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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
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1261 | 2025-10-05 |
Comparative Analysis of Codon Optimization Tools: Advancing toward a Multi-Criteria Framework for Synthetic Gene Design
2025-Apr-10, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2411.11066
PMID:40223268
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研究论文 | 对常用密码子优化工具进行综合比较分析,提出多标准框架用于合成基因设计 | 首次系统比较多种密码子优化工具的性能差异,并提出整合多参数的综合优化框架 | 研究仅评估了部分工业相关靶蛋白,未涵盖所有可能的蛋白质类型和宿主系统 | 评估不同密码子优化工具的性能差异,建立更有效的合成基因设计框架 | 密码子优化工具(JCat、OPTIMIZER、ATGme、GeneOptimizer、TISIGNER、IDT)和工业相关靶蛋白 | 合成生物学 | NA | 密码子优化,重组蛋白表达 | NA | 基因序列数据,蛋白质表达数据 | 多种工业相关靶蛋白在E. coli、S. cerevisiae和CHO细胞中的表达评估 | 密码子优化工具 | E. coli, S. cerevisiae, CHO细胞 | 密码子优化策略,合成基因设计 | 工业生物技术,医药 |
1262 | 2025-10-05 |
Engineering carbon assimilation in plants
2025-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13825
PMID:39783795
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综述 | 本文综述了通过合成生物学和基因工程等方法优化植物碳同化过程的研究进展 | 整合合成生物学、基因工程、代谢通路优化和人工智能等多种技术来创建具有更高效光合作用能力的植物 | NA | 优化植物碳同化过程,提高光合作用效率 | 植物碳同化过程,特别是CBB循环和RuBisCO酶 | 合成生物学 | NA | 合成生物学, 基因工程, 代谢通路优化, 人工智能 | NA | NA | NA | NA | 植物, 藻类, 蓝细菌 | 碳固定通路优化,包括CBB循环改进和替代通路引入 | 农业 |
1263 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology Strategies and Tools to Modulate Photosynthesis in Microbes
2025-Mar-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26073116
PMID:40243859
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综述 | 总结合成生物学在调控蓝藻和微藻光合作用方面的最新进展与挑战 | 系统阐述通过合成生物学增强光能吸收、优化电子传递链和改善碳同化的创新策略,并提出AI辅助代谢工程等解决方案 | 遗传修饰在规模化生物生产中面临菌株稳定性、代谢负担和工艺可扩展性等瓶颈 | 通过合成生物学手段提升微生物光合作用效率 | 蓝藻和微藻等光合微生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 蓝藻, 微藻 | 光能吸收系统, 电子传递链, 碳同化途径 | 能源, 环境, 工业生物技术 |
1264 | 2025-10-05 |
New strategies to study in depth the metabolic mechanism of astaxanthin biosynthesis in Phaffia rhodozyma
2025-Mar, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2344578
PMID:38797672
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综述 | 本文综述了法夫酵母中虾青素生物合成的代谢机制研究现状,并提出了前沿研究方法 | 提出整合多组学、基因组编辑、蛋白质结构与功能分析及合成生物学等先进技术的联合研究策略 | 对虾青素合成关键基因功能、双功能酶作用机制及代谢通量调控等核心问题的认知仍不完善 | 深入研究虾青素生物合成的代谢机制并提高其产量 | 法夫酵母中的虾青素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 多组学技术、基因组编辑、蛋白质结构-活性分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Phaffia rhodozyma(法夫酵母) | 虾青素生物合成代谢途径 | 营养保健品、水产养殖、化妆品 |
1265 | 2025-10-05 |
Self-pigmenting textiles grown from cellulose-producing bacteria with engineered tyrosinase expression
2025-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02194-3
PMID:38565971
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研究论文 | 本研究通过基因工程改造纤维素生产菌株,开发出能够自主产生黑色素的细菌纤维素材料 | 首次将酪氨酸酶基因工程引入纤维素生产细菌,实现自着色纺织品的生物制造,并结合光遗传学进行图案化控制 | NA | 开发可持续的纺织品染色方法,替代传统染色工艺 | 工程化细菌纤维素材料 | 合成生物学 | NA | 基因工程、光遗传学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Komagataeibacter rhaeticus | 酪氨酸酶表达系统、光控基因表达系统 | 纺织工业, 材料科学 |
1266 | 2025-10-05 |
Combining systems and synthetic biology for in vivo enzymology
2024-Nov, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00251-w
PMID:39322757
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研究论文 | 开发了一种结合系统生物学和合成生物学的通用方法,用于在活体细胞内测量酶动力学参数 | 首次在酿酒酵母中通过合成类胡萝卜素途径,在真实细胞条件下测量酶动力学参数,揭示了体内外参数的差异 | 仅针对类胡萝卜素途径中的特定酶进行研究,方法在其他酶系统中的应用仍需验证 | 开发在真实细胞环境中测量酶动力学参数的方法 | 八氢番茄红素合成酶和三种八氢番茄红素去饱和酶 | 合成生物学 | NA | 代谢组学、通量组学、蛋白质组学 | NA | 代谢物浓度、通量、蛋白质表达数据 | 一系列经过工程改造的酿酒酵母菌株 | 合成生物学工具 | 酿酒酵母 | 合成类胡萝卜素途径,通过调控香叶基香叶基焦磷酸合酶表达来模拟底物浓度变化 | 基础研究 |
1267 | 2025-10-05 |
Angle-controllable RNA tiles for programable array assembly and RNA sensing
2025-Apr-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58938-5
PMID:40253384
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研究论文 | 本研究开发了角度可控的RNA瓦片用于可编程阵列组装和RNA传感 | 通过整合反平行交叉和T型连接点,首次实现了65度或90度可控角度的RNA瓦片设计,显著扩展了人工设计多链RNA瓦片的多样性 | NA | 开发可编程自组装的RNA纳米结构以构建功能化生物材料 | 人工设计的RNA瓦片和RNA适配体 | 合成生物学 | NA | RNA纳米技术,荧光传感 | NA | 结构设计数据,荧光数据 | 22种不同的RNA瓦片 | NA | NA | 多链RNA瓦片阵列,集成split broccoli RNA适配体的线性阵列传感系统 | 生物材料,分子工程 |
1268 | 2025-10-05 |
Synthesis as an Expanding Resource in Human Milk Science
2021-08-04, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.1c05599
PMID:34296874
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综述 | 本文探讨合成化学在人类母乳科学中的应用,特别是均质人乳寡糖(HMOs)的合成方法 | 整合化学合成、化学酶法和合成生物学方法制备HMOs及机制探针,推动母乳科学研究从描述性向功能研究转变 | 未提及具体实验数据或合成规模限制 | 开发人乳寡糖的合成方法以促进母乳科学的功能研究 | 人乳寡糖(HMOs)及其机制探针 | 合成化学 | NA | 化学合成、化学酶法、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
1269 | 2025-10-05 |
Tetracycline-controllable artificial microRNA-HOTAIR + EZH2 suppressed the progression of bladder cancer cells
2017-Jul-25, Molecular bioSystems
DOI:10.1039/c7mb00202e
PMID:28671703
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研究论文 | 本研究构建了四环素可控的人工microRNA-HOTAIR+EZH2系统,并验证其通过抑制HOTAIR和EZH2表达延缓膀胱癌细胞进展 | 首次发现EZH2表达与膀胱癌TNM分期和预后无关但具有促癌功能,并利用合成生物学技术开发了首个四环素可控的双靶点人工microRNA系统 | 未明确说明实验样本的具体数量和来源,缺乏体内实验验证 | 探究EZH2在膀胱癌中的生物学功能并开发新型基因调控治疗方法 | 膀胱癌细胞 | 合成生物学 | 膀胱癌 | 合成生物学技术,基因表达调控 | NA | 基因表达数据,细胞功能实验数据 | NA | 人工microRNA设计 | 膀胱癌细胞 | 四环素可控的双靶点基因调控电路,可同时靶向HOTAIR和EZH2基因 | 医学 |
1270 | 2025-10-05 |
Genome-wide exploration: Evolution, structural characterization, molecular docking, molecular dynamics simulation and expression analysis of sugar transporter (ST) gene family in potato (Solanum tuberosum)
2025-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究对马铃薯糖转运蛋白基因家族进行了全基因组探索,包括进化分析、结构表征、分子对接、分子动力学模拟和表达分析 | 首次在马铃薯中系统鉴定61个糖转运蛋白基因,通过分子对接和动力学模拟识别最佳糖转运复合物,并整合合成生物学方法开发糖转运蛋白介导的遗传回路 | NA | 深入理解马铃薯糖转运蛋白的结构功能及其在糖积累中的作用 | 马铃薯糖转运蛋白基因家族 | 生物信息学 | NA | 全基因组分析、分子对接、分子动力学模拟、RNA-seq、同线性分析 | 3D蛋白质建模 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质结构数据 | 61个马铃薯糖转运蛋白基因 | 合成生物学方法 | 马铃薯 | 糖转运蛋白介导的遗传回路 | 农业 |
1271 | 2025-10-05 |
RmZHD Surface-Displayed Escherichia coli for High Efficiency and Low-Cost Degradation of Zearalenone
2025-Apr-21, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.4c01994
PMID:40080174
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研究论文 | 本研究构建了表面展示RmZHD的工程化大肠杆菌,用于高效低成本降解玉米赤霉烯酮 | 首次将新型玉米赤霉烯酮水解酶RmZHD通过表面展示技术构建于大肠杆菌,无需额外操作即可实现高效降解 | NA | 开发一种环境友好且适用于工业规模的玉米赤霉烯酮处理方法 | 玉米赤霉烯酮及其衍生物(玉米赤霉酮、β-玉米赤霉醇、α-玉米赤霉烯醇、β-玉米赤霉烯醇) | 合成生物学 | NA | 表面展示技术 | NA | NA | NA | 表面展示 | 大肠杆菌 | 酶表面展示系统 | 环境, 农业, 食品 |
1272 | 2025-10-05 |
Development and construction of a novel Bacillus subtilis autoinducible extracellular expression system based on a LuxI/R device
2025-Apr-19, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02719-8
PMID:40251612
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研究论文 | 本研究开发了一种基于LuxI/R群体感应系统的新型枯草芽孢杆菌自诱导胞外表达系统 | 首次通过工程化感知模块启动子SPluxI序列和响应模块启动子RPluxIR6的lux box拷贝数来增强lux系统在枯草芽孢杆菌中的自诱导表达 | NA | 开发高效的枯草芽孢杆菌自诱导胞外表达系统 | 枯草芽孢杆菌表达系统 | 合成生物学 | NA | 群体感应系统工程、启动子工程、发酵技术 | NA | 酶活性数据、发酵数据 | 摇瓶发酵和3-L发酵罐实验 | 启动子工程 | 枯草芽孢杆菌 | 基于LuxI/R群体感应系统的自诱导表达回路,包含感知模块和响应模块 | 工业生物技术 |
1273 | 2025-04-21 |
Current application and future prospects of CRISPR-Cas in lactic acid Bacteria: A review
2025-May, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.116315
PMID:40253208
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综述 | 本文综述了CRISPR-Cas系统在乳酸菌工程中的当前应用及未来前景 | 探讨了CRISPR-Cas系统在乳酸菌基因组编辑、代谢工程和合成生物学中的革命性应用及其在食品科学中的创新潜力 | 当前基因组编辑工具耗时且劳动密集型,限制了乳酸菌作为发酵食品功能增强剂的潜力开发 | 利用CRISPR-Cas系统推动乳酸菌研究及食品科学创新 | 乳酸菌(LABs) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1274 | 2025-10-05 |
Engineering electrogenetic interfaces for mammalian cell control
2025-Apr-17, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2025.01.003
PMID:39879984
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研究论文 | 本文概述了设计直接电遗传接口以控制治疗工程哺乳动物细胞行为的研究 | 提出了电遗传学这一新兴概念,探索数字电子设备产生的电子如何编程活细胞内的电子响应生物单元 | NA | 设计直接电遗传接口控制哺乳动物细胞行为 | 治疗工程哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 电遗传学 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 电子响应生物单元 | 医学 |
1275 | 2025-10-05 |
Activation of Caged Functional RNAs by An Oxidative Transformation
2025-Apr-14, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202401056
PMID:39740778
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研究论文 | 本研究展示了通过氧化处理激活含有2-硫代尿苷的功能性RNA分子 | 首次利用2-硫代尿苷的氧化脱硫反应实现RNA功能的可控激活,拓展了RNA作为环境响应性功能聚合物的应用 | NA | 开发通过氧化转化激活笼状功能性RNA的方法 | 功能性RNA(适配体和核酶) | 合成生物学 | NA | 氧化脱硫技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 氧化响应型RNA开关 | 医学, 合成生物学 |
1276 | 2025-10-05 |
p-Hydroxycinnamic Acids: Advancements in Synthetic Biology, Emerging Regulatory Targets in Gut Microbiota Interactions, and Implications for Animal Health
2025-Apr, The Journal of nutrition
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.tjnut.2025.01.034
PMID:39900184
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综述 | 本文综述了对羟基肉桂酸的合成生物学进展、与肠道微生物的相互作用机制及其对动物健康的影响 | 强调对羟基肉桂酸与肠道微生物相互作用的复杂机制,并探索其合成生物学的最新进展 | NA | 探讨对羟基肉桂酸的生物活性、与肠道微生物相互作用及其对动物健康的影响 | 对羟基肉桂酸及其与肠道微生物的相互作用 | 合成生物学 | NA | 生物合成技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品, 动物饲料 |
1277 | 2025-10-05 |
Pepticombisomes: Biomimetic Vesicles Crafted From Recombinant Supercharged Polypeptides with Uniformly Distributed Side-Chains
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411497
PMID:39985267
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研究论文 | 本文介绍了一种新型仿生囊泡pepticombisomes,通过重组超带电多肽与表面活性剂自组装形成 | 开发了具有均匀聚合度、组成和序列的pepticombs作为超分子构建模块,能精确模拟膜厚度和柔韧性 | NA | 开发能更好模拟天然细胞膜特性的仿生膜结构 | 基于重组弹性蛋白样超带电多肽的仿生囊泡 | 合成生物学 | NA | 显微镜技术、分子动力学模拟 | NA | NA | NA | 重组蛋白技术 | NA | 自组装膜结构 | 生物技术 |
1278 | 2025-10-05 |
Integrated Metabolomic and Transcriptomic Analysis Reveals the Molecular Regulatory Mechanism of Gamma-Aminobutyric Acid Accumulation in White Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) in Response to Dark and Ultrasound Stress
2025-Mar-28, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods14071186
PMID:40238367
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研究论文 | 通过整合代谢组和转录组分析揭示白藜麦在黑暗和超声波胁迫下γ-氨基丁酸积累的分子调控机制 | 首次系统阐明黑暗和超声波胁迫下藜麦中GABA积累的分子通路,发现两条GABA合成途径分别涉及谷氨酸脱羧酶和醛脱氢酶 | 未进行基因功能验证实验,分子调控网络需要进一步确认 | 探究黑暗和超声波胁迫下藜麦中GABA积累的分子调控机制 | 白藜麦(Chenopodium quinoa Willd.) | 植物分子生物学 | NA | 转录组分析,代谢组分析 | NA | 基因表达数据,代谢物数据 | 经过不同胁迫处理的藜麦样品 | NA | 藜麦 | NA | 农业,合成生物学 |
1279 | 2025-10-05 |
Metabolic Engineering of Yarrowia lipolytica for Enhanced De Novo Biosynthesis of Icaritin
2025-Apr-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00754
PMID:40106718
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研究论文 | 本研究通过代谢工程改造解脂耶氏酵母,实现了黄酮类化合物淫羊藿苷元的从头生物合成 | 通过整合EsPT和OsOMTm合成途径、优化甲羟戊酸途径提高DMAPP供应、采用截断策略优化酶催化效率,将ICT产量提升至247.02 mg/L,创下目前微生物合成最高产量纪录 | NA | 开发高效的淫羊藿苷元微生物合成方法 | 解脂耶氏酵母工程菌株 | 合成生物学 | 肝癌 | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 代谢工程 | 解脂耶氏酵母 | 淫羊藿苷元合成途径,包含EsPT和OsOMTm基因,甲羟戊酸途径优化 | 医药 |
1280 | 2025-10-05 |
ON-OFF nanopores for optical control of transmembrane ionic communication
2025-Mar, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-024-01823-x
PMID:39838209
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研究论文 | 通过将α-溶血素蛋白孔与芳基偶氮吡唑光开关共价修饰,开发出可在不同波长光照下在离子电阻器和二极管模式间转换的'光孔' | 创建了首个通过正交波长光照在电阻器和二极管模式间切换的光控纳米孔,实现了仅依赖波长而非强度的电流调控 | NA | 开发纳米级光开关蛋白以实现跨膜通信的精确时空控制 | α-溶血素蛋白孔与芳基偶氮吡唑光开关的复合物 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、光控技术 | NA | 电生理数据、光学数据 | NA | 蛋白质共价修饰 | NA | 光控离子通道、分子二极管 | 合成生物学、神经科学、生物电子学 |