合成生物学相关文章
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当前共找到 1127 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-20 |
A Survey of Recent Practice of Artificial Life in Visual Art
2024-02-01, Artificial life
IF:1.6Q2
DOI:10.1162/artl_a_00433
PMID:38393968
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综述 | 对过去40年视觉艺术中人工生命实践的文献综述，提出分类标准与分类体系 | 首次系统梳理视觉艺术领域中人工生命作品，建立分类标准与术语体系 | 仅关注计算与软件领域，未涵盖硬件艺术实现形式 | 系统性概述艺术家如何理解自然并用现代技术创造新生命 | 视觉艺术中的人工生命作品 | 计算机视觉 | NA | NA | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | 艺术 |
| 2 | 2026-06-20 |
IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad898
PMID:37870445
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研究论文 | 开发了一个整合药用植物基因组和转录组数据的综合平台IMP | 提供了一个公开可访问的一站式平台，包含84个高质量基因组组装和2156个转录组样本，集成了10个分析模块 | 未提及注释数据的准确性验证或与其他数据库的整合情况 | 促进药用植物分子代谢途径的理解，推动合成生物学和药物发现 | 药用植物的基因组和转录组数据 | 数字病理学 | NA | 基因组测序, 转录组测序 | NA | 基因组序列, 转录组表达数据 | 84个高质量基因组组装和2156个转录组测序样本 | NA | 药用植物 | NA | 医学, 药物发现, 合成生物学 |
| 3 | 2026-06-19 |
A digital CRISPR-dCas9-based gene remodeling biocomputer programmed by dietary compounds in mammals
2024-10-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.002
PMID:39383861
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研究论文 | 开发了一种由膳食化合物编程的数字CRISPR-dCas9基因重塑生物计算机，用于哺乳动物体内外基因转录调控 | 首次利用白藜芦醇和原儿茶酸作为输入信号，构建了可编程的CRISPR介导基因重塑生物计算机（REPA），实现了对基因抑制和激活的逻辑控制，并建立了预测目标基因转录水平的数学模型 | 未提及具体局限性，但可能包括体内应用的长期稳定性和安全性待验证 | 开发一种基于CRISPR-dCas9的基因重塑生物计算机，实现精细化的内源基因转录调控，推动基因精准医学发展 | 哺乳动物体外细胞和体内小鼠模型中的内源基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9 | 数学模型 | 基因转录数据 | 体外细胞样本和体内小鼠模型（具体数量未提及） | CRISPR-dCas9 | 哺乳动物细胞，小鼠 | 逻辑门（AND逻辑门），基因抑制与激活逻辑控制回路 | 医学 |
| 4 | 2026-06-19 |
Transcriptional memory formation: Battles between transcription factors and repressive chromatin
2024-10-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.008
PMID:39419001
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研究论文 | 探讨转录记忆形成中转录因子与抑制性染色质的相互作用 | 利用合成生物学方法揭示了转录因子与抑制性染色质在巩固转录记忆中的关键对抗机制 | NA | 理解转录记忆形成的分子机制，特别是转录因子与抑制性染色质之间的动态交互 | 转录因子和抑制性染色质 | 分子生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2026-06-18 |
Reversible Control of Gene Expression by Guest-Modified Adenosines in a Cell-Free System via Host-Guest Interaction
2024-07-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c04262
PMID:38941287
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研究论文 | 本研究通过宿主-客体相互作用，利用客修饰腺苷在无细胞系统中实现基因表达的可逆控制 | 首次将宿主-客体相互作用应用于无细胞基因表达系统，通过CB[7]与客修饰腺苷的结合实现可逆的基因表达调控 | 未明确说明，但可能涉及修饰效率、可逆性动力学精细调控的复杂性及体内应用的潜在挑战 | 开发一种可逆、可编程的基因表达控制方法，用于无细胞系统和合成生物学 | 客修饰腺苷、CB[7]宿主分子、T7启动子序列、无细胞基因表达系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 无细胞系统 | 逻辑门式可逆调控，基于CB[7]与客修饰腺苷的宿主-客体相互作用形成/解离DNA双链结构 | 合成生物学, 医学 |
| 6 | 2026-06-18 |
Reversible Nucleic Acid Storage in Deconstructable Glassy Polymer Networks
2024-06-26, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c01925
PMID:38865160
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研究论文 | 提出T-REX方法，利用可分解玻璃聚合物网络实现DNA的可逆存储 | 受化石生物标本长期保存启发，开发了一种基于热固性增强玻璃聚合物网络的DNA封装和提取技术，实现从水性到有机相的快速转移，并允许使用较温和的试剂提取DNA | 该方法的长期稳定性和可扩展性尚需进一步验证，且相比传统低温存储可能面临规模化应用挑战 | 解决核酸长期保存中依赖电力和冷链的问题，提供低成本、时间高效、可持续的DNA保存方案 | 不同长度尺度的DNA分子（从数十碱基到千兆碱基） | 分子生物学 | NA | DNA封装、玻璃聚合物网络、有机相转移 | NA | DNA序列数据 | 涵盖从数十碱基到千兆碱基的DNA样本 | T-REX（热固增强玻璃聚合物网络） | NA | NA | 合成生物学、基因组学、数字信息存储 |
| 7 | 2026-06-18 |
Chemotactic Interactions Drive Migration of Membraneless Active Droplets
2024-06-12, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c02823
PMID:38620052
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研究论文 | 研究酶活性的无膜液滴通过趋化相互作用实现集体迁移及其在合成生物学中的应用 | 首次在体外重现无膜液滴通过外部pH梯度驱动的化学趋化集体行为，并利用酶活性调控液滴迁移速度和方向性，进而重建简单的原代谢途径 | NA | 模仿自然界的趋化相互作用，在微米尺度上构建具有细胞特征的无膜活性液滴，并探索其在合成生物学中的潜力 | 酶活性细胞大小的无膜液滴 | 合成生物学 | NA | 酶活性调控、pH梯度生成 | NA | 图像 | NA | NA | NA | 原代谢途径重建 | 医学、工业生物技术 |
| 8 | 2026-06-18 |
Model-guided metabolic rewiring to bypass pyruvate oxidation for pyruvate derivative synthesis by minimizing carbon loss
2024-03-19, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00839-23
PMID:38315666
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research paper | 利用模型指导的代谢重布线，通过最小化碳损失绕过丙酮酸氧化以合成丙酮酸衍生物 | 结合基因组规模代谢模型与三种算法分析来设计菌株，并通过双顺反子盒调控表达、T7 RNA聚合酶介导的小RNA动态控制以及适应性实验室进化筛选非理性设计靶点，建立了新型好氧代谢模式以最小化碳损失 | NA | 设计微生物细胞工厂以在好氧条件下最小化碳损失并高效合成丙酮酸衍生物 | 大肠杆菌（Escherichia coli） | NA | NA | 基因组规模代谢模型、约束通量平衡分析、几何通量平衡分析、通量变量分析 | 基因组规模代谢模型 | NA | NA | CRISPR-Cas9（用于基因编辑）、T7 RNA聚合酶 | 大肠杆菌（E. coli） | 双歧旁路途径、乙醛酸支路、T7 RNA聚合酶介导的合成小RNA开关 | 工业生物技术 |
| 9 | 2026-06-17 |
Sticky enzymes: increased metabolic efficiency via substrate-dependent enzyme clustering
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.05.622105
PMID:39574612
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研究论文 | 提出底物依赖性酶聚集可增加代谢效率的数学建模研究 | 提出通过相分离酶的自组织形成近乎最优大小和间距的簇，且酶的“粘性”受局部底物可用性调节，实现按需聚集 | 主要在理论模型和计算模拟层面，缺乏实验验证实际细胞中该机制的可实现性 | 探索代谢途径中酶自发组织成高效簇的策略以提高代谢效率 | 简单代谢途径中的酶簇自组织行为 | 机器学习 | NA | 数学建模、热力学约束分析 | 数学模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | 底物依赖性酶聚集回路 | 合成生物学, 代谢工程 |
| 10 | 2026-06-15 |
SUPREM: an engineered non-site-specific m6A RNA methyltransferase with highly improved efficiency
2024-11-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae887
PMID:39417589
|
研究论文 | 通过祖先序列重建改造细菌DNA甲基转移酶EcoGII，开发出一种高效、非位点特异性的m6A RNA甲基转移酶SUPREM | 首次利用祖先序列重建方法改造非特异性RNA甲基转移酶，显著提升其表达水平、热稳定性和甲基化活性，并鉴定出关键残基 | 未提及SUPREM在体内RNA甲基化修饰的特异性及潜在脱靶效应 | 开发高效的非位点特异性RNA甲基转移酶工具，用于体内RNA甲基化修饰研究 | 细菌DNA甲基转移酶EcoGII及其改造变体SUPREM | 合成生物学 | NA | 纳米孔直接RNA测序, LC-MS/MS, 免疫荧光染色 | NA | RNA序列数据, 质谱数据, 免疫荧光图像 | NA | 祖先序列重建 | 哺乳动物细胞 | NA | 医学, 生物学 |
| 11 | 2026-06-15 |
Modulating bacterial function utilizing A knowledge base of transcriptional regulatory modules
2024-10-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae742
PMID:39193902
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研究论文 | 本研究介绍了一种基于iModulon的工程方法，利用机器学习定义的共调控基因群作为设计元件，以实现细胞功能的可预测重编程 | 提出基于iModulon的工程策略，将机器学习定义的共调控基因群作为设计元件，通过发现未知iModulon、增强特定iModulon活性、重新平衡iModulon活性水平和基于iModulon的基因注释，实现细胞功能的系统性和可预测重编程 | 该方法可能仍受限于上下文依赖性能和复杂电路-宿主相互作用，且未对不同宿主系统的通用性进行讨论 | 开发一种基于iModulon的工程方法，提高合成生物学中细胞功能重编程的可扩展性和可预测性 | 细菌细胞中的共调控基因群（iModulon） | 机器学习 | NA | 机器学习、iModulon分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 细菌 | iModulon调控模块（包括蛋白生产、耐热性、果糖利用、渗透胁迫耐受、氧化胁迫耐受、自然感受态激活） | 工业生物技术、医学 |
| 12 | 2026-06-15 |
Development of a tightly regulated copper-inducible transient gene expression system in Nicotiana benthamiana incorporating a suicide exon and Cre recombinase
2024-10, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.20021
PMID:39081031
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研究论文 | 开发了一种在本氏烟中利用自杀外显子和Cre重组酶的严格调控铜诱导瞬时基因表达系统 | 通过结合自杀外显子和Cre/LoxP系统增强了铜诱导系统的调控严谨性，有效控制了超敏细胞死亡反应 | 原始铜诱导系统在调控某些测试的超敏细胞死亡反应时不够严谨 | 开发一个能严格调控本氏烟转基因表达的化学诱导系统 | 本氏烟（Nicotiana benthamiana） | 功能基因组学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达 | NA | NA | NA | MoClo合成生物学方法 | 本氏烟（Nicotiana benthamiana） | 铜诱导系统结合自杀外显子HyP5SM/OsL5和Cre/LoxP调控元件 | 农业 |
| 13 | 2026-06-07 |
Exploring the frontier of rapid prototyping technologies for plant synthetic biology and what could lie beyond
2024-05, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.19650
PMID:38426415
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综述 | 综述了植物合成生物学中快速原型技术的进展，探讨如何通过设计-构建-测试循环加速研究 | 系统分析了多种快速原型技术的互补优势，并提出未来整合这些策略的可能性以实现植物合成生物学的快速规模化部署 | 现有技术各有局限，限制了广泛适用性，且快速原型技术的结合策略仍处于理论阶段 | 探索快速原型技术如何克服植物合成生物学中基因转化周期长、世代时间长和实验规模限制等瓶颈 | 植物合成生物学中的快速原型技术 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物 | 设计-构建-测试循环（含快速原型技术） | 农业, 生物学研究 |
| 14 | 2026-06-02 |
Evolution shapes and conserves genomic signatures in viruses
2024-10-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07098-1
PMID:39478059
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研究论文 | 研究了2,768种真核病毒基因组的特征，揭示病毒基因组签名的特异性及其与宿主的关系 | 首次大规模系统分析病毒基因组签名，发现多数病毒具有高度特异性签名，且物种间差异显著，同时揭示了病毒与宿主基因组签名的差异及其进化选择压力 | NA | 探究病毒基因组签名的存在性、特异性及其在病毒基因组进化中的依赖性和选择性压力 | 来自105个病毒科的2,768种真核病毒 | 机器学习 | NA | NA | NA | 基因组序列 | 2,768种真核病毒物种 | NA | 真核宿主细胞 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 15 | 2026-06-02 |
Revisiting the current and emerging concepts of postharvest fresh fruit and vegetable pathology for next-generation antifungal technologies
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13397
PMID:38924311
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综述 | 回顾当前和新兴的采后鲜果蔬菜病理学概念，为下一代抗真菌技术提供方向 | 提出基于微生物组和病理生物组的新概念，并强调利用合成生物学、sRNA技术、噬菌体、群体感应和群体猝灭策略等前沿技术调控微生物组以控制感染 | 未明确讨论这些新兴技术的实际应用挑战、成本效益或规模化可行性 | 探索采后鲜果蔬菜真菌感染控制的新策略，提升食品安全性 | 采后鲜果蔬菜及其微生物组和病理生物组 | 机器学习、数字农业 | 真菌感染相关疾病（如霉菌毒素中毒） | 基因组技术、小RNA技术、群体感应、群体猝灭、合成生物学 | 深度学习 | 基因组数据、数据库信息、微生物组数据 | NA | CRISPR-Cas9、合成生物学工具 | 鲜果蔬菜（如水果和蔬菜） | NA | 农业、食品 |
| 16 | 2026-06-02 |
Self-Assembly of Heterogeneous Ferritin Nanocages for Tumor Uptake and Penetration
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309271
PMID:38368258
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研究论文 | 利用合成生物学策略在埃希氏大肠杆菌中构建铁蛋白装配工具箱系统，实现异质铁蛋白纳米笼的可控自组装，并研究其肿瘤摄取和穿透能力 | 首次采用合成生物学方法制造均匀可重复的蛋白质纳米颗粒，通过铁蛋白亚基/变体的胞内组装实现异质组分精准调控，揭示了纳米颗粒配体密度与肿瘤靶向/穿透之间的关系 | NA | 探究纳米颗粒异质性在决定其在生物系统中命运的重要性，特别是配体密度对肿瘤靶向和穿透的影响 | 异质铁蛋白纳米笼（FHn），由人铁蛋白重链（FH）和轻链组成，在埃希氏大肠杆菌中组装 | 合成生物学 | 肿瘤 | 合成生物学装配、铁蛋白亚基组装、体内组装系统 | NA | NA | NA | 合成生物学工具箱 | 埃希氏大肠杆菌 | 铁蛋白装配工具箱系统，用于异质纳米笼的自组装 | 医学 |
| 17 | 2026-06-02 |
Genetic Engineering and Rebooting of Bacteriophages in L-Form Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_16
PMID:38066374
|
研究论文 | 本文详细介绍了在L型细菌中通过基因工程改造和重启噬菌体的方法 | 提出利用细胞壁缺陷的L型细菌作为宿主，以激活感染革兰氏阳性菌的合成噬菌体基因组，克服了传统转化革兰氏阳性菌的困难 | NA | 开发新型无标记基因组编辑方法，促进治疗性噬菌体的工程化改造 | 噬菌体的基因工程改造和重启技术 | 合成生物学 | 感染性疾病 | 基因工程、噬菌体基因组合成与重启 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | L型细菌（细胞壁缺陷）、革兰氏阳性菌 | NA | 医学（噬菌体疗法） |
| 18 | 2026-06-02 |
Synthetic Biology to Engineer Bacteriophage Genomes
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_17
PMID:38066375
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研究论文 | 本文综述了合成生物学领域中用于工程化噬菌体基因组的两种主要策略：噬菌体电穿孔重组工程和酵母为基础的噬菌体工程平台 | 系统比较了两种成功用于遗传改造噬菌体基因组的新技术，突出了合成生物学在开发具有新功能的专用噬菌体方面的进展 | 未说明 | 介绍并比较用于基因工程噬菌体基因组的技术策略 | 噬菌体基因组 | 合成生物学 | NA | BRED、酵母为基础的噬菌体工程 | NA | NA | NA | BRED、酵母工程平台 | 噬菌体、酵母 | NA | 病原体控制与检测、靶向药物递送、新材料组装 |
| 19 | 2026-06-01 |
Peptide nucleic acid-assisted generation of targeted double-stranded DNA breaks with T7 endonuclease I
2024-04-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae148
PMID:38421613
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研究论文 | 利用γ修饰肽核酸引导T7核酸内切酶I在特定DNA位点产生双链断裂的新型基因编辑技术 | 首次利用γPNA介导的DNA入侵与T7EI的特异性切割相结合，实现无PAM限制、蛋白尺寸紧凑的可编程核酸酶系统 | 仅完成体外实验验证，未展示体内应用效果 | 开发一种新型基因编辑工具，克服现有技术在PAM依赖性和蛋白大小方面的局限 | γ修饰肽核酸与T7核酸内切酶I组成的复合系统 | 基因编辑 | NA | PNA辅助DNA链入侵技术 | NA | NA | NA | T7核酸内切酶I | NA | PNA导向的T7EI核酸酶系统 | 生物技术, 医学, 农业, 合成生物学 |
| 20 | 2026-05-31 |
Understanding and computational design of genetic circuits of metabolic networks
2024-04-30, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20230045
PMID:38662439
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综述 | 综述了一种通过计算设计代谢网络遗传电路的方法，以优化蛋白质投资下的代谢通量 | 提出了一种基于最大化每单位投资蛋白质通量的方法来推断和设计遗传电路，并用于解释大肠杆菌的天然调控策略 | 仅以大肠杆菌为模型系统进行验证，未涉及真核生物或更复杂的代谢网络 | 理解并计算设计代谢网络的遗传电路，以实现动态条件下的最优代谢适应度 | 大肠杆菌的核糖体表达调控和氨基酸生物合成酶的基因表达控制电路 | 合成生物学 | NA | 计算建模 | 通量优化模型 | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌 | 代谢通量调控电路 | 工业生物技术 |