合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-31	A Robust and Orthogonal Far-Red Light Sensor for Gene Expression Control in Escherichia coli 2025-05-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00044 PMID:40327816	research paper	该研究开发了一种基于RfpABC信号系统的正交远红光传感器，用于在大肠杆菌中控制基因表达	首次在细菌中建立了动态范围超过230倍的正交远红光传感器，并鉴定了远红光调控（FLR）基序	研究主要局限于大肠杆菌，未在其他细菌中验证传感器的适用性	开发用于合成生物学应用的远红光传感器	大肠杆菌和蓝藻的远红光光适应（FaRLiP）基因簇	合成生物学	NA	光遗传学	NA	基因表达数据	NA
102	2025-05-31	Automated Construction of a Yeast-Based Multigene Library via Homologous Recombination in a Biofoundry Workflow 2025-05-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00812 PMID:40331904	research paper	开发了一种基于体内同源重组的自动化一步多基因组装方法，用于构建表达可调库	提出了一种自动化的一步多基因组装方法，优化了穿梭载体以提高组装效率，并实现了高通量基因组装	未提及该方法在不同生物体系中的适用性或潜在的技术挑战	改进基因组装方法，提高合成生物学中的并行和高通量遗传工程效率	酵母基于的多基因库	synthetic biology	NA	in vivo homologous recombination	NA	genetic data	NA
103	2025-05-31	Preventing Multimer Formation in Commonly Used Synthetic Biology Plasmids 2025-04-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00508 PMID:40101192	research paper	该研究调查了四种常用质粒骨架在克隆菌株和野生型菌株中多聚体的形成情况，并提出了避免多聚体产生的单基因敲除方法	首次系统调查了不同质粒骨架在克隆和野生型菌株中多聚体的形成情况，并开发了避免多聚体产生的解决方案	研究仅针对大肠杆菌的两种菌株(JM109和MG1655)，未涉及其他宿主系统	优化基于质粒的合成生物学电路设计和可靠性	四种常用质粒骨架在JM109和MG1655菌株中的多聚体形成情况	合成生物学	NA	质粒构建、基因敲除	NA	分子生物学实验数据	四种质粒骨架在两种大肠杆菌菌株中的测试
104	2025-05-31	dFLASH; dual FLuorescent transcription factor activity sensor for histone integrated live-cell reporting and high-content screening 2025-Apr-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58488-w PMID:40195317	研究论文	本文介绍了一种名为dFLASH的双荧光转录因子活性传感器，用于组蛋白整合的活细胞报告和高通量筛选	dFLASH系统能够均匀且特异性地检测内源性HIF和PGR活性，以及合成转录因子的共激活因子招募，具有双色核荧光输出，实现了标准化、动态的活细胞转录因子活性检测	NA	开发一种用于活细胞转录因子活性报告的模块化、基因组整合的传感器系统	缺氧诱导因子(HIF)和孕酮受体(PGR)的活性以及合成转录因子的共激活因子招募	合成生物学	NA	双荧光报告系统、高通量筛选、高内涵成像	NA	荧光信号	1600种化合物的天然产物库
105	2025-05-31	Advanced Strategies for Ultrasound Control and Applications in Sonogenetics and Gas Vesicle-Based Technologies: A Review 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S507322 PMID:40433121	综述	本文综述了超声波控制在声遗传学和基于气体囊泡技术中的先进策略及其应用	探讨了基于合成生物学的超声波控制系统，特别是声遗传学和气体囊泡技术，克服了传统纳米材料的功能复杂性和毒性问题	当前面临的挑战包括超声波效应的精确控制以及技术的进一步优化和验证	研究超声波控制在医学诊断和治疗中的应用，特别是在声遗传学和气体囊泡技术中的激活策略	超声波控制系统、声遗传学、气体囊泡技术	生物医学工程	癌症、神经系统疾病、视觉障碍	超声波控制、合成生物学	NA	NA	NA
106	2025-05-31	Construction of a Calibration Curve for Lycopene on a Liquid-Handling Platform─Wider Lessons for the Development of Automated Dilution Protocols 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00031 PMID:39096303	研究论文	本文介绍了在伦敦生物铸造厂SynbiCITE进行的一项研究，从构建番茄红素在二甲基亚砜（DMSO）中的校准曲线的角度探讨了液体处理及其可靠自动化	开发了灵活的液体处理方法，可推广到其他自动化应用，并通过番茄红素/DMSO这一难混合体系揭示了自动化液体处理协议的问题并进行了压力测试	研究主要集中在番茄红素/DMSO这一特定体系，可能对其他体系的普适性有待验证	开发可靠的液体处理自动化方法，提高合成生物学实验的吞吐量和可重复性	番茄红素在二甲基亚砜（DMSO）中的校准曲线构建	合成生物学	NA	液体处理自动化技术	基于回归的实用框架	实验数据	NA
107	2025-05-31	Towards Self-regeneration: Exploring the Limits of Protein Synthesis in the Protein Synthesis Using Recombinant Elements (PURE) Cell-free Transcription-Translation System 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00304 PMID:39066734	研究论文	探索在PURE无细胞转录翻译系统中蛋白质合成的自我再生极限	显著降低非核糖体PURE蛋白质浓度达97.3%，同时提高蛋白质合成效率，并发现6%右旋糖酐在高度稀释的PURE配方中能显著增加蛋白质合成速率和总产量	未明确提及具体局限性	开发支持蛋白质自我再生的无细胞合成生物学系统，为构建通用生化构造器和活体合成细胞迈出关键一步	PURE无细胞转录翻译系统中的蛋白质合成	合成生物学	NA	PURE无细胞转录翻译系统	NA	NA	NA
108	2025-05-31	Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00091 PMID:39047143	review	本文总结了人工智能在逆合成和逆生物合成路径设计中的应用进展	探讨了人工智能在推动绿色化学和环境友好型生物生产中的新前沿	讨论了该领域的局限性和未来研究方向	促进与绿色化学更契合的生物生产，提升环境实践	逆合成和逆生物合成路径设计	synthetic biology	NA	AI-based methods	generative models	chemical data	NA
109	2025-05-31	Functional Modification of Cyanobacterial Phycobiliprotein and Phycobilisomes through Bilin Metabolism Control 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00094 PMID:39038807	研究论文	本研究通过调控藻胆蛋白和藻胆体的胆色素代谢，实现了对淡水蓝藻7942 PEB1菌株的光合作用适应性的工程改造	开发了一种新型的PEB1菌株，能够通过精细调控PEB生物合成实现培养物颜色的可逆变化，并揭示了部分PCB-to-PEB替代形成稳定嵌合藻胆体复合物的机制	未对工程菌株在自然环境中的适应性和稳定性进行全面评估	研究藻胆体在不同光环境下的适应机制及其在合成生物学和可再生能源中的应用潜力	淡水蓝藻PCC 7942及其工程菌株PEB1	合成生物学	NA	基因工程、异源表达PEB合成酶(PebA和PebB)	NA	NA	NA
110	2025-05-31	Toward Practical Applications of Engineered Living Materials with Advanced Fabrication Techniques 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00259 PMID:39002162	综述	本文综述了工程活材料(ELMs)的制备方法、特性及其在医疗、环境保护和制造等领域的应用	将合成生物学与材料科学相结合，创造出具有自修复、自复制和环境适应性的动态响应材料	NA	探讨ELMs的制备技术及其实际应用潜力	工程活材料(ELMs)	材料科学	NA	3D生物打印、电纺丝	NA	NA	NA
111	2025-05-31	Development of a Recombineering System for the Acetogen Eubacterium limosum with Cas9 Counterselection for Markerless Genome Engineering 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00253 PMID:39033464	研究论文	开发了一种基于Cas9反选择的Recombineering系统，用于无标记基因组工程改造Eubacterium limosum	利用RecT重组酶开发了高效的寡核苷酸重组系统，结合Cas9反选择实现无疤痕和无标记的基因组点突变	NA	开发一种快速精确的基因组修饰系统，以促进Eubacterium limosum的合成生物学和代谢工程研究	Eubacterium limosum	合成生物学	NA	Recombineering, Cas9 counterselection	NA	基因组数据	NA
112	2025-05-31	Chloroplast Cell-Free Systems from Different Plant Species as a Rapid Prototyping Platform 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00117 PMID:39028299	研究论文	本文介绍了一种从多种植物物种中提取高活性叶绿体无细胞基因表达(CFE)系统的通用协议，用于快速原型设计和基因表达调控序列的详细表征	开发了一种跨物种兼容的叶绿体无细胞基因表达系统，支持使用T7 RNA聚合酶和叶绿体内源聚合酶，实现了对调控序列在转录和翻译水平的详细表征	NA	开发快速原型设计工具以促进植物合成生物学发展，应对气候变化对农业的威胁	小麦(单子叶植物)、菠菜和杨树(双子叶植物)的叶绿体	合成生物学	NA	无细胞基因表达(CFE)系统	NA	基因表达数据	23个5'UTR、10个3'UTR和6个叶绿体启动子
113	2025-05-31	Engineering a Novel Probiotic Toolkit in Escherichia coli Nissle 1917 for Sensing and Mitigating Gut Inflammatory Diseases 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00036 PMID:39115381	研究论文	本研究开发了一种基于工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917的系统，用于感知和缓解肠道炎症性疾病	开发了一个模块化系统，包含炎症生物标志物传感器、分泌系统和治疗性纳米抗体库，并首次在EcN中表征了所采用的分泌系统	系统对NO的敏感性有所降低	开发一种靶向特异性系统来潜在治疗炎症性肠病(IBD)	工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917 (EcN)	合成生物学	炎症性肠病(IBD)	酶联免疫吸附试验(ELISA)和体外试验	数学框架用于评估工程益生菌系统的关键参数	实验数据	NA
114	2025-05-31	Bioinformatic Prediction and High Throughput In Vivo Screening to Identify Cis-Regulatory Elements for the Development of Algal Synthetic Promoters 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00199 PMID:38986010	研究论文	本研究通过生物信息学预测和高通量体内筛选，识别顺式调控元件以开发藻类合成启动子	结合POWRS、STREME和PhyloGibbs算法预测1511个CREs，并通过高通量方法评估4533种合成启动子的转基因表达能力	需要具有测序基因组和转录组数据的藻类物种才能应用该流程	开发先进的遗传工具以促进藻类生物技术的发展	六种不同藻类物种中高表达基因的启动子区域	合成生物学	NA	下一代测序、荧光激活细胞分选	NA	基因组和转录组数据	4533种合成启动子，数百个转基因株系
115	2025-05-31	Directed Evolution of Acoustic Reporter Genes Using High-Throughput Acoustic Screening 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00283 PMID:38981096	研究论文	本文描述了通过定向进化技术改进声学报告基因（ARGs）的过程，以提高其在超声成像中的应用效果	首次将定向进化技术应用于声学报告基因的优化，开发了高通量声学筛选方法，显著增强了气体囊泡（GVs）的非线性超声散射信号	研究目前仅限于细菌培养体系中的筛选，尚未在哺乳动物细胞或活体动物中进行验证	开发更高效的声学报告基因，用于生物成像和合成生物学领域	气体囊泡（GVs）蛋白纳米结构及其声学特性	合成生物学	NA	高通量声学筛选、定向进化	NA	超声信号数据	细菌培养物中的突变体文库
116	2025-05-30	Biofabrication of microstructured bacterial ecosystems using chaotic bioprinting: advancingin vitroresearch for microbial engineering 2025-May-29, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/add568 PMID:40334674	研究论文	本文介绍了一种利用混沌3D打印技术制造具有多层微结构的水凝胶构造物的方法，以模拟自然微生物生态系统中的部分隔离现象	使用混沌3D打印技术制造微结构化的细菌生态系统，模拟自然微生物群落的空间组织	研究仅使用了简化的肠道微生物群落模型，可能无法完全反映复杂自然生态系统的所有特性	开发一种能够精确控制微生物空间分布的技术，以更好地研究微生物相互作用	混合微生物群落，特别是人类肠道微生物群落的简化模型	微生物工程	NA	混沌3D打印、荧光显微镜、菌落计数、定量PCR	NA	图像、菌落计数数据、PCR数据	简化的细菌群落模型（具体菌株未明确说明数量）
117	2025-05-30	dTAT1: An Unnatural Nucleoside Exhibiting Low Photocytotoxicity for Genetic Code Expansion 2025-May-29, The journal of physical chemistry letters IF:4.8Q1 DOI:10.1021/acs.jpclett.5c00763 PMID:40401918	research paper	该研究探讨了非天然核苷dTAT1在遗传密码扩展中的光物理和细胞毒性行为	发现dTAT1在390 nm激发下占据三重态但细胞毒性极低，且产生的单线态氧量子产率仅为17%，三重态寿命比dTPT3短2.7倍	未明确说明实验所用细胞类型或具体实验条件	评估dTAT1在遗传密码扩展中的安全性和潜在治疗应用	非天然核苷dTAT1	合成生物学	NA	光物理分析、活性氧检测	NA	化学分析数据	NA
118	2025-05-30	Glyceollin biosynthesis in a plant chassis engineered for isoflavone production 2025-May-28, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-025-01914-3 PMID:40437134	research paper	该研究通过代谢工程策略在烟草叶片中高效生产异黄酮前体，并鉴定了六种细胞色素P450单加氧酶作为glyceollin合成酶，完成了glyceollins的15步生物合成途径	首次在工程化植物底盘（Nicotiana benthamiana）中实现glyceollins的高产合成，并鉴定出6个关键P450酶完成其15步生物合成途径	研究仅在烟草叶片模型中进行验证，尚未在原始宿主大豆或其他作物中测试该代谢通路的适用性	解析glyceollins生物合成途径并建立植物底盘生产系统	大豆抗菌异黄酮phytoalexins（glyceollins）及其合成酶	合成生物学	植物病害（由Phytophthora sojae引起）	代谢工程、酶筛选鉴定、体外抗菌实验	植物代谢工程模型	生物化学数据	工程化烟草叶片（产量数据：daidzein 7.04 g/kg干重，glyceollins最高5.9 g/kg干重）
119	2025-05-30	Diverse lineages and adaptations of oxygen-adapted hydrogenases 2025-May-27, Trends in biochemical sciences IF:11.6Q1 DOI:10.1016/j.tibs.2025.04.006 PMID:40436686	research paper	本文探讨了微生物中适应氧气的氢化酶的多样谱系和适应性	揭示了[NiFe]-氢化酶通过多种独立进化策略适应有氧环境，包括通过独特的[4Fe3S]簇将结合的氧还原为水以及通过狭窄的气体通道和活性位点重排防止氧结合	NA	研究微生物中适应氧气的氢化酶的多样性和适应性	细菌和古菌中的[NiFe]-氢化酶	微生物学	NA	NA	NA	NA	NA
120	2025-05-30	Exploring oxidosqualene cyclases and cytochrome P450s from Aralia elata for the synthesis of diverse pentacyclic triterpene sapogenins in Nicotiana benthamiana 2025-May-19, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110047 PMID:40435688	研究论文	该研究通过系统挖掘和功能表征Aralia elata中的氧化角鲨烯环化酶（OSCs）和细胞色素P450s（CYPs），在Nicotiana benthamiana中合成了多种五环三萜皂苷元（PTSs）	首次在Aralia elata中鉴定了负责β-香树脂醇C-6、C-16或C-28氧化的CYP716酶，并通过组合生物合成策略在N. benthamiana中合成了19种不同的PTSs，其中14种是A. elata中先前未发现的	研究仅限于Aralia elata和Nicotiana benthamiana系统，未在其他植物或系统中验证	阐明Aralia elata中PTSs的生物合成途径，并增强其结构多样性以促进工业应用	Aralia elata中的氧化角鲨烯环化酶（OSCs）和细胞色素P450s（CYPs）	合成生物学	NA	代谢组学、转录组学、农杆菌介导的异源表达	NA	NA	NA