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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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81 | 2025-06-01 |
Designing a Novel Temperature- and Noncanonical Amino Acid-Controlled Biological Logic Gate in Escherichia coli
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00423
PMID:39110782
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研究论文 | 本研究设计了一种新型的温度和非经典氨基酸控制的生物逻辑门 | 利用外源aaRS/tRNA对在高温下对细胞ATP的高消耗率诱导的基因表达温度敏感性,构建了一种新型的生物AND门 | 对外源aaRS/tRNA对的潜在副作用了解有限 | 探索外源aaRS/tRNA对基因表达的影响并构建新型生物逻辑门 | 大肠杆菌DH10β Δ | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展(GCE) | NA | NA | NA |
82 | 2025-05-31 |
Construction of a Calibration Curve for Lycopene on a Liquid-Handling Platform─Wider Lessons for the Development of Automated Dilution Protocols
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00031
PMID:39096303
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研究论文 | 本文介绍了在伦敦生物铸造厂SynbiCITE进行的一项研究,从构建番茄红素在二甲基亚砜(DMSO)中的校准曲线的角度探讨了液体处理及其可靠自动化 | 开发了灵活的液体处理方法,可推广到其他自动化应用,并通过番茄红素/DMSO这一难混合体系揭示了自动化液体处理协议的问题并进行了压力测试 | 研究主要集中在番茄红素/DMSO这一特定体系,可能对其他体系的普适性有待验证 | 开发可靠的液体处理自动化方法,提高合成生物学实验的吞吐量和可重复性 | 番茄红素在二甲基亚砜(DMSO)中的校准曲线构建 | 合成生物学 | NA | 液体处理自动化技术 | 基于回归的实用框架 | 实验数据 | NA |
83 | 2025-05-31 |
Towards Self-regeneration: Exploring the Limits of Protein Synthesis in the Protein Synthesis Using Recombinant Elements (PURE) Cell-free Transcription-Translation System
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00304
PMID:39066734
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研究论文 | 探索在PURE无细胞转录翻译系统中蛋白质合成的自我再生极限 | 显著降低非核糖体PURE蛋白质浓度达97.3%,同时提高蛋白质合成效率,并发现6%右旋糖酐在高度稀释的PURE配方中能显著增加蛋白质合成速率和总产量 | 未明确提及具体局限性 | 开发支持蛋白质自我再生的无细胞合成生物学系统,为构建通用生化构造器和活体合成细胞迈出关键一步 | PURE无细胞转录翻译系统中的蛋白质合成 | 合成生物学 | NA | PURE无细胞转录翻译系统 | NA | NA | NA |
84 | 2025-05-31 |
Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00091
PMID:39047143
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review | 本文总结了人工智能在逆合成和逆生物合成路径设计中的应用进展 | 探讨了人工智能在推动绿色化学和环境友好型生物生产中的新前沿 | 讨论了该领域的局限性和未来研究方向 | 促进与绿色化学更契合的生物生产,提升环境实践 | 逆合成和逆生物合成路径设计 | synthetic biology | NA | AI-based methods | generative models | chemical data | NA |
85 | 2025-05-31 |
Functional Modification of Cyanobacterial Phycobiliprotein and Phycobilisomes through Bilin Metabolism Control
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00094
PMID:39038807
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研究论文 | 本研究通过调控藻胆蛋白和藻胆体的胆色素代谢,实现了对淡水蓝藻7942 PEB1菌株的光合作用适应性的工程改造 | 开发了一种新型的PEB1菌株,能够通过精细调控PEB生物合成实现培养物颜色的可逆变化,并揭示了部分PCB-to-PEB替代形成稳定嵌合藻胆体复合物的机制 | 未对工程菌株在自然环境中的适应性和稳定性进行全面评估 | 研究藻胆体在不同光环境下的适应机制及其在合成生物学和可再生能源中的应用潜力 | 淡水蓝藻PCC 7942及其工程菌株PEB1 | 合成生物学 | NA | 基因工程、异源表达PEB合成酶(PebA和PebB) | NA | NA | NA |
86 | 2025-05-31 |
Toward Practical Applications of Engineered Living Materials with Advanced Fabrication Techniques
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00259
PMID:39002162
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综述 | 本文综述了工程活材料(ELMs)的制备方法、特性及其在医疗、环境保护和制造等领域的应用 | 将合成生物学与材料科学相结合,创造出具有自修复、自复制和环境适应性的动态响应材料 | NA | 探讨ELMs的制备技术及其实际应用潜力 | 工程活材料(ELMs) | 材料科学 | NA | 3D生物打印、电纺丝 | NA | NA | NA |
87 | 2025-05-31 |
Development of a Recombineering System for the Acetogen Eubacterium limosum with Cas9 Counterselection for Markerless Genome Engineering
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00253
PMID:39033464
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研究论文 | 开发了一种基于Cas9反选择的Recombineering系统,用于无标记基因组工程改造Eubacterium limosum | 利用RecT重组酶开发了高效的寡核苷酸重组系统,结合Cas9反选择实现无疤痕和无标记的基因组点突变 | NA | 开发一种快速精确的基因组修饰系统,以促进Eubacterium limosum的合成生物学和代谢工程研究 | Eubacterium limosum | 合成生物学 | NA | Recombineering, Cas9 counterselection | NA | 基因组数据 | NA |
88 | 2025-05-31 |
Chloroplast Cell-Free Systems from Different Plant Species as a Rapid Prototyping Platform
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00117
PMID:39028299
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研究论文 | 本文介绍了一种从多种植物物种中提取高活性叶绿体无细胞基因表达(CFE)系统的通用协议,用于快速原型设计和基因表达调控序列的详细表征 | 开发了一种跨物种兼容的叶绿体无细胞基因表达系统,支持使用T7 RNA聚合酶和叶绿体内源聚合酶,实现了对调控序列在转录和翻译水平的详细表征 | NA | 开发快速原型设计工具以促进植物合成生物学发展,应对气候变化对农业的威胁 | 小麦(单子叶植物)、菠菜和杨树(双子叶植物)的叶绿体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达(CFE)系统 | NA | 基因表达数据 | 23个5'UTR、10个3'UTR和6个叶绿体启动子 |
89 | 2025-05-31 |
Engineering a Novel Probiotic Toolkit in Escherichia coli Nissle 1917 for Sensing and Mitigating Gut Inflammatory Diseases
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00036
PMID:39115381
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研究论文 | 本研究开发了一种基于工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917的系统,用于感知和缓解肠道炎症性疾病 | 开发了一个模块化系统,包含炎症生物标志物传感器、分泌系统和治疗性纳米抗体库,并首次在EcN中表征了所采用的分泌系统 | 系统对NO的敏感性有所降低 | 开发一种靶向特异性系统来潜在治疗炎症性肠病(IBD) | 工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917 (EcN) | 合成生物学 | 炎症性肠病(IBD) | 酶联免疫吸附试验(ELISA)和体外试验 | 数学框架用于评估工程益生菌系统的关键参数 | 实验数据 | NA |
90 | 2025-05-31 |
Bioinformatic Prediction and High Throughput In Vivo Screening to Identify Cis-Regulatory Elements for the Development of Algal Synthetic Promoters
2024-07-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00199
PMID:38986010
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研究论文 | 本研究通过生物信息学预测和高通量体内筛选,识别顺式调控元件以开发藻类合成启动子 | 结合POWRS、STREME和PhyloGibbs算法预测1511个CREs,并通过高通量方法评估4533种合成启动子的转基因表达能力 | 需要具有测序基因组和转录组数据的藻类物种才能应用该流程 | 开发先进的遗传工具以促进藻类生物技术的发展 | 六种不同藻类物种中高表达基因的启动子区域 | 合成生物学 | NA | 下一代测序、荧光激活细胞分选 | NA | 基因组和转录组数据 | 4533种合成启动子,数百个转基因株系 |
91 | 2025-05-31 |
Directed Evolution of Acoustic Reporter Genes Using High-Throughput Acoustic Screening
2024-07-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00283
PMID:38981096
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研究论文 | 本文描述了通过定向进化技术改进声学报告基因(ARGs)的过程,以提高其在超声成像中的应用效果 | 首次将定向进化技术应用于声学报告基因的优化,开发了高通量声学筛选方法,显著增强了气体囊泡(GVs)的非线性超声散射信号 | 研究目前仅限于细菌培养体系中的筛选,尚未在哺乳动物细胞或活体动物中进行验证 | 开发更高效的声学报告基因,用于生物成像和合成生物学领域 | 气体囊泡(GVs)蛋白纳米结构及其声学特性 | 合成生物学 | NA | 高通量声学筛选、定向进化 | NA | 超声信号数据 | 细菌培养物中的突变体文库 |
92 | 2025-05-29 |
Identification of acidic stress-responsive genes and acid tolerance engineering in Synechococcus elongatus PCC 7942
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12984-5
PMID:38204133
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研究论文 | 本研究通过RNA测序比较转录组分析,在模型蓝藻Synechococcus elongatus PCC 7942中鉴定了酸性应激响应基因,并通过基因敲除和过表达实验验证了这些基因在酸耐受性中的作用 | 鉴定了六个参与酸性应激响应的基因,并通过过表达chlL和chlN基因成功提高了S. elongatus PCC 7942的酸耐受性 | 研究仅针对S. elongatus PCC 7942,未在其他蓝藻中进行验证 | 探究蓝藻的酸应激响应机制并提高其酸耐受性 | Synechococcus elongatus PCC 7942蓝藻 | 合成生物学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
93 | 2025-05-29 |
Regulation of genes encoding polysaccharide-degrading enzymes in Penicillium
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12892-8
PMID:38170318
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综述 | 本文综述了青霉菌中多糖降解酶(PPDE)的分布、功能、生物合成调控机制及高产PPDE菌株的分子育种研究进展 | 总结了青霉菌PPDE的最新研究进展,包括其分布、功能、调控机制及分子育种策略 | 作为小型综述,可能未涵盖该领域所有相关研究 | 促进通过代谢工程和合成生物学开发真菌PPDE生产,推动PPDE工业生物精炼应用 | 青霉菌(特别是草酸青霉)及其产生的植物多糖降解酶(PPDE) | 合成生物学 | NA | 分子育种、代谢工程 | NA | NA | NA |
94 | 2025-05-29 |
Microbial host engineering for sustainable isobutanol production from renewable resources
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12821-9
PMID:38175234
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综述 | 本文综述了利用基因工程技术改造微生物宿主以提高可再生资源生产异丁醇的策略和合成生物学方法 | 总结了近年来通过基因工程改造天然和非天然微生物宿主以提高异丁醇产量的策略 | 讨论了工程化微生物宿主面临的挑战,如底物范围有限、溶剂耐受性低等问题 | 提高可再生资源生产生物燃料异丁醇的效率 | 微生物宿主 | 合成生物学 | NA | 基因工程技术 | NA | NA | NA |
95 | 2025-05-29 |
Minimisation of metabolic networks defines a new functional class of genes
2024-10-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52816-2
PMID:39482321
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研究论文 | 该研究通过构建最小代谢网络(MMNs)定义了一类新的功能基因——网络效率决定因子(NEDs) | 提出了一种新的计算方法来构建最小代谢网络,并定义了一类新的功能基因NEDs | 研究仅基于计算机模拟,尚未进行实验验证 | 理解代谢网络的起源并提高生物技术过程的效率 | 基因组尺度的代谢模型中的基因 | 合成生物学 | NA | 计算机模拟方法 | NA | 基因组数据 | NA |
96 | 2025-05-29 |
Synthetic biology toolkit of Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator)
2024-Aug-29, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13284-2
PMID:39207499
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review | 本文综述了目前可用于改造和增强Ralstonia eutropha生物生产的不同合成生物学技术 | 开发一个合成生物学工具包,赋予Ralstonia eutropha菌株新的能力,用于新颖应用 | NA | 增强Ralstonia eutropha的生物生产能力,用于生产新型生物产品 | Ralstonia eutropha(Cupriavidus necator) | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
97 | 2025-05-29 |
Enhancing Escherichia coli abiotic stress resistance through ornithine lipid formation
2024-Apr-08, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13130-5
PMID:38587638
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研究论文 | 通过工程改造大肠杆菌使其产生鸟氨酸脂质,以增强其对非生物胁迫的抗性 | 首次将鸟氨酸脂质(OLs)的合成能力引入原本不具备此能力的大肠杆菌中,并证明其能增强胁迫抗性和生物量产量 | 研究仅针对特定胁迫条件(如pH变化和磷酸盐限制),未涵盖所有可能的非生物胁迫 | 通过改造大肠杆菌的膜脂组成,构建具有增强非生物胁迫抗性的宿主,用于生物技术和合成生物学应用 | 大肠杆菌(Escherichia coli)及其工程改造菌株 | 合成生物学 | NA | 基因工程(表达合成操纵子olsFC)、转录组分析 | NA | 基因表达数据、生长表型数据 | 多种工程改造的大肠杆菌菌株 |
98 | 2025-05-29 |
DNA methylases for site-selective inhibition of type IIS restriction enzyme activity
2024-Jan-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13015-7
PMID:38270650
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研究论文 | 本研究旨在生产能够体外抑制IIS型限制酶BsaI、BpiI或LguI活性的重组DNA甲基化酶 | 通过克隆和表达来自I型和II型R-M系统的甲基化酶,优化其表达条件,并验证其在体外选择性抑制IIS型限制酶活性的能力 | 研究仅限于体外实验,未涉及体内应用或更复杂的生物系统 | 开发新型分子和合成生物学工具,特别是用于DNA组装技术 | DNA甲基化酶及其对IIS型限制酶活性的抑制作用 | 合成生物学 | NA | 重组DNA技术、蛋白质表达与纯化、DNA甲基化分析 | NA | NA | 十种来自I型和II型R-M系统的甲基化酶 |
99 | 2025-05-28 |
Engineering a Biosynthetic Pathway for the Production of (+)-Brevianamides A and B in Escherichia coli
2024-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627567
PMID:39713314
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研究论文 | 该研究设计了一种在大肠杆菌中生产(+)-brevianamides A和B的生物合成途径 | 结合合成生物学、生物催化和合成化学方法,设计了一个五步工程生物合成途径,用于生产复杂的吲哚生物碱 | NA | 简化对含有BDO核心的二酮哌嗪天然产物的获取途径 | 大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | 生物合成途径工程 | NA | NA | NA |
100 | 2025-05-23 |
Oriented triplex DNA as a synthetic receptor for transmembrane signal transduction
2024-11-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53960-5
PMID:39532841
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研究论文 | 本文介绍了一种使用定向胆固醇标记的三链DNA作为合成受体,通过H介导的构象变化实现跨膜信号转导的人工信号转导系统 | 利用三链DNA的构象变化模拟天然G蛋白偶联受体的功能动态,实现了跨膜信号转导的多功能应用 | NA | 开发合成生物学中跨膜信号转导的人工系统 | 胆固醇标记的三链DNA和脂质双层膜 | 合成生物学 | NA | 荧光共振能量转移(FRET)、选择性光裂解、催化信号放大 | NA | NA | NA |