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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-10-05 |
Establishing a High-Yield Bacillus subtilis-Based Cell-Free Protein Synthesis System for In Vitro Prototyping and Natural Product Biosynthesis
2025-04-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00021
PMID:40203238
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研究论文 | 本研究开发了一种基于枯草芽孢杆菌的高产无细胞蛋白质合成系统 | 通过基因组整合T7 RNA聚合酶基因的工程菌株开发高产CFPS系统,无需额外添加T7 RNA聚合酶 | NA | 建立高产无细胞蛋白质合成系统用于体外原型设计和天然产物生物合成 | 枯草芽孢杆菌无细胞系统、核糖体结合位点元件、天然产物生物合成酶 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成、基因组工程 | NA | 蛋白质产量数据、酶活性数据 | NA | 基因组整合 | 枯草芽孢杆菌 | T7启动子系统、核糖体结合位点原型设计、天然产物生物合成途径 | 工业生物技术, 医药 |
| 982 | 2025-10-05 |
Designing and encoding models for synthetic biology
2009-Aug-06, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2009.0035.focus
PMID:19364720
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综述 | 本文综述了合成生物学中定量模型的设计、编码与应用过程 | 系统性地介绍了合成生物学模型构建的全流程,包括组件挖掘、关系模型集成、公式化与参数化等关键步骤 | 未涉及具体实验验证案例,主要聚焦于方法论层面的概述 | 为合成生物学研究提供定量建模的方法论指导 | 基因调控网络和反应网络的动力学模型 | 合成生物学 | NA | 动力学建模,标记语言编码 | 定量模型,关系模型 | 模型参数,网络结构数据 | NA | NA | NA | 基因调控网络,反应网络 | 工业生物技术 |
| 983 | 2025-10-05 |
An internal reaction chamber in dimethylglycine oxidase provides efficient protection from exposure to toxic formaldehyde
2009-Jun-26, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.M109.006262
PMID:19369258
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法揭示了二甲甘氨酸氧化酶中不寻常的底物通道机制,该机制能有效保护细胞免受有毒甲醛的暴露 | 发现二甲甘氨酸氧化酶通过内部反应室实现底物通道,这是首次在该类双功能黄素蛋白中证实这种保护机制 | NA | 研究二甲甘氨酸氧化酶的底物通道机制及其在细胞保护中的作用 | 二甲甘氨酸氧化酶及其催化反应 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法、体内报告系统、定点诱变 | NA | 生物化学数据 | NA | 合成生物学方法 | 细胞系统 | 底物通道机制、反应室设计 | 医学, 工业生物技术 |
| 984 | 2025-10-05 |
PCR amplification of DNA containing non-standard base pairs by variants of reverse transcriptase from Human Immunodeficiency Virus-1
2004, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkh241
PMID:14757837
|
研究论文 | 本研究通过改造HIV逆转录酶变体,首次实现了含非标准碱基对的DNA通过完整PCR进行扩增 | 首次利用改造的HIV逆转录酶变体成功扩增含非标准氢键模式碱基对的DNA,实现了完整PCR扩增 | 未明确说明非标准碱基对扩增的具体效率和数据准确性 | 开发能够处理人工遗传信息系统的合成生物学工具 | HIV逆转录酶变体及其对非标准碱基对的识别能力 | 合成生物学 | HIV感染 | PCR,定点突变 | NA | 分子生物学实验数据 | NA | 定点突变 | NA | NA | 医学,生物技术 |
| 985 | 2025-10-05 |
Generation of cell-sized liposomes using laser-induced microjets
2025-May-28, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d5lc00149h
PMID:40302460
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研究论文 | 开发了一种利用激光诱导微射流穿透含脂油相来生成细胞尺寸脂质体的新方法 | 首次采用高速激光诱导微射流技术实现细胞尺寸脂质体的可靠重复生成 | NA | 开发按需生产细胞尺寸脂质体的新技术 | 细胞尺寸脂质体的生成过程 | 合成生物学 | NA | 激光诱导微射流技术、高速摄像、数值分析 | NA | 视频数据、数值模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、生物化学研究 |
| 986 | 2025-10-05 |
Metabolite-Responsive Control of Transcription by Phase Separation-Based Synthetic Organelles
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00633
PMID:39954260
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研究论文 | 开发了一种基于液液相分离的合成细胞器,能够将代谢信号转化为基因转录调控 | 首次将液液相分离原理应用于构建代谢物响应型合成细胞器,实现了代谢信号与转录调控的可逆连接 | NA | 构建具有生命感知和适应能力的合成生物材料 | 基于液液相分离的合成细胞器 | 合成生物学 | NA | 液液相分离技术 | NA | NA | NA | 蛋白质工程 | NA | 代谢物响应型转录调控回路,基于丙酮酸依赖性阻遏蛋白PdhR的相分离行为 | 传感器材料, 工业生物技术 |
| 987 | 2025-10-05 |
Engineering a New Generation of Gene Editors: Integrating Synthetic Biology and AI Innovations
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00686
PMID:39999982
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综述 | 本文探讨如何整合合成生物学与人工智能技术开发新一代基因编辑器 | 将人工智能和机器学习技术应用于基因编辑酶的发现与设计,通过计算策略优化传统蛋白质工程方法 | 未提及具体实验验证数据和应用案例 | 开发更安全高效的基因组编辑工具并推动其临床转化 | 基因编辑酶(如CRISPR-Cas系统) | 机器学习 | NA | CRISPR-Cas技术、理性设计、诱变筛选、定向进化 | AI/ML模型 | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 988 | 2025-10-05 |
Improving Bacillus subtilis as Biological Chassis Performance by the CRISPR Genetic Toolkit
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00844
PMID:40040244
|
综述 | 本文综述了CRISPR基因工具包在提升枯草芽孢杆菌作为生物底盘性能方面的最新进展 | 系统总结了CRISPR技术在枯草芽孢杆菌中基因编辑、转录调控和酶活性调节等方面的关键工具设计进展 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 提升枯草芽孢杆菌作为工业生物底盘的生产性能 | 枯草芽孢杆菌及其CRISPR基因编辑工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因编辑技术 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌 | 基因编辑工具、转录调控系统、酶活性调节模块 | 工业生物技术 |
| 989 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology Strategies for the Production of Natural Colorants and Their Non-Natural Derivatives
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00799
PMID:40066730
|
综述 | 本文综述了利用合成生物学策略高效生产天然色素及其非天然衍生物的最新进展 | 开发了多样化天然色素以生产具有增强特性和扩展色谱的非天然衍生物的策略 | 未明确说明具体技术实施中的技术瓶颈或具体产量数据 | 通过合成生物学方法提高天然色素及其衍生物的生产效率和性能 | 天然色素及其非天然衍生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品,化妆品,医药,材料 |
| 990 | 2025-10-05 |
A Nitrate/Nitrite Biosensor Designed with an Antiterminator for In Vivo Diagnosis of Colitis Based on Bacteroides thetaiotaomicron
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00602
PMID:39801064
|
研究论文 | 本研究基于Bacteroides thetaiotaomicron开发了一种抗终止子微生物全细胞生物传感器,用于通过检测硝酸盐/亚硝酸盐在小鼠体内诊断结肠炎 | 开发了基于抗终止子的新型生物传感元件,通过结合组成型启动子和诱导型终止子创建了硝酸盐/亚硝酸盐诱导型启动子 | NA | 开发基于Bacteroides thetaiotaomicron的诊断性工程益生菌用于结肠炎诊断 | Bacteroides thetaiotaomicron微生物和溃疡性结肠炎小鼠模型 | 合成生物学 | 溃疡性结肠炎 | 微生物全细胞生物传感器技术 | NA | 生物传感响应数据 | 化学诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型 | 合成生物学元件设计 | Bacteroides thetaiotaomicron | 抗终止子生物传感器,硝酸盐/亚硝酸盐响应型基因回路 | 医学诊断 |
| 991 | 2025-10-05 |
Construction and Characterization of MoClo-Compatible Vectors for Modular Protein Expression in E. coli
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00564
PMID:39801078
|
研究论文 | 本研究构建并表征了与MoClo系统兼容的低拷贝和中拷贝载体,扩展了模块化蛋白表达工具包 | 扩展了现有MoClo工具包,新增低拷贝(p15A)和中拷贝(pBR322)目标载体,实现500倍荧光输出差异的蛋白表达范围 | NA | 开发模块化蛋白表达系统,优化生长耦合酶表达条件 | 大肠杆菌(E. coli)蛋白表达系统 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆,模块化克隆(MoClo) | NA | 荧光输出数据,生长曲线数据 | 28个载体(Addgene目录号217582-217609) | Golden Gate Assembly | 大肠杆菌(E. coli) | 模块化蛋白表达系统,包含不同拷贝数的表达载体 | 工业生物技术 |
| 992 | 2025-10-05 |
Microbial Production of Ectoine: A Review
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00490
PMID:39834017
|
综述 | 本文综述了微生物生产四氢嘧啶的策略,包括野生菌株筛选、诱变育种和模式菌株代谢工程 | 系统总结了利用合成生物学和代谢工程技术替代传统嗜盐菌生产四氢嘧啶的最新进展 | NA | 阐明四氢嘧啶微生物生产的当前研究现状并为工业化生产提供见解 | 四氢嘧啶及其微生物生产菌株 | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 嗜盐细菌、非嗜盐工程菌株 | 四氢嘧啶合成途径 | 生物医学、化妆品、食品工业 |
| 993 | 2025-10-05 |
Do the Shuffle: Expanding the Synthetic Biology Toolkit for Shufflon-like Recombination Systems
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00790
PMID:39869770
|
研究论文 | 本研究通过鉴定新型shufflon倒置酶并建立单分子测序检测方法,扩展了合成生物学工具包中的DNA重组系统 | 鉴定了14种先前未经测试的shufflon倒置酶基因及其识别位点,建立了基于单分子测序的定量检测方法,发现了具有显著改善重组效率的酶 | NA | 扩展合成生物学工具包中的shufflon样重组系统 | shufflon倒置酶及其识别位点 | 合成生物学 | NA | 单分子测序 | NA | 基因组序列数据 | 14种shufflon倒置酶基因 | shufflon倒置酶 | 大肠杆菌 | 合成shufflon系统,用于产生数百万序列变体 | 工业生物技术 |
| 994 | 2025-10-05 |
Cell-Free Systems to Mimic and Expand Metabolism
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00729
PMID:39878226
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综述 | 本文探讨无细胞合成生物学系统在代谢模拟与扩展中的应用 | 将无细胞系统从传统蛋白质合成扩展到代谢途径原型设计和非天然反应网络构建 | 目前仅探索了少量代谢可能性,且主要依赖模式生物提取物 | 通过无细胞系统理解和工程化生物基化学转化过程 | 无细胞合成生物学系统及其代谢组件 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统、酶组合设计 | NA | NA | NA | NA | 模式生物提取物 | 代谢途径原型、非天然反应网络 | 工业生物技术 |
| 995 | 2025-10-05 |
Considerations for Domestication of Novel Strains of Filamentous Fungi
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00672
PMID:39883596
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综述 | 本文探讨丝状真菌作为微生物细胞工厂的驯化挑战与应用前景 | 系统阐述利用合成生物学工具开发丝状真菌生物技术潜力的新视角 | NA | 探讨丝状真菌菌株驯化策略以促进其生物技术应用 | 丝状真菌及其遗传与代谢特性 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | 丝状真菌 | 代谢通路、信号转导通路 | 工业生物技术, 能源, 食品 |
| 996 | 2025-10-05 |
DRIMS: A Synthetic Biology Platform that Enables Deletion, Replacement, Insertion, Mutagenesis, and Synthesis of DNA
2025-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00649
PMID:39902634
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研究论文 | 开发了一种基于PCR的合成生物学平台DRIMS,能够实现DNA的删除、替换、插入、突变和合成 | 利用recA非依赖性重组途径,在单一扩增步骤中完成多种DNA操作,无需DNA模板即可合成DNA | 仅提供了概念验证,尚未在更广泛的应用场景中验证 | 开发高效、简单、低成本的DNA操作平台以加速合成生物学和疾病治疗研究 | DNA片段、DNA结合序列、嵌合抗原受体组件、人工microRNA、点突变 | 合成生物学 | 癌症 | PCR, DpnI消化, 转化 | NA | DNA序列 | 4个删除、64个替换、4个组件替换、51个插入、5种点突变、8个DNA合成 | PCR, DpnI | 感受态细胞 | DNA删除、替换、插入、突变和合成操作平台 | 医学, 工业生物技术 |
| 997 | 2025-10-05 |
BioTRY: A Comprehensive Knowledge Base for Titer, Rate, and Yield of Biosynthesis
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00347
PMID:39423319
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研究论文 | 开发了一个包含生物合成关键经济指标(滴度、速率和产量)的综合知识库BioTRY | 首个专门收集生物合成TRY原始研究数据的数据库 | NA | 评估发酵过程的经济可行性 | 生物合成过程中的滴度、速率和产量数据 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 生物合成数据 | >5,000种生化物质、>3,800个菌株和52,000个TRY条目 | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 998 | 2025-10-05 |
CRISPR/Cas-Based Gene Editing Tools for Large DNA Fragment Integration
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00632
PMID:39680738
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综述 | 本文全面综述了过去五年开发的大片段DNA整合方法,特别关注新兴的CRISPR相关技术 | 重点关注新兴的CRISPR转座酶和CRISPR重组酶策略,及其革新复杂疾病基因疗法的潜力 | 现有大片段基因整合技术面临效率低、脱靶效应和高成本等挑战 | 开发能够精确插入千碱基大小DNA片段的高效工具,支持基因工程、基因治疗和合成生物学应用 | 大DNA片段的整合技术 | 合成生物学 | 遗传疾病 | CRISPR基因编辑, HDR, CRISPR转座酶, CRISPR重组酶 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 哺乳动物细胞 | 大片段DNA整合 | 医学, 工业生物技术 |
| 999 | 2025-10-05 |
Biological Switches: Past and Future Milestones of Transcription Factor-Based Biosensors
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00689
PMID:39709556
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综述 | 回顾转录因子生物传感器的发展历程,分析关键里程碑并展望未来前景 | 系统梳理了从基础研究到工程策略的生物传感器发展时间线,涵盖DNA和蛋白质层面的创新 | 仍存在许多障碍需要克服才能充分释放生物传感器技术的潜力 | 分析转录因子生物传感器的发展历程和未来前景 | 转录因子生物传感器 | 合成生物学 | NA | 高通量分析工具、DNA随机化策略、正向工程、蛋白质工程工作流程 | NA | NA | NA | NA | 原核生物 | 转录调控、生物传感器 | 生物技术 |
| 1000 | 2025-10-05 |
Fine-Tuning Genetic Circuits via Host Context and RBS Modulation
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00551
PMID:39754601
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研究论文 | 本研究通过调控核糖体结合位点和宿主环境来优化遗传开关电路性能 | 将宿主生物重新概念化为合成生物学工具箱中的重要组成部分,系统探索了底盘设计空间作为工程变量的价值 | 仅测试了9种RBS组合和3种宿主环境,设计空间探索仍有限 | 研究如何通过宿主环境和RBS调控来精细调节遗传电路特性 | 遗传开关电路及其在三种不同宿主环境中的表现 | 合成生物学 | NA | 遗传电路工程 | NA | 性能指标数据 | 27个电路变体(9种RBS组合×3种宿主环境) | NA | 三种不同的宿主生物(具体未指明) | 遗传开关电路,具有可调节的信号强度、诱导剂敏感性和耐受性 | 工业生物技术 |