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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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141 | 2025-04-11 |
Mechanism and engineering of endoplasmic reticulum-localized membrane protein folding in Saccharomyces cerevisiae
2025-Jul, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.03.006
PMID:40064436
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review | 本文综述了内质网定位膜蛋白在酿酒酵母中的折叠机制及工程化策略 | 总结了增强内质网定位膜蛋白正确折叠的代谢工程策略,并提出了未来研究方向 | 讨论了当前策略的局限性,如异源膜蛋白在酿酒酵母内质网中难以正确折叠的问题 | 研究内质网定位膜蛋白在酿酒酵母中的折叠机制及其工程化应用 | 酿酒酵母中的内质网定位膜蛋白(如细胞色素P450) | 合成生物学 | NA | 代谢工程策略、分子伴侣共表达、脂质工程 | NA | NA | NA |
142 | 2025-04-11 |
Expanding the toolkit for ploidy manipulation in Chlamydomonas reinhardtii
2025-May, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70095
PMID:40116553
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研究论文 | 本文开发了一种在Chlamydomonas reinhardtii中操纵倍性的策略,以研究倍性变化对植物进化的影响 | 利用非干扰性抗生素选择标记诱导C. reinhardtii更高倍性水平,适用于野外分离株,拓宽了可杂交的亲本单倍体菌株的遗传多样性 | 新形成的三倍体和四倍体显示出快速的异倍体化迹象 | 研究倍性变化对植物进化的直接和长期影响 | Chlamydomonas reinhardtii | 合成生物学 | NA | 流式细胞术 | NA | 基因组大小数据 | 北美野外分离株 |
143 | 2025-04-11 |
Dynamic Analysis and Robust Strategy for the Delayed Paradoxical Cell Population Control Circuit
2025-Apr-08, IEEE transactions on cybernetics
IF:9.4Q1
DOI:10.1109/TCYB.2025.3556585
PMID:40198292
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research paper | 本文提出了一种通过分析延迟悖论细胞群体控制电路中的双稳态切换和振荡行为来实现稳健群体控制的策略 | 揭示了两种双稳态切换机制,并提出通过调节初始细胞群体密度和杀稻瘟菌素浓度来实现稳健控制的新策略 | NA | 研究延迟悖论细胞群体控制电路的动力学特性并开发稳健的控制策略 | 合成悖论控制电路中的细胞群体 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
144 | 2025-04-11 |
dFLASH; dual FLuorescent transcription factor activity sensor for histone integrated live-cell reporting and high-content screening
2025-Apr-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58488-w
PMID:40195317
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research paper | 本文介绍了一种名为dFLASH的双荧光转录因子活性传感器,用于活细胞报告和高通量筛选 | dFLASH是一种模块化、基因组整合的转录因子传感器,能够均匀且特异性地检测内源性HIF和PGR活性,以及合成转录因子的共激活因子招募 | NA | 开发一种用于活细胞转录因子活性报告的工具,应用于合成生物学、药物发现和功能基因组学 | 内源性Hypoxia Inducible Factor (HIF)和Progesterone Receptor (PGR)活性,以及合成转录因子的共激活因子招募 | 合成生物学 | NA | 双荧光报告系统、高通量成像 | NA | 荧光信号 | 1600种化合物的天然产物库 |
145 | 2025-04-11 |
Powering the Future: Unveiling the Secrets of Semiconductor Biointerfaces in Biohybrids for Semiartificial Photosynthesis
2025-Jan-23, Artificial photosynthesis (Washington, D.C.)
DOI:10.1021/aps.4c00008
PMID:40200990
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review | 本文综述了半人工光合作用中半导体生物界面的研究进展及其在可持续化学和燃料生产中的应用 | 揭示了半导体与微生物之间电荷转移的机制,并探讨了提高太阳能到化学能转换效率的潜在方法 | 缺乏对光、半导体和微生物组合产生化学物质的明确机理理解 | 研究半人工光合作用技术以实现可持续化学和燃料生产 | 半导体生物界面及其与微生物的相互作用 | 生物工程 | NA | 先进光谱学、显微镜和合成生物学工具 | NA | NA | NA |
146 | 2025-04-11 |
An innovative high-throughput genome releaser for rapid and efficient PCR screening
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1547909
PMID:40200958
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研究论文 | 本文介绍了一种创新的高通量基因组释放器(HTGR),用于快速高效的PCR筛选 | 开发了一种基于压碎法的快速、经济高效且高效的DNA提取设备,优化了后续PCR反应 | 未提及具体局限性 | 解决当前高通量PCR筛选方法中DNA提取效率低、样本类型变异性高、可扩展性有限以及模板DNA提取成本高的问题 | 真菌孢子及其他微生物和细胞类型 | 合成生物学与代谢工程 | NA | PCR | NA | 基因组DNA | 96个样本 |
147 | 2025-04-11 |
Translational activation by a synthetic PPR protein elucidates control of psbA translation in Arabidopsis chloroplasts
2024-Oct-03, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koae112
PMID:38593198
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研究论文 | 研究通过合成PPR蛋白在拟南芥叶绿体中激活psbA翻译的机制 | 使用合成PPR蛋白替代HCF173,验证了HCF173通过结合RNA片段激活psbA翻译的假说,并发现HCF173在光响应调控中的必要性 | 合成PPR蛋白激活的翻译未表现出光响应性 | 探究叶绿体psbA mRNA翻译起始的调控机制 | 拟南芥叶绿体中的psbA mRNA及其翻译调控蛋白HCF173 | 合成生物学 | NA | 合成PPR蛋白技术 | NA | NA | NA |
148 | 2025-04-11 |
Investigating the Effect of RNA Scaffolds on the Multicolor Fluorogenic Aptamer Pepper in Different Bacterial Species
2024-04-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00009
PMID:38593047
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research paper | 研究多色荧光适配体Pepper在不同细菌种类中RNA支架的影响 | 评估了多色荧光适配体Pepper在革兰氏阳性和阴性细菌中的应用,并发现不同RNA支架对荧光有显著影响 | 未明确说明研究的细菌种类数量及实验的具体条件 | 研究RNA支架对多色荧光适配体Pepper在不同细菌中荧光效果的影响 | 革兰氏阳性和阴性细菌 | RNA合成生物学 | NA | 多色荧光成像 | NA | 荧光信号数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及多种细菌 |
149 | 2025-04-10 |
Unraveling the potential of bioengineered microbiome-based strategies to enhance cancer immunotherapy
2025-Jul, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2025.128156
PMID:40158322
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综述 | 本文综述了生物工程微生物组策略在增强癌症免疫治疗中的潜力 | 讨论了合成生物学在重新编程和工程化微生物以提高抗肿瘤活性、增强T细胞功能和实现靶向治疗递送方面的应用 | 存在遗传稳定性要求、有效肿瘤定植和潜在安全性问题控制等挑战 | 探讨微生物组在癌症免疫治疗中的作用及其生物工程应用的潜力 | 胃肠道和肿瘤内的微生物群落 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
150 | 2025-04-10 |
Synthetic Biology in Natural Product Biosynthesis
2025-Apr-09, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00567
PMID:40116601
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综述 | 本文综述了合成生物学在天然产物生物合成中的最新进展 | 总结了合成生物学在天然产物发现和工程中的多学科整合和新工具开发 | NA | 探讨合成生物学在天然产物生物合成中的应用 | 天然产物及其生物合成基因簇(BGCs) | 合成生物学 | NA | 生物信息学、异源表达、组合生物合成 | NA | NA | NA |
151 | 2025-04-10 |
Dynamic and Diverse Coacervate Architectures by Controlled Demembranization
2025-Apr-09, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c01526
PMID:40135632
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research paper | 该研究提出了一种控制去膜化膜化凝聚液滴的策略,以模拟生物系统中的膜动态过程 | 通过静电竞争触发去膜化过程,实现了凝聚液滴结构的可控重构,并扩展了其在合成生物学和生物技术中的应用 | NA | 研究膜化/去膜化过程对凝聚液滴结构和功能的影响,以开发具有动态和多样膜结构的合成原细胞 | 膜化和去膜化的凝聚液滴 | 合成生物学 | NA | 静电竞争触发去膜化 | NA | NA | NA |
152 | 2025-04-10 |
Regulatory and Catalytic Domains of Poly(ADP-ribose) Polymerases Cross-Complement for DNA-Break-Dependent Allosteric Stimulation of Catalytic Activity
2025-03-21, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.4c00582
PMID:39935093
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研究论文 | 研究探讨了不同来源的PARPs蛋白的调控域(REG)和催化域(CAT)能否相互组装形成功能性嵌合体 | 揭示了PARPs蛋白的REG和CAT域可以独立于变构配体相互作用,并且可以在DNA存在下组装成功能活性构象 | 研究仅限于体外实验,尚未在活细胞中验证 | 探究PARPs蛋白的调控域和催化域的交叉互补性及其功能活性 | 哺乳动物(hPARP1和hPARP2)、植物(atPARP2)和细菌(haPARP)的PARPs蛋白 | 分子生物学 | NA | 定性和定量酶活性测定及结合研究 | NA | NA | NA |
153 | 2025-04-10 |
Deep Neural Networks for Predicting Single-Cell Responses and Probability Landscapes
2023-08-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00203
PMID:37467372
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研究论文 | 本文探讨了使用深度神经网络预测单细胞响应和概率景观的方法 | 提出了能够预测未来状态完整分布的更新网络架构,以准确预测双峰表达分布 | 初始方法在预测多模态动态时存在根本性不足 | 预测和控制生物电路,支持合成生物学应用 | 单细胞响应和概率景观 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | 深度神经网络 | 时间序列数据 | 计算模拟的单细胞响应数据 |
154 | 2025-04-09 |
A roadmap to understanding and anticipating microbial gene transfer in soil communities
2025-Apr-08, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00225-24
PMID:40197024
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research paper | 本文探讨了土壤微生物群落中基因转移的预测和理解,以评估合成生物学技术大规模应用时工程DNA向环境微生物无意转移的频率 | 提出了填补土壤微生物组基因转移知识空白的策略,包括创建土壤标准集和使用新兴技术测量基因转移宿主范围 | 土壤的复杂性和异质性增加了预测基因转移过程的难度 | 提高对土壤微生物群落中基因转移的理解,以设计更安全的生物技术 | 土壤微生物群落和工程微生物 | 合成生物学 | NA | 合成DNA技术、新兴基因转移测量技术 | 社区规模、环境特异性模型 | 微生物基因转移数据 | 多种土壤类型 |
155 | 2025-04-09 |
Functional characterization and regioselectivity manipulation of two Benzylisoquinoline alkaloids O-methyltransferases from Stephania yunnanensis
2025-Apr, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2025.108238
PMID:39922041
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研究论文 | 该研究从云南地不容的转录组数据中鉴定并表征了两个功能相同但系统发育不同的BIA 7OMTs酶SyOMT4和SyOMT5,并通过蛋白质工程改造其底物结合微环境,成功改变了它们的催化区域选择性 | 通过定点突变成功将SyOMT4转化为高特异性的BIA 6OMT酶SyOMT4-WFE,并将SyOMT5意外改造为BIA NMTs酶SyOMT5-WFE和SyOMT5-WFD,拓展了BIA OMTs酶的功能多样性 | NA | 研究BIA O-甲基转移酶的功能表征与区域选择性调控机制 | 云南地不容中的两个BIA O-甲基转移酶SyOMT4和SyOMT5 | 合成生物学与代谢工程 | NA | 转录组分析、多序列比对、结构建模、定点突变 | NA | 序列数据、结构模型 | NA |
156 | 2025-04-09 |
Synthetic transcription factors establish the function of nine amino acid transactivation domains of Komagataella phaffii Mxr1
2025-Mar, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108211
PMID:39855340
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研究论文 | 该研究通过合成转录因子验证了Komagataella phaffii Mxr1中九个氨基酸转录激活域(9aaTADs)的功能 | 首次全面表征了K. phaffii锌指转录因子中的9aaTADs,并揭示了其通过Gcn5介导的组蛋白乙酰化激活转录的机制 | 研究仅针对K. phaffii中的Mxr1转录因子,其他物种或转录因子中的9aaTADs功能尚未验证 | 探究K. phaffii Mxr1转录因子中多个9aaTADs的功能及其转录激活机制 | Komagataella phaffii Mxr1转录因子及其9aaTADs | 合成生物学 | NA | 合成转录因子构建、基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 21个推定的9aaTADs(TAD B-V)及1个已知的TAD A |
157 | 2025-04-09 |
Advancing microbial engineering through synthetic biology
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2503100
PMID:40195840
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
158 | 2025-04-09 |
Optimal network sizes for most robust Turing patterns
2025-01-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86854-7
PMID:39849094
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research paper | 该研究通过随机矩阵理论分析较大网络的Jacobian矩阵,探讨了图灵模式在生物系统中的形成机制及其最优网络规模 | 揭示了图灵模式比以往认为的更可能偶然出现,并发现最稳健的图灵网络具有最优规模,仅由少数分子物种组成,从而显著提高了其在生物系统中的可识别性 | 研究主要基于理论分析,未涉及具体生物实验验证 | 探讨图灵模式在复杂生物基因调控网络中的形成机制及其最优网络规模 | 基因调控网络中的图灵模式 | systems biology | NA | random matrix theory | NA | theoretical analysis | NA |
159 | 2025-04-08 |
Super-robust synthetic microorganism can get chlorine resistance in advance and transfer their inserted DNA sequence in genome to indigenous bacteria in water
2025-Apr-02, Water research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.watres.2025.123594
PMID:40188791
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研究论文 | 本研究探讨了超级稳健合成微生物在水环境中的行为及其对氯的抵抗能力 | 发现超级稳健合成微生物能够将插入的DNA序列转移给土著细菌,并展示出比野生型细菌更强的氯抵抗能力 | 对于超级稳健合成微生物在环境中的长期影响和潜在健康风险了解有限 | 研究超级稳健合成微生物在水环境中的命运及其作为新兴生物污染物的环境风险 | 超级稳健合成微生物和土著细菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas基因编辑 | NA | 实验数据 | NA |
160 | 2025-04-08 |
A review of MicroRNAs and flavonoids: New insights into plant secondary metabolism
2025-Mar-27, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142518
PMID:40157676
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综述 | 本文综述了MicroRNAs和类黄酮在植物次生代谢中的新见解,探讨了miRNA调控类黄酮生物合成的分子机制及多学科技术在代谢工程中的应用 | 提出了'miRNA-多因素协同网络'概念,整合CRISPR/Cas13、合成生物学、多组学技术和人工智能等跨学科方法优化类黄酮代谢途径 | NA | 深入理解并改进类黄酮代谢,为植物育种、功能性食品生产和药物开发提供理论框架和技术路线 | 植物次生代谢物类黄酮及其调控网络 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas技术、合成生物学、多组学技术、人工智能 | NA | 组学数据 | NA |