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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
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1201 | 2025-10-05 |
CasGen: A Regularized Generative Model for CRISPR Cas Protein Design with Classification and Margin-Based Optimization
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.28.640911
PMID:40060553
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研究论文 | 开发了一种基于Transformer的深度生成模型CasGen,用于设计新型CRISPR Cas蛋白 | 提出了结合分类过滤、贝叶斯优化和结构验证的Cas蛋白生成框架,首次将边界潜在空间正则化应用于Cas蛋白设计 | 生成的Cas蛋白序列与已知变体存在28%-55%的相似性,可能限制了完全新颖蛋白的发现 | 扩展基因组编辑工具包,设计更多样化的Cas蛋白变体 | Cas9和Cas12蛋白序列 | 合成生物学 | NA | Transformer深度学习,AlphaFold结构预测,BLAST序列比对 | Transformer,深度生成模型 | 蛋白质序列数据 | 3,021条Cas9序列,597条Cas12序列,597条非Cas序列 | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学,合成生物学 |
1202 | 2025-10-05 |
In vivo self-assembled siRNAs within small extracellular vesicles attenuate LRRK2-induced neurodegeneration in Parkinson's disease models
2025-Feb-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.12.045
PMID:39722304
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研究论文 | 本研究开发了一种通过小细胞外囊泡递送LRRK2 siRNA的合成生物学策略,用于减轻帕金森病模型中的神经退行性变 | 利用遗传回路实现siRNA在体内自组装并通过小细胞外囊泡靶向递送至黑质区 | 仅在帕金森病小鼠模型中验证疗效,尚未进行临床研究 | 开发帕金森病的基因治疗策略 | LRRK2R1441G帕金森病小鼠模型 | 合成生物学 | 帕金森病 | siRNA技术、遗传回路设计 | NA | NA | 两种小鼠模型 | 遗传回路 | 小鼠肝细胞 | 包含神经元靶向RVG标签和LRRK2 siRNA的遗传回路,受CMV启动子控制 | 医学 |
1203 | 2025-10-05 |
Accurate phenotype-to-genotype mapping of high-diversity yeast libraries by heat-shock-electroporation (HEEL)
2025-Feb-05, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03197-24
PMID:39704499
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研究论文 | 开发了一种创新的酵母文库转化方法HEEL,通过热激-电穿孔组合技术显著提高单质粒转化效率 | 结合热激和电穿孔的双重方法,将酵母单质粒转化细胞比例从20%提升至70%以上,实现了近乎完美的表型-基因型关联 | NA | 开发高质量的酵母DNA文库转化方法,解决多质粒摄取问题 | 酵母细胞和DNA文库 | 合成生物学 | NA | 热激-电穿孔组合技术(HEEL), Sanger测序 | NA | 基因型数据, 表型数据 | 每反应超过10^10个酵母细胞 | 电穿孔, 热激转化 | 酵母 | 双条形码设计,包含单核苷酸多态性和高多样性区域 | 分子生物学, 蛋白质工程 |
1204 | 2025-10-05 |
Bacterial and bacterial derivatives-based drug delivery systems: a novel approach for treating central nervous system disorders
2025-Feb, Expert opinion on drug delivery
IF:5.0Q1
DOI:10.1080/17425247.2024.2444364
PMID:39688950
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综述 | 探讨基于细菌及其衍生物作为药物递送系统治疗中枢神经系统疾病的新策略 | 利用细菌的趋化性、生物相容性和靶向能力突破血脑屏障,实现精准药物递送 | 存在生物安全性、免疫排斥和大规模生产等挑战 | 开发基于细菌的药物递送系统用于中枢神经系统疾病治疗 | 细菌载体及其衍生物(如OMVs、细菌幽灵) | 合成生物学 | 中枢神经系统疾病 | 基因工程、合成生物学、纳米技术 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, BioBrick | 大肠杆菌, 枯草芽孢杆菌 | 生物传感器、代谢通路 | 医药 |
1205 | 2025-10-05 |
Multi-enzyme assemblies both in the cell membrane and cytoplasm boost intracellular lycopene production
2025-Feb, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138654
PMID:39689805
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研究论文 | 本研究开发了一种基于Mi3蛋白质笼和ReverseTag/ReverseCatcher肽标签系统的多酶组装策略,显著提高了体外酶催化效率和细胞内番茄红素产量 | 首次将二十面体蛋白质笼Mi3与酯键肽标签系统结合,构建了同时位于细胞质和细胞膜的多酶组装系统 | NA | 提高酶催化效率和代谢产物产量 | 多酶组装系统及其在番茄红素生物合成中的应用 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、酶组装技术 | NA | 酶动力学数据、代谢产物产量数据 | NA | ReverseTag/ReverseCatcher系统 | NA | 多酶组装系统、代谢通路工程 | 工业生物技术 |
1206 | 2025-10-05 |
All Roads Lead to Rome: Pathways to Engineering Disease Resistance in Plants
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412223
PMID:39691979
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综述 | 本文系统阐述了植物与病原体相互作用的基本机制,并详细综述了利用基因工程和合成生物学技术开发植物抗病性的多种策略 | 全面整合了植物抗病性开发的最新策略,包括基因编辑和合成生物学方法,并针对主要作物提供了可用于抗病育种的潜在基因资源 | 讨论了现有抗病策略存在的局限性及其可能的解决方案 | 开发具有持久和广谱抗病性的植物品种 | 植物抗病性机制和工程化策略 | 合成生物学 | 植物病害 | 基因编辑, 合成生物学, 基因操作和转化方法 | NA | NA | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
1207 | 2025-10-05 |
Two-stage continuous cultivation of microalgae overexpressing cytochrome P450 improves nitrogen and antibiotics removal from livestock and poultry wastewater
2025-Feb, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2024.131994
PMID:39694106
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研究论文 | 通过两阶段连续培养过表达细胞色素P450的微藻,提高对畜禽废水中氮和抗生素的去除效率 | 发现新型细胞色素P450酶在氮和抗生素去除中的关键作用,并通过合成生物学将氨氮去除率提升至目前微藻处理的最高水平470 mg/L/d | NA | 开发高效去除畜禽废水中氨氮和抗生素的微藻处理技术 | 普通小球藻及其基因工程改造菌株 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、连续培养、设计-构建-测试-学习策略 | NA | 生理、代谢和遗传数据 | NA | 合成生物学 | Chlorella vulgaris(普通小球藻) | 细胞色素P450过表达系统 | 环境 |
1208 | 2025-10-05 |
Engineered Bacteria Manipulate Cysteine Metabolism to Boost Ferroptosis-Based Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Therapy
2025-Feb, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202412982
PMID:39696900
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研究论文 | 本研究开发了一种工程化细菌,通过调控半胱氨酸代谢增强铁死亡疗法治疗胰腺导管腺癌 | 首次利用合成生物学设计能够直接消耗半胱氨酸的工程菌,通过持续产生工程化胱氨酸酶彻底阻断半胱氨酸代谢 | 未提及具体动物模型验证细节及潜在免疫反应风险 | 开发基于工程菌的铁死亡疗法用于胰腺导管腺癌治疗 | 胰腺导管腺癌细胞 | 合成生物学 | 胰腺癌 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 工程化细菌 | 肿瘤低氧响应型基因回路,用于在肿瘤微环境中持续表达胱氨酸酶 | 医学 |
1209 | 2025-10-05 |
Photoinduced electron transfer enables cytochrome P450 enzyme-catalyzed reaction cycling
2025-Feb, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2024.109412
PMID:39708699
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研究论文 | 本研究开发了一种光诱导电子转移系统,用于驱动细胞色素P450酶催化的反应循环 | 开发了基于曙红Y/三乙醇胺的光诱导电子转移系统,替代了传统NADPH依赖的CYP还原酶介导的电子传递 | NA | 解决细胞色素P450酶对还原当量的依赖性限制,开发更高效的催化系统 | 细胞色素P450酶及其催化的反应循环 | 合成生物学 | 肿瘤 | 光诱导电子转移技术 | NA | NA | NA | NA | 喜树 | 光诱导电子生成和传递系统 | 医药, 工业生物技术 |
1210 | 2025-10-05 |
Electro-bioremediation of wastewater: Transitioning the focus on pure cultures to elucidate the missing mechanistic insights upon electro-assisted biodegradation of exemplary pollutants
2025-Jan, Journal of environmental management
IF:8.0Q1
DOI:10.1016/j.jenvman.2024.123726
PMID:39729711
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综述 | 本文聚焦于利用纯培养物研究典型水污染物的电生物降解机制,以弥补混合培养物研究在机理认知上的不足 | 提出将研究重点从混合培养物转向纯培养物以揭示电辅助生物降解的分子机制,为优化废水处理技术提供新途径 | 目前仅有不到40项相关研究,且主要关注电生物降解潜力而非机理研究,存在明显的研究空白 | 通过纯培养物研究揭示典型污染物电生物降解的分子机制,推动废水处理技术的优化发展 | 含氮、磷、硫化合物、碳氢化合物、金属和偶氮染料等典型水污染物 | 环境生物技术 | NA | 组学技术、基因组注释、转录动力学、基因工程、合成生物学、数学建模 | NA | 分子生物学数据、基因表达数据、代谢物数据 | 少于40项相关研究 | 基因工程, 合成生物学 | 纯培养微生物 | NA | 环境 |
1211 | 2025-10-05 |
Two highly specific growth-coupled biosensor for glycolaldehyde detection across micromolar and millimolar concentrations
2025, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaf004
PMID:40292364
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研究论文 | 本研究开发了两种高度特异性的生长偶联生物传感器,用于检测微摩尔至毫摩尔浓度范围的乙醇醛 | 通过创建乙醇醛依赖性营养缺陷型菌株,首次将菌株生长与乙醇醛依赖性生物合成必需维生素吡哆醛-5-磷酸和2-酮戊二酸相偶联 | NA | 开发能够检测乙醇醛的生物传感器并应用于代谢工程 | 工程菌株和乙醇醛生物传感器 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、生物传感器设计 | NA | 生物传感数据 | NA | CRISPR-Cas9, 代谢工程 | 工程菌株 | 生长偶联生物传感器、代谢途径设计 | 工业生物技术, 代谢工程 |
1212 | 2025-10-05 |
Redox-enabled electronic interrogation and feedback control of hierarchical and networked biological systems
2023-12-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44223-w
PMID:38129428
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研究论文 | 通过工程化生物系统的天然氧化还原网络,实现了从蛋白质到细胞群体的多层级电子 interrogation 和反馈控制 | 开发了基于氧化还原反应的电子-生物接口技术,实现了无线实时通信和用户控制的生物系统编程 | NA | 建立电子设备与生物系统之间的直接通信和控制方法 | 蛋白质(辣根过氧化物酶)、大肠杆菌细胞、细胞群体 | 合成生物学 | NA | 电生物制造、氧化还原数据传递、合成生物学、eCRISPR | NA | 电化学信号、基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学 | 大肠杆菌 | 氧化还原引导的生物传感器、电子遗传控制回路、群体感应切换系统 | 生物技术, 医学 |
1213 | 2025-10-05 |
Customizing cellular signal processing by synthetic multi-level regulatory circuits
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44256-1
PMID:38110405
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研究论文 | 本文探讨了通过合成多级调控电路定制细胞信号处理的方法 | 提出了整合转录和翻译控制的多级电路设计新范式,可显著增强遗传电路的复杂性和功能性 | NA | 通过合成生物学方法定制细胞信号处理电路以满足实际需求 | 合成多级调控电路和细胞信号处理系统 | 合成生物学 | NA | 遗传电路设计 | NA | NA | NA | NA | NA | 整合转录控制和翻译控制的多级混合电路,包括基础电路动力学修改和实际应用促进 | 合成生物学 |
1214 | 2025-10-05 |
Taxus NPF transporter involved in the uptake of 10-deacetylbaccatin III facilitates the biosynthesis of taxane compounds
2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70146
PMID:40287958
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研究论文 | 本研究鉴定了一种红豆杉NPF型转运蛋白NPF2.1,该蛋白通过质子同向转运机制参与10-脱乙酰巴卡亭III的吸收,并开发了基于酵母的生物转化系统用于紫杉醇生物合成基因发现 | 首次发现红豆杉NPF2.1转运蛋白能介导10-脱乙酰巴卡亭III的跨膜运输,并建立了基于该转运蛋白的酵母生物转化系统用于新型BAHD酰基转移酶的发现 | 研究主要基于酵母异源表达系统,在植物体内的具体调控机制仍需进一步验证 | 阐明紫杉醇生物合成过程中中间产物的跨膜转运机制,并开发合成生物学工具 | 红豆杉细胞悬浮培养物、NPF2.1转运蛋白、10-脱乙酰巴卡亭III | 合成生物学 | 癌症 | 酵母异源表达、时间进程分析、生物转化系统 | NA | 代谢物动力学数据、酶活性数据 | NA | 酵母表达系统 | 酿酒酵母 | 基于NPF2.1转运蛋白的生物转化系统 | 医药 |
1215 | 2025-10-05 |
Microbial Transcription Factor-Based Biosensors: Innovations from Design to Applications in Synthetic Biology
2025-Mar-31, Biosensors
DOI:10.3390/bios15040221
PMID:40277535
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综述 | 本文探讨微生物转录因子生物传感器从设计到合成生物学应用的创新进展 | 整合计算工具Cello进行遗传电路设计,展望与人工智能和先进筛选技术的未来融合 | NA | 总结转录因子生物传感器在合成生物学和工业生物技术中的创新应用 | 微生物转录因子生物传感器系统 | 合成生物学 | NA | 高通量筛选 | NA | NA | NA | Cello | 微生物细胞工厂 | 转录因子生物传感器、复杂遗传电路 | 工业生物技术 |
1216 | 2025-10-05 |
Marine Fungal Metabolites as Potential Antidiabetic Agents: A Comprehensive Review of Their Structures and Enzyme Inhibitory Activities
2025-Mar-26, Marine drugs
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/md23040142
PMID:40278263
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综述 | 系统评估海洋真菌代谢产物作为潜在抗糖尿病药物的结构与酶抑制活性 | 首次系统综述66株海洋真菌来源的181种生物活性化合物对多种糖尿病相关酶的抑制活性 | 未提及具体临床研究数据,主要关注体外酶抑制活性 | 探索海洋真菌代谢产物作为新型抗糖尿病药物的开发潜力 | 海洋真菌代谢产物(聚酮、生物碱、萜类、木脂素等) | 药物发现 | 糖尿病 | 酶抑制活性检测 | NA | 化学结构与生物活性数据 | 181种化合物来自66株海洋真菌 | 基因工程, 合成生物学 | 海洋真菌 | NA | 医药 |
1217 | 2025-10-05 |
Recent advance in macrolactams: Structure, bioactivity, and biosynthesis
2025-Jun-01, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2025.108406
PMID:40184666
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综述 | 本文系统总结了2004-2023年间报道的105个大环内酰胺类化合物的结构、生物活性和生物合成研究进展 | 首次系统梳理大环内酰胺家族的最新进展,重点关注非共线规则的新型生物合成途径和构效关系 | 仅涵盖2004-2023年间报道的化合物,可能遗漏早期重要研究成果 | 为大环内酰胺类化合物的发现和合成生物学可持续生产提供参考 | 105种大环内酰胺类天然产物 | 天然产物化学 | NA | 生物合成基因簇分析,酶机制研究 | NA | 化学结构数据,生物活性数据,基因序列数据 | 105种大环内酰胺化合物,来源于海洋沉积物、土壤、植物和动物等多种环境的微生物菌株 | 合成生物学方法 | 微生物菌株 | 大环内酰胺生物合成途径 | 医药 |
1218 | 2025-10-05 |
High-throughput optimisation of protein secretion in yeast via an engineered biosensor
2025-Apr, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.11.010
PMID:39674781
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研究论文 | 本研究开发了一种基于酵母G蛋白偶联受体生物传感器的系统,用于高通量优化蛋白质分泌效率 | 首次将酵母GPCR生物传感器应用于蛋白质分泌效率的高通量筛选,能够同时评估启动子、信号肽和终止子的组合效果 | NA | 优化异源蛋白质在酵母中的分泌表达效率 | 蛋白质分泌系统、信号肽、启动子、终止子 | 合成生物学 | NA | GPCR生物传感器、高通量筛选、Golden Gate克隆 | NA | 荧光报告基因数据 | 超过6000种启动子、信号肽和终止子的组合 | Golden Gate Assembly | 酵母 | GPCR生物传感器系统,通过共分泌肽标签激活受体并诱导荧光报告基因表达 | 工业生物技术 |
1219 | 2025-10-05 |
Increased accumulation of fatty acids in engineered Saccharomyces cerevisiae by co-overexpression of interorganelle tethering protein and lipases
2025-Mar-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.11.005
PMID:39613152
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研究论文 | 本研究通过共过表达细胞器间锚定蛋白和脂肪酶开发了一种提高酿酒酵母脂肪酸积累的新工程策略 | 首次通过调控脂滴生物合成与降解的平衡来增强脂肪酸积累,实现了10.7倍的总脂肪酸产量提升 | NA | 提高微生物细胞工厂中脂肪酸及其衍生物的生产能力 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因过表达 | NA | NA | NA | 基因过表达 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 脂滴代谢调控系统:通过过表达Mdm1蛋白增加脂滴生物合成,同时上调脂肪酶加速脂滴降解 | 工业生物技术 |
1220 | 2025-10-05 |
A rapid CAT transformation protocol and nuclear transgene expression tools for metabolic engineering in Cyanidioschyzon merolae 10D
2025-Mar-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.12.001
PMID:39638031
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研究论文 | 本文开发了针对红藻Cyanidioschyzon merolae 10D的快速转化方法和核转基因表达工具包,用于代谢工程应用 | 优化了转化筛选流程(两周内获得氯霉素抗性转化株),开发了模块化质粒工具包和新型荧光报告基因,建立了高通量筛选方法 | NA | 促进C. merolae作为代谢工程和可持续生物技术生产的藻类系统 | 真核红藻Cyanidioschyzon merolae 10D | 合成生物学 | NA | 荧光成像、多端口顶空分析、平行光生物反应器 | NA | 荧光图像、挥发性异戊二烯生产数据 | NA | 模块化质粒工具包、同源重组 | Cyanidioschyzon merolae 10D | 代谢途径工程(异戊二烯合成酶过表达) | 能源, 工业生物技术 |