合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-03-05	Leaky ribosomal scanning enables tunable translation of bicistronic ORFs in green algae 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.24.605010 PMID:39091764	研究论文	本文通过生物信息学和体内突变分析，探讨了绿藻中多顺反子基因的翻译机制	揭示了绿藻中多顺反子转录本的翻译机制，特别是通过漏读扫描实现ORF 2的翻译	研究主要基于两种绿藻，可能不适用于其他生物	研究绿藻中多顺反子基因的翻译机制	绿藻中的多顺反子基因	生物信息学	NA	生物信息学分析、体内突变分析	NA	基因序列数据	两种绿藻的高置信度手动注释数据集
42	2025-03-03	Leveraging yeast sequestration to study and engineer posttranslational modification enzymes 2024-Mar, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.28621 PMID:38079116	综述	本文讨论了利用酵母细胞器隔离技术研究和工程化翻译后修饰酶（PTM-enzymes）的原理和方法	首次详细讨论了酵母内质网隔离技术，并介绍了基于酵母表面展示和酶介导的转录激活的细胞质隔离方法	不同系统的测量和控制酶催化效率的能力存在局限性	旨在通过高通量功能筛选和选择方法，解析PTM-enzymes的酶学和生物学机制，开发能够探测和调控它们的分子，并赋予它们改进和新功能	翻译后修饰酶（PTM-enzymes），包括蛋白酶、蛋白质连接酶、氧化还原酶、激酶和其他转移酶	合成生物学	NA	酵母细胞器隔离技术	NA	NA	NA
43	2025-03-01	Synonymous codon substitutions modulate transcription and translation of a divergent upstream gene by modulating antisense RNA production 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405510121 PMID:39190361	研究论文	本文探讨了同义密码子替换如何通过调节反义RNA的产生来影响上游基因的转录和翻译	揭示了同义密码子替换不仅影响单个基因的表达，还能显著影响邻近基因的表达，特别是通过反义RNA的产生	研究仅限于质粒编码的基因，未涉及更广泛的基因组环境	研究同义密码子替换对邻近基因表达的影响	质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因和上游的四环素抗性基因	分子生物学	NA	NA	NA	基因表达数据	九种同义重编码的CAT基因序列
44	2025-03-01	De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire 2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.12.575267 PMID:38293112	研究论文	本文探讨了设计的新型小型结合蛋白（minibinders）在细胞工程工具中的应用潜力	展示了小型结合蛋白LCB1在下一代蛋白水解受体SNIPR和嵌合抗原受体（CAR）中的广泛应用，相比传统抗体具有更快的生产周期和独特的靶向特性	研究主要集中于SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体，未广泛测试其他抗原	探索小型结合蛋白在细胞工程工具中的通用性和应用潜力	SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体	合成生物学	COVID-19	蛋白质设计	NA	蛋白质序列和功能数据	未明确提及具体样本数量
45	2025-02-28	Macroscopic Assembly of Materials with Engineered Bacterial Spores via Coiled-Coil Interaction 2024-Nov-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00468 PMID:39393788	研究论文	本文报道了通过工程化细菌孢子组装形成的宏观材料	利用T7驱动的表达系统在孢子表面展示高密度的pH响应自结合蛋白，实现了pH依赖的蛋白质水平结合和颗粒材料的组装	机械性能在pH变化时基本保持不变，但侵蚀稳定性与工程化表面蛋白之间的pH依赖相互作用一致，存在pH依赖性	设计宏观材料并研究卷曲螺旋相互作用在不同长度尺度上的影响	工程化细菌孢子	合成生物学	NA	T7驱动的表达系统	NA	NA	NA
46	2025-02-27	Glucose 6-phosphate dehydrogenase variants increase NADPH pools for yeast isoprenoid production 2024-Mar, FEBS open bio IF:2.8Q3 DOI:10.1002/2211-5463.13755 PMID:38124687	研究论文	本研究通过提高NADPH生成酶的效率，增强酵母中异戊二烯类化合物的产量	不同于以往通过增加戊糖磷酸途径流量或过量生产NADPH生成酶的方法，本研究专注于提高NADPH生成酶的效率，并通过基因融合和理性突变策略成功提高了G6PD酶的活性	NA	提高酵母中异戊二烯类化合物的产量	酵母	合成生物学	NA	基因融合、理性突变	NA	NA	NA
47	2025-02-26	Engineering Plant Metabolism for Synthesizing Amino Acid Derivatives of Animal Origin Using a Synthetic Modular Approach 2024-Oct-16, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c05719 PMID:39356107	研究论文	本研究利用合成模块框架在植物中合成动物来源的氨基酸衍生物，如肌酸、肌肽和牛磺酸，以增强植物性饮食的营养价值	通过设计和堆叠专门的合成模块，成功将植物代谢流重定向至合成动物来源的氨基酸衍生物，展示了植物作为生物工厂的潜力	引入牛磺酸模块意外导致植物半胱氨酸生物合成的反馈抑制，揭示了引入外源途径时可能发生的复杂代谢调整	增强植物性饮食的营养价值，通过合成动物来源的氨基酸衍生物	植物中的代谢途径	合成生物学	NA	合成模块框架	NA	代谢数据	NA
48	2025-02-26	Utilizing microbial metabolite in catalytic cascade synthesis of conjugated oligomers for In-Situ regulation of biological activity 2024-04, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107188 PMID:38377815	研究论文	本文结合微生物代谢途径和钯催化过程，用于原位生成具有生物活性的共轭寡聚物	将微生物代谢途径与钯催化过程结合，实现生物活性共轭寡聚物的原位合成	NA	研究生物代谢与化学催化反应的结合，以实现非天然分子的生物合成和生物活性的原位调控	工程化大肠杆菌及其代谢产物	合成生物学	NA	钯催化的Heck反应	NA	NA	NA
49	2025-02-25	Information Transmission through Biotic-Abiotic Interfaces to Restore or Enhance Human Function 2024-06-17, ACS applied bio materials IF:4.6Q2 DOI:10.1021/acsabm.4c00435 PMID:38729914	综述	本文综述了通过生物-非生物界面进行信息传输以恢复或增强人类功能的最新进展	提出了一个模块化框架，用于定义和描述生物和非生物组件的工程以及界面设计，以促进使用光或电的生物-非生物信息传输	NA	探讨如何通过生物-非生物界面进行信息传输，以恢复或增强人类功能	神经元细胞与电子设备之间的通信，视网膜疾病患者，脊髓损伤患者	生物医学工程	视网膜疾病，脊髓损伤	光敏蛋白工程，脑机接口，刺激植入物，有机晶体管	NA	NA	NA
50	2025-02-23	CRISPR-Mediated rDNA Integration and Fluorescence Screening for Pathway Optimization in Pichia pastoris 2024-Dec-26, Chem & bio engineering DOI:10.1021/cbe.4c00104 PMID:39975573	研究论文	本文介绍了一种名为CRISPO的CRISPR介导的rDNA整合和荧光筛选技术，用于在毕赤酵母中进行多拷贝途径优化	CRISPO技术实现了单步、无抗生素的多拷贝途径整合，显著提高了香叶醇的产量，并确定了甲羟戊酸途径的限速步骤	NA	优化毕赤酵母中的异源基因和途径表达，提高香叶醇的产量	毕赤酵母	合成生物学	NA	CRISPR, 荧光筛选	NA	NA	NA
51	2025-02-23	Metabolic Engineering of Escherichia coli for the Production of l-Homoserine 2024-Apr-25, Chem & bio engineering DOI:10.1021/cbe.3c00077 PMID:39974203	综述	本文综述了通过系统代谢工程策略提高大肠杆菌中l-高丝氨酸生产的最新进展	总结了通过阻断竞争和降解途径、增强关键酶和前体、以及运输系统的基因改造等策略来提高l-高丝氨酸生产的系统性方法	NA	提高l-高丝氨酸的微生物工业生产	大肠杆菌	合成生物学与生物技术	NA	微生物发酵	NA	NA	NA
52	2025-02-23	Artificial structural proteins: Synthesis, assembly and material applications 2024-03, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107162 PMID:38308999	综述	本文综述了仿生结构蛋白质的设计、生产及其在多尺度组装中的化学修饰方法，并讨论了其功能定制和当前应用	总结了仿生结构蛋白质的设计和生产方法，并探讨了其功能定制和当前应用，展望了未来研究方向	生物合成的固有局限性和复杂宏观组装的模仿难度仍是主要挑战	开发具有优异性能的定制结构蛋白质及其组装体	仿生结构蛋白质及其组装体	合成生物学	NA	模块化蛋白质工程、多肽修饰、合成生物学	NA	NA	NA
53	2025-02-23	A zinc finger transcription factor enables social behaviors while controlling transposable elements and immune response in prefrontal cortex 2024-Jan-25, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-024-02775-5 PMID:38272911	研究论文	本文通过合成生物学方法重新编程ZFP189转录因子的功能，揭示了其在啮齿动物前额叶皮层中对社交行为的保护作用及其对转座子和免疫反应基因表达的调控	创新性地设计了合成ZFP189转录因子，并展示了其对前额叶皮层神经元成熟树突棘形态的促进作用，以及其对社交行为、转座子和免疫相关基因表达的调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类或其他高等动物中进行验证	探究ZFP189转录因子在前额叶皮层中对社交行为的调控机制及其对转座子和免疫反应的影响	小鼠前额叶皮层神经元	神经生物学	NA	合成生物学方法、RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠前额叶皮层组织
54	2025-02-19	A meta-analysis of the gut microbiome in inflammatory bowel disease patients identifies disease-associated small molecules 2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.579278 PMID:38370680	meta-analysis	本文通过对5306个肠道微生物组样本的元基因组分析，识别出与炎症性肠病（IBD）显著相关的Clostridia衍生的小分子生物合成基因簇（BGCs），并发现了六种脂肪酸酰胺作为这些BGCs的产物	首次通过合成生物学方法发现并解析了六种与IBD相关的脂肪酸酰胺结构，并验证了这些分子在小鼠结肠炎模型中对肠道通透性和炎症的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证这些发现的临床相关性	探索肠道微生物组中小分子在炎症性肠病（IBD）中的分子和功能作用	2033名IBD患者和833名健康对照的肠道微生物组样本	微生物组学	炎症性肠病	元基因组分析，合成生物学	小鼠结肠炎模型	元基因组数据	5306个肠道微生物组样本（2033名IBD患者和833名健康对照）
55	2025-02-17	Genetic retargeting of E3 ligases to enhance CAR T cell therapy 2024-Feb-15, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2023.10.024 PMID:37989314	研究论文	本文开发了一种双功能融合蛋白，通过将目标蛋白与E3连接酶复合物桥接，强制目标泛素化和降解，以增强CAR T细胞疗法的抗肿瘤效力	开发了条件性降解策略，包括可诱导的降解转基因表达或小分子依赖的E3招募，并设计了针对SMAD2和SMAD3的降解剂，以阻断TGFβ信号传导	NA	增强CAR T细胞疗法的抗肿瘤效力	CAR T细胞	合成生物学	癌症	E3连接酶复合物	NA	NA	NA
56	2025-02-17	Noncanonical Streptococcus sanguinis ComCDE circuitry integrates environmental cues in transformation outcome decision 2024-Feb-15, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2023.09.007 PMID:37832551	研究论文	本文研究了血链球菌中一种新型的竞争-捕食协调机制，揭示了其ComCDE电路在环境信号整合中的作用	发现了血链球菌中不同于其他链球菌的ComCDE电路，揭示了其独特的CSP前体切割模式和ABC转运蛋白的作用，并发现了一个ComCDE依赖的细菌素基因座	NA	探索血链球菌中自然竞争状态的调控机制及其在进化中的作用	血链球菌（Streptococcus sanguinis）	合成生物学	NA	合成生物学设备	NA	NA	NA
57	2025-02-14	Herbgenomics meets Papaveraceae: a promising -omics perspective on medicinal plant research 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad050 PMID:37952099	综述	本文综述了罂粟科药用植物的基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学研究的最新进展，并探讨了这些技术在制药工业和农业生物技术领域的潜在应用	结合基因组信息与其他组学研究，揭示药用植物遗传基础和次生代谢物生物合成途径，并探讨了现代基因编辑技术如CRISPR/Cas9和RNA干扰的应用	NA	探讨罂粟科药用植物的基因组学及其他组学研究，以揭示其药用活性的遗传基础	罂粟科药用植物，如罂粟（Papaver somniferum）和白屈菜（Chelidonium majus）	基因组学	NA	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、CRISPR/Cas9、RNA干扰	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
58	2025-02-14	A molecular proximity sensor based on an engineered, dual-component guide RNA 2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.14.553235 PMID:37645782	研究论文	本文介绍了一种基于工程化双组分引导RNA的分子邻近传感器，称为“P3编辑”，它将蛋白质-蛋白质邻近性与功能性CRISPR-Cas9双组分引导RNA的形成联系起来	通过工程化crRNA:tracrRNA的相互作用，展示了已知蛋白质-蛋白质相互作用以及化学诱导的蛋白质结构域二聚化如何激活人类细胞中的prime编辑或碱基编辑，并探索了P3编辑如何整合基于ADAR的RNA传感器的输出	NA	增强CRISPR基因组编辑的可控性，促进其在活细胞中部署的合成分子电路中的应用	人类细胞	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9, prime编辑, 碱基编辑	NA	分子数据	NA
59	2025-02-13	Biocatalytic enantioselective C(sp3)-H fluorination enabled by directed evolution of non-haem iron enzymes 2024-Aug, Nature synthesis DOI:10.1038/s44160-024-00536-2 PMID:39925872	研究论文	本文通过定向进化改造植物来源的非血红素酶1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶（ACCO），实现了非天然的立体选择性C(sp)-H氟化反应	首次成功将非血红素Fe卤化酶转化为氟化酶，并通过定向进化显著提高了酶的活性、化学选择性和立体选择性	研究中几乎所有有益突变都远离Fe中心，强调了底物通道工程在非血红素Fe生物催化中的重要性	开发新的生物催化氟化反应，以解决自然界中C-F键形成酶活性稀缺的问题	非血红素Fe酶ACCO及其定向进化产物	合成生物学	NA	定向进化	NA	NA	NA
60	2025-02-13	Introducing carbon assimilation in yeasts using photosynthetic directed endosymbiosis 2024-Jul-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49585-3 PMID:39013857	研究论文	本文介绍了一种通过定向内共生方法在酵母中引入碳同化的技术	通过工程化光合作用蓝藻内共生体，使酵母细胞在光合条件下无需外部碳源即可生长，并能够生物合成天然产物	NA	研究如何将异养生物转化为部分或完全自养生物，以实现可持续生物技术和合成生物学的目标	酵母细胞和光合作用蓝藻内共生体	合成生物学	NA	定向内共生方法	NA	NA	NA