合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-07	Model-guided metabolic rewiring to bypass pyruvate oxidation for pyruvate derivative synthesis by minimizing carbon loss 2024-Mar-19, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/msystems.00839-23 PMID:38315666	研究论文	本文通过基因组规模的代谢模型和约束基流平衡分析、几何流平衡分析及流变量分析，设计了一种微生物宿主，通过引入双歧分流途径，绕过丙酮酸氧化，从而提高丙酮酸衍生物的合成效率。	本研究通过动态控制流分布和适应性实验室进化，建立了一种新的葡萄糖培养细菌的代谢模式，以在有氧条件下最小化碳损失，并为生产丙酮酸衍生物的细胞设计提供了有价值的见解。	NA	旨在通过代谢重编程，提高微生物宿主合成丙酮酸衍生物的效率，同时最小化碳损失。	微生物宿主的代谢途径和基因表达调控。	合成生物学	NA	基因组规模代谢模型、约束基流平衡分析、几何流平衡分析、流变量分析	NA	代谢数据	约3,000个基因编码库
62	2024-08-07	Automated high-throughput DNA synthesis and assembly 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26967 PMID:38500977	综述	本文综述了DNA合成与组装技术的最新进展，重点介绍了自动化和高通量技术的发展及其在合成生物学中的应用	介绍了自动化液体处理工作站和集成实验设备的使用，提高了合成生物学领域的效率	NA	探讨DNA合成与组装技术的创新和改进	DNA合成与组装技术	合成生物学	NA	自动化液体处理	NA	DNA序列	NA
63	2024-08-07	Engineered mRNA-ribosome fusions for facile biosynthesis of selenoproteins 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2321700121 PMID:38442159	研究论文	本研究通过将核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）进行功能性融合，开发了一种新型策略来改进核糖体工程，以促进硒蛋白的生物合成	本研究首次提出了一种基于mRNA-rRNA融合的新型核糖体工程策略，即RiboU，通过将16S rRNA与硒半胱氨酸插入序列（SECIS）共价结合，实现了硒半胱氨酸（Sec）在蛋白质中的特定位点插入	NA	开发一种新型核糖体工程策略，以促进硒蛋白的生物合成	核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）的功能性融合	合成生物学	NA	mRNA-rRNA融合技术	NA	RNA	三种功能性目标硒蛋白
64	2024-08-07	Design and optimization of ε-poly-l-lysine with specific functions for diverse applications 2024-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129513 PMID:38262828	综述	本文综述了ε-聚-L-赖氨酸（ε-PL）的生产及其分子结构修饰的最新进展，重点讨论了提高ε-PL生产效率和多样性的挑战与解决方案	强调了ε-PL在食品保鲜和生物医学领域的应用潜力，并展望了通过合成生物学定制ε-PL分子结构的可能性	目前微生物合成ε-PL的效率受限于遗传工程和分子结构修饰的低效性	探讨ε-PL的生产优化及其在多领域应用中的分子结构修饰	ε-聚-L-赖氨酸及其衍生物	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
65	2024-08-07	Advancing the scale of synthetic biology via cross-species transfer of cellular functions enabled by iModulon engraftment 2024-Mar-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46486-3 PMID:38490991	研究论文	本研究通过机器学习分析大量转录组数据，识别出独立调节的基因集（iModulons），并展示了通过iModulon移植实现跨物种细胞功能的转移	首次通过iModulon移植实现了跨物种细胞功能的精确转移，包括生物转化和抗菌抵抗等复杂功能	NA	探索通过iModulon移植实现跨物种细胞功能转移的方法，并优化合成生物学中的菌株设计	细菌转录组数据和细胞功能转移	合成生物学	NA	机器学习	NA	转录组数据	涉及多种Pseudomonas物种和Escherichia coli
66	2024-08-07	Creating new-to-nature carbon fixation: A guide 2024-Mar, Metabolic engineering IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.ymben.2023.12.012 PMID:38160747	综述	本文提供了一种关于设计和实现新型自然碳固定途径的实用指南	介绍了合成CO固定途径，这些途径比自然途径（如CBB循环）更有效地捕获和转化CO	NA	旨在设计新的生物功能并扩展自然解决方案空间	新型自然碳固定途径	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
67	2024-08-07	Engineering mammalian cell growth dynamics for biomanufacturing 2024-Mar, Metabolic engineering IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.ymben.2024.01.006 PMID:38325641	研究论文	本文介绍了一种多层次的细胞工程策略，用于可调节的哺乳动物细胞生长阶段的控制	开发了一种结合“油门”和“刹车”系统的双可控系统，实现了哺乳动物细胞生长动态的动态和精确协调	NA	精确控制哺乳动物细胞生长动态，以提高生物制药制造	哺乳动物细胞	生物工程	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	NA
68	2024-08-07	Transitions in development - an interview with Nika Shakiba 2024-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202748 PMID:38421607	访谈	本文是对加拿大不列颠哥伦比亚大学Nika Shakiba的采访，她运用合成生物学技术研究干细胞竞争的基础	NA	NA	探讨Nika Shakiba的职业生涯及其如何将工程背景应用于干细胞研究	干细胞	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
69	2024-08-07	Edible mycelium bioengineered for enhanced nutritional value and sensory appeal using a modular synthetic biology toolkit 2024-Mar-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46314-8 PMID:38485948	研究论文	开发了一种用于Aspergillus oryzae的可食用真菌的模块化合成生物学工具包，以提高其营养价值和感官吸引力	首次开发了用于可食用真菌Aspergillus oryzae的模块化合成生物学工具包，并成功提高了其内部营养素和风味分子的含量	NA	通过合成生物学技术增强真菌食品的营养价值和感官吸引力	Aspergillus oryzae真菌	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑技术	NA	NA	NA
70	2024-08-07	Deep generative design of RNA family sequences 2024-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02148-8 PMID:38238559	研究论文	提出了一种名为RfamGen的深度生成模型，用于高效地设计功能性RNA家族序列	RfamGen通过整合对齐和共识二级结构信息，能够生成新颖且功能性的RNA家族序列	NA	开发一种自动化设计功能性RNA的平台	RNA家族序列	机器学习	NA	深度生成模型	深度生成模型	序列数据	使用了多种RNA家族进行实验验证
71	2024-08-07	Synthetic biological neural networks: From current implementations to future perspectives 2024-Mar, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2024.105164 PMID:38402944	综述	本文综述了合成生物神经网络（SYNBIONNs）的当前实现和模型，并探讨了其未来的发展前景和挑战	SYNBIONNs在医学、生物传感器、生物技术等领域的应用显示出巨大潜力	目前SYNBIONN的实现较为稀少，且主要依赖于在硅中预训练的神经网络和大量人工输入	探讨如何成功实现一个可扩展的、能够在线学习的体内生物神经网络	合成生物神经网络（SYNBIONNs）及其在不同领域的应用	生物技术	NA	NA	神经网络	NA	NA
72	2024-08-07	Towards overcoming obstacles of type II photodynamic therapy: Endogenous production of light, photosensitizer, and oxygen 2024-Mar, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2023.11.007 PMID:38486983	综述	本文综述了通过内源性生产光、光敏剂和氧气来克服传统光动力疗法（PDT）障碍的方法	利用合成生物学的进展，通过基因工程细胞内源性生产光、光敏剂和氧气，以提高PDT的效果	NA	探讨如何通过内源性生产光、光敏剂和氧气来克服PDT的障碍	光动力疗法中的光渗透限制、肿瘤对光敏剂的低摄取以及肿瘤微环境中氧气的缺乏	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
73	2024-08-07	Multifunctional 5-hydroxyconiferaldehyde O-methyltransferases (CAldOMTs) in plant metabolism 2024-Mar-14, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae011 PMID:38198655	综述	本文综述了多功能5-羟基松柏醛O-甲基转移酶（CAldOMT）在植物代谢中的作用及其相关蛋白质，并讨论了其在生物炼制、农业和合成生物学中的进化、分子机制和作用。	CAldOMTs在进化过程中发生了多次新功能化，产生了具有新颖催化活性和/或接受新底物的独特O-甲基转移酶（OMTs）。	NA	总结CAldOMTs及其相关蛋白质在植物代谢中的多方面作用，并探讨其在不同领域的应用。	CAldOMT酶及其在植物代谢中的作用。	植物代谢	NA	O-甲基转移酶（OMT）	NA	NA	NA
74	2024-08-07	Aggregation-Induced Emission Luminogens: A New Possibility for Efficient Visualization of RNA in Plants 2024-Mar-06, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants13050743 PMID:38475589	研究论文	本文探讨了利用聚集诱导发光分子（AIEgens）在植物中高效可视化RNA的新技术	首次将AIEgens技术应用于植物RNA成像，并结合点击化学和CRISPR/Cas13a系统进行精确RNA修饰	需要寻找一种特定的酶，该酶能以AIEgens为底物并通过点击化学反应将其修饰到目标RNA上	开发新的技术以提高植物RNA成像的效率和精确性	植物中的RNA	生物技术	NA	聚集诱导发光（AIE）	NA	NA	NA
75	2024-08-07	Promoter screening and identification for metabolic regulation in Acremonium chrysogenum 2024-Mar, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202300683 PMID:38479986	研究论文	本研究通过分析转录组数据，筛选并验证了27个候选启动子，用于提高Acremonium chrysogenum中头孢菌素C的生产	开发了一种快速筛选潜在双向启动子的方法，并利用Golden Gate方法将启动子模块与目标基因结合，成功提高了头孢菌素C的产量	NA	提高Acremonium chrysogenum中头孢菌素C的生产效率	Acremonium chrysogenum中的启动子筛选与代谢调控	合成生物学	NA	Golden Gate方法	NA	转录组数据	27个候选启动子
76	2024-08-07	Tuning capsid formation dynamics in recombinant adeno-associated virus producing synthetic cell lines to enhance full particle productivity 2024-Mar, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202400051 PMID:38479988	研究论文	本文开发了一种合成生物学平台，用于构建整合了关键病毒基因的细胞系，这些细胞系可以被诱导产生重组腺相关病毒（rAAV），无需质粒转染或病毒转导	通过调节基因组扩增和衣壳蛋白合成的动态，显著提高了全颗粒含量，同时保持了高生产力	NA	提高重组腺相关病毒的生产效率和全颗粒含量	重组腺相关病毒的生产细胞系	生物技术	NA	合成生物学	NA	生物数据	NA
77	2024-08-07	Applications of designer phage encoding recombinant gene payloads 2024-03, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.09.008 PMID:37833198	研究论文	本文讨论了通过基因工程将重组基因有效载荷编码到噬菌体基因组中，以在细菌宿主中表达，从而影响噬菌体与细菌相互作用的潜在结果	本文探讨了在噬菌体疗法中使用合成生物学和DNA测序技术的新应用，特别是在多药耐药感染的治疗方面	文中指出，异源基因有效载荷的识别及其在转化相关应用中对细菌或人类细胞的影响仍未得到充分探索	研究目的是探索和分类重组基因有效载荷在噬菌体基因工程中的潜在应用	研究对象包括噬菌体、细菌以及通过基因工程引入的重组基因有效载荷	合成生物学	NA	DNA测序	NA	基因组数据	NA
78	2024-08-07	Intellectual property and funding: fueling Chinese synbio 2024-03, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.10.012 PMID:37980185	研究论文	本文探讨了中国合成生物学领域中知识产权与资金支持的相互作用及其对创新和商业化的推动作用	强调知识产权与资金支持在中国合成生物学发展中的关键作用	NA	分析中国合成生物学领域的知识产权与资金支持的现状及其政策影响	中国合成生物学领域的知识产权与资金支持	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
79	2024-08-07	Machine Learning and Deep Learning in Synthetic Biology: Key Architectures, Applications, and Challenges 2024-Mar-05, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.3c05913 PMID:38463314	综述	本文综述了机器学习（ML）和深度学习（DL）在合成生物学中的关键架构、应用和挑战	探讨了ML和DL在合成生物学中的协同作用，如利用DNA合成生成大数据集训练模型，以及利用ML/DL模型指导设计	描述了ML/DL和合成生物学发展中遇到的挑战及其解决方案	旨在探讨机器学习和深度学习在合成生物学中的应用及其面临的挑战	主要研究对象包括生物系统中的途径、酶和整个细胞	合成生物学	NA	机器学习（ML），深度学习（DL）	人工神经网络（ANNs）	DNA数据，显微镜数据，蛋白质结构数据	NA
80	2024-08-07	Synthetic biology approach revealed enhancement in haeme oxygenase-1 gene expression by codon pair optimization while reduction by codon deoptimization 2024-Mar, Annals of medicine and surgery (2012) DOI:10.1097/MS9.0000000000001465 PMID:38463112	研究论文	本研究通过操纵密码子和密码子对偏倚，重新编码血红素氧合酶-1（HO-1）基因，以减少和增强HO-1基因表达，并评估了这些构建体在不同组织中的基因表达效果。	本研究首次通过密码子对优化和密码子去优化策略，有效调节HO-1基因表达，为基因治疗提供了新的方法。	本研究仅在实验室条件下评估了HO-1基因表达的调节效果，尚未进行临床试验验证其治疗效果。	研究旨在通过密码子使用偏倚和密码子对偏倚的操纵，调节HO-1基因表达，以治疗与HO-1表达失调相关的疾病。	研究对象为血红素氧合酶-1（HO-1）基因及其在脑、心、胰腺和肝脏中的表达。	合成生物学	NA	密码子使用分析	NA	基因序列	四个组织（脑、心、胰腺和肝脏）