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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1141 | 2025-10-05 |
Super-robust synthetic microorganism can get chlorine resistance in advance and transfer their inserted DNA sequence in genome to indigenous bacteria in water
2025-Aug-01, Water research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.watres.2025.123594
PMID:40188791
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研究论文 | 本研究揭示了基因编辑超级鲁棒合成微生物在水环境中能够转移基因组插入序列给本土细菌并表现出更强的氯抗性 | 首次发现超级鲁棒合成微生物能将基因组插入DNA序列转移给水体本土细菌,并阐明其通过减少细胞膜损伤、维持呼吸活性和DNA修复系统来获得氯抗性的机制 | 研究主要关注表面水环境,未涉及其他环境介质或长期生态影响评估 | 探究超级鲁棒合成微生物在水环境中的归趋及其对人类健康的环境风险 | 基因编辑超级鲁棒合成微生物和水中本土细菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas基因编辑 | NA | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas | 合成微生物 | 基因组插入序列 | 环境 |
| 1142 | 2025-10-05 |
Bridging chemistry and biology for light-driven new-to-nature enantioselective photoenzymatic catalysis
2025-Jun-03, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/d4cs00561a
PMID:40351234
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教程综述 | 本文系统介绍光驱动酶催化这一新兴交叉领域,重点阐述其对非天然对映选择性反应的应用前景 | 融合光激发的高反应性与生物催化的卓越选择性,开创非天然酶促反应新范式 | 未涉及具体实验数据验证,主要进行理论框架梳理 | 推动可持续不对称合成发展 | 光酶催化反应体系 | 合成生物学 | NA | 酶工程、光催化 | NA | 文献综述 | NA | 酶工程 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1143 | 2025-10-05 |
Fusions of Catalytically Inactive RusA to FokI Nuclease Coupled with PNA Enable Programmable Site-Specific Double-Stranded DNA Breaks
2025-May-27, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c11282
PMID:40454070
|
研究论文 | 开发了一种结合PNA序列特异性结合能力和FokI核酸酶催化效率的PC-FIRA系统,用于实现程序化位点特异性DNA双链断裂 | 将催化失活的RusA与FokI核酸酶融合,并与PNA偶联,克服了现有位点特异性核酸酶的引导依赖性和脱靶效应限制 | 需要优化反应条件(温度、缓冲液组成、离子浓度和切割时间)并进行适用性验证 | 开发新型程序化位点特异性DNA双链断裂系统 | DNA分子(包括Holliday连接体、线性和环状DNA) | 合成生物学 | NA | PNA(肽核酸)技术、核酸酶融合技术 | NA | 分子生物学实验数据 | 多种DNA结构测试 | PNA, FokI核酸酶, RusA解离酶 | NA | NA | 生物技术, 医学, 农业, 合成生物学 |
| 1144 | 2025-10-05 |
Developing a multi-modular assembled prime editing (mPE) system improved precise multi-base insertion efficiency in dicots
2025-May, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.06.021
PMID:38942381
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研究论文 | 开发了一种多模块组装型Prime Editing系统,显著提高了双子叶植物中精确多碱基插入的编辑效率 | 首次在双子叶植物中开发了多模块组装型Prime Editing系统,相比原始PE2系统编辑效率提升1.3-1288.5倍,特别在多碱基插入方面平均提升197.9倍 | 研究主要局限于模式植物拟南芥和本氏烟草,尚未在其他双子叶植物中验证 | 解决Prime Editing在双子叶植物中编辑效率低的问题,开发系统性改进方案 | 双子叶模式植物拟南芥和本氏烟草 | 植物合成生物学 | NA | Prime Editing, 农杆菌介导转化, 深度扩增子测序 | NA | 基因组测序数据 | 大规模转化实验,测序数据量20-50万条clean reads | CRISPR-Cas9, Prime Editing | 拟南芥, 本氏烟草 | 多模块组装型Prime Editing系统,采用pol II策略表达pegRNA,将PE系统拆分为多个模块 | 农业, 植物育种 |
| 1145 | 2025-10-05 |
Exploring potential biosafety implications in DNA information storage
2025-Apr, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2025.03.006
PMID:40453469
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研究论文 | 本研究评估了五种DNA信息存储编码方法在生物安全方面的潜在风险 | 首次系统评估DNA信息存储编码方法与自然生物DNA序列的相似性,揭示不同编码方法产生的生物安全风险差异 | 仅分析了五种代表性编码方法,未涵盖所有DNA存储编码策略 | 评估DNA信息存储技术的生物安全风险 | 五种DNA存储编码方法(Church、Goldman、DNA Fountain、Grass和MT编码)产生的序列 | 合成生物学 | NA | Kraken2分类分析、BLASTn比对分析 | NA | DNA序列数据 | 五种编码方法产生的代表性DNA序列 | NA | NA | NA | 数据存储 |
| 1146 | 2025-10-05 |
A cell-free biosensor signal amplification circuit with polymerase strand recycling
2025-Jun, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01816-w
PMID:39806069
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研究论文 | 开发了一种基于聚合酶链回收(PSR)的无细胞生物传感器信号放大电路 | 利用T7 RNA聚合酶脱靶转录在DNA链置换电路中回收核酸输入,实现了高特异性等温扩增 | NA | 扩展无细胞生物传感能力,提高生物传感器灵敏度 | 核酸靶标和小分子检测 | 合成生物学 | NA | DNA链置换,等温扩增,转录因子- DNA/配体结合双平衡模型 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 无细胞系统 | 聚合酶链回收(PSR)电路,变构转录因子生物传感器接口电路 | 生物技术 |
| 1147 | 2025-06-03 |
Correction to "Synthetic Biology-Based Bacterial Extracellular Vesicles Displaying BMP-2 and CXCR4 to Ameliorate Osteoporosis"
2025-Jun, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70095
PMID:40452467
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1148 | 2025-10-05 |
Regulatory Components for Bacterial Cell-Free Systems Engineering
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00574
PMID:39509282
|
综述 | 本文全面概述了细菌无细胞系统中使用的天然和工程化调控组件及其应用 | 系统总结了无细胞系统中调控组件的功能复杂性增长需求,涵盖天然和工程化两类调控组件 | NA | 为细菌无细胞系统工程提供调控组件的全面概述 | 细菌无细胞系统中的调控组件 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 调控网络、基因电路 | 诊断工具开发、代谢工程 |
| 1149 | 2025-10-05 |
Modulating Microbial Materials - Engineering Bacterial Cellulose with Synthetic Biology
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00615
PMID:39509658
|
综述 | 探讨合成生物学如何推动细菌纤维素基生物材料的发展及其在工程活性材料中的应用 | 将合成生物学与细菌纤维素材料相结合,开发具有编程生物功能的新型工程活性材料 | NA | 研究合成生物学在细菌纤维素材料工程化中的应用潜力 | 细菌纤维素及其衍生的工程活性材料 | 合成生物学 | NA | 3D生物打印 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 生物传感器、响应系统 | 生物医学, 材料科学, 工业生物技术 |
| 1150 | 2025-10-05 |
Engineering an αCD206-synNotch Receptor: Insights into the Development of Novel Synthetic Receptors
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00149
PMID:39555579
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向CD206巨噬细胞的αCD206-synNotch合成受体,用于研究肿瘤微环境中癌细胞与巨噬细胞的相互作用 | 首次开发了专门靶向CD206巨噬细胞的synNotch合成受体,为研究肿瘤转移过程中的细胞间相互作用提供了新工具 | 研究中发现了该受体应用中的意外限制和注意事项 | 开发新型合成受体以研究巨噬细胞与癌细胞在肿瘤转移过程中的相互作用机制 | CD206巨噬细胞、癌细胞、小鼠转移模型 | 合成生物学 | 肿瘤转移 | synNotch受体工程、哺乳动物合成生物学 | NA | NA | NA | synNotch | 哺乳动物细胞 | 合成受体、生物传感器 | 医学 |
| 1151 | 2025-10-05 |
Red Light Responsive Cre Recombinase for Bacterial Optogenetics
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00388
PMID:39558834
|
研究论文 | 开发了一种红光诱导的Cre重组酶系统OptoCre-REDMAP,用于细菌光遗传学应用 | 首次将植物光感受器PhyA和FHY1与分裂Cre重组酶结合,创建红光响应系统,实现与蓝光系统的正交控制 | NA | 开发红光响应的光遗传学工具,改善光控基因表达的波长选择性和组织穿透性 | 细菌基因表达控制系统 | 合成生物学 | NA | 光遗传学,基因工程 | NA | NA | NA | Cre重组酶,分裂蛋白系统 | 细菌 | 红光诱导基因表达系统,DNA切除控制 | 工业生物技术 |
| 1152 | 2025-10-05 |
Genetically Modifying the Protein Matrix of Macroscopic Living Materials to Control Their Structure and Rheological Properties
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00336
PMID:39601053
|
研究论文 | 本研究通过改变工程活材料中弹性蛋白样多肽的长度,探索其对材料微观结构和粘弹性行为的影响 | 首次系统研究弹性蛋白样多肽长度变化对工程活材料序列-结构-性能关系的影响,揭示了基因序列微调可显著改变材料流变特性的新设计原理 | 研究结果与其他生物复合材料模型缺乏可比性,序列-结构-性能关系较为复杂 | 阐明工程活材料的序列-结构-性能关系,探索基因序列调控对材料性能的影响 | 基于工程菌的厘米级工程活材料及其蛋白基质 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 材料性能数据、显微结构数据 | 三种不同ELP长度的工程活材料变体 | 合成生物学方法 | 工程菌 | 弹性蛋白样多肽(ELP)蛋白基质工程 | 材料 |
| 1153 | 2025-10-05 |
Engineered Stop and Go T7 RNA Polymerases
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00627
PMID:39610115
|
研究论文 | 本研究开发了可通过吲哚调控的T7 RNA聚合酶变体,实现精确的转录控制 | 首次实现了全长单亚基T7 RNA聚合酶通过内源性代谢物吲哚的严格调控,创建了新型化学诱导'停走'平台 | NA | 开发受内源性代谢物调控的精确酶活性控制系统 | T7 RNA聚合酶及其变体 | 合成生物学 | NA | 理性设计、定向进化 | NA | NA | NA | 定向进化 | 细菌 | 配体激活核酸聚合酶(LARPs),化学诱导停走平台 | 工业生物技术 |
| 1154 | 2025-10-05 |
Biosynthesis of Antimicrobial Ornithine-Containing Lacticin 481 Analogues by Use of a Combinatorial Biosynthetic Pathway in Escherichia coli
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00650
PMID:39660664
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研究论文 | 本研究在大肠杆菌中构建组合生物合成途径,成功生产含鸟氨酸的乳酸素481类似物并评估其抗菌活性 | 利用具有宽松底物特异性的SyncM修饰酶和新型肽精氨酸酶OspR,首次在乳酸素481中同时引入鸟氨酸和(甲基)羊毛硫氨酸修饰 | 特定位点的羊毛硫氨酸和甲基羊毛硫氨酸形成可能会阻碍鸟氨酸的掺入 | 开发合成生物学策略以增强抗菌肽的化学和功能多样性 | 乳酸素481及其含鸟氨酸的类似物 | 合成生物学 | 细菌感染 | 组合生物合成、酶催化修饰 | NA | 生物活性数据 | 使用单指示菌株进行抗菌活性评估 | Gibson Assembly, iGEM | 大肠杆菌 | 组合生物合成途径,包含杂交前导肽设计、酶催化修饰系统 | 医药 |
| 1155 | 2025-10-05 |
De Novo Production of the Bioactive Phenylpropanoid Artepillin C Using Membrane-Bound Prenyltransferase in Komagataella phaffii
2024-12-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00472
PMID:39530514
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研究论文 | 本研究利用膜结合异戊烯基转移酶在Komagataella phaffii中实现了生物活性苯丙素类化合物Artepillin C的从头合成 | 首次在Komagataella phaffii中实现Artepillin C的从头合成,通过增强异戊二烯底物途径和优化对香豆酸供应,产量达到目前报道的最高水平 | 对香豆酸供应在工程菌株中仍构成生产瓶颈 | 通过合成生物学方法实现Artepillin C的稳定供应 | Artepillin C生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、分批培养、补料分批培养 | NA | 代谢物分析数据 | NA | 代谢工程 | Komagataella phaffii | Artepillin C生物合成途径,包含对香豆酸特异性双异戊烯基转移酶AcPT1、异戊烯基二磷酸异构酶和截短型HMG-CoA还原酶 | 医药 |
| 1156 | 2025-10-05 |
Macroscopic Assembly of Materials with Engineered Bacterial Spores via Coiled-Coil Interaction
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00468
PMID:39393788
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研究论文 | 通过工程化细菌孢子的卷曲螺旋相互作用实现宏观材料的组装 | 利用合成生物学方法在孢子表面展示pH响应型自组装蛋白,实现蛋白水平的pH依赖性结合和宏观材料组装 | NA | 设计基于工程化细菌孢子的宏观组装材料 | 工程化细菌孢子及其组装材料 | 合成生物学 | NA | T7驱动表达系统 | NA | NA | NA | T7表达系统 | 细菌孢子 | 表面展示pH响应型自组装蛋白的工程化系统 | 材料 |
| 1157 | 2025-10-05 |
Dual-Plasmid Mini-Tn5 System to Stably Integrate Multicopy of Target Genes in Escherichia coli
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00140
PMID:39418641
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研究论文 | 开发了一种使用双质粒mini-Tn5系统在大肠杆菌中稳定整合多拷贝目标基因的方法 | 首次采用双质粒mini-Tn5系统实现目标基因的多拷贝稳定整合,并设计了可移除抗生素抗性基因的标记系统 | 在不同菌株中整合拷贝数存在差异(RecA+菌株19拷贝,RecA-菌株5拷贝) | 开发稳定高效的多拷贝基因整合方法以提高工程微生物代谢产物产量 | 大肠杆菌菌株(MG1655和XL1-Blue MRF') | 合成生物学 | NA | 基因整合技术 | NA | 分子生物学数据 | 多种大肠杆菌菌株 | mini-Tn5转座子系统, 双质粒系统 | 大肠杆菌 | 多拷贝基因整合系统,包含可移除抗生素抗性基因标记 | 工业生物技术 |
| 1158 | 2025-10-05 |
Engineering Yarrowia lipolytica to Produce l-Malic Acid from Glycerol
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00445
PMID:39444231
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研究论文 | 本研究通过代谢工程和实验室进化改造耶氏酵母,使其能够利用甘油高效生产L-苹果酸 | 首次在耶氏酵母中实现L-苹果酸生产,通过过表达内源基因和异源转运蛋白,结合适应性实验室进化提高产量和耐酸性 | NA | 开发耶氏酵母作为L-苹果酸生产的微生物细胞工厂 | 耶氏酵母(Yarrowia lipolytica) | 合成生物学 | NA | 代谢工程,适应性实验室进化 | NA | NA | NA | 基因过表达,适应性进化 | 耶氏酵母(Yarrowia lipolytica) | L-苹果酸生物合成途径,包括乙醛酸循环途径(异柠檬酸裂解酶、苹果酸合酶、苹果酸脱氢酶)和苹果酸转运蛋白 | 食品工业,化学工业,制药工业 |
| 1159 | 2025-10-05 |
Application of a Cell-Free Synthetic Biology Platform for the Reconstitution of Teleocidin B and UK-2A Precursor Biosynthetic Pathways
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00560
PMID:39469830
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研究论文 | 本研究利用植物细胞无蛋白合成系统成功重构了teleocidin B和UK-2A前体两种天然产物的生物合成途径 | 首次在无细胞系统中成功重构了结构复杂程度不同的两种天然产物生物合成途径,并发现TleA与MbtH的直接相互作用 | 未明确说明系统产量与体内系统的比较优势以及规模化应用的可行性 | 开发植物细胞无蛋白合成平台用于天然产物生物合成途径的重构与优化 | teleocidin B-3和UK-2二醇两种天然产物及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 细胞无蛋白合成系统 | NA | NA | NA | BY-2系统, 小麦胚芽CFPS系统 | 烟草BY-2细胞, 小麦胚芽 | teleocidin生物合成途径, UK-2A前体生物合成途径(包含10个蛋白质的复杂途径) | 工业生物技术 |
| 1160 | 2025-10-05 |
Balanced Training Sets Improve Deep Learning-Based Prediction of CRISPR sgRNA Activity
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00542
PMID:39495623
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研究论文 | 本研究探讨平衡训练集对基于深度学习的CRISPR sgRNA活性预测性能的影响 | 首次系统比较平衡与不平衡数据集对CRISPR sgRNA活性预测模型性能的影响,并验证通过添加合成sgRNA改善不平衡数据集能提升预测准确度 | 研究主要基于特定CRISPR-Cas系统(Cas12a和Cas9)的数据,可能不适用于其他CRISPR系统 | 提高CRISPR sgRNA活性预测的准确性 | CRISPR系统的sgRNA序列 | 机器学习 | NA | CRISPR-Cas筛选 | CNN, LLM | 序列数据 | 来自酵母和人类细胞的CRISPR筛选数据 | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 酵母, 人类细胞 | NA | 医学, 工业生物技术 |