合成生物学相关文章
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当前共找到 3660 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-09-12 |
Multidimensional strategies for efficient heterologous protein expression in Aspergillus niger
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108690
PMID:40845950
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综述 | 本文总结了黑曲霉高效异源蛋白表达的多维策略最新进展 | 从表达系统、分泌途径、代谢通量、智能发酵和多组学整合五个维度系统探讨提升异源蛋白生产效率的策略 | NA | 提升黑曲霉中异源蛋白的表达效率 | 黑曲霉 | 合成生物学 | NA | 分子生物学工具、代谢工程策略、多组学整合 | NA | NA | NA |
| 142 | 2025-09-12 |
Engineering plant hosts for high-efficiency accumulation of flavonoids: Advances, challenges and perspectives
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108692
PMID:40850536
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综述 | 本文总结了利用系统和合成生物学方法提高植物中黄酮类化合物积累效率的研究进展、挑战与前景 | 提出了通过系统和合成生物学方法精确调控黄酮生物合成路径的创新策略，包括人工可修饰遗传元件设计、酶进化加速和代谢流再平衡 | 当前方法在精确调控单个黄酮合成方面仍存在局限性，需要下一代植物宿主系统的进一步开发 | 提高植物黄酮类化合物的积累效率以增强植物抗逆性和营养价值 | 植物宿主及其黄酮类生物合成系统 | 合成生物学 | NA | 转录调控、转运蛋白工程、蛋白质工程、级联生物催化 | NA | NA | NA |
| 143 | 2025-09-12 |
Machine learning in predictive biocatalysis: A comparative review of methods and applications
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108698
PMID:40885347
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综述 | 本文对机器学习在预测性生物催化领域的现有方法与应用进行了比较性回顾 | 系统比较了多种机器学习方法在酶功能预测和生物催化剂发现中的创新应用，并强调了计算工具与生化数据的交叉融合 | NA | 推动预测性生物催化领域的发展，促进生态友好和可持续的生物催化过程 | 酶分类、反应注释、酶-底物特异性、反应结果及动力学参数预测 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 神经网络、CNN、图神经网络、Transformer | 生化数据 | NA |
| 144 | 2025-09-12 |
Analog epigenetic memory revealed by targeted chromatin editing
2025-Sep-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100985
PMID:40930103
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研究论文 | 本研究通过靶向染色质编辑揭示了模拟表观遗传记忆的存在，展示了染色质修饰如何维持不同水平的基因表达 | 发现了染色质修饰能够维持广泛基因表达水平的模拟记忆机制，突破了传统仅关注沉默状态的认知 | 研究基于工程化基因组报告系统和表观遗传效应器，可能无法完全反映天然染色质环境的复杂性 | 探究染色质修饰在维持基因表达状态中的作用机制 | 染色质修饰、DNA甲基化、组蛋白修饰 | 表观遗传学 | NA | 靶向染色质编辑、基因组工程 | 染色质修饰模型 | 基因表达动态数据 | NA |
| 145 | 2025-09-12 |
Hybrid AI in synthetic biology: next era in agriculture
2025-Sep-09, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.08.011
PMID:40930858
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研究论文 | 本文探讨混合人工智能在合成生物学农业应用中的潜力，以应对多组学数据的复杂性 | 提出混合AI方法超越传统数据驱动方法，能够更有效解析多组学复杂性并指导作物性状设计 | 需要清晰的流程、精选数据集和自动化平台来实现其全部潜力 | 利用混合AI技术设计气候智能型高产作物，推动农业合成生物学发展 | 多基因组、多性状和多环境数据，作物基因网络 | 合成生物学 | NA | 多组学数据分析，gRNA设计 | 混合AI | 多组学数据 | NA |
| 146 | 2025-09-12 |
Food production from air: gas precision fermentation with hydrogen-oxidising bacteria
2025-Sep-09, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.003
PMID:40930898
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研究论文 | 本文探讨利用氢氧化细菌通过气体发酵从空气中生产食品，特别是通过精准发酵技术生产重组乳蛋白 | 提出将氢氧化细菌工程化为细胞工厂，用于超越单细胞蛋白的精准发酵，结合合成生物学和生物反应器设计实现可扩展生物过程 | NA | 开发可持续、碳中性的食品生产方式，减少对农业的依赖 | 氢氧化细菌（HOBs）及其在气体发酵中的应用 | 合成生物学 | NA | 气体发酵、合成生物学、代谢工程、计算建模 | NA | NA | NA |
| 147 | 2025-09-12 |
PCR-Free Site-Directed Mutagenesis on Repetitive Sequences Using Single-Stranded DNA-Assisted Double-Stranded DNA Nicking by DNAzymes
2025-Sep-08, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202509127
PMID:40626944
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研究论文 | 介绍一种无需PCR、利用DNAzyme和单链DNA辅助对重复序列进行定点突变的新方法DANDA | 首次将DNAzyme的底物范围扩展到双链超螺旋质粒，并成功在PCR不兼容的重复序列上实现突变 | NA | 开发一种针对重复序列的PCR-free定点突变技术 | 含有高度重复序列的质粒DNA | 合成生物学 | NA | DNAzyme切割技术，单链DNA辅助双链DNA切口 | NA | 分子生物学实验数据 | NA |
| 148 | 2025-09-12 |
Controlling complex rhythms: A hierarchical approach to limit cycle switching
2025-Sep-01, Chaos (Woodbury, N.Y.)
DOI:10.1063/5.0296708
PMID:40932349
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研究论文 | 本文研究非线性动力系统中通过层次化周期调制实现极限环之间的可靠切换 | 提出层次化逐步周期调制方法控制多节律性，实现节律状态间的可靠切换 | NA | 研究层次化动力转换，探索极限环之间的切换机制 | 非线性动力系统中的极限环 | 动力系统理论 | NA | 振荡激励 | NA | NA | NA |
| 149 | 2025-09-11 |
Genome mining and characterization of a heme-dependent enzyme catalyzing intermolecular Nitrogen-Nitrogen bond formation in hydrazinosuccinic acid biosynthesis
2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.08.006
PMID:40918557
|
研究论文 | 本文通过基因组挖掘发现并表征了一种新型血红素依赖酶系统，可催化分子间氮-氮键形成以合成肼基琥珀酸 | 发现了一种利用无机氮氧化物（如亚硝酸盐或一氧化氮）催化分子间N-N键形成的新型血红素酶系统，提出了可能涉及血红素结合氮宾中间体的催化机制 | NA | 探索氮-氮键形成酶在天然产物生物合成途径中的作用 | 血红素酶与2[4Fe-4S]铁氧还蛋白伴侣组成的蛋白质复合物 | 生物化学 | NA | 基因组挖掘、体内外重构实验、结构建模、定点诱变 | NA | 基因组数据、酶学数据 | NA |
| 150 | 2025-09-11 |
Spatial Organization of the Metabolic Pathway for Enhancing l-Fucose Biosynthesis in Engineered Escherichia coli
2025-Sep-10, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c06801
PMID:40853549
|
研究论文 | 本研究通过合成空间组织策略优化工程大肠杆菌中的L-岩藻糖生物合成途径 | 采用无支架酶组装和工程蛋白区室实现代谢途径的空间组织，有效解决通量竞争和中间体毒性问题 | NA | 通过空间组织策略增强微生物生物合成效率 | 工程大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | RIAD-RIDD肽相互作用、DIX结构域介导的蛋白区室化 | NA | NA | NA |
| 151 | 2025-09-11 |
The oxidative rearrangements in bacterial aromatic polyketide biosynthesis
2025-Sep-10, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00049a
PMID:40927919
|
综述 | 本文综述了细菌芳香聚酮化合物生物合成中的氧化重排反应，重点探讨了相关酶的催化机制与化学多样性 | 系统总结了多种氧化还原酶（如黄素单加氧酶、酮还原酶、双加氧酶等）在芳香聚酮重排中的创新催化作用，揭示了罕见的化学规律 | NA | 阐明细菌芳香聚酮生物合成中氧化重排反应的酶学机制与化学基础 | 细菌芳香聚酮化合物及其生物合成酶系 | 合成生物学 | NA | 酶催化机制分析 | NA | 文献数据与酶学分析 | NA |
| 152 | 2025-09-11 |
Population-level bistability in Pseudomonas aeruginosa quorum sensing
2025-Sep-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01713-25
PMID:40928267
|
研究论文 | 本研究通过实验证明铜绿假单胞菌群体感应系统在种群水平上表现出双稳态特性，即细胞群体同步在两种稳定状态间切换 | 首次在天然群体感应系统中实验证实种群水平双稳态是核心涌现特性，并揭示其滞后性和记忆效应 | 研究主要基于铜绿假单胞菌LasI/LasR系统，其他QS系统的普适性需进一步验证 | 探究细菌群体感应系统在种群和单细胞水平的行为特性 | 铜绿假单胞菌及其群体感应系统控制的基因 | 微生物学 | NA | 单细胞测量、数学建模 | NA | 基因表达数据 | 使用模式细菌铜绿假单胞菌群体及单细胞样本 |
| 153 | 2025-09-11 |
STAGE: A compact and versatile TnpB-based genome editing toolkit for Streptomyces
2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2509146122
PMID:40857323
|
研究论文 | 开发了一种基于TnpB的紧凑型基因组编辑工具包STAGE，用于链霉菌的高效基因编辑 | 利用尺寸仅为Cas9三分之一的ISDra2 TnpB开发新型编辑工具，实现高效精确编辑，并通过AI辅助蛋白质工程获得近100%编辑效率的变体 | NA | 解决链霉菌基因操作工具缺乏的问题，开发高效基因组编辑平台 | 链霉菌工业菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR-TnpB系统，AI辅助蛋白质工程，同源序列分析 | NA | 基因组数据 | 两种重要工业链霉菌菌株 |
| 154 | 2025-09-11 |
A fragment in the 5' untranslated region of alcohol oxidase 1 promoter significantly influencing gene expression of Komagataella phaffii
2025-Sep-01, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149745
PMID:40902693
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研究论文 | 本研究在Komagataella phaffii的醇氧化酶1启动子5'非翻译区鉴定出一个负调控顺式作用元件D3片段，敲除该片段可显著提高异源蛋白表达效率 | 首次发现并验证了醇氧化酶1启动子中13bp的D3片段作为负调控元件，敲除后使GFP表达量提高3.5倍 | NA | 解析醇氧化酶1启动子的调控机制并提高异源蛋白表达效率 | Komagataella phaffii酵母及其醇氧化酶1启动子 | 合成生物学 | NA | 基因片段敲除、转录组分析、电泳迁移率变动分析、DNA pull-down、液相色谱-质谱联用 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | NA |
| 155 | 2025-09-11 |
FluxRETAP: a REaction TArget Prioritization genome-scale modeling technique for selecting genetic targets
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf471
PMID:40848245
|
研究论文 | 提出一种名为FluxRETAP的基因组尺度建模技术，用于优先选择遗传工程靶点以提高目标代谢物产量 | 结合基因组尺度模型中的先验机制知识与机器学习流程，提供简单且计算成本低的遗传靶点优先级排序方法 | 需要依赖现有的生物学先验知识，不能完全独立于机器学习方法使用 | 开发高效算法识别可测试的遗传和反应靶点优先级列表，指导代谢工程过程 | 大肠杆菌（Escherichia coli）和恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）的代谢工程 | 机器学习 | NA | 基因组尺度建模 | NA | 代谢模型数据 | 实验验证涉及大肠杆菌异戊二烯醇生产、紫杉二烯生产以及恶臭假单胞菌的约束切割集目标 |
| 156 | 2025-09-11 |
Evolution and synthetic biology
2023-12, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2023.102394
PMID:37801925
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综述 | 本文回顾了受进化观察启发的合成生物学三大领域：基于细胞的生物分子进化组合方法、建立微生物群落的工程互依赖性以及合成免疫学 | 系统性地将进化原理与合成生物学设计相结合，强调自然现象作为生物技术灵感来源的核心作用 | 仅涵盖部分案例，未全面穷尽所有进化启发的合成生物学应用 | 探讨进化观察如何启发并推动合成生物学领域的设计与应用 | 合成生物学平台，包括遗传电路、合成翻译系统、代谢工程及微生物群落 | 合成生物学 | NA | 遗传电路构建、代谢工程、微生物共培养技术 | NA | NA | NA |
| 157 | 2025-09-11 |
Development of novel metabolite-responsive transcription factors via transposon-mediated protein fusion
2018-02-01, Protein engineering, design & selection : PEDS
DOI:10.1093/protein/gzy001
PMID:29385546
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研究论文 | 开发了一种通过转座子介导的蛋白质融合构建新型代谢物响应转录因子的通用方法BERDI | 利用体外转座子插入反应实现DNA结合结构域与代谢物结合蛋白的随机融合，无需天然生物传感器即可创建新型生物传感器 | 方法尚未在多种代谢物结合蛋白上验证，实际应用范围需进一步测试 | 开发通用策略将代谢物结合蛋白转化为转录因子，解决天然生物传感器缺失的问题 | 代谢物结合蛋白（以麦芽糖结合蛋白为模型）和锌指DNA结合结构域 | 合成生物学 | NA | 转座子插入、荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 蛋白质序列、荧光信号数据 | 一个包含所有可能插入变体的候选生物传感器库 |
| 158 | 2025-09-10 |
Targeted metabolomics-guided rational refinement of cyanobacterial metabolism enables enhanced photosynthetic production of L-lysine
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.07.015
PMID:40754064
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研究论文 | 本研究通过靶向代谢组学指导蓝藻代谢优化，显著提高了光合作用驱动的L-赖氨酸生产效率 | 首次结合靶向代谢组学与合成生物学方法系统识别并解除蓝藻赖氨酸生物合成的限速步骤，实现碳通量向目标产物定向重编程 | 研究仅针对Synechococcus sp. PCC 7002菌株，未验证在其他蓝藻系统中的普适性 | 开发碳负排放的赖氨酸光合生物合成平台 | 聚球藻Synechococcus sp. PCC 7002 | 合成生物学 | NA | 靶向代谢组学，合成生物学，代谢工程 | NA | 代谢物浓度数据，碳通量数据 | 工程化蓝藻菌株（具体数量未明确说明） |
| 159 | 2025-09-10 |
Genome mining of tailoring enzymes from biosynthetic gene clusters for synthetic biology: A case study with fungal methyltransferases
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.08.001
PMID:40774411
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的基因组挖掘方法，用于从真菌生物合成基因簇中高效识别甲基转移酶 | 采用机器学习方法优先筛选功能未知的甲基转移酶，成功实现11/15测试酶对底物的甲基化修饰 | NA | 通过合成生物学手段优化天然产物生物合成，促进药物和生物工业应用 | 真菌天然产物生物合成基因簇中的甲基转移酶 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、机器学习 | 机器学习 | 基因组数据 | 101,321个真菌BGCs中的16,748个推定甲基转移酶 |
| 160 | 2025-09-10 |
Advances in metabolic engineering of Vibrio natriegens as an unconventional host for biotechnology
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.08.008
PMID:40834994
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综述 | 本文综述了利用海洋细菌Vibrio natriegens作为非传统生物技术宿主的代谢工程进展 | 重点介绍了该细菌的高生长速率、多用途代谢特性及天然感受态能力，这些特性促进了先进基因工程工具箱的开发 | NA | 探讨Vibrio natriegens在生物技术应用中作为新一代宿主的潜力 | Vibrio natriegens细菌及其代谢工程应用 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因工程、合成生物学 | NA | 代谢与调控数据 | NA |