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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-12-06 |
Engineering longevity-design of a synthetic gene oscillator to slow cellular aging
2023-04-28, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.add7631
PMID:37104589
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研究论文 | 本文设计了一种合成基因振荡器,通过重编程酵母细胞的内源性切换开关,创建了自主遗传时钟,以减缓细胞衰老过程 | 首次将合成生物学方法应用于工程化长寿,通过构建基因振荡器来延迟细胞衰老的承诺,连接了基因网络架构与细胞寿命 | 研究基于酵母细胞模型,尚未在更复杂生物体中验证;可能未全面考虑所有衰老相关因素 | 工程化细胞长寿,通过合成基因网络设计来减缓衰老过程 | 酵母细胞 | 合成生物学 | 衰老相关疾病 | 基因网络设计、合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母细胞 | 合成基因振荡器,基于内源性切换开关重编程,产生核仁与线粒体衰老过程之间的持续振荡 | 医学 |
| 102 | 2025-12-05 |
Marine-derived natural products as anti-osteoporosis agents
2026-Jan-15, European journal of medicinal chemistry
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.ejmech.2025.118284
PMID:41138334
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综述 | 本文系统总结了152种具有抗骨质疏松活性的海洋天然产物,并探讨了其生物合成途径、全合成策略及临床转化挑战 | 首次系统梳理海洋来源(主要为海洋真菌)的抗骨质疏松天然产物,并整合基因组挖掘与合成生物学等新兴技术推动临床转化 | 未涉及具体临床实验数据,转化路径中的药效学与毒理学评估仍需深入 | 加速海洋天然产物在骨质疏松治疗领域的药物开发 | 海洋来源的天然产物(以聚酮类和萜类为主) | NA | 骨质疏松症 | 基因组挖掘、合成生物学 | NA | 文献数据、化合物结构信息 | 152种海洋天然产物 | NA | 海洋真菌 | NA | 医药 |
| 103 | 2025-12-05 |
Environmental Census: Modeling Synthetic Biology Ecological Risk with Metagenomic Enzymatic Data and High-Performance Computing
2025-Dec-03, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00618
PMID:41335476
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为Environmental Census的Python软件包,用于通过功能注释相似性预测工程微生物的环境范围,以评估其生态风险 | 开发了一种基于公开复合宏基因组数据和高效计算的预测工具,首次系统性地评估工程微生物在农业-水循环等环境中的定殖风险 | 工具依赖于公开宏基因组数据的代表性和准确性,可能无法覆盖所有潜在环境,且预测结果需实验验证 | 开发计算工具以评估工程微生物的生态风险,辅助合成生物学的安全部署 | 工程微生物,特别是细菌生物农药,以及农业-水循环环境中的微生物群落 | 计算生物学 | NA | 宏基因组学,高性能计算 | NA | 宏基因组数据,功能注释数据 | 基于公开复合宏基因组数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 工程微生物(未指定具体宿主) | NA | 环境,农业 |
| 104 | 2025-12-05 |
Integrative Multi-Omics and Artificial Intelligence: A New Paradigm for Systems Biology
2025-Dec, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100251392371
PMID:41203247
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综述 | 本文综述了整合多组学与人工智能在系统生物学中的应用,强调其在癌症生物学、微生物工程和合成生物学中的原理、方法及案例 | 提出整合多组学与人工智能作为系统生物学的新范式,克服高维度、异质性和上下文限制的挑战 | 存在数据异质性和可解释性等当前限制 | 评估多组学整合的原理、方法及应用,以推动生物系统预测模型和生物技术应用 | 基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多组学数据 | 系统生物学 | 癌症 | 高通量组学技术、单细胞组学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 105 | 2025-12-05 |
Plant-derived peptides: From identification to agronomic applications
2025-Dec-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.11.004
PMID:41243283
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综述 | 本文综述了植物源肽作为生物农药和生物刺激剂的潜力,并提出了一个整合肽鉴定、分子设计、生物制造和生态评估的框架 | 提出结合人工智能、纳米技术和合成生物学等新兴技术,以克服植物源肽商业化中的瓶颈 | 商业化受限,包括多样性探索不足、生产成本高、生态风险评估不完整和应用场景未定义 | 探索植物源肽作为环保型生物农药和生物刺激剂在农业中的应用潜力 | 植物源肽及其在农业中的鉴定、设计和应用 | 农业生物技术 | NA | 人工智能、纳米技术、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 106 | 2025-12-05 |
PyFuRNAce: an integrated design engine for RNA origami
2025-Dec-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66290-x
PMID:41326357
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研究论文 | 介绍了一个名为pyFuRNAce的开源、基于Python的RNA纳米结构设计软件包,专注于共转录RNA折纸设计 | 开发了首个将RNA折纸完整工作流程(从基序定义到序列生成)集成到单一用户友好平台的集成设计引擎 | NA | 开发用户友好的RNA纳米结构设计工具以推动RNA纳米技术发展 | RNA纳米结构,特别是共转录RNA折纸 | 合成生物学 | NA | 原子力显微镜,共聚焦荧光成像 | NA | NA | NA | NA | NA | RNA折纸纳米结构(包括自组装RNA丝、RNA液滴和大型共转录RNA折纸) | 医学,生物技术,合成生物学 |
| 107 | 2025-12-05 |
Geminivirus vectors: From gene silencing to synthetic biology
2025-Nov-29, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108771
PMID:41325825
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综述 | 本文综述了双生病毒载体从基因沉默到合成生物学的应用发展 | 强调双生病毒载体在病毒诱导基因沉默和合成生物学中的突出作用,包括作为质粒样DNA支持植物合成生物学设计,以及跨王国应用的潜力 | NA | 探讨双生病毒载体在作物改良、生物制造和合成生物学中的创新应用 | 双生病毒及其衍生的功能复制子 | 合成生物学 | NA | 病毒诱导基因沉默、CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas | 植物 | 基因调控元件,如组织特异性启动子和基因表达增强序列 | 农业, 工业生物技术 |
| 108 | 2025-12-05 |
An integrated engineered microbial system for copper biosorption, real-time monitoring, and magnetic recovery in water remediation
2025-Nov-28, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.133732
PMID:41319880
|
研究论文 | 本研究构建了一个集铜吸附、实时监测与磁回收于一体的工程微生物系统,用于水体重金属修复 | 首次将重金属吸附肽展示、铜浓度动态监测遗传回路与SpyTag/SpyCatcher磁回收系统整合于单一工程菌株 | 未明确说明系统在长期运行中的稳定性及对其他重金属的交叉反应性 | 开发高效、可监测、可回收的合成生物学重金属修复系统 | 工程改造的大肠杆菌(E. coli)菌株 | 合成生物学 | 重金属污染相关健康风险 | 合成遗传回路设计、表面展示技术、磁纳米颗粒功能化 | NA | 实验数据(吸附容量、回收率、生物毒性测试) | 实验室及真实环境水样(具体数量未说明) | OmpA锚定系统、SpyTag/SpyCatcher系统 | 大肠杆菌(E. coli) | 铜感应遗传回路(含T RNA聚合酶级联放大与降解标签)、表面展示系统(OmpA锚定重金属结合肽、Curli纳米纤维展示SpyTag) | 环境修复 |
| 109 | 2025-12-05 |
Magneto-Photonic Gene Circuit for Minimally Invasive Control of Gene Expression in Mammalian Cells
2025-Nov-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.688514
PMID:41332601
|
研究论文 | 本文开发了一种结合磁刺激和生物发光的基因回路,用于在哺乳动物细胞中实现无创、精确的基因表达控制 | 首次报道了由光和磁刺激共同激活的基因回路,利用磁敏感蛋白构建了可被磁场(50mT)驱动的分裂型发光酶,实现了细胞内自产生光信号 | 未在深层组织或活体动物模型中验证其有效性,磁刺激的穿透深度和空间分辨率可能受限 | 开发一种无需外部光源、通过磁控生物发光实现基因表达精确调控的新方法 | 哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 蛋白工程、分子生物学、光遗传学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | 光敏转录因子结合生物发光酶(磁控分裂型)的基因回路,实现磁控光激活的基因表达开关 | 医学(基因治疗) |
| 110 | 2025-12-05 |
Chimeric antigen receptor-based cellular therapy for T-cell malignancies
2025-Nov-22, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.105044
PMID:41285209
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综述 | 本文综述了基于嵌合抗原受体(CAR)的细胞疗法在T细胞恶性肿瘤中的应用,探讨了多种免疫效应细胞、抗原靶向策略、新兴技术及最新临床试验 | 聚焦于T细胞恶性肿瘤中CAR疗法的挑战,如抗原共享导致的细胞自相残杀和T细胞发育不全,并讨论了多种免疫效应细胞(如NK细胞、NKT细胞)的应用 | NA | 改善复发或难治性T细胞恶性肿瘤的CAR基细胞疗法效果 | T细胞恶性肿瘤患者 | 合成生物学 | T细胞恶性肿瘤 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | T细胞 | 嵌合抗原受体(CAR)设计,使用单链可变片段(scFv)识别肿瘤相关抗原 | 医学 |
| 111 | 2025-12-05 |
Modeling of Phage-Mediated CRISPRi System to Inhibit Antibiotic Resistances in Bacteria
2025-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC58623.2025.11253443
PMID:41337296
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研究论文 | 本文提出了一种基于工程化噬菌体递送CRISPR干扰系统以抑制细菌抗生素耐药性的创新策略,并开发了数学模型来模拟其动态过程 | 利用工程化噬菌体递送CRISPRi系统来精确沉默耐药基因,并结合数学模型评估系统性能及长期疗效潜力 | NA | 开发合成生物学方法以对抗抗菌素耐药性 | 抗生素耐药性病原体 | 合成生物学 | 细菌感染 | CRISPR干扰系统 | 数学模型 | 模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | CRISPRi递送系统 | 医学 |
| 112 | 2025-12-05 |
Strength in diversity: unlocking the full potential of engineered living materials with multistrain collaboration
2025-Jan-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf055
PMID:41206547
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研究论文 | 本文探讨了工程活材料中多菌株协作的潜力,以提升其功能和适用性 | 提出利用多菌株协作来克服单菌株在代谢负担和工程化方面的限制,从而扩展ELMs的功能 | 多菌株ELMs技术尚处于早期阶段,具体应用和稳定性有待进一步研究 | 研究如何通过多菌株协作优化工程活材料的设计和性能 | 工程活材料,特别是包含细菌、真菌、植物或藻类等生物的材料 | 合成生物学与材料科学交叉领域 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌、真菌、植物、藻类 | 多菌株协作系统,旨在实现自组装、驱动和动态交互等功能 | 医疗保健、建筑、农业 |
| 113 | 2025-12-05 |
Dynamic processes of fate decision in inducible bistable systems
2024-12-03, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.10.015
PMID:39478343
|
研究论文 | 本文通过数学建模研究了诱导型双稳态系统中基因调控网络对细胞命运决定的动态过程的影响 | 揭示了基因调控步骤的延迟和外部诱导时间尺度对命运决定动态轨迹的偏差作用,并提出了稳态参数决定命运决定景观而动态过程形成新的瞬态分布的观点 | NA | 研究诱导型双稳态系统中细胞命运决定的动态过程 | 基因调控网络和细胞命运决定过程 | 系统生物学 | NA | 数学建模 | 常微分方程 | NA | NA | NA | NA | 诱导型双稳态系统 | 合成生物学 |
| 114 | 2025-12-04 |
Darkfield illumination enhancing artificial-intelligence-assisted digital microfluidics for on-site pathogen detection
2026-Jan-08, Analytica chimica acta
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.aca.2025.344831
PMID:41330666
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研究论文 | 本研究提出了一种集成暗场照明的数字微流控平台,通过人工智能辅助增强液滴检测性能,用于现场病原体检测 | 开发了具有可切换双模式光学系统的ITO-DMF平台,利用暗场成像显著提升液滴对比度,优化AI驱动的液滴识别和特征提取 | NA | 提高数字微流控系统中基于人工智能的液滴识别精度,实现自动化病原体检测 | 数字微流控平台中的液滴,以及临床样本中的肺炎支原体 | 计算机视觉 | 肺炎 | 暗场成像,荧光成像,qPCR | 深度学习模型 | 图像 | 临床样本 | NA | NA | NA | 医学 |
| 115 | 2025-12-04 |
Engineered Commensals as Next-Generation Drug Delivery Agents for Nose-to-Brain Therapeutics in Neurological Disorders
2025-Dec-03, ACS chemical neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.1021/acschemneuro.5c00874
PMID:41268975
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综述 | 本文探讨了利用合成生物学和材料工程开发的工程化共生菌作为鼻-脑给药系统,用于治疗中枢神经系统疾病 | 提出将工程化共生菌与鼻内给药途径相结合,绕过血脑屏障,实现中枢神经系统药物的靶向递送 | NA | 开发一种基于工程化共生菌的鼻-脑给药系统,以改善中枢神经系统疾病的治疗 | 中枢神经系统疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病、中风、胶质瘤) | 合成生物学 | 神经系统疾病 | 合成生物学、材料工程 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞、细菌、病毒 | 疾病靶向迁移、局部治疗生产、适应性递送、免疫激活、代谢调节 | 医学 |
| 116 | 2025-12-04 |
Trends in Customizable Single-Cell Protein Production Enabled by Synthetic Biology: Carbon-Negative Biomanufacturing and Engineered Functionalities
2025-Dec-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08537
PMID:41330641
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综述 | 本文综述了合成生物学如何推动可定制单细胞蛋白生产的发展,以应对全球蛋白质需求的可持续挑战 | 系统性地阐述了合成生物学在整个单细胞蛋白价值链中的应用进展,包括从底物利用、菌株开发到发酵控制和营养定制的新兴策略 | NA | 探讨合成生物学如何克服单细胞蛋白生产在可持续性、效率和可扩展性方面的障碍 | 单细胞蛋白 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、模型驱动的理性设计 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物 | C1同化途径、蛋白质生物合成优化途径 | 农业, 食品 |
| 117 | 2025-12-04 |
Techno-economic assessment-guided biofoundry for microbial strain development
2025-Dec-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.002
PMID:41330850
|
研究论文 | 本文提出了一种结合机器人辅助模块和实验价格指数来优化合成生物学工作流程及生物铸造厂经济效益的方法 | 定义了机器人辅助模块作为即插即用单元,并引入实验价格指数这一结合时间和成本的标准化指标来评估和优化合成生物学工作流程 | 未提及具体实验验证的样本规模或实际应用案例的详细数据 | 开发一种用于评估和优化生物铸造厂自动化流程经济效益的方法 | 微生物菌株开发工作流程 | 合成生物学 | NA | 机器人自动化、DBTL工作流程 | NA | 实验流程数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | NA | 工业生物技术 |
| 118 | 2025-12-04 |
Fighting citrus Huanglongbing with evolutionary principles
2025-Dec-01, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.11.004
PMID:41330792
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综述 | 本文综述了利用进化原理和先进技术(如人工智能与合成生物学)开发可持续农业害虫管理策略,并以柑橘黄龙病为例进行了案例研究 | 提出将进化原理与人工智能、合成生物学相结合,设计精准的生物防治工具,突破传统防治方法加速害虫抗性进化的局限 | NA | 开发基于进化原理的可持续害虫管理策略,以应对农业病虫害 | 柑橘黄龙病(HLB)及其防治 | 农业生物技术 | 柑橘黄龙病 | 人工智能(AI)、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 119 | 2025-12-04 |
Discovery, characterization, and application of chromosomal integration sites in the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus islandicus
2025-Dec-01, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.003
PMID:41330849
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研究论文 | 本研究系统鉴定并表征了嗜热古菌Sulfolobus islandicus中的染色体整合位点,并利用CRISPR-Cas系统实现了外源基因整合与代谢工程应用 | 首次系统鉴定S. islandicus的8个染色体整合位点,开发了基于CRISPR-COPIES和多组学计算流程的整合策略,并成功应用于脂质代谢工程 | 研究揭示了整合位点对基因表达存在显著位置效应,可能影响外源基因表达效率 | 开发适用于极端环境古菌的遗传操作工具,拓展其在合成生物学和工业生物技术中的应用潜力 | 嗜热古菌Sulfolobus islandicus | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、多组学分析、β-半乳糖苷酶活性检测 | NA | 基因组数据、酶活性数据 | 13个人工CRISPR RNA靶向8个整合位点 | CRISPR-Cas系统, CRISPR-COPIES | Sulfolobus islandicus | 报告基因lacS整合系统、GDGT环合酶B(GrsB)过表达代谢通路 | 工业生物技术 |
| 120 | 2025-12-04 |
A deep dive into plant metabolomics: Milestones, technologies, and translational impact
2025-Nov-26, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf408
PMID:40991682
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综述 | 本文综述了植物代谢组学的发展历程、技术进展及其在植物生物学和农业应用中的翻译影响 | 总结了超过500个开源计算工具,并探讨了成像质谱、单细胞代谢组学、AI驱动的代谢物识别等新兴技术 | NA | 评估植物代谢组学在功能基因组学、作物改良和合成生物学中的作用 | 植物代谢组学数据、工具和应用 | NA | NA | 代谢组学、成像质谱、单细胞代谢组学、转录组-代谢组联合分析 | NA | 代谢组学数据集 | NA | NA | NA | NA | 农业、医学、生物技术 |