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当前共找到 1128 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-11-05 |
A rapid and scalable approach to build synthetic repetitive hormone-responsive promoters
2024-07, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14313
PMID:38379432
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研究论文 | 本文开发了一种简单、单管反应的方法，用于合成含有多个重复元件的DNA序列，并构建了合成重复激素响应启动子，在植物中验证了其功能 | 开发了一种单管反应方法，结合填充序列的PCR扩增和GoldenBraid克隆技术，能够高效、可扩展地合成高复杂度的串联重复DNA序列，克服了商业DNA合成公司拒绝高复杂度序列订单的限制 | 文中未明确提及研究局限性 | 克服高复杂度重复DNA序列合成困难的问题，建立一种快速可扩展的合成重复激素响应启动子的方法 | 合成重复DNA序列、植物激素响应启动子、转基因植物 | 合成生物学 | NA | PCR扩增、GoldenBraid分子克隆、IIS型限制性内切酶消化-连接反应、GUS报告基因分析 | NA | DNA序列、图像（GUS染色） | NA | GoldenBraid, IIS型限制性内切酶 | 植物 | 合成乙烯响应启动子10x2EBS-S10融合GUS报告基因 | 农业, 合成生物学 |
| 2 | 2026-11-05 |
Circular single-stranded DNA as a programmable vector for gene regulation in cell-free protein expression systems
2024-05-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49021-6
PMID:38821953
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研究论文 | 该文介绍了一种可编程的环状单链DNA（CssDNA）载体，在酵母无细胞蛋白表达系统中通过DNA和RNA聚合酶进行基因表达和调控。 | 首次将CssDNA作为可编程载体用于无细胞蛋白表达系统的基因表达和调控，利用正义和反义CssDNA的不同途径实现基因调控，并构建了多种基因调控逻辑门。 | 研究主要基于酵母无细胞系统，未在其他CFE系统中验证；CssDNA的稳定性和大规模制备可能受限。 | 探索CssDNA在无细胞蛋白表达系统中作为可编程载体进行基因表达和调控的可行性，丰富合成生物学工具箱。 | 环状单链DNA（CssDNA）载体及酵母无细胞蛋白表达系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白表达（CFE） | NA | NA | NA | NA | 酵母 | 基因调控逻辑门 | 医学, 工业生物技术 |
| 3 | 2026-11-05 |
Structure of the intact tail machine of Anabaena myophage A-1(L)
2024-03-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47006-z
PMID:38531972
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研究论文 | 本文报道了完整的长尾噬菌体A-1(L)尾部机器的高分辨率冷冻电镜结构，包括颈部、尾部和附着的纤维，并进行了生化实验验证 | 首次解析了完整A-1(L)尾部机器的高分辨率结构，发现了独特的十五聚体颈部结构、五组分基板、成对折叠的尾纤维，并鉴定了基板枢纽的双水解活性和尾纤维上的两个宿主受体结合域，同时有助于重新注释其基因组 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解析A-1(L)完整尾部机器的结构，理解其感染机制，并促进其作为合成生物学底盘噬菌体的应用 | 长尾噬菌体A-1(L)及其宿主鱼腥藻PCC 7120 | 结构生物学 | NA | 冷冻电镜, 生化实验 | NA | 图像, 生化数据 | NA | NA | 鱼腥藻PCC 7120 | NA | 合成生物学, 医学 |
| 4 | 2026-11-02 |
Salmonella-based therapeutic strategies: improving tumor microenvironment and bringing new hope for cancer immunotherapy
2024-Dec-12, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-024-02578-0
PMID:39666238
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综述 | 本文综述了基于沙门氏菌的癌症免疫治疗策略，重点探讨其调节肿瘤微环境、工程化改造及联合治疗的最新进展 | 系统总结了沙门氏菌调节免疫抑制性肿瘤微环境的关键机制、多样化工程化改造策略及联合癌症治疗的最新进展 | 文章为综述性质，未提供原始实验数据；沙门氏菌免疫治疗在临床应用中仍面临安全性和有效性的挑战 | 探讨沙门氏菌通过调节肿瘤微环境增强癌症免疫治疗效果的策略与前景 | 沙门氏菌及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤免疫治疗 | 癌症 | 合成生物学、基因工程 | NA | 文本 | NA | NA | 沙门氏菌 | NA | 医学 |
| 5 | 2026-11-02 |
Unlocking the potential of Cupriavidus necator H16 as a platform for bioproducts production from carbon dioxide
2024-Nov-22, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-024-04200-x
PMID:39572451
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综述 | 综述了利用真养产碱杆菌H16作为平台，将二氧化碳转化为生物产品的合成生物学工具、气体发酵技术及代谢工程进展 | 系统总结了以不依赖光的化能自养型细菌真养产碱杆菌H16为宿主，将CO2转化为可降解塑料、生物燃料、生物活性化合物和单细胞蛋白等多样化产品的合成生物学工具与代谢工程策略 | 真养产碱杆菌H16菌株存在效率低下和产品类型范围有限等问题，制约了其进一步发展和应用 | 探索真养产碱杆菌H16作为将CO2转化为多样化产品的宿主平台的潜力，并为构建该菌株细胞工厂及CO2衍生产品的工业化制造提供资源 | 真养产碱杆菌H16（Cupriavidus necator H16） | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具包、气体发酵技术、代谢工程 | NA | 文本 | NA | NA | 真养产碱杆菌H16 | NA | 医学, 材料, 能源, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-11-02 |
Potential approaches to create ultimate genotypes in crops and livestock
2024-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01942-0
PMID:39402155
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观点/展望文章 | 本文探讨通过加速重组与基因编辑、全基因组单倍型序列直接编辑和合成生物学三条未来路径快速实现作物和家畜的“终极基因型” | 提出“终极基因型”概念，即通过计算机模拟将群体中对目标性状最有利的标记等位基因单倍型组合在一起；展示终极基因型性能可达当前最佳个体的六倍；提出三种快速实现终极基因型的未来路径 | 本文为假设性思考文章，三种路径均未进行实验验证；传统杂交策略需要多代才能实现终极基因型 | 探讨快速实现作物和家畜终极基因型的潜在方法 | 主要作物和家畜物种（奶牛、小麦、鹰嘴豆等） | 农业基因组学、动植物育种 | NA | 基因组选择、基因编辑、合成生物学 | NA | 基因型数据、表型数据 | 数千至数百万个作物和家畜个体 | 基因编辑 | 奶牛、小麦、鹰嘴豆等作物和家畜 | NA | 农业、食品 |
| 7 | 2026-11-01 |
Biocomputation: Moving Beyond Turing with Living Cellular Computers
2024-Jun, Communications of the ACM
IF:11.1Q1
DOI:10.1145/3635470
PMID:41867488
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评论 | 探讨利用理论计算机科学与合成生物学的协同作用，超越传统图灵计算，构建更强大的活细胞计算机 | 倡导将理论计算机科学与合成生物学深度结合，探索细胞的有状态计算、可解问题类别及基因调控与进化的计算复杂性，突破传统图灵计算框架 | 未提供具体实验数据或案例，属于观点性论述，对合成生物学系统计算能力的边界仍处于探索阶段 | 推动计算机科学界关注并挖掘活细胞系统的完整计算能力，设计超越图灵计算的新型生物计算机 | 细菌等活细胞系统及其基因调控网络 | 合成生物学, 理论计算机科学 | NA | 合成生物学, 基因组工程 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 基于算法的基因线路（响应输入并输出结果） | 医学, 环境 |
| 8 | 2026-11-01 |
CRISPRi-induced transcriptional regulation of IAH1 gene and its influence on volatile compounds profile in Kluyveromyces marxianus DU3
2024-Mar-05, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-023-03811-0
PMID:38441729
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研究论文 | 本文利用CRISPRi技术下调马克斯克鲁维酵母DU3中IAH1基因的表达，并分析其对挥发性化合物谱的影响 | 首次在马克斯克鲁维酵母中应用CRISPRi系统（dCas9-Mxi1）实现对IAH1基因的转录抑制，并揭示其对挥发性化合物代谢的调控作用 | 仅对IAH1基因进行了单一基因的转录抑制研究，未进行全基因组筛选或多位点调控，且未详细评估对酵母生长和发酵性能的全局影响 | 探究IAH1基因下调对马克斯克鲁维酵母挥发性化合物合成的影响，并验证CRISPRi系统在该酵母中的基因调控可行性 | 马克斯克鲁维酵母DU3菌株及其IAH1基因 | 合成生物学 | NA | CRISPRi, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | NA | CRISPRi (dCas9-Mxi1) | 马克斯克鲁维酵母 | CRISPRi转录抑制系统 | 食品, 工业生物技术 |
| 9 | 2026-11-01 |
Deep generative design of RNA family sequences
2024-Mar, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02148-8
PMID:38238559
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研究论文 | 提出RfamGen深度生成模型，通过整合比对和共识二级结构信息，高效设计RNA家族序列 | 显式整合比对和共识二级结构信息，数据高效地生成新颖且功能性的RNA家族序列，并能生成活性高于天然序列的人工序列 | 摘要未明确提及 | 开发自动化设计功能性RNA的通用平台 | RNA家族序列 | 机器学习 | NA | 深度生成模型 | 深度生成模型 | 序列、结构 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 10 | 2026-11-01 |
Advanced probiotics: bioengineering and their therapeutic application
2024-Feb-25, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09309-8
PMID:38403783
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综述 | 该文综述了利用基因编辑技术构建工程化益生菌的方法、作用机制及其在炎症性肠病、癌症、细菌感染和代谢疾病等治疗中的应用 | 系统整合了合成生物学与基因编辑技术在益生菌改造中的最新进展，并探讨了工程益生菌的治疗应用及未来方向 | 作为综述文章，未提供原始实验数据；对工程益生菌的长期安全性和临床转化挑战讨论有限 | 概述构建改良益生菌的方法、基因编辑技术的科学原理、工程益生菌的作用机制及其治疗应用 | 乳酸菌等益生菌 | 合成生物学 | 炎症性肠病, 癌症, 细菌感染, 代谢疾病 | 基因编辑 | NA | 文本 | NA | 基因编辑技术 | 乳酸菌 | NA | 医学 |
| 11 | 2026-11-01 |
Accelerating the design of pili-enabled living materials using an integrative technological workflow
2024-02, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-023-01489-x
PMID:38012344
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研究论文 | 该文提出整合生物信息学、结构生物学与合成生物学的工作流程，用于加速基于菌毛的工程活体材料设计 | 开发了BBSniffer软件用于快速挖掘生物聚合物及其生产菌；在谷氨酸棒杆菌中鉴定出共价连接菌毛生物合成基因簇并解析其组装机制；构建可编程菌毛并应用于活体材料 | 研究主要基于概念验证，未充分展示活体材料在复杂环境中的长期稳定性与可扩展性 | 促进工程活体材料的设计与开发 | 细菌菌毛、谷氨酸棒杆菌、工程活体材料 | 合成生物学 | NA | 生物信息学、结构生物学、合成生物学、遗传操作 | NA | 序列、结构、文本 | NA | NA | 谷氨酸棒杆菌 | 可编程菌毛生物合成途径、胞外与胞内生物转化偶联 | 工业生物技术、材料 |
| 12 | 2026-11-01 |
Efficient assembly of a synthetic attenuated SARS-CoV-2 genome in Saccharomyces cerevisiae using multi-copy yeast vectors
2024, Journal of genetics
IF:1.4Q4
PMID:38379228
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研究论文 | 本文研究了在酿酒酵母中利用多拷贝载体高效组装合成减毒SARS-CoV-2基因组 | 首次尝试在多拷贝酵母载体中进行大型多片段组装，并开发了可在单拷贝和多拷贝载体间无缝切换的组装工具包 | 仅测试了一个28 kb的基因组组装，未涉及更大或更复杂的基因组，且未评估多拷贝载体对下游应用的具体优势 | 开发一种工具包，使研究人员能够在单拷贝和多拷贝酵母载体之间无缝切换，以组装大型DNA构建体 | 减毒SARS-CoV-2基因组（缺失N基因） | 合成生物学 | 新冠肺炎 | 同源重组 | NA | DNA序列 | 1个28 kb的减毒SARS-CoV-2基因组，由10个片段组装 | NA | 酿酒酵母 | NA | 医学 |
| 13 | 2026-11-01 |
Use of Cas9 Targeting and Red Recombination for Designer Phage Engineering
2024-Jan, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.1007/s12275-024-00107-2
PMID:38300409
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研究论文 | 该文开发了一种基于SpCas9靶向和λRed重组的高效噬菌体基因组工程方法，用于在铜绿假单胞菌中构建设计型噬菌体。 | 结合SpCas9靶向消除野生型噬菌体和λRed重组促进重组子生成，在铜绿假单胞菌PAO1中建立了一步式噬菌体工程流程，并发现双sgRNA策略可提高靶向效率。 | 仅在铜绿假单胞菌模型病原体中验证，靶向效率受sgRNA位置和数量影响，未在多种噬菌体或宿主中广泛测试。 | 开发一种简便高效的噬菌体基因组工程方法，以快速获得工程化噬菌体。 | 铜绿假单胞菌PAO1菌株、温带噬菌体MP29及其gp35基因。 | 合成生物学 | NA | SpCas9靶向切割、λRed同源重组、miniTn7染色体整合、电穿孔 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, λRed重组系统, miniTn7 | 铜绿假单胞菌 | 诱导型启动子驱动SpCas9和λRed基因的染色体整合表达盒；含sgRNA和编辑模板的质粒系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 14 | 2026-10-31 |
Modified Tn7 transposon vectors for controlled chromosomal gene expression
2024-10-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01556-24
PMID:39291982
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研究论文 | 该文章通过添加诱导型和组成型启动子增强了mini-Tn7转座子载体的功能，实现了对整合到染色体上的基因的差异化转录控制 | 在mini-Tn7插入载体中加入了诱导型（P）和组成型（PcL和P）启动子，提供了对染色体整合基因的差异转录控制，并验证了这些启动子的功能 | 未明确提及研究局限性 | 增强mini-Tn7转座子载体的实用性，实现对染色体整合基因的受控表达 | mini-Tn7转座子载体、大肠杆菌K-12菌株MG1655、绿色荧光蛋白基因、有毒基因 | 合成生物学 | NA | mini-Tn7转座子插入、启动子工程 | NA | NA | NA | mini-Tn7转座子 | 大肠杆菌 | 诱导型和组成型启动子控制基因表达的调控回路 | 医学、工业生物技术、合成生物学 |
| 15 | 2026-10-30 |
Sticky enzymes: increased metabolic efficiency via substrate-dependent enzyme clustering
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.05.622105
PMID:39574612
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研究论文 | 本文提出了一种基于底物依赖性酶聚集的自组织策略，通过数学模型研究相分离酶在底物调控下的“粘性”如何实现接近最优的酶簇大小和间距，从而提高代谢效率 | 提出酶簇仅在需要处理底物时和地点形成，即通过局部底物可用性调控酶的“粘性”，实现自组织成接近最优大小和间距的酶簇，超越了现有天然和工程酶簇的范式 | 研究基于数学模型，未在实验中进行验证；仅讨论简单的代谢途径；酶“粘性”的变构调控机制仅为讨论，未深入探究 | 探索如何在细胞内实现后续酶的共簇化以加速代谢中间产物处理，提高途径通量、降低毒性和实现敏感的分支点调控 | 简单代谢途径中的后续酶及其底物 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 数学建模 | 数学模型（包含热力学约束的代谢途径模型） | NA | NA | NA | NA | 底物依赖性酶聚集（相分离酶簇） | 医学, 工业生物技术 |
| 16 | 2026-10-30 |
Molecular glues and induced proximity: An evolution of tools and discovery
2024-06-20, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2024.04.001
PMID:38688281
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综述 | 本文综述了分子胶和诱导邻近工具的发展与发现，探讨了分子胶在蛋白质复合物成核和相互作用组重连中的作用，并讨论了其在治疗应用中的潜力与挑战 | 从合成生物学和生物物理学领域汲取灵感，提出挖掘化学文库中分子胶类分子的新思路 | 分子胶相比经典抑制剂仍然稀少，其简单结构和重塑蛋白质-蛋白质相互作用的特定能力为广泛应用和设计者应用带来了挑战 | 总结分子胶和诱导邻近工具的研究进展，探讨分子胶发现和设计的策略 | 分子胶、诱导邻近、蛋白质-蛋白质相互作用 | 化学生物学, 药物发现 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 药物开发 |
| 17 | 2026-10-27 |
Synthetic microbial communities: A gateway to understanding resistance, resilience, and functionality in spontaneously fermented food microbiomes
2024-09, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2024.114780
PMID:39147468
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综述 | 本综述探讨了自发发酵食品（SFF）中微生物群落的抗性、恢复力和功能驱动因素，并论述了合成微生物群落（SMCs）作为理解和改造这些微生物组工具的潜力 | 系统性地将合成微生物群落（SMCs）定位为解析自发发酵食品微生物组抗性、恢复力和功能性的门户，并提出通过标准化方案、先进监测工具和合成生物学应用来克服当前SMCs稳定性和可重复性挑战的未来方向 | SMCs在发酵食品中的应用仍存在改进空间，实现稳定性和可重复性面临挑战，主要源于非标准化的方法 | 总结SMCs在发酵食品中的当前应用，识别挑战并指出未来发展方向，以释放SMCs的全部潜力并促进发酵食品系统的可持续创新应用 | 自发发酵食品（SFF）中的微生物群落（微生物组） | 微生物组学, 食品微生物学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 文献 | NA | NA | NA | NA | 食品, 工业生物技术 |
| 18 | 2026-10-25 |
Temporal epigenome modulation enables efficient bacteriophage engineering and functional analysis of phage DNA modifications
2024-09, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011384
PMID:39231196
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研究论文 | 利用真核酶NgTET暂时降低噬菌体DNA修饰，促进Cas核酸酶切割并提高突变效率，从而实现噬菌体工程和DNA修饰功能分析 | 首次利用真核酶NgTET对噬菌体表观基因组进行时间性调节，暂时减少DNA修饰以克服Cas介导切割的抗性，实现高效无痕点突变和无需基因删除的DNA修饰功能研究 | 摘要未明确说明该策略是否适用于所有具有广泛DNA修饰的噬菌体，可能受限于NgTET的转染效率和宿主范围，且未提及对噬菌体适应性的潜在影响 | 探索噬菌体感染机制，通过时间性调节噬菌体表观基因组提高CRISPR-Cas介导的噬菌体突变效率，并研究DNA修饰对噬菌体感染的影响 | 裂解性噬菌体，特别是T4噬菌体 | 合成生物学, 噬菌体生物学 | NA | CRISPR-Cas系统, NgTET酶介导的DNA去修饰, 定点突变 | NA | DNA序列, 表观遗传修饰数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 噬菌体, 可能涉及大肠杆菌宿主 | NA | 医学, 生物技术 |
| 19 | 2026-10-25 |
De novo design of modular protein hydrogels with programmable intra- and extracellular viscoelasticity
2024-02-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309457121
PMID:38289949
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研究论文 | 利用计算设计指定从头蛋白质构建块的大小、灵活性和效价以及相互作用动力学，研究分子参数如何调控蛋白质水凝胶的宏观粘弹性，并在活细胞内外展示可编程的粘弹性。 | 通过计算设计系统性地调控蛋白质构建块的大小、灵活性、效价及相互作用动力学；使用2、5、24或120个组分的对称同源寡聚体构建理想步增长生物聚合物网络；比较物理与共价交联对粘弹性的影响；利用遗传编码性在活哺乳动物细胞内组装蛋白质网络并通过FRAP展示细胞内可调机械性能。 | 摘要未明确提及具体限制。 | 研究分子参数如何决定蛋白质水凝胶的宏观粘弹性，并实现模块化构建和系统编程设计蛋白质材料的粘弹性。 | 从头设计的蛋白质构建块（对称同源寡聚体）及其形成的水凝胶网络，以及在活哺乳动物细胞内组装的蛋白质网络。 | 合成生物学, 生物材料, 组织工程 | NA | 计算设计, 流变学评估, 荧光漂白恢复(FRAP) | NA | 流变学数据, 荧光显微图像 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 蛋白质水凝胶网络（物理或共价交联的步增长生物聚合物网络） | 生物医学, 组织工程, 治疗递送, 合成生物学 |
| 20 | 2026-10-22 |
Leveraging the histidine kinase-phosphatase duality to sculpt two-component signaling
2024-06-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49251-8
PMID:38858359
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研究论文 | 本文以细菌光敏色素双组分系统为范式，研究传感器组氨酸激酶的激酶-磷酸酶双重催化活性如何决定信号响应，并通过改造获得更高灵敏度和反转输出的衍生系统 | 揭示了激酶-磷酸酶平衡对双组分系统信号响应的决定性作用，获得了红光灵敏度提高十倍的衍生系统，并构建了红光下输出增加的反转型TCS | 研究主要基于单一细菌光敏色素TCS范式，衍生系统仅在特定条件下验证，尚未系统评估在其他TCS或体内复杂环境中的普适性 | 探究组氨酸激酶的激酶-磷酸酶催化双重性如何影响双组分系统的信号响应，并利用这一特性工程化改造信号响应特性 | 细菌光敏色素双组分系统及其衍生系统 | 合成生物学 | NA | 定点突变、蛋白质工程、光遗传学调控 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 双组分信号系统（传感器组氨酸激酶-响应调节蛋白）及衍生改造系统 | 合成生物学，工业生物技术 |