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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2025-10-05 |
Antibiotic conjugates: Using molecular Trojan Horses to overcome drug resistance
2025-May, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118007
PMID:40268370
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综述 | 本文综述了利用'特洛伊木马'策略开发抗生素偶联物以克服细菌耐药性的研究现状 | 系统总结了三种抗生素偶联物(单克隆抗体、抗菌肽和铁载体)的作用机制及临床前/临床证据 | 抗生素偶联物的临床转化仍面临多重障碍 | 开发新型抗菌疗法以应对多重耐药细菌感染 | 抗生素与生物活性成分(单克隆抗体、抗菌肽、铁载体)的偶联物 | NA | 细菌感染 | 基因工程、合成生物学、生物信息学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 1302 | 2025-05-07 |
Phosphorothioate-Modified Hairpin G-Triplex Reporter-Assisted Split CRISPR/Cas12a-Powered Biosensor for "Turn-On" Fluorescent Detection of Nucleic Acid and Non-Nucleic Acid Targets
2025-Apr-24, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00140
PMID:40270429
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research paper | 开发了一种基于CRISPR/Cas12a和硫代磷酸酯修饰的G-三链体报告基因的“开启”型荧光生物传感器,用于核酸和非核酸靶标的高灵敏度检测 | 首次探索了硫代磷酸酯修饰的G-四链体和G-三链体序列与硫黄素T结合在分裂CRISPR/Cas12a系统中产生“开启”荧光信号的新现象,并开发了相应的生物传感器 | 未提及在更复杂样本中的实际应用效果及可能的干扰因素 | 开发高灵敏度、低背景的“开启”型荧光生物传感器,用于核酸和非核酸靶标的检测 | 核酸靶标(miRNA-21)和非核酸靶标(卡那霉素) | 合成生物学传感技术 | NA | CRISPR/Cas12a系统,硫代磷酸酯修饰技术,荧光检测 | SCas12a/psHG3系统 | 荧光信号数据 | 未明确说明具体样本数量,但检测限达到100 fM(miRNA-21)和100 pM(卡那霉素) | NA | NA | NA | NA |
| 1303 | 2025-10-05 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development
2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols
DOI:10.1101/pdb.top108468
PMID:40268305
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在玉米胚胎发育研究中的协同应用 | 首次将单细胞RNA测序与空间转录组学技术相结合研究玉米胚胎发育,实现基因表达模式在单细胞分辨率和空间背景下的协同分析 | 单细胞技术缺乏已知细胞标记物难以识别特定细胞簇,空间转录组学通常无法达到单细胞分辨率且检测到的转录本较少 | 研究玉米胚胎发育的基因表达模式和调控网络 | 玉米胚胎发育过程 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 玉米 | NA | 农业 |
| 1304 | 2025-10-05 |
Multi-Omics Analyses Reveal the Red and Far-Red Light Combination Enhancing Heterologous Protein and Metabolite Production in Nicotiana benthamiana
2025-Apr-23, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15573
PMID:40269597
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了红与远红光组合能显著提高本氏烟草中异源蛋白和代谢物的产量 | 首次系统研究不同光质对本氏烟草瞬时表达效率的影响,发现红与远红光组合能显著提升异源蛋白和代谢物产量 | 研究仅针对本氏烟草和特定异源产物,未验证在其他植物或蛋白体系中的普适性 | 探究光质对植物瞬时表达系统效率的影响机制 | 本氏烟草植株及其表达的绿色荧光蛋白和紫杉二烯代谢物 | 植物合成生物学 | NA | 转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 分子生物学数据、组学数据 | 五种不同光质处理下的本氏烟草植株 | 农杆菌浸润 | 本氏烟草 | 异源蛋白表达和代谢物合成途径 | 工业生物技术 |
| 1305 | 2025-10-05 |
Combining diffusion and transformer models for enhanced promoter synthesis and strength prediction in deep learning
2025-Apr-22, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00183-25
PMID:40105319
|
研究论文 | 本研究结合扩散模型和Transformer模型,开发了一种用于合成启动子设计和强度预测的深度学习平台 | 首次将扩散模型应用于启动子设计,并结合Transformer模型进行强度预测,相比传统方法能生成更接近天然启动子的合成序列 | NA | 开发高效的合成启动子设计和筛选方法,优化外源基因表达和代谢通路效率 | 合成启动子序列及其转录活性 | 合成生物学 | NA | 深度学习 | 扩散模型, Transformer, CNN, 变分自编码器 | 启动子序列数据 | NA | NA | 模型细菌, 蓝细菌 | 合成启动子设计 | 工业生物技术 |
| 1306 | 2025-10-05 |
Microalgae-based vaccines for aquaculture
2025-Apr-22, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.04.001
PMID:40268646
|
综述 | 本文介绍基于微藻的口服疫苗在水产养殖中的应用及其免疫益处 | 提出微藻口服疫苗的合理化设计理念,结合合成生物学与鱼类免疫代谢研究推动疫苗创新 | NA | 探讨微藻疫苗在水产养殖中增强鱼类免疫力和控制疾病的作用 | 水产养殖鱼类 | 合成生物学 | 水产动物疾病 | 口服疫苗技术 | NA | NA | NA | NA | 微藻 | 疫苗抗原设计 | 农业 |
| 1307 | 2025-10-05 |
Electron transfer engineering of artificially designed cell factory for complete biosynthesis of steroids
2025-Apr-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58926-9
PMID:40258825
|
研究论文 | 通过阐明NADPH依赖酶的电子传递机制,系统改造酿酒酵母细胞工厂实现胆固醇和孕烯醇酮的高效生物合成 | 首次系统阐明NADPH依赖酶的电子传递机制,并通过缩短和稳定电子传递链显著加速去质子化和质子耦合电子传递过程 | NA | 提高类固醇化合物的生物合成效率 | 酿酒酵母细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 电子传递工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 电子传递链工程、NADPH再生途径、碳流导向的电子传递组件 | 医药, 工业生物技术 |
| 1308 | 2025-10-05 |
Characterization of a 4'-O-rhamnosyltransferase and de novo biosynthesis of bioactive steroidal triglycosides from Paris polyphylla
2025-Apr-14, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101257
PMID:39844466
|
研究论文 | 本研究从重楼中鉴定出4'-O-鼠李糖基转移酶UGT73DY2,阐明了甾体皂苷糖链生物合成机制,并通过合成生物学方法成功构建了地奥司宁生物合成系统 | 首次发现并表征了特异性催化甾体二糖苷4'-O-鼠李糖基化的UGT73DY2酶,通过半理性设计获得活性提升的突变体,并成功在烟草中重建了甾体三糖苷生物合成途径 | 未明确说明工程化系统的稳定性和规模化应用潜力 | 阐明重楼甾体皂苷糖链生物合成机制并开发替代生产方法 | 重楼(Paris polyphylla)中的甾体皂苷及其生物合成酶 | 合成生物学 | NA | 酶催化、分子动力学模拟、亚细胞定位分析、代谢工程 | NA | 酶学数据、分子模拟数据、代谢产物数据 | NA | 代谢工程,合成生物学 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | 甾体三糖苷生物合成途径,包含14个生物合成基因的共表达系统 | 医药 |
| 1309 | 2025-10-05 |
Treatment of neurological pathology and inflammation in Machado-Joseph disease through in vivo self-assembled siRNA
2025-Mar-06, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae304
PMID:39315766
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过体内自组装siRNA治疗马查多-约瑟夫病神经病理和炎症的新方法 | 利用合成生物学策略将宿主肝脏重编程为组织底盘,实现siRNA的体内自组装和靶向递送 | 研究仅在YACMJD84.2转基因小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发针对SCA3疾病的有效治疗方法 | YACMJD84.2转基因小鼠模型 | 合成生物学 | 神经系统疾病 | siRNA技术、合成生物学 | NA | NA | YACMJD84.2转基因小鼠 | 合成生物学方法 | 小鼠 | 由巨细胞病毒启动子引导的合成构建体,编码神经元靶向的狂犬病毒糖蛋白标签和mATXN3-siRNA | 医学 |
| 1310 | 2025-10-05 |
Advancing CRISPR base editing technology through innovative strategies and ideas
2025-Mar, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2699-5
PMID:39231901
|
综述 | 本文聚焦CRISPR平台系统中非DSB编辑器BE和PE的发展与创新,探讨了改进策略及其在基因编辑技术中的应用前景 | 系统阐述了“替换”、“组合”、“适应”和“调整”等创新策略在BE和PE开发中的应用,并总结了CRISPR技术创新的思维突破 | NA | 推动CRISPR碱基编辑技术的发展,实现理想化编辑器的开发 | CRISPR平台系统中的非DSB编辑器(BE和PE) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因编辑技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学, 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 1311 | 2025-10-05 |
Customizable gene sensing and response without altering endogenous coding sequences
2025-Mar, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01733-y
PMID:39266721
|
研究论文 | 开发了一种在不改变内源基因编码序列的情况下整合遗传生物传感器的方法 | 通过将单导RNA插入基因终止子区域激活下游电路,避免了对内源基因编码序列的修改 | NA | 开发可定制的基因传感和响应系统 | CHO-K1细胞中的细胞应激传感器和效应器 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | 数学模型 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | CHO-K1细胞 | 基因传感器和效应器平台,可条件性激活抗凋亡蛋白BCL-2 | 生物制造, 细胞命运控制, 细胞治疗 |
| 1312 | 2025-10-05 |
Bioengineering lipid-based synthetic cells for therapeutic protein delivery
2025-Feb, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.08.004
PMID:39209601
|
综述 | 探讨基于脂质的合成细胞作为治疗性蛋白质递送平台的设计原理、功能特性及转化潜力 | 结合合成生物学与药物递送原理,利用脂质双层构建具有组织特异性靶向和免疫逃逸功能的刺激响应型合成细胞 | NA | 开发用于治疗性蛋白质递送的合成细胞平台 | 基于脂质的合成细胞 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成系统 | NA | NA | NA | NA | NA | 区室化蛋白质合成系统 | 医药 |
| 1313 | 2025-10-05 |
Temporal Loss of Genome-Wide and Immunogenetic Diversity in a Near-Extinct Parrot
2025-May, Molecular ecology
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/mec.17746
PMID:40130423
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研究论文 | 本研究通过基因组分析追踪极度濒危的橙腹鹦鹉在长期演化过程中基因组多样性和免疫基因多样性的丧失 | 结合高质量长读长参考基因组与古今样本(最早可追溯至1829年)进行全基因组比较分析,首次量化了该物种基因组多样性的时间性衰退 | 样本量有限(当代样本N=19,历史样本N=16),且仅关注了Toll样受体基因的等位基因变化 | 评估橙腹鹦鹉的基因组侵蚀和免疫遗传多样性下降状况,为保护该濒危物种提供科学依据 | 橙腹鹦鹉(Neophema chrysogaster)的古今基因组样本 | 保护基因组学 | 病毒、细菌和真菌感染性疾病 | 长读长测序、全基因组重测序 | NA | 基因组序列数据 | 35个样本(19个当代样本,16个历史样本) | 合成生物学 | NA | NA | 环境保护 |
| 1314 | 2025-10-05 |
Ultrasound-Energized OX40L-Expressing Biohybrid for Multidimensional Mobilization of Sustained T Cell-Mediated Antitumor Immunity and Potent Sono-Immunotherapy
2025-Apr-23, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c02025
PMID:40200836
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研究论文 | 开发一种超声激活的生物混合系统,通过合成生物学工程化细菌表达OX40L并集成声敏剂,实现多维激活T细胞介导的抗肿瘤免疫治疗 | 首次将超声激活的纳米佐剂与共刺激免疫增强剂整合于活体生物治疗平台,实现级联放大的多维免疫激活 | NA | 开发新型癌症声免疫治疗策略,实现持久抗肿瘤免疫应答 | 工程化细菌生物混合系统及其抗肿瘤免疫效应 | 合成生物学 | 肿瘤 | 合成生物学、超声技术 | NA | 实验数据 | NA | 合成生物学 | 细菌 | 表达OX40配体融合蛋白的生物传感器系统 | 医学 |
| 1315 | 2025-10-05 |
Comparative Analysis of Codon Optimization Tools: Advancing toward a Multi-Criteria Framework for Synthetic Gene Design
2025-Apr-10, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2411.11066
PMID:40223268
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研究论文 | 对常用密码子优化工具进行综合比较分析,提出多标准框架用于合成基因设计 | 首次系统比较多种密码子优化工具的性能差异,并提出整合多参数的综合优化框架 | 研究仅评估了部分工业相关靶蛋白,未涵盖所有可能的蛋白质类型和宿主系统 | 评估不同密码子优化工具的性能差异,建立更有效的合成基因设计框架 | 密码子优化工具(JCat、OPTIMIZER、ATGme、GeneOptimizer、TISIGNER、IDT)和工业相关靶蛋白 | 合成生物学 | NA | 密码子优化,重组蛋白表达 | NA | 基因序列数据,蛋白质表达数据 | 多种工业相关靶蛋白在E. coli、S. cerevisiae和CHO细胞中的表达评估 | 密码子优化工具 | E. coli, S. cerevisiae, CHO细胞 | 密码子优化策略,合成基因设计 | 工业生物技术,医药 |
| 1316 | 2025-10-05 |
Engineering carbon assimilation in plants
2025-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13825
PMID:39783795
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综述 | 本文综述了通过合成生物学和基因工程等方法优化植物碳同化过程的研究进展 | 整合合成生物学、基因工程、代谢通路优化和人工智能等多种技术来创建具有更高效光合作用能力的植物 | NA | 优化植物碳同化过程,提高光合作用效率 | 植物碳同化过程,特别是CBB循环和RuBisCO酶 | 合成生物学 | NA | 合成生物学, 基因工程, 代谢通路优化, 人工智能 | NA | NA | NA | NA | 植物, 藻类, 蓝细菌 | 碳固定通路优化,包括CBB循环改进和替代通路引入 | 农业 |
| 1317 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology Strategies and Tools to Modulate Photosynthesis in Microbes
2025-Mar-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26073116
PMID:40243859
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综述 | 总结合成生物学在调控蓝藻和微藻光合作用方面的最新进展与挑战 | 系统阐述通过合成生物学增强光能吸收、优化电子传递链和改善碳同化的创新策略,并提出AI辅助代谢工程等解决方案 | 遗传修饰在规模化生物生产中面临菌株稳定性、代谢负担和工艺可扩展性等瓶颈 | 通过合成生物学手段提升微生物光合作用效率 | 蓝藻和微藻等光合微生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 蓝藻, 微藻 | 光能吸收系统, 电子传递链, 碳同化途径 | 能源, 环境, 工业生物技术 |
| 1318 | 2025-10-05 |
New strategies to study in depth the metabolic mechanism of astaxanthin biosynthesis in Phaffia rhodozyma
2025-Mar, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2344578
PMID:38797672
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综述 | 本文综述了法夫酵母中虾青素生物合成的代谢机制研究现状,并提出了前沿研究方法 | 提出整合多组学、基因组编辑、蛋白质结构与功能分析及合成生物学等先进技术的联合研究策略 | 对虾青素合成关键基因功能、双功能酶作用机制及代谢通量调控等核心问题的认知仍不完善 | 深入研究虾青素生物合成的代谢机制并提高其产量 | 法夫酵母中的虾青素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 多组学技术、基因组编辑、蛋白质结构-活性分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Phaffia rhodozyma(法夫酵母) | 虾青素生物合成代谢途径 | 营养保健品、水产养殖、化妆品 |
| 1319 | 2025-10-05 |
Self-pigmenting textiles grown from cellulose-producing bacteria with engineered tyrosinase expression
2025-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02194-3
PMID:38565971
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研究论文 | 本研究通过基因工程改造纤维素生产菌株,开发出能够自主产生黑色素的细菌纤维素材料 | 首次将酪氨酸酶基因工程引入纤维素生产细菌,实现自着色纺织品的生物制造,并结合光遗传学进行图案化控制 | NA | 开发可持续的纺织品染色方法,替代传统染色工艺 | 工程化细菌纤维素材料 | 合成生物学 | NA | 基因工程、光遗传学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Komagataeibacter rhaeticus | 酪氨酸酶表达系统、光控基因表达系统 | 纺织工业, 材料科学 |
| 1320 | 2025-10-05 |
Combining systems and synthetic biology for in vivo enzymology
2024-Nov, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00251-w
PMID:39322757
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研究论文 | 开发了一种结合系统生物学和合成生物学的通用方法,用于在活体细胞内测量酶动力学参数 | 首次在酿酒酵母中通过合成类胡萝卜素途径,在真实细胞条件下测量酶动力学参数,揭示了体内外参数的差异 | 仅针对类胡萝卜素途径中的特定酶进行研究,方法在其他酶系统中的应用仍需验证 | 开发在真实细胞环境中测量酶动力学参数的方法 | 八氢番茄红素合成酶和三种八氢番茄红素去饱和酶 | 合成生物学 | NA | 代谢组学、通量组学、蛋白质组学 | NA | 代谢物浓度、通量、蛋白质表达数据 | 一系列经过工程改造的酿酒酵母菌株 | 合成生物学工具 | 酿酒酵母 | 合成类胡萝卜素途径,通过调控香叶基香叶基焦磷酸合酶表达来模拟底物浓度变化 | 基础研究 |