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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-06-15 |
Cell-free systems for expression of transmembrane protein
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.09.001
PMID:41688133
|
综述 | 讨论无细胞蛋白合成系统在表达跨膜蛋白中的基本原理、进展和应用 | 全面比较原核和真核无细胞平台在跨膜蛋白生产中的优势,并深入探讨膜模拟物、折叠伴侣、非标准氨基酸等生化方法以及混合系统、微流控反应器和自动化等技术创新 | 未明确提及具体限制,但可推断无细胞系统在维持跨膜蛋白正确拓扑结构和功能性重构方面仍面临挑战 | 系统阐述无细胞蛋白合成在跨膜蛋白表达中的潜力和应用前景 | 跨膜蛋白及无细胞蛋白合成系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白合成 | NA | NA | NA | 无细胞蛋白合成系统 | 原核生物、真核生物 | 无细胞表达系统用于跨膜蛋白生产 | 药物发现, 结构生物学, 生物传感器开发, 下一代生物制品 |
| 142 | 2026-06-15 |
Challenges and opportunities in cell-free systems
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.08.006
PMID:41688140
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综述 | 全面评估无细胞系统面临的挑战与机遇 | 系统总结了无细胞系统在医学应用中的最新进展,并深入探讨了技术、伦理、环境和社会平衡问题 | 未提供具体实验数据或案例验证,更多为观点性总结 | 评估无细胞系统的技术挑战与未来机遇 | 无细胞系统技术及其在医学领域的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 疫苗生产, 基因表达研究, 即时诊断 |
| 143 | 2026-06-15 |
Integrative Multi-Omics and Artificial Intelligence: A New Paradigm for Systems Biology
2025-12, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100251392371
PMID:41203247
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综述 | 综合评价多组学整合的原则、方法及应用,强调其在系统生物学中的范式转变 | 利用人工智能与单细胞组学等前沿技术解决多组学数据的高维度、异质性和特定上下文扰动等挑战 | 数据异质性、可解释性不足等当前限制 | 系统生物学中多组学整合的原则、方法及应用 | 癌症生物学、微生物工程和合成生物学中的多组学数据 | 机器学习 | 癌症 | 多组学技术(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学) | 机器学习模型 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |
| 144 | 2026-06-15 |
A roadmap to understanding and anticipating microbial gene transfer in soil communities
2025-Jun-25, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00225-24
PMID:40197024
|
综述 | 提出理解和预测土壤微生物群落中基因转移的路线图 | 针对土壤复杂异质性环境下合成DNA工程菌的基因转移预测难题,提出构建土壤标准、利用新兴技术测量宿主范围等系统策略,并强调生物防控措施的责任性社区参与 | 未提供具体实验数据或验证结果,主要基于现有知识缺口提出理论框架 | 建立环境特异性模型以预测工程微生物在土壤中的基因转移风险,推动安全合成生物学应用 | 土壤微生物群落中的工程微生物及天然微生物 | 合成生物学 | NA | 合成DNA技术 | 群落尺度环境特异性模型 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 土壤微生物 | NA | 环境, 农业, 能源, 食品 |
| 145 | 2026-06-15 |
SUPREM: an engineered non-site-specific m6A RNA methyltransferase with highly improved efficiency
2024-11-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae887
PMID:39417589
|
研究论文 | 通过祖先序列重建改造细菌DNA甲基转移酶EcoGII,开发出一种高效、非位点特异性的m6A RNA甲基转移酶SUPREM | 首次利用祖先序列重建方法改造非特异性RNA甲基转移酶,显著提升其表达水平、热稳定性和甲基化活性,并鉴定出关键残基 | 未提及SUPREM在体内RNA甲基化修饰的特异性及潜在脱靶效应 | 开发高效的非位点特异性RNA甲基转移酶工具,用于体内RNA甲基化修饰研究 | 细菌DNA甲基转移酶EcoGII及其改造变体SUPREM | 合成生物学 | NA | 纳米孔直接RNA测序, LC-MS/MS, 免疫荧光染色 | NA | RNA序列数据, 质谱数据, 免疫荧光图像 | NA | 祖先序列重建 | 哺乳动物细胞 | NA | 医学, 生物学 |
| 146 | 2026-06-15 |
Modulating bacterial function utilizing A knowledge base of transcriptional regulatory modules
2024-10-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae742
PMID:39193902
|
研究论文 | 本研究介绍了一种基于iModulon的工程方法,利用机器学习定义的共调控基因群作为设计元件,以实现细胞功能的可预测重编程 | 提出基于iModulon的工程策略,将机器学习定义的共调控基因群作为设计元件,通过发现未知iModulon、增强特定iModulon活性、重新平衡iModulon活性水平和基于iModulon的基因注释,实现细胞功能的系统性和可预测重编程 | 该方法可能仍受限于上下文依赖性能和复杂电路-宿主相互作用,且未对不同宿主系统的通用性进行讨论 | 开发一种基于iModulon的工程方法,提高合成生物学中细胞功能重编程的可扩展性和可预测性 | 细菌细胞中的共调控基因群(iModulon) | 机器学习 | NA | 机器学习、iModulon分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 细菌 | iModulon调控模块(包括蛋白生产、耐热性、果糖利用、渗透胁迫耐受、氧化胁迫耐受、自然感受态激活) | 工业生物技术、医学 |
| 147 | 2026-06-15 |
Development of a tightly regulated copper-inducible transient gene expression system in Nicotiana benthamiana incorporating a suicide exon and Cre recombinase
2024-10, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.20021
PMID:39081031
|
研究论文 | 开发了一种在本氏烟中利用自杀外显子和Cre重组酶的严格调控铜诱导瞬时基因表达系统 | 通过结合自杀外显子和Cre/LoxP系统增强了铜诱导系统的调控严谨性,有效控制了超敏细胞死亡反应 | 原始铜诱导系统在调控某些测试的超敏细胞死亡反应时不够严谨 | 开发一个能严格调控本氏烟转基因表达的化学诱导系统 | 本氏烟(Nicotiana benthamiana) | 功能基因组学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达 | NA | NA | NA | MoClo合成生物学方法 | 本氏烟(Nicotiana benthamiana) | 铜诱导系统结合自杀外显子HyP5SM/OsL5和Cre/LoxP调控元件 | 农业 |
| 148 | 2026-06-15 |
Generation of hypoxia-sensing chimeric antigen receptor T cells
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100723
PMID:34401788
|
研究论文 | 生成缺氧感应嵌合抗原受体T细胞的协议 | 利用实体瘤中的缺氧条件限制CAR表达于肿瘤微环境,减少脱靶毒性和紧张信号 | NA | 开发用于实体瘤治疗的缺氧感应CAR-T细胞 | 缺氧感应嵌合抗原受体T细胞 | 数字病理学 | 实体瘤 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | T细胞 | 缺氧感应嵌合抗原受体 | 医学 |
| 149 | 2026-06-14 |
Tailoring polyhydroxybutyrate by molecular weight regulation: Green synthesis, food-grade performance and innovative ketogenic applications
2026-Sep-01, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2026.119525
PMID:42270240
|
review | 本文系统综述了通过分子量调控定制聚羟基丁酸酯(PHB)的技术,包括绿色合成、食品安全性能及创新生酮应用 | 创新点在于系统比较了生物合成调控、化学/酶修饰调控和AI辅助合成生物学修饰三种核心技术,并建立了从技术比较到应用瓶颈、解决方案及未来趋势的综合逻辑框架 | 文中未提及具体实验数据验证,缺乏定量分析或案例研究支持,且对AI辅助方法的实际应用效果探讨有限 | 探讨PHB分子量精确调控技术在食品工业中的高价值应用,推动标准化和规模化应用,促进绿色可持续发展 | 聚羟基丁酸酯(PHB)及其与聚乳酸(PLA)、聚丁二酸丁二醇酯(PBS)等主流生物降解材料的比较 | machine learning | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | E. coli, S. cerevisiae, B. subtilis, 哺乳动物细胞, 植物 | 遗传开关、振荡器、逻辑门、生物传感器、代谢途径 | 食品, 工业生物技术, 环境 |
| 150 | 2026-06-14 |
Exploiting conformational changes in a caffeine aptamer to engineer synthetic RNA devices
2026-Jun-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag584
PMID:42273912
|
研究论文 | 通过选择咖啡因结合适体并工程改造为合成RNA装置,克服了传统筛选方法在构象转换适体上的局限性 | 采用RNA Capture-SELEX和体内筛选选择了咖啡因结合适体,并通过新型光流控筛选和直接嫁接方法,实现了该适体在核糖开关、核酶和荧光适体传感器中的模块化整合 | 在哺乳动物细胞中,核酶筛选仍面临通量和序列-功能挑战 | 拓展构象转换适体的可用性,推动RNA装置在合成生物学中的应用 | 咖啡因结合适体及其在RNA装置中的模块化整合 | 合成生物学 | NA | RNA Capture-SELEX, 体内筛选, 光流控筛选 | NA | RNA序列 | 多个咖啡因结合适体候选分子 | NA | 酿酒酵母, 哺乳动物细胞 | 核糖开关, 核酶, 荧光iSpinach适体传感器 | 合成生物学, 分子传感, 细胞调控 |
| 151 | 2026-06-14 |
Deep Learning-Guided Reverse Translation Enhances Soluble Expression of Recombinant Proteins in Escherichia coli
2026-Jun-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27115131
PMID:42278656
|
研究论文 | 开发了一个结合同义密码子生成模型和基因表达水平预测模型的深度学习框架,用于提高重组蛋白在大肠杆菌中的可溶性表达 | 提出了一种核心回避密码子优化策略,通过深度学习引导的反向翻译显著提升异源蛋白的可溶性表达 | NA | 设计DNA序列以保证高可溶性表达,并理解DNA序列与蛋白质表达之间的关系 | α-葡聚糖磷酸化酶和异淀粉酶两种工业酶 | 机器学习 | NA | 深度学习、基因表达预测 | SCG模型、GELP模型 | 基因组数据、基因表达数据 | 两种酶各进行多次实验(αGP 3次,IA 4次) | NA | 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 152 | 2026-06-14 |
The Promise of Synthetic Biology for Redesigning Plant Architecture
2026-May-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27114876
PMID:42278408
|
综述 | 探讨利用合成生物学重新设计植物结构以实现作物改良的潜力 | 整合自然多样性、发育生物学和合成调控工程,提出理性重新设计植物结构的框架,强调合成生物学与育种及建模框架的整合 | NA | 探索通过合成生物学重塑植物结构以增强作物适应气候变化的能力 | 植物结构及相关发育过程 | 合成生物学 | NA | CRISPR-based regulatory systems, synthetic gene circuits, orthogonal signalling pathways, plant artificial chromosomes | NA | NA | NA | CRISPR, 人工染色体 | 植物(作物) | 可编程转录因子、合成基因电路、正交信号通路 | 农业 |
| 153 | 2026-06-13 |
Growth factor applications and clinical translation: advances and challenges
2026-12, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2026.2642893
PMID:41837883
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综述 | 系统梳理生长因子在再生医学、肿瘤学及代谢调控领域的应用进展与临床转化挑战 | 综合分析了生长因子临床转化的多重瓶颈(药代动力学缺陷、脱靶效应、安全性问题),并系统总结了蛋白工程优化、智能响应递送系统(如细胞外囊泡平台)及多因子时序释放技术等解决方案 | 高通量大规模生产工艺成本高、体内微环境复杂性限制转化广度,未来需聚焦可扩展递送平台开发及合成生物学降本 | 为加速下一代生长因子疗法开发提供路线图和技术参考 | 生长因子在神经退行性疾病、骨再生、代谢紊乱中的临床应用案例 | 数字病理学 | 神经退行性疾病, 骨再生, 代谢紊乱 | 蛋白工程, 化学修饰, 智能响应递送系统, 细胞外囊泡平台, 多因子时序释放技术 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 154 | 2026-06-13 |
Engineering of β-glucosidase for rare ginsenoside biosynthesis via distal conformational fine-tuning and sequential degradation control
2026-Oct, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134967
PMID:42184941
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研究论文 | 通过计算重设计β-葡萄糖苷酶实现稀有人参皂苷F的高水平生物制造 | 发现远端突变通过长程别构效应重塑活性位点,将底物结合转变为精确的“分子镊子”模式,并揭示顺序降解机制控制区域选择性 | 未提及临床或体内验证,且仅针对单一突变体组合进行详细分析 | 实现稀有人参皂苷F的高效生物合成并建立通用酶工程框架 | β-葡萄糖苷酶BglPp及其突变体 | 合成生物学 | NA | 计算重设计、定点突变、生物催化、发酵工程 | NA | 蛋白质序列、突变体活性和结构数据 | 5升生物反应器中的一个工程菌株 | NA | 大肠杆菌(推测) | 稀有人参皂苷F的生物合成途径(通过β-葡萄糖苷酶降解人参皂苷Rb1) | 工业生物技术、医药 |
| 155 | 2026-06-04 |
Heterologous expression of anaerobic reductive dehalogenases: host nanoarchitectonics and synthetic biology optimization
2026-Oct, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135019
PMID:42217801
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综述 | 综述了异源表达厌氧还原脱卤酶的研究进展,提出了宿主纳米结构与合成生物学优化策略 | 提出了宿主-酶-环境评估框架,强调辅因子供应、应激耐受性和环境适应性在异源表达中的关键作用 | 当前异源表达面临外源钴胺素依赖性和氧化折叠路径等挑战,且新宿主系统尚未充分开发 | 克服有机卤化物呼吸细菌在生物修复应用中的生长缓慢、氧敏感性和底物特异性限制 | 还原脱卤酶及其在异源宿主(如大肠杆菌和巨大芽孢杆菌)中的表达系统 | 合成生物学 | NA | 异源表达、钴胺素补救系统 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌、巨大芽孢杆菌 | NA | 环境修复、工业生物技术 |
| 156 | 2026-06-13 |
Opportunities for artificial intelligence and synthetic biology in designing living drug delivery systems
2026-Aug, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2026.115883
PMID:42055250
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综述 | 本文综述了人工智能和合成生物学在工程化人类细胞和细菌作为活体药物递送系统中的应用 | 首次系统探讨AI和合成生物学协同设计下一代活体药物递送系统,重点揭示序列到功能和组成到功能的设计原理 | 未提供具体实验数据验证所讨论技术的有效性,可能缺乏对实际应用挑战的深入分析 | 探讨人工智能和合成生物学在工程化活体药物递送系统中的机遇 | 人类细胞和细菌作为活体药物递送载体 | 合成生物学,人工智能 | NA | 合成生物学,人工智能模型 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 人类细胞,细菌 | 合成受体,信号处理网络,基因回路 | 医学 |
| 157 | 2026-06-13 |
Engineering microbial cell factories for succinic acid biomanufacturing: Challenges and perspectives
2026 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108861
PMID:41791685
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综述 | 系统评估微生物细胞工厂用于琥珀酸生物制造的挑战与前景 | 整合系统生物学、代谢建模和过程工程的多学科视角,提出提升碳通量优化、氧化还原平衡和工业规模的战略性框架 | 未提供具体实验数据,可能缺乏对某些新兴技术的深入讨论 | 为设计高效微生物细胞工厂和加速生物基琥珀酸商业化提供战略框架 | 微生物平台(包括细菌和酵母) | 合成生物学 | NA | 合成生物学、代谢建模 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 细菌, 酵母 | 天然和异源生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 158 | 2026-06-13 |
Bacterial compartments and biological condensates as nanoreactors for biocatalysis
2026-Jun-10, Advances in colloid and interface science
IF:15.9Q1
DOI:10.1016/j.cis.2026.103972
PMID:42276006
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综述 | 本文综述了工程化细菌区室和生物凝聚体作为纳米反应器用于生物催化的研究进展 | 提出了利用自组装多酶系统(细菌区室和生物凝聚体)作为新一代生物催化剂,促进可持续有机合成与合成生物学的交叉融合 | 仅概述了现有研究,未提供实验数据或定量比较不同系统的性能 | 探索工程化细菌区室和生物凝聚体在多酶生物催化中的应用潜力 | 工程化细菌区室和生物凝聚体等自组装多酶系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 细菌区室和生物凝聚体作为纳米反应器 | 可持续化学, 有机合成 |
| 159 | 2026-06-13 |
Recent developments in intein-mediated protein splicing and their applications in bioengineering
2026-Jun-09, Current protein & peptide science
IF:1.9Q4
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综述 | 综述内含子介导的蛋白质剪接最新进展及其在生物工程中的应用 | 系统总结了内含子在结构多样性、催化机制和可控性方面的工程化改进,以及条件型内含子在合成生物学中的新兴应用,并指出了计算设计、高通量筛选和人工智能整合的未来方向 | 仍存在剪接不完全、外显子兼容性问题以及上下文依赖效率等限制其广泛应用的挑战 | 全面概述内含子生物学、分类和机制,并讨论其在生物技术和生物医学中的应用进展、挑战与未来机遇 | 内含子及其工程化变体 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 内含子工程改造 | NA | 条件型内含子、蛋白质剪接系统 | 生物技术、生物医学 |
| 160 | 2026-06-13 |
Engineering peroxisomal cofactor systems in Saccharomyces cerevisiae for enhanced biosynthesis of α-humulene
2026-Jun-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05060-3
PMID:42257761
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研究论文 | 通过工程化改造酿酒酵母的过氧化物酶体辅因子系统,实现α-葎草烯的高效生物合成 | 首次系统性地工程化过氧化物酶体的辅因子平衡,结合细胞质-过氧化物酶体双区室工程策略,显著提高α-葎草烯产量 | 未提及在大规模发酵或工业环境下的稳定性和成本效益 | 在酿酒酵母中实现α-葎草烯的高效生物合成 | 酿酒酵母BY4741及其工程菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | 产量数据 | 多个工程化酵母菌株(LM07, LM27等) | NA | 酿酒酵母 | 甲羟戊酸途径靶向过氧化物酶体,过氧化物酶体辅因子系统(乙酰辅酶A供应、NADH可用性、CoA代谢循环),细胞质-过氧化物酶体双区室工程 | 工业生物技术 |