合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-13	The Dawn of High-Throughput and Genome-Scale Kinetic Modeling: Recent Advances and Future Directions 2025-Aug-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00868 PMID:40262025	综述	本文回顾了高通量和基因组规模动力学建模的最新进展与未来方向	整合机器学习与机制性代谢模型、开发新型动力学参数数据库以及定制化参数策略	NA	推动系统与合成生物学、代谢工程及医学研究的规模化发展	细胞代谢过程与动态行为	计算生物学	NA	动力学建模、机器学习	机制性代谢模型	代谢参数与模拟数据	NA
162	2025-09-13	Identification of novel broad host-range promoter sequences functional in diverse Pseudomonadota by a promoter-trap approach 2024-Dec, Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s42770-024-01512-w PMID:39259478	研究论文	通过启动子捕获方法从南极微生物群落中鉴定出在多种假单胞菌门中具有广泛宿主范围功能的新型启动子序列	首次从南极微生物群落中发现13个具有广泛宿主范围功能的启动子序列，可在多种假单胞菌门细菌中驱动基因表达	NA	扩展合成生物学中的生物元件库，寻找新型广泛宿主范围启动子	南极微生物群落中的启动子序列	合成生物学	NA	启动子捕获方法	NA	基因序列数据	约2000个克隆组成的文库，从中鉴定出13个功能启动子序列
163	2025-09-13	Precision engineering of biological function with large-scale measurements and machine learning 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0283548 PMID:36989327	研究论文	本文介绍了两种用于精确设计遗传传感器的互补方法：计算机筛选和机器学习辅助的正向工程	开发了结合大规模基因型-表型数据集与机器学习的方法，能够定量精确设计具有特定剂量响应曲线的遗传传感器	NA	开发定量精确设计生物传感功能的方法	遗传传感器	合成生物学	NA	机器学习，计算机筛选	可解释机器学习模型	基因型-表型数据	大规模数据集
164	2025-09-12	The path to biotechnological singularity: Current breakthroughs and outlook 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108667 PMID:40744238	综述	本文探讨了生物技术领域当前突破性进展及其向生物技术奇点发展的前景	综合分析了基因编辑、合成生物学、人工智能、再生医学和脑机接口等多领域技术的融合趋势及其潜在影响	未涉及具体实验数据或案例研究，主要基于宏观趋势分析	展望生物技术奇点的实现路径及其对社会的影响	生物技术领域的多学科技术进展	生物技术	NA	CRISPR基因编辑、合成生物学、深度学习、干细胞研究、脑机接口	深度学习模型	NA	NA
165	2025-09-12	Microalgal bioengineering for futuristic applications in synthetic and space biology 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108665 PMID:40738416	综述	本文综述了微藻生物工程在合成生物学和空间生物学中的前沿应用，重点探讨其在地球和太空极端环境下支持生命系统的潜力	整合CRISPR基因组编辑、合成基因电路、人工智能等创新技术，开发适应太空环境的微藻系统，用于可持续生产氧气、水和营养	NA	探索微藻通过合成生物学技术改造后，在地球和太空极端环境中提供生命支持资源的应用	微藻及其基因工程衍生物	合成生物学	NA	CRISPR基因组编辑、组学技术、合成基因电路、纳米技术、人工智能	NA	NA	NA
166	2025-09-12	Harnessing biological nitrogen fixation: Multi-scale engineering for self-sustaining agroecosystems 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108687 PMID:40803658	综述	本文综述了利用生物固氮技术替代化学氮肥的多尺度工程策略，旨在构建自维持农业生态系统	提出从微生物底盘到生态系统层面的多尺度集成工程方法，包括固氮回路设计、根际微生物组重编程和工程化固氮作物	NA	提高固氮效率并实现作物的生物固氮能力，以减少农业对化学肥料的依赖	固氮原核微生物、非固氮宿主微生物、工程化作物及农业生态系统	合成生物学	NA	合成生物学方法、微生物工程、根际微生物组重编程	NA	NA	NA
167	2025-09-12	Phage therapy against Klebsiella pneumoniae: An evolving perspective 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108689 PMID:40840758	综述	本文探讨针对肺炎克雷伯菌的噬菌体疗法，分析其进化挑战并提出结合计算科学的未来策略	整合临床案例与预临床研究，提出利用机器学习进行噬菌体表征和宿主互作预测的计算路线图	NA	评估噬菌体疗法对抗多重耐药肺炎克雷伯菌的可行性及进化障碍应对策略	肺炎克雷伯菌及其与噬菌体的共进化动态	合成生物学与计算微生物学交叉领域	细菌感染性疾病	机器学习、噬菌体基因组工程	NA	临床案例数据、预实验数据、基因组数据	NA
168	2025-09-12	Multidimensional strategies for efficient heterologous protein expression in Aspergillus niger 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108690 PMID:40845950	综述	本文总结了黑曲霉高效异源蛋白表达的多维策略最新进展	从表达系统、分泌途径、代谢通量、智能发酵和多组学整合五个维度系统探讨提升异源蛋白生产效率的策略	NA	提升黑曲霉中异源蛋白的表达效率	黑曲霉	合成生物学	NA	分子生物学工具、代谢工程策略、多组学整合	NA	NA	NA
169	2025-09-12	Engineering plant hosts for high-efficiency accumulation of flavonoids: Advances, challenges and perspectives 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108692 PMID:40850536	综述	本文总结了利用系统和合成生物学方法提高植物中黄酮类化合物积累效率的研究进展、挑战与前景	提出了通过系统和合成生物学方法精确调控黄酮生物合成路径的创新策略，包括人工可修饰遗传元件设计、酶进化加速和代谢流再平衡	当前方法在精确调控单个黄酮合成方面仍存在局限性，需要下一代植物宿主系统的进一步开发	提高植物黄酮类化合物的积累效率以增强植物抗逆性和营养价值	植物宿主及其黄酮类生物合成系统	合成生物学	NA	转录调控、转运蛋白工程、蛋白质工程、级联生物催化	NA	NA	NA
170	2025-09-12	Machine learning in predictive biocatalysis: A comparative review of methods and applications 2025-Nov, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108698 PMID:40885347	综述	本文对机器学习在预测性生物催化领域的现有方法与应用进行了比较性回顾	系统比较了多种机器学习方法在酶功能预测和生物催化剂发现中的创新应用，并强调了计算工具与生化数据的交叉融合	NA	推动预测性生物催化领域的发展，促进生态友好和可持续的生物催化过程	酶分类、反应注释、酶-底物特异性、反应结果及动力学参数预测	机器学习	NA	机器学习	神经网络、CNN、图神经网络、Transformer	生化数据	NA
171	2025-09-12	Analog epigenetic memory revealed by targeted chromatin editing 2025-Sep-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100985 PMID:40930103	研究论文	本研究通过靶向染色质编辑揭示了模拟表观遗传记忆的存在，展示了染色质修饰如何维持不同水平的基因表达	发现了染色质修饰能够维持广泛基因表达水平的模拟记忆机制，突破了传统仅关注沉默状态的认知	研究基于工程化基因组报告系统和表观遗传效应器，可能无法完全反映天然染色质环境的复杂性	探究染色质修饰在维持基因表达状态中的作用机制	染色质修饰、DNA甲基化、组蛋白修饰	表观遗传学	NA	靶向染色质编辑、基因组工程	染色质修饰模型	基因表达动态数据	NA
172	2025-09-12	Hybrid AI in synthetic biology: next era in agriculture 2025-Sep-09, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2025.08.011 PMID:40930858	研究论文	本文探讨混合人工智能在合成生物学农业应用中的潜力，以应对多组学数据的复杂性	提出混合AI方法超越传统数据驱动方法，能够更有效解析多组学复杂性并指导作物性状设计	需要清晰的流程、精选数据集和自动化平台来实现其全部潜力	利用混合AI技术设计气候智能型高产作物，推动农业合成生物学发展	多基因组、多性状和多环境数据，作物基因网络	合成生物学	NA	多组学数据分析，gRNA设计	混合AI	多组学数据	NA
173	2025-09-12	Food production from air: gas precision fermentation with hydrogen-oxidising bacteria 2025-Sep-09, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.003 PMID:40930898	研究论文	本文探讨利用氢氧化细菌通过气体发酵从空气中生产食品，特别是通过精准发酵技术生产重组乳蛋白	提出将氢氧化细菌工程化为细胞工厂，用于超越单细胞蛋白的精准发酵，结合合成生物学和生物反应器设计实现可扩展生物过程	NA	开发可持续、碳中性的食品生产方式，减少对农业的依赖	氢氧化细菌（HOBs）及其在气体发酵中的应用	合成生物学	NA	气体发酵、合成生物学、代谢工程、计算建模	NA	NA	NA
174	2025-09-12	PCR-Free Site-Directed Mutagenesis on Repetitive Sequences Using Single-Stranded DNA-Assisted Double-Stranded DNA Nicking by DNAzymes 2025-Sep-08, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202509127 PMID:40626944	研究论文	介绍一种无需PCR、利用DNAzyme和单链DNA辅助对重复序列进行定点突变的新方法DANDA	首次将DNAzyme的底物范围扩展到双链超螺旋质粒，并成功在PCR不兼容的重复序列上实现突变	NA	开发一种针对重复序列的PCR-free定点突变技术	含有高度重复序列的质粒DNA	合成生物学	NA	DNAzyme切割技术，单链DNA辅助双链DNA切口	NA	分子生物学实验数据	NA
175	2025-09-12	Controlling complex rhythms: A hierarchical approach to limit cycle switching 2025-Sep-01, Chaos (Woodbury, N.Y.) DOI:10.1063/5.0296708 PMID:40932349	研究论文	本文研究非线性动力系统中通过层次化周期调制实现极限环之间的可靠切换	提出层次化逐步周期调制方法控制多节律性，实现节律状态间的可靠切换	NA	研究层次化动力转换，探索极限环之间的切换机制	非线性动力系统中的极限环	动力系统理论	NA	振荡激励	NA	NA	NA
176	2025-09-11	Genome mining and characterization of a heme-dependent enzyme catalyzing intermolecular Nitrogen-Nitrogen bond formation in hydrazinosuccinic acid biosynthesis 2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2025.08.006 PMID:40918557	研究论文	本文通过基因组挖掘发现并表征了一种新型血红素依赖酶系统，可催化分子间氮-氮键形成以合成肼基琥珀酸	发现了一种利用无机氮氧化物（如亚硝酸盐或一氧化氮）催化分子间N-N键形成的新型血红素酶系统，提出了可能涉及血红素结合氮宾中间体的催化机制	NA	探索氮-氮键形成酶在天然产物生物合成途径中的作用	血红素酶与2[4Fe-4S]铁氧还蛋白伴侣组成的蛋白质复合物	生物化学	NA	基因组挖掘、体内外重构实验、结构建模、定点诱变	NA	基因组数据、酶学数据	NA
177	2025-09-11	Spatial Organization of the Metabolic Pathway for Enhancing l-Fucose Biosynthesis in Engineered Escherichia coli 2025-Sep-10, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c06801 PMID:40853549	研究论文	本研究通过合成空间组织策略优化工程大肠杆菌中的L-岩藻糖生物合成途径	采用无支架酶组装和工程蛋白区室实现代谢途径的空间组织，有效解决通量竞争和中间体毒性问题	NA	通过空间组织策略增强微生物生物合成效率	工程大肠杆菌	合成生物学	NA	RIAD-RIDD肽相互作用、DIX结构域介导的蛋白区室化	NA	NA	NA
178	2025-09-11	The oxidative rearrangements in bacterial aromatic polyketide biosynthesis 2025-Sep-10, Natural product reports IF:10.2Q1 DOI:10.1039/d5np00049a PMID:40927919	综述	本文综述了细菌芳香聚酮化合物生物合成中的氧化重排反应，重点探讨了相关酶的催化机制与化学多样性	系统总结了多种氧化还原酶（如黄素单加氧酶、酮还原酶、双加氧酶等）在芳香聚酮重排中的创新催化作用，揭示了罕见的化学规律	NA	阐明细菌芳香聚酮生物合成中氧化重排反应的酶学机制与化学基础	细菌芳香聚酮化合物及其生物合成酶系	合成生物学	NA	酶催化机制分析	NA	文献数据与酶学分析	NA
179	2025-09-11	Population-level bistability in Pseudomonas aeruginosa quorum sensing 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01713-25 PMID:40928267	研究论文	本研究通过实验证明铜绿假单胞菌群体感应系统在种群水平上表现出双稳态特性，即细胞群体同步在两种稳定状态间切换	首次在天然群体感应系统中实验证实种群水平双稳态是核心涌现特性，并揭示其滞后性和记忆效应	研究主要基于铜绿假单胞菌LasI/LasR系统，其他QS系统的普适性需进一步验证	探究细菌群体感应系统在种群和单细胞水平的行为特性	铜绿假单胞菌及其群体感应系统控制的基因	微生物学	NA	单细胞测量、数学建模	NA	基因表达数据	使用模式细菌铜绿假单胞菌群体及单细胞样本
180	2025-09-11	STAGE: A compact and versatile TnpB-based genome editing toolkit for Streptomyces 2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2509146122 PMID:40857323	研究论文	开发了一种基于TnpB的紧凑型基因组编辑工具包STAGE，用于链霉菌的高效基因编辑	利用尺寸仅为Cas9三分之一的ISDra2 TnpB开发新型编辑工具，实现高效精确编辑，并通过AI辅助蛋白质工程获得近100%编辑效率的变体	NA	解决链霉菌基因操作工具缺乏的问题，开发高效基因组编辑平台	链霉菌工业菌株	合成生物学	NA	CRISPR-TnpB系统，AI辅助蛋白质工程，同源序列分析	NA	基因组数据	两种重要工业链霉菌菌株