合成生物学相关文章
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当前共找到 102 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
Aspergillus oryzae as a Cell Factory: Research and Applications in Industrial Production
2024-Mar-26, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof10040248
PMID:38667919
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综述 | 本文综述了利用Aspergillus oryzae作为细胞工厂在工业生产中的研究与应用进展 | 通过合成生物学和新型遗传工程技术，Aspergillus oryzae被认为是构建细胞工厂的理想候选 | 其复杂的分泌系统和蛋白质表达调控机制对表达多种异源产品构成挑战 | 探讨Aspergillus oryzae在工业生产中作为细胞工厂的应用 | Aspergillus oryzae的酶分泌系统及其在合成次级代谢物中的应用 | 生物技术 | NA | 合成生物学，遗传工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-07 |
Characterization of CYP82 genes involved in the biosynthesis of structurally diverse benzylisoquinoline alkaloids in Corydalis yanhusuo
2024-Mar-07, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-023-01397-7
PMID:38453737
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研究论文 | 本研究探讨了CYP82基因在Corydalis yanhusuo中苯并异喹啉生物碱（BIAs）生物合成中的催化功能 | 首次鉴定并表征了Corydalis yanhusuo中的CyCYP82基因，这些基因在BIAs的合成生物学中具有重要作用 | NA | 研究CYP82基因在苯并异喹啉生物碱生物合成中的作用 | Corydalis yanhusuo中的CYP82基因及其在BIAs生物合成中的功能 | 生物化学 | NA | 基因克隆 | NA | 基因序列 | 20个CyCYP82编码基因 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-07 |
A general model for predicting enzyme functions based on enzymatic reactions
2024-Mar-31, Journal of cheminformatics
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13321-024-00827-y
PMID:38556873
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研究论文 | 本文介绍了一种基于BERT的多分类模型BEC-Pred，用于预测与反应相关的酶委员会（EC）编号 | BEC-Pred模型利用迁移学习，通过分析底物和产物的SMILES序列，实现了对广泛酶委员会（EC）编号的精确预测 | NA | 开发一种高效准确的模型来预测酶的功能 | 酶的功能预测 | 机器学习 | NA | BERT | BERT | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-07 |
GraphKM: machine and deep learning for KM prediction of wildtype and mutant enzymes
2024-Mar-28, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05746-1
PMID:38549073
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习框架PaddlePaddle的机器和深度学习方法GraphKM，用于预测野生型和突变酶的Michaelis常数K | GraphKM结合了图神经网络（GNN）、全连接层和梯度提升框架，通过分子图和预训练的基于transformer的语言模型来表示底物和酶，以构建模型输入 | 现有的机器和深度学习模型仅限于特定酶，如少数酶或野生型酶 | 提高酶动力学研究的步伐，通过预测K值来替代耗时且困难的实验测量 | 野生型和突变酶的Michaelis常数K | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图神经网络（GNN）、全连接层、梯度提升框架 | 分子图、文本 | 独立K数据集HXKm | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-07 |
Mining Biosynthetic Gene Clusters of Pseudomonas vancouverensis Utilizing Whole Genome Sequencing
2024-Mar-09, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms12030548
PMID:38543599
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研究论文 | 本文通过全基因组测序技术挖掘了Pseudomonas vancouverensis中的生物合成基因簇，以发现新的天然产物农药 | 利用antiSMASH 7.0、PRISM 4和BAGEL 4工具挖掘细菌基因组中的次级代谢物生物合成基因簇，预测了多种新型天然产物 | 需要进一步研究这些化合物在抗真菌活性方面的生物技术潜力 | 探索微生物来源的次级代谢物在农药开发中的应用 | Pseudomonas vancouverensis细菌及其生物合成基因簇 | 数字病理学 | NA | 全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 单一细菌菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-07 |
Genomic Insights and Synthetic Biology Applications of Marine Actinomycete Streptomyces griseoincarnatus HNS054
2024-Mar-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063127
PMID:38542100
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研究论文 | 本文研究了海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054的基因组特征及其在合成生物学中的应用 | 成功改造HNS054以提高aborycin和actinorhodin的产量 | NA | 开发新型海洋来源药物和其他有价值的化合物 | 海洋放线菌Streptomyces griseoincarnatus HNS054 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | 基因组 | HNS054菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-07 |
[Construction of synthetic microbial community and its application in polyhydroxyalkanoate biosynthesis]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230483
PMID:38545973
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综述 | 本文综述了合成微生物群落的设计原则、构建方法及其在聚羟基脂肪酸酯（PHA）生物合成中的应用 | 合成微生物群落是合成生态学的核心研究方向和合成生物学的新兴前沿，需要设计微生物相互作用、空间组织、鲁棒性维护和生物遏制等策略 | NA | 探讨合成微生物群落在PHA生物合成中的应用，旨在降低PHA生产成本 | 合成微生物群落及其在PHA生物合成中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-07 |
[Advances in fermentative production of L-tryptophan: a review]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230404
PMID:38545968
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综述 | 本文综述了L-色氨酸的发酵生产及其生物合成代谢和调控机制的最新进展 | 介绍了通过实验室适应性进化等非理性设计方法改进L-色氨酸生产菌株性能的研究 | L-色氨酸在微生物细胞中的代谢途径长且调控机制复杂不明确，导致生产效率和菌株稳健性低 | 总结L-色氨酸生物合成代谢及其调控、生产菌株的构建与优化以及发酵生产的最新进展，并展望未来发展方向 | L-色氨酸及其生产菌株 | NA | NA | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-07 |
[Reflections on the safety regulation of commercialization of synthetic biology products]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230320
PMID:38545975
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评论 | 本文总结了合成生物产品在食品、医疗、农业、环境、能源和材料领域的应用情况，分析了其存在的安全风险，并梳理了欧美及中国在监管方面的现状，提出了加强安全监管的建议 | 提出了针对合成生物产品安全风险的全过程监管措施，包括分类审批、产品分类标识以及市场主体准入前的严格筛选和审批，以及入市后的安全监管和应急处理及事故责任调查 | NA | 探讨合成生物产品商业化过程中的安全监管问题 | 合成生物产品在多个领域的应用及其安全风险 | NA | NA | 合成生物技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-07 |
Machine Learning to Predict Enzyme-Substrate Interactions in Elucidation of Synthesis Pathways: A Review
2024-Mar-07, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo14030154
PMID:38535315
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综述 | 本文综述了利用机器学习方法预测酶-底物相互作用以阐明合成途径的研究进展 | 采用基于人工智能的方法，如支持向量机、神经网络和决策树，显著减少了计算时间并覆盖了广泛的搜索空间 | 这些方法在处理大规模搜索空间时仍存在计算速度较慢的问题 | 探讨机器学习在预测酶-底物相互作用中的应用，以加速合成途径的阐明 | 酶-底物相互作用及其在合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 支持向量机、神经网络、决策树 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-07 |
Enhancing 2-Pyrone Synthase Efficiency by High-Throughput Mass-Spectrometric Quantification and In Vitro/In Vivo Catalytic Performance Correlation
2024-03-01, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202300849
PMID:38116888
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研究论文 | 本研究通过高通量质谱定量方法筛选2-吡喃酮合酶（2PS）的新突变体，以提高三乙酸内酯（TAL）的生物合成效率 | 发现了两个突变体，其产率分别比野生型2PS提高了46倍和44倍，这是文献中报道的最高改进 | NA | 提高生物催化剂的效率，以从可再生资源中生产有价值的生物产品 | 2-吡喃酮合酶（2PS）的突变体筛选及其在细胞内催化性能的优化 | 代谢工程 | NA | 质谱 | NA | 生物化学数据 | 大量突变体 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-07 |
Empowering Protein Engineering through Recombination of Beneficial Substitutions
2024-Mar-15, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202303889
PMID:38288640
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综述 | 本文综述了通过重组有益替换来增强蛋白质工程潜力的实验和计算机辅助方法 | 强调了集成和机器学习引导策略在生成具有更好多样性、覆盖范围和大小的筛选库中的作用 | NA | 探讨如何通过重组方法实现单个有益替换的潜在增强 | 蛋白质工程中的重组方法 | 生物工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-07 |
Mid-Long Chain Dicarboxylic Acid Production via Systems Metabolic Engineering: Progress and Prospects
2024-Mar-20, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c00002
PMID:38442481
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研究论文 | 本文探讨了通过系统代谢工程策略在不同底盘中合成中长链二羧酸的方法 | 利用系统生物学、合成生物学和进化工程的新工具，实现能源密集型生物燃料的可持续生产 | NA | 探索中长链二羧酸的可持续生产方法，并讨论该领域的未来挑战 | 中长链二羧酸的生产 | 合成生物学 | NA | 系统代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-07 |
Automated high-throughput DNA synthesis and assembly
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26967
PMID:38500977
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综述 | 本文综述了DNA合成与组装技术的最新进展，重点介绍了自动化和高通量技术的发展及其在合成生物学中的应用 | 介绍了自动化液体处理工作站和集成实验设备的使用，提高了合成生物学领域的效率 | NA | 探讨DNA合成与组装技术的创新和改进 | DNA合成与组装技术 | 合成生物学 | NA | 自动化液体处理 | NA | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-07 |
Engineered mRNA-ribosome fusions for facile biosynthesis of selenoproteins
2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2321700121
PMID:38442159
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研究论文 | 本研究通过将核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）进行功能性融合，开发了一种新型策略来改进核糖体工程，以促进硒蛋白的生物合成 | 本研究首次提出了一种基于mRNA-rRNA融合的新型核糖体工程策略，即RiboU，通过将16S rRNA与硒半胱氨酸插入序列（SECIS）共价结合，实现了硒半胱氨酸（Sec）在蛋白质中的特定位点插入 | NA | 开发一种新型核糖体工程策略，以促进硒蛋白的生物合成 | 核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）的功能性融合 | 合成生物学 | NA | mRNA-rRNA融合技术 | NA | RNA | 三种功能性目标硒蛋白 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-07 |
Design and optimization of ε-poly-l-lysine with specific functions for diverse applications
2024-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129513
PMID:38262828
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综述 | 本文综述了ε-聚-L-赖氨酸（ε-PL）的生产及其分子结构修饰的最新进展，重点讨论了提高ε-PL生产效率和多样性的挑战与解决方案 | 强调了ε-PL在食品保鲜和生物医学领域的应用潜力，并展望了通过合成生物学定制ε-PL分子结构的可能性 | 目前微生物合成ε-PL的效率受限于遗传工程和分子结构修饰的低效性 | 探讨ε-PL的生产优化及其在多领域应用中的分子结构修饰 | ε-聚-L-赖氨酸及其衍生物 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-07 |
Creating new-to-nature carbon fixation: A guide
2024-Mar, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2023.12.012
PMID:38160747
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综述 | 本文提供了一种关于设计和实现新型自然碳固定途径的实用指南 | 介绍了合成CO固定途径，这些途径比自然途径（如CBB循环）更有效地捕获和转化CO | NA | 旨在设计新的生物功能并扩展自然解决方案空间 | 新型自然碳固定途径 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-07 |
Engineering mammalian cell growth dynamics for biomanufacturing
2024-Mar, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2024.01.006
PMID:38325641
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研究论文 | 本文介绍了一种多层次的细胞工程策略，用于可调节的哺乳动物细胞生长阶段的控制 | 开发了一种结合“油门”和“刹车”系统的双可控系统，实现了哺乳动物细胞生长动态的动态和精确协调 | NA | 精确控制哺乳动物细胞生长动态，以提高生物制药制造 | 哺乳动物细胞 | 生物工程 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-07 |
Synthetic biological neural networks: From current implementations to future perspectives
2024-Mar, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2024.105164
PMID:38402944
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综述 | 本文综述了合成生物神经网络（SYNBIONNs）的当前实现和模型，并探讨了其未来的发展前景和挑战 | SYNBIONNs在医学、生物传感器、生物技术等领域的应用显示出巨大潜力 | 目前SYNBIONN的实现较为稀少，且主要依赖于在硅中预训练的神经网络和大量人工输入 | 探讨如何成功实现一个可扩展的、能够在线学习的体内生物神经网络 | 合成生物神经网络（SYNBIONNs）及其在不同领域的应用 | 生物技术 | NA | NA | 神经网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-07 |
Towards overcoming obstacles of type II photodynamic therapy: Endogenous production of light, photosensitizer, and oxygen
2024-Mar, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2023.11.007
PMID:38486983
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综述 | 本文综述了通过内源性生产光、光敏剂和氧气来克服传统光动力疗法（PDT）障碍的方法 | 利用合成生物学的进展，通过基因工程细胞内源性生产光、光敏剂和氧气，以提高PDT的效果 | NA | 探讨如何通过内源性生产光、光敏剂和氧气来克服PDT的障碍 | 光动力疗法中的光渗透限制、肿瘤对光敏剂的低摄取以及肿瘤微环境中氧气的缺乏 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |