本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['synthetic biology']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价9.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2025-10-05 |
Synthetic Genetic Circuits Enabled in Komagataella phaffii Through T7 RNAP/CRISPRa System
2025-Jun, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70036
PMID:40490955
|
研究论文 | 本研究在Komagataella phaffii中开发了基于T7转录系统和CRISPRa的合成基因回路 | 首次在Komagataella phaffii中实现T7 RNAP/CRISPRa系统,开发了PT7-tRNA-sgRNA阵列增强转录效率,构建了布尔逻辑基因回路和UPR自响应系统 | NA | 开发适用于工业Komagataella phaffii菌株的基因调控工具包 | Komagataella phaffii工业菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPRa、T7转录系统、Tet-on诱导系统、split-T7系统、HH-HDV RNA切割 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, T7 RNAP | Komagataella phaffii | 布尔逻辑基因回路(AND和OR逻辑运算)、UPR自响应系统、PT7-tRNA-sgRNA阵列 | 工业生物技术 |
| 1102 | 2025-10-05 |
Recent Advances in Genome Base Editing Technology and Its Applications in Industrial Microorganism
2025-Jun, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70052
PMID:40490981
|
综述 | 系统总结基因组碱基编辑技术的发展历程及其在工业微生物中的应用 | 全面涵盖多种碱基编辑器类型及其优化策略,重点关注工业微生物应用场景 | NA | 促进碱基编辑技术在合成生物学中的广泛应用并加速其转化潜力 | 碱基编辑技术及其在工业微生物中的应用 | 合成生物学 | NA | 碱基编辑技术,CRISPR/Cas9系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌, 谷氨酸棒杆菌, 酿酒酵母, 解脂耶氏酵母, 黑曲霉 | NA | 工业生物技术 |
| 1103 | 2025-10-05 |
Harnessing iron‑sulfur enzymes for synthetic biology
2024-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119718
PMID:38574823
|
综述 | 本文探讨了铁硫酶在合成生物学应用中面临的三大核心挑战及相应解决方案 | 系统归纳了铁硫酶在工程化代谢途径中的三大瓶颈问题,并提出蛋白质结构预测与设计技术有望突破这些难题 | 主要基于文献综述,缺乏实验验证数据 | 开发铁硫酶在合成生物学中的可靠工具包,加速工业级生物合成路径的开发 | 铁硫酶及其在生物合成途径中的应用 | 合成生物学 | NA | 蛋白质结构预测与设计 | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物细胞工厂 | 铁硫酶依赖的生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 1104 | 2025-06-10 |
Sensl: a synthetic biology sensor for tracking strigolactone signaling in rice
2025-Jun-08, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70242
PMID:40484984
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1105 | 2025-10-05 |
Dynamical mechanisms of growth-feedback effects on adaptive gene circuits
2025-Jun-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89170
PMID:40470804
|
研究论文 | 本研究系统分析了生长反馈对适应性基因回路的影响机制 | 发现了三种回路失效的动态机制,揭示了回路稳健性与生长反馈强度之间的标度律,并识别出在生长反馈下仍能保持最佳性能的回路拓扑 | 研究基于计算模拟,需要实验验证;仅分析了400多种拓扑结构,可能存在未探索的拓扑 | 理解生长反馈对工程基因回路的影响机制,识别对生长反馈具有鲁棒性的回路拓扑 | 转录调控回路,特别是具有适应功能的基因回路 | 合成生物学 | NA | 计算模拟,系统拓扑分析 | NA | 模拟数据 | 400多种拓扑结构 | NA | NA | 适应性基因回路,转录调控网络 | 工业生物技术 |
| 1106 | 2025-10-05 |
From molecular mechanisms to clinical translation: Silk fibroin-based biomaterials for next-generation wound healing
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144266
PMID:40381758
|
综述 | 系统总结丝素蛋白基生物材料在伤口愈合领域的制备策略、功能修饰和应用机制 | 整合丝素蛋白分子机制与材料设计最新进展,强调其在精准医疗中的潜力,包括基因工程丝素蛋白定制免疫调控网络 | 存在机械稳定性、降解可控性及大规模生产标准化等挑战 | 开发高效、多功能且可临床转化的丝素蛋白基伤口愈合材料 | 丝素蛋白及其复合材料 | 生物材料 | 伤口愈合 | 3D生物打印、合成生物学技术 | NA | NA | NA | 基因工程 | NA | 定制免疫调控网络 | 医学 |
| 1107 | 2025-10-05 |
Transformative strategies for saline soil restoration: Harnessing halotolerant microorganisms and advanced technologies
2025-Apr-28, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04342-6
PMID:40289223
|
综述 | 本文综述了利用耐盐微生物和先进技术修复盐渍土壤的创新策略 | 整合耐盐微生物机制与前沿生物技术(CRISPR-Cas9、合成生物学)及数字技术(机器学习、人工智能)的协同修复策略 | NA | 缓解盐胁迫对作物的负面影响并修复盐渍土壤 | 耐盐微生物与植物的互作机制 | NA | NA | 宏基因组学、宏转录组学、纳米技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 农业, 环境 |
| 1108 | 2025-10-05 |
Current Technologies in Snake Venom Analysis and Applications
2024-10-25, Toxins
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxins16110458
PMID:39591213
|
综述 | 本文全面探讨了蛇毒研究领域的最新技术进展,重点介绍了蛋白质组学、基因组学、转录组学和生物信息学的整合应用 | 整合合成生物学与多组学方法(统称为毒液组学),深入揭示毒液功能及其治疗潜力 | 毒素功能表征和低成本抗蛇毒血清开发仍面临挑战 | 探索蛇毒分析技术及其生物医学应用 | 蛇毒及其毒素 | 生物信息学 | NA | 蛋白质组学, 基因组学, 转录组学, 生物信息学, 合成生物学, 冷冻电镜, mRNA技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 1109 | 2025-10-05 |
Effects of growth feedback on adaptive gene circuits: A dynamical understanding
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.06.543915
PMID:37333159
|
研究论文 | 本研究系统分析了生长反馈对适应性基因电路的影响,揭示了电路失效的动力学机制 | 发现了生长反馈下电路失效的三种动力学机制,并识别出对生长反馈具有鲁棒性的电路拓扑结构 | 研究主要基于计算模拟,需要实验验证 | 理解生长反馈对合成基因电路的影响机制,识别鲁棒性电路拓扑 | 转录调控适应性基因电路 | 合成生物学 | NA | 计算模拟,系统拓扑分析 | 动力学模型 | 模拟数据 | 400多种电路拓扑结构 | NA | NA | 适应性基因电路,转录调控网络 | 工业生物技术 |
| 1110 | 2025-10-05 |
Protocol for in vitro phospholipid synthesis combining fatty acid synthesis and cell-free gene expression
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103051
PMID:38700978
|
研究论文 | 本文提出了一种在体外结合脂肪酸合成和无细胞基因表达合成磷脂的完整实验方案 | 开发了整合脂肪酸合成与无细胞基因表达系统的体外磷脂合成方法,可在一天内完成反应并通过LC-MS进行定量分析 | NA | 建立体外磷脂合成和定量分析的标准化实验流程 | 磷脂生物分子 | 合成生物学 | NA | 液相色谱-质谱联用(LC-MS), 无细胞基因表达 | NA | 质谱数据 | NA | 无细胞表达系统 | NA | 脂肪酸合成与酰基转移酶表达系统 | 合成生物学, 生物燃料 |
| 1111 | 2025-10-05 |
Biotechnological approaches for the production of neuroactive huperzine A
2025-Aug, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.04.020
PMID:40311807
|
综述 | 本文综述了石杉碱甲的神经保护特性及其治疗神经退行性疾病的潜力,重点探讨了提高石杉碱甲产量的生物技术策略 | 系统整合了石杉碱甲生物合成途径中的关键中间体和酶,强调了代谢途径解析与工程在规模化生产中的潜力 | 存在石杉碱甲生物合成知识空白,天然来源产量有限 | 开发经济有效、可持续的石杉碱甲生产方法 | 石杉碱甲及其生物合成途径 | 合成生物学 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、多发性硬化、癫痫、重症肌无力 | 化学合成、微生物发酵、植物组织培养、合成生物学方法 | NA | 文献调查数据(体外、体内和临床研究) | NA | 代谢途径工程 | 内生真菌、植物组织 | 石杉碱甲生物合成途径(涉及赖氨酸脱羧酶、铜胺氧化酶、细胞色素P450等酶) | 医药 |
| 1112 | 2025-10-05 |
DNA-Based Signal Circuit for Self-Regulated Bidirectional Communication in Protocell-Living Cell Communities
2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202503903
PMID:40195061
|
研究论文 | 设计了一种基于DNA的信号电路,用于实现原始细胞与活细胞群落间的自主调控双向通信 | 开发了具有识别、激活和反馈模块的DNA电路,首次实现原始细胞对活细胞信号的自主感知与响应调控 | NA | 开发合成生物学工具以控制细胞间信号传导并编程期望的细胞行为 | 原始细胞与活细胞组成的混合群落 | 合成生物学 | NA | DNA电路设计 | NA | NA | NA | DNA电路 | 原始细胞, 活细胞 | 由识别模块、激活模块和反馈模块组成的DNA信号电路,具有信号转导处理和细胞间粘附控制功能 | 医学, 细胞治疗 |
| 1113 | 2025-10-05 |
QM/MM Unlocks The Catalytic Mechanism of YtfE: The Structural Reorganization of The Active Site Enables Nitrite-to-NO Conversion
2025-Jun-06, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202500817
PMID:40296212
|
研究论文 | 通过多尺度计算方法揭示了YtfE蛋白将亚硝酸盐转化为一氧化氮的催化机制 | 首次通过QM/MM等方法揭示了YtfE活性位点结构重组在亚硝酸盐还原机制中的关键作用 | 计算模拟研究,需要后续实验验证 | 阐明YtfE蛋白催化亚硝酸盐还原的分子机制 | 大肠杆菌YtfE蛋白及其活性位点 | 计算生物学 | NA | 量子力学/分子力学(QM/MM), QM/MM元动力学, 量子力学计算 | NA | 计算模拟数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学, 环境修复 |
| 1114 | 2025-10-05 |
Towards the computational design of protein post-translational regulation
2015-Jun-15, Bioorganic & medicinal chemistry
IF:3.3Q1
DOI:10.1016/j.bmc.2015.04.056
PMID:25956846
|
综述 | 本文综述了蛋白质翻译后修饰的计算设计方法及其在合成生物学中的应用前景 | 探索将蛋白质翻译后修饰这一尚未开发的调控层次应用于合成生物学的前沿方向 | NA | 推动蛋白质调控的理性设计方法发展 | 蛋白质翻译后修饰及其调控机制 | 计算生物学 | NA | 蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 1115 | 2025-10-05 |
Synthetic biology for the directed evolution of protein biocatalysts: navigating sequence space intelligently
2015-Mar-07, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/c4cs00351a
PMID:25503938
|
综述 | 本文综述了利用合成生物学方法进行蛋白质生物催化剂定向进化的策略与方法 | 将理性设计与经典定向进化方法相结合,通过智能导航蛋白质序列空间开发新型生物催化剂 | NA | 改进酶的特性,开发高活性和鲁棒性的新型生物催化剂 | 蛋白质生物催化剂 | 合成生物学 | NA | 定向进化,DNA从头合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1116 | 2025-10-05 |
Discovery of the lomaiviticin biosynthetic gene cluster in Salinispora pacifica
2014-Jul-08, Tetrahedron
IF:2.1Q2
DOI:10.1016/j.tet.2014.03.009
PMID:25045187
|
研究论文 | 本研究通过分子生物学方法和基因组测序,在Salinispora pacifica菌株中鉴定了lomaiviticin生物合成基因簇,并解析了其核心聚酮骨架的生物合成基础 | 首次发现lomaiviticin生物合成基因簇,并鉴定出负责重氮形成和氧化二聚化等特殊修饰过程的候选酶 | NA | 阐明lomaiviticin类海洋天然产物的生物合成机制 | Salinispora pacifica菌株DPJ-0016和DPJ-0019 | 天然产物生物合成 | NA | 基因组测序、比较基因组学、细菌遗传学 | NA | 基因组数据 | 2个菌株(DPJ-0016和DPJ-0019) | NA | Salinispora pacifica | lomaiviticin生物合成基因簇 | 生物催化、合成生物学 |
| 1117 | 2025-10-05 |
The phosphopantetheinyl transferases: catalysis of a post-translational modification crucial for life
2014-Jan, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/c3np70054b
PMID:24292120
|
综述 | 全面讨论磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(PPTases)的现有知识,这类酶负责在多种载体蛋白上进行翻译后修饰 | 首次对PPTases酶家族进行系统性综述,涵盖从鉴定到合成生物学应用的全面知识 | 文献覆盖时间截至2013年,可能未包含最新研究进展 | 探讨PPTases酶的分类、催化机制及其生物学功能 | 磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶(PPTases)及其底物载体蛋白 | 生物化学与分子生物学 | NA | 酶鉴定、表征、结构测定、突变分析、抑制研究、合成生物学工程 | NA | 文献资料 | NA | 合成生物学工程 | NA | NA | 基础研究 |
| 1118 | 2025-06-09 |
Taking stock of security concerns related to synthetic biology in an age of responsible innovation
2014, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2014.00079
PMID:25072048
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1119 | 2025-10-05 |
Synthetic biology: tools to design, build, and optimize cellular processes
2010, Journal of biomedicine & biotechnology
DOI:10.1155/2010/130781
PMID:20150964
|
综述 | 本文回顾了合成生物学在设计和优化细胞过程方面的工具与方法,提出了将合成生物学分为三个层级的框架 | 提出将合成生物学研究划分为三个层级的新框架:中心法则过程单元、内在调控机制和外在物理化学环境 | NA | 探讨合成生物学工具和方法如何增强对生物过程的控制,实现细胞系统的全面优化 | 细胞系统和生物过程工程 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1120 | 2025-10-05 |
Biology by design: from top to bottom and back
2010, Journal of biomedicine & biotechnology
DOI:10.1155/2010/232016
PMID:21052559
|
综述 | 本文提出合成生物学的概念模型,探讨从下至上和从上至下两种设计视角在构建新型生物系统中的应用 | 提出结合下至上和从上至下双重视角的概念框架,用于设计能与现有生物组件可预测互作的新型生物系统 | NA | 发展改进生物系统设计性能与复杂度的策略方法 | 合成生物学中的生物系统设计原理 | 合成生物学 | NA | NA | 概念模型 | NA | NA | NA | NA | 生物化学转化系统、细胞装置与治疗系统、生命化学拓展方法 | 医药, 工业生物技术 |