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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1661 | 2024-08-07 |
Cordyceps militaris: A novel mushroom platform for metabolic engineering
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108396
PMID:38906495
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综述 | 本文综述了利用冬虫夏草作为细胞工厂生产高价值化学品和营养素的潜力 | 探讨了冬虫夏草作为新型底盘细胞的深入研究和开发的具体和有前景的机会 | 讨论了在计算生物学、现有DNA元件和基因组编辑方法等领域进一步研究冬虫夏草的挑战和障碍 | 探索冬虫夏草作为细胞工厂生产高价值化学品和营养素的潜力 | 冬虫夏草及其生物活性化合物 | NA | NA | 基因组编辑 | NA | NA | NA |
1662 | 2024-08-07 |
Advancing microbial production through artificial intelligence-aided biology
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108399
PMID:38925317
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综述 | 本文综述了人工智能辅助微生物生产的主要组成部分和最新进展 | 利用人工智能处理、学习和预测大量生物数据,将传统的DBT循环转变为多维的DBTLP工作流程 | 讨论了将新型人工智能技术整合到生物学中的挑战 | 探讨人工智能在微生物生产中的应用及其对合成生物学的影响 | 微生物细胞工厂和合成生物学中的遗传装置 | 机器学习 | NA | 人工智能 | 大型语言模型 | 生物数据 | NA |
1663 | 2024-08-07 |
Machine learning for the advancement of genome-scale metabolic modeling
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108400
PMID:38944218
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综述 | 本文综述了机器学习(ML)和深度学习(DL)在基因组尺度代谢模型(GEM)构建中的应用及其对生物医学和生物工程领域的潜在影响 | 探讨了多学科工具和策略(如合成生物学、约束基模型、多组学和机器学习)的集成潜力,以超越传统生物学教条探索生化现象 | 多学科方法框架的发展主要独立进行,限制了不同领域生物知识的串联 | 展示如何通过整合实验和计算策略,利用特定条件下的细胞信息推动生物系统知识的扩展,并提升机器学习基础的约束基模型在生物医学和生物工程领域的应用 | 基因组尺度代谢模型(GEM)的构建及其在生物医学和生物工程中的应用 | 系统生物学 | NA | 机器学习(ML),深度学习(DL) | NA | 多组学数据(转录组学、蛋白质组学等) | NA |
1664 | 2024-08-07 |
Correction: Zhantlessova et al. Advanced "Green" Prebiotic Composite of Bacterial Cellulose/Pullulan Based on Synthetic Biology-Powered Microbial Coculture Strategy. Polymers 2022, 14, 3224
2024-Jun-26, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym16131802
PMID:39000809
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1665 | 2024-08-07 |
Illuminating protein space with a programmable generative model
2023-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06728-8
PMID:37968394
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研究论文 | 介绍了一种名为Chroma的可编程生成模型,用于生成新的蛋白质结构和序列,并能够根据特定属性和功能进行条件生成 | 引入了尊重聚合物集合构象统计的扩散过程,以及用于分子系统的高效神经架构,支持长距离推理并具有次二次缩放特性 | NA | 加速蛋白质设计的编程,以造福人类健康、材料科学和合成生物学 | 蛋白质及其复合物的设计 | 生物信息学 | NA | 扩散模型 | 生成模型 | 蛋白质结构 | 310种蛋白质 |
1666 | 2024-08-07 |
Modulation of Higher-order Behaviour in Model Protocell Communities by Artificial Phagocytosis
2019-05-06, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.201901469
PMID:30861271
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研究论文 | 研究通过人工吞噬作用调节模型原细胞群落的高阶行为 | 探索了合成原细胞混合群体中的集体行为,利用人工吞噬过程调节生物无机原细胞混合群体的功能和高阶行为 | NA | 研究合成原细胞群落中的集体行为及其通过人工吞噬作用的调节机制 | 酶负载的二氧化硅胶体粒子和磁性皮克林乳液(MPE)滴 | 合成生物学 | NA | 人工吞噬作用 | NA | 胶体粒子、乳液滴 | 具体数量未提及 |
1667 | 2024-08-07 |
Adaptive Landscapes in the Age of Synthetic Biology
2019-05-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msz004
PMID:30657938
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研究论文 | 本文重新定义了适应性景观,将其从描述性现象学转变为基于生物过程的概念,并探讨了其在预测适应过程和适应性效应分布中的应用。 | 本文将适应性景观从比喻转变为科学框架,使其能够用于测试因果假设。 | NA | 重新定义适应性景观,并探讨其在生物进化中的应用。 | 适应性景观及其在生物进化中的机制和应用。 | 生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
1668 | 2024-08-07 |
Prediction and large-scale analysis of primary operons in plastids reveals unique genetic features in the evolution of chloroplasts
2019-04-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz151
PMID:30828719
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研究论文 | 本文通过结合实验工具和预测模型,创建了一个针对叶绿体的操纵子数据库,并进行了大规模分析,揭示了叶绿体进化中的独特遗传特征 | 本文首次大规模分析了叶绿体中的操纵子,并利用随机森林分类器进行操纵子预测,准确率高达84% | NA | 研究叶绿体操纵子的基本特征,并利用这些特征进行操纵子预测,以促进叶绿体中的代谢工程和合成生物学 | 叶绿体中的操纵子 | 生物信息学 | NA | 逆转录聚合酶链反应(Reverse-Transcription-PCR) | 随机森林分类器 | 基因序列 | 213个基因对,来自四个进化上不同的叶绿体 |
1669 | 2024-08-07 |
Rational design of inducible CRISPR guide RNAs for de novo assembly of transcriptional programs
2017-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms14633
PMID:28256578
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研究论文 | 本文报道了一种模块化和多功能框架,用于在哺乳动物细胞中快速实现可诱导的CRISPR-TRs | 该策略依赖于在单引导RNA(sgRNA)的5'端设计间隔区阻断发夹(SBH)结构,通过替换SBH环与配体控制的RNA切割单元,实现了对静默sgRNA的条件激活 | NA | 开发一种新的方法,用于在哺乳动物细胞中快速实现可诱导的CRISPR-TRs,以促进对天然基因回路的理解和细胞治疗策略的设计 | CRISPR-TRs在哺乳动物细胞中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | RNA | NA |
1670 | 2024-08-07 |
Synthetic biology approaches to fluorinated polyketides
2015-03-17, Accounts of chemical research
IF:16.4Q1
DOI:10.1021/ar500415c
PMID:25719427
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法开发新的氟化学,以扩大生物合成可及的有机氟化物多样性 | 利用合成生物学方法,通过工程化生物合成机制将氟化构建块选择性引入复杂天然产物中,以扩展生物合成有机氟化物的多样性 | 生物系统中氟化学的范围有限,已识别的有机氟天然产物不到20种 | 开发新的氟化学方法,以扩展生物合成有机氟化物的多样性 | 研究酶活性位点和代谢途径如何进化以管理和选择氟化化合物,并设计工程化的有机氟酶、途径和宿主 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | 研究了土壤微生物Streptomyces cattleya,一种已知的有机氟生物合成天然宿主 |
1671 | 2024-08-07 |
Expanding the fluorine chemistry of living systems using engineered polyketide synthase pathways
2013-09-06, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.1242345
PMID:24009388
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研究论文 | 本文展示了通过工程化的聚酮合成酶途径,利用氟乙酸作为氟化构建块,将氟引入天然产物骨架的方法 | 首次展示了通过工程化的聚酮合成酶途径,在体外和体内将氟选择性地引入聚酮骨架 | NA | 探索利用合成生物学生产复杂氟化天然产品的可能性 | 氟化天然产物 | NA | NA | 聚酮合成酶系统 | NA | NA | NA |
1672 | 2024-08-07 |
Synthetic biology. Fluorine-adding bacteria may transform natural product medicines
2013-Sep-06, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.341.6150.1052-a
PMID:24009367
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1673 | 2024-08-07 |
Racial/Ethnic Disparities and Immunotherapeutic Advances in the Treatment of Hepatocellular Carcinoma
2024-Jul-03, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16132446
PMID:39001508
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综述 | 本文综述了肝细胞癌(HCC)的治疗现状,特别是种族/民族差异及其对治疗结果的影响,并探讨了基于基因工程和分子合成生物学的新兴治疗策略。 | 介绍了基于基因工程和分子合成生物学的新兴治疗策略,这些策略显示出潜在的治疗效果。 | NA | 总结过去治疗策略,探讨当前治疗方式的形成,并展望未来可能更有效的HCC治疗策略。 | 肝细胞癌及其在不同种族/民族群体中的治疗差异。 | NA | 肝细胞癌 | 基因工程,分子和合成生物学 | NA | NA | NA |
1674 | 2024-08-07 |
Editorial: Advanced microfluidics for synthetic biology and/or biomedical applications
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1440206
PMID:39007054
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1675 | 2024-08-07 |
Direct sequencing of 2'-deoxy-2'-fluoroarabinonucleic acid (FANA) using nanopore-induced phase-shift sequencing (NIPSS)
2019-03-14, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/c8sc05228j
PMID:30996894
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研究论文 | 本文首次展示了使用纳米孔诱导相移测序(NIPSS)直接测序2'-脱氧-2'-氟阿拉伯核酸(FANA)的方法 | 首次实现了糖修饰XNA的直接测序,并发现phi29 DNA聚合酶具有先前未知的FANA逆转录酶活性 | NA | 探索和验证FANA的直接测序方法 | 2'-脱氧-2'-氟阿拉伯核酸(FANA)及其测序技术 | 分子医学 | NA | 纳米孔诱导相移测序(NIPSS) | NA | NA | 不同FANA同聚物 |
1676 | 2024-08-07 |
Towards control of cellular decision-making networks in the epithelial-to-mesenchymal transition
2019-03-07, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aaffa1
PMID:30654341
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综述 | 本文从实验/技术与理论两个角度综述了上皮-间质转化(EMT)的调控网络,并探讨了其在胚胎发育、伤口愈合和转移中的生理背景 | 介绍了新兴的合成生物技术以监测和控制细胞状态,并提出了如何驱动网络动态向所需动态吸引子(如上皮细胞状态)的理论 | NA | 旨在将关于EMT调控网络的理解转化为控制表型结果的方法,特别是在癌症治疗策略的背景下 | EMT的调控网络及其在不同生理环境中的作用 | NA | 癌症 | NA | NA | NA | NA |
1677 | 2024-08-07 |
Challenges and opportunities for natural product discovery, production, and engineering in native producers versus heterologous hosts
2019-Mar, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10295-018-2094-5
PMID:30426283
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研究论文 | 本文探讨了天然产物发现、生产和工程化在原生生产者和异源宿主中的挑战与机遇 | 利用自然进化的力量,发现具有所需遗传适应性和更高目标天然产物产量的替代生产者,以及携带编码目标天然产物骨架进化优化同类物的基因簇的新菌株 | 在理解生物合成基因簇的沉默或激活方面仍存在许多挑战,包括关键生物合成和调节基因转录的变化 | 通过利用自然进化的力量,开发新的研究策略,填补知识空白 | 天然产物的发现、生产和工程化 | 合成生物学 | NA | 代谢途径工程 | NA | 基因簇 | NA |
1678 | 2024-08-07 |
Synthetic Mutualism and the Intervention Dilemma
2019-Jan-28, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life9010015
PMID:30696090
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review | 本文综述了合成生物学在构建合成互利共生系统中的应用及其对生态系统的影响 | 探讨了合成生物学在改变特定互利共生关系中的潜力,并评估了其伦理和法律影响 | 文章主要基于理论模型和实验系统的结合,实际应用中的效果和影响可能存在不确定性 | 旨在理解合成生物学在生态系统中的应用及其对复杂关系的预测 | 合成互利共生系统和生态系统 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
1679 | 2024-08-07 |
Moulding the mould: understanding and reprogramming filamentous fungal growth and morphogenesis for next generation cell factories
2019, Biotechnology for biofuels
IF:6.1Q2
DOI:10.1186/s13068-019-1400-4
PMID:30988699
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综述 | 本文综述了丝状真菌生长和形态发生与产品产量的多方面动态关系,并探讨了通过合成生物学工具进行理性菌株优化的策略 | 介绍了基于omics数据解锁关键基因以进行理性菌株优化的可能策略,并讨论了如何通过靶向遗传操作优化真菌形态以提高性能 | NA | 探讨丝状真菌生长和形态发生与产品产量的关系,以及如何通过合成生物学工具进行理性菌株优化 | 丝状真菌及其在工业应用中的生长和形态发生 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具 | NA | omics数据 | NA |
1680 | 2024-08-07 |
Genome-Editing Technologies: Principles and Applications
2016-Dec-01, Cold Spring Harbor perspectives in biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a023754
PMID:27908936
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综述 | 本文综述了三种基础的基因编辑技术:CRISPR-Cas9、TALENs和ZFNs,并讨论了这些技术的工程进展及其在基因工程中的应用 | 介绍了这些技术在基因治疗和合成生物学中的新应用 | NA | 回顾基因编辑技术的发展及其在人类疾病研究和基因治疗中的应用 | 基因编辑技术及其在生物学和医学中的应用 | 基因编辑 | NA | CRISPR-Cas9, TALENs, ZFNs | NA | NA | NA |