合成生物学相关文章
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当前共找到 79 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-06-24 |
Logical regulation of endogenous gene expression using programmable, multi-input processing CRISPR guide RNAs
2024-Aug-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae549
PMID:38943344
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研究论文 | 本研究开发了一种基于CRISPR-Cas系统的条件性gRNA调控方法，用于精确控制内源基因表达 | 设计了可编程的多输入逻辑处理gRNA，实现了高达130倍的动态范围调控，并成功应用于代谢基因和细胞骨架基因的调控 | 目前仅在Escherichia coli中验证，在其他宿主生物中的兼容性需要进一步验证 | 开发一种精确调控内源基因表达的方法 | Escherichia coli的内源基因(lacZ, malT, poxB, ftsZ, mreB) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统，RNA合成生物学 | dCas9调节器 | NA | NA |
| 2 | 2025-06-07 |
Highly flexible cell membranes are the key to efficient production of lipophilic compounds
2024-08, Journal of lipid research
IF:5.0Q1
DOI:10.1016/j.jlr.2024.100597
PMID:39029799
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综述 | 本文综述了利用膜工程技术构建高柔性细胞膜以高效生产脂溶性化合物的策略 | 总结了两种主要的细胞膜修饰方法：构建脂溶性化合物的人工储存区室和改造细胞膜结构以促进产物外流 | 未提及具体实验数据或案例研究 | 实现脂溶性化合物的高效生产 | 微生物细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 膜工程技术 | NA | NA | NA |
| 3 | 2025-06-01 |
The BioRECIPE Knowledge Representation Format
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00096
PMID:39051984
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research paper | 介绍了BioRECIPE知识表示格式，旨在标准化和促进人机交互，用于创建、验证、评估、管理和扩展细胞内和细胞间信号传导的可执行模型 | BioRECIPE格式能够同时支持人类用户预览和修改模型组件，同时机器可读，并兼容多种表示格式、自然语言处理工具、建模工具和数据库 | NA | 标准化和促进人机交互，用于创建、验证、评估、管理和扩展细胞内和细胞间信号传导的可执行模型 | 细胞内和细胞间信号传导的可执行模型 | systems and synthetic biology | NA | NA | NA | knowledge representation format | NA |
| 4 | 2025-06-01 |
ShuffleAnalyzer: A Comprehensive Tool to Visualize DNA Shuffling
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00251
PMID:38991172
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research paper | 介绍了一个名为ShuffleAnalyzer的Python工具，用于可视化和分析DNA shuffling结果 | 提供直接图形化输出，支持DNA shuffling和肽插入的同步分析与可视化 | 未提及具体性能指标或与其他工具的对比 | 开发一个用户友好的工具，以简化DNA shuffling结果的分析和可视化 | DNA shuffling生成的合成DNA和肽插入 | synthetic biology | NA | DNA shuffling | NA | DNA序列数据 | NA |
| 5 | 2025-06-01 |
Designing a Novel Temperature- and Noncanonical Amino Acid-Controlled Biological Logic Gate in Escherichia coli
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00423
PMID:39110782
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研究论文 | 本研究设计了一种新型的温度和非经典氨基酸控制的生物逻辑门 | 利用外源aaRS/tRNA对在高温下对细胞ATP的高消耗率诱导的基因表达温度敏感性，构建了一种新型的生物AND门 | 对外源aaRS/tRNA对的潜在副作用了解有限 | 探索外源aaRS/tRNA对基因表达的影响并构建新型生物逻辑门 | 大肠杆菌DH10β Δ | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展(GCE) | NA | NA | NA |
| 6 | 2025-05-31 |
Construction of a Calibration Curve for Lycopene on a Liquid-Handling Platform─Wider Lessons for the Development of Automated Dilution Protocols
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00031
PMID:39096303
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研究论文 | 本文介绍了在伦敦生物铸造厂SynbiCITE进行的一项研究，从构建番茄红素在二甲基亚砜（DMSO）中的校准曲线的角度探讨了液体处理及其可靠自动化 | 开发了灵活的液体处理方法，可推广到其他自动化应用，并通过番茄红素/DMSO这一难混合体系揭示了自动化液体处理协议的问题并进行了压力测试 | 研究主要集中在番茄红素/DMSO这一特定体系，可能对其他体系的普适性有待验证 | 开发可靠的液体处理自动化方法，提高合成生物学实验的吞吐量和可重复性 | 番茄红素在二甲基亚砜（DMSO）中的校准曲线构建 | 合成生物学 | NA | 液体处理自动化技术 | 基于回归的实用框架 | 实验数据 | NA |
| 7 | 2025-05-31 |
Towards Self-regeneration: Exploring the Limits of Protein Synthesis in the Protein Synthesis Using Recombinant Elements (PURE) Cell-free Transcription-Translation System
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00304
PMID:39066734
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研究论文 | 探索在PURE无细胞转录翻译系统中蛋白质合成的自我再生极限 | 显著降低非核糖体PURE蛋白质浓度达97.3%，同时提高蛋白质合成效率，并发现6%右旋糖酐在高度稀释的PURE配方中能显著增加蛋白质合成速率和总产量 | 未明确提及具体局限性 | 开发支持蛋白质自我再生的无细胞合成生物学系统，为构建通用生化构造器和活体合成细胞迈出关键一步 | PURE无细胞转录翻译系统中的蛋白质合成 | 合成生物学 | NA | PURE无细胞转录翻译系统 | NA | NA | NA |
| 8 | 2025-05-31 |
Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00091
PMID:39047143
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review | 本文总结了人工智能在逆合成和逆生物合成路径设计中的应用进展 | 探讨了人工智能在推动绿色化学和环境友好型生物生产中的新前沿 | 讨论了该领域的局限性和未来研究方向 | 促进与绿色化学更契合的生物生产，提升环境实践 | 逆合成和逆生物合成路径设计 | synthetic biology | NA | AI-based methods | generative models | chemical data | NA |
| 9 | 2025-05-31 |
Functional Modification of Cyanobacterial Phycobiliprotein and Phycobilisomes through Bilin Metabolism Control
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00094
PMID:39038807
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研究论文 | 本研究通过调控藻胆蛋白和藻胆体的胆色素代谢，实现了对淡水蓝藻7942 PEB1菌株的光合作用适应性的工程改造 | 开发了一种新型的PEB1菌株，能够通过精细调控PEB生物合成实现培养物颜色的可逆变化，并揭示了部分PCB-to-PEB替代形成稳定嵌合藻胆体复合物的机制 | 未对工程菌株在自然环境中的适应性和稳定性进行全面评估 | 研究藻胆体在不同光环境下的适应机制及其在合成生物学和可再生能源中的应用潜力 | 淡水蓝藻PCC 7942及其工程菌株PEB1 | 合成生物学 | NA | 基因工程、异源表达PEB合成酶(PebA和PebB) | NA | NA | NA |
| 10 | 2025-05-31 |
Toward Practical Applications of Engineered Living Materials with Advanced Fabrication Techniques
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00259
PMID:39002162
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综述 | 本文综述了工程活材料(ELMs)的制备方法、特性及其在医疗、环境保护和制造等领域的应用 | 将合成生物学与材料科学相结合，创造出具有自修复、自复制和环境适应性的动态响应材料 | NA | 探讨ELMs的制备技术及其实际应用潜力 | 工程活材料(ELMs) | 材料科学 | NA | 3D生物打印、电纺丝 | NA | NA | NA |
| 11 | 2025-05-31 |
Development of a Recombineering System for the Acetogen Eubacterium limosum with Cas9 Counterselection for Markerless Genome Engineering
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00253
PMID:39033464
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研究论文 | 开发了一种基于Cas9反选择的Recombineering系统，用于无标记基因组工程改造Eubacterium limosum | 利用RecT重组酶开发了高效的寡核苷酸重组系统，结合Cas9反选择实现无疤痕和无标记的基因组点突变 | NA | 开发一种快速精确的基因组修饰系统，以促进Eubacterium limosum的合成生物学和代谢工程研究 | Eubacterium limosum | 合成生物学 | NA | Recombineering, Cas9 counterselection | NA | 基因组数据 | NA |
| 12 | 2025-05-31 |
Chloroplast Cell-Free Systems from Different Plant Species as a Rapid Prototyping Platform
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00117
PMID:39028299
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研究论文 | 本文介绍了一种从多种植物物种中提取高活性叶绿体无细胞基因表达(CFE)系统的通用协议，用于快速原型设计和基因表达调控序列的详细表征 | 开发了一种跨物种兼容的叶绿体无细胞基因表达系统，支持使用T7 RNA聚合酶和叶绿体内源聚合酶，实现了对调控序列在转录和翻译水平的详细表征 | NA | 开发快速原型设计工具以促进植物合成生物学发展，应对气候变化对农业的威胁 | 小麦(单子叶植物)、菠菜和杨树(双子叶植物)的叶绿体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达(CFE)系统 | NA | 基因表达数据 | 23个5'UTR、10个3'UTR和6个叶绿体启动子 |
| 13 | 2025-05-31 |
Engineering a Novel Probiotic Toolkit in Escherichia coli Nissle 1917 for Sensing and Mitigating Gut Inflammatory Diseases
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00036
PMID:39115381
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研究论文 | 本研究开发了一种基于工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917的系统，用于感知和缓解肠道炎症性疾病 | 开发了一个模块化系统，包含炎症生物标志物传感器、分泌系统和治疗性纳米抗体库，并首次在EcN中表征了所采用的分泌系统 | 系统对NO的敏感性有所降低 | 开发一种靶向特异性系统来潜在治疗炎症性肠病(IBD) | 工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917 (EcN) | 合成生物学 | 炎症性肠病(IBD) | 酶联免疫吸附试验(ELISA)和体外试验 | 数学框架用于评估工程益生菌系统的关键参数 | 实验数据 | NA |
| 14 | 2025-05-29 |
Synthetic biology toolkit of Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator)
2024-Aug-29, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13284-2
PMID:39207499
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review | 本文综述了目前可用于改造和增强Ralstonia eutropha生物生产的不同合成生物学技术 | 开发一个合成生物学工具包，赋予Ralstonia eutropha菌株新的能力，用于新颖应用 | NA | 增强Ralstonia eutropha的生物生产能力，用于生产新型生物产品 | Ralstonia eutropha（Cupriavidus necator） | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
| 15 | 2025-05-08 |
A molecular proximity sensor based on an engineered, dual-component guide RNA
2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553235
PMID:37645782
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研究论文 | 本文介绍了一种名为'P3编辑'的策略，通过工程化的双组分引导RNA将蛋白质-蛋白质接近性连接到功能性CRISPR-Cas9系统的形成 | 提出了一种将蛋白质-蛋白质接近性与CRISPR-Cas9基因组编辑功能连接的新策略，增强了基因组编辑的可控性 | NA | 开发可编程的合成分子电路，将分子事件（如蛋白质相互作用）与基因组编辑联系起来 | 人类细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用和化学诱导的二聚化 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, 基础编辑, 主要编辑 | NA | 分子相互作用数据 | NA |
| 16 | 2025-04-04 |
Polymerase-Based Signal Delay for Temporally Regulating DNA Involved Reactions, Programming Dynamic Molecular Systems, and Biomimetic Sensing
2024-08, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202400142
PMID:38676334
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研究论文 | 本研究通过DNA聚合酶（DNAP）的信号延迟技术，实现了对DNA参与反应的时空调控，编程动态分子系统及仿生传感 | 首次通过分子动力学模拟分析和荧光测定表征DNAP的催化活性，并开发了包括引入引物悬垂、使用抑制试剂和改变DNA模板长度等新策略，实现了信号链释放的延迟 | 研究主要局限于体外实验，尚未在活体系统中验证其应用效果 | 探索DNAP催化反应在时空调控DNA参与反应、动态分子信号建立及目标基因多重检测中的应用 | DNA聚合酶（DNAP）及其催化的DNA链置换反应 | 合成生物学 | NA | 分子动力学模拟分析、荧光测定 | NA | 分子信号数据 | NA |
| 17 | 2025-04-04 |
Synthetic Cells from Droplet-Based Microfluidics for Biosensing and Biomedical Applications
2024-08, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202400086
PMID:38563581
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综述 | 本文综述了基于液滴微流控技术制备合成细胞的最新研究进展及其在生物传感和生物医学应用中的潜力 | 结合微流控技术与自下而上的合成生物学，实现了从简单结构到更高层次结构的批量合成细胞模型的可重复和可调构建 | 合成细胞研究的挑战和未来发展仍需进一步探讨 | 探讨合成细胞的制备及其在生物传感和生物医学领域的应用 | 合成细胞，包括脂质囊泡（脂质体）、聚合物囊泡（聚合物体）、凝聚微滴和胶体体 | 生物医学工程 | NA | 液滴微流控技术 | NA | NA | NA |
| 18 | 2025-03-15 |
Cyberbiosecurity: Advancements in DNA-based information security
2024-Aug, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2024.06.002
PMID:40078663
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综述 | 本文探讨了合成生物学在信息安全和生物安全领域的新应用，特别是DNA作为信息存储和读取媒介的潜力及其带来的网络生物安全威胁 | 提出了DNA作为信息存储媒介的新应用，并探讨了由此引发的网络生物安全问题 | 主要集中于理论探讨，缺乏具体的实验数据或案例研究 | 为网络生物安全研究提供理论支持，并提高对信息安全、生物安全和国家安全风险的认识 | DNA作为信息存储和读取媒介的应用及其安全威胁 | 合成生物学 | NA | DNA合成与测序 | NA | DNA序列 | NA |
| 19 | 2025-03-01 |
De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire
2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.12.575267
PMID:38293112
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研究论文 | 本文探讨了设计的新型小型结合蛋白（minibinders）在细胞工程工具中的应用潜力 | 展示了小型结合蛋白LCB1在下一代蛋白水解受体SNIPR和嵌合抗原受体（CAR）中的广泛应用，相比传统抗体具有更快的生产周期和独特的靶向特性 | 研究主要集中于SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体，未广泛测试其他抗原 | 探索小型结合蛋白在细胞工程工具中的通用性和应用潜力 | SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体 | 合成生物学 | COVID-19 | 蛋白质设计 | NA | 蛋白质序列和功能数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 20 | 2025-02-13 |
Biocatalytic enantioselective C(sp3)-H fluorination enabled by directed evolution of non-haem iron enzymes
2024-Aug, Nature synthesis
DOI:10.1038/s44160-024-00536-2
PMID:39925872
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研究论文 | 本文通过定向进化改造植物来源的非血红素酶1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶（ACCO），实现了非天然的立体选择性C(sp)-H氟化反应 | 首次成功将非血红素Fe卤化酶转化为氟化酶，并通过定向进化显著提高了酶的活性、化学选择性和立体选择性 | 研究中几乎所有有益突变都远离Fe中心，强调了底物通道工程在非血红素Fe生物催化中的重要性 | 开发新的生物催化氟化反应，以解决自然界中C-F键形成酶活性稀缺的问题 | 非血红素Fe酶ACCO及其定向进化产物 | 合成生物学 | NA | 定向进化 | NA | NA | NA |