合成生物学相关文章
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当前共找到 101 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
An Efficient Method for the Production of High-Purity Bioinspired Large Unilamellar Vesicles
2024-03-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00540
PMID:38423534
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研究论文 | 本文介绍了一种高效且简单的方法，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），其直径范围在450-550 nm之间 | 本文优化了一种简单且高效的协议，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），并详细研究了不同实验参数对囊泡浓度和大小的影响 | NA | 为了重现复杂的真核细胞区室化，合成生物学旨在从底层重建细胞膜包被的区室 | 大型单层囊泡（LUVs）的生产和特性 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Genetic Parts and Enabling Tools for Biocircuit Design
2024-03-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00691
PMID:38427821
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综述 | 本文综述了用于设计生物电路的现有部件库及其在转录、翻译和翻译后水平的基因表达调控范式，并讨论了将这些部件整合到复杂设备和系统中的必要方面，以及当前对目录和标准化测量数据的努力。 | 建立了biopartsDB，一个经过精心策划的、具有详细定量数据的遗传部件和设备库数据库，这些数据已通过已发表文献验证。 | NA | 旨在综述当前用于设计生物电路的部件库及其基因表达调控范式，并讨论如何将这些部件整合到复杂设备和系统中。 | 遗传部件库及其在生物电路设计中的应用。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 数据库 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Enzymatic Assembly of Small Synthetic Genes with Repetitive Elements
2024-03-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00665
PMID:38437525
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研究论文 | 本文介绍了一种用于组装含有重复元素的小型合成基因的方法 | 该方法通过将目标基因分割成带有Golden-Gate兼容末端的小片段，然后通过oligo延伸和Golden Gate Assembly组装成合成基因，解决了重复序列合成效率低的问题 | 该方法主要针对含有重复元素的基因，对于其他类型的基因可能不适用 | 开发一种有效的方法来组装含有重复元素的合成基因，以促进合成生物学的发展 | 含有重复元素的合成基因 | 合成生物学 | NA | Golden Gate Assembly | NA | DNA序列 | 八个含有重复元素的挑战性基因，大小从133到456个碱基对 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Models of Chemical Communication for Micro/Nanoparticles
2024-03-19, Accounts of chemical research
IF:16.4Q1
DOI:10.1021/acs.accounts.3c00619
PMID:38427324
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review | 本文综述了微/纳米颗粒间化学通信的工程技术及其在多个领域的应用潜力 | 探讨了从简单线性通信到复杂交互通信的多种化学通信模型，并展示了这些模型在实验设计中的实现 | 文章未明确提及当前研究的局限性 | 总结实验室及其他研究者在微/纳米颗粒化学通信工程方面的进展，并为不同领域的研究人员提供设计未来微/纳米尺度通信网络的通用策略和基础 | 微/纳米系统间的化学通信 | nanotechnology | NA | nanotechnology, synthetic biology | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Probiotic-fermented edible herbs as functional foods: A review of current status, challenges, and strategies
2024-03, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13305
PMID:38379388
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综述 | 本文综述了益生菌发酵食用草药作为功能性食品的当前研究状态、挑战和策略 | 强调了益生菌发酵食用草药中活性成分的生物转化及其健康益处 | NA | 探讨益生菌发酵食用草药在功能性食品中的应用及其健康益处 | 益生菌发酵食用草药及其功能性食品的应用 | NA | 慢性疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Aspergillus oryzae as a Cell Factory: Research and Applications in Industrial Production
2024-Mar-26, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof10040248
PMID:38667919
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综述 | 本文综述了利用Aspergillus oryzae作为细胞工厂在工业生产中的研究与应用进展 | 通过合成生物学和新型遗传工程技术，Aspergillus oryzae被认为是构建细胞工厂的理想候选 | 其复杂的分泌系统和蛋白质表达调控机制对表达多种异源产品构成挑战 | 探讨Aspergillus oryzae在工业生产中作为细胞工厂的应用 | Aspergillus oryzae的酶分泌系统及其在合成次级代谢物中的应用 | 生物技术 | NA | 合成生物学，遗传工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Machine learning-aided design and screening of an emergent protein function in synthetic cells
2024-Mar-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46203-0
PMID:38443351
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研究论文 | 本文探讨了利用机器学习辅助设计和筛选合成细胞中新兴蛋白质功能的方法 | 本文首次描述了如何通过计算和体外实验筛选机器学习生成的蛋白质变体，这些变体能够在细胞内形成时空模式 | 本文仅展示了原理验证，尚未广泛应用于实际工业和生物医学应用 | 研究如何利用机器学习设计合成蛋白质，以工程化细胞功能 | 新兴蛋白质功能，如细胞内时空自组织能力 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 条件生成模型 | 蛋白质结构数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Characterization of CYP82 genes involved in the biosynthesis of structurally diverse benzylisoquinoline alkaloids in Corydalis yanhusuo
2024-Mar-07, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-023-01397-7
PMID:38453737
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研究论文 | 本研究探讨了CYP82基因在Corydalis yanhusuo中苯并异喹啉生物碱（BIAs）生物合成中的催化功能 | 首次鉴定并表征了Corydalis yanhusuo中的CyCYP82基因，这些基因在BIAs的合成生物学中具有重要作用 | NA | 研究CYP82基因在苯并异喹啉生物碱生物合成中的作用 | Corydalis yanhusuo中的CYP82基因及其在BIAs生物合成中的功能 | 生物化学 | NA | 基因克隆 | NA | 基因序列 | 20个CyCYP82编码基因 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
CRISPRi-induced transcriptional regulation of IAH1 gene and its influence on volatile compounds profile in Kluyveromyces marxianus DU3
2024-Mar-05, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-023-03811-0
PMID:38441729
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研究论文 | 本研究利用CRISPR干扰技术下调Kluyveromyces marxianus DU3菌株中的IAH1基因表达，并分析其对挥发性化合物代谢谱的影响 | 首次在Kluyveromyces marxianus中应用CRISPRi技术进行基因表达的靶向调控，为代谢工程和合成生物学策略提供了新途径 | NA | 研究IAH1基因下调对Kluyveromyces marxianus中挥发性化合物代谢谱的影响 | Kluyveromyces marxianus DU3菌株中的IAH1基因及其编码的酯酶 | 代谢工程 | NA | CRISPR干扰技术 | NA | 基因表达数据 | Kluyveromyces marxianus DU3菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
A general model for predicting enzyme functions based on enzymatic reactions
2024-Mar-31, Journal of cheminformatics
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13321-024-00827-y
PMID:38556873
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研究论文 | 本文介绍了一种基于BERT的多分类模型BEC-Pred，用于预测与反应相关的酶委员会（EC）编号 | BEC-Pred模型利用迁移学习，通过分析底物和产物的SMILES序列，实现了对广泛酶委员会（EC）编号的精确预测 | NA | 开发一种高效准确的模型来预测酶的功能 | 酶的功能预测 | 机器学习 | NA | BERT | BERT | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Design and assembly of the 117-kb Phaeodactylum tricornutum chloroplast genome
2024-Mar-29, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad670
PMID:38114089
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研究论文 | 本文展示了两种高效克隆117 kb的Phaeodactylum tricornutum叶绿体基因组的方法 | 开发了两种新的叶绿体基因组克隆方法，效率高达90%至100%，并可稳定维持和传播于大肠杆菌中 | 方法可能仅适用于具有相似叶绿体基因组大小和结构的物种 | 开发新的叶绿体基因组克隆技术，以扩展合成生物学底盘的选择 | Phaeodactylum tricornutum叶绿体基因组 | 合成生物学 | NA | PCR扩增、酵母重组 | NA | DNA | 至少10个酵母菌落 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
GraphKM: machine and deep learning for KM prediction of wildtype and mutant enzymes
2024-Mar-28, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05746-1
PMID:38549073
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习框架PaddlePaddle的机器和深度学习方法GraphKM，用于预测野生型和突变酶的Michaelis常数K | GraphKM结合了图神经网络（GNN）、全连接层和梯度提升框架，通过分子图和预训练的基于transformer的语言模型来表示底物和酶，以构建模型输入 | 现有的机器和深度学习模型仅限于特定酶，如少数酶或野生型酶 | 提高酶动力学研究的步伐，通过预测K值来替代耗时且困难的实验测量 | 野生型和突变酶的Michaelis常数K | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图神经网络（GNN）、全连接层、梯度提升框架 | 分子图、文本 | 独立K数据集HXKm | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
The AP2/ERF Transcription Factor PgERF120 Regulates Ginsenoside Biosynthesis in Ginseng
2024-Mar-13, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14030345
PMID:38540764
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研究论文 | 研究了AP2/ERF转录因子PgERF120在人参中对人参皂苷生物合成的影响 | 首次报道了AP2/ERF转录因子在调节药用植物主要活性成分合成及响应生物和非生物胁迫中的作用 | NA | 验证PgERF120基因在人参皂苷合成中的调控作用，为研究人参功能基因提供理论基础 | 人参中的AP2/ERF转录因子PgERF120及其对人参皂苷合成的影响 | NA | NA | 荧光定量PCR | NA | 基因表达数据 | 使用了人参发根中的七个AP2/ERF基因和三个关键酶基因进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Mining Biosynthetic Gene Clusters of Pseudomonas vancouverensis Utilizing Whole Genome Sequencing
2024-Mar-09, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms12030548
PMID:38543599
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研究论文 | 本文通过全基因组测序技术挖掘了Pseudomonas vancouverensis中的生物合成基因簇，以发现新的天然产物农药 | 利用antiSMASH 7.0、PRISM 4和BAGEL 4工具挖掘细菌基因组中的次级代谢物生物合成基因簇，预测了多种新型天然产物 | 需要进一步研究这些化合物在抗真菌活性方面的生物技术潜力 | 探索微生物来源的次级代谢物在农药开发中的应用 | Pseudomonas vancouverensis细菌及其生物合成基因簇 | 数字病理学 | NA | 全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 单一细菌菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Genomic Insights and Synthetic Biology Applications of Marine Actinomycete Streptomyces griseoincarnatus HNS054
2024-Mar-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063127
PMID:38542100
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研究论文 | 本文研究了海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054的基因组特征及其在合成生物学中的应用 | 成功改造HNS054以提高aborycin和actinorhodin的产量 | NA | 开发新型海洋来源药物和其他有价值的化合物 | 海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | 基因组 | HNS054菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Structure of the intact tail machine of Anabaena myophage A-1(L)
2024-Mar-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47006-z
PMID:38531972
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研究论文 | 本文报道了Anabaena噬菌体A-1(L)完整尾部机器的高分辨率冷冻电镜结构，包括颈部、尾部及其附着的纤维。 | 首次揭示了A-1(L)噬菌体尾部机器的详细结构，包括其独特的颈部结构和尾部纤维的排列方式。 | NA | 解析Anabaena噬菌体A-1(L)的完整尾部机器结构，以促进其在合成生物学中的应用。 | Anabaena噬菌体A-1(L)的尾部机器结构。 | NA | NA | 冷冻电镜（cryo-EM） | NA | 结构数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
[Construction of synthetic microbial community and its application in polyhydroxyalkanoate biosynthesis]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230483
PMID:38545973
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综述 | 本文综述了合成微生物群落的设计原则、构建方法及其在聚羟基脂肪酸酯（PHA）生物合成中的应用 | 合成微生物群落是合成生态学的核心研究方向和合成生物学的新兴前沿，需要设计微生物相互作用、空间组织、鲁棒性维护和生物遏制等策略 | NA | 探讨合成微生物群落在PHA生物合成中的应用，旨在降低PHA生产成本 | 合成微生物群落及其在PHA生物合成中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
[Advances in fermentative production of L-tryptophan: a review]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230404
PMID:38545968
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综述 | 本文综述了L-色氨酸的发酵生产及其生物合成代谢和调控机制的最新进展 | 介绍了通过实验室适应性进化等非理性设计方法改进L-色氨酸生产菌株性能的研究 | L-色氨酸在微生物细胞中的代谢途径长且调控机制复杂不明确，导致生产效率和菌株稳健性低 | 总结L-色氨酸生物合成代谢及其调控、生产菌株的构建与优化以及发酵生产的最新进展，并展望未来发展方向 | L-色氨酸及其生产菌株 | NA | NA | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
[Reflections on the safety regulation of commercialization of synthetic biology products]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230320
PMID:38545975
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评论 | 本文总结了合成生物产品在食品、医疗、农业、环境、能源和材料领域的应用情况，分析了其存在的安全风险，并梳理了欧美及中国在监管方面的现状，提出了加强安全监管的建议 | 提出了针对合成生物产品安全风险的全过程监管措施，包括分类审批、产品分类标识以及市场主体准入前的严格筛选和审批，以及入市后的安全监管和应急处理及事故责任调查 | NA | 探讨合成生物产品商业化过程中的安全监管问题 | 合成生物产品在多个领域的应用及其安全风险 | NA | NA | 合成生物技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Machine Learning to Predict Enzyme-Substrate Interactions in Elucidation of Synthesis Pathways: A Review
2024-Mar-07, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo14030154
PMID:38535315
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综述 | 本文综述了利用机器学习方法预测酶-底物相互作用以阐明合成途径的研究进展 | 采用基于人工智能的方法，如支持向量机、神经网络和决策树，显著减少了计算时间并覆盖了广泛的搜索空间 | 这些方法在处理大规模搜索空间时仍存在计算速度较慢的问题 | 探讨机器学习在预测酶-底物相互作用中的应用，以加速合成途径的阐明 | 酶-底物相互作用及其在合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 支持向量机、神经网络、决策树 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |