合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-24	Computational Pipeline for Targeted Integration and Variable Payload Expression in Bacteriophage Engineering 2025-Sep-22, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00450 PMID:40982657	研究论文	开发了一种结合机器学习工具PhagePromoter的计算辅助工程流程，用于噬菌体基因组中靶向整合遗传有效载荷	利用机器学习预测工具识别具有有利表达特征的基因间位点，拓宽了毒性有效载荷的可行插入位点范围	NA	增强噬菌体工程化能力以推进个性化噬菌体疗法开发	严格裂解性噬菌体K及其基因工程改造	合成生物学	NA	同源重组、生物发光报告基因、PhagePromoter机器学习预测工具	机器学习预测模型	基因组数据	构建了三种在不同基因组位点携带报告基因的重组噬菌体
82	2025-09-24	Trusted Codon Fingerprint: A Streamlined Platform for Deep and Reversible Bacterial Cell Labeling 2025-Sep-22, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00263 PMID:40983931	研究论文	提出一种名为可信密码子指纹（TCF）的平台，通过同义密码子替换在质粒抗生素抗性基因中嵌入识别信息，实现细菌细胞的深度可逆标记	结合抗生素筛选和纠错码的双重机制实现无需验证步骤的细胞标记，采用温敏质粒骨架支持标签的循环写入和擦除	NA	开发高效精确的合成生物学细胞标记与识别平台	工程化细菌细胞	合成生物学	NA	长读长测序、密码子替换、温度敏感质粒	NA	基因组测序数据	数千个克隆
83	2025-09-24	CloneFast: A simple plasmid design and construction guide for labs venturing into synthetic biology 2025-Sep-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104025 PMID:40773353	研究论文	介绍一种名为CloneFast的简化质粒设计和构建方法	提出包含生物信息学设计、可重复使用的修饰寡核苷酸（CompetePCR）、快速碘介导切割和片段组装的完整流程	NA	开发一种高效、易用的质粒构建方法	质粒设计和构建技术	合成生物学	NA	CompetePCR、碘介导切割	NA	NA	NA
84	2025-09-24	Protocol for fabricating a reusable plate-well insert with a 3D-printed mounter and hydrogel scaffolds for 3D cell culture and functional assays 2025-Sep-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104014 PMID:40782348	研究论文	提出一种用于标准24孔板的可重复使用插入件的制备方案，包含3D打印支架和水凝胶支架用于3D细胞培养研究	开发集成3D打印支架与可重复使用水凝胶支架的创新制备流程，优化水凝胶制备和安装流程以减少批次差异	NA	建立标准化的3D细胞培养和功能分析实验平台	细胞培养插入件和水凝胶支架	生物医学工程	NA	3D打印、水凝胶合成、冻干保存、qPCR	NA	实验方案	NA
85	2025-09-24	Creating a designer cyanobacterial ecosystem for the sustainable production of biomass rich in sun-protecting compounds: mycosporine-like amino acids and scytonemin 2025-Sep-04, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04450-9 PMID:40906293	综述	探讨通过合成生物学技术构建特殊蓝藻生态系统以可持续生产富含紫外线防护化合物的生物质	提出利用合成生物学改造蓝藻菌株代谢通路来提升紫外线防护化合物产量的创新生物技术策略	蓝藻中有益代谢物浓度通常较低导致工业化生产经济可行性不足	开发可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的蓝藻生态系统	蓝藻及其产生的防晒化合物（缩氨酸类氨基酸和石茸素）	合成生物学	NA	遗传工程、代谢工程	NA	NA	NA
86	2025-09-24	Metagenomics harvested genus-specific single-stranded DNA-annealing proteins improve and expand recombineering in Pseudomonas species 2023-12-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1024 PMID:37941137	研究论文	本研究通过计算生物学方法筛选出假单胞菌属特异性单链DNA退火蛋白，显著提升了该菌属的基因重组编辑效率	首次建立属特异性SSAPs库，并成功将重组编辑技术拓展至四种假单胞菌物种	仅测试了四种假单胞菌物种，尚未涵盖该属所有重要菌株	提升假单胞菌属的基因编辑能力以促进其合成生物学应用	假单胞菌属细菌（包括P. putida, P. aeruginosa, P. taiwanensis, P. fluorescens）	合成生物学	NA	计算生物学、高通量筛选、牛津纳米孔测序（Oxford Nanopore NGS）	NA	基因组数据	针对四种假单胞菌物种进行测试
87	2025-09-24	Establishing a versatile toolkit of flux enhanced strains and cell extracts for pathway prototyping 2023-11, Metabolic engineering IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.ymben.2023.10.008 PMID:37890611	研究论文	开发了一套通过CRISPR-dCas9技术改造的大肠杆菌和酿酒酵母高通量菌株及其无细胞提取物工具包，用于加速生物合成路径的原型构建	首次创建了代谢通量增强的工程菌株库及其无细胞提取物，解决了野生型细胞提取物在目标路径中通量不足的问题	未明确说明工具包的适用范围和具体路径优化效果的量化指标	建立用于生物合成路径快速原型构建的通用工具平台	大肠杆菌和酿酒酵母工程菌株及其无细胞提取物	合成生物学	NA	CRISPR-dCas9基因编辑、代谢组学分析、无细胞合成生物学	NA	代谢物检测数据、酶活性数据	涉及多种关键代谢前体（乙酰辅酶A、莽草酸等）的工程菌株提取物
88	2025-09-23	Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites 2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054 PMID:40914877	研究论文	提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP，用于精确预测转录因子结合位点	引入双向反向互补模块(BiRC-Mamba)处理DNA序列特性，开发多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN)整合多维度特征	NA	提高转录因子结合位点预测的准确性	DNA序列中的转录因子结合位点	生物信息学	NA	ChIP-seq测序技术	多视图深度学习框架（包含BiRC-Mamba和MCRAN模块）	基因组序列数据	165个ChIP-seq数据集（验证扩展到690个数据集）
89	2025-09-23	Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics 2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372 PMID:40932245	研究论文	本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet，并系统评估了多种计算方法的表现	首次创建包含100个实验解析结构的标准化基准数据集，并建立多维评估框架比较深度学习和物理驱动方法的性能差异	基准数据集规模有限（100个结构），且仅评估了当前主流的六种计算方法	评估蛋白质-核酸复合物结构预测方法的准确性并建立标准化评估体系	蛋白质-核酸复合物的三维结构	计算生物学	NA	结构生物信息学分析	AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix, HDOCK, HDOCK_NT	蛋白质三维结构数据	100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构
90	2025-09-23	HinZip: Combining Hin Recombinase and FosW to Mimic HD-Zip Plant Proteins 2025-Sep-22, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00386 PMID:40977316	研究论文	设计了一种名为HinZip的新型DNA结合蛋白，通过融合Hin重组酶和FosW亮氨酸拉链来模拟植物HD-Zip蛋白的功能	首次成功将不相关的蛋白模块（Hin重组酶DNA结合域和FosW亮氨酸拉链）整合成功能性"嵌合蛋白"，无需结构指导即可实现特异性DNA结合	未提及在真核细胞或动物模型中的验证数据	开发能够特异性结合长DNA序列的小型定制化蛋白工具	工程化蛋白HinZip及其DNA结合特性	合成生物学	NA	电泳迁移率变动分析、圆二色谱、动态光散射、细菌单杂交试验	NA	蛋白质-DNA相互作用数据	NA
91	2025-09-23	Structure-Guided Design of Artificial Transcription Factor for a Progesterone Biosensor 2025-Sep-22, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00488 PMID:40977514	研究论文	通过结构引导设计人工转录因子构建孕酮生物传感器	将真核生物转录因子逆向应用于原核生物系统，并通过MD模拟和连接子优化实现人工转录因子的构象控制	NA	开发高灵敏度孕酮生物传感器	人工转录因子ProB和合成启动子QT系统	合成生物学	NA	MD模拟、细菌富集策略	NA	NA	NA
92	2025-09-23	Neural CRNs: A Natural Implementation of Learning in Chemical Reaction Networks 2025-Sep-22, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00099 PMID:40981009	研究论文	提出一种基于分子浓度连续时间演化的化学实现神经网络计算新框架	首次将神经网络计算建模为分子浓度的连续时间演化，实现仅需两个阶段的最小化监督学习流程	目前仅通过仿真验证，尚未进行实际生化实验验证	开发能够自主学习的分子电路，用于生物工程和合成生物学领域	化学反应网络实现的神经网络计算系统	机器学习	NA	化学动力学计算	连续时间神经网络	分子浓度数据	多种回归和分类任务的仿真验证
93	2025-09-23	Bio-Photo Dual Action of Intracellular Radical Polymerization 2025-Sep-21, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c10871 PMID:40977043	研究论文	开发了一种生物标志物和光门控的细胞内自由基聚合策略，用于精确细胞器干预	首次实现生物标志物与光照双重控制的细胞内自由基聚合，具有AND门控机制	NA	实现细胞内聚合的时空控制，推进治疗发现和合成生物学应用	细胞内环境、内质网	合成生物学	NA	光诱导电子/能量转移-可逆加成-断裂链转移(PET-RAFT)聚合	NA	NA	NA
94	2025-09-23	Turing patterns in a morphogenetic model with single regulatory function 2025-Sep-17, Mathematical biosciences IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.mbs.2025.109536 PMID:40972714	研究论文	研究合成Nodal-Lefty系统中图灵模式的形成机制	首次在单功能调控的反应扩散系统中分析超临界和亚临界图灵不稳定性	NA	验证图灵形态发生理论在合成生物学系统中的应用	Nodal-Lefty反应扩散系统	理论生物学	NA	线性稳定性分析、弱非线性分析、多时间尺度方法	反应扩散模型	理论模型	NA
95	2025-09-23	Evo-Inspired Engineering of Radical Phenotypes and Emergent Traits 2025-Sep-13, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf107 PMID:40795044	综述	本文探讨如何通过进化启发的方法结合新技术在合成生物学中实现超越自然限制的表型工程	提出将进化洞察与高通量平台、人工智能工具结合，突破现有性状改造局限，创造全新细胞功能	NA	推动合成生物学从改造现有性状向创造全新细胞功能发展	细胞表型、人工细胞、基因型-表型关系	合成生物学	NA	高通量平台、人工智能驱动设计工具	NA	NA	NA
96	2025-09-22	Identification and application of bioparts for plant synthetic biology 2025-Oct, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100273 PMID:40902856	综述	本文综述了植物合成生物学中生物部件的识别与应用，重点关注启动子和终止子在基因表达调控中的作用	探讨了双向启动子在基因叠加中的应用，以及结合ATAC-seq、STARR-seq和大规模测序技术与深度学习模型预测启动子区域及转录活性	NA	实现高效精确的基因调控以促进植物合成生物学发展	植物生物部件，如启动子、终止子	合成生物学	NA	ATAC-seq, STARR-seq, 深度学习方法	深度学习模型	测序数据	NA
97	2025-09-22	Are amyloid-based materials conducive to tissue engineering? 2025-Sep-19, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.009 PMID:40975651	综述	本文综述了基于淀粉样蛋白的材料在组织工程中的潜力和最新进展	探讨了淀粉样蛋白材料在生物技术应用中的结构多样性和独特表面特性，及其在医学领域的创新潜力	NA	评估淀粉样蛋白材料在组织工程中的应用前景	淀粉样蛋白原纤维及其生物材料	生物材料科学	阿尔茨海默病、帕金森病	结构生物学、合成生物学	NA	文献数据	NA
98	2025-09-18	DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells 2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c09188 PMID:40923324	研究论文	本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制，用于合成细胞中的内部信号处理	发现胆固醇修饰单链DNA可通过成核驱动、缺陷介导的过程自发翻转跨越合成细胞膜，实现高效的跨膜信号传导	NA	开发合成细胞中的跨膜信号传导机制	巨型单层脂质囊泡（GUVs）和胆固醇修饰单链DNA	合成生物学	NA	荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验	NA	实验数据	NA
99	2025-09-22	Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution 2025-Sep-09, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koaf195 PMID:40834228	综述	本文综述了水平基因转移（HGT）在植物界的发生机制、检测方法及其对功能进化的影响	系统总结了微生物-植物及植物-植物间HGT的广泛存在，并提出结合合成生物学与实验进化验证功能相关性的新方向	依赖现有基因组数据，对持续发生的HGT事件和功能验证仍需未来技术突破	探讨HGT在植物适应性进化与功能多样化中的作用	植物界（绿色谱系）的基因组与进化过程	进化生物学	NA	系统发育基因组学方法、原位测序、合成生物学	NA	基因组序列数据	数百个近期测序的植物基因组
100	2025-09-22	The Rise of Mechanobiology for Advanced Cell Engineering and Manufacturing 2025-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202501640 PMID:40576525	综述	探讨机械生物学在先进细胞工程与制造中的兴起及其应用潜力	强调机械信号作为关键工具，可增强或替代传统可溶性因子在细胞制造中的作用	当前制造路线在生产效率、安全性、监管、成本效益和可扩展性方面存在局限	推动细胞工程和制造技术的发展，以支持细胞疗法和再生医学	细胞（包括诱导多能干细胞和免疫疗法细胞）	生物工程	NA	机械生物学、生物材料设计、微纳米技术	NA	NA	NA