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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1221 | 2026-03-06 |
Plants against cancer: towards green Taxol production through pathway discovery and metabolic engineering
2024-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-024-00170-8
PMID:39279861
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综述 | 本文综述了植物天然产物发现与工程中的挑战与进展,以抗癌药物紫杉醇生物合成途径中缺失酶的突破性发现为例 | 通过高通量测序和合成生物学方法,成功鉴定了紫杉醇生物合成途径中的关键缺失酶,为绿色生产提供了新途径 | NA | 加速药物发现并解决人类健康问题,特别是通过植物天然产物的工程化生产抗癌药物 | 植物天然产物,尤其是紫杉醇的生物合成途径 | 合成生物学 | 癌症 | 高通量测序、基因组组装、基因合成、分析技术 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 植物 | 紫杉醇的生物合成途径 | 医药 |
| 1222 | 2026-03-06 |
Enabling neighbour labelling: using synthetic biology to explore how cells influence their neighbours
2024-01-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201955
PMID:38165174
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综述 | 本文综述了合成生物学和图像分析技术的最新进展,以探索细胞如何影响其邻近细胞 | 整合合成生物学工具与图像分析方法,以解决细胞间相互作用研究中的技术挑战 | 在发育模型系统中应用这些技术时存在机会和限制 | 探索细胞间相互作用在发育过程中的机制 | 细胞及其邻近细胞 | 合成生物学 | NA | 图像分析 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 1223 | 2026-03-06 |
Orthogonal translation enables heterologous ribosome engineering in E. coli
2021-01-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20759-z
PMID:33500394
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研究论文 | 本研究通过正交翻译系统在E. coli中实现了异源核糖体工程,为合成生物学提供了新的核糖体改造框架 | 采用正交核糖体结合位点(RBS)与反RBS配对系统,首次实现了对难改造核糖体的定向工程化 | 目前仅适用于16S rRNA与E. coli相似度≥76.1%的微生物来源核糖体 | 开发活细胞中异源核糖体工程化的通用方法 | 由不同微生物rRNA和核糖体蛋白组成的异源核糖体 | 合成生物学 | NA | 正交翻译系统、核糖体工程 | NA | NA | NA | 正交RBS:antiRBS配对系统 | E. coli | 正交翻译系统、异源核糖体组装 | 工业生物技术 |
| 1224 | 2026-03-05 |
Quantitative Characterization of Gene Regulatory Circuits Associated With Fungal Secondary Metabolism to Discover Novel Natural Products
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407195
PMID:39467708
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研究论文 | 本研究开发了一种结合微流体平台与数学模型的系统,用于在单细胞水平上定量表征真菌基因调控回路,并利用该平台成功重构了生物活性分子的生物合成途径 | 首次将先进微流体平台与数学模型结合,实现了对多细胞真菌基因调控回路在单细胞水平的精确表征与定量分析 | 研究主要基于模式真菌构巢曲霉,尚未广泛验证于其他真菌物种 | 定量表征真菌次级代谢相关基因调控回路,以发现新型天然产物 | 真菌基因调控回路(GRCs)及其调控的次级代谢生物合成基因簇(BGCs) | 合成生物学 | NA | 微流体平台、数学模型、基因回路重构 | 数学模型 | 单细胞表达数据 | 30个转录因子-启动子组合(源自两个代表性真菌GRCs) | 基因回路重构 | 构巢曲霉(Aspergillus nidulans) | 基因调控回路(GRCs)、生物合成基因簇(BGCs)重构 | 医药、工业生物技术 |
| 1225 | 2026-03-05 |
Regulostat Inferelator: a novel network biology platform to uncover molecular devices that predetermine cellular response phenotypes
2019-08-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz417
PMID:31114928
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研究论文 | 本文提出了一种名为Regulostat Inferelator(RSI)的新型网络生物学算法,用于识别能够预先决定和微调细胞表型响应的基因调控网络 | 首次开发了能够从基础转录组数据中识别具有“调节器”功能的基因对的算法,并首次提供了癌症细胞中药物-调节器相互作用的证据 | 目前仅为概念验证研究,需要进一步的实验验证 | 开发识别预先决定细胞表型响应的分子调控网络的工具 | 基因表达模式、细胞表型响应、癌症细胞 | 网络生物学 | 癌症 | 转录组数据分析 | RSI算法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | 调节器网络(具有类似变阻器合作模式的基因对) | 医学、生物工程 |
| 1226 | 2026-03-04 |
Building AuxInYeast Synthetic Biology Strains for Biochemical Characterization of Maize Auxin Hormone Signaling Components
2026-Mar-02, Cold Spring Harbor protocols
DOI:10.1101/pdb.prot108634
PMID:40074300
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研究论文 | 本文介绍了一种名为AuxInYeast的合成生物学工具,用于在酵母中构建玉米生长素信号通路组件,以进行生化表征 | 开发了AuxInYeast系统,作为植物合成生物学底盘,首次在酵母中重建玉米生长素信号通路,实现高通量定量分析 | 系统基于酵母环境,可能不完全模拟植物体内复杂调控网络,且仅针对玉米组件,通用性需进一步验证 | 构建合成生物学菌株,以生化表征玉米生长素激素信号通路组件 | 玉米生长素信号通路组件,包括受体、阻遏物、辅阻遏物、转录因子和响应元件 | 合成生物学 | NA | 流式细胞术、荧光蛋白标记 | NA | 生化数据、荧光信号数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酵母 | 生长素信号通路,包括受体-阻遏物复合物、转录激活级联和响应元件 | 农业, 工业生物技术 |
| 1227 | 2026-03-04 |
Testing AuxInYeast Synthetic Biology Strains via Fluorescence Flow Cytometry
2026-Mar-02, Cold Spring Harbor protocols
DOI:10.1101/pdb.prot108635
PMID:40074301
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研究论文 | 本文介绍了一种使用荧光流式细胞术测试AuxInYeast合成生物学菌株的协议,用于分析玉米生长素信号通路 | 开发了基于酵母异源表达平台的AuxInYeast系统,结合荧光流式细胞术实现高通量定量测量植物生长素信号通路组件 | NA | 工程化玉米生长和发育,通过合成生物学工具分析生长素激素信号通路 | 玉米生长素感知受体和荧光标记的阻遏蛋白 | 合成生物学 | NA | 荧光流式细胞术 | NA | 荧光数据 | 多个AuxInYeast菌株,具体数量未指定 | AuxInYeast系统 | 酵母 | 生长素感知和阻遏蛋白降解的生物传感器通路 | 农业 |
| 1228 | 2026-03-04 |
A meta-analysis of the gut microbiome in inflammatory bowel disease patients identifies disease-associated small molecules
2025-Feb-12, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2025.01.002
PMID:39947133
|
meta-analysis | 通过荟萃分析炎症性肠病患者肠道微生物组的小分子生物合成基因簇,鉴定出与克罗恩病相关的脂肪酸酰胺,并验证其破坏肠道通透性和加剧疾病的作用 | 首次通过合成生物学方法解析了克罗恩病相关基因簇产生的六种脂肪酸酰胺结构,并证实这些微生物来源小分子在疾病发生中的作用 | 研究主要基于小鼠模型验证,人类样本中的直接致病机制仍需进一步探究 | 探究肠道微生物组小分子代谢物在炎症性肠病发病机制中的作用 | 炎症性肠病患者和健康对照的肠道宏基因组样本、克罗恩病相关基因簇产物、结肠炎小鼠模型 | 宏基因组学 | 炎症性肠病(克罗恩病) | 宏基因组测序、合成生物学、结构解析 | NA | 宏基因组数据、质谱数据 | IBD患者与健康对照的粪便样本(具体数量未明确说明) | 合成生物学 | 梭菌属(Clostridia) | 小分子生物合成基因簇(BGCs) | 医学 |
| 1229 | 2026-03-04 |
Recent advances in CAR T-cell engineering using synthetic biology: Paving the way for next-generation cancer treatment
2024, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2024.02.003
PMID:38762281
|
综述 | 本章节全面探讨了合成生物学在CAR T细胞疗法中的创新应用,以推动下一代癌症治疗的发展 | 强调合成生物学通过基因编辑、合成基因电路和分子工程技术,优化CAR T细胞功能,提升治疗的安全性和有效性 | NA | 探索合成生物学如何增强CAR T细胞疗法的个性化和精准性,以改善癌症治疗效果 | CAR T细胞疗法及其在癌症免疫治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症 | 基因编辑、合成基因电路、分子工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | T细胞 | 合成基因电路,用于优化CAR T细胞功能,如逻辑门或生物传感器设计 | 医学 |
| 1230 | 2026-03-04 |
GroovDB: A Database of Ligand-Inducible Transcription Factors
2022-10-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00382
PMID:36178800
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研究论文 | 本文介绍了GroovDB,一个用于配体诱导型转录因子的数据库,旨在支持合成生物学中的工程应用 | 开发了一个经过验证的、可访问的数据库,整合了配体诱导型转录因子的序列、配体和操作数据,并提供了自动化数据管理和可视化工具 | NA | 为合成生物学提供一个可靠的配体诱导型转录因子资源库,以促进遗传电路的设计和应用 | 配体诱导型原核转录因子及其相关数据 | 合成生物学 | NA | 自动化数据管理流程 | NA | 序列数据、配体数据、操作数据 | NA | NA | 原核生物 | 化学响应型遗传电路 | 工业生物技术、医学 |
| 1231 | 2026-03-04 |
Engineering modular and orthogonal genetic logic gates for robust digital-like synthetic biology
2011-Oct-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms1516
PMID:22009040
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研究论文 | 本文构建了一个基于大肠杆菌的正交AND逻辑门,利用来自Pseudomonas syringae的新型异源调控模块,实现模块化和数字化的合成生物学设计 | 采用来自Pseudomonas syringae的新型异源调控模块构建正交AND逻辑门,展示了模块化设计和与NOT门组合形成NAND门的能力 | NA | 构建模块化和正交的遗传逻辑门,以定制细胞信号传导并实现稳健的数字化合成生物学设备 | 大肠杆菌中的遗传逻辑门电路 | 合成生物学 | NA | 定量表征、建模、构建和测试的基于部件的工程方法 | NA | NA | NA | 基于部件的工程方法 | 大肠杆菌 | 正交AND逻辑门,由两个共激活基因hrpR和hrpS控制输入,σ(54)依赖的hrpL启动子驱动输出,可模块化组合形成NAND门 | 工业生物技术 |
| 1232 | 2026-03-03 |
Molecular characterization following expression analysis of sugar transporters in passion fruit to explore their roles in fruit development and abiotic stress tolerance
2026-Mar, 3 Biotech
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s13205-026-04707-0
PMID:41768418
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研究论文 | 本研究通过全基因组分析鉴定百香果中的55个糖转运蛋白,探究其在果实发育和非生物胁迫耐受中的功能 | 首次在百香果中进行糖转运蛋白的全基因组鉴定,结合分子对接、动力学模拟和表达分析揭示其功能多样性及胁迫响应机制 | NA | 探索百香果糖转运蛋白在果实发育和非生物胁迫耐受中的潜在作用 | 百香果(Passiflora edulis)中的糖转运蛋白基因家族 | 植物分子生物学 | NA | 全基因组分析、RNA-seq、实时定量PCR、分子对接、分子动力学模拟 | NA | 基因组序列、RNA-seq数据、蛋白质序列 | NA | 合成生物学 | 百香果(植物) | 合成生物学指导的电路设计,用于开发多重非生物胁迫耐受的高糖百香果 | 农业 |
| 1233 | 2026-03-03 |
Chromatin Landscape of Saccharomyces cerevisiae Acquiring H3K9 Methylation and Its Reader Molecule HP1
2026-Jan, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms
IF:1.3Q4
DOI:10.1111/gtc.70072
PMID:41362113
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法,将小鼠H3K9甲基转移酶和HP1引入酿酒酵母,探究H3K9甲基化及其阅读器分子HP1对转录和染色质压缩的影响 | 首次在缺乏H3K9甲基化系统的酿酒酵母中引入哺乳动物H3K9甲基转移酶和HP1,以简化系统研究其在异染色质形成中的作用 | 研究仅在酿酒酵母的基因体区域进行,可能不适用于其他生物或染色质区域;H3K9甲基化和HP1单独不足以改变高阶染色质结构 | 探究H3K9甲基化和HP1在异染色质形成中的重要性及其对转录和染色质结构的影响 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成生物学 | NA | Hi-C-seq分析 | NA | 基因组测序数据 | NA | 合成生物学方法 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 引入小鼠H3K9甲基转移酶和HP1以模拟异染色质表观基因组系统 | 基础生物学研究 |
| 1234 | 2026-03-03 |
Imagining an ethics for synthetic biology
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1746379
PMID:41767306
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1235 | 2026-03-03 |
Intestinal Delivery of Probiotics: Materials, Strategies, and Applications
2024-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202310174
PMID:38245861
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综述 | 本文综述了用于肠道递送的益生菌类型、不同的益生菌封装策略(化学、物理、遗传策略及其组合)以及使用纳米涂层方法的新兴单细胞封装策略的最新进展 | 讨论了纳米技术如何提高益生菌在肠道递送中的存活率和抗逆性,并强调了合成生物学为高效、有目的地设计和操控益生菌创造的新机遇 | NA | 探讨益生菌的肠道递送材料、策略及其应用,以应对益生菌在加工、口服摄入和肠道递送过程中的存活与定植难题 | 用于肠道递送的益生菌 | NA | NA | 纳米技术,合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 益生菌 | NA | 医学 |
| 1236 | 2026-03-03 |
Development of novel metabolite-responsive transcription factors via transposon-mediated protein fusion
2018-02-01, Protein engineering, design & selection : PEDS
DOI:10.1093/protein/gzy001
PMID:29385546
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研究论文 | 本文开发了一种名为BERDI的通用方法,通过转座子介导的蛋白质融合将代谢物结合蛋白转化为代谢物响应转录因子 | 提出了一种新的生物传感器工程策略,利用体外转座子插入反应生成所有可能的DNA结合域插入变体,从而创建新型代谢物响应转录因子 | NA | 开发一种通用方法,将代谢物结合蛋白转化为代谢物响应转录因子,以解决缺乏天然生物传感器的代谢物检测问题 | 麦芽糖结合蛋白作为模型代谢物结合蛋白,以及锌指DNA结合域 | 合成生物学 | NA | 转座子插入反应,荧光激活细胞分选 | NA | NA | NA | 转座子介导的蛋白质融合 | NA | 代谢物响应转录因子生物传感器 | 代谢工程,合成生物学 |
| 1237 | 2026-03-02 |
Synthetic Biology and Metabolic Engineering of Microalgae for Sustainable Lipid and Terpenoid Production: An Updated Perspective
2026-Mar, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70405
PMID:41117552
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综述 | 本文是一篇关于微藻合成生物学与代谢工程用于可持续生产脂质和萜类化合物的最新进展的综述 | 整合并批判性评估了关键微藻模型(如莱茵衣藻、微拟球藻和三角褐指藻)的最新研究进展,重点介绍了加速设计-构建-测试-学习(DBTL)循环的新型遗传工具包、基因组规模代谢建模的突破,以及用于高价值化合物细胞器靶向生物合成的创新策略 | NA | 评估微藻合成生物学与代谢工程的最新进展,以推动其作为可持续生产脂质和萜类化合物的生物平台 | 微藻,特别是莱茵衣藻、微拟球藻和三角褐指藻等关键模型 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、代谢工程、基因组规模代谢建模 | NA | NA | NA | NA | Chlamydomonas reinhardtii, Nannochloropsis spp., Phaeodactylum tricornutum | 用于高价值化合物(如多不饱和脂肪酸和萜类)生物合成的代谢途径 | 食品, 燃料, 生物制造 |
| 1238 | 2026-03-02 |
Artificial Intelligence and the Discovery of Antibiotics: Reinventing with Opportunities, Challenges, and Clinical Translation
2026-Feb-23, Antibiotics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antibiotics15020233
PMID:41750530
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综述 | 本文综述了人工智能在加速和优化抗生素发现过程中的作用,包括虚拟筛选、新分子设计和早期测试等环节 | 系统性地探讨了人工智能与合成生物学、纳米技术和多组学数据的协同作用,作为下一代抗菌方法的核心组成部分 | 存在数据缺乏、算法偏见以及研究与临床应用之间的转化鸿沟等问题 | 探讨人工智能在应对抗菌素耐药性威胁、加速新型抗生素发现中的应用与挑战 | 小分子抗生素和抗菌肽 | 机器学习 | NA | 机器学习、深度学习、自然语言处理、生成模型 | NA | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 1239 | 2026-03-02 |
Preclinical Evaluation of Synthetic Biology-Driven Engineered Escherichia coli Nissle 1917 as a Living Therapeutic for Sustained L-DOPA Delivery
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00786
PMID:41628253
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研究论文 | 本研究利用合成生物学方法开发了一种基于益生菌的活体生物治疗系统,用于持续稳定地递送L-DOPA,以缓解帕金森病的运动症状 | 首次构建了基于质粒的L-DOPA表达型大肠杆菌Nissle 1917益生菌株,实现了在体内持续稳定地递送L-DOPA,相比传统口服给药方式具有更好的治疗效果 | 研究仅在临床前小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验;工程菌株的长期安全性和稳定性需要进一步评估 | 开发一种用于帕金森病治疗的、基于工程化益生菌的活体生物治疗系统 | 帕金森病小鼠模型 | 合成生物学 | 帕金森病 | 合成生物学方法 | NA | NA | 小鼠模型 | 质粒工程 | 大肠杆菌Nissle 1917 | L-DOPA表达系统 | 医学 |
| 1240 | 2026-03-02 |
From Waste to Worth: The Role of Fermentation in a Sustainable Future
2026-Feb-12, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods15040664
PMID:41750856
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综述 | 本文综述了发酵技术在可持续生物技术中的作用,重点介绍了其如何将农业和食品废弃物转化为高附加值产品,并探讨了其在循环生物经济、健康调节以及未来可持续食品系统中的潜力 | 系统阐述了发酵技术如何整合环境、营养和经济挑战,并强调了精准发酵和合成生物学在无动物、非传统农业方式生产特定食品成分方面的突破性进展 | 指出了限制该技术规模化应用的关键技术和监管障碍 | 探讨发酵技术在可持续未来中的作用,特别是其在废弃物资源化、循环生物经济及健康促进方面的应用 | 发酵过程、有机废弃物(农业和食品残留物)、高附加值产品(生物活性化合物、有机酸、生物燃料、酶、蛋白质)以及相关微生物 | NA | NA | 发酵技术、精准发酵、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | NA | 食品, 医疗保健, 环境, 能源, 工业生物技术 |