途径 | 首次组装了褐藻Padina tetrastromatica的基因组和转录组,鉴定了与褐藻糖胶和甘露醇生物合成相关的关键酶编码基因,为褐藻碳水化合物代谢和功能基因组学研究提供了新资源 | 基因组覆盖度不足20%,可能缺失部分重要基因;此外,褐藻复杂的生殖周期导致其难以培养,限制了实验验证 | 通过基因组和转录组分析阐明褐藻Padina tetrastromatica中褐藻糖胶和甘露醇的生物合成途径 | 褐藻Padina tetrastromatica的基因组和转录组 | 基因组学 | NA | NGS, RNA-seq | NA | 基因组序列, 转录组序列 | 1个褐藻Padina tetrastromatica样本 | NA | 褐藻Padina tetrastromatica | 褐藻糖胶和甘露醇生物合成途径 | 工业生物技术, 医学 |
| 94 | 2026-06-05 |
Modular Assembly of Higher-Order DNA Nanotube Tile Nanostructures Using DNA Annular Scaffolds
2026-Jun-03, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c04434
PMID:42139459
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研究论文 | 提出一种基于DNA环形支架的模块化组装策略,用于构建高阶DNA纳米管瓦片纳米结构 | 通过DNA环形支架与短DNA基序互连,实现模块化组装的可编程性、稳定性和逻辑控制性,并构建布尔逻辑门和电路,展示快速拆卸和组件可重复使用性 | 现有DNA组装策略的模块化潜力尚未完全实现,高阶结构制造仍受限制 | 开发一种整合DNA瓦片和DNA折纸优点的模块化组装策略,克服高阶结构制造中的当前限制 | DNA纳米管瓦片结构和DNA环形支架 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术 | NA | NA | NA | DNA折纸,DNA瓦片 | NA | 布尔逻辑门和逻辑电路 | 纳米技术,合成生物学 |
| 95 | 2026-06-05 |
Emergent bioengineering
2026-Jun-03, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103520
PMID:42235106
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研究论文 | 探讨利用合成生物学改造生态系统功能特征以增强其韧性的新兴生物工程方法 | 提出从经典工程向新兴工程的范式转变,强调适应性、反馈和多尺度复杂性作为生态系统设计基础 | 生物安全和控制方面的进展主要集中在细胞尺度,生态系统层面的干预持续性和功能维持尚未解决 | 评估合成生物学在应对全球气候变化和生物多样性丧失中的潜力,并讨论从可控干预到生态功能持久性的转变挑战 | 现有生态系统及其中微生物群落的功能特征 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境 |
| 96 | 2026-06-05 |
Programmable, multiplexed and orthogonal gene control in bacteria with attenuated Cas13d systems
2026-Jun-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-026-03160-x
PMID:42230991
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研究论文 | 提出一种通过蛋白质工程策略生成减毒Cas13d变体的方法,实现细菌中可编程、多重且正交的基因调控 | 通过定向截短Cas13d柔性区域生成具有可调RNase活性的减毒变体,引入CRISPR RNA间隔区5'端近端错配实现翻译抑制、多顺反子mRNA降解和IF3融合翻译级CRISPR激活的功能切换 | 未详细说明该策略在其他细菌宿主中的通用性及长期稳定性评估 | 开发适用于细菌的RNA调控工具包,实现可编程、多重和正交的基因控制 | 大肠杆菌中的基因调控及番茄红素生物合成优化 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas13d、蛋白质工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas13d | 大肠杆菌 | 基于减毒Cas13d的RNA调控回路,包括翻译抑制、多顺反子mRNA降解和IF3融合翻译级CRISPR激活 | 工业生物技术、合成生物学 |
| 97 | 2026-06-05 |
Design and engineering of photorespiratory bypasses in plants
2026-Jun, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2026.02.007
PMID:41687960
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综述 | 对植物光呼吸旁路的设计与工程化进行综述,分为三种主要类型并分析其机制和应用 | 首次将光呼吸旁路系统性地分为碳释放型、碳中性和碳正性三类,并强调通过重编程乙醇酸代谢提高光合效率的潜力 | 未提供具体的实验数据或定量比较各种旁路的实际效率,且主要基于模型植物和作物,实际应用效果需进一步验证 | 总结当前抑制C3植物光呼吸的遗传策略,指导未来光呼吸旁路的优化与合理设计 | C3植物中的光呼吸旁路 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 光呼吸旁路(包括碳释放型、碳中性型和碳正性型) | 农业 |
| 98 | 2026-06-05 |
Nanomedicine carrier-based combined antitumor strategy integrating phototherapy and immunotherapy
2026-Jun, Immunopharmacology and immunotoxicology
IF:2.9Q2
DOI:10.1080/08923973.2026.2671715
PMID:42153947
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综述 | 系统分析纳米载体介导的光疗与免疫疗法联合抗肿瘤策略的原理、机制及最新进展 | 总结了纳米载体在时空协同递送、刺激响应释放以及将“冷”肿瘤转化为“热”肿瘤方面的创新应用,并探讨了多响应纳米平台、仿生设计和克服缺氧策略等新兴趋势 | 临床转化仍面临制造可扩展性、人类肿瘤异质性和最佳治疗排序等挑战 | 分析纳米载体如何实现光疗与免疫疗法的精准时空协同递送,以增强抗肿瘤免疫反应 | 纳米药物载体、光治疗剂、免疫检查点抑制剂、原位疫苗、免疫调节剂及过继细胞疗法(包括CAR-T细胞) | 纳米医学 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 99 | 2026-06-05 |
Diterpene Synthases as Gatekeepers of Bioactive Diterpenoids: A Resource for Discovery and Engineering toward Efficient Synthesis
2026-May-29, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00190
PMID:42215860
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综述 | 综述二萜合酶在生物活性二萜类化合物发现和工程化高效合成中的作用 | 通过整合生物信息学分析,阐明了不同功能二萜合酶类别的催化机制、产物多样性和系统发育分布,并建立了包含562个功能表征二萜合酶的全面功能数据库 | 未提及具体局限性 | 总结代表性二萜类化合物的生物活性和应用,并讨论二萜合酶作为合成生物学核心功能元件的发展方向 | 二萜合酶和生物活性二萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、代谢工程、生物信息学分析 | NA | 序列数据、功能表征数据 | 562个功能表征的二萜合酶 | NA | 微生物细胞工厂(如酿酒酵母、大肠杆菌等) | 二萜类化合物生物合成途径 | 医药、农业、化妆品、食品 |
| 100 | 2026-06-05 |
Microbial production of xanthohumol driven by synthetic biology approaches
2026-May-26, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05037-2
PMID:42189397
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综述 | 该文综述了利用合成生物学方法微生物生产黄腐酚的研究进展 | 总结了用于商业化规模生产黄腐酚的生物策略,并评估了技术经济可行性 | 黄腐酚的产量和成本问题仍待解决,未来需要进一步尝试使用合成生物学进行生产 | 综述利用合成生物学实现黄腐酚可持续生产的研究进展 | 黄腐酚 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 化妆品、制药、营养保健品、食品工业 |