合成生物学相关文章
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当前共找到 1127 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-15 |
SUPREM: an engineered non-site-specific m6A RNA methyltransferase with highly improved efficiency
2024-11-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae887
PMID:39417589
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研究论文 | 通过祖先序列重建改造细菌DNA甲基转移酶EcoGII，开发出一种高效、非位点特异性的m6A RNA甲基转移酶SUPREM | 首次利用祖先序列重建方法改造非特异性RNA甲基转移酶，显著提升其表达水平、热稳定性和甲基化活性，并鉴定出关键残基 | 未提及SUPREM在体内RNA甲基化修饰的特异性及潜在脱靶效应 | 开发高效的非位点特异性RNA甲基转移酶工具，用于体内RNA甲基化修饰研究 | 细菌DNA甲基转移酶EcoGII及其改造变体SUPREM | 合成生物学 | NA | 纳米孔直接RNA测序, LC-MS/MS, 免疫荧光染色 | NA | RNA序列数据, 质谱数据, 免疫荧光图像 | NA | 祖先序列重建 | 哺乳动物细胞 | NA | 医学, 生物学 |
| 2 | 2026-06-15 |
Modulating bacterial function utilizing A knowledge base of transcriptional regulatory modules
2024-10-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae742
PMID:39193902
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研究论文 | 本研究介绍了一种基于iModulon的工程方法，利用机器学习定义的共调控基因群作为设计元件，以实现细胞功能的可预测重编程 | 提出基于iModulon的工程策略，将机器学习定义的共调控基因群作为设计元件，通过发现未知iModulon、增强特定iModulon活性、重新平衡iModulon活性水平和基于iModulon的基因注释，实现细胞功能的系统性和可预测重编程 | 该方法可能仍受限于上下文依赖性能和复杂电路-宿主相互作用，且未对不同宿主系统的通用性进行讨论 | 开发一种基于iModulon的工程方法，提高合成生物学中细胞功能重编程的可扩展性和可预测性 | 细菌细胞中的共调控基因群（iModulon） | 机器学习 | NA | 机器学习、iModulon分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 细菌 | iModulon调控模块（包括蛋白生产、耐热性、果糖利用、渗透胁迫耐受、氧化胁迫耐受、自然感受态激活） | 工业生物技术、医学 |
| 3 | 2026-06-15 |
Development of a tightly regulated copper-inducible transient gene expression system in Nicotiana benthamiana incorporating a suicide exon and Cre recombinase
2024-10, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.20021
PMID:39081031
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研究论文 | 开发了一种在本氏烟中利用自杀外显子和Cre重组酶的严格调控铜诱导瞬时基因表达系统 | 通过结合自杀外显子和Cre/LoxP系统增强了铜诱导系统的调控严谨性，有效控制了超敏细胞死亡反应 | 原始铜诱导系统在调控某些测试的超敏细胞死亡反应时不够严谨 | 开发一个能严格调控本氏烟转基因表达的化学诱导系统 | 本氏烟（Nicotiana benthamiana） | 功能基因组学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达 | NA | NA | NA | MoClo合成生物学方法 | 本氏烟（Nicotiana benthamiana） | 铜诱导系统结合自杀外显子HyP5SM/OsL5和Cre/LoxP调控元件 | 农业 |
| 4 | 2026-06-07 |
Exploring the frontier of rapid prototyping technologies for plant synthetic biology and what could lie beyond
2024-05, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.19650
PMID:38426415
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综述 | 综述了植物合成生物学中快速原型技术的进展，探讨如何通过设计-构建-测试循环加速研究 | 系统分析了多种快速原型技术的互补优势，并提出未来整合这些策略的可能性以实现植物合成生物学的快速规模化部署 | 现有技术各有局限，限制了广泛适用性，且快速原型技术的结合策略仍处于理论阶段 | 探索快速原型技术如何克服植物合成生物学中基因转化周期长、世代时间长和实验规模限制等瓶颈 | 植物合成生物学中的快速原型技术 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物 | 设计-构建-测试循环（含快速原型技术） | 农业, 生物学研究 |
| 5 | 2026-06-02 |
Evolution shapes and conserves genomic signatures in viruses
2024-10-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07098-1
PMID:39478059
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研究论文 | 研究了2,768种真核病毒基因组的特征，揭示病毒基因组签名的特异性及其与宿主的关系 | 首次大规模系统分析病毒基因组签名，发现多数病毒具有高度特异性签名，且物种间差异显著，同时揭示了病毒与宿主基因组签名的差异及其进化选择压力 | NA | 探究病毒基因组签名的存在性、特异性及其在病毒基因组进化中的依赖性和选择性压力 | 来自105个病毒科的2,768种真核病毒 | 机器学习 | NA | NA | NA | 基因组序列 | 2,768种真核病毒物种 | NA | 真核宿主细胞 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 6 | 2026-06-02 |
Revisiting the current and emerging concepts of postharvest fresh fruit and vegetable pathology for next-generation antifungal technologies
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13397
PMID:38924311
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综述 | 回顾当前和新兴的采后鲜果蔬菜病理学概念，为下一代抗真菌技术提供方向 | 提出基于微生物组和病理生物组的新概念，并强调利用合成生物学、sRNA技术、噬菌体、群体感应和群体猝灭策略等前沿技术调控微生物组以控制感染 | 未明确讨论这些新兴技术的实际应用挑战、成本效益或规模化可行性 | 探索采后鲜果蔬菜真菌感染控制的新策略，提升食品安全性 | 采后鲜果蔬菜及其微生物组和病理生物组 | 机器学习、数字农业 | 真菌感染相关疾病（如霉菌毒素中毒） | 基因组技术、小RNA技术、群体感应、群体猝灭、合成生物学 | 深度学习 | 基因组数据、数据库信息、微生物组数据 | NA | CRISPR-Cas9、合成生物学工具 | 鲜果蔬菜（如水果和蔬菜） | NA | 农业、食品 |
| 7 | 2026-06-02 |
Self-Assembly of Heterogeneous Ferritin Nanocages for Tumor Uptake and Penetration
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309271
PMID:38368258
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研究论文 | 利用合成生物学策略在埃希氏大肠杆菌中构建铁蛋白装配工具箱系统，实现异质铁蛋白纳米笼的可控自组装，并研究其肿瘤摄取和穿透能力 | 首次采用合成生物学方法制造均匀可重复的蛋白质纳米颗粒，通过铁蛋白亚基/变体的胞内组装实现异质组分精准调控，揭示了纳米颗粒配体密度与肿瘤靶向/穿透之间的关系 | NA | 探究纳米颗粒异质性在决定其在生物系统中命运的重要性，特别是配体密度对肿瘤靶向和穿透的影响 | 异质铁蛋白纳米笼（FHn），由人铁蛋白重链（FH）和轻链组成，在埃希氏大肠杆菌中组装 | 合成生物学 | 肿瘤 | 合成生物学装配、铁蛋白亚基组装、体内组装系统 | NA | NA | NA | 合成生物学工具箱 | 埃希氏大肠杆菌 | 铁蛋白装配工具箱系统，用于异质纳米笼的自组装 | 医学 |
| 8 | 2026-06-02 |
Genetic Engineering and Rebooting of Bacteriophages in L-Form Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_16
PMID:38066374
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研究论文 | 本文详细介绍了在L型细菌中通过基因工程改造和重启噬菌体的方法 | 提出利用细胞壁缺陷的L型细菌作为宿主，以激活感染革兰氏阳性菌的合成噬菌体基因组，克服了传统转化革兰氏阳性菌的困难 | NA | 开发新型无标记基因组编辑方法，促进治疗性噬菌体的工程化改造 | 噬菌体的基因工程改造和重启技术 | 合成生物学 | 感染性疾病 | 基因工程、噬菌体基因组合成与重启 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | L型细菌（细胞壁缺陷）、革兰氏阳性菌 | NA | 医学（噬菌体疗法） |
| 9 | 2026-06-02 |
Synthetic Biology to Engineer Bacteriophage Genomes
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_17
PMID:38066375
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研究论文 | 本文综述了合成生物学领域中用于工程化噬菌体基因组的两种主要策略：噬菌体电穿孔重组工程和酵母为基础的噬菌体工程平台 | 系统比较了两种成功用于遗传改造噬菌体基因组的新技术，突出了合成生物学在开发具有新功能的专用噬菌体方面的进展 | 未说明 | 介绍并比较用于基因工程噬菌体基因组的技术策略 | 噬菌体基因组 | 合成生物学 | NA | BRED、酵母为基础的噬菌体工程 | NA | NA | NA | BRED、酵母工程平台 | 噬菌体、酵母 | NA | 病原体控制与检测、靶向药物递送、新材料组装 |
| 10 | 2026-06-01 |
Peptide nucleic acid-assisted generation of targeted double-stranded DNA breaks with T7 endonuclease I
2024-04-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae148
PMID:38421613
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研究论文 | 利用γ修饰肽核酸引导T7核酸内切酶I在特定DNA位点产生双链断裂的新型基因编辑技术 | 首次利用γPNA介导的DNA入侵与T7EI的特异性切割相结合，实现无PAM限制、蛋白尺寸紧凑的可编程核酸酶系统 | 仅完成体外实验验证，未展示体内应用效果 | 开发一种新型基因编辑工具，克服现有技术在PAM依赖性和蛋白大小方面的局限 | γ修饰肽核酸与T7核酸内切酶I组成的复合系统 | 基因编辑 | NA | PNA辅助DNA链入侵技术 | NA | NA | NA | T7核酸内切酶I | NA | PNA导向的T7EI核酸酶系统 | 生物技术, 医学, 农业, 合成生物学 |
| 11 | 2026-05-31 |
Understanding and computational design of genetic circuits of metabolic networks
2024-04-30, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20230045
PMID:38662439
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综述 | 综述了一种通过计算设计代谢网络遗传电路的方法，以优化蛋白质投资下的代谢通量 | 提出了一种基于最大化每单位投资蛋白质通量的方法来推断和设计遗传电路，并用于解释大肠杆菌的天然调控策略 | 仅以大肠杆菌为模型系统进行验证，未涉及真核生物或更复杂的代谢网络 | 理解并计算设计代谢网络的遗传电路，以实现动态条件下的最优代谢适应度 | 大肠杆菌的核糖体表达调控和氨基酸生物合成酶的基因表达控制电路 | 合成生物学 | NA | 计算建模 | 通量优化模型 | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌 | 代谢通量调控电路 | 工业生物技术 |
| 12 | 2026-05-31 |
A robust yeast chassis: comprehensive characterization of a fast-growing Saccharomyces cerevisiae
2024-02-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03196-23
PMID:38214535
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研究论文 | 全面表征了一种快速生长的酵母新菌株XP，并为其遗传操作开发了工具箱 | 发现了一种生长速度快于常用研究和工业菌株的酵母新分离株XP，并在基因组、转录组和代谢组层面解析了其快速生长的机制，开发了包括基因插入、删除和倍性转换在内的遗传操作工具箱 | 未明确提及菌株XP在长期工业应用中的稳定性及潜在风险 | 开发快速生长的酵母底盘以促进合成生物学和生物技术应用 | 酵母新分离株XP及其与常用菌株的比较 | 机器学习 | NA | 基因组测序, 转录组测序, 代谢组分析, 基因编辑 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母（Saccharomyces cerevisiae） | L-乳酸生产途径 | 工业生物技术, 材料 |
| 13 | 2026-05-31 |
Genomic imprints of unparalleled growth
2024-02, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.19444
PMID:38072860
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研究论文 | 比较了快速生长的沙漠微藻Chlorella ohadii与其他绿藻的基因组，揭示其无与伦比生长速率和抗逆性的基因组印记 | 首次对最快生长藻类C. ohadii进行基因组比较分析，发现其核糖体基因数量多、内含子丰富、密码子偏好性强及特有基因与代谢灵活性和抗光损伤相关 | 未明确讨论基因组特征与生长速率的直接因果关系，且研究仅限于两种绿藻比较 | 探究C. ohadii快速生长和抗逆性的基因组基础及其进化意义 | C. ohadii及其近缘种C. sorokiniana UTEX 1663的基因组 | 基因组学 | NA | 基因组比较分析 | NA | 基因组序列数据 | 两种绿藻基因组 | NA | Chlorella ohadii, Chlorella sorokiniana | NA | 合成生物学, 生物技术 |
| 14 | 2026-05-30 |
Intelligent guide RNA: dual toehold switches for modulating luciferase in the presence of trigger RNA
2024-10-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06988-8
PMID:39420075
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研究论文 | 开发了一种智能向导RNA，通过双toehold开关在触发RNA存在时调节荧光素酶表达 | 设计了cis抑制的gRNA合成回路，包含双toehold开关和抑制型CrRNA序列，实现高效特异识别触发RNA并释放CrRNA调控靶基因 | NA | 通过合成生物学平台实现RNA响应性CRISPR/Cas9功能调控 | 智能向导RNA双toehold开关回路 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 双toehold开关回路，cis抑制型gRNA，逻辑门 | 医学 |
| 15 | 2026-05-30 |
Thermo-responsive aqueous two-phase system for two-level compartmentalization
2024-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51043-z
PMID:39117632
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研究论文 | 提出一种基于热响应性双水相系统的两级区室化方法 | 首次实现基于热响应性双水相系统的两级区室化，模拟真核细胞的层级区室化结构，并通过温度触发产生类似于胶体体的第二级区室 | 未明确提及 | 开发一种模拟活细胞层级区室化的合成系统 | 热响应性双水相系统（包括PNIPAM和DEX） | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 生物化学工程 |
| 16 | 2026-05-30 |
Glutamine-derived peptides: Current progress and future directions
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13386
PMID:38847753
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综述 | 回顾谷氨酰胺衍生肽在临床、运动和肠内营养中的应用，比较其与单体的功能性效，并探讨基于人工智能的肽组学和合成生物学在新颖设计和规模化生产中的潜在应用 | 综合评估谷氨酰胺衍生肽的结构相关生物活性，并创新性地提出结合人工智能肽组学和合成生物学进行从头设计和规模化生产 | 对谷氨酰胺衍生肽结构-功能关系的理解仍处于探索阶段 | 为谷氨酰胺衍生肽在食品科学中的发现、功能验证和生物制造提供参考 | 谷氨酰胺衍生肽 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品科学, 功能性食品 |
| 17 | 2026-05-30 |
A comprehensive review on novel synthetic foods: Potential risk factors, detection strategies, and processing technologies
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13371
PMID:38853463
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综述 | 本文全面综述了新型合成食品的潜在风险因素、检测策略及加工技术 | 首次系统性地整合了四种新型合成食品（植物基食品、培养肉、发酵食品和微藻基食品）在风险因素、检测与加工技术方面的最新进展 | 未来需继续创新和发展新的检测与加工技术，以有效评估这些新型合成食品的安全性 | 为食品行业中新型合成食品的开发和管理提供见解 | 植物基食品、培养肉、发酵食品和微藻基食品 | NA | NA | 酶联免疫吸附测定、生物传感器、色谱法、聚合酶链式反应、等温扩增、微流控技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 18 | 2026-05-30 |
The pAblo·pCasso self-curing vector toolset for unconstrained cytidine and adenine base-editing in Gram-negative bacteria
2024-02-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1236
PMID:38180826
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研究论文 | 开发了一套用于革兰氏阴性菌中无限制胞嘧啶和腺嘌呤碱基编辑的自消除载体工具集 | 开发了无需同源重组的自消除载体系统，可在单次培养步骤中去除碱基编辑平台，获得无质粒修饰菌株 | NA | 为革兰氏阴性菌的基因组工程提供精确的单核苷酸修饰工具 | 革兰氏阴性菌，如恶臭假单胞菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9碱基编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 恶臭假单胞菌及其他革兰氏阴性菌 | 自消除碱基编辑平台 | 工业生物技术 |
| 19 | 2026-05-30 |
Assessing the Quality of Cotranscriptional Folding Simulations
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3519-3_14
PMID:38780738
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研究论文 | 评估共转录折叠模拟质量，开发用户友好的BarMap-QA流程以简化RNA共转录折叠动力学分析 | 提出BarMap-QA流程，克服原始BarMap软件在特定共转录折叠场景下的使用困难，通过迭代工作流和多种质量指标监测实现可靠模拟 | 模拟仍基于二级结构粗粒度表示，无法捕捉RNA三级结构细节；案例仅验证合成核糖开关，普适性需进一步测试 | 提升共转录RNA折叠模拟的实用性和可靠性，验证合成生物电路设计 | 共转录折叠过程中的RNA二级结构动态变化 | 计算生物学, 合成生物学 | NA | 马尔可夫过程模拟, BarMap方法, Docker部署 | 马尔可夫模型 | RNA二级结构数据 | 一个合成转录调控型核糖开关作为案例 | BarMap-QA流程 | NA | 合成转录调控核糖开关 | 合成生物学, 计算模拟 |
| 20 | 2026-05-29 |
Enhancing circuit stability under growth feedback with supplementary repressive regulation
2024-02-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1233
PMID:38164993
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研究论文 | 提出在生长反馈下通过添加抑制性调控节点增强双稳态电路稳定性的策略 | 首次提出通过引入一个抑制性调控边缘来使双稳态电路对生长反馈去敏感化的简单控制策略 | 仅进行了仿真和体外实验，缺乏在复杂生物系统中的体内验证 | 研究如何通过额外抑制性调控增强基因电路在生长反馈下的鲁棒性 | 受生长反馈影响的双稳态基因电路 | 合成生物学 | NA | NA | 双稳态电路模型 | NA | NA | NA | NA | 双稳态电路（含抑制性调控边缘） | 合成生物学 |