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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1141 | 2024-09-26 |
Plant Promoters and Terminators for High-Precision Bioengineering
2023, Biodesign research
DOI:10.34133/bdr.0013
PMID:37849460
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综述 | 本文综述了植物核心启动子、近端和远端启动子以及终止子的功能和特征,以及它们对基因表达调控的影响和基准测试策略 | NA | NA | 探讨高精度生物工程和合成生物学中基因表达的精细调控 | 植物启动子和终止子 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
1142 | 2024-09-25 |
Toward Increasing the Credibility of RNA Design
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_9
PMID:39312141
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研究论文 | 本文提出了一种扩展的RNA设计协议,包括序列评估和使用3D结构进行分析,以提高RNA设计的准确性 | 本文的创新点在于引入3D结构预测和分析步骤,以提高RNA设计的准确性 | NA | 提高RNA设计的可信度和准确性 | RNA序列及其二级和三级结构 | 生物信息学 | NA | RNA设计算法 | NA | RNA序列 | NA |
1143 | 2024-09-25 |
Accurately predicting enzyme functions through geometric graph learning on ESMFold-predicted structures
2024-Sep-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52533-w
PMID:39294165
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研究论文 | 提出了一种基于几何图学习的酶功能预测模型GraphEC,利用ESMFold预测的结构和预训练的蛋白质语言模型 | 首次将几何图学习应用于酶功能预测,并结合了酶活性位点和结构特征 | NA | 开发一种更准确的酶功能预测方法 | 酶的活性位点、EC编号和最适pH值 | 机器学习 | NA | 几何图学习 | GraphEC | 蛋白质结构 | NA |
1144 | 2024-09-25 |
Blue valorization of lignin-derived monomers via reprogramming marine bacterium Roseovarius nubinhibens
2024-07-24, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00890-24
PMID:38940564
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研究论文 | 研究通过重新编程海洋细菌Roseovarius nubinhibens,将木质素衍生的芳香碳转化为高附加值化学品 | 首次在海洋细菌中应用基于CRISPR的调控系统,实现了对目标基因的精确高效抑制 | NA | 探索利用海洋细菌进行木质素生物转化,实现碳和水的双重节约 | 木质素衍生的单体4-羟基苯甲酸和海洋细菌Roseovarius nubinhibens | 生物技术 | NA | CRISPR干扰系统 | CRISPRi | NA | NA |
1145 | 2024-09-25 |
[Research progress in systemic lupus erythematosus from 2021 to 2022]
2023-Aug-15, Zhongguo dang dai er ke za zhi = Chinese journal of contemporary pediatrics
DOI:10.7499/j.issn.1008-8830.2302150
PMID:37668024
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综述 | 总结了2021年至2022年系统性红斑狼疮(SLE)的最新研究数据和成果 | 新技术的出现,如合成生物学、基因组学和蛋白质组学,促进了SLE发病机制和生物标志物的深入研究 | NA | 总结和概述过去两年SLE相关研究 | 系统性红斑狼疮(SLE) | NA | 自身免疫性疾病 | 合成生物学、基因组学、蛋白质组学 | NA | NA | NA |
1146 | 2024-09-25 |
Phage-Inducible Chromosomal Islands as a Diagnostic Platform to Capture and Detect Bacterial Pathogens
2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202301643
PMID:37358000
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研究论文 | 本文开发了一种基于噬菌体诱导染色体岛(PICI)转导的诊断系统,用于选择性富集和检测细菌病原体 | 该系统能够通过PICI表达的报告基因实现对活体病原体的可视化检测,与传统的核酸分子检测方法相比,具有更高的特异性和敏感性 | NA | 开发一种新的诊断平台,用于捕获和检测细菌病原体 | 大肠杆菌和金黄色葡萄球菌 | 生物技术 | NA | 噬菌体诱导染色体岛(PICI)转导 | NA | NA | NA |
1147 | 2024-09-25 |
Biosynthesis and synthetic biology of psychoactive natural products
2021-Jun-21, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/d1cs00065a
PMID:33908526
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综述 | 本文综述了四类精神活性天然产物(致幻剂、兴奋剂、大麻素和阿片类药物)的生物合成途径及其在合成生物学和代谢工程中的应用 | 本文介绍了基因组数据和分子生物学工具在识别编码生物合成步骤的蛋白质基因方面的应用,并强调了生物合成酶在合成生物学和化学酶合成方法中的潜力 | NA | 探讨精神活性天然产物的生物合成途径及其在合成生物学中的应用 | 四类精神活性天然产物(致幻剂、兴奋剂、大麻素和阿片类药物)及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 基因组学 | NA | 基因数据 | NA |
1148 | 2024-09-25 |
Protein engineering for natural product biosynthesis and synthetic biology applications
2021-02-15, Protein engineering, design & selection : PEDS
DOI:10.1093/protein/gzab015
PMID:34137436
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研究论文 | 本文综述了蛋白质工程在天然产物生物合成和合成生物学应用中的最新进展 | 利用计算工具如机器学习和分子动力学模拟进行理性突变,以及半理性、定向进化和微环境工程策略优化催化 | NA | 重新设计和优化天然产物生物合成 | 蛋白质结构和功能 | 合成生物学 | NA | 机器学习、分子动力学模拟 | NA | NA | NA |
1149 | 2024-09-24 |
A Computational Approach for Designing Synthetic Riboswitches for Next-Generation RNA Therapeutics
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_13
PMID:39312145
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研究论文 | 本文介绍了一种用于设计下一代RNA治疗药物的合成核开关的计算方法 | 本文提出了利用计算技术设计合成核开关,以实现精确的基因工程控制和靶向药物递送 | NA | 探索计算技术在设计合成核开关中的应用,以推动RNA治疗药物的发展 | 合成核开关的设计及其在RNA治疗中的应用 | 合成生物学 | NA | 计算技术 | NA | NA | NA |
1150 | 2024-09-24 |
SHAPE Probing to Screen Computationally Designed RNA
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_12
PMID:39312144
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研究论文 | 本文提出了一种实验和分析工作流程,用于快速筛选大量设计的RNA序列 | 开发了shapemap tools软件套件,用于定制化分析SHAPE-MaP技术产生的大量RNA结构数据 | NA | 开发高效的RNA设计流程,支持合成生物学和基于RNA疗法的未来发展 | 设计的RNA序列及其结构特性 | 合成生物学 | NA | SHAPE-MaP | NA | RNA序列 | 数千个RNA序列 |
1151 | 2024-09-24 |
[Biological and chemical synthesis of high-value active ingredients in traditional Chinese medicine]
2024-Aug, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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综述 | 本文综述了中药中高价值活性成分的生物和化学合成研究进展 | 提出了结合生物和化学合成的研究范式,包括化学酶介导的结构修饰、生物合成半合成生产以及仿生合成 | 未提及具体实验数据或结果,仅综述了现有研究进展 | 探讨中药中高价值活性成分的合成策略 | 中药中的高价值活性成分,如青蒿素、紫杉醇、长春碱和长春新碱 | NA | NA | 生物合成、化学合成 | NA | NA | NA |
1152 | 2024-09-23 |
A frugal CRISPR kit for equitable and accessible education in gene editing and synthetic biology
2024-Aug-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50767-2
PMID:39095367
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研究论文 | 开发了一种名为CRISPRkit的经济实惠工具包,用于高中基因编辑和合成生物学教育 | CRISPRkit消除了对专业设备的需求,优先考虑生物安全,并使用成本效益高的试剂,提供了一种廉价且用户友好的CRISPR实验方法 | NA | 促进生命科学、生物工程和合成生物学领域的公平和可及教育 | 高中生在课堂环境中进行基因编辑和调控实验 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | NA | NA |
1153 | 2024-09-23 |
Phenotypically complex living materials containing engineered cyanobacteria
2023-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40265-2
PMID:37550278
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研究论文 | 本研究利用3D打印技术制造了一种含有工程蓝细菌的生物复合材料,该材料能够对外部化学刺激产生多种功能响应 | 首次展示了通过3D打印技术制造的蓝细菌生物复合材料,能够进行环境生物修复并具有可编程的功能输出 | 研究仅限于实验室规模,尚未在实际环境应用中验证其效果 | 开发能够感知和响应环境的工程生物材料 | 工程蓝细菌及其在生物复合材料中的应用 | 合成生物学 | NA | 3D打印 | NA | 生物材料 | 使用了Synechococcus elongatus PCC 7942菌株及其工程变种 |
1154 | 2024-09-23 |
Engineering tRNA abundances for synthetic cellular systems
2023-07-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40199-9
PMID:37524714
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研究论文 | 本文使用胶体动力学模拟器预测tRNA丰度对蛋白质合成速率的影响,并通过理性设计和直接RNA合成制造了21种合成tRNA替代品,利用计算机辅助设计框架中的进化算法来设计翻译系统,以实现更快的蛋白质合成速率 | 本文首次使用物理学工具预测全细胞合成生物学中所需的分子丰度,并通过实验验证了预测结果 | 本文仅在实验室条件下验证了预测结果,尚未在大规模合成细胞系统中进行验证 | 开发物理学工具来预测合成细胞系统中所需的分子丰度,并验证其有效性 | tRNA丰度对蛋白质合成速率的影响 | 合成生物学 | NA | 胶体动力学模拟 | 进化算法 | tRNA | 21种合成tRNA替代品 |
1155 | 2024-09-23 |
Enhancing 1,3-Propanediol Productivity in the Non-Model Chassis Clostridium beijerinckii through Genetic Manipulation
2023-Jul-22, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms11071855
PMID:37513028
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研究论文 | 通过基因操作提高非模式底盘菌株Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量 | 通过基因过表达策略提高了Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量,并扩展了该菌株的遗传工具 | Clostridium beijerinckii的遗传工具有限、生长速度慢且对氧气敏感 | 研究通过基因操作提高Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量 | Clostridium beijerinckii菌株及其代谢途径 | 生物技术 | NA | 基因过表达 | NA | NA | NA |
1156 | 2024-09-23 |
A Role for Bottom-Up Synthetic Cells in the Internet of Bio-Nano Things?
2023-Jul-21, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules28145564
PMID:37513436
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研究论文 | 讨论自下而上合成细胞在生物纳米物联网中的潜在作用 | 提出自下而上合成细胞在生物纳米物联网中的新应用,特别是通过化学信号进行分子通信的创新技术 | 自下而上合成细胞的复杂性较低,功能有限 | 探讨自下而上合成细胞在生物纳米物联网中的潜力,并激发相关领域的兴趣和讨论 | 自下而上合成细胞及其在生物纳米物联网中的应用 | 合成生物学 | NA | 分子通信 | NA | NA | NA |
1157 | 2024-09-23 |
How to engineer the unknown: Advancing a quantitative and predictive understanding of plant and soil biology to address climate change
2023-07, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002190
PMID:37459291
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研究论文 | 本文探讨了如何通过量化和预测植物与土壤生物学来应对气候变化 | 提出了通过系统调整关键控制变量并利用理论解释观察结果的方法,以实现对植物生物学的预测性理解 | 目前对生物圈碳循环的理解仍然是定性的和不完整的 | 推进对植物和土壤生物学的量化和预测性理解,以应对气候变化 | 植物生物学和土壤生物学 | 生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
1158 | 2024-09-23 |
Molecular imaging with aquaporin-based reporter genes: quantitative considerations from Monte Carlo diffusion simulations
2023-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.09.544324
PMID:37333205
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研究论文 | 本文开发并实验验证了一种蒙特卡罗模型,用于分析细胞半径和细胞内体积分数如何定量影响基于水通道蛋白的分子成像信号 | 提出了基于时间依赖性扩散变化的差异成像方法,以提高水通道蛋白信号的特异性,并建立了水通道蛋白表达细胞体积分数的简单映射 | NA | 开发一种新的方法来定量分析水通道蛋白在分子成像中的作用 | 水通道蛋白信号与组织背景的区分 | 生物医学成像 | NA | 蒙特卡罗模拟 | 蒙特卡罗模型 | 图像 | NA |
1159 | 2024-09-23 |
Engineering Functional Membrane-Membrane Interfaces by InterSpy
2023-03, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202202104
PMID:35618485
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研究论文 | 介绍了一种名为InterSpy的合成生物学工具,用于在合成和细胞膜之间形成并维持膜-膜界面 | InterSpy通过SpyTag/SpyCatcher相互作用形成和维持膜-膜界面,并包含分裂荧光蛋白片段以追踪界面形成和功能荧光蛋白的重建 | NA | 开发一种合成生物学工具,用于设计和创建非天然细胞通信途径和合成组织 | 膜-膜界面、分裂荧光蛋白、哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 细胞无细胞表达系统 | NA | NA | NA |
1160 | 2024-09-23 |
Multi-input drug-controlled switches of mammalian gene expression based on engineered nuclear hormone receptors
2023-Feb-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.01.526549
PMID:36778233
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研究论文 | 本文研究了基于工程化核激素受体的多输入药物控制哺乳动物基因表达开关 | 本文通过交换蜕皮激素受体(EcR)配体结合域(LBD)为其他人源NHR衍生的LBD,实现了新型(多)药物调控 | NA | 研究多输入开关在合成生物学中的应用,特别是通过核激素受体超家族实现对临床批准药物的多输入控制 | 工程化的核激素受体及其在多药物控制基因表达中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |