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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
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1421 | 2025-10-05 |
Synonymous codon substitutions modulate transcription and translation of a divergent upstream gene by modulating antisense RNA production
2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405510121
PMID:39190361
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研究论文 | 本文揭示了同义密码子替换通过调控反义RNA产生影响上游基因转录和翻译的机制 | 首次发现编码序列内部的同义密码子替换可通过产生长链反义RNA影响邻近基因表达,且能绕过天然转录抑制机制 | 研究仅基于质粒系统,未在完整细菌基因组中验证;仅测试了9种重编码序列中的4种显示效应 | 探究同义密码子替换对邻近基因表达的跨基因调控作用 | 质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因和上游四环素抗性基因 | 分子生物学 | NA | 基因重编码、RNA转录分析、蛋白质表达检测 | NA | 基因表达数据、RNA测序数据、蛋白质定量数据 | 9种同义重编码的cat基因序列 | NA | 细菌 | NA | 合成生物学 |
1422 | 2025-10-05 |
De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire
2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.12.575267
PMID:38293112
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研究论文 | 本文研究从头设计的微结合剂在合成生物学传感系统中的应用潜力 | 首次证明微结合剂可替代抗体作为抗原传感器,拓展细胞工程工具的检测范围 | NA | 探索微结合剂在多种细胞工程工具中的通用性 | SARS-CoV-2刺突蛋白微结合剂和表皮生长因子受体微结合剂 | 合成生物学 | COVID-19 | 蛋白质设计 | NA | NA | NA | synNotch, SNIPR, CAR | CD8+ T细胞 | 合成受体、嵌合抗原受体 | 医学 |
1423 | 2025-10-05 |
Identification and Characterization of Two Se6OMTs from Stephania epigaea Offer Novel Insights into the Biosynthetic Pathway of Cepharanthine
2025-Feb-03, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo15020092
PMID:39997717
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研究论文 | 本研究从金线吊乌龟中鉴定并表征了两个参与头花千金藤素生物合成途径的6-O-甲基转移酶Se6OMT1和Se6OMT3 | 首次发现Se6OMT3对(R)和(S)构型的1-苄基异喹啉生物碱均具有C6、C7和C4'位点的催化活性,揭示了酶在立体异构体底物上的底物混杂性 | 未在体内验证这些酶的生物学功能,且对(R)立体异构体底物的研究仍较初步 | 阐明头花千金藤素生物合成途径中负责(R)和(S)立体异构体生产的O-甲基转移酶 | 金线吊乌龟中的三个O-甲基转移酶及其对九种(R)和(S)构型1-苄基异喹啉生物碱的催化活性 | 合成生物学 | NA | 基因克隆、酶功能表征 | NA | 生化实验数据 | 三个OMT基因,九种1-BIA底物 | 代谢工程 | 金线吊乌龟 | 头花千金藤素生物合成途径 | 医药 |
1424 | 2025-10-05 |
Harnessing Gut Microbiota for Biomimetic Innovations in Health and Biotechnology
2025-Jan-24, Biomimetics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/biomimetics10020073
PMID:39997096
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综述 | 探讨肠道微生物群作为仿生创新灵感来源在医疗和生物技术领域的应用潜力 | 系统阐述微生物群仿生学的创新潜力,包括个性化益生菌、人工微生物组和仿生生物传感器等应用 | 人工环境中微生物复杂性复制的困难、基因工程微生物的伦理问题以及先进疗法的公平获取 | 探索基于微生物群的仿生创新在医疗和生物技术领域的应用前景 | 肠道微生物群及其仿生应用 | 生物技术 | NA | 人工智能、生物工程、多组学方法、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医疗, 环境 |
1425 | 2025-10-05 |
DNAdesign: feature-aware in silico design of synthetic DNA through mutation
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf052
PMID:39891349
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研究论文 | 介绍了一个基于网络的DNA突变设计工具DNAdesign,可同时考虑DNA序列和形状特征进行突变设计 | 首次实现了同时考虑DNA序列和形状特征的突变设计,提供交互式可视化比较突变候选与野生型DNA分子 | NA | 开发能够同时考虑DNA序列和形状特征的突变设计工具 | DNA序列和形状特征 | 合成生物学 | NA | Deep DNAshape预测,扩展k-mers,物理化学编码 | NA | DNA序列数据 | NA | DNAdesign | NA | 合成增强子和转录因子结合位点设计 | 合成生物学,基因调控研究 |
1426 | 2025-10-05 |
Glucose 6-phosphate dehydrogenase variants increase NADPH pools for yeast isoprenoid production
2024-Mar, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.13755
PMID:38124687
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研究论文 | 通过改进葡萄糖6-磷酸脱氢酶变体提高酵母NADPH水平以增强类异戊二烯产量 | 首次采用基因融合策略将G6PD与下游酶6PGL或HMG-CoA还原酶融合,并通过理性诱变获得活性提高的G6PD突变体 | 融合酶活性略低于野生型酶 | 提高NADPH生成效率以增强酵母类异戊二烯生物合成 | 葡萄糖6-磷酸脱氢酶(G6PD)及其变体 | 合成生物学 | NA | 基因融合、理性诱变、遗传筛选 | NA | 酶活性数据、代谢产物产量数据 | 多种G6PD变体和融合酶构建体 | 基因融合 | 酵母 | 戊糖磷酸途径代谢工程 | 工业生物技术 |
1427 | 2025-10-05 |
Utilizing microbial metabolite in catalytic cascade synthesis of conjugated oligomers for In-Situ regulation of biological activity
2024-04, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107188
PMID:38377815
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研究论文 | 结合微生物代谢途径与钯催化过程在活体生物中原位生成具有生物活性的共轭寡聚物 | 首次将微生物发酵过程与钯催化的Heck反应结合,实现生物代谢与化学催化在活体系统中的协同作用 | NA | 开发生物代谢与化学催化相结合的新方法,用于原位调控生物活性 | 工程化大肠杆菌代谢产物与共轭寡聚物的合成 | 合成生物学 | NA | 微生物发酵、Pd催化Heck反应 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 代谢途径工程,将葡萄糖转化为苯乙烯 | 医药, 工业生物技术 |
1428 | 2025-10-05 |
Chaos in synthetic microbial communities
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010548
PMID:36215322
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研究论文 | 本研究开发了一种探索小型微生物群落中混沌动力学潜力的方法 | 首次在合成微生物群落中研究混沌行为的存在 | NA | 探索合成微生物群落中混沌行为的可能性及其控制方法 | 受资源竞争、细胞间通讯和竞争性细菌素相互作用调控的小型微生物群落 | 合成生物学 | NA | 近似贝叶斯计算 | NA | NA | NA | NA | 微生物群落 | 资源竞争、细胞间通讯和竞争性细菌素相互作用网络 | 生物技术, 生物加工, 合成生物学 |
1429 | 2025-10-05 |
Information Transmission through Biotic-Abiotic Interfaces to Restore or Enhance Human Function
2024-06-17, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.4c00435
PMID:38729914
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综述 | 本文提出了一个模块化框架,用于定义和描述生物-非生物界面的工程设计,以促进通过光或电实现信息传输,从而恢复或增强人类功能 | 开发了统一的模块化框架来系统描述生物-非生物界面工程,整合了合成生物学、材料科学和电子工程等多学科技术 | NA | 通过生物-非生物界面信息传输技术恢复或增强人类功能 | 神经元细胞、视网膜、脊髓损伤患者、神经系统 | 生物医学工程 | 脊髓损伤、视网膜盲症、神经系统疾病 | 合成生物学、电生理学、光遗传学、脑机接口 | NA | 电信号、光信号 | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 哺乳动物细胞 | 光敏感蛋白工程、神经信号控制电路、生物传感器 | 医学 |
1430 | 2025-10-05 |
Cell-free systems: A synthetic biology tool for rapid prototyping in metabolic engineering
2025 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108522
PMID:39863189
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综述 | 本文综述了无细胞系统作为合成生物学工具在代谢工程快速原型设计中的应用 | 强调无细胞系统通过体外区室化策略实现超高通量筛选,显著提高原型设计效率 | NA | 评估无细胞系统作为多功能原型设计平台的潜力 | 基因调控、酶和多酶反应系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统、体外区室化 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 基因回路、代谢途径、酶功能原型设计 | 工业生物技术、医药 |
1431 | 2025-10-05 |
On Emergence of Spontaneous Oscillations in Kombucha and Proteinoids
2025, BioNanoScience
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s12668-024-01678-5
PMID:39980746
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研究论文 | 本研究探讨康普茶和类蛋白体中的自发振荡现象及其与生命起源的潜在联系 | 首次系统比较康普茶和类蛋白体中的自发振荡现象,揭示其作为从无序到有序转变的关键机制 | 未明确说明实验样本数量和具体实验条件 | 探索生物系统中从混沌到有序的自发振荡机制及其在生命起源中的作用 | 康普茶(细菌和酵母群落)和类蛋白体(原始蛋白质形式) | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌, 酵母 | 自发振荡系统, 自组织网络 | 合成生物学, 生物技术 |
1432 | 2025-10-05 |
CRISPR-Mediated rDNA Integration and Fluorescence Screening for Pathway Optimization in Pichia pastoris
2024-Dec-26, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.4c00104
PMID:39975573
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPR的rDNA整合和荧光筛选方法(CRISPO),用于在毕赤酵母中进行多拷贝途径优化 | 建立了单步、无抗生素的多拷贝途径整合方法,利用荧光蛋白作为筛选标记可视化限速步骤 | NA | 优化异源基因和途径在毕赤酵母中的表达性能 | 香叶醇生物合成途径 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | 荧光信号,代谢产物浓度 | NA | CRISPR-Cas9 | 毕赤酵母 | 甘油诱导/葡萄糖抑制启动子(CRISPOi)和强组成型启动子(CRISPOc)驱动的荧光报告系统,甲羟戊酸途径优化 | 工业生物技术 |
1433 | 2025-10-05 |
Metabolic Engineering of Escherichia coli for the Production of l-Homoserine
2024-Apr-25, Chem & bio engineering
DOI:10.1021/cbe.3c00077
PMID:39974203
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综述 | 总结大肠杆菌生产L-高丝氨酸的系统代谢工程策略进展 | 系统总结并比较了通过阻断竞争降解途径、强化关键酶和前体、改造转运系统等代谢工程策略提高L-高丝氨酸产量的方法 | NA | 提高微生物发酵生产L-高丝氨酸的产量和效率 | 大肠杆菌代谢工程 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 代谢通路工程,包括阻断竞争降解途径、强化关键酶和前体、改造转运系统 | 工业生物技术 |
1434 | 2025-10-05 |
Artificial structural proteins: Synthesis, assembly and material applications
2024-03, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107162
PMID:38308999
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综述 | 本文总结了仿生结构蛋白质的设计生产方法、化学修饰及多尺度组装策略,并探讨其功能定制与应用前景 | 系统阐述如何通过序列和构象编码机械性能,实现从仿生到超越天然结构蛋白质性能的研究视角 | 受生物合成固有局限性和复杂宏观组装模拟难度的制约 | 开发具有优异性能的定制化结构蛋白质及组装体 | 仿生结构蛋白质及其组装体 | 合成生物学 | NA | 模块化蛋白质工程、多肽修饰 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物医学, 军事 |
1435 | 2025-10-05 |
A zinc finger transcription factor enables social behaviors while controlling transposable elements and immune response in prefrontal cortex
2024-Jan-25, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-02775-5
PMID:38272911
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研究论文 | 通过合成生物学方法改造转录因子ZFP189,揭示其在调控前额叶皮层社会行为中的关键作用 | 创建了功能相反的合成ZFP189转录因子,首次发现其对转座因子和免疫基因的调控与社会行为直接相关 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在其它物种验证 | 探究ZFP189转录因子在前额叶皮层中调控社会行为的神经生物学机制 | 小鼠前额叶皮层神经元 | 合成生物学 | NA | RNA测序、病毒载体递送 | NA | 基因表达数据、行为数据 | NA | 病毒载体 | 小鼠 | 转录调控回路 | 医学 |
1436 | 2025-10-05 |
Advances in ligand-specific biosensing for structurally similar molecules
2023-12-20, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.10.009
PMID:38128482
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综述 | 本文总结了针对结构相似分子的高特异性生物传感器系统的最新进展及其关键应用 | 聚焦于通过合成生物学策略增强遗传编码生物传感器的分子特异性,涵盖理性设计原则、高通量筛选技术和计算机辅助评估方法 | NA | 开发能够特异性识别结构相似分子的生物传感器系统 | 蛋白质、核酸和遗传编码生物传感器 | 合成生物学 | NA | 理性设计、高通量筛选、计算机辅助预测 | NA | NA | NA | NA | NA | 配体特异性生物传感器 | 医学, 环境 |
1437 | 2025-10-05 |
Engineering microbial diagnostics and therapeutics with smart control
2020-12, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2020.05.006
PMID:32563763
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综述 | 本文综述了利用合成生物学技术开发具有区域选择性和疾病响应能力的智能微生物用于诊断和治疗应用 | 通过生物传感器使微生物表达具有区域选择性和疾病响应能力的蛋白质,实现智能诊断和治疗 | NA | 探讨合成生物学技术在微生物工程中的应用,以推进生物医学领域发展 | 工程化微生物及其在诊断和治疗中的应用 | 合成生物学 | 细菌感染,癌症,炎症性疾病,代谢性疾病 | 生物传感器技术 | NA | NA | 动物模型和临床样本 | NA | 微生物 | 生物传感器,响应性表达系统 | 医学 |
1438 | 2025-10-05 |
DAPE cloning with modified primers for producing designated lengths of 3' single-stranded ends in PCR products
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0318015
PMID:39946422
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研究论文 | 介绍一种名为DAPE的新型DNA克隆方法,通过修饰引物在PCR产物中产生特定长度的3'单链末端 | 开发了能够精确控制3'突出端长度的DNA组装方法,克服传统SLIC技术无法克隆小片段DNA的限制 | NA | 开发更高效的DNA组装技术用于合成生物学 | DNA片段组装方法 | 合成生物学 | NA | PCR, 磷酸硫酯修饰, T5核酸外切酶 | NA | DNA序列数据 | NA | DAPE克隆 | NA | 多基因电路构建 | 工业生物技术 |
1439 | 2025-10-05 |
Questions and Consequences of Omics in Genetically Engineered Crop Regulation
2025-Feb, Plant-environment interactions (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/pei3.70033
PMID:39967832
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评论 | 探讨组学技术在转基因作物监管中应用的问题与影响 | 首次系统提出将组学技术整合到作物监管体系需要解决的关键问题框架 | 未提供具体实验数据验证组学技术在监管中的实际效果 | 分析组学技术应用于基因编辑和合成生物学作物监管的可行性及挑战 | 转基因作物监管政策与技术体系 | 生物技术监管 | NA | 组学技术 | NA | 监管政策数据 | NA | 基因编辑, 合成生物学 | 作物 | NA | 农业, 监管科学 |
1440 | 2025-10-05 |
Systematic molecular dissection of key intermediates in xanthones biosynthesis in Cudrania tricuspidata and establishment of a viable heterologous expression system
2025-Mar, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109524
PMID:39869995
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研究论文 | 本研究系统解析了柘树中呫吨酮生物合成的关键中间体,并建立了可行的异源表达系统 | 首次克隆并鉴定了柘树中参与呫吨酮生物合成的三个关键酶基因,建立了在酿酒酵母和本氏烟草中的异源表达系统 | 呫吨酮生物合成途径尚未完全解析,限制了通过合成生物学进行规模化生产 | 解析柘树中呫吨酮类化合物的生物合成途径并建立异源生产系统 | 柘树根部的异戊烯基呫吨酮类化合物及其生物合成关键酶 | 合成生物学 | NA | 基因克隆、异源表达、酶功能表征 | NA | 分子生物学数据、酶活性数据 | NA | 异源表达系统 | 酿酒酵母, 本氏烟草 | 呫吨酮生物合成途径,包括苯甲酰辅酶A连接酶、二苯甲酮合酶和羟基化酶的级联反应 | 医药, 工业生物技术 |