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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-04-13 |
Data storage and retrieval with unnatural proteins expressed via E. coli
2026-Feb-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70061-7
PMID:41764153
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研究论文 | 本研究通过将数字数据编码为氨基酸序列并整合到胶原样蛋白模板中,利用大肠杆菌表达非天然蛋白质进行数据存储,并通过胰蛋白酶消化和LC-MS/MS分析实现数据检索 | 开发了一种基于非天然蛋白质的数据存储和检索框架,利用胶原样蛋白模板和选择性氨基酸与精氨酸间隔实现高稳定性数据存储,并支持随机访问和加密数据保护 | 未提及具体的数据存储容量限制或表达效率的量化分析 | 建立基于蛋白质的数据存储和检索系统 | 非天然蛋白质和数据存储技术 | 合成生物学 | NA | LC-MS/MS分析、胰蛋白酶消化 | NA | 数字数据编码的氨基酸序列 | NA | 大肠杆菌表达系统 | 大肠杆菌 | 胶原样蛋白模板用于数据编码 | 数据存储、合成生物学、蛋白质工程 |
| 122 | 2026-04-13 |
Using the Droplet Transfer Method to Reliably Prepare Giant Unilamellar Vesicles
2025-09-19, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68340
PMID:41052083
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研究论文 | 本文介绍了一种可靠制备巨型单层囊泡(GUVs)的液滴转移方法,并提供了详细的实验协议和关键参数分析 | 提出了针对GUV制备中关键参数的系统性指南,包括成本有效的氧气和湿度控制措施,以及一次性去除油相的简便方法 | 方法可能因不同磷脂和油的选择而需要调整,且对初学者可能存在学习曲线 | 优化GUVs的制备方法,以促进其在合成生物学和微机器人等领域的应用 | 巨型单层囊泡(GUVs)的制备过程 | 合成生物学 | NA | 液滴转移方法(倒置乳液法) | NA | 实验协议 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 微机器人 |
| 123 | 2026-04-13 |
Bacterial Metallostasis: Metal Sensing, Metalloproteome Remodeling, and Metal Trafficking
2024-Dec-25, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00264
PMID:39658019
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综述 | 本文综述了细菌金属稳态的机制,包括金属感应、金属蛋白质组重塑和金属运输过程 | 提供了金属感应蛋白和金属感应核糖开关多样性的综合视角,并探讨了其在合成生物学和生物技术应用中的选择性利用 | 作者指出在金属稳态理解方面仍存在知识空白,需要更多研究来填补 | 探讨细菌如何维持金属稳态以确保金属蛋白质组的功能完整性和适应性 | 细菌的金属感应机制、金属蛋白质组和金属运输系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 合成生物学, 生物技术 |
| 124 | 2026-04-13 |
A Genetic Engineering Toolbox for the Lignocellulolytic Anaerobic Gut Fungus Neocallimastix frontalis
2023-04-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00502
PMID:36920337
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研究论文 | 本文开发了一种用于厌氧肠道真菌Neocallimastix frontalis的遗传工程工具箱,实现了其瞬时转化 | 首次发现厌氧真菌具有天然DNA摄取能力,并基于此开发了包含多种选择标记、报告蛋白、启动子、终止子和核定位标签的遗传工具箱 | 目前仅实现了瞬时转化,稳定转化体系尚未建立;遗传工具数量仍有限 | 开发厌氧真菌的遗传操作工具以促进其在生物技术中的应用 | 厌氧肠道真菌Neocallimastix frontalis | 合成生物学 | NA | 遗传转化、基因组学分析 | NA | 基因组数据、实验验证数据 | NA | CRISPR-Cas9(潜在应用,文中未明确使用),遗传转化体系 | Neocallimastix frontalis(厌氧真菌) | NA | 能源、环境、工业生物技术 |
| 125 | 2026-04-13 |
Advances in the Computational Design of Small-Molecule-Controlled Protein-Based Circuits for Synthetic Biology
2022-May, Proceedings of the IEEE. Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI:10.1109/JPROC.2022.3157898
PMID:36531560
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综述 | 本文回顾了合成生物学中基于计算蛋白质设计的小分子控制蛋白质电路的最新进展,特别关注Rosetta软件套件的应用 | 利用计算蛋白质设计技术,特别是Rosetta软件,开发模块化和可调谐的传感器,以克服天然传感器库有限和与工程电路接口困难的限制 | NA | 设计可编程输入-输出行为的生物分子电路,以解决医疗和可持续性领域的全球挑战 | 蛋白质基传感器和小分子输入 | 合成生物学 | NA | 计算蛋白质设计 | NA | NA | NA | Rosetta | NA | 传感器模块与功能输出耦合的电路,包括蛋白质级电路或靶基因表达调控 | 生物医学, 代谢工程 |
| 126 | 2026-04-12 |
Gallium in liquid state shows nuclease-mimicking activity
2026-Apr-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71346-7
PMID:41963312
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研究论文 | 本文发现液态镓具有类似核酸酶的活性,能够选择性切割DNA,其机制涉及核苷酸偏向性吸附和羟基自由基辅助的磷酸二酯水解 | 液态镓首次被证明可作为无配体和辅因子的仿生核酸酶平台,其独特的氧化物层用于底物吸附,金属核心提供电子作为切割活性中心,活性可通过合成参数和外部刺激调控 | NA | 探索非生物材料模拟酶活性的最小化方法,以扩展仿生酶系统的设计空间 | 液态镓及其模拟的核酸酶活性 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 生物材料 |
| 127 | 2026-04-12 |
In Vivo Tracking Modalities for Oncolytic Reovirus: Principles, Clinical Applications, and Translational Integration
2026-Apr-10, Molecular imaging and biology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11307-026-02092-x
PMID:41963749
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综述 | 本文综述了溶瘤呼肠孤病毒(特别是Pelareorep)在体内追踪的策略,包括光学成像、核成像、MRI、超声/光声技术、分子报告基因和纳米平台,并探讨了其在临床转化中的应用 | 批判性评估了当前和新兴的体内追踪策略,强调了合成生物学报告基因、AI驱动的图像分析、生物传感器和液体活检等新兴技术,为患者特异性追踪提供了可扩展的解决方案 | 存在基因组容量有限、免疫介导的清除和信号穿透性不足等持续挑战 | 评估溶瘤呼肠孤病毒的体内追踪策略,以优化其临床转化和个性化治疗 | 溶瘤呼肠孤病毒(特别是Pelareorep)及其在癌症治疗中的应用 | 医学影像学 | 癌症 | 光学成像、核成像、MRI、超声/光声技术、分子报告基因、纳米技术平台、CRISPR驱动电路、病毒条形码 | NA | 图像、分子数据 | NA | CRISPR | NA | CRISPR驱动电路 | 医学 |
| 128 | 2026-04-12 |
Dynamic, autonomous gene expression system for self-adaptation and self-regulation in microbial production
2026-Apr-05, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108889
PMID:41942052
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综述 | 本文综述了微生物生产中用于自我适应和自我调节的动态自主基因表达系统的最新进展 | 总结了单细胞和群体水平的自主调控策略,包括代谢物响应、细胞负担响应、群体感应响应和pH响应系统,并强调反馈和前馈控制架构以实现稳定性和预测性适应 | NA | 开发能够自主优化在波动生物加工条件下性能的下一代细胞工厂 | 微生物细胞工厂 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 动态电路,包括传感、反馈和控制模块,用于维持稳态和优化代谢通量 | 工业生物技术 |
| 129 | 2026-04-12 |
Efficient Sampling of Genetically Encoded Biosensor Design Space Enabled with a Design of Experiments and Automation Workflow
2025-10-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68448
PMID:41182995
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研究论文 | 本文提出了一种结合高通量自动化和计算方法的流程,用于高效采样基于变构转录因子的生物传感器设计空间,以生成具有数字和模拟剂量响应曲线的不同配置 | 采用实验设计算法和高通量自动化平台,实现生物传感器组合设计空间的高效统计映射和分数采样,优化筛选策略 | NA | 开发和优化生物传感器系统及遗传电路,为合成生物学社区提供调控工具包 | 基于变构转录因子的生物传感器设计空间 | 合成生物学 | NA | 实验设计算法、高通量自动化平台、效应物滴定分析 | NA | 表达数据、组合设计空间映射 | NA | 自动化平台 | 微生物(如用于酶优化、菌株开发) | 基于变构转录因子的生物传感器,包括启动子和核糖体结合位点库,具有数字和模拟剂量响应曲线 | 工业生物技术、酶优化、菌株开发、微生物过程控制 |
| 130 | 2026-04-11 |
Double-edged sword: Aspergillus flavus as a threat to food safety and a resource for biotechnology
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108848
PMID:41730464
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综述 | 本文综述了黄曲霉作为食品安全威胁与生物技术资源的双重角色,重点探讨了其多样化的次级代谢产物及其调控机制 | 将黄曲霉重新定义为具有双重用途的生物体,既关注其生物安全风险,又强调其作为可开发化学多样性资源的潜力 | NA | 综合当前对黄曲霉多样化次级代谢组的认识,并探讨其在生物技术中的应用前景 | 黄曲霉及其次级代谢产物 | NA | NA | 真菌基因组学、代谢组学、基因组挖掘 | NA | NA | NA | CRISPR, 合成生物学平台 | NA | NA | 医药, 农业 |
| 131 | 2026-04-11 |
Engineering Escherichia coli for high-level poly(3-hydroxybutyrate) production: Recent advances and future perspective
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108858
PMID:41765153
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综述 | 本文综述了工程化大肠杆菌用于高效生产聚(3-羟基丁酸酯)的关键进展,并强调了增强其作为可持续生物塑料生产底盘潜力的新兴策略 | 总结了通过优化前体供应、增强还原力、微调途径表达等合成生物学和代谢工程策略,显著提升PHB产量的最新进展 | NA | 工程化大肠杆菌以实现高水平PHB生产,支持可持续生物塑料需求 | 大肠杆菌作为微生物底盘,用于生产聚(3-羟基丁酸酯) | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、发酵 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 大肠杆菌 | 代谢途径优化,包括糖酵解途径工程、引入还原甘氨酸和苏氨酸旁路途径、删除竞争途径、phasin表达、启动子优化和辅因子再生策略 | 工业生物技术, 环境 |
| 132 | 2026-04-11 |
From biopolymers to microcompartments: A structured review of protein-based scaffolds for enzyme immobilization
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108851
PMID:41765154
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综述 | 本文对用于酶固定的蛋白质基支架进行了结构化综述,涵盖从天然生物聚合物到工程化蛋白质支架,再到细菌微区室等新兴平台 | 采用分层视角系统梳理了酶固定化支架的发展历程,特别强调了细菌微区室在空间精度、选择性渗透性和多酶途径封装方面的独特优势,并指出合成生物学最新进展对其设计潜力的提升 | 作为一篇综述文章,主要总结现有研究进展,未提出新的实验数据或具体技术方案 | 探讨用于酶固定的蛋白质基支架的结构与功能多样性,以指导未来支架设计并拓宽生物催化的应用范围 | 酶固定化支架,包括生物聚合物、有机基质、无机载体、工程化蛋白质支架及细菌微区室 | 合成生物学 | NA | 酶固定化技术、蛋白质工程、合成生物学工具 | NA | NA | NA | 正交外壳工程、模块化货物招募 | 细菌 | 多酶级联反应、合成代谢途径、无细胞系统 | 工业生物技术、医药 |
| 133 | 2026-04-11 |
Engineering microbial cell factories for succinic acid biomanufacturing: Challenges and perspectives
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108861
PMID:41791685
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综述 | 本文系统评述了用于琥珀酸生物制造的微生物细胞工厂的工程化策略、挑战与前景 | 提供了关于菌株开发和生物过程整合的多学科视角,为设计高效微生物细胞工厂和加速生物基琥珀酸的商业化提供了战略框架 | NA | 评估和推进用于生物基琥珀酸生产的微生物细胞工厂的设计与商业化 | 用于琥珀酸生产的微生物平台(包括一些细菌和酵母) | 合成生物学 | NA | 系统生物学、代谢建模、过程工程、合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | 细菌, 酵母 | 天然和异源生物合成途径的理性设计 | 工业生物技术 |
| 134 | 2026-04-11 |
Engineering chaperone/usher pathway pili for surface display: Structural constraints, design principles, and biotechnological potential
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108865
PMID:41819295
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综述 | 本文系统分析了基于伴侣蛋白/菌毛组装蛋白(CU)途径菌毛的细菌表面展示平台的结构约束、设计原则及生物技术潜力 | 通过统一的结构框架重新解读先前的展示策略,提炼出定义工程可塑性的保守设计原则,并提出了将CU菌毛扩展为多功能可调表面展示平台的实用工程方法 | NA | 为评估可行性及指导CU菌毛展示系统的理性工程提供结构引导的框架 | 大肠杆菌、沙门氏菌和鼠疫耶尔森菌中结构特征明确的CU菌毛 | 合成生物学 | NA | 蛋白结构预测 | NA | 结构数据 | NA | NA | 革兰氏阴性细菌 | 细菌表面展示平台 | 生物技术 |
| 135 | 2026-04-11 |
Synthetic biology-engineered immunotherapies: Precision control of immune responses
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108871
PMID:41864375
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综述 | 本文综述了合成生物学在精准免疫疗法中的应用,重点讨论了如何通过工程化细胞系统来克服现有免疫治疗的局限性 | 利用合成生物学设计可编程的细胞系统,实现逻辑门控激活和反馈控制的细胞因子分泌等上下文依赖的免疫功能,从而增强治疗的特异性和可调性 | NA | 探讨合成生物学如何推动精准免疫疗法的发展,以治疗癌症和免疫疾病 | 合成生物学工程化的免疫疗法,特别是可编程的细胞系统 | 合成生物学 | 癌症、自身免疫性疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成免疫回路,包括设计的受体、模块化信号通路和逻辑门控激活、反馈控制的细胞因子分泌等 | 医学 |
| 136 | 2026-04-11 |
Engineering cis- and trans-acting RNA regulators for next-generation prokaryotic synthetic biology
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108882
PMID:41921585
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综述 | 本文综述了用于下一代原核合成生物学的顺式和反式RNA调控器,强调了它们在基因表达控制中的工程应用 | 提出了一个面向工程师的框架,围绕转录终止、翻译起始和mRNA稳定性三个可操作控制点,整合计算和AI辅助建模以提升可预测性和可移植性 | 主要基于大肠杆菌为中心的实施,可能在其他原核生物中的适用性有限 | 推动RNA调控成为下一代原核合成生物学中常规、可工程化的控制层 | 原核生物(如细菌)中的RNA调控器 | 合成生物学 | NA | RNA调控技术,包括5' UTR和RBS工程、核糖开关、核酶、合成小RNA和基于CRISPR的RNA靶向工具 | NA | NA | NA | CRISPR, 核糖开关, 核酶 | 大肠杆菌 | 顺式和反式RNA调控器,用于构建复杂和响应性细菌系统,如逻辑门和生物传感器 | 工业生物技术 |
| 137 | 2026-04-11 |
Engineering synthetic biology sensors with artificial intelligence: From programmable circuits to next-generation biosensing
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108874
PMID:41881285
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综述 | 本文系统综述了人工智能如何推动合成生物学传感器从理性设计向AI驱动预测的转变,并提出了一个连接AI算法与DBTL周期的框架 | 首次建立了AI算法与DBTL周期的系统性框架,并提出了AI驱动工作流的三个核心前沿:AI引导的传感器元件设计、AI辅助的信号处理以及AI驱动的闭环优化 | 存在“现实差距”和“小数据困境”等未解决的障碍 | 探讨人工智能在合成生物学传感器设计与优化中的应用,推动其向稳健、可部署的智能传感系统发展 | 合成生物学传感器 | 合成生物学 | NA | 人工智能算法 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, BioBrick, iGEM | 哺乳动物细胞 | 生物传感器、逻辑门、振荡器 | 环境、医学、食品安全、工业生物技术 |
| 138 | 2026-04-11 |
Recent advances in pathway engineering for the biosynthesis of 1,4-butanediol
2026-Apr-10, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13816-y
PMID:41961299
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综述 | 本文综述了1,4-丁二醇生物合成途径工程的最新进展、面临的挑战及未来方向 | 系统评估了三种主要的体内生物合成途径(CoA依赖途径、木质纤维素衍生糖分解途径和氨基酸分解途径)的理性优化策略,以及体外全细胞转化和酶级联反应两种生物转化系统的建立 | 工业规模化生产仍受限于未解决的细胞内分解代谢、宿主耐受性限制以及次优的经济可行性 | 实现1,4-丁二醇的可持续生物基生产 | 1,4-丁二醇的生物合成途径与工程化微生物 | 合成生物学 | NA | 酶工程、动态代谢调控策略、多组学分析 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 微生物 | CoA依赖途径、木质纤维素衍生糖分解途径、氨基酸分解途径 | 工业生物技术, 能源, 材料 |
| 139 | 2026-04-11 |
Prolyl hydroxylase-dependent proteolysis enables the orthogonal hypoxia responses in plants
2026-Apr-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71366-3
PMID:41957032
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法在拟南芥中构建了一个三组分系统,实现了依赖氧气的蛋白质降解,以探索植物与动物对缺氧响应的相同机制 | 首次在植物中构建了基于脯氨酰羟化酶的氧气依赖性蛋白质降解系统,并证明其能部分恢复缺氧不敏感突变体的缺氧响应能力 | 合成系统仅能部分恢复缺氧响应,且在实际应用(如作物改良)中的效果仍需进一步验证 | 探索植物与动物对缺氧响应的共同机制,并开发用于作物胁迫条件改良的工具 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana) | 合成生物学 | NA | 合成生物学工程 | NA | NA | NA | NA | 拟南芥(Arabidopsis thaliana) | 三组分氧气依赖性蛋白质降解系统 | 农业 |
| 140 | 2026-04-11 |
Analysis and engineering of quorum sensing-based communications between bacteria and fungi
2026-Apr-08, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03838-25
PMID:41801051
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综述 | 本文综述了基于群体感应的细菌与真菌间通讯机制,分析了其在微生物网络组装和生态系统功能中的作用,并探讨了通过合成生物学策略重新编程这些相互作用的工程化前景 | 首次系统性地总结和分析了细菌与真菌间基于群体感应的跨物种通讯机制,并对比了自然范式与合成生物学设计策略,为模块化控制微生物群落提供了蓝图 | 该领域现有认识仍较为零散,缺乏系统性总结,且对某些特定环境或物种组合的相互作用机制理解尚不深入 | 全面分析和工程化改造基于群体感应的细菌与真菌间通讯,以促进对复杂微生物相互作用的解析并增强工程化微生物群落的能力 | 细菌与真菌间的群体感应通讯系统及其介导的相互作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 启动子工程, 定向进化 | 细菌, 真菌 | 群体感应系统, 生物传感器 | 工业生物技术, 环境, 医药 |