合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Mining Biosynthetic Gene Clusters of Pseudomonas vancouverensis Utilizing Whole Genome Sequencing 2024-Mar-09, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms12030548 PMID:38543599	研究论文	本文通过全基因组测序技术挖掘了Pseudomonas vancouverensis中的生物合成基因簇，以发现新的天然产物农药	利用antiSMASH 7.0、PRISM 4和BAGEL 4工具挖掘细菌基因组中的次级代谢物生物合成基因簇，预测了多种新型天然产物	需要进一步研究这些化合物在抗真菌活性方面的生物技术潜力	探索微生物来源的次级代谢物在农药开发中的应用	Pseudomonas vancouverensis细菌及其生物合成基因簇	数字病理学	NA	全基因组测序	NA	基因组数据	单一细菌菌株
42	2024-08-07	Genomic Insights and Synthetic Biology Applications of Marine Actinomycete Streptomyces griseoincarnatus HNS054 2024-Mar-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25063127 PMID:38542100	研究论文	本文研究了海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054的基因组特征及其在合成生物学中的应用	成功改造HNS054以提高aborycin和actinorhodin的产量	NA	开发新型海洋来源药物和其他有价值的化合物	海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054	合成生物学	NA	基因工程	NA	基因组	HNS054菌株
43	2024-08-07	Structure of the intact tail machine of Anabaena myophage A-1(L) 2024-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47006-z PMID:38531972	研究论文	本文报道了Anabaena噬菌体A-1(L)完整尾部机器的高分辨率冷冻电镜结构，包括颈部、尾部及其附着的纤维。	首次揭示了A-1(L)噬菌体尾部机器的详细结构，包括其独特的颈部结构和尾部纤维的排列方式。	NA	解析Anabaena噬菌体A-1(L)的完整尾部机器结构，以促进其在合成生物学中的应用。	Anabaena噬菌体A-1(L)的尾部机器结构。	NA	NA	冷冻电镜（cryo-EM）	NA	结构数据	NA
44	2024-08-07	[Construction of synthetic microbial community and its application in polyhydroxyalkanoate biosynthesis] 2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230483 PMID:38545973	综述	本文综述了合成微生物群落的设计原则、构建方法及其在聚羟基脂肪酸酯（PHA）生物合成中的应用	合成微生物群落是合成生态学的核心研究方向和合成生物学的新兴前沿，需要设计微生物相互作用、空间组织、鲁棒性维护和生物遏制等策略	NA	探讨合成微生物群落在PHA生物合成中的应用，旨在降低PHA生产成本	合成微生物群落及其在PHA生物合成中的应用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
45	2024-08-07	[Advances in fermentative production of L-tryptophan: a review] 2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230404 PMID:38545968	综述	本文综述了L-色氨酸的发酵生产及其生物合成代谢和调控机制的最新进展	介绍了通过实验室适应性进化等非理性设计方法改进L-色氨酸生产菌株性能的研究	L-色氨酸在微生物细胞中的代谢途径长且调控机制复杂不明确，导致生产效率和菌株稳健性低	总结L-色氨酸生物合成代谢及其调控、生产菌株的构建与优化以及发酵生产的最新进展，并展望未来发展方向	L-色氨酸及其生产菌株	NA	NA	代谢工程和合成生物学	NA	NA	NA
46	2024-08-07	[Reflections on the safety regulation of commercialization of synthetic biology products] 2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230320 PMID:38545975	评论	本文总结了合成生物产品在食品、医疗、农业、环境、能源和材料领域的应用情况，分析了其存在的安全风险，并梳理了欧美及中国在监管方面的现状，提出了加强安全监管的建议	提出了针对合成生物产品安全风险的全过程监管措施，包括分类审批、产品分类标识以及市场主体准入前的严格筛选和审批，以及入市后的安全监管和应急处理及事故责任调查	NA	探讨合成生物产品商业化过程中的安全监管问题	合成生物产品在多个领域的应用及其安全风险	NA	NA	合成生物技术	NA	NA	NA
47	2024-08-07	Synthetic Biology Meets Ca2+ Release-Activated Ca2+ Channel-Dependent Immunomodulation 2024-Mar-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13060468 PMID:38534312	综述	本文综述了合成生物学工具如何精确控制CRAC通道途径及其对免疫反应下游信号事件的影响	介绍了合成生物学在精确控制分子接近度和下游信号过程中的应用	NA	总结合成生物学工具在控制CRAC通道途径及其对免疫反应影响方面的应用	CRAC通道及其在免疫反应中的作用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
48	2024-08-07	Machine Learning to Predict Enzyme-Substrate Interactions in Elucidation of Synthesis Pathways: A Review 2024-Mar-07, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14030154 PMID:38535315	综述	本文综述了利用机器学习方法预测酶-底物相互作用以阐明合成途径的研究进展	采用基于人工智能的方法，如支持向量机、神经网络和决策树，显著减少了计算时间并覆盖了广泛的搜索空间	这些方法在处理大规模搜索空间时仍存在计算速度较慢的问题	探讨机器学习在预测酶-底物相互作用中的应用，以加速合成途径的阐明	酶-底物相互作用及其在合成生物学中的应用	机器学习	NA	支持向量机、神经网络、决策树	NA	NA	NA
49	2024-08-07	Triblock Proteins with Weakly Dimerizing Terminal Blocks and an Intrinsically Disordered Region for Rational Design of Condensate Properties 2024-Mar, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202306817 PMID:37964343	研究论文	本文研究了通过蛋白质工程设计的三嵌段蛋白质结构，其中两端为折叠蛋白质，中间为内在无序区域，用于调控凝聚物的形成及其性质	本文展示了弱相互作用在凝聚物形成中的重要性，并提出了一种蛋白质设计原则，有助于以可预测和合理的方式制造功能性凝聚物	NA	研究凝聚物的合理设计及其在生物合成材料、合成生物学和细胞生物学理解中的应用	三嵌段蛋白质结构及其对凝聚物形成和性质的影响	生物化学	NA	蛋白质工程	NA	蛋白质	一组适合用作终端块的蛋白质
50	2024-08-07	Enhancing 2-Pyrone Synthase Efficiency by High-Throughput Mass-Spectrometric Quantification and In Vitro/In Vivo Catalytic Performance Correlation 2024-03-01, Chembiochem : a European journal of chemical biology IF:2.6Q3 DOI:10.1002/cbic.202300849 PMID:38116888	研究论文	本研究通过高通量质谱定量方法筛选2-吡喃酮合酶（2PS）的新突变体，以提高三乙酸内酯（TAL）的生物合成效率	发现了两个突变体，其产率分别比野生型2PS提高了46倍和44倍，这是文献中报道的最高改进	NA	提高生物催化剂的效率，以从可再生资源中生产有价值的生物产品	2-吡喃酮合酶（2PS）的突变体筛选及其在细胞内催化性能的优化	代谢工程	NA	质谱	NA	生物化学数据	大量突变体
51	2024-08-07	Reconstitution of the Bacterial Glutamate Receptor Channel by Encapsulation of a Cell-Free Expression System 2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66595 PMID:38526087	研究论文	本文展示了一种在巨型单层脂质囊泡（GUVs）中重建细菌谷氨酸受体（GluR0）的方法，通过将无细胞表达系统封装并孵育在合成细胞内	本文创新性地利用无细胞表达系统，通过替换GluR0的N端信号肽为蛋白紫红质信号肽，成功实现了GluR0在混合GUVs膜中的共翻译转运	该方法目前仅限于模型膜蛋白GluR0的重建，未来需要验证其在其他膜蛋白重建中的适用性	旨在开发一种在合成细胞中重建膜蛋白的稳健方法	细菌谷氨酸受体（GluR0）及其在合成细胞膜中的重建	合成生物学	NA	无细胞表达系统	NA	NA	NA
52	2024-08-07	An RNA origami robot that traps and releases a fluorescent aptamer 2024-Mar-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk1250 PMID:38507482	研究论文	本文使用RNA折纸技术开发了一种名为“Traptamer”的RNA机器人设备，该设备能够机械地捕获并释放荧光适配体iSpinach	首次展示了RNA机器人设备能够作为布尔AND门，并通过可逆控制荧光适配体的荧光来实现对分子过程的增强控制	NA	开发先进的RNA机器人设备，用于在医学和合成生物学中的应用	RNA折纸机器人设备Traptamer及其对荧光适配体iSpinach的捕获和释放机制	合成生物学	NA	RNA折纸技术	NA	RNA	NA
53	2024-08-07	A universal molecular control for DNA, mRNA and protein expression 2024-Mar-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46456-9 PMID:38509097	研究论文	本文利用合成生物学原理，开发了一种名为pREF的多组学控制标准，可作为下一代测序和质谱方法的通用分子标准	pREF序列编码21个合成基因，可体外转录为插入mRNA控制，并体外翻译生成匹配的蛋白质控制，提供了DNA、RNA和肽检测的定性和定量准确性控制	NA	开发一种跨基因组学、转录组学和蛋白质组学方法的集成基因表达测量标准	DNA、mRNA和蛋白质表达的控制标准	基因组学	NA	下一代测序、质谱	NA	DNA、RNA、蛋白质	21个合成基因
54	2024-08-07	Empowering Protein Engineering through Recombination of Beneficial Substitutions 2024-Mar-15, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/chem.202303889 PMID:38288640	综述	本文综述了通过重组有益替换来增强蛋白质工程潜力的实验和计算机辅助方法	强调了集成和机器学习引导策略在生成具有更好多样性、覆盖范围和大小的筛选库中的作用	NA	探讨如何通过重组方法实现单个有益替换的潜在增强	蛋白质工程中的重组方法	生物工程	NA	NA	NA	NA	NA
55	2024-08-07	teemi: An open-source literate programming approach for iterative design-build-test-learn cycles in bioengineering 2024-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011929 PMID:38457467	研究论文	本文介绍了一个名为teemi的开源计算机辅助设计和分析平台，该平台采用文学编程用户界面，支持生物工程中的迭代设计-构建-测试-学习循环。	teemi平台遵循FAIR原则，支持用户友好的模拟、组织和指导，以及机器学习在代谢途径设计中的应用。	NA	开发一个支持生物工程迭代设计-构建-测试-学习循环的开源平台。	生物工程中的设计、模拟、数据集成和分析，以及代谢途径的机器学习设计。	生物工程	NA	机器学习	NA	多变量数据集	NA
56	2024-08-07	Mid-Long Chain Dicarboxylic Acid Production via Systems Metabolic Engineering: Progress and Prospects 2024-Mar-20, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c00002 PMID:38442481	研究论文	本文探讨了通过系统代谢工程策略在不同底盘中合成中长链二羧酸的方法	利用系统生物学、合成生物学和进化工程的新工具，实现能源密集型生物燃料的可持续生产	NA	探索中长链二羧酸的可持续生产方法，并讨论该领域的未来挑战	中长链二羧酸的生产	合成生物学	NA	系统代谢工程	NA	NA	NA
57	2024-08-07	Model-guided metabolic rewiring to bypass pyruvate oxidation for pyruvate derivative synthesis by minimizing carbon loss 2024-Mar-19, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/msystems.00839-23 PMID:38315666	研究论文	本文通过基因组规模的代谢模型和约束基流平衡分析、几何流平衡分析及流变量分析，设计了一种微生物宿主，通过引入双歧分流途径，绕过丙酮酸氧化，从而提高丙酮酸衍生物的合成效率。	本研究通过动态控制流分布和适应性实验室进化，建立了一种新的葡萄糖培养细菌的代谢模式，以在有氧条件下最小化碳损失，并为生产丙酮酸衍生物的细胞设计提供了有价值的见解。	NA	旨在通过代谢重编程，提高微生物宿主合成丙酮酸衍生物的效率，同时最小化碳损失。	微生物宿主的代谢途径和基因表达调控。	合成生物学	NA	基因组规模代谢模型、约束基流平衡分析、几何流平衡分析、流变量分析	NA	代谢数据	约3,000个基因编码库
58	2024-08-07	Automated high-throughput DNA synthesis and assembly 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26967 PMID:38500977	综述	本文综述了DNA合成与组装技术的最新进展，重点介绍了自动化和高通量技术的发展及其在合成生物学中的应用	介绍了自动化液体处理工作站和集成实验设备的使用，提高了合成生物学领域的效率	NA	探讨DNA合成与组装技术的创新和改进	DNA合成与组装技术	合成生物学	NA	自动化液体处理	NA	DNA序列	NA
59	2024-08-07	Engineered mRNA-ribosome fusions for facile biosynthesis of selenoproteins 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2321700121 PMID:38442159	研究论文	本研究通过将核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）进行功能性融合，开发了一种新型策略来改进核糖体工程，以促进硒蛋白的生物合成	本研究首次提出了一种基于mRNA-rRNA融合的新型核糖体工程策略，即RiboU，通过将16S rRNA与硒半胱氨酸插入序列（SECIS）共价结合，实现了硒半胱氨酸（Sec）在蛋白质中的特定位点插入	NA	开发一种新型核糖体工程策略，以促进硒蛋白的生物合成	核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）的功能性融合	合成生物学	NA	mRNA-rRNA融合技术	NA	RNA	三种功能性目标硒蛋白
60	2024-08-07	Design and optimization of ε-poly-l-lysine with specific functions for diverse applications 2024-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129513 PMID:38262828	综述	本文综述了ε-聚-L-赖氨酸（ε-PL）的生产及其分子结构修饰的最新进展，重点讨论了提高ε-PL生产效率和多样性的挑战与解决方案	强调了ε-PL在食品保鲜和生物医学领域的应用潜力，并展望了通过合成生物学定制ε-PL分子结构的可能性	目前微生物合成ε-PL的效率受限于遗传工程和分子结构修饰的低效性	探讨ε-PL的生产优化及其在多领域应用中的分子结构修饰	ε-聚-L-赖氨酸及其衍生物	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA