合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-11	Antibacterial activity and biosynthetic potential of Streptomyces sp. PBR19, isolated from forest rhizosphere soil of Assam 2024-Dec, Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s42770-024-01454-3 PMID:38985434	研究论文	本文研究了从印度阿萨姆邦Pobitora野生动物保护区森林根际土壤中分离出的Streptomyces sp. PBR19的抗菌活性及其生物合成潜力	发现PBR19可能是一个新的分类单元，并显示出对ESKAPE病原体的显著抗菌活性，同时含有与抗生素合成相关的PKS II型基因	研究仅针对有限的病原体进行了测试，且未进行体内实验验证	探索PBR19的抗菌活性及其在药物开发和合成生物学中的潜在应用	Streptomyces sp. PBR19及其抗菌活性	微生物学	细菌感染	扫描电子显微镜(SEM)、基因测序	NA	微生物样本、基因数据	单一分离菌株PBR19及其提取物
2	2025-07-11	Convenient synthesis and delivery of a megabase-scale designer accessory chromosome empower biosynthetic capacity 2024-Apr, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-00934-3 PMID:38332200	研究论文	本文介绍了一种CRISPR/Cas9介导的单倍化方法HAnDy，用于高效组装和传递大片段DNA，无需繁琐的体外操作	开发了HAnDy方法，能够高效组装和传递大片段DNA，并成功应用于六个系统发育不同的酵母中	未提及该方法在其他生物系统中的适用性或潜在的技术限制	扩展和解析复杂的生物学功能	酵母	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	DNA	六个系统发育不同的酵母
3	2025-07-10	Synthetic biology of metabolic cycles for Enhanced CO2 capture and Sequestration 2024-12, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107774 PMID:39260160	研究论文	本文描述了在大肠杆菌中使用改良的三羧酸循环（THETA循环）进行碳固定和氨基酸合成的研究	提出了THETA循环这一改良的三羧酸循环，用于合成生物学和碳固定，并展示了其在体内各模块的可行性及与大肠杆菌代谢网络的整合	NA	研究改良的三羧酸循环在合成生物学和碳固定中的应用	大肠杆菌	合成生物学	NA	酶优化、路径重新设计、异源表达	NA	NA	NA
4	2025-07-10	Recent progress in stimuli-responsive DNA-based logic gates: Design, working principles and biological applications 2024-Mar, Smart molecules : open access DOI:10.1002/smo.20230023 PMID:40625523	综述	本文综述了刺激响应DNA逻辑门的设计、工作原理及生物应用的最新进展	强调了由金属离子、pH、寡核苷酸、小分子、蛋白质和光触发的各种逻辑门的发展	NA	探讨刺激响应DNA逻辑门在合成生物学和纳米技术领域的应用前景	刺激响应DNA逻辑门	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
5	2025-07-05	Transcriptional regulation of living materials via extracellular electron transfer 2024-Oct, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01628-y PMID:38783133	研究论文	本文展示了细胞外电子传递（EET）如何作为活细胞代谢与合成材料特性之间的可调桥梁	利用EET调控水凝胶交联，并通过转录布尔逻辑门控制EET基因表达，实现计算聚合物网络的机械响应	NA	探索基因电路设计如何模拟工程活材料中的生理行为	Shewanella oneidensis和合成聚合物网络	合成生物学	NA	细胞外电子传递（EET）	NA	NA	NA
6	2025-07-03	Expression of microbial lipase in filamentous fungus Aspergillus niger: a review 2024-Jul, 3 Biotech IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s13205-024-03998-5 PMID:38841267	综述	本文综述了微生物脂肪酶在丝状真菌黑曲霉中的表达及其应用	总结了提高脂肪酶表达的各种策略，并探讨了CRISPR/Cas9基因编辑技术在构建工程化脂肪酶生产菌株中的应用	NA	综述微生物脂肪酶的来源、特性及其在黑曲霉中的表达优化策略	微生物脂肪酶及其在丝状真菌黑曲霉中的表达	合成生物学与系统生物学	NA	CRISPR/Cas9基因编辑技术	NA	文献数据	NA
7	2025-07-03	Context-dependent redesign of robust synthetic gene circuits 2024-Jul, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.01.003 PMID:38320912	综述	本文综述了合成基因电路设计中电路与宿主相互作用的动态影响及控制策略	总结了电路与宿主相互作用的最新进展，强调了宿主感知和资源感知的设计策略	未提及具体实验数据或案例研究	探讨合成基因电路设计中电路与宿主相互作用的动态影响及控制策略	合成基因电路及其与宿主细胞的相互作用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
8	2025-07-03	TidyTron: Reducing lab waste using validated wash-and-reuse protocols for common plasticware in Opentrons OT-2 lab robots 2024-Apr, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.slast.2023.08.007 PMID:37696493	研究论文	介绍并验证了TidyTron，一个用于清洁被DNA、大肠杆菌和酿酒酵母污染的微量移液器吸头和微孔板的协议库	开发了首个使用低成本实验室机器人进行塑料器皿有效去污的开源验证协议，促进了安全重复使用	仅测试了DNA、E. coli和S. cerevisiae的污染，未涵盖所有可能的生物污染物	提高生物技术实验室的可持续性，减少塑料废物和重复成本	微量移液器吸头和微孔板	合成生物学	NA	qPCR, 流式细胞术	NA	实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种清洁溶液、接触时间和搅拌方法的测试
9	2025-07-02	Reconfigurable nanomaterials folded from multicomponent chains of DNA origami voxels 2024-11-27, Science robotics IF:26.1Q1 DOI:10.1126/scirobotics.adp2309 PMID:39602517	研究论文	本文介绍了一种基于DNA折纸技术的模块化系统，能够实现复杂三维纳米结构的快速高效重构	开发了具有可编程三维连接的DNA折纸'体素'模块化系统，实现了多种形状的组装和快速可逆的全局结构重构	当前合成系统在分层组装中的产量较低，且在多样结构间的快速高效重构方面仍面临挑战	开发可重构的纳米材料，为纳米机器人系统的组装提供模块化组件	DNA折纸体素	纳米技术	NA	DNA折纸技术	NA	NA	50种结构原型
10	2025-06-26	Advanced Antibacterial Strategies for Combatting Biomaterial-Associated Infections: A Comprehensive Review 2024 Nov-Dec, Wiley interdisciplinary reviews. Nanomedicine and nanobiotechnology DOI:10.1002/wnan.2018 PMID:39654369	综述	本文全面回顾了生物材料相关感染（BAIs）的机制及当前抗菌策略，探讨了多功能抗菌生物材料的最新进展	探讨了合成生物学作为对抗抗菌素耐药性的新方法，并强调了从实验室研究到临床应用的潜在设计路线	未提及具体实验数据或样本量，主要基于文献综述	指导高效且生物相容性抗菌生物材料的设计与开发	生物材料相关感染（BAIs）及其抗菌策略	生物医学工程	生物材料相关感染	NA	NA	NA	NA
11	2025-06-24	Logical regulation of endogenous gene expression using programmable, multi-input processing CRISPR guide RNAs 2024-Aug-12, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae549 PMID:38943344	研究论文	本研究开发了一种基于CRISPR-Cas系统的条件性gRNA调控方法，用于精确控制内源基因表达	设计了可编程的多输入逻辑处理gRNA，实现了高达130倍的动态范围调控，并成功应用于代谢基因和细胞骨架基因的调控	目前仅在Escherichia coli中验证，在其他宿主生物中的兼容性需要进一步验证	开发一种精确调控内源基因表达的方法	Escherichia coli的内源基因(lacZ, malT, poxB, ftsZ, mreB)	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统，RNA合成生物学	dCas9调节器	NA	NA
12	2025-06-22	Parsing patterns: Emerging roles of tissue self-organization in health and disease 2024-Jun-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.05.016 PMID:38906093	review	探讨生物组织中自组织模式在健康和疾病中的作用	综述了胚胎和成体组织中自组织模式的原理和机制，并探讨其在稳态、修复和病理状态中的作用	NA	理解自组织模式在生物组织中的普遍性和应用	胚胎和成体组织	生物学	炎症性皮肤病、肿瘤	NA	NA	NA	NA
13	2025-06-21	A robust synthetic biology toolkit to advance carboxysome study and redesign 2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617227 PMID:39416180	研究论文	本文设计并验证了一个名为pXpressome的质粒工具包，用于稳健表达和纯化功能性α-羧酶体，并探索了通过基因突变调控羧酶体结构和性能的方法	开发了pXpressome工具包，实现了羧酶体的稳健表达和纯化，并通过基因突变调控其形态，提高了表达均匀性和细胞健康状态	NA	推进羧酶体的研究和重新设计，以增强碳固定能力或作为其他纳米封装目标的平台	α-羧酶体	合成生物学	NA	质粒构建、基因突变、荧光标记	NA	NA	NA
14	2025-06-20	Engineering bacteria for cancer immunotherapy by inhibiting IDO activity and reprogramming CD8+ T cell response 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412070121 PMID:39693352	研究论文	本文通过基因工程改造高色氨酸表达的细菌株，抑制IDO活性并重编程CD8+ T细胞反应，以增强肿瘤免疫治疗效果	开发了一种能严格定植于肿瘤的高色氨酸表达细菌株，其产生的丁酸盐能抑制IDO活性，同时释放大量色氨酸支持CD8+ T细胞激活和能量代谢	目前仅在鼠和兔的多肿瘤模型中验证效果，临床应用的可行性和安全性尚需进一步研究	开发一种增强肿瘤免疫治疗的合成生物学策略	基因工程改造的细菌株L-Trp CB及其对肿瘤微环境中IDO活性和CD8+ T细胞反应的影响	合成生物学	癌症	基因工程	NA	NA	鼠和兔的多肿瘤模型
15	2025-06-18	Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis 2024-Oct, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01677-3 PMID:38977789	research paper	该研究利用邻近触发的蛋白质反式剪接技术，实现了目标蛋白质的时间分辨合成，并应用于多种蛋白质的动态调控	开发了一种模块化的蛋白质反式剪接技术，能够时间分辨地合成目标蛋白质，并调控其细胞定位和活性状态	NA	开发合成生物学工具，用于调控蛋白质功能并研究细胞信号传导	多种蛋白质，包括激酶融合蛋白BCR-ABL和DNAJ-PKAc	合成生物学	癌症	邻近触发的蛋白质反式剪接技术	NA	蛋白质合成与调控数据	多种蛋白质样本，包括BCR-ABL和DNAJ-PKAc
16	2025-06-18	Accurately predicting enzyme functions through geometric graph learning on ESMFold-predicted structures 2024-09-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52533-w PMID:39294165	研究论文	提出了一种基于几何图学习的酶功能预测方法GraphEC，利用ESMFold预测的结构和预训练的蛋白质语言模型来预测酶的活性位点、EC编号和最适pH	首次将几何图学习应用于酶功能预测，结合活性位点预测和同源信息扩散算法，显著提高了预测性能	NA	开发更准确的酶功能预测方法	酶蛋白	生物信息学	NA	几何图学习、蛋白质语言模型	GraphEC	蛋白质结构数据	NA
17	2025-06-18	Tunable cell differentiation via reprogrammed mating-type switching 2024-09-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52282-w PMID:39289346	研究论文	本研究介绍了一种合成生物学方法，通过重编程酵母交配型转换机制实现可调谐的细胞分化，促进合成微生物群落的形成和协作	将酵母交配型转换机制工程化为遗传逻辑门，可在单倍体酵母群体中诱导不对称性分化，形成具有交配型异质性和可调谐群体组成的群落	NA	开发合成生物学方法以促进微生物群落的协作和生物技术应用	酵母细胞	合成生物学	NA	遗传工程	遗传逻辑门	NA	NA
18	2025-06-18	Bioenergetic stress potentiates antimicrobial resistance and persistence 2024-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.12.603336 PMID:39026737	research paper	该研究探讨了生物能量应激如何通过增加ATP利用影响抗生素治疗效果，并揭示了其通过增强ROS产生、突变断裂修复和转录偶联修复促进抗菌素耐药性（AMR）进化的机制	首次利用合成生物学方法构建了组成性水解ATP或NADH的遗传系统，直接研究生物能量应激对抗生素效果的影响，并提出了统一的模型解释抗生素诱导的抗菌素耐药性和持久性	研究仅在大肠杆菌中进行，未在其他细菌中验证	理解生物能量应激对抗生素治疗效果的影响机制	大肠杆菌	合成生物学	细菌感染	合成生物学方法	遗传工程系统	NA	NA
19	2025-06-18	An RNA origami robot that traps and releases a fluorescent aptamer 2024-03-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk1250 PMID:38507482	研究论文	本文介绍了一种名为'Traptamer'的RNA折纸机器人，能够机械捕获和释放荧光适配体iSpinach	利用RNA折纸方法开发了一种能够感知、计算和驱动的RNA机器人设备，实现了对RNA功能的精确控制	研究仍处于原型阶段，尚未在真实细胞环境中验证其功能	开发先进的RNA纳米机器人设备以增强对分子过程的控制	RNA折纸机器人Traptamer及其与荧光适配体iSpinach的相互作用	RNA纳米技术	NA	RNA折纸方法、冷冻电子显微镜	布尔AND门	分子结构数据、荧光信号	NA
20	2025-06-18	Cytokine signaling in chimeric antigen receptor T-cell therapy 2024-02-14, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad033 PMID:37591521	综述	本文综述了细胞因子信号在嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）疗法中的作用及其调控策略	探讨了通过基因工程调控细胞因子信号以增强CAR-T细胞功能的新策略，并提出了减轻相关毒性的治疗方法	未涉及具体临床试验数据，主要基于理论和小规模实验研究	提高CAR-T细胞疗法的疗效并减少其副作用	嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）及其细胞因子信号通路	免疫治疗	血液系统恶性肿瘤	基因工程、合成生物学方法	NA	NA	NA