合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-01	Multilevel Systematic Optimization To Achieve Efficient Integrated Expression of Escherichia coli 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00280 PMID:39262282	研究论文	本文通过系统优化大肠杆菌的整合表达系统，从三个层面提高了外源基因在基因组水平的表达效率	筛选出表达活性最高的整合位点，构建了组成型高效整合表达系统CEIES_Ecoli，其表达强度显著高于传统T7启动子系统	研究仅限于大肠杆菌BL21(DE3)菌株，未在其他宿主系统中验证	开发无需抗生素或诱导剂的稳定高效基因整合表达系统	大肠杆菌BL21(DE3)基因组	合成生物学	NA	基因组编辑、启动子工程	NA	基因表达数据	18个基因组整合位点筛选，16种内源启动子表征
102	2025-06-01	Evaluating the Contribution of Model Complexity in Predicting Robustness in Synthetic Genetic Circuits 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00708 PMID:39264040	research paper	该研究比较了五种计算模型在预测合成基因电路稳健性方面的表现，探讨了模型复杂度对预测能力的影响	通过比较不同复杂度的模型，揭示了在有无特征化部件情况下模型选择的策略	研究仅针对三种基因电路实现，可能无法推广到所有类型的合成电路	评估模型复杂度对合成基因电路性能预测的影响	五种计算模型和三种基因电路实现	合成生物学	NA	计算模拟	多种复杂度模型	模拟数据	三种基因电路实现
103	2025-06-01	Yeast Surface-Displayed Quenchbody as a Novel Whole-Cell Biosensor for One-Step Detection of Influenza A (H1N1) Virus 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00317 PMID:39256183	研究论文	开发了一种基于酵母表面展示的Quenchbody全细胞生物传感器，用于一步检测甲型H1N1流感病毒	提出了一种新型全细胞生物传感器设计，通过表面展示VHH-based quenchbody（Q-body）绕过了分析物跨膜运输的需求，实现了对病毒颗粒的高效检测	NA	开发一种敏感、高效且成本效益高的方法，用于检测空气中的病毒	甲型H1N1流感病毒	合成生物学	流感	酵母表面展示技术	VHH-based quenchbody（Q-body）	NA	17个靶向H1N1-HA蛋白的VHH抗体片段
104	2025-06-01	Ten Years of the Synthetic Biology Summer Course at Cold Spring Harbor Laboratory 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00276 PMID:39300908	review	回顾冷泉港实验室合成生物学暑期课程的历史、发展和结构，并探讨其对其他短期课程的启示	总结了该课程在合成生物学领域的教育影响，包括校友在研究、教育和创业方面的贡献	NA	探讨合成生物学教育课程的设计与影响	冷泉港实验室合成生物学暑期课程	合成生物学	NA	细胞无转录翻译、DNA构建、基因回路计算建模、工程基因调控、CRISPR技术	NA	NA	NA
105	2025-06-01	The BioRECIPE Knowledge Representation Format 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00096 PMID:39051984	research paper	介绍了BioRECIPE知识表示格式，旨在标准化和促进人机交互，用于创建、验证、评估、管理和扩展细胞内和细胞间信号传导的可执行模型	BioRECIPE格式能够同时支持人类用户预览和修改模型组件，同时机器可读，并兼容多种表示格式、自然语言处理工具、建模工具和数据库	NA	标准化和促进人机交互，用于创建、验证、评估、管理和扩展细胞内和细胞间信号传导的可执行模型	细胞内和细胞间信号传导的可执行模型	systems and synthetic biology	NA	NA	NA	knowledge representation format	NA
106	2025-06-01	ShuffleAnalyzer: A Comprehensive Tool to Visualize DNA Shuffling 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00251 PMID:38991172	research paper	介绍了一个名为ShuffleAnalyzer的Python工具，用于可视化和分析DNA shuffling结果	提供直接图形化输出，支持DNA shuffling和肽插入的同步分析与可视化	未提及具体性能指标或与其他工具的对比	开发一个用户友好的工具，以简化DNA shuffling结果的分析和可视化	DNA shuffling生成的合成DNA和肽插入	synthetic biology	NA	DNA shuffling	NA	DNA序列数据	NA
107	2025-06-01	Designing a Novel Temperature- and Noncanonical Amino Acid-Controlled Biological Logic Gate in Escherichia coli 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00423 PMID:39110782	研究论文	本研究设计了一种新型的温度和非经典氨基酸控制的生物逻辑门	利用外源aaRS/tRNA对在高温下对细胞ATP的高消耗率诱导的基因表达温度敏感性，构建了一种新型的生物AND门	对外源aaRS/tRNA对的潜在副作用了解有限	探索外源aaRS/tRNA对基因表达的影响并构建新型生物逻辑门	大肠杆菌DH10β Δ	合成生物学	NA	遗传密码扩展(GCE)	NA	NA	NA
108	2025-05-31	Construction of a Calibration Curve for Lycopene on a Liquid-Handling Platform─Wider Lessons for the Development of Automated Dilution Protocols 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00031 PMID:39096303	研究论文	本文介绍了在伦敦生物铸造厂SynbiCITE进行的一项研究，从构建番茄红素在二甲基亚砜（DMSO）中的校准曲线的角度探讨了液体处理及其可靠自动化	开发了灵活的液体处理方法，可推广到其他自动化应用，并通过番茄红素/DMSO这一难混合体系揭示了自动化液体处理协议的问题并进行了压力测试	研究主要集中在番茄红素/DMSO这一特定体系，可能对其他体系的普适性有待验证	开发可靠的液体处理自动化方法，提高合成生物学实验的吞吐量和可重复性	番茄红素在二甲基亚砜（DMSO）中的校准曲线构建	合成生物学	NA	液体处理自动化技术	基于回归的实用框架	实验数据	NA
109	2025-05-31	Towards Self-regeneration: Exploring the Limits of Protein Synthesis in the Protein Synthesis Using Recombinant Elements (PURE) Cell-free Transcription-Translation System 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00304 PMID:39066734	研究论文	探索在PURE无细胞转录翻译系统中蛋白质合成的自我再生极限	显著降低非核糖体PURE蛋白质浓度达97.3%，同时提高蛋白质合成效率，并发现6%右旋糖酐在高度稀释的PURE配方中能显著增加蛋白质合成速率和总产量	未明确提及具体局限性	开发支持蛋白质自我再生的无细胞合成生物学系统，为构建通用生化构造器和活体合成细胞迈出关键一步	PURE无细胞转录翻译系统中的蛋白质合成	合成生物学	NA	PURE无细胞转录翻译系统	NA	NA	NA
110	2025-05-31	Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00091 PMID:39047143	review	本文总结了人工智能在逆合成和逆生物合成路径设计中的应用进展	探讨了人工智能在推动绿色化学和环境友好型生物生产中的新前沿	讨论了该领域的局限性和未来研究方向	促进与绿色化学更契合的生物生产，提升环境实践	逆合成和逆生物合成路径设计	synthetic biology	NA	AI-based methods	generative models	chemical data	NA
111	2025-05-31	Toward Practical Applications of Engineered Living Materials with Advanced Fabrication Techniques 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00259 PMID:39002162	综述	本文综述了工程活材料(ELMs)的制备方法、特性及其在医疗、环境保护和制造等领域的应用	将合成生物学与材料科学相结合，创造出具有自修复、自复制和环境适应性的动态响应材料	NA	探讨ELMs的制备技术及其实际应用潜力	工程活材料(ELMs)	材料科学	NA	3D生物打印、电纺丝	NA	NA	NA
112	2025-05-31	Development of a Recombineering System for the Acetogen Eubacterium limosum with Cas9 Counterselection for Markerless Genome Engineering 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00253 PMID:39033464	研究论文	开发了一种基于Cas9反选择的Recombineering系统，用于无标记基因组工程改造Eubacterium limosum	利用RecT重组酶开发了高效的寡核苷酸重组系统，结合Cas9反选择实现无疤痕和无标记的基因组点突变	NA	开发一种快速精确的基因组修饰系统，以促进Eubacterium limosum的合成生物学和代谢工程研究	Eubacterium limosum	合成生物学	NA	Recombineering, Cas9 counterselection	NA	基因组数据	NA
113	2025-05-31	Chloroplast Cell-Free Systems from Different Plant Species as a Rapid Prototyping Platform 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00117 PMID:39028299	研究论文	本文介绍了一种从多种植物物种中提取高活性叶绿体无细胞基因表达(CFE)系统的通用协议，用于快速原型设计和基因表达调控序列的详细表征	开发了一种跨物种兼容的叶绿体无细胞基因表达系统，支持使用T7 RNA聚合酶和叶绿体内源聚合酶，实现了对调控序列在转录和翻译水平的详细表征	NA	开发快速原型设计工具以促进植物合成生物学发展，应对气候变化对农业的威胁	小麦(单子叶植物)、菠菜和杨树(双子叶植物)的叶绿体	合成生物学	NA	无细胞基因表达(CFE)系统	NA	基因表达数据	23个5'UTR、10个3'UTR和6个叶绿体启动子
114	2025-05-31	Engineering a Novel Probiotic Toolkit in Escherichia coli Nissle 1917 for Sensing and Mitigating Gut Inflammatory Diseases 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00036 PMID:39115381	研究论文	本研究开发了一种基于工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917的系统，用于感知和缓解肠道炎症性疾病	开发了一个模块化系统，包含炎症生物标志物传感器、分泌系统和治疗性纳米抗体库，并首次在EcN中表征了所采用的分泌系统	系统对NO的敏感性有所降低	开发一种靶向特异性系统来潜在治疗炎症性肠病(IBD)	工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917 (EcN)	合成生物学	炎症性肠病(IBD)	酶联免疫吸附试验(ELISA)和体外试验	数学框架用于评估工程益生菌系统的关键参数	实验数据	NA
115	2025-05-31	Bioinformatic Prediction and High Throughput In Vivo Screening to Identify Cis-Regulatory Elements for the Development of Algal Synthetic Promoters 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00199 PMID:38986010	研究论文	本研究通过生物信息学预测和高通量体内筛选，识别顺式调控元件以开发藻类合成启动子	结合POWRS、STREME和PhyloGibbs算法预测1511个CREs，并通过高通量方法评估4533种合成启动子的转基因表达能力	需要具有测序基因组和转录组数据的藻类物种才能应用该流程	开发先进的遗传工具以促进藻类生物技术的发展	六种不同藻类物种中高表达基因的启动子区域	合成生物学	NA	下一代测序、荧光激活细胞分选	NA	基因组和转录组数据	4533种合成启动子，数百个转基因株系
116	2025-05-31	Directed Evolution of Acoustic Reporter Genes Using High-Throughput Acoustic Screening 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00283 PMID:38981096	研究论文	本文描述了通过定向进化技术改进声学报告基因（ARGs）的过程，以提高其在超声成像中的应用效果	首次将定向进化技术应用于声学报告基因的优化，开发了高通量声学筛选方法，显著增强了气体囊泡（GVs）的非线性超声散射信号	研究目前仅限于细菌培养体系中的筛选，尚未在哺乳动物细胞或活体动物中进行验证	开发更高效的声学报告基因，用于生物成像和合成生物学领域	气体囊泡（GVs）蛋白纳米结构及其声学特性	合成生物学	NA	高通量声学筛选、定向进化	NA	超声信号数据	细菌培养物中的突变体文库
117	2025-05-29	Identification of acidic stress-responsive genes and acid tolerance engineering in Synechococcus elongatus PCC 7942 2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-023-12984-5 PMID:38204133	研究论文	本研究通过RNA测序比较转录组分析，在模型蓝藻Synechococcus elongatus PCC 7942中鉴定了酸性应激响应基因，并通过基因敲除和过表达实验验证了这些基因在酸耐受性中的作用	鉴定了六个参与酸性应激响应的基因，并通过过表达chlL和chlN基因成功提高了S. elongatus PCC 7942的酸耐受性	研究仅针对S. elongatus PCC 7942，未在其他蓝藻中进行验证	探究蓝藻的酸应激响应机制并提高其酸耐受性	Synechococcus elongatus PCC 7942蓝藻	合成生物学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
118	2025-05-29	Regulation of genes encoding polysaccharide-degrading enzymes in Penicillium 2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-023-12892-8 PMID:38170318	综述	本文综述了青霉菌中多糖降解酶(PPDE)的分布、功能、生物合成调控机制及高产PPDE菌株的分子育种研究进展	总结了青霉菌PPDE的最新研究进展，包括其分布、功能、调控机制及分子育种策略	作为小型综述，可能未涵盖该领域所有相关研究	促进通过代谢工程和合成生物学开发真菌PPDE生产，推动PPDE工业生物精炼应用	青霉菌(特别是草酸青霉)及其产生的植物多糖降解酶(PPDE)	合成生物学	NA	分子育种、代谢工程	NA	NA	NA
119	2025-05-29	Microbial host engineering for sustainable isobutanol production from renewable resources 2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-023-12821-9 PMID:38175234	综述	本文综述了利用基因工程技术改造微生物宿主以提高可再生资源生产异丁醇的策略和合成生物学方法	总结了近年来通过基因工程改造天然和非天然微生物宿主以提高异丁醇产量的策略	讨论了工程化微生物宿主面临的挑战，如底物范围有限、溶剂耐受性低等问题	提高可再生资源生产生物燃料异丁醇的效率	微生物宿主	合成生物学	NA	基因工程技术	NA	NA	NA
120	2025-05-29	Minimisation of metabolic networks defines a new functional class of genes 2024-10-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52816-2 PMID:39482321	研究论文	该研究通过构建最小代谢网络（MMNs）定义了一类新的功能基因——网络效率决定因子（NEDs）	提出了一种新的计算方法来构建最小代谢网络，并定义了一类新的功能基因NEDs	研究仅基于计算机模拟，尚未进行实验验证	理解代谢网络的起源并提高生物技术过程的效率	基因组尺度的代谢模型中的基因	合成生物学	NA	计算机模拟方法	NA	基因组数据	NA