合成生物学相关文章
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当前共找到 5211 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
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| 81 | 2026-06-19 |
Machine learning-assisted single-cell Raman imaging for rapid, sensitive detection and intracellular mapping of carotenoids in plant cell cultures
2026-May-23, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-026-03858-x
PMID:42176120
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研究论文 | 将拉曼成像与多层感知器神经网络结合，用于烟草BY-2细胞中类胡萝卜素的无损、无标记分类和细胞内定位 | 首次结合拉曼成像与神经网络对植物细胞进行基于类胡萝卜素组成的无标记分类，实现活细胞水平的无损检测和代谢物分布成像 | 文中未明确提及局限性，但可能包括神经网络模型对特定拉曼峰特征的依赖以及通用性需要进一步验证 | 开发一种基于拉曼成像与机器学习结合的植物细胞分析平台，以无标记方式分类和定位类胡萝卜素 | 烟草BY-2细胞（野生型与转基因细胞系） | 机器学习 | NA | 拉曼成像, 表面增强拉曼散射（SERS）, 高效液相色谱（HPLC） | 多层感知器神经网络 | 图像 | 涉及野生型和转基因烟草BY-2细胞系，具体样本数量未明确 | NA | 烟草（Nicotiana tabacum）BY-2细胞 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 82 | 2026-06-19 |
Hypergraph learning with multi-dimensional metabolite feature extractions and static-dynamic attention mechanisms to fill missing reactions in metabolic networks
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag314
PMID:42308419
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研究论文 | 提出一种基于超图学习的多维代谢物特征提取与静动态注意力机制方法，用于预测和填补代谢网络中的缺失反应 | 首次结合超图神经网络、多种预训练语言模型和静动态多头注意力机制，实现代谢网络中缺失反应的高精度预测 | 仅在计算层面验证，未在湿实验中对预测的缺失反应进行生物学验证 | 提高基因组规模代谢模型重建质量，自动填补知识空白中的缺失反应 | 108个BiGG数据库中的基因组规模代谢模型及24种细菌的表型数据 | 机器学习 | NA | 超图学习、预训练语言模型、多头注意力机制 | 超图神经网络、有向图神经网络 | 代谢物特征和反应数据 | 108个GEMs和24种细菌生物体 | NA | 细菌 | NA | 合成生物学、生物制造、生物医学 |
| 83 | 2026-06-19 |
Genetically engineered pig-to-human liver xenotransplantation
2026-Mar, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.044
PMID:41076089
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研究论文 | 本文报道了全球首例基因编辑猪肝向活体人类进行辅助异种移植并存活171天的病例 | 首次在活体人类中进行10基因编辑猪肝辅助异种移植，实现171天存活，并详细记录了异种移植相关血栓性微血管病的免疫学和组织病理学分析 | 患者最终因反复上消化道出血死亡，且移植后38天因xTMA移除辅助肝，长期成功率尚待改进 | 探索基因编辑猪肝作为人类肝移植桥接策略的可行性 | 接受10基因编辑猪肝辅助异种移植的右叶大肝细胞癌患者 | 合成生物学与临床移植 | 肝细胞癌，肝衰竭 | 基因编辑（10个靶向基因编辑） | NA | 临床监测数据 | 1例患者 | CRISPR-Cas9（基于10基因编辑平台） | 猪 | 基因敲除（异种抗原基因）和基因敲入（7个人类免疫和凝血相容性基因） | 医学 |
| 84 | 2026-06-19 |
A comprehensive ruminant microbial catalog (CRMC) reveals convergent selection for key vitamin-synthesizing pathways and genes across ruminants and human
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag016
PMID:41738843
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研究论文 | 基于2325个宏基因组样本，构建了反刍动物胃肠道微生物组参考基因组目录（CRMC），揭示了维生素合成微生物的路径选择和基因共选择模式 | 首次构建大规模反刍动物胃肠道维生素合成微生物参考基因组目录，发现不同反刍动物宿主间维生素合成微生物存在高度趋同的路径选择和基因共选择模式，且与人类肠道微生物组具有一致性 | 未提及因果关系验证和功能实验验证 | 系统解析反刍动物胃肠道维生素合成微生物的功能特征和生态分布模式 | 8种反刍动物宿主的2325个宏基因组样本 | 微生物组学 | NA | 宏基因组测序 | NA | 宏基因组测序数据 | 2325个宏基因组样本，来自8种反刍动物宿主 | NA | 反刍动物（8种宿主） | NA | 农业, 医学 |
| 85 | 2026-06-19 |
Engineering Artificial Mitochondria with Self-Amplifying Proton Generation for Autonomous Energy Supply and Metabolic Coupling in Artificial Cells
2025-11-24, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202514980
PMID:41030094
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研究论文 | 通过将葡萄糖氧化酶和过氧化氢酶共封装于二氧化硅纳米胶囊内，构建自放大质子生成的类线粒体ATP纳米发生器，实现人工细胞自主能量供应和代谢耦合 | 首次通过定量共封装葡萄糖氧化酶和过氧化氢酶于二氧化硅纳米胶囊中，建立自增强酶级联反应放大质子生成，并结合ATP酶整合脂质体双层涂层，实现高效ATP合成 | 研究主要基于人工细胞模型（巨型单层囊泡），在更复杂细胞环境中长期稳定性和集成效率有待验证 | 构建能够自主供应能量并耦合代谢的人工线粒体，推动自下而上合成生物学发展 | 人工细胞模型中的线粒体模拟ATP纳米发生器 | 合成生物学 | NA | 酶共封装、纳米胶囊合成、ATP酶整合脂质体涂层 | NA | NA | NA | NA | NA | 自增强酶级联反应（葡萄糖氧化酶-过氧化氢酶）驱动的质子梯度，耦合ATP合酶实现ATP合成 | 合成生物学 |
| 86 | 2026-06-19 |
Transforming Crowded Coacervates into Multi-Compartmental Hybrid Microreactors for Practical Enzymatic Catalysis
2025-10-20, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202502479
PMID:40884011
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研究论文 | 提出一种基于Pickering乳液的封装方法，将无膜凝聚层转化为多室混合微反应器，用于高效酶催化 | 首次利用Pickering乳液封装法将无膜凝聚层转化为具有层级分隔结构、分子拥挤环境、选择性渗透能力和机械增强稳定性的多室混合微反应器，实现空间有序调控生物和非生物催化反应，显著提升催化活性、热稳定性和长期耐久性 | 未提及限制，但可能涉及方法的普适性和规模化应用挑战 | 设计构建具有组织复杂性、功能多样性和实际应用性的人工原细胞，用于体外合成生物学和生物工程 | 无膜凝聚层（凝聚层室）和混合微反应器 | 合成生物学 | NA | Pickering乳液封装、脂肪酶催化动力学拆分 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | 多室混合微反应器（分级结构、分子拥挤环境、选择性渗透膜） | 医学、工业生物技术 |
| 87 | 2026-06-19 |
From Nano to Quantum: Ethics Through a Lens of Continuity
2025-10-13, Science and engineering ethics
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s11948-025-00557-w
PMID:41082020
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评论 | 文章通过连续性视角审视从纳米科技到量子技术的伦理讨论，强调避免重复造轮子 | 将纳米伦理的经验系统应用于量子技术伦理的早期讨论，提出连续性分析框架而非强调新兴技术的独特性 | NA | 探讨如何借鉴过往新兴科学技术的伦理研究经验，指导量子技术伦理讨论 | 纳米科技伦理讨论与量子技术伦理讨论 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2026-06-19 |
Topology-Engineered Guide RNAs for Programmable Control of CRISPR/Cas Activity
2025-10-06, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511756
PMID:40905590
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综述 | 本文综述了拓扑工程引导RNA（TE-gRNA）在实现CRISPR/Cas系统可编程调控中的应用 | 通过设计聚合物、环状和树枝状等拓扑结构，TE-gRNA实现了CRISPR活性的精确空间控制、可逆性和可编程激活，优于传统线性gRNA | TE-gRNA在合成可行性、稳定性及降低脱靶效应方面仍面临挑战，其在大规模应用中表现有待进一步验证 | 探讨拓扑工程引导RNA如何实现对CRISPR/Cas活动的精准时序和条件控制 | 拓扑工程引导RNA（TE-gRNA）及其在CRISPR/Cas系统中的应用 | 合成生物学 | NA | RNA合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 功能基因组学, 治疗干预 |
| 89 | 2026-06-19 |
Programmable DNA Nanocages Enable Adaptive Spatiotemporal Organization of Biomimetic Organelle Networks
2025-09-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511909
PMID:40776809
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research paper | 提出一种可编程DNA纳米笼策略，用于构建稳定且自适应的合成细胞器网络 | 通过DNA纳米笼模块化设计，实现机械增强的仿生纳米笼，并集成逻辑门控DNA元件作为动态接触位点，实现环境响应性的空间组织与信号重配置 | 当前研究以细胞外囊泡为模型，未来需验证其在其他合成细胞器系统中的普适性与体内应用稳定性 | 构建具有自适应反馈机制的稳定合成细胞器网络 | 细胞外囊泡与四面体DNA框架组装的DNA纳米笼 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、回文杂交链式反应、逻辑门控DNA元件 | NA | NA | NA | DNA纳米笼、回文杂交链式反应 | NA | 逻辑门控DNA元件作为动态接触位点，响应环境信号重配置空间组织与信号传递 | 合成生物学、生物医学、智能材料设计 |
| 90 | 2026-06-19 |
PCR-Free Site-Directed Mutagenesis on Repetitive Sequences Using Single-Stranded DNA-Assisted Double-Stranded DNA Nicking by DNAzymes
2025-09-08, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202509127
PMID:40626944
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研究论文 | 提出一种基于DNA酶的单链DNA辅助双链DNA切口产生的PCR-free定点突变方法 | 首次利用DNA酶在无PCR条件下对重复序列进行定点突变，扩展了DNA酶的底物范围至双链超螺旋质粒，且仅使用未修饰的DNA寡核苷酸，成本低、制备简单 | 该研究对DNA酶在重复序列上的效率与通用性可能仍需更多验证 | 开发一种无PCR的定点突变方法，用于处理包含高重复序列的DNA模板 | 含有PCR不相容重复序列的质粒DNA | 合成生物学 | NA | DNA酶介导的定点突变 | NA | DNA序列 | 使用单个含有重复序列的质粒作为样本 | NA | NA | 单链DNA辅助的DNA酶切口系统（DANDA） | 生物化学与生物技术应用 |
| 91 | 2026-06-19 |
A digital CRISPR-dCas9-based gene remodeling biocomputer programmed by dietary compounds in mammals
2024-10-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.002
PMID:39383861
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研究论文 | 开发了一种由膳食化合物编程的数字CRISPR-dCas9基因重塑生物计算机，用于哺乳动物体内外基因转录调控 | 首次利用白藜芦醇和原儿茶酸作为输入信号，构建了可编程的CRISPR介导基因重塑生物计算机（REPA），实现了对基因抑制和激活的逻辑控制，并建立了预测目标基因转录水平的数学模型 | 未提及具体局限性，但可能包括体内应用的长期稳定性和安全性待验证 | 开发一种基于CRISPR-dCas9的基因重塑生物计算机，实现精细化的内源基因转录调控，推动基因精准医学发展 | 哺乳动物体外细胞和体内小鼠模型中的内源基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9 | 数学模型 | 基因转录数据 | 体外细胞样本和体内小鼠模型（具体数量未提及） | CRISPR-dCas9 | 哺乳动物细胞，小鼠 | 逻辑门（AND逻辑门），基因抑制与激活逻辑控制回路 | 医学 |
| 92 | 2026-06-19 |
Transcriptional memory formation: Battles between transcription factors and repressive chromatin
2024-10-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.008
PMID:39419001
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研究论文 | 探讨转录记忆形成中转录因子与抑制性染色质的相互作用 | 利用合成生物学方法揭示了转录因子与抑制性染色质在巩固转录记忆中的关键对抗机制 | NA | 理解转录记忆形成的分子机制，特别是转录因子与抑制性染色质之间的动态交互 | 转录因子和抑制性染色质 | 分子生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2026-06-19 |
Systematic identification of transcriptional activator domains from non-transcription factor proteins in plants and yeast
2023-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.12.557247
PMID:37745555
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research paper | 系统鉴定植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活域 | 首次在两种模式真核生物（拟南芥和酿酒酵母）的全蛋白质组中，系统挖掘并实验验证非转录因子蛋白中的转录激活域，发现这些激活域可能具有未知的生物学功能，并鉴定出能在酵母和植物中普遍有效的短激活域 | 仅基于预测工具PADDLE的预测结果进行验证，可能遗漏某些激活域；实验验证仅在酵母中进行，植物中的功能验证有限；未深入探究激活域在非核蛋白中的生理角色 | 揭示非转录因子蛋白中转录激活域的存在和功能，发掘可用于合成生物学的通用遗传元件 | 拟南芥和酿酒酵母中800多个非转录因子基因的18,000个片段 | synthetic biology | NA | PADDLE预测、酵母单杂交实验 | NA | 蛋白质序列数据 | 从超过800个非转录因子基因中选取18,000个片段，在酵母中验证89%的蛋白质含有激活片段 | NA | 酿酒酵母, 拟南芥 | 转录激活域作为遗传元件，未涉及具体电路设计 | synthetic biology |
| 94 | 2026-06-19 |
Optimization-based Eukaryotic Genetic Circuit Design (EuGeneCiD) and modeling (EuGeneCiM) tools: Computational approach to synthetic biology
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103000
PMID:34622181
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研究论文 | 开发基于优化的真核遗传电路设计与建模工具，用于合成生物学应用 | 首次将优化概念应用于真核生物遗传电路设计，并开发了EuGeneCiD和EuGeneCiM两种工具，可有效避免问题设计，加速合成生物学应用开发 | 标题和摘要未明确说明限制 | 开发基于优化的真核遗传电路设计与建模工具，支持合成生物学应用开发 | 30种基本逻辑门遗传电路概念化设计，以及抑制子振荡器电路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 30种逻辑门电路概念化，每种数百个设计方案 | NA | 真核生物 | 逻辑门、抑制子振荡器 | 工业生物技术 |
| 95 | 2026-06-18 |
A programmable Aeromonas chassis, AMAX2, for advanced biomanufacturing
2026-Jun-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00231-26
PMID:42148730
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研究论文 | 开发下一代工程化气单胞菌底盘AMAX2，用于先进生物制造 | 通过删除毒力相关和非必需基因增强生物安全性，同时保持快速生长和蛋白质表达，并整合多种功能模块（如无DNA微细胞生成、表面展示、蛋白转运） | 可能存在的长期稳定性或大规模生产中的未知挑战 | 开发可编程的细菌底盘用于工业生物制造和生物治疗 | AMAX2底盘及其工程化功能模块 | 合成生物学 | NA | CRISPRi-seq, 基因工程 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 气单胞菌 | 可诱导系统、表面展示系统、VI型分泌系统、微细胞生成系统 | 工业生物技术, 医药 |
| 96 | 2026-06-18 |
Hydrazinoacetic acid is a biosynthetic precursor of the bacterially produced nitramine, N-nitroglycine
2026-Jun-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00631-26
PMID:42159495
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研究论文 | 本研究揭示了细菌产生的硝胺类天然产物N-硝基甘氨酸的生物合成路径，鉴定肼基乙酸为关键前体 | 首次阐明N-硝基甘氨酸的生物合成途径，发现肼基乙酸作为前体，并确定其从赖氨酸衍生的硝基氮来源 | 仅通过同位素标记和体外重建验证，尚未在体内完整证实通路；硝胺生物合成中间体为推测性 | 解析细菌产生硝胺类化合物的生物合成机制，探索可持续生产含能硝胺的合成生物学途径 | N-硝基甘氨酸及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | LC-MS/MS, 稳定同位素标记, 生物信息学基因簇分析, 体外酶促重建 | NA | 质谱数据, 晶体结构数据 | NA | NA | NA | 硝胺生物合成途径（涉及肼基乙酸生成） | 能源, 工业生物技术 |
| 97 | 2026-06-18 |
Superfolder Green Fluorescent Protein (sfGFP): A Versatile Tool for Biotechnology Research
2026-Jun-17, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05783-x
PMID:42307699
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综述 | 综述超折叠绿色荧光蛋白（sfGFP）作为生物技术研究通用工具的特性、优势及局限性 | 指出sfGFP的核心价值不在于亮度和光稳定性普遍优越，而在于能在传统GFP变体折叠或性能受损的条件下维持荧光 | 荧光对pH敏感、单体行为依赖背景、光稳定性未优化，需根据应用需求选择并与其他新型GFP比较 | 评估sfGFP在生物技术研究中的多功能应用潜力及其适用场景 | 超折叠绿色荧光蛋白（sfGFP）及其在不同生物技术系统中的应用 | 生物技术 | NA | 蛋白质工程, 荧光蛋白工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物技术, 合成生物学, 蛋白质设计 |
| 98 | 2026-06-18 |
Modular Scalable Synthetic Gene Circuits for Complex Functions Within Minimal Computational Layers in Human Cells
2026-Jun-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74408-y
PMID:42303993
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研究论文 | 提出一种模块化设计框架，在人类细胞中以较少的计算层实现复杂功能的基因电路 | 通过集成正交转剪接AND门、天然-合成杂合启动子和合成microRNA，在最小化计算层的同时实现复杂逻辑功能，克服了传统级联架构的可扩展性障碍 | 可能仍存在负载效应和长期稳定性问题，且适用范围可能受限于特定细胞类型 | 开发可扩展的合成基因电路设计框架，用于人类细胞中的复杂遗传编程 | 人类细胞中的合成基因电路 | 合成生物学 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 正交转剪接、天然-合成杂合启动子、合成microRNA | 人类细胞 | 三输入组合逻辑门、半加器、全加器、动态3对1多路复用器（含专用选择器过载状态输出） | 生物医学, 生物技术, 基础生物学 |
| 99 | 2026-06-18 |
Assembling a True "Olympic Gel" From over 16 000 Combinatorial DNA Rings
2026-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202520549
PMID:41789447
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研究论文 | 报告从超过16 000个组合DNA环成功组装真正的奥运凝胶，并表征其遗传、机械和结构特性 | 首次从大规模组合DNA环库成功组装具有独特力学和溶胀特性的奥运凝胶，结合聚合物物理、合成生物学和DNA纳米技术创建新型材料平台 | 未明确提及，但可能涉及奥运凝胶的实际应用规模化挑战 | 实现从DNA环组装真正的奥运凝胶并研究其网络拓扑对宏观材料性质的影响 | 超过16 000个不同序列的DNA环 | 合成生物学 | NA | 下一代测序, 振荡流变学, 原子力显微镜, 冷冻电子显微镜, 大规模计算模拟 | NA | 序列数据, 图像, 机械特性数据 | 超过16 000个独特DNA环分子 | 酶促活化, 分子内环化 | NA | DNA环库, 网络拓扑设计 | 生物材料, 仿生系统, 软物质物理 |
| 100 | 2026-06-18 |
Butyrate-Producing Bacteria in Intestinal Disease Therapy: Potential and Challenges
2026-Jun, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70260
PMID:42307077
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综述 | 综述丁酸盐产生菌在肠道疾病治疗中的潜力与挑战 | 整合机制理解与转化实践，评估新兴策略如精准益生元、噬菌体介导的生态位工程和AI个性化治疗 | 转化治疗面临瓶颈：丁酸盐产生菌对氧气高度敏感，交叉喂养网络需要生态学方法而非单菌株策略，宿主环境决定丁酸盐的保护或促进作用 | 总结丁酸盐产生菌在肠道健康中的作用机制，评估其在肠道疾病治疗中的转化现状和未来方向 | 丁酸盐产生菌（包括Faecalibacterium prausnitzii、Roseburia spp.、Eubacterium rectale等厌氧厚壁菌门细菌）及其在炎症性肠病、结直肠癌、放射损伤、感染和移植物抗宿主病中的作用 | NA | 炎症性肠病， 结直肠癌， 放射损伤， 感染， 移植物抗宿主病 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 人类肠道微生物群 | 丁酸盐产生菌的代谢通路与交叉喂养网络 | 医学 |