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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
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1401 | 2025-10-05 |
Engineering Plasmids with Synthetic Origins of Replication
2025-Feb-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639468
PMID:40027650
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研究论文 | 本研究通过重构天然pMB1复制起点,开发了具有可定制拷贝数和正交兼容性的合成复制起点质粒系统 | 创建了可调节拷贝数的合成复制起点,开发了使用合成RNA调节器实现独立拷贝控制的兼容性起点,并构建了6种正交SynORI质粒库 | 目前仅在E. coli中进行了为期一周的验证,尚未在其他微生物宿主中进行测试 | 开发具有可调性和模块化特性的合成质粒复制系统 | 质粒复制起点和合成RNA调节器 | 合成生物学 | NA | 质粒工程、合成生物学方法 | NA | NA | 6种正交SynORI质粒在E. coli中共同维持一周 | 合成生物学方法 | E. coli | 合成复制起点、RNA调节器、可响应环境信号的多路拷贝报告系统 | 工业生物技术 |
1402 | 2025-10-05 |
Organelle-Specific Smart Supramolecular Materials for Bioimaging and Theranostics Application
2024-Nov-28, Topics in current chemistry (Cham)
DOI:10.1007/s41061-024-00483-8
PMID:39607460
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综述 | 总结基于智能荧光团的有序纳米结构在特定细胞器中的制备方法,用于高效生物成像和癌症诊疗应用 | 利用刺激响应机制在亚细胞器原位生成分子前体并形成超分子纳米结构,实现精准生物成像 | 未提及具体实验数据验证,主要聚焦于概念总结与展望 | 开发细胞器特异性智能超分子材料用于生物成像和诊疗应用 | 亚细胞器内的超分子纳米结构 | 合成生物学 | 癌症 | 超分子自组装 | NA | 荧光成像数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
1403 | 2025-10-05 |
From specialization to broad adoption: Key trends in droplet microfluidic innovations enhancing accessibility to non-experts
2025-Mar, Biomicrofluidics
IF:2.6Q2
DOI:10.1063/5.0242599
PMID:40046719
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观点文章 | 概述提高液滴微流控系统稳健性和可访问性的最新进展 | 探讨商业化和自主研发设备如何共同推动液滴微流控技术向非专业用户的普及 | 商业解决方案的适应性通常受限于内部开发设备 | 促进液滴微流控技术在非专业实验室中的广泛应用 | 液滴微流控技术平台及其操作流程 | 微流控技术 | NA | 液滴生成、试剂添加、分裂、洗涤、孵育、分选和分配 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 分析应用、单细胞研究、合成生物学、定向进化、诊断 |
1404 | 2025-10-05 |
DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae409
PMID:39162313
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研究论文 | 开发了一种结合Transformer和GCN的深度学习模型DeepEnzyme,通过整合蛋白质序列和三维结构特征来预测酶转换数 | 首次将Transformer与图卷积网络结合,利用蛋白质三维结构特征提升对低序列相似度酶的kcat预测鲁棒性 | NA | 提高酶转换数(kcat)预测的准确性和鲁棒性 | 酶蛋白 | 机器学习 | NA | 深度学习 | Transformer, GCN | 蛋白质序列数据,三维结构数据 | NA | NA | NA | NA | 蛋白质工程,合成生物学 |
1405 | 2025-10-05 |
Biosynthesis of Cytosporones in Leotiomycetous Filamentous Fungi
2024-03-06, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.3c14066
PMID:38386630
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研究论文 | 本研究揭示了子囊菌门真菌中细胞孢酮类化合物的生物合成途径 | 发现了细胞孢酮生物合成基因簇,阐明了S型芳香环环化机制和结构多样性生成机制 | 仅针对特定子囊菌门真菌进行研究,未涉及其他真菌类群 | 解析细胞孢酮类聚酮化合物的生物合成途径 | 子囊菌门丝状真菌及其细胞孢酮生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、组合生物合成、体外酶重构 | NA | 基因组数据、酶学数据 | 特定子囊菌门真菌 | 组合生物合成 | 子囊菌门丝状真菌 | 聚酮合酶对协作组装S型酰基二羟基苯乙酸核心结构 | 医药 |
1406 | 2025-10-05 |
Nucleic Acid Framework-Enabled Spatial Organization for Biological Applications
2025-Feb-27, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.4c00164
PMID:40041004
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综述 | 本文总结了核酸框架在生物应用中的空间组织功能,重点介绍DNA折纸和四面体DNA纳米结构在生物传感、成像和纳米医学等领域的应用 | 系统阐述核酸框架在二维和三维空间组织中的独特优势,及其在仿生蛋白质/生物膜和无机纳米粒子可控合成中的创新应用 | NA | 探讨核酸框架在生物技术领域的空间组织功能和应用前景 | 核酸框架(DNA折纸和四面体DNA纳米结构)及其生物医学应用 | 纳米技术 | NA | DNA纳米技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 纳米技术 |
1407 | 2025-10-05 |
Designer mammalian living materials through genetic engineering
2025-Jun, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.02.007
PMID:40034809
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综述 | 探讨通过基因工程策略构建具有定制化功能和空间排列的哺乳动物活体材料的最新进展 | 提出结合由内而外和由外而内细胞工程方法的协同作用,实现前所未有的细胞排列控制和可定制治疗功能 | NA | 开发具有定制化细胞功能和空间排列的哺乳动物活体材料 | 哺乳动物细胞密集材料和细胞组装体 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、合成生物学工具箱 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | 定制化细胞功能电路、空间排列控制电路 | 医学、组织工程 |
1408 | 2025-10-05 |
Crystal Structure and Mutagenesis of an XYP Subfamily Cyclodipeptide Synthase Reveal Key Determinants of Enzyme Activity and Substrate Specificity
2024-11-19, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.4c00505
PMID:39475147
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研究论文 | 本研究解析了XYP亚家族环二肽合成酶BcmA的晶体结构并通过定点突变揭示了影响酶活性和底物选择性的关键残基 | 首次报道BcmA的晶体结构,并通过结构比较和系统定点突变鉴定了控制酶活性和底物选择性的关键决定因素 | NA | 阐明BcmA酶活性和底物选择性的结构基础和决定因素 | XYP亚家族环二肽合成酶BcmA及其底物特异性 | 结构生物学 | NA | 晶体结构解析、定点突变 | NA | 结构数据、突变分析数据 | NA | 定点突变 | NA | NA | 合成生物学 |
1409 | 2025-10-05 |
Living material assembly of bacteriogenic protocells
2022-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05223-w
PMID:36104562
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研究论文 | 开发基于细菌捕获的原细胞活材料组装方法,构建具有高复杂度和多功能的人工细胞 | 提出细菌源性的活材料组装策略,实现内源性构建膜结合、分子拥挤且结构复杂的合成细胞 | NA | 推进人工细胞自下而上的自发构建,解决生物与非生物物质界面的组织复杂性和功能多样性问题 | 细菌菌落、凝聚微滴、合成细胞 | 合成生物学 | NA | 活材料组装、共凝聚微滴技术 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 膜结合结构、DNA-组蛋白核样凝聚物、膜化水泡、F-肌动蛋白原细胞骨架网络 | 合成生物学, 生物技术 |
1410 | 2025-10-05 |
Current and future techniques for detecting oxytocin: Focusing on genetically-encoded GPCR sensors
2022-01-15, Journal of neuroscience methods
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.jneumeth.2021.109407
PMID:34763021
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综述 | 本文全面回顾了神经科学中检测催产素的现有方法,并讨论了未来催产素传感器的发展方向 | 系统比较了不同催产素检测技术的优缺点,并提出了下一代传感器的发展原则 | NA | 评估当前催产素检测技术并指导未来传感器开发 | 催产素检测方法和技术 | 神经科学 | NA | 基因编码GPCR传感器 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
1411 | 2025-10-05 |
Promoting the glycosylation of drug-like natural products in a Saccharomyces cerevisiae chassis by deletion of endogenous glycosidases
2025-Apr, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.132258
PMID:39971105
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研究论文 | 通过在酿酒酵母底盘细胞中删除内源性糖苷酶基因,提高药物样天然产物糖基化效率的研究 | 首次系统评估了删除EXG1和SPR1外切糖苷酶对天然产物糖基化效率和区域选择性的影响,并发现大环内酯糖缀合物对EXG1水解具有抗性 | 仅测试了18种糖苷配基中的13种显示出改善效果,未涵盖所有天然产物类型 | 提高天然产物及其类似物的糖基化效率和区域选择性 | 苯二酚内酯家族聚酮化合物和苯丙素类多酚 | 合成生物学 | NA | 糖基化工程、基因敲除、生物催化 | NA | 代谢产物分析数据 | 18种糖苷配基 | 基因敲除 | 酿酒酵母 | 糖基化途径工程 | 医药,营养保健品,作物保护 |
1412 | 2025-10-05 |
Synthetic evolution of Saccharomyces cerevisiae for biomanufacturing: Approaches and applications
2025-Feb, mLife
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mlf2.12167
PMID:40026576
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综述 | 本文综述了合成生物学方法在酿酒酵母进化工程中的应用及其在生物制造领域的潜力 | 系统总结了合成生物学工具在酵母进化工程中的最新进展,特别关注转录调控、模板依赖和非模板方法的综合应用 | NA | 探讨合成生物学方法在设计和工程化酿酒酵母进化中的应用 | 酿酒酵母 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、进化工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 酿酒酵母 | 转录调控电路、代谢途径工程、生物传感器 | 工业生物技术, 能源, 材料 |
1413 | 2025-10-05 |
Impact of sulfur substitution on biotin binding affinity to streptavidin
2024-09, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107600
PMID:38945086
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研究论文 | 研究硫原子替换对生物素与链霉亲和素结合亲和力的影响 | 首次系统研究将生物素四氢噻吩环替换为氧杂环或氮杂环对其结合性能的影响,并发现氮杂生物素具有pH依赖性结合特性 | 仅研究了有限的几种类似物,未进行体内验证实验 | 开发适用于合成生物学体外和体内应用的替代亲和配体 | 生物素类似物(氧杂生物素、氮杂生物素、N-甲基氮杂生物素)与链霉亲和素的相互作用 | 合成生物学 | NA | 分子动力学模拟、荧光滴定实验、晶体学分析 | NA | 分子模拟数据、荧光结合数据 | 三种生物素类似物 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
1414 | 2025-10-05 |
Rethinking cancer targeting strategies in the era of smart cell therapeutics
2022-12, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-022-00505-x
PMID:36175644
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综述 | 探讨智能细胞疗法时代下癌症靶向策略的重新思考与未来发展方向 | 提出将合成生物学与机器学习相结合的新型癌症治疗范式,通过细胞编程实现多信号识别的智能靶向 | 新兴智能细胞工程技术尚未在临床完全实施 | 重构癌症靶向治疗策略以提高精准性和有效性 | 嵌合抗原受体T细胞等基于细胞的疗法 | 合成生物学 | 癌症 | 合成回路编程、机器学习基因组数据分析 | NA | 基因组数据 | NA | 合成生物学回路 | 免疫细胞 | 多信号识别程序(肿瘤细胞内在信号和微环境信号)、局部化治疗响应系统 | 医学 |
1415 | 2025-10-05 |
Combating Infectious Diseases with Synthetic Biology
2022-02-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.1c00576
PMID:35077138
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综述 | 本文探讨了合成生物学在传染病诊断和治疗中的最新应用进展 | 重点关注活体诊疗技术的最新发展及其在传染病防治中的潜力 | NA | 开发新型传染病诊断和治疗方法 | 传染病(寄生虫、真菌、细菌和病毒感染) | 合成生物学 | 传染病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成系统和设备 | 医学 |
1416 | 2025-10-05 |
Machine learning for synthetic gene circuit engineering
2025-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103263
PMID:39874719
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综述 | 探讨机器学习在合成基因电路工程中的新兴作用及其与机理建模结合的潜力 | 提出机器学习与机理建模结合的混合方法,利用数据驱动模型的优势与基于机理模型的规范性能力 | 需要克服相关挑战才能充分发挥这些方法的潜力 | 提升合成基因电路工程从单个组件到电路层面的设计能力 | 合成基因电路及其与宿主细胞机器的相互作用 | 合成生物学 | NA | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | 能够执行操作、检测信号和调节细胞功能的工程生物电路 | 医学,能源,食品,环境 |
1417 | 2025-10-05 |
Next-generation biocontainment systems for engineered organisms
2018-06, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-018-0056-x
PMID:29769737
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综述 | 本文讨论合成生物学中用于工程生物体的新一代生物防护系统的发展 | 聚焦于利用基因回路工程、基因组编辑和基因表达调控等新兴技术开发的新型生物防护系统 | NA | 解决工程生物体在工业、临床和环境应用中可能扩散到环境中的生物安全问题 | 工程生物体和转基因材料 | 合成生物学 | NA | 基因回路工程、基因组编辑、基因表达调控 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 工程生物体 | 生物防护系统 | 工业, 临床, 环境 |
1418 | 2025-03-01 |
Next-generation biotechnology inspired by extremes : The potential of extremophile organisms for synthetic biology and for more efficient and sustainable biotechnology
2025-Feb-27, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00389-6
PMID:40016427
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1419 | 2025-10-05 |
Discovery of Cortinarius O-methyltransferases for the heterologous production of dermolutein and physcion
2025-Feb-25, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-025-02625-6
PMID:40001086
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研究论文 | 本研究通过基因组学、转录组学和合成生物学方法揭示了Cortinarius蘑菇中蒽醌类化合物dermolutein和physcion的生物合成途径 | 发现了与子囊菌非直系同源的nrPKS和OMT酶,表明担子菌中该途径的平行进化起源 | NA | 开发异源生产Cortinarius蒽醌类色素的方法 | Cortinarius semisanguineus和C. sp. KIS-3蘑菇中的蒽醌生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 基因组学, 转录组学, 合成生物学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 两种Cortinarius蘑菇物种 | NA | 酿酒酵母 | 蒽醌支架化合物emodin和endocrocin的生物合成及其甲基化途径 | 纺织, 涂料, 电子, 化妆品, 农业 |
1420 | 2025-10-05 |
Microbiome Engineering for Sustainable Rice Production: Strategies for Biofertilization, Stress Tolerance, and Climate Resilience
2025-Jan-22, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms13020233
PMID:40005600
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综述 | 本文综述了水稻微生物组的多样性、功能作用及微生物组工程策略,旨在通过微生物组工程实现可持续水稻生产 | 系统探讨微生物组工程从传统接种剂到合成生物学的发展,并提出通过微生物组塑造基因(M基因)培育抗病性状的新途径 | 微生物制剂的商业化成功受土壤特性、田间环境条件和植物基因型等多种因素限制,需要进一步探索 | 通过微生物组工程增强水稻的生物施肥、胁迫耐受性和气候适应性,实现可持续水稻生产 | 水稻微生物组(根际、叶际和内共生微生物)及其功能 | 农业生物技术 | NA | 分子生物学、合成生物学 | NA | 文献资料 | NA | NA | 水稻 | NA | 农业 |