合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Probiotic-fermented edible herbs as functional foods: A review of current status, challenges, and strategies 2024-03, Comprehensive reviews in food science and food safety IF:12.0Q1 DOI:10.1111/1541-4337.13305 PMID:38379388	综述	本文综述了益生菌发酵食用草药作为功能性食品的当前研究状态、挑战和策略	强调了益生菌发酵食用草药中活性成分的生物转化及其健康益处	NA	探讨益生菌发酵食用草药在功能性食品中的应用及其健康益处	益生菌发酵食用草药及其功能性食品的应用	NA	慢性疾病	NA	NA	NA	NA
42	2024-08-07	Aspergillus oryzae as a Cell Factory: Research and Applications in Industrial Production 2024-Mar-26, Journal of fungi (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/jof10040248 PMID:38667919	综述	本文综述了利用Aspergillus oryzae作为细胞工厂在工业生产中的研究与应用进展	通过合成生物学和新型遗传工程技术，Aspergillus oryzae被认为是构建细胞工厂的理想候选	其复杂的分泌系统和蛋白质表达调控机制对表达多种异源产品构成挑战	探讨Aspergillus oryzae在工业生产中作为细胞工厂的应用	Aspergillus oryzae的酶分泌系统及其在合成次级代谢物中的应用	生物技术	NA	合成生物学，遗传工程	NA	NA	NA
43	2024-08-07	Machine learning-aided design and screening of an emergent protein function in synthetic cells 2024-Mar-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46203-0 PMID:38443351	研究论文	本文探讨了利用机器学习辅助设计和筛选合成细胞中新兴蛋白质功能的方法	本文首次描述了如何通过计算和体外实验筛选机器学习生成的蛋白质变体，这些变体能够在细胞内形成时空模式	本文仅展示了原理验证，尚未广泛应用于实际工业和生物医学应用	研究如何利用机器学习设计合成蛋白质，以工程化细胞功能	新兴蛋白质功能，如细胞内时空自组织能力	机器学习	NA	机器学习	条件生成模型	蛋白质结构数据	具体样本数量未在摘要中提及
44	2024-08-07	Characterization of CYP82 genes involved in the biosynthesis of structurally diverse benzylisoquinoline alkaloids in Corydalis yanhusuo 2024-Mar-07, Plant molecular biology IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s11103-023-01397-7 PMID:38453737	研究论文	本研究探讨了CYP82基因在Corydalis yanhusuo中苯并异喹啉生物碱（BIAs）生物合成中的催化功能	首次鉴定并表征了Corydalis yanhusuo中的CyCYP82基因，这些基因在BIAs的合成生物学中具有重要作用	NA	研究CYP82基因在苯并异喹啉生物碱生物合成中的作用	Corydalis yanhusuo中的CYP82基因及其在BIAs生物合成中的功能	生物化学	NA	基因克隆	NA	基因序列	20个CyCYP82编码基因
45	2024-08-07	CRISPRi-induced transcriptional regulation of IAH1 gene and its influence on volatile compounds profile in Kluyveromyces marxianus DU3 2024-Mar-05, World journal of microbiology & biotechnology IF:4.0Q2 DOI:10.1007/s11274-023-03811-0 PMID:38441729	研究论文	本研究利用CRISPR干扰技术下调Kluyveromyces marxianus DU3菌株中的IAH1基因表达，并分析其对挥发性化合物代谢谱的影响	首次在Kluyveromyces marxianus中应用CRISPRi技术进行基因表达的靶向调控，为代谢工程和合成生物学策略提供了新途径	NA	研究IAH1基因下调对Kluyveromyces marxianus中挥发性化合物代谢谱的影响	Kluyveromyces marxianus DU3菌株中的IAH1基因及其编码的酯酶	代谢工程	NA	CRISPR干扰技术	NA	基因表达数据	Kluyveromyces marxianus DU3菌株
46	2024-08-07	A general model for predicting enzyme functions based on enzymatic reactions 2024-Mar-31, Journal of cheminformatics IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13321-024-00827-y PMID:38556873	研究论文	本文介绍了一种基于BERT的多分类模型BEC-Pred，用于预测与反应相关的酶委员会（EC）编号	BEC-Pred模型利用迁移学习，通过分析底物和产物的SMILES序列，实现了对广泛酶委员会（EC）编号的精确预测	NA	开发一种高效准确的模型来预测酶的功能	酶的功能预测	机器学习	NA	BERT	BERT	文本	NA
47	2024-08-07	Design and assembly of the 117-kb Phaeodactylum tricornutum chloroplast genome 2024-Mar-29, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiad670 PMID:38114089	研究论文	本文展示了两种高效克隆117 kb的Phaeodactylum tricornutum叶绿体基因组的方法	开发了两种新的叶绿体基因组克隆方法，效率高达90%至100%，并可稳定维持和传播于大肠杆菌中	方法可能仅适用于具有相似叶绿体基因组大小和结构的物种	开发新的叶绿体基因组克隆技术，以扩展合成生物学底盘的选择	Phaeodactylum tricornutum叶绿体基因组	合成生物学	NA	PCR扩增、酵母重组	NA	DNA	至少10个酵母菌落
48	2024-08-07	GraphKM: machine and deep learning for KM prediction of wildtype and mutant enzymes 2024-Mar-28, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05746-1 PMID:38549073	研究论文	本文提出了一种基于深度学习框架PaddlePaddle的机器和深度学习方法GraphKM，用于预测野生型和突变酶的Michaelis常数K	GraphKM结合了图神经网络（GNN）、全连接层和梯度提升框架，通过分子图和预训练的基于transformer的语言模型来表示底物和酶，以构建模型输入	现有的机器和深度学习模型仅限于特定酶，如少数酶或野生型酶	提高酶动力学研究的步伐，通过预测K值来替代耗时且困难的实验测量	野生型和突变酶的Michaelis常数K	机器学习	NA	深度学习	图神经网络（GNN）、全连接层、梯度提升框架	分子图、文本	独立K数据集HXKm
49	2024-08-07	The AP2/ERF Transcription Factor PgERF120 Regulates Ginsenoside Biosynthesis in Ginseng 2024-Mar-13, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14030345 PMID:38540764	研究论文	研究了AP2/ERF转录因子PgERF120在人参中对人参皂苷生物合成的影响	首次报道了AP2/ERF转录因子在调节药用植物主要活性成分合成及响应生物和非生物胁迫中的作用	NA	验证PgERF120基因在人参皂苷合成中的调控作用，为研究人参功能基因提供理论基础	人参中的AP2/ERF转录因子PgERF120及其对人参皂苷合成的影响	NA	NA	荧光定量PCR	NA	基因表达数据	使用了人参发根中的七个AP2/ERF基因和三个关键酶基因进行实验
50	2024-08-07	Mining Biosynthetic Gene Clusters of Pseudomonas vancouverensis Utilizing Whole Genome Sequencing 2024-Mar-09, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms12030548 PMID:38543599	研究论文	本文通过全基因组测序技术挖掘了Pseudomonas vancouverensis中的生物合成基因簇，以发现新的天然产物农药	利用antiSMASH 7.0、PRISM 4和BAGEL 4工具挖掘细菌基因组中的次级代谢物生物合成基因簇，预测了多种新型天然产物	需要进一步研究这些化合物在抗真菌活性方面的生物技术潜力	探索微生物来源的次级代谢物在农药开发中的应用	Pseudomonas vancouverensis细菌及其生物合成基因簇	数字病理学	NA	全基因组测序	NA	基因组数据	单一细菌菌株
51	2024-08-07	Genomic Insights and Synthetic Biology Applications of Marine Actinomycete Streptomyces griseoincarnatus HNS054 2024-Mar-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25063127 PMID:38542100	研究论文	本文研究了海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054的基因组特征及其在合成生物学中的应用	成功改造HNS054以提高aborycin和actinorhodin的产量	NA	开发新型海洋来源药物和其他有价值的化合物	海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054	合成生物学	NA	基因工程	NA	基因组	HNS054菌株
52	2024-08-07	Structure of the intact tail machine of Anabaena myophage A-1(L) 2024-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47006-z PMID:38531972	研究论文	本文报道了Anabaena噬菌体A-1(L)完整尾部机器的高分辨率冷冻电镜结构，包括颈部、尾部及其附着的纤维。	首次揭示了A-1(L)噬菌体尾部机器的详细结构，包括其独特的颈部结构和尾部纤维的排列方式。	NA	解析Anabaena噬菌体A-1(L)的完整尾部机器结构，以促进其在合成生物学中的应用。	Anabaena噬菌体A-1(L)的尾部机器结构。	NA	NA	冷冻电镜（cryo-EM）	NA	结构数据	NA
53	2024-08-07	[Construction of synthetic microbial community and its application in polyhydroxyalkanoate biosynthesis] 2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230483 PMID:38545973	综述	本文综述了合成微生物群落的设计原则、构建方法及其在聚羟基脂肪酸酯（PHA）生物合成中的应用	合成微生物群落是合成生态学的核心研究方向和合成生物学的新兴前沿，需要设计微生物相互作用、空间组织、鲁棒性维护和生物遏制等策略	NA	探讨合成微生物群落在PHA生物合成中的应用，旨在降低PHA生产成本	合成微生物群落及其在PHA生物合成中的应用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
54	2024-08-07	[Advances in fermentative production of L-tryptophan: a review] 2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230404 PMID:38545968	综述	本文综述了L-色氨酸的发酵生产及其生物合成代谢和调控机制的最新进展	介绍了通过实验室适应性进化等非理性设计方法改进L-色氨酸生产菌株性能的研究	L-色氨酸在微生物细胞中的代谢途径长且调控机制复杂不明确，导致生产效率和菌株稳健性低	总结L-色氨酸生物合成代谢及其调控、生产菌株的构建与优化以及发酵生产的最新进展，并展望未来发展方向	L-色氨酸及其生产菌株	NA	NA	代谢工程和合成生物学	NA	NA	NA
55	2024-08-07	[Reflections on the safety regulation of commercialization of synthetic biology products] 2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230320 PMID:38545975	评论	本文总结了合成生物产品在食品、医疗、农业、环境、能源和材料领域的应用情况，分析了其存在的安全风险，并梳理了欧美及中国在监管方面的现状，提出了加强安全监管的建议	提出了针对合成生物产品安全风险的全过程监管措施，包括分类审批、产品分类标识以及市场主体准入前的严格筛选和审批，以及入市后的安全监管和应急处理及事故责任调查	NA	探讨合成生物产品商业化过程中的安全监管问题	合成生物产品在多个领域的应用及其安全风险	NA	NA	合成生物技术	NA	NA	NA
56	2024-08-07	Synthetic Biology Meets Ca2+ Release-Activated Ca2+ Channel-Dependent Immunomodulation 2024-Mar-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13060468 PMID:38534312	综述	本文综述了合成生物学工具如何精确控制CRAC通道途径及其对免疫反应下游信号事件的影响	介绍了合成生物学在精确控制分子接近度和下游信号过程中的应用	NA	总结合成生物学工具在控制CRAC通道途径及其对免疫反应影响方面的应用	CRAC通道及其在免疫反应中的作用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
57	2024-08-07	Machine Learning to Predict Enzyme-Substrate Interactions in Elucidation of Synthesis Pathways: A Review 2024-Mar-07, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14030154 PMID:38535315	综述	本文综述了利用机器学习方法预测酶-底物相互作用以阐明合成途径的研究进展	采用基于人工智能的方法，如支持向量机、神经网络和决策树，显著减少了计算时间并覆盖了广泛的搜索空间	这些方法在处理大规模搜索空间时仍存在计算速度较慢的问题	探讨机器学习在预测酶-底物相互作用中的应用，以加速合成途径的阐明	酶-底物相互作用及其在合成生物学中的应用	机器学习	NA	支持向量机、神经网络、决策树	NA	NA	NA
58	2024-08-07	Enhancing 2-Pyrone Synthase Efficiency by High-Throughput Mass-Spectrometric Quantification and In Vitro/In Vivo Catalytic Performance Correlation 2024-03-01, Chembiochem : a European journal of chemical biology IF:2.6Q3 DOI:10.1002/cbic.202300849 PMID:38116888	研究论文	本研究通过高通量质谱定量方法筛选2-吡喃酮合酶（2PS）的新突变体，以提高三乙酸内酯（TAL）的生物合成效率	发现了两个突变体，其产率分别比野生型2PS提高了46倍和44倍，这是文献中报道的最高改进	NA	提高生物催化剂的效率，以从可再生资源中生产有价值的生物产品	2-吡喃酮合酶（2PS）的突变体筛选及其在细胞内催化性能的优化	代谢工程	NA	质谱	NA	生物化学数据	大量突变体
59	2024-08-07	Reconstitution of the Bacterial Glutamate Receptor Channel by Encapsulation of a Cell-Free Expression System 2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66595 PMID:38526087	研究论文	本文展示了一种在巨型单层脂质囊泡（GUVs）中重建细菌谷氨酸受体（GluR0）的方法，通过将无细胞表达系统封装并孵育在合成细胞内	本文创新性地利用无细胞表达系统，通过替换GluR0的N端信号肽为蛋白紫红质信号肽，成功实现了GluR0在混合GUVs膜中的共翻译转运	该方法目前仅限于模型膜蛋白GluR0的重建，未来需要验证其在其他膜蛋白重建中的适用性	旨在开发一种在合成细胞中重建膜蛋白的稳健方法	细菌谷氨酸受体（GluR0）及其在合成细胞膜中的重建	合成生物学	NA	无细胞表达系统	NA	NA	NA
60	2024-08-07	A universal molecular control for DNA, mRNA and protein expression 2024-Mar-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46456-9 PMID:38509097	研究论文	本文利用合成生物学原理，开发了一种名为pREF的多组学控制标准，可作为下一代测序和质谱方法的通用分子标准	pREF序列编码21个合成基因，可体外转录为插入mRNA控制，并体外翻译生成匹配的蛋白质控制，提供了DNA、RNA和肽检测的定性和定量准确性控制	NA	开发一种跨基因组学、转录组学和蛋白质组学方法的集成基因表达测量标准	DNA、mRNA和蛋白质表达的控制标准	基因组学	NA	下一代测序、质谱	NA	DNA、RNA、蛋白质	21个合成基因