合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-03	Characterizing and Engineering Rhamnose-Inducible Regulatory Systems for Dynamic Control of Metabolic Pathways in Streptomyces 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00626 PMID:39377938	research paper	该研究通过生物信息学分析和合成生物学策略，开发了鼠李糖诱导的调控系统，用于在链霉菌中动态控制代谢途径	发现了链霉菌中鼠李糖分解代谢途径的调控机制，并成功构建了无泄漏表达的鼠李糖诱导调控系统	研究仅针对链霉菌中的特定代谢途径，尚未在其他微生物中验证其广泛适用性	开发有效的基因诱导系统，用于合成生物技术应用	链霉菌中的鼠李糖分解代谢途径及其调控系统	合成生物学	NA	生物信息学分析、电泳迁移率变动分析(EMSA)、合成生物学策略	NA	基因序列数据、蛋白质-DNA相互作用数据	多种链霉菌物种及模型生物
82	2025-06-03	A Synthetic Biology Approach to Transgene Expression in Insects 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00250 PMID:39198266	研究论文	本文提出了一种系统方法来表征转基因翻译起始序列（TIS）和3'非翻译区（UTR）的修饰，以调控蚊子和潜在其他昆虫中的基因表达	开发了一种系统方法，通过修饰TIS和3'UTR来调控基因表达，为蚊子和潜在其他昆虫的合成生物学提供了新的工具	研究主要针对蚊子，对其他昆虫的适用性尚需进一步验证	开发一种可预测的基因表达调控方法，以支持蚊子的遗传控制系统	蚊子和潜在其他昆虫	合成生物学	NA	转基因技术	NA	基因表达数据	多种细胞系和5'调控序列
83	2025-06-03	Computational Synthetic Biology Enabled through JAX: A Showcase 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00307 PMID:39230510	研究论文	本文展示了JAX在计算合成生物学中的应用，通过三个示例项目展示了其灵活扩展、快速运行、易于GPU移植和数学增强等优势	利用JAX库在计算生物学中的未充分探索的潜力，展示了其在合成生物学和定向进化等领域的应用	JAX在计算生物学中的应用仍处于早期阶段，可能缺乏广泛的验证和优化	促进数学建模在合成生物学中的应用，提高计算效率	合成生物学和定向进化中的计算模型	计算生物学	NA	JAX库	AI-enabled模型	计算模型数据	三个示例项目
84	2025-06-03	SeqImprove: Machine-Learning-Assisted Curation of Genetic Circuit Sequence Information 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00392 PMID:39230953	研究论文	介绍了一种名为SeqImprove的机器学习辅助工具，用于改进遗传电路序列信息的整理过程	开发了SeqImprove工具，通过命名实体识别、实体标准化和序列匹配技术，促进作者参与序列数据的整理，提高数据的FAIR性	未提及具体的性能评估或用户反馈数据	改进合成生物学中遗传电路序列信息的整理和提交过程	遗传电路序列信息	合成生物学	NA	命名实体识别、实体标准化、序列匹配	NA	序列数据	NA
85	2025-06-03	Orthogonal Serine Integrases Enable Scalable Gene Storage Cascades in Bacterial Genome 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00505 PMID:39238421	研究论文	本文介绍了一种利用正交丝氨酸整合酶在细菌基因组中实现可扩展基因存储级联的方法	开发了基于正交丝氨酸整合酶TP901-1、Bxb1和PhiC31的迭代基因组整合方法，可实现长达13 kb DNA片段的高效、无标记整合	NA	开发可扩展的基因组整合工具用于合成生物学应用	大肠杆菌MG1655菌株	合成生物学	NA	正交丝氨酸整合酶技术	NA	DNA序列数据	NA
86	2025-06-03	Technologies for the discovery of G protein-coupled receptor-targeting biologics 2024-Jun, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103138 PMID:38728825	综述	本文综述了针对G蛋白偶联受体(GPCRs)的生物制剂发现技术	讨论了当前最先进的生物制剂工程技术以及适用于此应用的原理验证技术，并展望了低成本DNA合成和合成生物学进展在GPCR靶向生物制剂发现中的应用	NA	探索针对GPCRs的生物制剂发现技术	G蛋白偶联受体(GPCRs)	生物制药	代谢性疾病、神经系统疾病、心血管疾病	DNA合成、合成生物学、展示技术	NA	NA	NA
87	2025-06-03	Engineering Whole-Cell Biosensors for Enhanced Detection of Environmental Antibiotics Using a Synthetic Biology Approach 2024-Jun, Indian journal of microbiology IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s12088-024-01259-w PMID:39010990	review	本文综述了利用合成生物学方法改造全细胞生物传感器以增强环境抗生素检测的研究	探讨了基于EMeRALD的生物传感器，通过合成生物学方法重新利用微生物双组分系统的传感模块	NA	开发更有效的环境抗生素检测方法	细菌双组分系统(TCSs)和EMeRALD生物传感器	合成生物学	NA	合成生物学方法	NA	NA	NA
88	2025-06-03	Synthetic biology-based bacterial extracellular vesicles displaying BMP-2 and CXCR4 to ameliorate osteoporosis 2024-Apr, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12429 PMID:38576241	研究论文	该研究利用合成生物学技术构建了一种展示BMP-2和CXCR4的细菌胞外囊泡（BEVs-BC），用于改善骨质疏松症	首次将BMP-2和CXCR4与BEVs表面蛋白ClyA融合过表达，构建了具有骨靶向和骨形成双重功能的一步法合成生物学系统	研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未进行人体临床试验	开发一种基于合成生物学的骨质疏松症治疗新策略	骨质疏松症小鼠模型和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	合成生物学	骨质疏松症	合成生物学技术、细菌胞外囊泡工程	OVX小鼠模型	NA	NA
89	2025-06-01	Omics-driven onboarding of the carotenoid producing red yeast Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938 2024-Dec-28, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13379-w PMID:39731599	研究论文	本研究利用转录组学数据从红酵母Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938中发现了组成型和光调控启动子，并开发了该生物的模块化合成生物学部件集合	结合系统生物学和合成生物学，开发了一种从组学到部件的流程，为非传统微生物提供了快速“入门”方法	许多假定的调控启动子在合成遗传背景下表现为组成型，仅有一个启动子在UV照射下显示出九倍激活	研究Xanthophyllomyces dendrorhous在不同光波长和氧化应激条件下的转录组学，开发其遗传工具	红酵母Xanthophyllomyces dendrorhous CBS 6938	合成生物学	NA	转录组学、差异基因表达分析(DGE)、基因本体(GO)分析	NA	转录组数据	在不同光波长(红、绿、蓝、紫外)和氧化应激条件下的Xanthophyllomyces dendrorhous样本
90	2025-06-01	Development of a xylose-inducible and glucose-insensitive expression system for Parageobacillus thermoglucosidasius 2024-Oct-23, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13333-w PMID:39441395	研究论文	开发了一种木糖诱导且对葡萄糖不敏感的基因表达系统IExyl*，用于Parageobacillus thermoglucosidasius	通过结合xylA5p启动子及其调节因子XylR，并减少葡萄糖对木糖摄取的分解代谢抑制，开发了IExyl*系统	NA	开发一种高效且多功能的诱导表达系统，用于菌株工程和合成生物技术应用	Parageobacillus thermoglucosidasius DSM 2542	合成生物学	NA	基因表达调控	NA	NA	NA
91	2025-06-01	In vivo thrombin activity in the diatom Phaeodactylum tricornutum: biotechnological insights 2024-Oct-08, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13322-z PMID:39377797	research paper	本研究通过计算机模拟分析识别了三角褐指藻中可能编码类凝血酶蛋白的序列，并通过体内实验验证了其剪切效率	发现三角褐指藻中存在一种新型类凝血酶蛋白酶，并验证了其在融合蛋白上的剪切效率	NA	探索三角褐指藻中类凝血酶序列的功能及其在生物技术中的应用	三角褐指藻（Phaeodactylum tricornutum）	合成生物学	NA	计算机模拟分析、蛋白质结构预测、对接研究、Western blot分析	NA	蛋白质序列、蛋白质结构	NA
92	2025-06-01	A Simple and Effective Strategy for the Development of Robust Promoter-Centric Gene Expression Tools 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00092 PMID:39120429	research paper	本研究开发了一种简单有效的策略，用于构建强效的基因表达工具，通过引入额外的-35样基序和回文元件来增强启动子活性	通过引入额外的-35样基序和回文元件，显著增强了启动子的活性，特别是在构建的四环素诱导型基因表达系统中表现出比现有高强度启动子更强的活性	研究主要针对特定微生物，尚未在其他广泛微生物中验证其适用性	开发强效的基因表达工具，以促进菌株工程和合成生物学研究	启动子和基因表达系统	合成生物学	NA	基因工程	NA	NA	NA
93	2025-06-01	Desiccated Cyanobacteria Serve As Efficient Plasmid DNA Carriers in Space Flight 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00672 PMID:39150229	research paper	研究探讨了使用干燥蓝藻作为质粒DNA载体在太空飞行中的有效性	利用天然耐干燥的蓝藻作为质粒DNA载体，无需低温或冷冻储存，安全运输至国际空间站并返回	仅为概念验证研究，尚未在实际太空环境中大规模应用	探索在资源有限的外太空环境中有效运输生物系统的方法	质粒DNA和蓝藻PC73102	合成生物学	NA	质粒提取和转化	NA	生物实验数据	使用蓝藻PC73102携带pSCR119质粒进行太空往返运输
94	2025-06-01	Genetic Code Expansion in Shewanella oneidensis MR-1 Allows Site-Specific Incorporation of Bioorthogonal Functional Groups into a c-Type Cytochrome 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00248 PMID:39158169	研究论文	本文报道了在电活性细菌Shewanella oneidensis MR-1中开发高效方法，用于位点特异性掺入结构多样的非经典氨基酸（ncAAs）到蛋白质中	开发了在MR-1中位点特异性掺入ncAAs的高效方法，并证明其与内源性蛋白质合成、c型细胞色素成熟及蛋白质分泌途径兼容且正交	NA	扩展MR-1中设计蛋白质的化学库，以理解和调控生物系统并开发生物技术	Shewanella oneidensis MR-1及其c型细胞色素MtrC	合成生物学	NA	遗传密码扩展	NA	NA	NA
95	2025-06-01	GOLDBAR: A Framework for Combinatorial Biological Design 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00296 PMID:39162314	research paper	介绍了一个名为GOLDBAR的组合生物学设计框架，用于优化生物设计并支持设计组合的正式比较	GOLDBAR框架能够交叉和合并整个生物设计类别的规则，提取共同设计模式并推断新的模式	未明确提及框架的具体局限性	促进合成生物学中的自动化分析和机器学习	组合生物设计库和DNA组装技术	synthetic biology	NA	DNA组装技术	grammar-based machine learning	DNA序列数据	NA
96	2025-06-01	Synthetic Biology of Natural Products Engineering: Recent Advances Across the Discover-Design-Build-Test-Learn Cycle 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00391 PMID:39163395	review	本文综述了合成生物学在天然产物工程领域的最新进展，涵盖了从发现到学习的整个生物工程周期	强调了AI支持的基因组挖掘、酶和途径工程、化合物鉴定等计算工具的最新进展，以及新型宿主系统和提高生产水平的新技术	NA	探讨合成生物学在天然产物工程中的应用及其最新进展	天然产物工程中的基因组工程及相关技术	合成生物学	NA	基因组工程、AI支持的基因组挖掘、酶和途径工程	NA	基因组数据、化合物数据	NA
97	2025-06-01	Optimized CRISPR Interference System for Investigating Pseudomonas alloputida Genes Involved in Rhizosphere Microbiome Assembly 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00312 PMID:39163848	research paper	本文描述了一种在KT2440中优化的CRISPR干扰（CRISPRi）系统，用于研究根际微生物组组装中的基因及工业应用	开发了包含三种不同启动子系统和针对假单胞菌优化的dCas9的CRISPRi系统，并展示了其在根际定植细菌中的功能	未提及具体的技术限制或应用范围限制	探索根际微生物间相互作用及工业应用中的基因调控	KT2440及其在根际微生物组中的基因	合成生物学	NA	CRISPR干扰（CRISPRi）	NA	NA	未提及具体样本数量
98	2025-06-01	Engineering Microbial Consortia as Living Materials: Advances and Prospectives 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00313 PMID:39174016	review	本文综述了工程化微生物群落作为活体材料的设计策略、合成生物学技术及其应用前景	介绍了自上而下和自下而上两种设计微生物群落构成的工程化活体材料(ELMs)的策略，并总结了合成生物学技术在复杂任务中的应用	基于微生物群落的ELMs仍处于发展阶段，面临诸多挑战	探讨工程化微生物群落作为活体材料的设计方法、技术应用及未来发展	微生物群落及其构成的工程化活体材料	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
99	2025-06-01	MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00316 PMID:39190860	research paper	该研究开发了一种名为MutaT7GDE的单一嵌合酶，能够在体内高效、平衡地安装所有可能的过渡突变	利用工程化的底物非特异性通用脱氨酶（GDEs）构建单一嵌合酶，简化了系统并提高了突变效率	NA	开发一种更高效的定向进化工具，用于目标基因的多样化	MutaT7嵌合酶及其突变效率	合成生物学	NA	脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术	NA	NA	四种不同的MutaT7构建体
100	2025-06-01	Integrating Deep Learning and Synthetic Biology: A Co-Design Approach for Enhancing Gene Expression via N-Terminal Coding Sequences 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00371 PMID:39229974	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和合成生物学的共设计方法，用于通过N端编码序列优化基因表达	提出了一种新的深度学习和合成生物学共设计的少样本训练工作流程，用于NCS优化，显著提高了基因表达效率	方法仅在GFP和N-乙酰神经氨酸的生产中进行了验证，需要更多实验验证其广泛适用性	优化N端编码序列以提高基因表达效率	绿色荧光蛋白(GFP)和N-乙酰神经氨酸	合成生物学	NA	深度学习, word2vec, 注意力机制, 时间序列网络	时间序列网络	基因序列数据	六次迭代实验