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当前共找到 1127 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-09-01 |
Cas9-assisted biological containment of a genetically engineered human commensal bacterium and genetic elements
2024-03-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45893-w
PMID:38453913
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研究论文 | 本文设计了一种基于Cas9辅助的营养缺陷型生物遏制系统，结合胸苷营养缺陷、工程化核糖调控子和CRISPR装置，用于控制人类共生菌多形拟杆菌的基因表达并防止转基因扩散 | 首次在人类肠道共生菌中结合胸苷营养缺陷、工程化核糖调控子和CRISPR装置，实现了可调的基因表达、防止水平基因转移导致的逃逸，以及阻断转基因传播 | 研究仅在体外和体内验证，未探讨长期稳定性和潜在副作用 | 为基因工程微生物提供稳健的生物遏制系统，以安全应用于生物医学领域 | 人类肠道共生菌多形拟杆菌及其基因元件 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 多形拟杆菌 | 营养缺陷型生物遏制系统，包含胸苷营养缺陷、工程化核糖调控子和CRISPR装置 | 医学 |
| 22 | 2026-08-29 |
SEGUID v2: Extending SEGUID checksums for circular, linear, single- and double-stranded biological sequences
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.28.582384
PMID:39484537
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研究论文 | 本文提出SEGUID v2，扩展原始SEGUID校验和算法以支持环状、线状、单链和双链生物序列，确保数据完整性和快速查找。 | SEGUID v2引入了方向和旋转不变性，支持双链、环状及错配DNA/RNA序列，并使用Base64url编码以适应文件名和URL，克服了原版对拓扑结构的限制。 | 摘要未提及其他序列类型如RNA修饰或特殊结构的处理细节，也未提及性能评估或对比研究。 | 扩展SEGUID校验和算法，以处理环状和双链DNA等更多序列类型，提高数据验证和注释关联的效率。 | DNA和RNA序列，包括环形质粒等。 | 生物信息学、合成生物学 | NA | SHA-1哈希 | NA | 生物序列数据 | NA | NA | NA | NA | 生物技术、数据管理 |
| 23 | 2026-08-28 |
Engineering bionanoreactor in bacteria for efficient hydrogen production
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404958121
PMID:38985767
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研究论文 | 本研究通过整合纳米材料工程和合成生物学，在电活性细菌MR-1中构建周质空间生物纳米反应器，实现了高效产氢 | 首次将周质空间作为生物纳米反应器，结合还原氧化石墨烯涂层电极、自组装硫化铁纳米颗粒和光驱动质子泵，协同提升电子和质子传递效率，显著提高产氢速率 | 未提及具体局限性，可能包括光照条件依赖和规模化生产挑战 | 开发一种高效、可持续的微生物电合成产氢方法 | 电活性细菌MR-1及其周质空间生物纳米反应器 | 合成生物学，微生物电合成 | NA | 纳米材料工程（还原氧化石墨烯涂层、硫化铁纳米颗粒自组装），合成生物学（基因工程） | NA | 实验数据（产氢速率、法拉第效率等） | 多个基因工程菌株（表达GR、canthaxanthin、[FeFe]-氢化酶）各一个 | CRISPR-Cas9或基因过表达（未明确） | 希瓦氏菌MR-1 | 光驱动质子泵（GR和canthaxanthin）与[FeFe]-氢化酶协同电路 | 能源，环境 |
| 24 | 2026-08-27 |
Directed evolution of material-producing microorganisms
2024-07-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2403585121
PMID:39042685
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研究论文 | 本文利用高通量定向进化平台增强产生材料的微生物适应性，并识别提高材料生产能力的遗传途径，以纤维素产生微生物为模型，成功分离出纤维素过量生产菌株 | 利用液滴微流控平台实现全微生物高通量定向进化，无需预先了解基因型-表型关联，并能揭示意外的基因型-表型联系，如蛋白酶复合体基因与纤维素形成能力的关系 | 文中未明确提及局限性，但可能受限于模型微生物的特异性以及随机突变池的规模 | 提高天然微生物生产材料的能力，开发可持续制造的新菌株，并揭示基因型-表型关联 | 产生纤维素的微生物（模型生物）及其随机突变体 | 合成生物学 | NA | 高通量定向进化，液滴微流控，测序 | NA | 序列数据，表型数据 | 初始突变体池包含40,000个随机突变体，最终筛选出少量纤维素过量生产菌株 | NA | 产生纤维素的细菌（具体未指明） | NA | 可持续制造，材料生产 |
| 25 | 2026-08-26 |
Computational analysis into the potential of azo dyes as a feedstock for actinorhodin biosynthesis in Pseudomonas putida
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0299128
PMID:38437212
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研究论文 | 本研究通过计算分析探索利用偶氮染料作为假单胞菌生产放线紫红素的潜在可行性 | 首次采用约束最小割集方法评估偶氮染料作为非常规碳源用于聚酮化合物生物合成的潜力，并发现其比葡萄糖更优的生长耦合策略 | 未提供实验验证，仅基于计算预测结果 | 探究将偶氮染料用作底物，通过工程改造恶臭假单胞菌来生产放线紫红素 | 恶臭假单胞菌KT2440，偶氮染料，葡萄糖，放线紫红素 | 合成生物学，代谢工程 | 不适用 | 约束最小割集分析，通量平衡分析 | 代谢模型 | 基因组规模代谢模型数据 | 不适用 | 不适用 | 恶臭假单胞菌 | 不适用 | 工业生物技术，环境 |
| 26 | 2026-08-25 |
Cellular Site-Specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids in Synthetic Biology
2024-09-25, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.3c00938
PMID:39207844
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综述 | 本文综述了通过遗传密码扩展（GCE）在细胞中位点特异性掺入非天然氨基酸（ncAAs）的方法及其在合成生物学中的主要应用 | 系统总结了GCE技术如何通过非经典密码子扩充、半自主和自主生物体构建、调控元件设计以及肽类天然产物生物合成途径的操控与扩展，来增强和多样化生物设计 | 文章主要讨论当前挑战和未来前景，未具体指出某一研究的局限性 | 探讨位点特异性细胞掺入ncAAs的方法论进展及其在合成生物学中的主要应用，并展望未来发展方向 | 非天然氨基酸和遗传密码扩展技术相关的生物系统 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展（GCE） | NA | NA | NA | NA | NA | 非天然氨基酸掺入系统、非经典密码子、调控元件、肽类天然产物生物合成途径 | 合成生物学 |
| 27 | 2026-08-25 |
Zero-shot prediction of mutation effects with multimodal deep representation learning guides protein engineering
2024-09, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-024-00989-2
PMID:38969803
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研究论文 | 本文提出了一种名为ProMEP的多模态深度表示学习方法，用于零样本预测蛋白质突变效应，并成功指导基因编辑工具的开发。 | ProMEP是一种无需多序列比对的方法，利用约1.6亿蛋白质的多模态数据（序列和结构）进行深度学习，实现了对突变效应的零样本预测，并在速度和准确性上达到先进水平。 | 文中未明确提及局限性，但可能受限于对特定蛋白质家族泛化能力及对罕见突变的预测精度。 | 开发高效且准确的突变效应预测方法，以指导蛋白质工程和基因编辑工具的优化。 | 蛋白质序列和结构突变效应，包括基因编辑酶TnpB和TadA及其变体。 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 多模态深度表示学习模型 | 序列和结构数据 | 约1.6亿蛋白质 | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 生物技术, 合成生物学 |
| 28 | 2026-08-24 |
Functional and structural characterization of an IclR family transcription factor for the development of dicarboxylic acid biosensors
2024-08, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17149
PMID:38696354
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研究论文 | 本文对IclR家族的PcaR转录因子进行了功能和结构表征，并在酿酒酵母中构建了生物传感器遗传电路。 | 首次报道了PcaR在无配体和与琥珀酸复合状态下的晶体结构，揭示了该转录因子识别二羧酸的机制，并展示了其在真核生物酿酒酵母中的体内生物传感器应用。 | 摘要中未提及研究的局限性。 | 为开发二羧酸生物传感器提供关键的结构和功能见解，并深化对IclR调控因子家族的理解。 | IclR家族的PcaR转录因子及其配体琥珀酸。 | 合成生物学 | NA | X射线晶体学、体外功能分析、基因电路构建 | NA | 晶体结构数据、基因表达数据 | NA | 基因电路构建（未具体指明，如CRISPR等） | 酿酒酵母 | PcaR作为体内生物传感器的遗传电路 | 工业生物技术、合成生物学 |
| 29 | 2026-08-22 |
Synthetic biology approaches for improving the specificity and efficacy of cancer immunotherapy
2024-05, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-024-01153-x
PMID:38605087
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综述 | 本文综述了合成生物学在提高癌症免疫治疗特异性和疗效方面的应用，重点讨论了两种主要策略：工程化免疫细胞靶向肿瘤表面抗原和工程化基因回路检测瘤内疾病特征 | 强调合成生物学在增强免疫治疗特异性、可控性和疗效方面的创新工具，提出了两种主策略并展望未来突破 | 未具体提及局限性，但综述中隐含挑战包括肿瘤异质性、基因回路稳定性等 | 概述癌症免疫治疗现状和未来前景，突出合成生物学在提高特异性、可控性和疗效中的作用 | 癌症免疫治疗中的工程化免疫细胞和基因回路 | 合成生物学 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基因回路（用于检测瘤内疾病特征） | 医学 |
| 30 | 2026-08-22 |
Robust genetic codes enhance protein evolvability
2024-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002594
PMID:38754362
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研究论文 | 本文利用大规模平行序列-功能测定数据，分析重写的遗传密码对蛋白质可进化性的影响，发现稳健遗传密码通常通过平滑适应度景观增强可进化性，并提出工程化非标准遗传密码的设计原则 | 首次利用实证数据系统评估稳健遗传密码对蛋白质可进化性的作用，揭示许多替代密码比标准密码产生更平滑的适应度景观，并提出增强或减弱可进化性的通用设计原则 | 依赖于序列-功能测定的数据，可能受限于所研究的蛋白质和密码子重写方案的多样性，且未涉及体内实验验证 | 探究稳健遗传密码是否促进或阻碍蛋白质可进化性，并揭示工程化非标准遗传密码的设计原则 | 6种经验适应度景观以及数十万种重写遗传密码 | 合成生物学 | NA | 大规模平行序列-功能测定 | NA | 序列数据 | 6种适应度景观以及超过1600万mRNA序列 | NA | NA | 遗传密码重写 | 合成生物学,蛋白质工程,工业生物技术 |
| 31 | 2026-08-21 |
Machine learning-aided design and screening of an emergent protein function in synthetic cells
2024-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46203-0
PMID:38443351
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研究论文 | 本文展示了如何在合成细胞中利用机器学习辅助设计和筛选具有涌现功能的蛋白质，并通过计算和体外筛选验证了候选蛋白在大肠杆菌中的功能替代能力。 | 首次将机器学习生成的蛋白质变体与合成细胞模拟筛选相结合，实现了对形成细胞内时空模式的蛋白质的计算和体外筛选，填补了涌现功能蛋白设计中缺乏定制筛选方法的空白。 | 仅作为概念验证，筛选的蛋白种类有限，且计算筛选依赖结构信息，可能不适用于所有蛋白质，体外筛选使用合成细胞模拟物可能不完全反映体内情况。 | 开发并验证一种结合机器学习和合成生物学的蛋白质设计筛选流程，用于设计具有涌现功能（如时空自组织）的蛋白质。 | 形成细胞内时空模式的蛋白质变体，以及用于筛选的合成细胞模拟物和大肠杆菌。 | 机器学习、合成生物学 | NA | 蛋白质设计（机器学习）、体外筛选、结构划分计算筛选 | 条件生成模型 | 蛋白质结构数据、序列数据、实验表型数据 | 未明确具体数量，涉及多个ML生成的蛋白质变体及测试的大肠杆菌样本 | NA | 大肠杆菌（Escherichia coli） | NA | 工业生物技术、医学 |
| 32 | 2026-08-20 |
Plant synthetic genomics: Big lessons from the little yeast
2024-10-17, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2024.08.001
PMID:39214084
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综述 | 本文通过对比酵母和植物合成基因组学的发展，特别是以苔藓植物小立碗藓为例，探讨了植物合成基因组学的机遇与挑战 | 提出了借鉴酵母合成基因组学经验，利用小立碗藓作为模式植物推进植物合成基因组学的新思路 | 未详细讨论植物合成基因组学面临的具体技术障碍及解决方案 | 探讨植物合成基因组学的发展潜力，特别是通过小立碗藓实现突破 | 酵母、植物、小立碗藓 | 合成生物学 | NA | 基因组合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业、工业生物技术 |
| 33 | 2026-08-20 |
The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells
2024-08-15, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2024.06.001
PMID:38971158
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综述 | 本文综述了卷曲螺旋（CC）二聚体模块在哺乳动物细胞合成生物学中的应用，涵盖合成生物回路设计、转录和变构调控、细胞组装、CAR-T细胞调控及基因编辑等方面 | 强调CC模块作为模块化构建块在精确控制和可调性方面的潜力，并展示其在创新治疗和生物医学应用中的最新进展 | 未提及具体局限性，可能缺乏对实际应用挑战的深入分析 | 探讨CC在哺乳动物细胞中的多样化应用，以推动对细胞过程的理解和调控 | 卷曲螺旋（CC）二聚体模块及其在哺乳动物细胞中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 合成生物回路设计，包括转录调控、变构调控、细胞组装、CAR-T细胞调控和基因编辑 | 医学、生物医学 |
| 34 | 2026-08-20 |
teemi: An open-source literate programming approach for iterative design-build-test-learn cycles in bioengineering
2024-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011929
PMID:38457467
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研究论文 | 开发了一个名为teemi的开源Python计算机辅助设计与分析平台，采用文学编程界面，支持合成生物学中的设计-建造-测试-学习循环，并应用于代谢途径设计的预测工程。 | 提出了一个结合文学编程的开源平台，完全符合FAIR原则，集成了模拟、数据整合与机器学习，用于预测性工程化代谢途径设计。 | 未明确提及局限性，可能包括平台对特定生物系统的适用性有限或机器学习模型的预测准确性依赖数据质量。 | 旨在通过用户友好的模拟、组织和指导，促进生物系统的工程设计，并最大化设计-建造-测试-学习循环中的学习效率。 | 生物系统，特别是酵母中生产药用生物碱关键前体的代谢途径设计。 | 合成生物学 | NA | NA | 机器学习 | 多变量数据集 | NA | NA | 酿酒酵母 | 代谢途径设计 | 工业生物技术, 医学 |
| 35 | 2026-08-19 |
Nucleated synthetic cells with genetically driven intercompartment communication
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404790121
PMID:39186653
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研究论文 | 本文提出一种构建具有核样区室且能进行遗传驱动的区室间通信的合成细胞的方法 | 首次实现具有明确核样区室并可进行基因编程的区室间信号传导的合成细胞，支持原位膜蛋白表达和自主化学通信 | 尚不清楚该系统的长期稳定性和在更复杂生物环境中的适用性 | 增强合成细胞的复杂性，通过功能性区室化模拟真核细胞核与细胞质间的自主信号传导 | 合成细胞及其核样区室 | 合成生物学 | NA | 区室封装、原位蛋白表达 | NA | NA | NA | NA | NA | 核与细胞质区室间的膜蛋白介导的化学通信通路 | 生物技术 |
| 36 | 2026-08-19 |
Synonymous codon substitutions modulate transcription and translation of a divergent upstream gene by modulating antisense RNA production
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405510121
PMID:39190361
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研究论文 | 本文研究了质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因中的同义密码子替换如何通过调节反义RNA的产生来影响上游发散的四环素抗性基因的转录和翻译 | 首次证明同义密码子替换在基因编码区深处可显著影响相邻上游基因的表达，通过长反义RNA绕过天然转录抑制机制 | 未明确说明研究的局限性，但可能涉及样本量小或机制细节未完全解析 | 探究同义密码子替换对相邻基因表达的影响及其潜在机制 | 质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因和上游四环素抗性基因 | 分子生物学， 合成生物学 | NA | RNA测序， 基因表达分析 | NA | 基因表达数据， RNA序列 | 九个重新编码的序列中的四个表现出显著效应 | NA | 细菌 | NA | 医学， 工业生物技术 |
| 37 | 2026-08-13 |
Incompatibility in cell adhesion constitutes a barrier to interspecies chimerism
2024-10-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.07.010
PMID:39181131
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研究论文 | 该研究揭示了细胞粘附不相容性是种间嵌合形成的障碍，并开发了基于纳米抗体-抗原相互作用的合成生物学策略来增强种间细胞粘附，从而提高了人类多能干细胞在小鼠胚胎中的嵌合率 | 首次揭示细胞粘附不相容性是种间嵌合的限制因素，并创新性地利用纳米抗体-抗原相互作用增强种间细胞粘附，显著提高了人类多能干细胞在小鼠胚胎中的嵌合率 | 仅限于小鼠胚胎模型，人类细胞在更远缘动物宿主中的嵌合效果可能仍受其他异种屏障影响 | 探究种间嵌合形成中细胞粘附的障碍及克服方法，以提高人类器官在动物体内生长的可行性 | 人类多能干细胞和小鼠多能干细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术、细胞培养、嵌合体分析 | NA | 实验数据（细胞粘附分析、嵌合率统计） | 未明确说明样本量，涉及人类和小鼠多能干细胞系 | 纳米抗体-抗原表达系统 | 小鼠胚胎 | 增强种间细胞粘附的合成生物电路（表达纳米抗体和对应抗原） | 医学 |
| 38 | 2026-08-13 |
Promoters and Synthetic Promoters in Trichoderma reesei
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_3
PMID:39068331
|
综述 | 本文综述了里氏木霉中天然启动子和合成启动子的研究进展，重点介绍了可调控和组成型启动子对蛋白表达的影响、新启动子的发现以及未来优化蛋白表达的策略 | 系统总结了将强诱导型启动子如Pcbh1通过替换转录抑制因子与激活因子进行改造，以及将组成型启动子Pcdna1转化为合成杂合启动子的方法，并整合了多种合成表达系统 | 本文仅为综述，未包含新的实验数据，且指出仍需进一步研究以发现新启动子和制定新表达策略来提升工业规模蛋白产量 | 阐述里氏木霉中可调控和组成型启动子的研究、不同启动子对天然和异源蛋白表达的影响、新启动子的发现，以及未来优化蛋白表达的策略 | 里氏木霉（Trichoderma reesei）的启动子及合成启动子 | 合成生物学 | NA | 基因组分析、转录组分析、合成生物学方法 | NA | 基因组和转录组数据 | NA | 合成启动子、基因表达系统 | 里氏木霉 | 可诱导表达系统（如光响应、铜诱导、L-甲硫氨酸诱导、Tet-On系统）及合成杂合启动子 | 工业生物技术 |
| 39 | 2026-08-13 |
Chemical Reaction Models in Synthetic Promoter Design in Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_1
PMID:39068329
|
研究论文 | 本文讨论化学反应网络（CRN）作为计算机辅助设计界面，用于在细菌合成启动子设计中应用形式化方法，并以大肠杆菌双组分系统为例展示模型如何调谐启动子强度 | 将化学反应网络模型作为合成启动子设计的计算机辅助接口，通过形式化方法扫描和探索不同检测阈值的表型区域，为微调启动子强度提供新途径 | 基于已发表结果，未涉及实际实验验证 | 利用化学反应网络模型辅助合成启动子设计，以匹配特定规格 | 大肠杆菌双组分系统及合成启动子 | 合成生物学 | NA | 化学反应网络建模 | 化学反应网络（CRN）模型 | 模型数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 合成启动子 | 工业生物技术 |
| 40 | 2026-08-13 |
Genetic Engineering of Microorganisms with Electroactive Genes for the Fabrication of Electrochemical Microbial Biosensors
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_17
PMID:39068345
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研究论文 | 本文描述了一种利用电活性基因对微生物进行基因工程改造，并制造电化学微生物生物传感器的方法 | 通过整合电活性基因至工程化传感微生物中，将目标信息直接转换为电信号输出，省略传统传感策略中电信号转换步骤，简化生物传感器开发流程，并利用合成生物学方法创建新型基因电路，扩大生物传感器应用范围 | 未提及具体局限性 | 开发一种通过基因工程改造微生物以制造电化学微生物生物传感器的方法 | 微生物 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 微生物 | 逻辑门、基因电路 | 生物传感 |