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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-19 |
Debottlenecking the L-DOPA 4,5-dioxygenase step with enhanced tyrosine supply boosts betalain production in Nicotiana benthamiana
2024-06-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae166
PMID:38498597
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研究论文 | 该研究通过增强L-酪氨酸供应并解除L-DOPA 4,5-双加氧酶(DODA)瓶颈,提高了本氏烟草中甜菜色素的生产 | 发现DODA是甜菜色素生物合成的主要限速步骤,通过共表达BvTyrAα和DODA解除瓶颈,使甜菜色素产量达到或超过食用甜菜中的水平 | 研究仅在本氏烟草叶片中进行,未在其他植物宿主或规模化生产条件下验证 | 研究增强前体供应与有效利用的协调对植物合成生物学中目标化合物高产的影响 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana)叶片中的甜菜色素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | 甜菜色素生物合成途径,包括BvTyrAα、CYP76AD1、DODA和cyclo-DOPA 5-O-葡萄糖基转移酶 | 食品,医药 |
| 2 | 2026-09-19 |
A new era of cancer immunotherapy: combining revolutionary technologies for enhanced CAR-M therapy
2024-06-01, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02032-9
PMID:38824567
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综述 | 本文系统综述了CAR-M疗法的最新进展,涵盖基础研究和临床试验,并探讨了利用原位基因修饰、合成生物学和生物材料辅助基因递送等革命性技术增强CAR-M疗法的策略 | 提出将原位基因修饰、合成生物学技术和生物材料支持的基因转移等革命性技术相结合,以创建疗效更好、安全性更高、可及性更强的CAR-M疗法新时代 | CAR-M疗法在实现其全部潜力方面仍面临主要障碍,但本文未在摘要中具体说明这些障碍的具体内容 | 全面审视CAR-M疗法的最新进展,分析阻碍其实现全部潜力的主要障碍,并探讨克服这些障碍的潜在策略 | CAR-M疗法(嵌合抗原受体巨噬细胞疗法),包括基础科学研究和临床试验 | 免疫治疗 | 实体瘤 | 原位基因修饰,合成生物学技术,生物材料支持的基因转移 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 嵌合抗原受体(CAR) | 医学 |
| 3 | 2026-09-16 |
Enzyme cascades for in vitro and in vivo FMN prenylation and UbiD (de)carboxylase activation under aerobic conditions
2024, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2024.10.015
PMID:39572138
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研究方法论文 | 本文介绍了在有氧条件下通过酶级联反应与再生系统实现体外和体内FMN异戊二烯化及UbiD(脱)羧化酶激活的两种实验方案 | 提出了在有氧条件下利用酶级联与再生系统实现高效体外和体内FMN异戊二烯化及UbiD激活的稳健方法,克服了重组UbiD酶无活性的问题 | 摘要未提及具体局限性 | 开发稳健的体外和体内FMN异戊二烯化及UbiD激活方法,以促进新型UbiD(脱)羧化酶的发现与研究 | UbiD样(脱)羧化酶、UbiX FMN异戊二烯转移酶、prFMN辅因子 | 合成生物学 | NA | 酶级联反应、再生系统、重组蛋白表达 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 酶级联与再生系统 | 生物催化、合成生物学 |
| 4 | 2026-09-13 |
MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00316
PMID:39190860
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研究论文 | 该研究通过改造底物宽泛的通用脱氨酶,构建了单一嵌合酶MutaT7GDE,可同时靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷,实现体内所有可能转换突变的高效、均衡、靶向和持续安装 | 利用新工程的底物宽泛型通用脱氨酶(GDEs)建立了基于单一嵌合酶的简化系统,可同时靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷,实现所有可能转换突变的高效安装,比现有更繁琐的MutaT7工具更高效 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 开发一种简化、高效、均衡且持续的体内靶向基因多样化工具,用于定向进化过程中目标基因的多样化 | MutaT7嵌合蛋白、通用脱氨酶(GDEs)、T7 RNA聚合酶、目标基因 | 合成生物学 | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术、定向进化、体内诱变 | NA | NA | 四种不同的MutaT7构建体 | NA | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合嵌合酶(MutaT7GDE) | 医学、工业生物技术 |
| 5 | 2024-08-07 |
Revealing the grammar of small RNA secretion using interpretable machine learning
2024-04-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100522
PMID:38460515
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研究论文 | 本文介绍了ExoGRU机器学习模型,用于预测小RNA从初级RNA序列中的分泌概率,并通过实验验证了其性能 | 开发了ExoGRU模型和exoCLIP技术,揭示了小RNA分泌的cis和trans因子,包括已知和新发现的RNA结合蛋白 | NA | 揭示小RNA分泌的生物学机制,并探索其在治疗和合成生物学中的应用 | 小RNA的分泌机制及其相关的RNA结合蛋白 | 机器学习 | NA | 机器学习 | ExoGRU | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2026-09-13 |
Edible mycelium bioengineered for enhanced nutritional value and sensory appeal using a modular synthetic biology toolkit
2024-03-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46314-8
PMID:38485948
|
研究论文 | 本文开发了针对可食用米曲霉的模块化合成生物学工具包,包括CRISPR-Cas9基因整合方法、中性位点和可调启动子,并用于提高麦角硫因和血红素的产量 | 首次为可食用米曲霉开发模块化合成生物学工具包,并成功应用于提高食品营养价值和感官吸引力 | 文中未明确提及研究限制 | 开发适用于可食用真菌的合成生物学工具,并增强真菌食品的营养价值和感官吸引力 | 米曲霉(Aspergillus oryzae) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 米曲霉(Aspergillus oryzae) | 麦角硫因和血红素的代谢途径工程 | 食品 |
| 7 | 2026-09-10 |
Tailored UPRE2 variants for dynamic gene regulation in yeast
2024-05-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2315729121
PMID:38687789
|
研究论文 | 本文通过创建UPRE2突变体文库并筛选出响应性增强、动态范围更宽的元件,应用于酵母基因调控。 | 创制了UPRE2m突变体文库,筛选出活性显著提高的元件,并揭示Hac1与UPRE2m的相互作用机制。 | 文中未提及具体限制。 | 构建用于酵母基因动态调控的增强型UPRE2元件。 | UPRE2突变体文库、转录因子Hac1、启动子元件。 | 合成生物学 | NA | 分子建模、定点突变 | NA | 基因序列 | NA | 定点突变 | 酿酒酵母 | 非折叠蛋白响应(UPR)信号调控通路 | 工业生物技术 |
| 8 | 2026-09-09 |
Mechanism-based and data-driven modeling in cell-free synthetic biology
2024-Jun-20, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc01289e
PMID:38847387
|
综述 | 本文聚焦于细胞游离合成生物学中的机制建模与数据驱动建模两种方法,并探讨其在合成遗传电路设计与优化中的应用。 | 系统性地对比了机制建模和数据驱动建模在无细胞系统中的应用,强调了两种方法的互补性和最新进展。 | 未详述具体模型或实验结果,可能停留在概念层面。 | 为了探索无细胞合成生物学中的建模方法潜力,以促进合成遗传电路的设计与优化。 | 无细胞系统,例如用于合成电路原型、生物传感器开发和生物制造的过程。 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统技术 | 机制模型和数据驱动模型 | 实验数据(具体类型未指明) | NA | NA | 无细胞系统 | 合成遗传电路 | 生物技术、生物制造、生物传感器 |
| 9 | 2026-09-08 |
Templated Pluripotent Stem Cell Differentiation via Substratum-Guided Artificial Signaling
2024-10-14, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00885
PMID:39352143
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PSC-MATRIX的平台,该平台结合细胞工程与生物材料设计,通过底物引导的人工信号传导,实现多能干细胞的可控分化。 | 该平台首次将可编程生物材料扩展到多能干细胞,通过正交信号传导激活形态发生素产生,实现对基因表达的时间与空间控制,从而以非天然信号通道探究发育事件。 | 文中未提及具体局限性,但平台目前仅在特定培养条件下验证,可能限制其广泛适用性。 | 开发一种合成生物学工具,用于研究多能干细胞分化中的分子机制,并指导细胞命运决定。 | 人类多能干细胞(PSCs),特别是经合成Notch(synNotch)工程化的细胞。 | 合成生物学 | NA | 细胞工程、生物材料设计、合成Notch信号传导 | NA | 图像和分子生物学数据 | 未具体说明,但涉及人类多能干细胞培养,最长11天 | 合成Notch(synNotch) | 人类多能干细胞 | 人工信号传导回路,用于响应可溶性输入并控制转基因表达,以调控分化 | 医学、生物技术 |
| 10 | 2026-09-07 |
Strategies in engineering sustainable biochemical synthesis through microbial systems
2024-08, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2024.102493
PMID:38971129
|
综述 | 本文综述了通过系统和合成生物学耦合,结合人工智能和代谢工程,实现微生物系统可持续生化合成,以替代化石燃料衍生化学品并推动绿色生物技术的发展 | 强调人工智能与代谢工程的集成,以实现数据驱动的生物合成途径精确设计,并讨论了当前限制及优化策略 | 未指明具体实验数据或案例验证,仅基于现有文献总结,可能缺乏定量评估 | 探讨战略性地工程化微生物系统,以促进可持续化学品的生产,并推动绿色生物技术领域发展 | 微生物系统及其生物合成能力 | 合成生物学、系统生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境、能源、工业生物技术 |
| 11 | 2026-09-07 |
Biosynthesis and recruitment of reactive amino acids in nonribosomal peptide assembly lines
2024-08, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2024.102494
PMID:38936328
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综述 | 本文综述了非核糖体肽组装线中反应性氨基酸的生物合成及招募机制,并探讨了其在药物开发中的应用 | 系统总结了反应性氨基酸的多种生物合成途径及其整合到非核糖体肽中的不同机制,并结合蛋白质工程提出了合成生物学和生物正交化学的新机遇 | 未提供实验数据或具体案例分析,主要基于已有文献总结 | 探讨非核糖体肽中反应性氨基酸的生物合成与招募机制,以促进药物候选物的开发 | 反应性氨基酸及其在非核糖体肽合成中的生物合成酶和整合机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | 蛋白质工程 | NA | 非核糖体肽合成途径 | 医学 |
| 12 | 2026-09-06 |
Escherichia coli self-organizes developmental rosettes
2024-06-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2315850121
PMID:38814871
|
研究论文 | 研究发现大肠杆菌通过主动的姊妹细胞重定位自组织形成发育玫瑰花结,这是一种此前仅在真核生物中观察到的多细胞行为 | 首次报道原核生物通过主动的姊妹细胞重定位形成玫瑰花结,挑战了该行为是真核生物独有的观点,并揭示了其由鞭毛驱动、需从头合成鞭毛的机制 | 论文摘要未明确提及局限性 | 探究大肠杆菌是否能形成玫瑰花结,并理解其形成机制及对多细胞发育的意义 | 大肠杆菌及其发育玫瑰花结 | 微生物学, 合成生物学 | NA | 显微镜观察, 基因表达分析 | NA | 图像 | 涉及大肠杆菌的克隆分裂和玫瑰花结形成,具体样本量未在摘要中说明 | NA | 大肠杆菌 | NA | 进化生物学, 合成生物学, 医学生物学 |
| 13 | 2024-08-07 |
Editorial overview: Systems and synthetic biology of microbial cells and communities
2024-08, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2024.102517
PMID:39029444
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2026-09-05 |
Molecular glues and induced proximity: An evolution of tools and discovery
2024-06-20, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2024.04.001
PMID:38688281
|
综述 | 本文综述了分子胶水和诱导邻近技术的发展及其在治疗和系统生物学中的应用,并讨论了发现和设计分子胶水所面临的挑战。 | 从合成生物学和生物物理学的角度出发,为分子胶水的发现和设计提供了跨学科的灵感。 | 未提及具体限制,但可能因内容为综述而缺乏最新实验数据。 | 探讨分子胶水作为工具和治疗手段的潜力及面临的挑战,并寻找新的发现策略。 | 分子胶水及其诱导的蛋白质复合物。 | 化学蛋白质组学, 系统生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药, 生物技术 |
| 15 | 2026-09-05 |
Genetic retargeting of E3 ligases to enhance CAR T cell therapy
2024-02-15, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2023.10.024
PMID:37989314
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研究论文 | 开发了双功能融合“降解器”蛋白,通过桥接靶蛋白和E3连接酶复合物,实现条件性和多特异性内源蛋白降解,以增强CAR T细胞疗法的抗肿瘤效力 | 首次设计双功能融合“降解器”蛋白,能针对SMAD2和SMAD3进行条件性降解,并利用小分子依赖性E3招募,提供临床适用的合成生物学平台来重编程E3连接酶的特异性 | 仅针对TGFβ信号通路进行验证,未评估对其他抑制性信号的广泛适用性或长期体内安全性 | 开发一种合成生物学平台,通过重编程E3连接酶靶向特异性来降解特定蛋白,克服CAR T细胞功能障碍,增强抗肿瘤疗效 | SMAD2和SMAD3蛋白,以及CAR T细胞 | 合成生物学 | 癌症(具体未指定) | 蛋白质工程 | NA | NA | NA | NA | NA | 包含SARA蛋白结构域的双功能融合蛋白,用于靶向SMAD2和SMAD3,并具有条件性表达或小分子依赖性E3招募机制 | 医学 |
| 16 | 2026-09-05 |
Noncanonical Streptococcus sanguinis ComCDE circuitry integrates environmental cues in transformation outcome decision
2024-02-15, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2023.09.007
PMID:37832551
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研究论文 | 本研究揭示了血链球菌中一种新型的、非典型的ComCDE调控回路,该回路整合环境信号以决定转化结果,并装配了合成生物学装置来解析其独特机制 | 首次发现血链球菌中缺少ComAB组分的新型ComCDE回路,并揭示其与捕食(细菌素)协调的新机制;利用合成生物学装置量化了CSP前体的切割模式和ABC转运蛋白的功能 | 摘要中未提及明显的局限性信息 | 阐明血链球菌中非典型ComCDE回路如何整合环境线索来协调自然转化能力,并揭示其与捕食机制的调控网络 | 血链球菌(Streptococcus sanguinis)及其自然转化相关调控回路 | 合成生物学 | NA | 合成生物学装置组装、基因编辑 | NA | 实验数据(基因表达与功能分析) | NA | 合成生物学装置 | 血链球菌(Streptococcus sanguinis) | CSP切割和输出的可量化报告系统,用于解析ComCDE回路 | 医学 |
| 17 | 2026-09-05 |
Simulation and experimental study of a cold atmospheric pressure plasma and comparison of efficiency in boosting recombinant Endoglucanase II production in Pichia pastoris
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0303795
PMID:38771745
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研究论文 | 本研究通过模拟和实验,探讨冷大气压等离子体处理对毕赤酵母中重组内切葡聚糖酶II生产的增强效果,并比较不同激发模式的效率 | 首次研究CAP处理对内切葡聚糖酶II在毕赤酵母中分泌的影响,结合COMSOL模拟和光谱测量分析电子特性差异对表达效率的影响 | 细胞工程改善分泌仍属试错方法,且改进效果至少部分依赖于目标蛋白的特性 | 评估冷大气压等离子体处理对毕赤酵母中重组蛋白内切葡聚糖酶II分泌的增强效果及机理 | 毕赤酵母宿主及整合的内切葡聚糖酶II重组蛋白 | 合成生物学 | NA | 冷大气压等离子体处理,COMSOL模拟,光谱分析 | NA | 实验数据,模拟数据,光谱数据 | 不同等离子体处理时间(120、180、240秒)及两种激发模式(交流、直流)条件下的毕赤酵母培养样品 | NA | 毕赤酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 18 | 2026-09-04 |
Discovery of megapolipeptins by genome mining of a Burkholderiales bacteria collection
2024-Oct-17, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc03594a
PMID:39309087
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研究论文 | 通过基因组挖掘和合成生物学方法,从Burkholderiales细菌库中发现并异源表达了新型天然产物megapolipeptins A和B | 结合菌株分离、基因组学、代谢组学和合成生物学方法,激活了沉默的生物合成基因簇并发现结构新颖的杂合抗生素 | 摘要未提及明显的局限性 | 从Burkholderiales菌株中发现新型天然产物,通过基因组挖掘和异源表达激活沉默基因簇 | Burkholderiales菌株(316株根际衍生菌株) | 基因组学 | NA | 基因组测序、质谱分析、异源表达 | NA | 基因组序列和代谢组学数据 | 316株根际衍生Burkholderiales菌株,其中115株用于测序 | NA | Burkholderiales sp.(具体宿主未指明) | 异源表达激活沉默的生物合成基因簇 | 工业生物技术 |
| 19 | 2026-09-04 |
Covalent recruitment of polymers and nanoparticles onto glycan-engineered cells enhances gene delivery during short exposure
2024-Oct-02, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc03666b
PMID:39263661
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研究论文 | 本研究通过细胞表面精确工程化共价捕获聚plex,在10分钟内加速基因递送,提高荧光货物、质粒表达和siRNA敲低效率 | 创新点在于利用细胞代谢工程而非优化载体实现快速基因递送,在极短暴露时间内提高递送效率 | 摘要中未提及明显局限性 | 探索通过细胞表面共价招募聚合物或纳米颗粒来增强基因递送的新方法 | 工程化细胞表面唾液酸上的叠氮基团及环辛炔功能化聚plex | 合成生物学 | NA | 细胞代谢工程 | NA | 实验数据 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 20 | 2026-09-03 |
Modeling 0.6 million genes for the rational design of functional cis-regulatory variants and de novo design of cis-regulatory sequences
2024-06-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2319811121
PMID:38889146
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研究论文 | 开发深度学习框架PhytoExpr,利用顺式调控序列预测mRNA丰度和植物物种,并通过输入扰动实现单核苷酸分辨率的定量功能注释,进而设计功能性顺式调控变异和从头设计顺式调控序列 | PhytoExpr框架仅利用近端调控序列输入即可同时预测mRNA丰度和植物物种,覆盖17个物种,具有高泛化性;通过输入扰动实现单核苷酸分辨率的定量功能注释;提出两种算法从头设计和设计顺式调控序列 | 未明确提及,但可能受限于训练数据物种的代表性和序列长度等未说明的限制 | 实现无需专家干预即可进行植物顺式调控DNA序列的合理设计,及功能性变异发现 | 植物顺式调控序列以及17种代表性植物物种 | 深度学习、基因组学 | NA | 深度学习训练、输入扰动分析、等位基因关联分析 | 深度学习模型(如卷积神经网络) | DNA序列、基因表达数据 | 17种植物物种的约60万个基因序列 | NA | 植物 | NA | 合成生物学、基因组编辑、农业 |