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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-06-17 |
Synthetic biology as a game-changer for endangered medicinal orchids: biosynthesis, engineering and conservation
2026-Jun-02, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d6np00027d
PMID:42300065
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综述 | 本文综述了合成生物学如何通过模块化设计、异源重构和代谢工程等手段,推动濒危药用兰花的可持续利用与保护 | 创新性地将合成生物学引入濒危药用兰花保护领域,通过解耦供应与生态提取实现可持续生产,并整合多组学、人工智能和基因编辑加速工程化循环 | 未明确讨论合成生物学应用的潜在生态风险或大规模生产的经济可行性 | 探讨合成生物学在濒危药用兰花生物合成、工程化及保护中的变革性作用 | 濒危药用兰花及其高价值代谢物(如天麻素、石斛碱) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、异源表达、定向进化、多组学、基因编辑、人工智能 | NA | 多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | 微生物(如大肠杆菌、酿酒酵母)、植物底盘 | 生物合成途径模块化设计、振荡器、生物传感器、代谢途径 | 医药、农业、工业生物技术 |
| 122 | 2026-06-17 |
The division of vesicles requires the fission of closed membrane necks but does not require active processes
2026-Jun-02, Soft matter
IF:2.9Q2
DOI:10.1039/d6sm00283h
PMID:42300069
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研究论文 | 通过理论、实验和模拟分析,证明囊泡分裂需要闭合膜颈的裂变,但不需要主动过程 | 首次明确表明囊泡分裂不需要化学机械耦合的主动过程(如核苷酸水解),仅需闭合膜颈的形成与裂变,并提出了由自发曲率或应力不对称控制收缩力的机制 | 主要基于作者团队的研究结果,可能未涵盖所有类型的囊泡分裂机制;主动过程在自然界中的角色未被完全排除 | 阐明囊泡分裂的物理机制,并验证其是否依赖于主动过程 | 巨型囊泡和纳米囊泡的膜分裂过程 | 软物质科学、合成生物学 | NA | NA | 理论模型、计算机模拟 | 实验数据、模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、软物质工程 |
| 123 | 2026-06-17 |
p-Benzoyl-l-phenylalanine as a Multifunctional Noncanonical Amino Acid in Synthetic Biology: Photoprobing, Photocatalysis, and Structural Programming for Biocontainment
2026-03-16, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202525502
PMID:41664298
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综述 | 系统总结p-苯甲酰-L-苯丙氨酸作为多功能非经典氨基酸在合成生物学中用于光探测、光催化和生物防护结构编程的研究进展 | 首次全面阐述pBzF的三重态光化学特性及其在蛋白质工程中的多功能应用,包括光交联、光催化及构建人工光合系统 | 未提及实际应用中可能存在的细胞毒性、光损伤或体内转化效率限制 | 综述pBzF在合成生物学中作为光化学和结构基序的多样化应用,为构建非天然光响应催化功能蛋白提供框架 | p-苯甲酰-L-苯丙氨酸及其在蛋白质工程中的应用案例 | 合成生物学 | NA | 非经典氨基酸定向进化、遗传密码扩展 | NA | NA | NA | 非经典氨基酸定向进化 | NA | 光响应蛋白、光催化系统、人工光合系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 124 | 2026-06-17 |
Recognition of Non-standard Base Pairs by Triplex-Forming Oligonucleotides Containing an Expanded Genetic Alphabet
2026-Feb-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8652009/v1
PMID:41756467
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研究论文 | 本文利用人工扩展遗传信息系统中的核碱基,扩展了三链形成寡核苷酸对非标准碱基对的识别能力 | 首次通过人工扩展遗传信息系统中的核碱基,在三链形成寡核苷酸中实现了对含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA的中性pH下纳摩尔级亲和力识别,并发现了至少12种新的模块化三碱基组合 | 未提及 | 扩展三链形成寡核苷酸对双链DNA的序列特异性识别空间,克服天然核碱基在靶点序列和酸性条件上的限制 | 人工扩展遗传信息系统中的核碱基、三链形成寡核苷酸、双链DNA(含标准、损伤或合成碱基对) | 分子医学、合成生物学 | NA | 人工扩展遗传信息系统 | NA | NA | 120种三碱基组合 | NA | NA | NA | 分子医学、合成生物学、核酸纳米技术 |
| 125 | 2026-06-17 |
Transmembrane Transport of cAMP and AMP Using a Two Component Small Molecule Transport System
2026-01-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202524663
PMID:41367116
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研究论文 | 报道首个在生理pH下利用中性双组分系统辅助环磷酸腺苷和磷酸腺苷穿过脂质体膜转运的研究 | 首次实现中性小分子系统对环磷酸腺苷和磷酸腺苷的跨膜转运,采用磷酸基团靶向合成阴离子载体与胸腺嘧啶衍生物协同作用提高转运效率 | 仅基于脂质体模型验证,未在活细胞体系中测试,且转运机制细节尚需进一步阐明 | 开发小分子系统实现核苷酸跨膜转运,探索在药物递送和合成生物学中的应用 | 环磷酸腺苷和磷酸腺苷的跨膜转运过程 | 合成生物学 | NA | 荧光检测、磷核磁共振 | NA | 实验数据 | 未明确样本数量,涉及脂质体模型和多种小分子化合物 | NA | 脂质体(模拟膜系统) | 双组分小分子转运系统:合成阴离子载体(氟化方酰胺)与胸腺嘧啶衍生物协同作用 | 药物递送, 合成生物学 |
| 126 | 2026-06-17 |
Discovery of a Heme-Dependent Enzyme Catalyzing Nitrogen-Nitrogen Bond Formation in Kinamycin Biosynthesis
2025-12-08, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202513778
PMID:41137433
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研究论文 | 发现了在kinamycin生物合成中催化氮-氮键形成的一种新型血红素依赖酶Alp1J | 首次发现了一种属于新家族的血红素依赖酶Alp1J催化氮-氮键形成,并揭示了其与铁氧还蛋白Alp1I形成稳定复合物保护辅因子及催化活性的机制 | 未明确提及局限性 | 揭示kinamycin生物合成中氮-氮键形成的酶学机制 | Alp1J酶及其伴侣铁氧还蛋白Alp1I | NA | NA | 诱变、生物化学研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 127 | 2026-06-17 |
Sticky enzymes: increased metabolic efficiency via substrate-dependent enzyme clustering
2025-Sep, PRX life
DOI:10.1103/99bt-4ss4
PMID:42281556
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研究论文 | 提出一种通过底物依赖性酶聚集提高代谢效率的自我组织策略 | 首次提出可通过底物可利用性调控酶的“粘性”以实现接近最优大小和间距的酶簇自我组织,从而显著提高代谢通量并降低毒性代谢物 | 主要基于数学模型研究,缺乏体内实验验证;实际细胞环境中酶粘性的变构调控机制需进一步探索 | 探索一种超越现有自然和工程酶簇范式的自我组织策略,以提高代谢效率 | 简单代谢通路中的酶簇 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 数学建模, 热力学约束分析 | NA | 数学模拟数据 | NA | NA | NA | 底物依赖性相分离酶簇 | 合成生物学, 代谢工程 |
| 128 | 2026-06-17 |
When good guides go bad: empirical evaluation of all unique Cas9 protospacers in E. coli reveal widespread functionality and rules for gRNA design
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.651106
PMID:40475487
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研究论文 | 通过评估大肠杆菌中近50万个独特gRNA的活性,揭示了Cas9靶向的广泛功能性及gRNA设计规则 | 首次大规模实验评估了所有独特Cas9原型间隔序列,发现93%以上的gRNA具有功能性,并识别出非功能性gRNA的自我相互作用特征,提出了简单设计规则进行排除 | 研究仅针对大肠杆菌K12 MG1655基因组,未验证其他细菌或真核宿主中的通用性 | 解决关于Cas9 gRNA特异性的矛盾报道,为微生物合成生物学提供功能性和非功能性gRNA的全面评估及实验流程 | 大肠杆菌K12 MG1655基因组中的独特gRNA | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, NGS | NA | DNA序列 | 近500,000个独特gRNA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | Cas9靶向系统 | 工业生物技术,医药 |
| 129 | 2026-06-17 |
Sticky enzymes: increased metabolic efficiency via substrate-dependent enzyme clustering
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.05.622105
PMID:39574612
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研究论文 | 提出底物依赖性酶聚集可增加代谢效率的数学建模研究 | 提出通过相分离酶的自组织形成近乎最优大小和间距的簇,且酶的“粘性”受局部底物可用性调节,实现按需聚集 | 主要在理论模型和计算模拟层面,缺乏实验验证实际细胞中该机制的可实现性 | 探索代谢途径中酶自发组织成高效簇的策略以提高代谢效率 | 简单代谢途径中的酶簇自组织行为 | 机器学习 | NA | 数学建模、热力学约束分析 | 数学模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | 底物依赖性酶聚集回路 | 合成生物学, 代谢工程 |
| 130 | 2026-06-16 |
Engineered bacteria in disease diagnosis and therapy: A synthetic biology perspective
2026-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2026.04.028
PMID:42293685
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综述 | 这篇综述从合成生物学角度总结了工程菌在疾病诊断和治疗中的应用进展 | 系统梳理了合成生物学技术(如CRISPR/Cas9、DNA组装、定向进化及人工智能集成)如何赋能工程菌作为“活体传感器”和定制化治疗载体,并讨论了提升安全性和有效性的工程策略 | 工程菌的临床转化仍面临稳定定植、免疫原性控制、大规模生产标准化及监管伦理框架等挑战 | 优化细菌功能以拓展其在诊断和精准医学中的潜力 | 工程菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, DNA组装, 定向进化, 人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | 生物传感器, 靶向药物递送, 免疫调控, 微生物组调节 | 医学 |
| 131 | 2026-06-16 |
Identification of a thermotolerant strain of Aureobasidium melanogenum DA22 and functional analysis of Spt23 as a key transcriptional regulator in high-temperature polymalic acid fermentation
2026-Oct, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134956
PMID:42176819
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研究论文 | 鉴定了一株耐热菌株 Aureobasidium melanogenum DA22,并分析了转录调控因子 Spt23 在高温聚苹果酸发酵中的关键作用 | 发现并鉴定了天然耐热菌株 DA22,并过表达膜相关转录因子 SPT23 基因构建耐热微生物细胞工厂,在高温下显著提高聚苹果酸产量 | 未说明长期工业化条件下的稳定性和成本效益 | 构建耐热微生物细胞工厂,实现高温下高效有机酸生产 | 耐热菌株 Aureobasidium melanogenum DA22 及转录因子 Spt23 | 合成生物学 | NA | 过量表达、基因敲除、RT-qPCR、发酵工程 | NA | 生长曲线、发酵滴度、基因表达水平、形态观察 | 筛选120株野生型分离株,其中DA22为耐热菌株 | 过量表达、基因敲除 | Aureobasidium melanogenum | 过表达SPT23基因的合成生物学回路,用于增强耐热性和有机酸生产 | 工业生物技术 |
| 132 | 2026-06-16 |
Xeno nucleic acids (XNAs): advances in synthesis, diagnostics, and therapeutics
2026-Sep-05, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2026.110000
PMID:42160832
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综述 | 全面综述异源核酸(XNA)的合成、表征及其在诊断和治疗中的应用 | 系统性地概述了多种异源核酸变体的合成方法、结构特性及临床转化潜力,强调其在分子诊断和精准医学中的变革性作用 | 当前面临可规模化合成、有效递送系统及全面结构-功能理解的挑战 | 总结异源核酸(XNA)的化学修饰、合成方法、表征技术及生物医学应用 | 锁核酸、肽核酸、己糖醇核酸、氟阿拉伯糖核酸、吗啉代寡聚体等异源核酸变体 | 分子生物学、生物技术 | NA | 磷酰胺化学法、工程聚合酶酶促合成法、热熔融分析、圆二色光谱、核磁共振、质谱、测序方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学(精准医学、分子诊断、治疗)、生物技术 |
| 133 | 2026-06-16 |
Deep learning unlocks sequence-divergent synthetic promoters to empower Streptomyces natural product engineering
2026-Jul, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.05.009
PMID:42208848
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研究论文 | 利用深度学习设计序列发散的合成启动子,增强链霉菌天然产物工程 | 首次为链霉菌建立AI生成的启动子库,深度学习赋能设计效率、序列多样性和性能精确调控 | NA | 开发深度学习驱动的合成启动子设计方法,克服链霉菌遗传工具开发的限制,提升天然产物产量 | 链霉菌合成启动子及其对天然产物工程的影响 | 机器学习 | NA | 深度学习,深度生成模型 | NA | 序列数据 | 10亿个计算机设计的启动子序列,其中100个候选启动子经实验验证 | NA | 链霉菌 | 合成启动子文库 | 工业生物技术,医药 |
| 134 | 2026-06-16 |
Bioconjugation Strategies for Revealing the Roles of Glycerophospholipids in Cells
2026-Jun-15, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.70428
PMID:42287618
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综述 | 综述了用于揭示甘油磷脂在细胞中作用的生物共轭策略 | 整合了化学全合成、生物正交化学、活细胞成像等多种跨学科方法,为脂质功能研究和治疗创新提供新路径 | 仅总结现有方法,未提出新的实验设计或突破性技术 | 探索甘油磷脂在细胞中的复杂功能及代谢机制 | 甘油磷脂及其类似物 | 合成生物学 | NA | 生物正交化学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 135 | 2026-06-16 |
Adaptive evolution of oxidosqualene cyclases driving triterpene scaffold diversification for limonoid biosynthesis in Melia toosendan
2026-Jun-15, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101965
PMID:42289993
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研究论文 | 本研究通过染色体级别基因组组装和功能分析,揭示了川楝中氧化角鲨烯环化酶的适应性进化驱动柠檬苦素生物合成三萜骨架多样化的分子机制 | 首次发现川楝中OSC基因家族通过新功能化产生11种不同三萜骨架,并鉴定出4个关键氨基酸残基替换足以切换产物特异性,揭示了正向选择驱动代谢创新的分子基础 | 研究主要基于瞬时表达和系统发育分析,尚需更全面的体内功能验证和晶体结构解析,且替代途径的生理意义仍需进一步阐明 | 阐明植物中三萜骨架多样化的适应性进化分子机制 | 川楝(Melia toosendan)中的氧化角鲨烯环化酶基因家族 | 生物信息学 | NA | 染色体级别基因组组装, NGS, 瞬时表达 | NA | 基因组序列, 代谢物谱 | 1个川楝品种的基因组和14个OSC基因 | NA | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | NA | 合成生物学,农业(植物源杀虫剂) |
| 136 | 2026-06-16 |
Substrate Specificity of B12-Depedent Ribonucleotide Reductases: Biotechnology and Metabolic Implications
2026-Jun-15, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500344
PMID:42290402
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研究论文 | 研究了两类热稳定性核糖核苷酸还原酶对多种天然和非天然核苷酸的底物特异性,评估其生物技术应用潜力 | 首次系统性地研究了核糖核苷酸还原酶对非经典核苷酸的底物特异性,发现酶倾向于转化带有修饰官能团的核苷碱基底物,揭示了生物技术和合成生物学应用中的潜力与限制 | 仅聚焦于两种热稳定性RNR,未涵盖其他来源或类型的RNR;对非天然核苷酸的转化效率及体内应用验证不足 | 探索核糖核苷酸还原酶的底物混杂性及其在生物技术中的应用潜力,同时增进对天然核苷酸代谢的理解 | 两种热稳定性核糖核苷酸还原酶及其对多种天然和非天然核苷酸的转化 | 合成生物学 | NA | 酶活性测定、底物特异性分析 | NA | 实验数据(酶动力学参数) | 两种热稳定性核糖核苷酸还原酶,测试了多种核苷酸底物 | NA | NA | NA | 生物技术、合成生物学 |
| 137 | 2026-06-16 |
Harnessing natural variation for photosynthetic improvement in next-generation crop breeding
2026-Jun-15, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70317
PMID:42290551
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综述 | 本文综述了利用自然遗传变异改善光合作用的策略,以支持下一代作物育种 | 整合自然遗传变异与合成生物学和光合遗传工程的互补方法,提出优化光合作用以提升作物产量和抗逆性的战略框架 | 未详细讨论具体田间验证结果和长期环境适应性挑战 | 探索通过自然变异和现代生物技术优化光合作用,提升作物产量潜力和气候适应性的策略 | 作物光合性状的自然遗传变异及其分子调控机制 | 农业生物技术 | NA | 光合遗传工程、合成生物学 | NA | 综述文献数据 | NA | 合成生物学 | 作物 | 光合代谢通路优化 | 农业 |
| 138 | 2026-06-16 |
A Modular PLUG-IN Photosynthetic Chassis With Tunable Thermal Control for Mammalian Systems
2026-Jun-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76102
PMID:42294635
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研究论文 | 开发一种热调控的模块化“即插即用”光合底盘,实现微藻代谢输出与细胞完整性的可编程控制 | 首次实现跨真核生物界的热调控模块化合成生物学底盘,在微藻和哺乳动物宿主中均保持功能,并耦合代谢工程与细胞壁工程实现无研磨脂质回收 | 未明确讨论热诱导系统在长期培养中的稳定性及可能的代谢负担,未评估大规模工业应用中的热控制成本 | 开发一种与哺乳动物系统兼容的热调控光合底盘,同步控制生长、生产与细胞壁重构 | 海洋微藻(Nannochloropsis oceanica)和哺乳动物宿主 | 合成生物学 | NA | 转录组学比较分析、热诱导启动子工程、基因沉默 | NA | 转录组数据 | NA | 热激活基因扩增系统、基因沉默 | Nannochloropsis oceanica, 哺乳动物细胞 | 热调控代谢模块(AtWRI1表达增强三酰甘油和EPA积累)与细胞壁模块(CesA1沉默导致细胞壁弱化)耦合 | 工业生物技术, 医药 |
| 139 | 2026-06-16 |
From fermentation to pharmabiotics: engineering kefir-derived Lactobacillus for targeted intratumoral immunotherapy in colorectal Cancer
2026-Jun-14, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.117032
PMID:42289150
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综述 | 探讨将开菲尔中乳酸菌转化为工程活生物治疗药物,用于结直肠癌的靶向瘤内免疫治疗 | 提出从发酵到药物的流程,利用合成生物学改造开菲尔乳酸菌,使其能够靶向肿瘤缺氧区域并原位释放纳米抗体和细胞因子,将冷肿瘤转化为热肿瘤以增强免疫治疗 | 面临生物遏制、生产和监管等转化挑战 | 开发工程化活生物治疗药物用于结直肠癌的靶向免疫治疗 | 开菲尔中的乳酸菌菌株 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 乳酸菌(开菲尔来源) | 靶向肿瘤缺氧区域的生物传感器及纳米抗体和细胞因子释放电路 | 医学 |
| 140 | 2026-06-16 |
SynBio-DSP: an integrated synthetic biology platform with fed-batch fermentation and continuous downstream processing for sustainable production of thermostable cellulases
2026-Jun-14, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-026-02783-1
PMID:42289753
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研究论文 | 开发了一种整合合成生物学、机器学习引导的生物过程优化和连续下游处理的平台,用于可持续生产耐热纤维素酶 | 首次提出了QLM自诱导系统和CRISPRi介导的细胞壁弱化策略,并结合高斯过程回归和高通量微型生物反应器优化发酵,以及新型脉冲电场辅助协同裂解系统实现高效酶回收 | sfGFP融合导致比活性降低8.3%,可能需要进一步优化融合标签设计 | 通过协同优化细胞设计和工艺配置,实现可持续且经济可行的生物催化剂生产 | 枯草芽孢杆菌底盘细胞以及超耐热纤维素酶CtCel9A | 合成生物学 | NA | 合成生物学、CRISPRi、高通量发酵、响应面法、多目标优化 | 高斯过程回归、响应面法、NSGA-III算法 | 实验数据和过程参数 | NA | CRISPR-Cas9, 脉冲电场 | 枯草芽孢杆菌 | 群体感应裂解调制自诱导系统和CRISPRi介导的细胞壁弱化回路 | 工业生物技术, 能源 |