合成生物学相关文章
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当前共找到 100 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-03-29 |
Triblock Proteins with Weakly Dimerizing Terminal Blocks and an Intrinsically Disordered Region for Rational Design of Condensate Properties
2024-03, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202306817
PMID:37964343
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research paper | 该研究通过蛋白质工程构建了一种具有可变末端块和三段式结构的蛋白质，用于理性设计冷凝物的性质 | 利用弱二聚化末端块和内在无序区域的可调性，实现了冷凝物形成的可预测和理性设计 | 物理性质（如扩散速率）与二聚化强度无直接相关性，需进一步研究 | 研究冷凝物形成的理性设计及其在生物合成材料、合成生物学等领域的应用 | 具有可变末端块和三段式结构的蛋白质 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程 | NA | NA | 一组适合作为末端块的蛋白质 |
| 2 | 2025-03-23 |
Between Centralization and Fragmentation: The Past, Present, and Future of Phage Collections
2024-Mar, PHAGE (New Rochelle, N.Y.)
DOI:10.1089/phage.2023.0043
PMID:40114810
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综述 | 本文回顾了噬菌体收集的历史和现状，探讨了集中化治疗相关噬菌体收集的挑战和潜力 | 提出了创建可持续、互联和公平的噬菌体银行基础设施的必要性，并考虑了合成生物学和人工智能可能带来的范式转变 | 未提供具体的解决方案或实施细节，仅进行了概述和反思 | 探讨噬菌体收集的集中化和标准化问题，以应对当前知识碎片化和缺乏协调的挑战 | 噬菌体收集和噬菌体银行基础设施 | 微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3 | 2025-03-21 |
Structure-Based Engineering of a Sesquiterpene Cyclase to Generate an Alcohol Product: Conversion of epi-Isozizaene Synthase into α-Bisabolol Synthase
2024-03-19, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.3c00681
PMID:38420671
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研究论文 | 本文通过结构基础的工程改造，将一种倍半萜环化酶转化为α-红没药醇合酶，展示了其作为合成生物学应用平台的潜力 | 通过突变活性位点轮廓，重新设计EIZS以生成倍半萜醇产物，而非倍半萜烃产物，扩展了EIZS作为设计环化酶平台的潜力 | 突变后的酶在生成α-红没药醇时的保真度仅为65%至74%，表明仍有改进空间 | 研究目的是通过结构基础的工程改造，将EIZS转化为α-红没药醇合酶，以扩展其在合成生物学中的应用 | 研究对象是EIZS酶及其突变体，特别是F95S-F198S双突变体 | 合成生物学 | NA | X射线晶体学、生化表征 | NA | 晶体结构数据、生化数据 | NA |
| 4 | 2025-03-08 |
Biosynthesis of Cytosporones in Leotiomycetous Filamentous Fungi
2024-03-06, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.3c14066
PMID:38386630
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研究论文 | 本文研究了Leotiomycetous丝状真菌中细胞孢菌素的生物合成机制 | 揭示了细胞孢菌素结构多样性和生物活性生成的机制，并发现了新的聚酮类生物合成酶 | 研究主要集中在特定真菌中的基因簇，可能不适用于其他真菌 | 探索细胞孢菌素的生物合成途径及其在药物发现中的应用 | Leotiomycetous丝状真菌 | 生物合成 | NA | 基因组挖掘、组合生物合成、体外酶反应 | NA | 基因数据、酶反应数据 | 特定Leotiomycetous丝状真菌 |
| 5 | 2025-03-03 |
Leveraging yeast sequestration to study and engineer posttranslational modification enzymes
2024-Mar, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28621
PMID:38079116
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综述 | 本文讨论了利用酵母细胞器隔离技术研究和工程化翻译后修饰酶（PTM-enzymes）的原理和方法 | 首次详细讨论了酵母内质网隔离技术，并介绍了基于酵母表面展示和酶介导的转录激活的细胞质隔离方法 | 不同系统的测量和控制酶催化效率的能力存在局限性 | 旨在通过高通量功能筛选和选择方法，解析PTM-enzymes的酶学和生物学机制，开发能够探测和调控它们的分子，并赋予它们改进和新功能 | 翻译后修饰酶（PTM-enzymes），包括蛋白酶、蛋白质连接酶、氧化还原酶、激酶和其他转移酶 | 合成生物学 | NA | 酵母细胞器隔离技术 | NA | NA | NA |
| 6 | 2025-02-27 |
Glucose 6-phosphate dehydrogenase variants increase NADPH pools for yeast isoprenoid production
2024-Mar, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.13755
PMID:38124687
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研究论文 | 本研究通过提高NADPH生成酶的效率，增强酵母中异戊二烯类化合物的产量 | 不同于以往通过增加戊糖磷酸途径流量或过量生产NADPH生成酶的方法，本研究专注于提高NADPH生成酶的效率，并通过基因融合和理性突变策略成功提高了G6PD酶的活性 | NA | 提高酵母中异戊二烯类化合物的产量 | 酵母 | 合成生物学 | NA | 基因融合、理性突变 | NA | NA | NA |
| 7 | 2025-02-23 |
Artificial structural proteins: Synthesis, assembly and material applications
2024-03, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107162
PMID:38308999
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综述 | 本文综述了仿生结构蛋白质的设计、生产及其在多尺度组装中的化学修饰方法，并讨论了其功能定制和当前应用 | 总结了仿生结构蛋白质的设计和生产方法，并探讨了其功能定制和当前应用，展望了未来研究方向 | 生物合成的固有局限性和复杂宏观组装的模仿难度仍是主要挑战 | 开发具有优异性能的定制结构蛋白质及其组装体 | 仿生结构蛋白质及其组装体 | 合成生物学 | NA | 模块化蛋白质工程、多肽修饰、合成生物学 | NA | NA | NA |
| 8 | 2025-02-02 |
Technologies for studying phase-separated biomolecular condensates
2024-Mar-07, Advanced biotechnology
DOI:10.1007/s44307-024-00020-0
PMID:39883284
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综述 | 本文综述了用于研究生物分子凝聚体的技术，包括识别新凝聚体、探索其成分、研究其特性和时空调控的方法 | 提供了生物分子凝聚体研究领域中最常用技术的全面概述，并讨论了将这些原理应用于新技术开发的挑战和进展 | 未具体提及研究的局限性 | 研究生物分子凝聚体的技术及其在合成生物学等领域的应用 | 生物分子凝聚体 | 生物技术 | NA | 液体-液体相分离技术 | NA | NA | NA |
| 9 | 2025-01-16 |
An Upstream G-Quadruplex DNA Structure Can Stimulate Gene Transcription
2024-03-15, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.3c00775
PMID:38417105
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研究论文 | 本文探讨了四链G-四链体（G4）DNA结构在基因启动子中如何影响转录 | 通过合成生物学方法，将G4形成序列稳定整合到合成报告基因的启动子中，并插入人类细胞基因组，首次在细胞基因组环境中展示了G4结构形成对转录的刺激作用 | 研究局限于合成报告基因和特定细胞环境，未涉及更多天然基因和细胞类型 | 理解G4结构如何影响基因转录 | G4 DNA结构及其在基因启动子中的作用 | 分子生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 基因组数据 | 人类细胞 |
| 10 | 2024-12-06 |
Identification and application of a strong bidirectional acmN2p promoter from actinomycin D-producing streptomycetes
2024-Mar, Engineering microbiology
DOI:10.1016/j.engmic.2023.100121
PMID:39628790
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研究论文 | 本文报道了从放线菌中发现的两个高产放线菌素D（ActD）菌株，并鉴定了一个强双向acmN2p启动子，并将其应用于异源表达三个核心基因，用于细菌生物碱bohemamine的生物合成 | 发现了两个高产ActD的放线菌菌株，并鉴定了一个强双向acmN2p启动子，应用于异源表达 | NA | 研究天然产物生物合成的合成生物学应用 | 放线菌素D（ActD）生产菌株和acmN2p启动子 | 合成生物学 | NA | 异源表达 | NA | 基因 | 两个高产ActD的放线菌菌株 |
| 11 | 2024-08-07 |
Specifications of standards in systems and synthetic biology: status, developments, and tools in 2024
2024-Mar-01, Journal of integrative bioinformatics
IF:1.5Q3
DOI:10.1515/jib-2024-0015
PMID:39026464
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-11-11 |
Trading acyls and swapping sugars: metabolic innovations in Solanum trichomes
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.05.542877
PMID:37333341
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研究论文 | 研究了茄科植物毛状体中特殊的代谢产物——保护性酰基糖的多样性和进化 | 发现了八种具有肌醇或肌醇糖苷核心和羟基酰基链的不寻常结构，并鉴定了一种功能上分化的AcylSugar AcylTransferase 3-Like 1酶 | 仅分析了茄科植物中一小部分物种的酰基糖多样性 | 深入了解茄科植物中酰基糖的化学多样性及其进化和功能 | 茄科植物中的酰基糖及其相关的AcylTransferase酶 | NA | NA | 液相色谱-质谱分析 | NA | 代谢物 | 31个茄科植物物种 |
| 13 | 2024-11-07 |
Whispering-Gallery Mode Optoplasmonic Microcavities: From Advanced Single-Molecule Sensors and Microlasers to Applications in Synthetic Biology
2024-Mar-20, ACS photonics
IF:6.5Q1
DOI:10.1021/acsphotonics.3c01570
PMID:38523742
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研究论文 | 本文探讨了光子等离子体微腔在单分子传感、酶热力学和动力学研究、热光子等离子体传感以及合成生物学中的应用 | 引入等离子体纳米棒增强WGM微腔的倏逝场，实现单分子级别的检测 | NA | 探讨光子等离子体WGM传感在单分子检测和合成生物学中的应用前景 | 单分子蛋白质、构象变化和原子离子 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-11-07 |
Cell reprogramming design by transfer learning of functional transcriptional networks
2024-Mar-07, ArXiv
PMID:38495570
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研究论文 | 本文开发了一种基于转录组数据的迁移学习方法，用于控制细胞行为并设计新的疾病治疗方法 | 通过预训练的转录组数据生成功能网络动力学模型，并将其迁移到特定的重编程目标，创新性地结合了基因扰动的转录反应来最小化初始状态和目标状态之间的转录差异 | 研究主要基于已有的微阵列和RNA测序数据，未涉及实际的细胞实验 | 开发一种基于迁移学习的方法，用于理性设计基于基因扰动和药物反应的新疾病治疗方法 | 人类细胞命运相关的转录组数据和基因扰动反应 | 机器学习 | NA | 迁移学习 | NA | 转录组数据 | 超过9,000个微阵列数据和10,000个RNA测序数据，涵盖54种细胞类型和227种独特扰动 |
| 15 | 2024-11-04 |
Bringing CAM photosynthesis to the table: Paving the way for resilient and productive agricultural systems in a changing climate
2024-Mar-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100772
PMID:37990498
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研究论文 | 本文探讨了在气候变化背景下，通过引入CAM光合作用途径提高农作物抗旱性和生产力的可能性 | 利用分子生物学、系统生物学和合成生物学的最新进展，提出了一种新的方法来揭示引入CAM特性的最小遗传工具包 | 尚未成功将CAM途径引入C3或C4植物 | 开发能够应对淡水资源减少和温度变化影响的作物 | CAM光合作用途径及其在农作物中的应用 | 分子生物学 | NA | 单细胞组学技术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 16 | 2024-10-17 |
Precision and efficacy of RNA-guided DNA integration in high-expressing muscle loci
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.582796
PMID:38562818
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研究论文 | 研究评估了在骨骼肌中使用CRISPR-Cas9和同源独立靶向整合（HITI）技术将报告基因或治疗基因整合到高表达位点的精度和效果 | 利用骨骼肌中的内源性启动子，通过HITI技术将基因整合到高表达位点，为基因替换疗法提供了新的方法 | 研究主要在老鼠肌细胞中进行，尚未在人体中验证 | 开发一种在骨骼肌中实现高表达治疗基因的基因替换技术 | 骨骼肌中的肌酸激酶（Ckm）和肌红蛋白（Mb）启动子 | 基因治疗 | NA | CRISPR-Cas9, 同源独立靶向整合（HITI） | NA | 基因组, 转录组 | 老鼠肌细胞 |
| 17 | 2024-10-17 |
Pseudomonas putida as a platform for medium-chain length α,ω-diol production: Opportunities and challenges
2024-03, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14423
PMID:38528784
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综述 | 本文综述了利用Pseudomonas putida生产中链长度α,ω-二醇的进展，并提出了可持续生产二醇的四模块方法 | 提出了利用Pseudomonas putida作为微生物平台生产中链长度α,ω-二醇的四模块方法 | 尽管取得了进展，但仍存在挑战，如中间产物的毒性等问题 | 探讨利用Pseudomonas putida作为微生物细胞工厂生产中链长度α,ω-二醇的机会和挑战 | Pseudomonas putida和中链长度α,ω-二醇的生产 | NA | NA | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-10-17 |
Microbial biotechnology and beyond: A roadmap for sustainable development and climate mitigation in the transition from fossil fuels to green chemistry
2024-03, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14434
PMID:38465780
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研究论文 | 本文探讨了微生物技术在从化石燃料向绿色化学转型中的作用，以及其在可持续发展和气候缓解中的重要性 | 强调了微生物在维持生物循环和合成生物学工具在生产非化石燃料和化学品中的创新应用 | 面临非食品残渣和废物的可用性、成本效益的生物处理厂建设、发酵液中产品回收以及剩余木质素利用等挑战 | 推动从化石燃料向绿色化学的转型，实现可持续发展和气候缓解 | 微生物技术、合成生物学工具、非化石燃料和化学品生产 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-10-04 |
Replacing manual operation with bio-automation: A high-throughput evolution strategy to construct an integrated whole-cell biosensor for the simultaneous detection of methylmercury and mercury ions without manual sample digestion
2024-03-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.133492
PMID:38227998
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研究论文 | 本研究设计了一种生物消化基因电路，并将其集成到汞离子全细胞生物传感器中，创建了一种新颖的现场甲基汞检测方法 | 首次开发了一种无需手动样品消化的甲基汞和汞离子同时检测的全细胞生物传感器 | NA | 开发一种用于现场检测甲基汞和汞离子的新型全细胞生物传感器 | 甲基汞和汞离子的检测 | 合成生物学 | NA | 生物信息学分析 | 全细胞生物传感器 | 基因数据 | 五种不同细菌基因组的烷基汞裂解酶 |
| 20 | 2024-09-30 |
Manipulating gene expression levels in mammalian cell factories: An outline of synthetic molecular toolboxes to achieve multiplexed control
2024-Mar-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2023.11.003
PMID:38040288
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综述 | 本文综述了用于调控哺乳动物细胞基因表达水平的合成生物学工具，并讨论了其在细胞调控层级中的应用 | 强调了理性调控和微调基因表达强度的重要性，以及合成生物学工具在精细调控细胞表型中的应用 | 未提及具体实验数据或结果，主要为理论讨论 | 探讨如何通过合成生物学工具优化哺乳动物细胞系统，以提高生物制药的生产效率 | 哺乳动物细胞，如中国仓鼠卵巢细胞（CHO）和人类胚胎肾293细胞（HEK293） | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |