合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-07	CRISPR screens in plants: approaches, guidelines, and future prospects 2021-May-31, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koab099 PMID:33823021	review	本文讨论了在植物中建立CRISPR筛选的一般概念、工具和工作流程，并分析了近期使用该策略生成突变敲除集合或多样化DNA序列的报告	探讨了CRISPR筛选在高度重复的植物基因组中研究冗余基因功能的独特多重能力，并讨论了如何结合这一方法与过去二十年生成的众多基因组轮廓，以更深入地解析植物基因组	CRISPR筛选在植物中的应用仍处于初级阶段，存在设计和实施上的挑战	探讨CRISPR筛选在植物基因组工程中的应用及其未来前景	植物基因组中的基因功能和调控网络	基因组工程	NA	CRISPR	NA	基因组数据	NA
142	2024-08-07	High-Performance Allosteric Conditional Guide RNAs for Mammalian Cell-Selective Regulation of CRISPR/Cas 2021-May-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00037 PMID:33930275	研究论文	本文介绍了一种高性能的变构条件性引导RNA（cgRNA），用于在哺乳动物细胞中选择性调控CRISPR/Cas功能	开发了变构cgRNA机制，允许独立设计目标和触发序列，提供了选择调控目标和范围的灵活性	NA	旨在为哺乳动物细胞设计高性能的变构cgRNA机制，追求ON → OFF和OFF → ON逻辑	变构条件性引导RNA（cgRNA）及其在哺乳动物细胞中的应用	RNA纳米技术	NA	NUPACK	NA	RNA	在HEK 293T细胞中进行了实验，包括四个ON → OFF '终止开关' cgRNA和三个OFF → ON '分裂终止开关' cgRNA的库
143	2024-08-07	Expanding the Potential of Mammalian Genome Engineering via Targeted DNA Integration 2021-Mar-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00576 PMID:33596056	综述	本文综述了通过CRISPR/Cas9系统和位点特异性重组酶在哺乳动物细胞中进行靶向DNA插入的两种不同机制	强调了位点特异性重组酶在靶向DNA插入方面的优势，特别是可编程重组酶的最新发展	CRISPR/Cas9系统依赖于线性化DNA供体和细胞内修复途径，存在插入尺寸小和编辑结果不理想等局限	探讨如何通过蛋白质工程进一步扩展哺乳动物细胞中靶向DNA插入的工具箱	CRISPR/Cas9系统和位点特异性重组酶在哺乳动物细胞中的应用	基因工程	NA	CRISPR/Cas9, 位点特异性重组酶	NA	DNA序列	NA
144	2024-08-07	Prime Editing Guide RNA Design Automation Using PINE-CONE 2021-Feb-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00445 PMID:33464043	研究论文	本文介绍了一种名为PINE-CONE的软件工具，用于自动化设计prime editing guide RNA（pegRNA），以提高prime editing技术的应用效率	PINE-CONE能够实现pegRNA的高通量自动化设计，简化了prime editing策略的实施流程	NA	开发一种工具以加速prime editing技术在合成生物学和生物医学研究中的应用	prime editing guide RNA（pegRNA）的设计与应用	合成生物学	阿尔茨海默病	prime editing	NA	DNA序列	一个针对阿尔茨海默病单核苷酸多态性（SNPs）的pegRNA库
145	2024-08-07	Development of a CRISPR/Cpf1 system for targeted gene disruption in Aspergillus aculeatus TBRC 277 2021-Feb-11, BMC biotechnology IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12896-021-00669-8 PMID:33573639	研究论文	本研究开发了一种基于AMA1的单CRISPR/Cpf1表达载体，用于在Aspergillus aculeatus TBRC 277中靶向破坏pyrG基因	首次报道了在A. aculeatus TBRC 277物种中使用FnCpf1作为替代的II类（V型）核酸酶	NA	探索CRISPR/Cpf1技术在丝状真菌中的应用，以促进菌株改良和功能基因组学研究	Aspergillus aculeatus TBRC 277中的pyrG基因	生物技术	NA	CRISPR/Cpf1	NA	DNA	三种不同的引导crRNAs
146	2024-08-07	Guide RNA Design for Genome-Wide CRISPR Screens in Yarrowia lipolytica 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_8 PMID:33847986	研究论文	本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中进行全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计方法	提出了针对CRISPR-Cpf1和CRISPR-Cas9系统的全基因组引导RNA设计算法	NA	开发用于非模式生物中全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计策略	Yarrowia lipolytica酵母的全基因组	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9, CRISPR-Cpf1	NA	基因组数据	NA
147	2024-08-07	CRISPR Interference and Activation to Modulate Transcription in Yarrowia lipolytica 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_6 PMID:33847984	研究论文	本文介绍了在非传统酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR干扰（CRISPRi）和CRISPR激活（CRISPRa）系统来调节内源基因转录的方法	开发了CRISPRi和CRISPRa系统，以实现对Y. lipolytica中基因表达的更精细控制	NA	提高在Y. lipolytica中控制基因表达的能力，以促进更先进的合成生物学和代谢工程研究	Yarrowia lipolytica中的基因表达调控	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9系统	CRISPRi和CRISPRa	基因表达数据	NA
148	2024-08-07	Advances in production and structural derivatization of the promising molecule ursolic acid 2021-Nov, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202000657 PMID:34096160	综述	本文综述了熊果酸（UA）的生产、结构修饰及其在药物活性增强方面的研究进展	探讨了通过代谢工程和合成生物学实现UA及其衍生物的绿色合成，并讨论了大规模微生物生产UA的潜力	NA	旨在探索更多多样化的结构以提高UA的药理活性，并增加其生物产量以满足工业需求	熊果酸及其衍生物	NA	NA	代谢工程，合成生物学	NA	NA	NA
149	2024-08-07	Plant cell cultures as heterologous bio-factories for secondary metabolite production 2021-09-13, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2021.100235 PMID:34746764	研究论文	本文探讨了利用植物细胞培养作为异源生物工厂生产高价值植物特异性次级代谢物的潜力	提出植物细胞培养作为生产高价值代谢物的新型异源系统，具有安全、低成本和环保的优势	目前利用植物平台生物合成代谢物的种类有限，异源生物合成途径的引入尚未广泛应用	探讨植物细胞培养在生产高价值植物特异性代谢物中的应用前景	植物细胞培养及其在次级代谢物生产中的应用	NA	NA	CRISPR-Cas9基因组编辑	NA	NA	涉及多种植物物种的细胞培养
150	2024-08-07	LED control of gene expression in a nanobiosystem composed of metallic nanoparticles and a genetically modified E. coli strain 2021-Jun-26, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-021-00937-x PMID:34174890	研究论文	本文设计了一种由生物相容性金纳米颗粒和基因改造的E. coli组成的纳米生物系统，该系统可通过LED光进行光热触发，实现mCherry荧光蛋白的生产。	提出了一种新的、更便宜、可扩展且对生物体无破坏性的光热蛋白生产系统。	需要进一步研究以优化生物光感受器的设计，并确保其对不同波长的响应。	开发一种非侵入性的外部基因表达调控方法，具有时空控制和可扩展性，同时对系统影响最小。	基因改造的微生物和金属纳米颗粒。	生物技术	NA	纳米技术	NA	NA	NA
151	2024-08-07	Combining Metabolic and Monoterpene Synthase Engineering for de Novo Production of Monoterpene Alcohols in Escherichia coli 2021-06-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00081 PMID:34100588	研究论文	本研究通过结合代谢工程和单萜合成酶工程，在埃希氏菌中提高了非环状萜醇和双环萜醇的生产	通过结构模拟和位点定向突变筛选出能显著提高非环状萜醇或双环萜醇生产的变体，并优化了发酵过程，实现了微生物中萜醇的最高产量	NA	开发一种组合工程策略，用于微生物生产天然萜醇	非环状萜醇（萘醇）和双环萜醇（硼醇）的生产	代谢工程	NA	代谢工程，合成生物学	NA	NA	埃希氏菌工程菌株ENO2和ENB57分别生产966.55 mg/L萘醇和87.20 mg/L硼醇
152	2024-08-07	Engineering Tobacco Mosaic Virus and Its Virus-Like-Particles for Synthesis of Biotemplated Nanomaterials 2021-Apr, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202000311 PMID:33135368	综述	本文综述了烟草花叶病毒（TMV）及其病毒样颗粒（VLP）作为生物模板合成功能性纳米材料的特性及其应用	文章探讨了通过合成生物学、机器学习等领域的进展，如何加速控制模板均匀性和纳米材料合成的努力，以促进VLP基生物模板在工业中的更广泛应用	目前控制VLP表面特征的技术较为成熟，但控制VLP自组装的工具较少，这限制了对模板均匀性和某些模板化纳米材料合成的控制	探讨如何通过遗传修饰和自组装过程的控制，扩展TMV及其VLP在纳米材料合成中的应用和功能	研究对象为烟草花叶病毒及其病毒样颗粒，以及它们在纳米材料合成中的应用	NA	NA	NA	NA	NA	NA
153	2024-08-07	Imaging of multiple fluorescent proteins in canopies enables synthetic biology in plants 2021-04, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13510 PMID:33179383	研究论文	本文介绍了一种新的平台——荧光诱导激光投影仪（FILP），用于远距离成像表达多种荧光蛋白基因的植物冠层	首次展示了在植物冠层中成像多种荧光蛋白的能力，并利用FILP系统进行了快速合成启动子筛选	NA	探索利用荧光蛋白技术在植物生物学中的应用，特别是通过成像技术研究转基因植物的表型	转基因植物中表达的多种荧光蛋白	生物技术	NA	荧光成像	NA	图像	在实验室激光范围内对20种荧光蛋白进行了成像
154	2024-08-08	In-Depth Computational Analysis of Natural and Artificial Carbon Fixation Pathways 2021, Biodesign research DOI:10.34133/2021/9898316 PMID:37849946	研究论文	本文通过计算方法深入分析自然和人工碳固定途径，比较其特定活性和产量	提出了两个新的碳固定循环：还原柠檬酸CoA循环和2-羟基戊二酸反三羧酸循环，并预测其具有与最佳自然循环相匹配的特定活性和产品-底物产量	文章未明确指出具体限制	探索和比较不同碳固定途径的性能，以预测哪种途径更优	自然和人工碳固定途径的特定活性和产量	生物技术	NA	计算分析	酶成本最小化算法	动力学和热力学数据	所有途径的所有酶的全面动力学数据集
155	2024-08-08	CFPU: A Cell-Free Processing Unit for High-Throughput, Automated In Vitro Circuit Characterization in Steady-State Conditions 2021, Biodesign research DOI:10.34133/2021/2968181 PMID:37849954	研究论文	本文开发了一种自动化的无细胞处理单元（CFPU），用于在稳态条件下进行高通量的体外电路特性分析	CFPU包含280个可单独编程的恒化器，能够实现持续的长期稳态条件，并使用微流体脉宽调制（PWM）实时生成tx-tl试剂组成，具有更高的吞吐量、更低的试剂消耗和整体更高的功能	NA	旨在促进合成电路设计和实施的自动化	开发和应用自动化的无细胞处理单元（CFPU）进行体外电路特性分析	合成生物学	NA	微流体技术	NA	NA	CFPU包含280个恒化器