合成生物学相关文章
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当前共找到 78 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-08 |
De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire
2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.12.575267
PMID:38293112
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研究论文 | 本研究探索了从头设计的微型结合蛋白在合成生物学传感工具中的通用性 | 首次证明微型结合蛋白可适配多种细胞工程工具，相比传统抗体具有独特表位靶向能力和更快生产周期 | 研究主要聚焦于SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体，未广泛测试其他抗原靶点 | 扩展合成生物学抗原传感工具库，开发新型细胞工程平台 | 微型结合蛋白、合成受体、工程化T细胞 | 合成生物学 | COVID-19 | 蛋白质设计、细胞工程 | NA | 实验数据 | NA | synNotch, SNIPR, CAR | 哺乳动物细胞, T细胞 | 合成受体、抗原传感器、细胞毒性响应回路 | 医学 |
| 2 | 2025-10-05 |
Computational tools for plant genomics and breeding
2024-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2578-6
PMID:38676814
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综述 | 本文综述了植物基因组学和作物育种领域的计算工具及其应用进展 | 整合高通量测序与数据科学技术，在基因组组装、注释和表观遗传分析等方面取得突破，并推动作物复杂性状遗传解析、比较基因组学及深度学习生物序列设计三大发展方向 | NA | 探讨计算工具在植物基因组学与育种中的应用与发展方向 | 植物基因组与作物育种技术 | 生物信息学 | NA | 高通量测序, 深度学习 | 深度学习 | 基因组数据, 表观遗传数据, 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 3 | 2025-10-05 |
Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling
2024-Aug, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151
PMID:38823314
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综述 | 探讨如何利用系统生物学和合成生物学方法协调植物激素信号传导以优化植物生长、发育与环境响应 | 整合系统生物学、单细胞测序与合成生物学方法解析基因多效性现象 | NA | 开发协调植物生长、发育与环境响应的基因工程策略 | 植物激素信号传导网络与基因多效性现象 | 合成生物学 | NA | 单细胞测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR | 植物 | 激素信号传导通路模块 | 农业 |
| 4 | 2025-10-05 |
Biocatalytic enantioselective C(sp3)-H fluorination enabled by directed evolution of non-haem iron enzymes
2024-Aug, Nature synthesis
DOI:10.1038/s44160-024-00536-2
PMID:39925872
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研究论文 | 通过定向进化改造非血红素铁酶实现生物催化的对映选择性C(sp3)-H氟化反应 | 首次成功将植物来源的非血红素酶ACCO重新设计为氟化酶，实现了天然酶不具备的C-F键形成功能 | NA | 开发新型生物催化氟化反应，解决不对称C-H氟化的合成难题 | 非血红素铁酶ACCO及其突变体 | 合成生物学 | NA | 定向进化，计算研究 | NA | 酶活性数据，计算化学数据 | NA | 定向进化 | NA | NA | 医药，工业生物技术 |
| 5 | 2025-10-05 |
LIM-domain-only 4 (LMO4) enhances CD8+ T-cell stemness and tumor rejection by boosting IL-21-STAT3 signaling
2024-08-09, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01915-z
PMID:39117617
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研究论文 | 本研究通过CRISPR激活筛选发现LMO4能增强CD8+ T细胞的干性特征和抗肿瘤能力，并通过合成生物学方法验证其作用机制 | 首次发现LMO4通过增强IL-21-STAT3信号通路来促进CD8+ T细胞干性，并开发了新的合成生物学工具 | 研究主要基于动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索增强CD8+ T细胞干性特征以改善T细胞免疫疗法效果的策略 | CD8+ T细胞及其干细胞样记忆T细胞亚群 | 合成生物学 | 肿瘤 | CRISPR激活筛选, CRISPR/Cas9基因编辑, 合成生物学方法 | NA | 基因表达数据, 细胞功能实验数据 | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 哺乳动物细胞 | LMO4过表达系统 | 医学 |
| 6 | 2025-10-05 |
Functional Modification of Cyanobacterial Phycobiliprotein and Phycobilisomes through Bilin Metabolism Control
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00094
PMID:39038807
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研究论文 | 通过调控藻胆素代谢对蓝藻藻胆蛋白和藻胆体进行功能改造 | 构建了具有精细调控PEB生物合成能力的新型蓝藻菌株PEB1，首次实现可逆的PCB-to-PEB替换并形成稳定的嵌合藻胆体复合物 | 未详细评估工程菌株在自然环境中长期遗传稳定性 | 研究藻胆体在光适应中的结构功能关系及其在合成生物学中的应用 | 淡水蓝藻PCC 7942及其工程改造菌株PEB1 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、蛋白表达调控 | NA | 光谱数据、蛋白复合物分析 | 工程菌株PEB1及其对照 | 异源基因表达 | 蓝藻 | PEB生物合成通路（PebA和PebB酶的可控表达） | 可再生能源, 生物工程 |
| 7 | 2025-10-05 |
Logical regulation of endogenous gene expression using programmable, multi-input processing CRISPR guide RNAs
2024-Aug-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae549
PMID:38943344
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研究论文 | 开发基于可编程多输入处理CRISPR引导RNA的内源基因逻辑调控系统 | 设计条件性gRNA实现高达130倍动态范围和三输入逻辑门(A OR (B AND C))的基因调控 | 未在其他Cas效应器或宿主生物中全面验证系统兼容性 | 实现内源基因的精确逻辑调控以控制代谢过程和细胞形态 | 大肠杆菌内源代谢基因(lacZ、malT、poxB)和细胞骨架基因(ftsZ、mreB) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统, RNA合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 逻辑门电路(包括三输入逻辑门A OR (B AND C)和三种两输入逻辑门), 生物传感器 | 工业生物技术 |
| 8 | 2025-10-05 |
Highly flexible cell membranes are the key to efficient production of lipophilic compounds
2024-08, Journal of lipid research
IF:5.0Q1
DOI:10.1016/j.jlr.2024.100597
PMID:39029799
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综述 | 本文总结了通过细胞膜工程策略构建高柔性细胞膜以促进脂溶性化合物高效生产的研究进展 | 系统归纳了通过构建人工储存区室和改造细胞膜结构两种主要策略增强细胞膜柔性的创新方法 | NA | 探索通过细胞膜工程突破脂溶性化合物生产上限的有效策略 | 微生物细胞工厂中的细胞膜工程 | 合成生物学 | NA | 膜工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物细胞 | NA | 工业生物技术, 医药 |
| 9 | 2025-10-05 |
The BioRECIPE Knowledge Representation Format
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00096
PMID:39051984
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研究论文 | 介绍BioRECIPE知识表示格式，用于标准化和促进人类与机器在创建、验证和执行细胞内外信号传导可执行模型时的交互 | 开发了一种同时支持人类可读和机器可处理的新型知识表示格式，实现模型组件的便捷预览和修改 | NA | 为系统和合成生物学社区提供标准化的知识表示格式 | 细胞内外信号传导的可执行模型 | 合成生物学 | NA | 知识表示格式 | NA | 模型数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 10 | 2025-10-05 |
ShuffleAnalyzer: A Comprehensive Tool to Visualize DNA Shuffling
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00251
PMID:38991172
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研究论文 | 开发了一个名为ShuffleAnalyzer的综合性工具，用于可视化DNA改组分析结果 | 首个提供直接图形化输出的DNA改组分析工具，同时支持肽插入的分析和可视化 | NA | 开发一个用户友好的DNA改组分析可视化工具 | DNA改组产生的嵌合序列和肽插入 | 合成生物学 | NA | DNA改组技术 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 基因治疗, 合成生物学 |
| 11 | 2025-10-05 |
Designing a Novel Temperature- and Noncanonical Amino Acid-Controlled Biological Logic Gate in Escherichia coli
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00423
PMID:39110782
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研究论文 | 本研究在大肠杆菌中设计了一种新型温度和非常规氨基酸控制的生物逻辑门 | 利用外源aaRS/tRNA对在高温下引起的温度敏感性，构建了响应BzF和低温的双输入AND逻辑门 | 对外源aaRS/tRNA对的潜在副作用了解有限 | 研究外源aaRS/tRNA对基因表达的影响并构建生物逻辑门 | 大肠杆菌DH10β Δ菌株 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展技术、双杂交系统 | NA | 基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | AND逻辑门、利用分支酸变位酶和腺苷酸环化酶分裂亚基构建的传感系统 | 工业生物技术 |
| 12 | 2025-10-05 |
Construction of a Calibration Curve for Lycopene on a Liquid-Handling Platform─Wider Lessons for the Development of Automated Dilution Protocols
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00031
PMID:39096303
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研究论文 | 本研究通过构建番茄红素在二甲基亚砜中的校准曲线，开发了自动化液体处理平台的稀释方案 | 开发了基于回归的实用框架来识别、评估和监控液体转移误差，并创建了可推广到其他自动化应用的灵活液体处理方法 | NA | 开发可靠的自动化液体处理方案，提高合成生物学实验的吞吐量和可重复性 | 番茄红素在二甲基亚砜中的校准曲线构建 | 合成生物学 | NA | 液体处理自动化 | 回归分析 | 实验数据 | NA | 液体处理平台 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 13 | 2025-10-05 |
Towards Self-regeneration: Exploring the Limits of Protein Synthesis in the Protein Synthesis Using Recombinant Elements (PURE) Cell-free Transcription-Translation System
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00304
PMID:39066734
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研究论文 | 本研究通过优化PURE无细胞转录翻译系统，显著降低非核糖体蛋白浓度并提高蛋白质合成效率，实现了向蛋白质自我再生的重要突破 | 将非核糖体PURE蛋白浓度降低97.3%的同时提高蛋白质合成效率，并发现6%葡聚糖在高度稀释配方中能显著提升蛋白质合成速率和总产量 | 原始PURE配方中拥挤剂效果不佳，研究主要关注非核糖体蛋白的自我再生 | 探索PURE无细胞系统中蛋白质自我再生的极限，推动通用生化构建器和活体合成细胞的开发 | PURE无细胞转录翻译系统中的蛋白质合成过程 | 合成生物学 | NA | 无细胞转录翻译系统 | NA | 生化实验数据 | NA | PURE系统 | 无细胞系统 | 蛋白质自我再生系统 | 工业生物技术,医药 |
| 14 | 2025-10-05 |
Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00091
PMID:39047143
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综述 | 总结人工智能在逆生物合成路径设计中的方法和模型应用进展 | 系统梳理AI在逆生物合成领域的最新进展，涵盖基于反应模板和生成模型的多种技术路径 | 未明确说明具体数据规模或模型验证的局限性 | 促进符合绿色化学理念的生物生产路径规划 | 逆生物合成路径设计方法 | 合成生物学 | NA | 逆生物合成分析 | 生成模型 | 化学反应数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 15 | 2025-10-05 |
Toward Practical Applications of Engineered Living Materials with Advanced Fabrication Techniques
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00259
PMID:39002162
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综述 | 本文综述了工程活性材料（ELMs）的先进制造技术及其实际应用前景 | 系统整合了自下而上和自上而下的ELMs构建方法，强调合成生物学与材料科学的交叉融合 | NA | 探讨ELMs的制备方法、特性及其在医疗和环境保护等领域的实际应用 | 工程活性材料（ELMs）及其构建技术 | NA | NA | 3D生物打印、静电纺丝、内源性和外源性支架技术、活体组装 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 工程化活细胞 | 具有环境响应能力的生物传感系统，能够响应压力、pH、湿度、温度和光照等刺激 | 医学, 环境保护, 制造业 |
| 16 | 2025-10-05 |
Development of a Recombineering System for the Acetogen Eubacterium limosum with Cas9 Counterselection for Markerless Genome Engineering
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00253
PMID:39033464
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研究论文 | 本研究开发了一种基于RecT重组酶和Cas9反选择的无标记基因组工程系统，用于乙酸杆菌Eubacterium limosum的精确基因编辑 | 开发了高效的寡核苷酸重组系统，结合Cas9反选择实现无疤痕、无标记的基因组点突变，解决了该菌株基因工程的主要瓶颈 | NA | 开发快速精确的基因组修饰工具，促进Eubacterium limosum的合成生物学和代谢工程应用 | 乙酸杆菌Eubacterium limosum及其基因组 | 合成生物学 | NA | 重组工程、Cas9反选择、基因组编辑 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR-Cas9, RecT重组酶 | Eubacterium limosum | 重组酶系统与Cas9反选择系统的组合设计 | 能源, 环境, 医学 |
| 17 | 2025-10-05 |
Chloroplast Cell-Free Systems from Different Plant Species as a Rapid Prototyping Platform
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00117
PMID:39028299
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研究论文 | 开发了一种从多种植物物种制备高活性叶绿体无细胞基因表达系统的通用方案 | 建立了首个源自多种植物物种的叶绿体无细胞表达系统，可同时使用T7 RNA聚合酶和内源性叶绿体聚合酶 | NA | 开发快速原型平台以加速植物合成生物学和叶绿体工程研究 | 小麦、菠菜和杨树等不同植物物种的叶绿体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达(CFE) | NA | 基因表达数据 | 23个5'UTR、10个3'UTR和6个叶绿体启动子 | NA | 小麦、菠菜、杨树 | 基因表达调控序列(启动子、UTR)的表征和原型设计 | 农业 |
| 18 | 2025-10-05 |
Engineering a Novel Probiotic Toolkit in Escherichia coli Nissle 1917 for Sensing and Mitigating Gut Inflammatory Diseases
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00036
PMID:39115381
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研究论文 | 本研究开发了一种基于大肠杆菌Nissle 1917的模块化系统，用于检测和缓解肠道炎症疾病 | 首次在EcN中构建了包含NO传感器、分泌系统和抗TNFα纳米抗体库的集成系统，并建立了评估工程益生菌系统关键参数的数学模型 | 系统灵敏度有所降低 | 开发靶向特异性系统治疗炎症性肠病 | 工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 酶联免疫吸附试验、体外试验 | 数学模型 | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 基于转录因子的NO生物传感器、1型溶血素分泌系统、抗TNFα纳米抗体治疗载体 | 医学 |
| 19 | 2025-10-05 |
Synthetic biology toolkit of Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator)
2024-Aug-29, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13284-2
PMID:39207499
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综述 | 本文综述了目前可用于修饰和增强Ralstonia eutropha生物生产的不同合成生物学技术 | 正在开发用户友好的合成生物学工具包，赋予R. eutropha菌株新能力 | NA | 开发适用于Ralstonia eutropha的合成生物学工具包 | Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator)工业微生物 | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator) | 代谢途径工程，生物传感器 | 工业生物技术，能源，材料 |
| 20 | 2025-10-05 |
A molecular proximity sensor based on an engineered, dual-component guide RNA
2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553235
PMID:37645782
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研究论文 | 开发了一种基于工程化双组分引导RNA的分子邻近传感器，将蛋白质-蛋白质邻近性转化为功能性CRISPR-Cas9基因编辑活性 | 通过工程化crRNA:tracrRNA相互作用，首次实现将蛋白质-蛋白质相互作用和化学诱导二聚化作为CRISPR基因编辑的触发机制 | 研究目前仅在人类细胞中进行验证，尚未在其他生物系统中测试 | 开发可编程的合成分子电路，将分子事件与基因组编辑连接起来 | 蛋白质-蛋白质相互作用、化学诱导二聚化、RNA传感器 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9、prime editing、base editing、ADAR-based RNA sensing | NA | 分子生物学数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 人类细胞 | 双组分引导RNA系统、分子邻近传感器、可编程输入输出电路 | 医学、工业生物技术 |