合成生物学相关文章
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当前共找到 159 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
DeepCME: A deep learning framework for computing solution statistics of the chemical master equation
2021-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009623
PMID:34879062
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的方法DeepCME，用于计算化学主方程（CME）解的统计量 | 利用深度神经网络（DNNs）的优越近似性质，通过重新构建使用Kolmogorov后向方程的随机动力学，可靠地估计CME解下用户定义状态向量函数的期望 | NA | 开发一种新的深度学习方法，用于计算高维CME解的统计量 | 化学主方程（CME）的解及其对反应网络参数（如速率常数）的敏感性 | 机器学习 | NA | 深度神经网络（DNNs） | DNN | NA | NA |
| 62 | 2024-08-07 |
Independent control of mean and noise by convolution of gene expression distributions
2021-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27070-5
PMID:34845228
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研究论文 | 本文通过理论证明和实验验证，展示了通过在同一细胞中从两个可诱导启动子表达两个基因拷贝，可以独立控制基因表达的均值和噪声 | 提出了一种新的方法，通过在同一细胞中使用两个可诱导启动子表达两个基因拷贝，实现对基因表达均值和噪声的独立控制 | NA | 研究基因表达噪声对细胞适应性和生物过程的影响 | 基因表达的均值和噪声控制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | 使用大肠杆菌进行实验验证 |
| 63 | 2024-08-07 |
Bioremediation of Per- and Poly-Fluoroalkyl Substances (PFAS) by Synechocystis sp. PCC 6803: A Chassis for a Synthetic Biology Approach
2021-Nov-26, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life11121300
PMID:34947832
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研究论文 | 本文评估了Synechocystis sp. PCC 6803在PFAS污染水体中的生物修复潜力，并探讨了其在PFAS去除中的作用机制 | 首次报道了Synechocystis sp. PCC 6803在PFAS富集水体中的应用，并揭示了其在PFAS去除中的潜在机制 | 研究仅初步探讨了PFAS的去除机制，仍需进一步的代谢工程研究以优化其应用 | 评估Synechocystis sp. PCC 6803在PFAS污染水体中的生物修复潜力 | Synechocystis sp. PCC 6803在PFAS污染水体中的应用及其去除机制 | 生物技术 | NA | 呼吸测量法 | NA | 生物数据 | 未具体说明样本数量 |
| 64 | 2024-08-07 |
Capsid Structure of Anabaena Cyanophage A-1(L)
2021-11-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/JVI.01356-21
PMID:34549983
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研究论文 | 本文报道了淡水蓝藻病毒A-1(L)的3.35 Å冷冻电镜结构，这是首个接近原子分辨率的T数为9的病毒衣壳结构 | A-1(L)病毒衣壳采用了一种独特的非共价链甲结构，通过两种榫卯式衣壳间相互作用稳定，这种结构使得A-1(L)具有仅由主要衣壳蛋白组成的刚性衣壳 | NA | 揭示蓝藻病毒A-1(L)衣壳的结构，以更好地理解其组装过程，并为未来的研究与应用提供结构平台 | 淡水蓝藻病毒A-1(L)的衣壳结构 | NA | NA | 冷冻电镜 | NA | 结构 | NA |
| 65 | 2024-08-07 |
LoxTnSeq: random transposon insertions combined with cre/lox recombination and counterselection to generate large random genome reductions
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13714
PMID:33325626
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research paper | 本文介绍了一种名为LoxTnSeq的新方法，用于生成和编录基因组减少突变体库 | LoxTnSeq结合了通过转座子突变随机整合lox位点，以及通过Cre重组酶生成突变体，并通过深度测序进行编录 | LoxTnSeq方法在删除基因后可能由于上位相互作用导致基因必需性的意外变化，导致这些必需性图谱的冗余 | 开发一种新的方法来生成和编录基因组减少突变体库，以去除不需要的遗传物质 | 自然基因组减少的细菌Mycoplasma pneumoniae | synthetic biology | NA | deep sequencing | NA | genomic data | 285个独特的删除突变体，删除范围从50bp到28Kb，占基因组总量的21% |
| 66 | 2024-08-07 |
High-efficiency production of bisabolene from waste cooking oil by metabolically engineered Yarrowia lipolytica
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13768
PMID:33605546
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研究论文 | 本研究首次通过合成生物学和代谢工程策略，将油脂酵母Yarrowia lipolytica工程化，以从废食用油中高效生产α-bisabolene、β-bisabolene和γ-bisabolene | 首次报道了利用代谢工程策略在Y. lipolytica中生产bisabolene，并探索了从废食用油中生产bisabolene的潜力 | NA | 开发一种竞争性和环境可持续的方法，用于工业生产bisabolene | α-bisabolene、β-bisabolene和γ-bisabolene的生产 | 代谢工程 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-07 |
Metabolic engineering of microorganisms for the production of multifunctional non-protein amino acids: γ-aminobutyric acid and δ-aminolevulinic acid
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13783
PMID:33675575
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研究论文 | 本文探讨了通过代谢工程策略在微生物中合成γ-氨基丁酸（GABA）和δ-氨基乙酸（ALA）的效率 | 文章分析并比较了多种代谢策略的效率，并提供了实现工业竞争性菌株的见解 | NA | 研究如何通过代谢工程提高微生物合成GABA和ALA的产量 | γ-氨基丁酸（GABA）和δ-氨基乙酸（ALA）的微生物合成 | 代谢工程 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-07 |
Attenuator LRR - a regulatory tool for modulating gene expression in Gram-positive bacteria
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13797
PMID:33720523
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研究论文 | 本研究展示了在先前工作中发现的依赖于核糖体的RNA调节器LRR在调节基因表达方面的吸引力表现 | LRR提供了60倍的表达变化，并且在没有抗生素的情况下具有约1-2%的低泄漏表达，还能与不同启动子结合并在多种细菌中表现良好 | NA | 展示LRR在合成生物学中的应用潜力 | LRR在不同细菌中的基因表达调节能力 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 涉及多种细菌，如Bacillus thuringiensis, B. cereus, B. amyloliquefaciens, B. subtilis和Escherichia coli |
| 69 | 2024-08-07 |
Programming living sensors for environment, health and biomanufacturing
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13820
PMID:33960658
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综述 | 本文总结了合成生物学的最新进展，并讨论了这些进展如何加速微生物传感器的开发，提高其性能并解决现有局限性，以促进其在实际环境中的应用 | 介绍了合成生物学中的新技术，如电路设计、生物遏制和机器学习，以解决微生物传感器的技术和社会限制 | 尽管实验室中已证明概念成功，但微生物传感器的实际应用仍受限于技术和社会限制 | 探讨合成生物学如何加速微生物传感器的发展，提高性能并解决现有局限性 | 微生物传感器在环境监测、疾病诊断和适应性生物制造中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术，包括电路设计、生物遏制和机器学习 | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-07 |
DisCoTune: versatile auxiliary plasmids for the production of disulphide-containing proteins and peptides in the E. coli T7 system
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13895
PMID:34405535
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研究论文 | 本文介绍了两种DisCoTune质粒的设计，这些质粒能够在广泛使用的Escherichia coli T7蛋白生产系统中促进二硫键的形成，从而提高含有二硫键的蛋白质和多肽的产量和活性 | DisCoTune质粒的设计改进了二硫键在E. coli T7系统中的形成效率，显著提高了工业蛋白酶和芋螺毒素的产量和活性 | NA | 开发和优化用于在E. coli T7系统中高效形成二硫键的合成生物学工具和异源生产系统 | 含有二硫键的分泌蛋白和多肽 | 生物技术 | NA | E. coli T7蛋白生产系统 | NA | 蛋白质和多肽 | NA |
| 71 | 2024-08-07 |
The world of ribonucleases from pseudomonads: a short trip through the main features and singularities
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13890
PMID:34427985
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综述 | 本文综述了假单胞菌中核糖核酸酶的当前知识和独特性质，涉及基因组上下文分析、生物学功能以及利用核糖核酸酶改进生物技术过程的策略 | 探讨了非模型假单胞菌中调控层的复杂性和多样性，以及其在生物技术中的应用潜力 | 假单胞菌缺乏深入的调控层理解和有限的分子工具 | 总结假单胞菌中核糖核酸酶的知识和特性，并探讨其在生物技术中的应用 | 假单胞菌中的核糖核酸酶及其在生物技术中的应用 | 生物技术 | NA | 基因组上下文分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 72 | 2024-08-07 |
Synthetic biology beyond borders
2021-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13966
PMID:34792854
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-07 |
Immortalizing Cells for Human Consumption
2021-Oct-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms222111660
PMID:34769088
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研究论文 | 本文探讨了细胞农业领域中用于生产肉类和其他动物产品的永生化细胞系的必要性和挑战 | 文章提出了用于培养肉类的细胞系需要具备的独特属性，包括食品安全性、工业规模下的高效增殖和分化能力以及良好的口感、质地和营养特性 | 目前适合用于培养肉类的永生化细胞系数量有限，且需要满足特定的安全和质量标准 | 定义所需的细胞系类型，探讨现有生产新细胞系的方法及其局限性，并考虑用于培养肉类的细胞系的特殊要求 | 永生化细胞系在细胞农业中的应用，特别是用于生产培养肉类的细胞系 | 组织工程 | NA | 组织工程，合成生物学 | NA | 细胞系 | NA |
| 74 | 2024-08-07 |
Gene-circuit therapy on the horizon: synthetic biology tools for engineered therapeutics
2021-Aug-30, Acta biochimica Polonica
IF:1.4Q4
DOI:10.18388/abp.2020_5744
PMID:34460209
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研究论文 | 本文讨论了合成生物学工具在设计治疗系统及其组件中的定量功能，以及其在治疗环境中的应用 | 合成生物学为设计治疗系统及其组件提供了新的定量功能机会 | 当前的基因和细胞治疗方法依赖于半定量方法，对时间、情境性和转基因表达水平的影响有限 | 探讨合成生物学工具在治疗环境中的应用及其未来发展前景 | 合成生物学工具及其在治疗中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | 基因电路 | NA | NA |
| 75 | 2024-08-07 |
Using EuGeneCiD and EuGeneCiM computational tools for synthetic biology
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100820
PMID:34585158
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用EuGeneCiD和EuGeneCiM计算工具进行合成生物学设计和建模的优化方法 | 提出了一种基于优化工具的合成生物学设计和建模方法，有助于提高遗传电路设计的成功率 | NA | 探索合成生物学中遗传电路设计的计算方法 | 遗传电路的设计和筛选 | 合成生物学 | NA | 计算优化工具 | NA | 遗传电路设计数据 | NA |
| 76 | 2024-08-07 |
Directed Signaling Cascades in Monodisperse Artificial Eukaryotic Cells
2021-10-26, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.1c04219
PMID:34570489
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研究论文 | 本研究通过微流控平台生产单分散多泡囊泡（MVVs）作为合成真核细胞，并展示其在不同隔室间进行定向化学通信的能力 | 开发了一种微流控平台，能够高效生产具有三个独立内隔室的脂质基MVVs，并展示其在隔室间进行定向化学通信的能力 | NA | 解决多隔室人工细胞能够沿着特定空间路径定向生物化学反应的工程挑战 | 单分散多泡囊泡（MVVs）作为合成真核细胞 | 合成生物学 | NA | 微流控技术 | NA | 囊泡 | NA |
| 77 | 2024-08-07 |
Plastic-Degrading Potential across the Global Microbiome Correlates with Recent Pollution Trends
2021-10-26, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02155-21
PMID:34700384
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研究论文 | 本研究利用全球环境DNA采样项目，构建隐马尔可夫模型并挖掘海洋和土壤宏基因组，评估微生物降解塑料的全球潜力 | 本研究首次编译了超过30,000种非冗余酶同源物目录，这些酶具有降解10种不同塑料类型的潜力，并发现海洋酶丰度随深度增加与塑料污染趋势相关 | 尽管研究揭示了微生物降解塑料的潜力，但自然降解过程仍然非常缓慢，且微生物群落中仍存在未探索的多样性 | 探讨全球微生物降解塑料的潜力及其与塑料污染趋势的相关性 | 全球微生物群落及其降解塑料的能力 | 环境科学 | NA | 隐马尔可夫模型 | 隐马尔可夫模型 | 宏基因组数据 | 超过30,000种非冗余酶同源物 |
| 78 | 2024-08-07 |
Cell-free riboswitches
2021-Oct-07, RSC chemical biology
IF:4.2Q2
DOI:10.1039/d1cb00138h
PMID:34704047
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综述 | 本文综述了在原核和真核细胞无细胞系统中起作用的合成无细胞核糖开关，以提供当前无细胞核糖开关技术及其局限性的现状 | 无细胞核糖开关能够检测化学信号并通过调控无细胞蛋白质合成系统中的蛋白质合成来响应 | 文章提到无细胞核糖开关技术存在局限性，但未具体说明 | 探讨无细胞合成生物学中构建复杂生物化学和遗传系统的可能性 | 无细胞核糖开关及其在无细胞系统中的应用 | 合成生物学 | NA | RNA-配体相互作用 | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-07 |
Understanding and mathematical modelling of cellular resource allocation in microorganisms: a comparative synthesis
2021-Sep-28, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04382-3
PMID:34583645
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综述 | 本文综述了微生物细胞资源分配的原则、假设和数学模型，旨在总结该领域的重要成就并探讨其潜在的生理根源 | 本文重新审视了资源分配现象的竞争性假设，特别是溢出代谢现象的生理根源，并分析了蛋白质组分与核糖体机器分配之间的可能联系 | 文章指出，关于溢出代谢的生理根源和‘蛋白质成本’的正确解释等几个重要问题仍然悬而未决 | 旨在更清晰地理解资源分配在解决细菌生长策略中的作用 | 微生物细胞资源分配现象及其生理根源 | NA | NA | NA | 数学模型 | NA | NA |
| 80 | 2024-08-07 |
Rapid prototyping and design of cybergenetic single-cell controllers
2021-09-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25754-6
PMID:34561433
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cyberloop的测试框架，用于加速生物分子控制器的设计和实现过程 | 提出了Cyberloop框架，通过实时细胞荧光测量和计算机模拟，实现了对生物分子控制器的快速设计和测试 | NA | 旨在解决合成生物学中合成电路设计的不确定性和耗时问题 | 研究了不同生物分子控制器在酵母细胞中的应用及其性能 | 合成生物学 | NA | optogenetic tools | NA | 细胞荧光测量 | NA |