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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-08 |
De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire
2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.12.575267
PMID:38293112
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研究论文 | 本研究探索了从头设计的微型结合蛋白在合成生物学传感工具中的通用性 | 首次证明微型结合蛋白可适配多种细胞工程工具,相比传统抗体具有独特表位靶向能力和更快生产周期 | 研究主要聚焦于SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体,未广泛测试其他抗原靶点 | 扩展合成生物学抗原传感工具库,开发新型细胞工程平台 | 微型结合蛋白、合成受体、工程化T细胞 | 合成生物学 | COVID-19 | 蛋白质设计、细胞工程 | NA | 实验数据 | NA | synNotch, SNIPR, CAR | 哺乳动物细胞, T细胞 | 合成受体、抗原传感器、细胞毒性响应回路 | 医学 |
| 2 | 2025-10-05 |
Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01677-3
PMID:38977789
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研究论文 | 开发基于邻近触发蛋白质反式剪接技术的时控蛋白质合成方法,用于解析细胞信号传导的动态过程 | 利用邻近触发蛋白质反式剪接技术实现目标蛋白质的时控合成,可区分起始材料和产物的细胞定位及活性状态 | NA | 开发合成生物学工具以操纵细胞状态并解析细胞信号传导动态过程 | 多种蛋白质包括BCR-ABL和DNAJ-PKAc激酶融合蛋白 | 合成生物学 | 癌症 | 邻近触发蛋白质反式剪接技术 | NA | 蛋白质活性数据 | NA | 蛋白质反式剪接 | 哺乳动物细胞 | 蛋白质合成控制系统 | 医学 |
| 3 | 2025-10-05 |
Transcriptional regulation of living materials via extracellular electron transfer
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01628-y
PMID:38783133
|
研究论文 | 本研究通过胞外电子转移机制实现了活细胞代谢与合成材料性能的可编程调控 | 首次利用微生物胞外电子转移作为桥梁,通过基因电路设计控制合成聚合物网络的力学性能 | NA | 开发可编程的工程活材料,实现生物系统与合成材料的智能整合 | 希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)和合成聚合物水凝胶 | 合成生物学 | NA | 胞外电子转移(EET)、荧光参数化、基因电路设计 | 布尔逻辑门 | NA | NA | 合成生物学 | Shewanella oneidensis | 转录布尔逻辑门、基因表达调控电路 | 材料科学 |
| 4 | 2025-10-05 |
De Novo Synthesis of Error-Free Long Oligos
2024-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70028
PMID:39422193
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研究论文 | 介绍无错误长寡核苷酸从头合成的完整实验方案 | 结合CBP纯化方法与克隆测序筛选,首次实现长达401-mer无错误寡核苷酸的合成 | NA | 开发高精度长链寡核苷酸合成技术 | 寡核苷酸合成与纯化 | 合成生物学 | NA | 固相合成、CBP方法、克隆、Sanger测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质工程,合成生物学 |
| 5 | 2025-10-05 |
ReCARving the future: bridging CAR T-cell therapy gaps with synthetic biology, engineering, and economic insights
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1432799
PMID:39301026
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综述 | 本文全面探讨如何通过合成生物学、工程学和经济视角解决CAR-T细胞疗法在实体瘤疗效、安全性和可及性方面的挑战 | 整合合成生物学与工程学方法开发同种异体CAR-T细胞,提出新型抗原靶向策略及联合治疗方案 | NA | 突破CAR-T细胞疗法在实体瘤治疗中的局限并提升其安全性与可及性 | CAR-T细胞疗法及其在肿瘤治疗中的应用 | 合成生物学 | 血液恶性肿瘤与实体瘤 | CAR-T细胞工程 | NA | NA | NA | NA | T细胞 | 嵌合抗原受体设计 | 医学 |
| 6 | 2025-10-05 |
Dynamic Gene Expression Mitigates Mutational Escape in Lysis-Driven Bacteria Cancer Therapy
2024, Biodesign research
DOI:10.34133/bdr.0049
PMID:39301524
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研究论文 | 本研究探讨了通过动态基因表达策略优化工程化细菌在癌症治疗中的疗效,防止突变逃逸 | 首次发现PFO表达会导致细菌裂解并引发突变逃逸,并提出动态诱导策略来维持治疗性细菌种群 | NA | 优化工程化细菌在肿瘤治疗中的持久定植和持续有效载荷释放 | 表达Perfringolysin O(PFO)细菌毒素的非致病性工程细菌 | 合成生物学 | 癌症 | 分子动力学,数学模型,微流体系统,测序 | 种群动态数学模型 | 实验数据,测序数据,模拟数据 | NA | 合成生物学工具 | 工程细菌 | 动态基因表达系统,PFO毒素表达回路 | 医学 |
| 7 | 2025-10-05 |
Functionalized Protein Binders in Developmental Biology
2024-10, Annual review of cell and developmental biology
IF:11.4Q1
|
综述 | 本文综述了功能化蛋白结合剂在发育生物学中用于直接解析蛋白质功能的应用与前景 | 系统总结了通过融合功能域(降解、重定位、可视化、翻译后修饰)的蛋白结合剂实现前所未有的发育蛋白质组研究 | NA | 探讨功能化蛋白结合剂在发育生物学研究中的应用价值与发展方向 | 纳米抗体和合成支架衍生的蛋白结合剂 | 发育生物学 | NA | 蛋白质计算设计、支架工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基础研究 |
| 8 | 2025-10-05 |
CRISPR Tools for Engineering Prokaryotic Systems: Recent Advances and New Applications
2024-07, Annual review of chemical and biomolecular engineering
IF:7.6Q1
|
综述 | 回顾CRISPR-Cas系统在原核生物工程中的最新进展与应用 | 从分子工程角度系统阐述CRISPR组件设计策略及在原核系统中的新型应用方向 | NA | 总结CRISPR技术在原核生物遗传工程中的应用现状与未来发展方向 | CRISPR-Cas系统组件及其在原核生物工程中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 原核生物 | 基于调控gRNA表达的遗传电路 | 生物传感, 生物生产, 生物治疗 |
| 9 | 2025-10-05 |
Accelerating Diverse Cell-Based Therapies Through Scalable Design
2024-07, Annual review of chemical and biomolecular engineering
IF:7.6Q1
|
综述 | 本文探讨如何通过可扩展设计加速多样化细胞疗法的开发 | 整合合成生物学工具与先进基因组编写技术,提出加速细胞疗法转化的新愿景 | NA | 促进基于细胞的疗法转化应用 | 原代细胞和干细胞 | 合成生物学 | NA | 转基因方法、基因组编写技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 哺乳动物细胞 | 转基因货物设计、生物传感器、逻辑门 | 医学 |
| 10 | 2025-10-05 |
Fitness Landscapes and Evolution of Catalytic RNA
2024-07, Annual review of biophysics
IF:10.4Q1
|
综述 | 探讨RNA催化剂的适应度景观及其在进化与合成生物学中的意义 | 结合体外筛选与高通量测序技术绘制RNA完整和局部适应度景观,并提出利用机器学习进行序列空间插值和外推的新方向 | 序列空间的庞大规模限制了纯实验研究方法的有效性 | 解析基因型与表型关系(适应度景观)以推动合成生物学发展 | 催化RNA及其序列空间 | 合成生物学 | NA | 体外筛选、高通量测序 | 机器学习 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 11 | 2025-10-05 |
CRISPR/Cas Technology: The Unique Synthetic Biology Genome-Editing Tool Shifting the Paradigm in Viral Diagnostics, Defense, and Therapeutics
2024-07, Annual review of biomedical engineering
IF:12.8Q1
|
综述 | 全面介绍CRISPR/Cas系统的基本原理及其在病毒检测、防御和治疗中的应用 | 系统评估了基于CRISPR/Cas的病毒诊断、疫苗开发、B细胞工程等创新技术的优势与局限 | 讨论了CRISPR/Cas系统使用中面临的挑战和生物伦理问题 | 推进生物技术方法以应对已知和未知生物威胁 | CRISPR/Cas系统及其在病毒领域的应用技术 | 合成生物学 | 病毒感染 | CRISPR/Cas系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 12 | 2025-10-05 |
Cellular Site-Specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids in Synthetic Biology
2024-Sep-25, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.3c00938
PMID:39207844
|
综述 | 本文综述了遗传密码扩展技术在合成生物学中实现非经典氨基酸定点掺入的方法进展与主要应用 | 系统整合了非经典氨基酸定点掺入技术的双向促进作用:既为合成生物学提供超越自然限制的工具,又受益于合成生物学发展的创新策略 | NA | 探讨遗传密码扩展技术在合成生物学中的应用与发展前景 | 非经典氨基酸的细胞定点掺入技术 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展技术 | NA | NA | NA | NA | 半自主和自主生物体 | 调控元件设计、肽类天然产物生物合成途径操纵 | 工业生物技术 |
| 13 | 2025-10-05 |
Vibrational imaging of metabolites for improved microbial cell strains
2024-06, Journal of biomedical optics
IF:3.0Q2
DOI:10.1117/1.JBO.29.S2.S22711
PMID:38952688
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综述 | 本文介绍了无标记振动光谱显微镜在微生物代谢物成像中的应用及其对生物制造的潜在影响 | 提出将无标记振动光谱显微镜作为传统分析筛选工具的替代方案,用于非破坏性高通量代谢物筛选 | NA | 改进工业微生物细胞株开发中的代谢物筛选技术 | 微生物细胞和代谢物 | 合成生物学 | NA | 拉曼散射成像、红外吸收成像、振动光谱显微镜 | NA | 化学成像数据 | NA | NA | 微生物系统 | 代谢通路 | 农业,能源,食品,材料,制药 |
| 14 | 2025-10-05 |
Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00260
PMID:39312753
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研究论文 | 本研究构建了用于检测油砂工艺影响水中环烷酸的全细胞细菌生物传感器 | 首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸检测的生物传感器,并采用尾矿池分离的细菌作为宿主 | 检测限在1.5-15 mg/L之间,灵敏度有待进一步提高 | 开发替代性环境监测技术用于油砂采矿废水中的环烷酸检测 | 环烷酸及其混合物、油砂工艺影响水样品 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、转录报告系统 | NA | 基因表达数据、环境水样 | 多种环烷酸混合物和OSPW样品 | 质粒克隆、转录报告系统 | 尾矿池分离的细菌物种 | 基于环烷酸降解操纵子、抗性基因和假设基因启动子的生物传感器 | 环境监测 |
| 15 | 2025-10-05 |
Transforming vaccinology
2024-Sep-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.07.021
PMID:39303685
|
综述 | 本文回顾疫苗学发展历程并展望未来技术变革,重点介绍mRNA疫苗等突破性技术对疫苗领域的革新作用 | 系统梳理疫苗学关键技术演进,强调反向疫苗学、合成生物学和mRNA平台等革命性技术如何将失败转化为成功疫苗 | 未涉及具体实验数据或临床研究,主要基于历史视角和技术展望 | 探讨疫苗学技术发展历程及未来变革方向 | 疫苗技术发展历程及免疫机制研究 | 疫苗学 | 传染病(脑膜炎B型、呼吸道合胞病毒等) | 反向疫苗学、合成生物学、结构设计、mRNA技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 16 | 2025-10-05 |
Compartmentalized Terpenoid Production in Plants Using Agrobacterium-Mediated Transient Expression
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_2
PMID:38468080
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研究论文 | 本文介绍利用农杆菌介导的瞬时表达技术在植物中区室化生产萜类化合物的方法 | 采用农杆菌介导的瞬时表达技术实现萜类生物合成的亚细胞区室化 | NA | 开发快速构建萜类化合物合成通路并实现区室化生产的方法 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana)中的萜类化合物合成通路 | 合成生物学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达技术 | NA | NA | NA | 农杆菌介导的转化 | 本氏烟草 | 萜类化合物合成通路的区室化设计(质体、细胞质、脂滴表面) | 工业生物技术 |
| 17 | 2025-10-05 |
Mining unique cysteine synthetases and computational study on thoroughly eliminating feedback inhibition through tunnel engineering
2024-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.5160
PMID:39275998
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研究论文 | 通过数据库挖掘获得高催化活性OPSS酶并利用隧道工程策略彻底消除其产物反馈抑制 | 采用半理性设计与隧道分析相结合的策略,成功构建了完全消除产物抑制且不牺牲催化效率的AsOPSS变体 | NA | 开发高效的L-半胱氨酸生物合成途径 | 来自Acetobacterium sp.的O-磷酸丝氨酸硫化氢酶(AsOPSS) | 合成生物学 | NA | 数据库挖掘、分子对接、分子动力学模拟、随机加速分子动力学模拟、伞形采样模拟 | NA | 酶活性数据、分子模拟数据 | NA | 隧道工程 | Acetobacterium sp. | 代谢途径工程 | 医药, 农业 |
| 18 | 2025-10-05 |
Application and research progress of MultiBac: A review
2024-Sep-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039333
PMID:39252306
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综述 | 本文回顾了MultiBac技术的发展历程、特点及其在生物技术和制药领域的应用 | 引入相对较新的MultiBac技术,整合合成生物学方法增强多功能性 | 存在某些缺陷,研究人员需根据具体需求考虑其局限性 | 为基础研究人员提供新的蛋白表达方法 | MultiBac技术及其在重组蛋白生产和复杂蛋白复合物研究中的应用 | 生物技术 | NA | MultiBac技术 | NA | NA | NA | MultiBac | 昆虫细胞 | NA | 制药, 生物技术 |
| 19 | 2025-10-05 |
Identification of novel broad host-range promoter sequences functional in diverse Pseudomonadota by a promoter-trap approach
2024-Dec, Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology]
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s42770-024-01512-w
PMID:39259478
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研究论文 | 通过启动子捕获方法从南极微生物群落中鉴定出在多种假单胞菌门细菌中具有功能的广宿主范围启动子序列 | 首次从南极微生物群落中发现能在多种假单胞菌门细菌中工作的广宿主范围启动子序列 | 仅构建了约2000个克隆的文库,样本规模相对有限 | 扩展合成生物学可用生物元件的目录 | 南极微生物群落中的启动子序列 | 合成生物学 | NA | 启动子捕获方法 | NA | 基因序列数据 | 约2000个克隆,从中鉴定出13个功能启动子序列 | 启动子捕获 | Pseudomonas putida KT2440, Escherichia coli DH5α, Cupriavidus taiwanensis R1, Paraburkholderia phymatum STM 815, Ensifer meliloti 1021, Pseudomonas sp. UYIF39 | 启动子元件 | 工业生物技术 |
| 20 | 2025-10-05 |
Assessing the Quality of Cotranscriptional Folding Simulations
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3519-3_14
PMID:38780738
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研究论文 | 本文开发了用户友好的BarMap-QA流程,用于评估共转录折叠模拟的质量 | 改进了原有BarMap软件,开发了专门针对共转录折叠场景的用户友好流程,并通过迭代工作流程以最小计算资源获得可靠的动力学模拟 | 原始BarMap方法基于简化的二级结构表示,仅保留少量低能局部极小值和能量势垒,存在近似处理 | 改进共转录折叠模拟方法,验证合成核糖开关设计的功能性 | RNA共转录折叠过程,特别是合成转录调控核糖开关 | 计算生物学 | NA | BarMap方法,粗粒度表示,马尔可夫过程建模 | 马尔可夫过程模型 | RNA二级结构数据 | NA | NA | NA | 合成转录调控核糖开关 | 合成生物学 |