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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-05 |
Fitness Landscapes and Evolution of Catalytic RNA
2024-07, Annual review of biophysics
IF:10.4Q1
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综述 | 探讨RNA催化剂的适应度景观及其在进化与合成生物学中的意义 | 结合体外筛选与高通量测序技术绘制RNA完整和局部适应度景观,并提出利用机器学习进行序列空间插值和外推的新方向 | 序列空间的庞大规模限制了纯实验研究方法的有效性 | 解析基因型与表型关系(适应度景观)以推动合成生物学发展 | 催化RNA及其序列空间 | 合成生物学 | NA | 体外筛选、高通量测序 | 机器学习 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 42 | 2025-10-05 |
CRISPR/Cas Technology: The Unique Synthetic Biology Genome-Editing Tool Shifting the Paradigm in Viral Diagnostics, Defense, and Therapeutics
2024-07, Annual review of biomedical engineering
IF:12.8Q1
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综述 | 全面介绍CRISPR/Cas系统的基本原理及其在病毒检测、防御和治疗中的应用 | 系统评估了基于CRISPR/Cas的病毒诊断、疫苗开发、B细胞工程等创新技术的优势与局限 | 讨论了CRISPR/Cas系统使用中面临的挑战和生物伦理问题 | 推进生物技术方法以应对已知和未知生物威胁 | CRISPR/Cas系统及其在病毒领域的应用技术 | 合成生物学 | 病毒感染 | CRISPR/Cas系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 43 | 2025-10-05 |
Cellular Site-Specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids in Synthetic Biology
2024-Sep-25, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.3c00938
PMID:39207844
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综述 | 本文综述了遗传密码扩展技术在合成生物学中实现非经典氨基酸定点掺入的方法进展与主要应用 | 系统整合了非经典氨基酸定点掺入技术的双向促进作用:既为合成生物学提供超越自然限制的工具,又受益于合成生物学发展的创新策略 | NA | 探讨遗传密码扩展技术在合成生物学中的应用与发展前景 | 非经典氨基酸的细胞定点掺入技术 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展技术 | NA | NA | NA | NA | 半自主和自主生物体 | 调控元件设计、肽类天然产物生物合成途径操纵 | 工业生物技术 |
| 44 | 2025-10-05 |
Vibrational imaging of metabolites for improved microbial cell strains
2024-06, Journal of biomedical optics
IF:3.0Q2
DOI:10.1117/1.JBO.29.S2.S22711
PMID:38952688
|
综述 | 本文介绍了无标记振动光谱显微镜在微生物代谢物成像中的应用及其对生物制造的潜在影响 | 提出将无标记振动光谱显微镜作为传统分析筛选工具的替代方案,用于非破坏性高通量代谢物筛选 | NA | 改进工业微生物细胞株开发中的代谢物筛选技术 | 微生物细胞和代谢物 | 合成生物学 | NA | 拉曼散射成像、红外吸收成像、振动光谱显微镜 | NA | 化学成像数据 | NA | NA | 微生物系统 | 代谢通路 | 农业,能源,食品,材料,制药 |
| 45 | 2025-10-05 |
Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00260
PMID:39312753
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研究论文 | 本研究构建了用于检测油砂工艺影响水中环烷酸的全细胞细菌生物传感器 | 首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸检测的生物传感器,并采用尾矿池分离的细菌作为宿主 | 检测限在1.5-15 mg/L之间,灵敏度有待进一步提高 | 开发替代性环境监测技术用于油砂采矿废水中的环烷酸检测 | 环烷酸及其混合物、油砂工艺影响水样品 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、转录报告系统 | NA | 基因表达数据、环境水样 | 多种环烷酸混合物和OSPW样品 | 质粒克隆、转录报告系统 | 尾矿池分离的细菌物种 | 基于环烷酸降解操纵子、抗性基因和假设基因启动子的生物传感器 | 环境监测 |
| 46 | 2025-10-05 |
Transforming vaccinology
2024-Sep-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.07.021
PMID:39303685
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综述 | 本文回顾疫苗学发展历程并展望未来技术变革,重点介绍mRNA疫苗等突破性技术对疫苗领域的革新作用 | 系统梳理疫苗学关键技术演进,强调反向疫苗学、合成生物学和mRNA平台等革命性技术如何将失败转化为成功疫苗 | 未涉及具体实验数据或临床研究,主要基于历史视角和技术展望 | 探讨疫苗学技术发展历程及未来变革方向 | 疫苗技术发展历程及免疫机制研究 | 疫苗学 | 传染病(脑膜炎B型、呼吸道合胞病毒等) | 反向疫苗学、合成生物学、结构设计、mRNA技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 47 | 2025-10-05 |
Compartmentalized Terpenoid Production in Plants Using Agrobacterium-Mediated Transient Expression
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_2
PMID:38468080
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研究论文 | 本文介绍利用农杆菌介导的瞬时表达技术在植物中区室化生产萜类化合物的方法 | 采用农杆菌介导的瞬时表达技术实现萜类生物合成的亚细胞区室化 | NA | 开发快速构建萜类化合物合成通路并实现区室化生产的方法 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana)中的萜类化合物合成通路 | 合成生物学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达技术 | NA | NA | NA | 农杆菌介导的转化 | 本氏烟草 | 萜类化合物合成通路的区室化设计(质体、细胞质、脂滴表面) | 工业生物技术 |
| 48 | 2025-10-05 |
Mining unique cysteine synthetases and computational study on thoroughly eliminating feedback inhibition through tunnel engineering
2024-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.5160
PMID:39275998
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研究论文 | 通过数据库挖掘获得高催化活性OPSS酶并利用隧道工程策略彻底消除其产物反馈抑制 | 采用半理性设计与隧道分析相结合的策略,成功构建了完全消除产物抑制且不牺牲催化效率的AsOPSS变体 | NA | 开发高效的L-半胱氨酸生物合成途径 | 来自Acetobacterium sp.的O-磷酸丝氨酸硫化氢酶(AsOPSS) | 合成生物学 | NA | 数据库挖掘、分子对接、分子动力学模拟、随机加速分子动力学模拟、伞形采样模拟 | NA | 酶活性数据、分子模拟数据 | NA | 隧道工程 | Acetobacterium sp. | 代谢途径工程 | 医药, 农业 |
| 49 | 2025-10-05 |
Application and research progress of MultiBac: A review
2024-Sep-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039333
PMID:39252306
|
综述 | 本文回顾了MultiBac技术的发展历程、特点及其在生物技术和制药领域的应用 | 引入相对较新的MultiBac技术,整合合成生物学方法增强多功能性 | 存在某些缺陷,研究人员需根据具体需求考虑其局限性 | 为基础研究人员提供新的蛋白表达方法 | MultiBac技术及其在重组蛋白生产和复杂蛋白复合物研究中的应用 | 生物技术 | NA | MultiBac技术 | NA | NA | NA | MultiBac | 昆虫细胞 | NA | 制药, 生物技术 |
| 50 | 2025-10-05 |
Identification of novel broad host-range promoter sequences functional in diverse Pseudomonadota by a promoter-trap approach
2024-Dec, Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology]
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s42770-024-01512-w
PMID:39259478
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研究论文 | 通过启动子捕获方法从南极微生物群落中鉴定出在多种假单胞菌门细菌中具有功能的广宿主范围启动子序列 | 首次从南极微生物群落中发现能在多种假单胞菌门细菌中工作的广宿主范围启动子序列 | 仅构建了约2000个克隆的文库,样本规模相对有限 | 扩展合成生物学可用生物元件的目录 | 南极微生物群落中的启动子序列 | 合成生物学 | NA | 启动子捕获方法 | NA | 基因序列数据 | 约2000个克隆,从中鉴定出13个功能启动子序列 | 启动子捕获 | Pseudomonas putida KT2440, Escherichia coli DH5α, Cupriavidus taiwanensis R1, Paraburkholderia phymatum STM 815, Ensifer meliloti 1021, Pseudomonas sp. UYIF39 | 启动子元件 | 工业生物技术 |
| 51 | 2025-10-05 |
Assessing the Quality of Cotranscriptional Folding Simulations
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3519-3_14
PMID:38780738
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研究论文 | 本文开发了用户友好的BarMap-QA流程,用于评估共转录折叠模拟的质量 | 改进了原有BarMap软件,开发了专门针对共转录折叠场景的用户友好流程,并通过迭代工作流程以最小计算资源获得可靠的动力学模拟 | 原始BarMap方法基于简化的二级结构表示,仅保留少量低能局部极小值和能量势垒,存在近似处理 | 改进共转录折叠模拟方法,验证合成核糖开关设计的功能性 | RNA共转录折叠过程,特别是合成转录调控核糖开关 | 计算生物学 | NA | BarMap方法,粗粒度表示,马尔可夫过程建模 | 马尔可夫过程模型 | RNA二级结构数据 | NA | NA | NA | 合成转录调控核糖开关 | 合成生物学 |
| 52 | 2025-10-05 |
Exploiting protein domain modularity to enable synthetic control of engineered cells
2024-Sep, Current opinion in biomedical engineering
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.cobme.2024.100550
PMID:39430298
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综述 | 本文综述了如何利用蛋白质结构域模块化实现工程化细胞的合成控制 | 利用蛋白质结构域融合和分裂的自然进化趋势,设计多功能合成构建体和可控分裂元件 | NA | 通过合成生物学方法增强细胞治疗的功能和安全性 | 蛋白质结构域模块化 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程 | NA | NA | NA | NA | 工程化细胞 | 多功能合成构建体、可控分裂元件 | 医学 |
| 53 | 2025-10-05 |
Orthogonalized human protease control of secreted signals
2024-Oct-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576308
PMID:39484520
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研究论文 | 开发了一种基于人类蛋白酶调控细胞因子分泌的合成生物学平台hDIRECT | 首次使用全人类源蛋白质构建正交化细胞因子调控系统,避免非人类源蛋白的免疫原性风险 | 目前仅为概念验证阶段,尚未进行临床验证 | 开发用于细胞疗法的人类源合成生物学调控系统 | 人类细胞因子(IL-2、IL-6、IL-10)和人类蛋白酶 | 合成生物学 | 癌症免疫治疗、肌肉再生 | 蛋白质工程、蛋白酶调控 | NA | NA | NA | 蛋白质工程 | 人类细胞 | 蛋白酶调控的细胞因子激活/失活开关 | 医学 |
| 54 | 2025-10-05 |
Engineering Microbial Consortia as Living Materials: Advances and Prospectives
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00313
PMID:39174016
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综述 | 本文综述了基于微生物群体的工程活材料的研究进展与前景 | 系统提出构建微生物群体ELMs的两种策略:自上而下模拟自然生态系统和自下而上理性设计合成群体 | 基于微生物群体的工程活材料仍处于发展阶段 | 探讨工程活材料领域中微生物群体的设计与应用 | 微生物群体和工程活材料 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 合成群体、生态系统重建 | 材料, 工业生物技术 |
| 55 | 2025-10-05 |
Session commentaries: synthetic and constructive biology
2024-Oct, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-024-01219-0
PMID:39618793
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评论 | 本文总结了IUPAB2024会议上关于体外合成生物学的专题讨论,重点探讨通过构建体外生物分子系统来理解生命细胞的知识 | 聚焦于体外合成生物学这一新兴分支,强调通过非生命细胞的体外重建来研究生命系统 | NA | 探讨合成生物学中“通过构建来学习”的核心理念及其在体外系统的应用 | 体外生物分子系统 | 合成生物学 | NA | 体外重建技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基础研究 |
| 56 | 2025-10-05 |
Optimized CRISPR Interference System for Investigating Pseudomonas alloputida Genes Involved in Rhizosphere Microbiome Assembly
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00312
PMID:39163848
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研究论文 | 开发了一种用于恶臭假单胞菌KT2440的CRISPR干扰系统,用于研究根际微生物组组装中的基因功能 | 设计了包含三种不同启动子系统和假单胞菌密码子优化的dCas9的CRISPRi系统,首次在根际定殖细菌中实现功能验证 | 未提及具体的技术限制 | 开发用于研究根际微生物相互作用的基因调控工具 | 恶臭假单胞菌KT2440及其在根际环境中的基因功能 | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰(CRISPRi) | NA | 基因表达数据、微生物计数数据 | NA | CRISPR-Cas9, mini-Tn7转座子, pSEVA载体 | Pseudomonas alloputida KT2440 | 基因 repression 系统,包含XylS/Pm、LacI/PTac和AraC/PBAD三种启动子系统 | 环境, 工业生物技术 |
| 57 | 2025-10-05 |
Targeting solid tumor antigens with chimeric receptors: cancer biology meets synthetic immunology
2024-04, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2024.01.003
PMID:38355356
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综述 | 本文综述了靶向实体瘤抗原的嵌合抗原受体T细胞疗法,结合癌症生物学与合成免疫学视角探讨其发展现状 | 从癌症生物学和基因调控角度系统分析实体瘤靶抗原,并整合新兴合成生物学策略在细胞免疫治疗中的应用 | NA | 探讨实体瘤靶向CAR-T细胞疗法的发展现状和未来方向 | 实体瘤靶抗原和嵌合抗原受体T细胞疗法 | 合成免疫学 | 实体瘤 | 嵌合抗原受体T细胞疗法 | NA | 临床数据 | NA | NA | T细胞 | 嵌合抗原受体设计 | 医学 |
| 58 | 2025-10-05 |
Fabrication of cyborg bacterial cells as living cell-material hybrids using intracellular hydrogelation
2024-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01035-6
PMID:39174659
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研究论文 | 开发了一种在细菌细胞内组装合成聚合物网络的方案,制造出无法分裂但能抵抗环境压力的细胞-材料混合体 | 首次实现了细菌细胞内合成聚合物网络的组装,创造了兼具合成材料工程简易性和天然细胞功能性的新型细胞底盘 | 需要微生物学技术、水凝胶化学、荧光显微镜和流式细胞术等专业知识,功能化扩展需要合成基因电路工程和水凝胶聚合化学技能 | 开发结合合成材料工程简易性和天然细胞功能性的新型细胞底盘 | 细菌细胞 | 合成生物学 | NA | 细胞内水凝胶化、荧光显微镜、流式细胞术 | NA | NA | NA | 细胞内水凝胶化 | 细菌 | 合成聚合物网络 | 生物技术、生物医学工程、活体治疗 |
| 59 | 2025-10-05 |
Computational tools for plant genomics and breeding
2024-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2578-6
PMID:38676814
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综述 | 本文综述了植物基因组学和作物育种领域的计算工具及其应用进展 | 整合高通量测序与数据科学技术,在基因组组装、注释和表观遗传分析等方面取得突破,并推动作物复杂性状遗传解析、比较基因组学及深度学习生物序列设计三大发展方向 | NA | 探讨计算工具在植物基因组学与育种中的应用与发展方向 | 植物基因组与作物育种技术 | 生物信息学 | NA | 高通量测序, 深度学习 | 深度学习 | 基因组数据, 表观遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 60 | 2025-10-05 |
Scaling up for success: from bioactive natural products to new medicines
2024-12-11, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d4np00022f
PMID:39129507
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观点文章 | 介绍诺华公司在天然产物药物发现领域的工具、挑战和成功经验 | 整合基因组工程和数据科学等新技术,探索抗体药物偶联物、放射性配体疗法和xRNA药物等新治疗模式 | NA | 推动天然产物从早期研究向开发和临床应用转化 | 微生物菌株和分离的天然产物 | 药物发现 | NA | 基因组工程、数据科学、计算生物学、合成生物学 | NA | NA | 90,000个微生物菌株和20,000个分离的天然产物 | NA | NA | NA | 医药 |