合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-21	New-to-nature CO2-dependent acetyl-CoA assimilation enabled by an engineered B12-dependent acyl-CoA mutase 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53762-9 PMID:39592584	研究论文	本研究开发了一种新型的Lcm模块，实现了乙酰辅酶A到丙酮酸的高效转化，并在过程中固定CO2而非释放	开发了一种新型的Lcm模块，首次实现了乙酰辅酶A到丙酮酸的直接转化，并在过程中固定CO2，而非释放	目前仅进行了体外验证，尚未在体内大规模应用中验证其效果	开发一种新型的乙酰辅酶A同化途径，以提高碳利用效率	乙酰辅酶A和丙酮酸的代谢途径	合成生物学	NA	定向超突变和适应性进化	NA	NA	NA
102	2025-05-21	The de novo design and synthesis of yeast chromosome XIII facilitates investigations on aging 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54130-3 PMID:39578428	research paper	该研究通过设计和合成酵母染色体XIII，探索了其在衰老研究中的应用	成功构建了884 Kb的合成酵母染色体XIII，并利用SCRaMbLE系统获得20个寿命延长的菌株，揭示了rRNA相关转录因子RRN9上调对寿命的积极影响	研究主要基于酵母模型，结果在高等生物中的适用性尚待验证	研究酵母衰老的分子机制	酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）	合成生物学	NA	SCRaMbLE系统	NA	基因组数据、转录组数据	20个SCRaMbLEd synXIII菌株
103	2025-05-19	A massively parallel reporter assay library to screen short synthetic promoters in mammalian cells 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54502-9 PMID:39609378	research paper	介绍了一个包含6144个短合成启动子的库，用于在哺乳动物细胞中大规模并行报告分析	设计了一个短于250bp的合成启动子库，能够精确检测和放大转录活性，适用于多种细胞系和刺激	未提及具体的技术限制或样本量的局限性	开发可调谐的报告基因，用于药物开发、合成生物学和生命科学研究	哺乳动物细胞中的合成启动子	合成生物学	NA	大规模并行报告分析	NA	转录活性数据	6144个合成启动子
104	2025-05-17	Self-organized spatial targeting of contractile actomyosin rings for synthetic cell division 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54807-9 PMID:39614082	研究论文	该研究通过结合肌动蛋白环和细菌MinDE蛋白系统在GUVs中的重构，展示了自组织空间靶向收缩肌动蛋白环以实现合成细胞分裂的潜力	结合肌动蛋白环和细菌MinDE蛋白系统，实现了自组织空间靶向收缩肌动蛋白环，诱导囊泡中段变形和囊泡出芽	NA	开发合成细胞自分裂的最小模块	巨型单层囊泡(GUVs)和肌动蛋白环	合成生物学	NA	肌动蛋白环重构和MinDE蛋白系统	NA	NA	NA
105	2025-05-13	Molecular aspects of regeneration in insects 2024-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2023.12.011 PMID:38160963	review	本文综述了昆虫再生现象的分子机制及其在再生医学中的应用潜力	强调了表观遗传调控在昆虫再生过程中的关键作用，并探讨了其在合成生物学和人类健康领域的潜在应用	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索昆虫再生的分子基础及其在再生医学中的潜在应用	昆虫的再生过程及相关信号分子	再生医学	NA	NA	NA	NA	NA
106	2025-05-11	Leaky ribosomal scanning enables tunable translation of bicistronic ORFs in green algae 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.24.605010 PMID:39091764	研究论文	本研究通过生物信息学和体内突变分析，探讨了绿藻中多顺反子基因的翻译机制	揭示了绿藻中多顺反子转录本通过漏读核糖体扫描机制实现多ORF翻译的新机制	研究仅针对两种绿藻，结果在其他物种中的普适性有待验证	阐明绿藻中多顺反子基因的翻译调控机制	两种分歧绿藻(未指明具体物种)的多顺反子基因位点	分子生物学	NA	生物信息学分析、体内突变分析、双报告基因系统	NA	基因组序列数据、荧光报告基因数据	两种绿藻的高置信度手动注释双顺反子位点数据集
107	2025-05-09	A meta-analysis of the gut microbiome in inflammatory bowel disease patients identifies disease-associated small molecules 2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.579278 PMID:38370680	meta-analysis	通过多队列分析肠道微生物组中的小分子生物合成基因簇（BGCs），研究了炎症性肠病（IBD）患者与健康对照之间的差异	发现了一组与IBD显著相关的梭菌衍生BGCs，并通过合成生物学方法鉴定出六种脂肪酸酰胺作为这些BGCs的产物	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	探索肠道微生物组中小分子在IBD发病机制中的作用	炎症性肠病（IBD）患者和健康对照的肠道微生物组	微生物组学	炎症性肠病	宏基因组测序、合成生物学	NA	宏基因组数据	5,306个肠道微生物组样本（来自2,033名IBD患者和833名健康对照）
108	2025-05-09	Concepts of a synthetic minimal cell: Information molecules, metabolic pathways, and vesicle reproduction 2024, Biophysics and physicobiology IF:1.6Q4 DOI:10.2142/biophysico.bppb-v21.0002 PMID:38803330	review	本文回顾了合成最小细胞系统的概念，包括信息分子、代谢途径和囊泡繁殖，并与生物细胞进行了比较	提出了合成最小细胞系统，展示了递归生长和分裂周期，避免了使用生物细胞的复杂分子机制	NA	探索生命系统如何从非生命分子组装中产生，以及支持这一过程的物理和化学原理	合成最小细胞系统	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
109	2025-05-08	A molecular proximity sensor based on an engineered, dual-component guide RNA 2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.14.553235 PMID:37645782	研究论文	本文介绍了一种名为'P3编辑'的策略，通过工程化的双组分引导RNA将蛋白质-蛋白质接近性连接到功能性CRISPR-Cas9系统的形成	提出了一种将蛋白质-蛋白质接近性与CRISPR-Cas9基因组编辑功能连接的新策略，增强了基因组编辑的可控性	NA	开发可编程的合成分子电路，将分子事件（如蛋白质相互作用）与基因组编辑联系起来	人类细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用和化学诱导的二聚化	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9, 基础编辑, 主要编辑	NA	分子相互作用数据	NA
110	2025-05-02	Plasmid Stability Analysis with Open-Source Droplet Microfluidics 2024-Dec-27, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67659 PMID:39803963	研究论文	介绍了一种基于开放硬件的微流体工作流程，用于通过培养单细胞在凝胶微滴中并使用荧光显微镜量化微菌落来分析质粒保留	采用开源硬件微流体工作流程，提供精确的流量控制和温度管理，增强易用性、稳健性和可访问性	研究以大肠杆菌为实验模型，方法的普适性有待进一步验证	分析质粒保留，为合成生物学提供技术支持	质粒和单细胞微菌落	合成生物学	NA	微流体技术、荧光显微镜	NA	图像数据	大量微滴和微菌落
111	2025-05-02	[Cloning and application in synthetic biology of chalcone synthase gene from Lithocarpus litseifolius] 2024-Dec, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240911.102 PMID:39805756	研究论文	本研究从石栎属植物中克隆了查尔酮合成酶基因，并进行了生物信息学分析和功能表征	首次从石栎属植物中鉴定出两个CHS基因(LlCHS1和LlCHS2)，并验证了其催化合成根皮素的功能	仅在大肠杆菌中验证了基因功能，未在植物体内进行验证	探索石栎属植物中CHS基因家族在查尔酮合成中的功能	石栎属植物的CHS基因(LlCHS1和LlCHS2)	合成生物学	NA	转录组数据分析、生物信息学分析、大肠杆菌异源表达	NA	基因序列数据	2个CHS基因
112	2025-04-26	Engineering Plant Metabolism for Synthesizing Amino Acid Derivatives of Animal Origin Using a Synthetic Modular Approach 2024-Oct-16, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c05719 PMID:39356107	研究论文	该研究利用合成模块化方法在植物中合成动物来源的氨基酸衍生物，以增强植物性饮食的营养价值	利用合成模块化框架在植物中成功合成通常仅存在于动物中的肌酸、肌肽和牛磺酸，展示了植物作为可持续生物工厂的潜力	引入牛磺酸模块意外抑制了植物半胱氨酸的生物合成，揭示了引入外源途径可能导致的复杂代谢调整	开发可持续且环保的方法，通过植物合成动物来源的氨基酸衍生物以增强植物性饮食的营养价值	植物代谢途径及动物来源的氨基酸衍生物（肌酸、肌肽和牛磺酸）	合成生物学	NA	瞬时表达系统	NA	NA	NA
113	2025-04-26	A directed enolization strategy enables by-product-free construction of contiguous stereocentres en route to complex amino acids 2024-07, Nature chemistry IF:19.2Q1 DOI:10.1038/s41557-024-01473-5 PMID:38565976	研究论文	本文展示了一种铱催化的方法，能够直接将简单烯烃和甘氨酸衍生物转化为具有优异区域和立体选择性的β-取代α-氨基酸	利用甘氨酸衍生的N-H单元的本征导向能力，促进铱催化的相邻羰基烯醇化，实现了两个连续立体中心的构建	NA	开发一种合成具有β-立体中心的α-氨基酸的新方法	简单烯烃和甘氨酸衍生物	有机化学	NA	铱催化	NA	NA	NA
114	2025-04-26	Artificial cell synthesis using biocatalytic polymerization-induced self-assembly 2024-04, Nature chemistry IF:19.2Q1 DOI:10.1038/s41557-023-01391-y PMID:38049652	研究论文	本文报道了利用生物催化聚合诱导自组装技术合成具有蛋白质表达能力的聚合物基人工细胞	首次利用生物催化原子转移自由基聚合诱导自组装技术合成人工细胞，并展示其蛋白质表达能力	NA	开发新型人工细胞合成方法并探索其功能特性	基于聚合物的仿生人工细胞	合成生物学	NA	生物催化原子转移自由基聚合诱导自组装	NA	NA	NA
115	2025-04-26	An orthogonalized PYR1-based CID module with reprogrammable ligand-binding specificity 2024-01, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-023-01447-7 PMID:37872402	研究论文	本文设计了一种基于PYR1的正交化CID模块，具有可重新编程的配体结合特异性	开发了正交化的PYR1/HAB1模块，具有纳摩尔级敏感度，可用于活体生物传感器和多输入/输出遗传电路	未明确提及具体限制	扩展PYR1系统，用于植物和真核合成生物学中的多通道CID系统	拟南芥和酿酒酵母	合成生物学	NA	X射线晶体学、生化和体内分析	NA	NA	NA
116	2025-04-25	Identification of novel broad host-range promoter sequences functional in diverse Pseudomonadota by a promoter-trap approach 2024-Dec, Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s42770-024-01512-w PMID:39259478	研究论文	通过启动子捕获方法在Pseudomonadota多样菌种中鉴定新型广宿主范围启动子序列	利用南极微生物群落发现新型广宿主范围启动子序列，扩展了合成生物学的遗传工具包	研究中仅使用了约2000个克隆，可能未覆盖所有潜在的启动子序列	扩展合成生物学中可用的生物部件目录，特别是广宿主范围启动子序列	南极微生物群落中的Pseudomonadota多样菌种	合成生物学	NA	启动子捕获方法	NA	基因序列数据	约2000个克隆，鉴定出13个功能性启动子序列
117	2025-04-25	TeaTFactor: A Prediction Tool for Tea Plant Transcription Factors Based on BERT 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3444466 PMID:39150804	研究论文	本文介绍了一种基于BERT架构的预测工具TeaTFactor，用于识别茶树转录因子	利用预训练策略和BERT架构，首次应用于茶树转录因子的预测，开发了在线服务器	未明确提及模型在跨物种应用中的泛化能力	开发高效准确的茶树转录因子预测工具	茶树转录因子	自然语言处理	NA	BERT预训练模型	BERT	蛋白质序列数据	使用UniProt数据库的蛋白质数据和收集的茶树转录因子数据进行训练
118	2025-04-24	Combining systems and synthetic biology for in vivo enzymology 2024-Nov, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00251-w PMID:39322757	研究论文	本文提出了一种结合合成生物学和系统生物学的方法，用于在体内测量酶学参数	开发了一种通用的体内酶学参数测量方法，克服了传统体外实验条件与生理条件不符的局限性	目前仅应用于酵母合成类胡萝卜素途径中的特定酶类	开发一种在真实细胞条件下测量酶动力学参数的新方法	酿酒酵母中的合成类胡萝卜素途径（重点关注植烯合酶和三种植烯去饱和酶）	合成生物学	NA	代谢组学、通量组学和蛋白质组学	NA	多组学数据	一组经过基因改造的酵母菌株（通过操纵GGPP合酶表达来模拟底物浓度变化）
119	2025-04-18	Logic "AND Gate Circuit"-Based Gasdermin Protein Expressing Nanoplatform Induces Tumor-Specific Pyroptosis to Enhance Cancer Immunotherapy 2024-03-05, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.3c09405 PMID:38377037	研究论文	本文设计了一种基于逻辑'与门电路'策略的纳米平台，用于诱导肿瘤特异性焦亡以增强癌症免疫治疗	利用逻辑'与门电路'策略设计纳米平台，实现肿瘤特异性焦亡，减少系统性毒性	研究未涉及长期毒性评估及临床试验验证	开发一种新型纳米平台，用于增强癌症免疫治疗效果	肿瘤细胞	合成生物学	癌症	纳米技术、合成生物学策略	NA	NA	NA
120	2025-04-11	Translational activation by a synthetic PPR protein elucidates control of psbA translation in Arabidopsis chloroplasts 2024-Oct-03, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae112 PMID:38593198	研究论文	研究通过合成PPR蛋白在拟南芥叶绿体中激活psbA翻译的机制	使用合成PPR蛋白替代HCF173，验证了HCF173通过结合RNA片段激活psbA翻译的假说，并发现HCF173在光响应调控中的必要性	合成PPR蛋白激活的翻译未表现出光响应性	探究叶绿体psbA mRNA翻译起始的调控机制	拟南芥叶绿体中的psbA mRNA及其翻译调控蛋白HCF173	合成生物学	NA	合成PPR蛋白技术	NA	NA	NA